4ZEFA

Crystal structure of substrate binding domain 2 (sbd2) of abc transporter glnpq from enterococcus faecalis
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
ENLYFQGMKKITPKKEKYVIASDSTFAPFEFQNAQGDYVGIDVDLVKRAAELQGFTVEFKFIGFSSAVQAVESGQADGMVAGMTITDDRKKAFDFSVPYFDSGIQIAVKKGNDKIKSYDDLKGKKVGVKIGTESADFLEKNKKKYDYSIKYLDTTDALYSALEIGEVDAMMDDYPVIGYGVAQNQPLATPIPREKGGSYGFAVKKGQNPELLEMFNEGLKEMKRTGEYDKIIGTYVKDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of substrate binding domain 2 (SBD2) OF ABC transporter GLNPQ from Enterococcus faecalis
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Enterococcus faecalis
molecule keywords Amino acid ABC transporter amino acid-binding/permease
total genus 84
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zefA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zefA02
2XX7A 1Y20A 3U1OA 4QRZA 2XXWA 2NWJA 4YMBA 3PV0E 5DT6A 4Q5TA 2DWAA 2XXIA 1LFGA 2OBGA 1Z7NE 3KN3A 3KOTA 1RYOA 4LQ2A 4QFKA 4ND9A 1YTVA 5IKBA 4EXKA 4TLLB 3RY3A 4IO5A 4NMYA 3TQLA 4GRKA 1LB8A 4H5GA 1AIVA 3TODA 1VE4A 3FVNA 3TZAA 3Q29A 5H8QB 4JB7A 3MUQA 1IITA 2VOZA 3MJNA 3TTNA 1PC3A 1N3WA 1H44A 3R7XA 5JK4A 3KN8A 4ZEFA 3K6UA 3IO4A 2X7PA 2CZLA 2YPNA 1GGGA 3MBPA 2I4CA 2NOOA 4IO6A 1N7WA 1P1UA 2X7QA 3WAFA 3FVGA 3PPOA 3FASA 1B51A 3H4ZA 1LFIA 3C4MA 1LBBA 2G29A 4JSDA 1ZU0A 4RPOA 4ESWA 5K2XA 3K1MA 2V3TA 3CFZA 3TTRA 1MXXA 1B3GA 1QUKA 3UN6A 4YU0A 1BLFA 1JEUA 3CFLA 4OMBA 2B3BA 1SI0A 1DTGA 1EZPA 4QSEA 1JVYA 3Q26A 2XXHA 3MVYA 4TLMB 1IIWA 2D21A 1B3EA 5KDTB 3S9MC 2Y84A 3MPKA 4F3GA 4OEUA 4EQ9A 4FECA 5ICQA 2ZYNA 1B4ZA 3PMXA 2DE3A 3OO8A 5I59A 4BDLA 3A09A 3IOUA 3V83A 3KOSA 4RPNA 1BTJA 1SYHA 4R6YA 4NF6A 4N13A 4YAHX 2F7AA 4BDQA 1I6AA 2A5TA 3TEPA 3RGYA 4R9GA 1JW5A 3BFUA 4OFLA 1MQDA 1MY4A 3SEVA 3S9EA 2P2AA 1EH3A 4DCYA 1XOCA 2PVUA 3O2AA 4OEVA 1B7HA 1NFTA 3MZ9A 1LAXA 3KEIA 1B7UA 4C0RA 3RT6B 1B46A 3E4RA 5F7VA 4U1ZA 2OCUA 1IXCA 1FQAA 3VXBA 3LBSA 2O1LA 3ONMA 1PB8A 4K3FA 4DXBA 3HV1A 4DXUA 4NF5B 1DPEA 4OZ9A 1AOVA 2H99A 4BDOA 1US4A 1O64A 2XXPA 3Q27A 3UK4A 4PFWA 2DVZA 4IY5A 3MAMA 4MH5A 2ONSA 1Y3PA 1JETA 3TFLA 1LFHA 1AL3A 1UTHA 4LZ5A 3K2DA 1FTOA 3I5OA 2Y7IA 4NF8B 2V3QA 4HCWA 4MFIA 5I84A 4IO3A 5I2NA 3PU5A 1LCTA 4DIGA 1J1NA 3IR1A 1UIVA 2AL5A 3T9VA 3EHUA 1FQCA 5DYHA 2O68A 1LAHE 3SDFA 3O6IA 1TT1A 3UORA 4ZEIA 4F3SA 3BKIB 1MQIA 1A8FA 3KZGA 5I56B 3OO9A 3FJMA 1SBPA 3D4GA 3T9XB 4O3AA 2W7YA 2XXVA 1B5JA 4I8CA 3G3HA 3GLBA 5AA2A 1B3LA 1HSLA 1B3FA 3FJ7A 2QMWA 3K02A 1JW1A 4ZEBA 1B0LA 4GVOA 5TPAA 4ZZEA 3CSBA 2Q9TA 3Q28A 3FV1A 3KJTA 2F6PA 1MQJA 2ZXTA 4ELRA 3KBRA 1JNFA 4QSDA 4ZS9A 2D3IA 4DE8A 1RYXA 3T22A 5DEXB 1A55A 2OZZA 3IB1A 3W9VA 1O7TA 3IOWA 2DE4A 2I3VA 4I62A 2HQ0A 1GV8A 1B4HA 3MVWA 3OELA 1USYE 5I57A 4TOZA 5H8HB 4YMAA 1B40A 1FTLA 2Y7WA 2I58A 3PPPA 2OJTA 1UTBB 4LQ5A 3LSLA 1FQBA 5EYFA 1D3KA 1R9QA 4IGTA 4ZECA 3I6VA 1P1NA 4DDDA 3ZKLA 3C36A 5KCJA 1URSA 1SW5A 5ICTA 1B6HA 1VSOA 4OXVA 4DCXA 4LP2B 1WDNA 2DWHA 2HZKA 1QW0A 1ZTYA 1TFDA 3PPNA 3ZS6A 4DLDA 1Q1KA 4DZ1A 2I4BA 1F9BA 5I58A 3R26A 1LBCA 3FD3A 4P11A 4LZ8A 4PETA 1FTMA 1OLCA 1IEJA 1MXYA 3PPRA 1PBPA 1US5A 2H4IA 5ELVA 3DP6A 1POY1 5BUUA 1DTZA 3FATA 4YKKA 4POWA 3G3GA 3OOAA 3VDFA 2AYSA 1NNTA 5A5XA 5M2VA 4H8JA 3S2VA 3TELA 3CVGA 1P1OA 1KWHA 2H25A 4C1UA 2IA4A 3G3KA 3PMVA 1OVTA 2DOJA 2O7IA 2NUVA 4QSCA 3VV5A 4EF2A 5TP9B 2Q89A 3JYRA 4G8MA 5I2KB 1I6BA 2ZNTA 4R2BA 4FORA 1O63A 3IJOB 3TUSA 4H8IA 1YCJA 4KYEA 3R6UA 4G68A 1IZ1A 3IX1A 5AA1A 4G8HA 4R75A 1XHYA 4ELOA 1MY0A 3RTFB 1QJMA 1FQEA 1ATGA 1DOTA 1S9TA 3IJXB 4JSOA 5KZTA 4KYDA 3K0VA 3N94A 1XC1A 1B1XA 3UP9A 2H98A 3C9HA 4KPTA 2I6EA 4GOTA 4F3PA 2RINA 3S9NC 3V89B 2H5YA 1A40A 2HCAA 1Y3QA 1ZBMA 4GL8A 5ISUA 3EHTA 2Q2CA 2VD2A 5K2YA 3IO6A 3Q25A 2O7UA 3TTMA 4ZDMA 4NE4A 5DVJA 4MF3A 5LOMA 1SW1A 1NNPA 2QRYA 1VFEA 3CSGA 4OFJA 4H6DA 4YB6A 5CBSA 2BJJX 3PUZE 3ILTB 3O6GA 2R71A 3CFXA 2PYYA 1MY2A 1URDA 4PE5B 1FCKA 3FVKA 2CMOA 4IO4A 1B0HA 1UIUA 4MBPA 1H3DA 3N6TA 4G8NA 2ZNUA 2O6AA 5FHMA 4R72A 3L6HA 5CMCA 1B5HA 2Z8EA 4JWOA 1SW2A 4KQPA 1SYIA 3T66A 4F2OA 4R6KA 3SEXA 1S50A 3OMBA 3T93B 3VXCA 3TTKA 1FTKA 5H8QA 1SD3A 5L9OA 3FGSA 5F1QA 4ZEDA 4BDNA 2F97A 1A99A 4JDFA 1EZOA 5H8NB 1TFAA 3LUYA 1LAGE 2I3WA 2V25A 3H6UA 4NTLA 2F34A 4MLQA 3T96B 2F8DA 2GHAA 3DM0A 4F1VA 3QAXA 4E0XA 1NNFA 2Y7RA 3DP8A 4Q0CA 4R6HA 1CB6A 3VLUA 1LAFE 2YJPA 4NF6B 5CRYA 3VFJA 3USDA 3O66A 4YKJA 4RY1A 2OWSA 3H6VA 1QULA 3G7WA 2G93A 2HAUA 2O69A 2DYXA 1M5FA 1BKAA 2DE2A 2X26A 2Z8DA 1MG1A 1MXUA 4I1DA 4P0IA 3MPLA 2QS2A 4G77A 5KDTA 2UXAA 4RK9A 3UA8A 5AE4A 3M3KA 1A8EA 1JW4A 1SQYA 4U1OA 1MXVA 4ECFA 1VR5A 5JEIA 3MZ1A 3TQWA 2P0SA 5AA4B 3O97A 4QFNA 3VLWA 4F29A 3M8UA 5B7DA 3QUFA 1VFDA 5H8SA 1QKBA 4YB5A 3OXNA 1I6QA 3QSLA 4QFPA 1NKXA 2I0BA 1II5A 1DMBA 1MRPA 3H7MA 4X1BA 1H76A 4U4XA 3ODBA 4ELQA 1M5CA 4FIMA 1QUJA 2F35A 4AB6A 3UGWA 1JQFA 4QFLA 2DP8A 2ONRA 5H8FB 1USYH 3MP6A 2Y7PA 3MVZA 4UA8A 1MH4A 3FV2A 4LUBA 4LATA 2VD3A 2ZYOA 1D4NA 3HHGA 4NF5A 1QVSA 4H0WA 3TCGA 3RT8A 4LONB 2DVCA 4RXLA 4GL0A 4HCYA 3H03A 1ZLQA 4KCDA 2KLFA 4ISUA 2PX1A 4L17A 3W9WA 2VP1A 2UYFA 4O3CA 2QJEA 4OVJA 1EZ9A 2RKMA 1PB9A 2XXQA 3LR1A 3TYHA 1QKAA 1L5TA 2E0SA 5EHSA 1SW4A 1MXWA 4OQOA 3G3FA 4F2QA 4JBZA 3C33A 2DSFA 2GFEA 4ZZAA 4OYVA 3EN3A 3M3LA 3GZGA 4IO7A 4XKPA 4EDPA 3VE1B 3AXFA 3PUXE 1OQGA 1POTA 2UVGA 5CBRA 2F36A 5L8DA 4F18A 1B5IA 4U22A 5JTYA 4HS7A 1Y3NA 4IB2A 4NF4B 4MLVA 1CE2A 4WEDA 2RC8A 4KCCA 1BP5A 5I56A 1D9YA 3OEKA 3QXMA 4KR5A 2R6GE 3TTLA 4BDRA 4R73A 3OSQA 4PFTA 2YLNA 2HFBA 4GXAA 1R9LA 1I69A 3KFMA 2GHBA 2HXWA 4F1YA 4YB7A 2DWIA 3L6GA 1IUDA 4XKQA 4X48A 3M3FA 4ZE8A 2WKYA 4F19A 1T0KA 3ZKKA 5KCJB 1PEBA 3O29A 3K1NA 1M5BA 4C1TA 5L9SA 1IQ7A 3LC8A 3SEYA 3PUVE 4F31B 3HHFA 2B3FA 2THIA 3EPEA 1MY3A 2O51A 1MDQA 1N04A 5DEXA 3RNNA 5HM4B 1NH8A 1HSEA 3KGCA 3N6UA 1D9VA 4Z7EA 1MQHA 3PUWE 1NNKA 3OENA 3IOVA 3IB2A 4N6PA 2UVIA 4F1UA 1MDP1 4RK2A 3O9PA 5H8HA 4NWDA 3VVEA 4ZEKA 3RLFE 1MH3A 1GTKA 3A3UA 2V3UA 1URGA 3JZJA 3SEWA 2R9JA 2QS1A 3RPWA 4FEBA 5ITPA 3TCHA 2A5SA 5IAIA 1B05A 4TQUQ 3CIJA 4KHZE 2UVJA 2QS3A 4KD5A 3D4CA 2V93A 3MP8A 3H06B 4X9TA 4LA9A 5TU0A 4ONYA 3KG2A 3RQTA 2RCBA 1SI1A 4P0GA 3FZVA 2DWJA 5FHNA 3H6TA 5FTHA 2ZNSA 3THIA 3TDJA 4M1VA 3B6WA 5HPQA 2VGQA 1FW0A 2OK2A 2Y7KA 3KJ7A 1R1NA 1B58A 4XIGQ 2UVHA 1XT8A 4X1DA 3T9UA 3MP1A 5BWJA 3N26A 2M8CA 5B70A 4EF1A 1Z7ME 3OEMA 3FJGA 3U8QA 1RKMA 3QK6A 3B7DA 1AMFA 1ELJA 4JWXA 2F78A 2Q2AA 1Y1MA 3B6TA 4FJPA 1H45A 5TP9A 4IO2A 5I2KA 3CI8A 4DXCA 3W15C 1Q35A 2QL3A 2ZMBA 2GRVA 2QPQA 3PD8A 1MM7A 1NL5A 1ZKBA 5DTBA 4LZ7A 1TXFA 1B52A 2LAOA 3O28A 1ANFA 2XD2A 3H3GA 1XVXA 4Z0IA 4WEPA 2DQVA 3IAZA 3C31A 4EUOA 2FA7A 1BIYA 4OERA 4G4PA 4G2ZA 1M5EA 3PMWA 4H65A 3DP4A 4U4SA 4F22A 4FE8A 4NWCA 2F7BA 3MW0A 3GBBA 1OVBA 5L9MA 3I3VA 4O3BA 4ESXA 4Q8RA 3TAJA 4YKIA 3RN8A 3U93A 4GF8A 4WXJA 4FAJA 4POXA 3K01A 1SVXB 4OHNA 2QS4A 2D5WA 1ZIUA 3K4UA 2XXTA 3FXUA 1N0TA 3U92A 2XXRA 3TKDA 3E13X 5HBCA 3PD9A 4GIZA 2F6GA 3G3JA 4JWYA 4KFQA 5J1DA 5I59B 2REGA 1B7ZA 3LSWA 4EQ7A 3SERA 1N3XA 3JV9A 1LCFA 2QSXA 3N5LA 1DSNA 4GLIA 1TWYA 3O6HA 3MWBA 4H1XA 3TPAA 4YICA 2A5TB 3PPQA 3VVDA 4EXLA 1PDAA 1B32A 5EHMA 2NVUB 2XD3A 2P1SA 5H8NA 2OLBA 4XKNA 4QF9A 4IGRA 1PB7A 4XXUA 3SETA 1N76A 1N84A 1FTJA 5CM6A 5AA3A 1B2HA 3ZSFA 2REJA 1LLSA 3FXQA 3IORA 1ZJLA 3K00A 5AA2D 4AB5A 3SKPA 4Q30B 3MVXA 3HO7A 3LSXA 2AL4A 2XXUA 1DPPA 2PT1A 1JEVA 4R74A 2RCAA 1MPDA 4XTCQ 3KN7A 4AQ4A 3EQ1A 5CC2A 4ZE9A 3IOTA 3OO6A 1P99A 1N7XA 3VVFA 2XX9A 2GH9A 3K6WA 4GD5A 3LSFB 4F39A 3GXAA 1WODA 1UTHB 3EF7A 2V84A 1WVJA 3U72A 3MQ9A 2DXRA 3RTWB 1NH7A 2QMXA 1IXIA 2UYEA 2PBWA 4PFUA 3P7IA 4GFRA 1PBQA 5I2NB 2B65A 3FXRA 5AA4A 4GWOA 4BDMA 4G68C 2ZYMA 2RC9A 3QYTA 3QUJA 3K6VA 4I9DA 3CRBA 4FATA 3T9HB 4RJZA 4QHQA 5ITOA 2PMSA 1Y4TA 1XS5A 3MZBA 4LVQA 5AA2B 1AH5A 2ESNA 4GQOA 5H8FA 3ILUB 2F7CA 1LGBC 2RC7A 3VLVA 4RYAA 1YPNA 2ANJA 3DLNA 3DELB 3E9XA 1OMPA 1Y9UA 4RNSA 5TPAB 4OETA 1MPCA 4H5FA 1A7LA 5DVIA 4NF8A 4E0WA 1B1HA 5JTYB 3C35A 3B6QA 4PP0A 3IL1B 4XKRA 4OFOA 5FHOA 4JXIA 3PUYE 1EU8A 2Q88A 2ABHA 1FQFA 4HTGA 3CG1A 2XXXA 3HPIA 1YAEA 4H67A 2F5XA 3OD7A 2ZYKA 2O84X 2ONKE 1R6ZA 4YKPA 3E3KA 5I57B 1ZMGA 2PT2A 3CG3A 4YZZA 3RUMA 4F3BA 3V8XB 2RF1A 1IXGA 3SESA 4KI0E 4BLAA 2XHDA 3FIRA 3IK6B 1LB9A 3PGFA 1OLAA 3G3IA 1P1WA 2AIXA 3WAEA 3C34A 3IB0A 4THIA 5DVFA 3GBAA 4NF4A 1XVYA 3KSJA 3SEUA 4ELPA 1OIBA 2I49A 2HZLA 1NMUA 2FYIA 4U21A 1GR2A 3K1PA 5FTIA 2DS9A 5I58B 1SDXA 1UQWA 1MXZA 1QUIA 2Z8FA 1LSTA 3KSXA 4GXSB 2XXYA 3HSTA 1UTBA 3H6WA 2OWTA 1Y1ZA 3U94A 3BBRA 2FNCA 3QIMA 5A5XB 2H9BA 3TMGA 2DXYA 1MY1A 5CI5A 1MS7A 2Q8JA 4IY6A 3HN0A 5CMKA 3CR9A 1B9JA 4R2FA 1S7YA 5CMMA 1GVCA 2E1SA 1MQGA 1M5DA 3OSRA 3MC2A 4EQBA 3TCFA 2Z23A 1MPBA 3FVOA 3V5AA 2O1MA 1H43A 4FEDA 1B3HA 4N07A 1A54A 1MM6A 4M4GA 2I48A 2VHAA 3HCQA 4OTEA 3UIFA 2IEEA 3S9LC 3F11A 4PFYA 4G68B 4OESA 1JVXA 4U23A 4NEDA 4PQJA 4HW8A 2Z22A 5CMBA 4UACA 2I0CA 3BFTA 3C32A 4OENA 2NXOA 3ECRA 4WKMA 1Y4CA 1P1QA 3S4UA 2HEUA 1IXHA 2XX8A 3K6XA 2HAVA 4OWDA 3OO7A 3EHSA 4RA1A 3FUZA 1OQHA 3A3CA 4QFOA 4KYSA 1HSJA 1FQDA 4R9FA 2ALUA 4U2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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