4EF2A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 2.10 a resolution
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
243
structure length
243
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Methionine-binding protein
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 2.10 A resolution
rcsb
source organism Enterococcus faecalis
total genus 76
structure length 243
sequence length 243
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef2A02
2I48A 1DSNA 4GFRA 3MBPA 1B3GA 4NF6B 2Q9TA 2XD3A 4RK9A 5CBSA 3QUJA 1IXCA 4PE5B 1H76A 1A40A 3C4MA 4DCXA 3BKIB 3I3VA 1N84A 2DE3A 3FD3A 2ONSA 4NWDA 5LOMA 3VXCA 5DVFA 2X7QA 3N6UA 3FATA 3PD9A 1MG1A 5A5XB 2DWIA 2V3UA 3RTWB 4Q0CA 2VHAA 3TKDA 1B5HA 4QRZA 5ITPA 4DDDA 3E3KA 2GHBA 4HW8A 3CI8A 4F19A 5KCJA 1OVTA 3S9EA 3MJNA 2DVCA 3FJGA 1MPCA 3MZ1A 4TOZA 2FYIA 2DSFA 5FTHA 1Q1KA 3USDA 5CI5A 1USYH 2HAVA 3HHGA 4RYAA 1M5BA 2F7BA 3VE1B 3W9VA 2RCBA 4FEBA 4ZECA 3K0VA 4NF6A 1EZPA 1OLAA 2P1SA 4FIMA 1MY1A 3U92A 5L9OA 4L17A 1MXWA 4GOTA 2H25A 3HCQA 1UTHB 3B6QA 5BUUA 4YMAA 4BDOA 1URGA 1N7XA 4IGRA 3JYRA 4JSOA 2VOZA 4RPNA 3H03A 3SESA 3S2VA 2F34A 4ZEIA 4G8HA 4JSDA 4QFKA 4R72A 1SI1A 2Y7WA 5AA2D 5FHMA 3LR1A 3O6HA 4R6YA 1B7ZA 5H8SA 5JK4A 1QVSA 3MVWA 3S9LC 3PD8A 2O68A 1NKXA 1XT8A 1T0KA 2XXWA 3RGYA 1FQCA 1FTMA 3H06B 1LBCA 2D3IA 1B7UA 2QMXA 3KN8A 3IO4A 5HPQA 4MF3A 3THIA 1B51A 1AH5A 5TPAB 3O2AA 5I58A 3R7XA 2R9JA 1ZTYA 5ICQA 1SQYA 3FVNA 4MBPA 3E13X 3OEMA 3KFMA 1YTVA 2DXRA 5CMKA 3M3FA 3IJOB 4ECFA 2DYXA 4R9GA 4O3BA 4Q8RA 3MPLA 3R6UA 1BKAA 3OSRA 3C34A 2QSXA 5TU0A 3D4GA 2DQVA 4GD5A 4OFOA 2A5TB 3Q27A 3TPAA 5CMCA 3WAEA 1DTGA 5ICTA 3LSLA 1O7TA 4N6PA 3MZ9A 4EQ9A 3KGCA 4YU0A 5DEXB 1UIVA 3PPPA 3MVZA 1JW5A 3C32A 3OMBA 2YLNA 4MLQA 2O7IA 3K2DA 3MP1A 1WODA 4IGTA 1LFIA 4KYDA 1Q35A 1R9QA 5FHOA 4NF5A 1ANFA 4YAHX 2P2AA 2RCAA 4HCWA 4KHZE 4KPTA 1P1OA 4X9TA 4LZ7A 1EZOA 3O66A 3UGWA 1WVJA 3SEUA 5F7VA 4KI0E 5TPAA 3TMGA 4JBZA 2V25A 4F2QA 1GR2A 2O51A 2H9BA 1KWHA 1DOTA 3B6WA 2B65A 4QSDA 4F1YA 5AA3A 2F6PA 1JETA 1ZKBA 2WKYA 1PEBA 3C35A 2ZXTA 1B58A 1VR5A 2B3FA 3K6VA 1LB9A 2A5TA 4RNSA 3VVEA 3RPWA 1MM6A 2Y84A 4R6KA 2RC7A 3QIMA 3QYTA 3K6WA 4POXA 2F78A 4FEDA 3TZAA 3UP9A 4IO2A 1B3HA 3R26A 3T9UA 1I6BA 3H6VA 4H5GA 3IOVA 3PPRA 1TFAA 1US5A 5FTIA 3MWBA 1LCFA 3GBAA 3CVGA 4QFOA 1SD3A 1ZMGA 1NMUA 3C31A 3D4CA 3FV1A 1XHYA 2OZZA 1VE4A 3TTLA 1B5IA 1PDAA 5DT6A 4F18A 1B0LA 3K02A 1JEVA 3H6TA 4NEDA 3OOAA 4LQ5A 4PFWA 3IL1B 4ELRA 4YKJA 3QK6A 1B46A 1Y9UA 1JEUA 4LUBA 5I57A 4OVJA 3BFTA 2QPQA 1MS7A 2Z22A 5AA4B 3DP4A 3SEXA 1B4HA 1QW0A 4GVOA 2O69A 4ND9A 3CG1A 3BFUA 2HCAA 3TQLA 3ZKLA 2XX7A 1MM7A 2GHAA 1A8FA 3RN8A 5CMMA 1TFDA 4ESWA 3FIRA 5I59B 5JTYB 1N3WA 1MQGA 1EU8A 2Z8DA 2AL4A 2NXOA 3TQWA 3VVDA 4YZZA 1NH8A 3T93B 2XX9A 1R1NA 1MDQA 3CSGA 4ZDMA 3ZSFA 3DP6A 3T22A 3ZS6A 4ZE8A 1LFHA 1XVXA 1ZU0A 2G93A 4G68C 4YKPA 1ZJLA 3HN0A 3MQ9A 2PVUA 1D9VA 1B40A 3RLFE 3UIFA 5L9MA 3KSJA 2P0SA 1H43A 2HFBA 2PMSA 3H6UA 1M5CA 4LVQA 1OMPA 2O1MA 4N13A 2I3VA 2IA4A 5AA4A 2Y7RA 1DTZA 1MQJA 3MZBA 3LBSA 1MH3A 1B0HA 4ELQA 4FORA 4AB6A 5H8NA 4IO4A 1B5JA 1POY1 2NWJA 4WKMA 1Z7NE 4U1ZA 3SKPA 5JTYA 3OELA 2UVIA 1MY2A 3G3IA 1BTJA 1R9LA 2E0SA 3QXMA 4ELOA 3DELB 3PUXE 4H67A 1A54A 5TP9B 3CSBA 3BBRA 1QUIA 3EF7A 3EN3A 4GL0A 2OLBA 2XXRA 3K6XA 3TTKA 4OYVA 1A99A 4XKQA 2M8CA 5KDTB 3OD7A 2AYSA 2D5WA 3WAFA 3O9PA 4GIZA 3FVOA 1HSEA 4GLIA 2H5YA 2IEEA 4F1UA 1FQEA 4LONB 5H8FB 5CBRA 3T66A 4DZ1A 1RYOA 2QS1A 3KJTA 5ITOA 1B1HA 2ZNUA 3ILUB 1BIYA 4QFLA 3PUYE 4Q5TA 4JDFA 2CZLA 4Z0IA 3K1MA 5KZTA 4GRKA 4I1DA 4OEVA 3G3JA 3JV9A 5BWJA 1H45A 5TP9A 5EYFA 1Y1ZA 2QL3A 2F8DA 4XKPA 3S9MC 3KSXA 5K2XA 1A55A 1MXYA 2REJA 4IO3A 2YJPA 2I0CA 1A7LA 4MLVA 3U1OA 3OENA 4NMYA 3TCGA 2F5XA 2XXTA 1Y1MA 1MY0A 2X7PA 2VP1A 2DS9A 3ONMA 2VGQA 4G4PA 2F97A 3L6GA 4P0GA 5H8FA 3U93A 4TLLB 3PGFA 3PV0E 4N07A 3TUSA 3VDFA 1N04A 4ELPA 2VD2A 5A5XA 4R75A 4BDQA 3PUZE 1SYHA 3FXQA 2O1LA 4QSCA 1O64A 3C33A 2NOOA 3CFLA 3Q26A 1IUDA 3MP8A 3FGSA 4OHNA 2ZYMA 1S9TA 1D4NA 3IOTA 3E9XA 3N6TA 3CFXA 4KD5A 4NE4A 5I56B 3UORA 1FTLA 3H7MA 3G3FA 3KZGA 4H5FA 4F22A 3SETA 1MY4A 2Z23A 1QKBA 1B3EA 3IORA 3OO6A 2ABHA 1BP5A 1Y4TA 3MVYA 3SDFA 3AXFA 5CM6A 2W7YA 3GZGA 4JWYA 1I69A 1SYIA 1MXZA 2XXVA 2YPNA 4IO7A 1URSA 4U23A 1LLSA 4MH5A 4DXBA 1SW1A 1NNFA 3EQ1A 1UTHA 3P7IA 3SEWA 2D21A 3G3GA 4OETA 3K01A 3GLBA 1B7HA 1B32A 2I49A 1GVCA 1LB8A 2Z8EA 1GV8A 2ZNTA 5I84A 1JQFA 1JVXA 2ESNA 5F1QA 5IKBA 3KBRA 5I56A 2ALUA 3PMVA 2XXPA 1D9YA 1GTKA 3LC8A 2XD2A 4ZEKA 2I6EA 5HM4B 2XXHA 1QUKA 3FJMA 1PBQA 1N0TA 1Y3NA 1PB9A 3ZKKA 2KLFA 1QULA 4NWCA 3EHTA 1B4ZA 4DXUA 2QRYA 5I2KB 4IY5A 4OMBA 2XXQA 4BDRA 3IX1A 2ONRA 3A3CA 4XKRA 3GXAA 4G68B 3B6TA 4R6HA 1XC1A 2PT2A 5DEXA 4GXSB 3ECRA 3RY3A 2DVZA 4NF8B 3HV1A 1M5DA 1JW4A 4YMBA 3L6HA 3UK4A 4KYEA 1US4A 1USYE 2E1SA 1H3DA 3OO7A 5CC2A 1O63A 4FAJA 5DYHA 3G3HA 3CG3A 3MVXA 4FATA 4YB5A 5DVJA 4YICA 1JVYA 5EHMA 4BDNA 2OWSA 3TTMA 4X1DA 2B3BA 3PPOA 1AOVA 1CE2A 2OJTA 2DWHA 3EHSA 4FJPA 2RF1A 3DP8A 4DCYA 3H3GA 3N94A 1FQDA 1F9BA 3MAMA 2O7UA 4PFTA 4KCDA 2NUVA 2HAUA 1FTKA 3QUFA 4P11A 5I2NB 1RKMA 1QUJA 1Y20A 3G3KA 4BLAA 2Y7KA 1MXUA 3V8XB 1UTBB 4I9DA 1EH3A 4EXKA 2GRVA 1M5EA 5AE4A 2Y7IA 1HSJA 1B2HA 1J1NA 2V93A 2OCUA 3T9HB 1P99A 4K3FA 2GH9A 1IITA 4WXJA 3TTRA 1H44A 3IJXB 1MQDA 2OBGA 4GF8A 4YKIA 4OZ9A 2DE4A 2DWAA 1D3KA 1LAFE 4U2RA 1XVYA 3IO6A 2UXAA 4LZ5A 1P1WA 4M1VA 2HZLA 4PETA 1OQHA 1LBBA 1XOCA 4GWOA 2XHDA 1AMFA 3PUWE 3TDJA 2HQ0A 4F3SA 2QMWA 3TODA 2UYFA 2RC8A 4AQ4A 3O29A 4U22A 4WEDA 3FVKA 4G77A 5I2NA 2LAOA 1JW1A 1SW5A 3FXUA 3MP6A 4BDMA 5AA1A 5I59A 3PPNA 2Y7PA 4C0RA 3TAJA 4GXAA 3VXBA 5IAIA 3IOUA 2UVJA 3VFJA 3IR1A 1B52A 1Y4CA 4AB5A 2X26A 2XXXA 1AIVA 4U1OA 4OENA 3S4UA 4ZEBA 1MQIA 3FV2A 4LA9A 4DLDA 2OK2A 5J1DA 4KR5A 1B3FA 3RT8A 4H0WA 1S7YA 3M3LA 1OQGA 2ZMBA 1SW4A 1IQ7A 4QF9A 4DXCA 4JWOA 4O3CA 5EHSA 1FTJA 5H8HB 3KG2A 4GL8A 1N3XA 3IB0A 4X48A 2PX1A 3FVGA 2ANJA 3OEKA 4F39A 1L5TA 2O6AA 1IXGA 2V84A 4F3GA 4R2BA 2NVUB 3W15C 3IAZA 3DLNA 2FA7A 4XTCQ 1N76A 4PFUA 2CMOA 4G8MA 3I5OA 1PB8A 5CMBA 4U4XA 2HZKA 2ZYOA 2I0BA 3VLWA 1NNTA 3A3UA 3O97A 3PUVE 4XKNA 1RYXA 4QFNA 3VVFA 4TLMB 4YB7A 4R73A 2O84X 3TTNA 3KOTA 4YB6A 4JB7A 4GQOA 2BJJX 1VSOA 1FTOA 3TELA 5H8HA 3UA8A 3IOWA 1IZ1A 5KDTA 3VLVA 3HHFA 4XXUA 3MC2A 3CFZA 2REGA 3HO7A 4R9FA 2H4IA 3EHUA 1TXFA 4ZS9A 5DTBA 1MY3A 2V3QA 3TEPA 1LSTA 1FQBA 3TCHA 3CR9A 2RC9A 4OWDA 1IEJA 2I4CA 4M4GA 1S50A 1B6HA 3JZJA 1YAEA 1SI0A 3U8QA 4NTLA 2DWJA 3KJ7A 2VD3A 1IXIA 4PQJA 2XXIA 4IB2A 2HEUA 1OLCA 1PC3A 1ZBMA 1N7WA 1XS5A 5I58B 1R6ZA 2R71A 1OVBA 4OESA 4WEPA 3M8UA 5L9SA 1MH4A 4U4SA 4RJZA 3V5AA 1VFEA 3RTFB 2XX8A 1DMBA 4ESXA 2THIA 4ZE9A 1B1XA 2RKMA 4ZEDA 1FQFA 5DVIA 4PP0A 2G29A 1WDNA 3SEVA 4PFYA 4POWA 4EF2A 4LP2B 3G7WA 2UYEA 3FUZA 3RT6B 1B9JA 2ZYNA 3MUQA 4H8IA 1IIWA 4NF5B 4FE8A 3LSFB 1FCKA 1URDA 2FNCA 1P1NA 3W9WA 3SERA 4OERA 1PB7A 5B70A 2ZNSA 4DIGA 2Q89A 1SVXB 3TCFA 5ELVA 3DM0A 2Q2AA 1LFGA 3C36A 3K6UA 3KEIA 4JXIA 1JNFA 2V3TA 3UN6A 3K1NA 1FQAA 4C1TA 1VFDA 4THIA 1NNKA 5B7DA 2PYYA 4HS7A 4NF4B 1AL3A 1CB6A 4XIGQ 4C1UA 3RQTA 2QS2A 1LAHE 2DOJA 4KQPA 3K1PA 4OFLA 4E0XA 4F1VA 4I8CA 4G2ZA 1Z7ME 1MDP1 3OSQA 5L8DA 4RY1A 1II5A 1MQHA 2OWTA 5H8QB 4I62A 2XXYA 3IB2A 1P1QA 4OFJA 1MXXA 4EQBA 1I6QA 3RNNA 2QJEA 4KFQA 2F7CA 4RXLA 2Q8JA 3MW0A 1NL5A 1BLFA 2R6GE 2H98A 2RINA 3CRBA 1PBPA 2Z8FA 1P1UA 4IO6A 4KYSA 2UVGA 1MXVA 3TYHA 5K2YA 1ATGA 3PMXA 1DPEA 1UQWA 4KCCA 5JEIA 4JWXA 4NF4A 3N5LA 3B7DA 3K00A 4YKKA 1SBPA 1LAXA 3U72A 4G8NA 4ZEFA 2ZYKA 3IB1A 1QKAA 5I57B 1FW0A 3Q29A 1LAGE 3T9VA 5H8QA 1I6AA 1Y3PA 4QHQA 3C9HA 4QSEA 2I3WA 4ISUA 2DXYA 1EZ9A 2ONKE 1ELJA 4Z7EA 2PT1A 3OO8A 4OXVA 4H65A 3OXNA 4H8JA 3EPEA 3FASA 3LUYA 4F3BA 4EDPA 4IO5A 1SW2A 4EUOA 4F2OA 2GFEA 2AIXA 5I2KA 3MPKA 3FZVA 4EXLA 4H6DA 2F6GA 2Q2CA 3PU5A 2XXUA 2PBWA 4MFIA 3VLUA 4ONYA 5ISUA 4F3PA 3KN7A 3FXRA 4HTGA 3H4ZA 4G68A 1M5FA 4R74A 2UVHA 4DE8A 1QJMA 4RK2A 4E0WA 2Q88A 4EF1A 2F35A 4ZZAA 2I58A 3T96B 1MPBA 4NF8A 3HPIA 3SEYA 4EQ7A 1TT1A 3S9NC 3GBBA 1YCJA 3PPQA 3O28A 1NH7A 5M2VA 5H8NB 4H1XA 4O3AA 3N26A 3VV5A 4P0IA 1IXHA 3CIJA 4ZZEA 4OQOA 3U94A 1MPDA 3V89B 2DP8A 4IY6A 2AL5A 3I6VA 4QFPA 4LATA 5AA2B 1ZIUA 1DPPA 2HXWA 1LCTA 2QS3A 3ODBA 3PMWA 3LSWA 3V83A 4LQ2A 3O6GA 4X1BA 4BDLA 1NNPA 3KOSA 4F29A 3E4RA 2H99A 2DE2A 5CRYA 4UA8A 1TWYA 3TFLA 3OO9A 2F36A 4R2FA 1MRPA 3Q25A 3LSXA 3H6WA 3RUMA 3HSTA 4TQUQ 3K4UA 2F7AA 1UTBA 4LZ8A 1GGGA 5FHNA 4OTEA 3QAXA 4UACA 3O6IA 1LGBC 3ILTB 3F11A 1OIBA 1Y3QA 1SDXA 4HCYA 1A8EA 1B3LA 1YPNA 3Q28A 4F31B 3A09A 3T9XB 4U21A 2A5SA 3M3KA 1ZLQA 5AA2A 4RPOA 4FECA 1B05A 1HSLA 5KCJB 2I4BA 1POTA 3IK6B 3KN3A 4OEUA 1UIUA 3QSLA 4RA1A 1NFTA 2QS4A 5HBCA 3FJ7A 4Q30B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I48A 1DSNA 4GFRA 3KC0A 4H46A 3MBPA 1B3GA 4NF6B 2Q9TA 2XD3A 4RK9A 5CBSA 3QUJA 1IXCA 4PE5B 2VPNA 5EQ8A 1H76A 1A40A 3C4MA 4DCXA 3BKIB 3I3VA 1N84A 2DE3A 1G0HA 3FD3A 2ONSA 4NWDA 5LOMA 3VXCA 5DVFA 2X7QA 3N6UA 3FATA 3PD9A 1MG1A 5A5XB 5I7IA 2DWIA 2V3UA 3RTWB 4Q0CA 2VHAA 3TKDA 1B5HA 4QRZA 5ITPA 4MEVA 4DDDA 3E3KA 2GHBA 4HW8A 3CI8A 1FBDA 4F19A 5KCJA 1OVTA 3S9EA 3MJNA 4MNPA 2DVCA 3FJGA 1MPCA 3MZ1A 4TOZA 2FYIA 2DSFA 5FTHA 1Q1KA 3USDA 5CI5A 1USYH 2HAVA 3HHGA 1LBWA 4RYAA 1M5BA 2F7BA 4I3YA 4GBVA 3VE1B 3W9VA 2RCBA 4FEBA 4MJOA 4ZECA 3K0VA 1LBYA 4NF6A 1EZPA 1OLAA 4XEQA 4PDDA 2P1SA 4FIMA 1MY1A 3U92A 5L9OA 4L17A 1MXWA 4GOTA 2H25A 3HCQA 1UTHB 3B6QA 5BUUA 4YMAA 4BDOA 1URGA 1N7XA 4IGRA 3JYRA 4JSOA 2VOZA 2MKZA 4RPNA 2HHMA 3H03A 3SESA 4HE2A 3S2VA 2F34A 2FIXA 5ET6A 4ZEIA 4G8HA 4JSDA 4QFKA 4R72A 1SI1A 2Y7WA 5AA2D 5FHMA 2L5VA 3LR1A 3O6HA 3QMFA 4GX3A 4R6YA 1B7ZA 5H8SA 5JK4A 1QVSA 3MVWA 3S9LC 3PD8A 2O68A 1FSAA 4PF8A 1NKXA 5I3SA 1XT8A 1T0KA 2XXWA 3RGYA 1FQCA 1FTMA 2PCRA 3H06B 1LBCA 2D3IA 1B7UA 2QMXA 3KN8A 3IO4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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