4YKKA

Mnemiopsis leidyi ml032222a iglur lbd d-serine complex
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
NLIGRHLRLGSVEEQPFMFFATEGCEGNDCWSGMVNDMVVKLSEDLGFTYEYIQPDDRKFGALNKTTNEWNGMIRDLLDDKTDMIAIDLSTNSARKSAIDYSFPFMDAGIKAVVKGEGTTLNQVLELLDQDKYKWGVIGSRHPETLLKTHRDSRYSRLVDEGVELKDLNHAIETLRGGLFVFIDEGPVLAHNLISDCDVFSVGEEFQSFEYAFGLPKDSPYKSLIDSHLLKFREEGFIDILWEKWSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Glycine activated ion channel subunits encoded by ctenophore glutamate receptor genes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Mnemiopsis leidyi
molecule keywords ML032222a iGluR
total genus 78
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ykkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ykkA02
2O69A 2ZNTA 5DVFA 4EF1A 2ANJA 3WAEA 1JEUA 1A55A 1US4A 3KJ7A 3IORA 3U8QA 2VP1A 3VVEA 5HPQA 3KJTA 5DEXB 3IB1A 3MZ9A 4U1ZA 3O66A 3Q29A 4IGTA 1S7YA 3FVKA 4YB7A 3VXCA 1P1QA 3TMGA 3IOVA 1OVTA 4U4XA 2O51A 3WAFA 4O3CA 4HCYA 1N3XA 3CFXA 2VGQA 3K6WA 4EQ9A 1IXGA 1MXVA 1YTVA 3IOUA 2UVGA 4ZEFA 3EHUA 4GQOA 4G68A 1B5JA 2QS1A 1SI1A 1MPCA 2HXWA 5F7VA 4H67A 5I56A 3UN6A 4OESA 1US5A 1FTKA 1D9YA 1ZTYA 3M3KA 2D5WA 3IO4A 3MAMA 1Z7ME 3RLFE 5H8QA 4FORA 2B3FA 5H8NB 4MH5A 1H44A 2REJA 3VDFA 4C0RA 2AIXA 4R6YA 1DMBA 4NF8A 1PB7A 4RNSA 3OEKA 2DVCA 4QFPA 1NNFA 4FE8A 5HBCA 4JSDA 2F6GA 1B4HA 1MXUA 2V3TA 4E0XA 2RCBA 3KFMA 4ZDMA 1Q35A 1B7ZA 3IX1A 2ESNA 3SEUA 3N94A 3OSQA 3TODA 3PUZE 2V25A 2GH9A 5DTBA 2PMSA 1SW1A 1VFEA 5F1QA 5A5XA 3V83A 4NF4B 2XXYA 3SEXA 2Q8JA 1TWYA 3VE1B 3OXNA 5I57B 1LAFE 4G8NA 5KCJA 3K6UA 2DVZA 3LSLA 1FQAA 4XKNA 2M8CA 3VV5A 4ZE8A 4Q5TA 4KCDA 3TQWA 1A54A 4OENA 4U2RA 1CE2A 3HPIA 1BKAA 1Y4TA 3TDJA 1SBPA 2FNCA 1FQBA 2I48A 3MW0A 3RTWB 2QS2A 5EYFA 3SESA 1GGGA 3A3CA 4M1VA 1Y4CA 3VLVA 4R6KA 3TCFA 3IB2A 5JTYA 2H9BA 2G93A 1JEVA 5ITPA 5EHSA 4JWYA 1IUDA 4IO4A 4ONYA 1LAHE 1XHYA 4YAHX 3S9NC 3T9HB 2QPQA 1A40A 1S50A 4OTEA 3MP6A 5AA2B 5TPAB 2ZXTA 4DZ1A 3TTRA 4YB5A 3EF7A 4GRKA 3EHTA 3PPOA 1P1OA 4IO2A 2WKYA 2QSXA 4O3BA 5AA4B 2XD3A 2F7CA 1D9VA 3GBBA 3K01A 4QSEA 3A3UA 2Y7RA 1SYIA 1MRPA 3KGCA 1XOCA 2I4BA 2DSFA 1PB8A 1JQFA 1MY1A 4YB6A 2YLNA 2G29A 3EN3A 1BLFA 3PD8A 1UTBA 1J1NA 3T9UA 5J1DA 2F36A 2DE3A 1F9BA 2XXQA 2DXRA 3HSTA 2GRVA 1JW1A 1DPPA 5B70A 3FATA 1OQGA 3FV1A 4JDFA 3O29A 4H5FA 1B40A 2THIA 1MH3A 4PFWA 3GBAA 1EH3A 4KFQA 1VE4A 5M2VA 1USYH 2RC9A 1UQWA 5K2XA 2FA7A 3JZJA 1ZBMA 4MFIA 1QW0A 4GL8A 3ODBA 2I49A 4AB5A 3KSJA 2F5XA 3ZS6A 4OFOA 1B7HA 1M5BA 3H7MA 1MPBA 4TQUQ 3TPAA 2ONKE 5TP9B 2F34A 3UIFA 4ZECA 2XXXA 2R71A 5I2NB 4ECFA 1B2HA 3CFZA 4H5GA 2ZYOA 1JNFA 2F8DA 1CB6A 4ZZEA 2QMXA 4HCWA 4U22A 4POXA 3BKIB 1IITA 4UACA 1XS5A 4Z7EA 3TEPA 2XX7A 4TOZA 3IJXB 2QJEA 1FTLA 1P99A 1SI0A 1OQHA 3PPQA 5FHMA 1SW4A 3SEWA 1Z7NE 1R6ZA 5BUUA 1MS7A 5AE4A 3OO7A 4OEVA 4M4GA 3I5OA 3OEMA 1DSNA 3ILTB 1B3HA 2AL5A 3IL1B 3FIRA 3H6TA 1GR2A 4NE4A 4PETA 2RINA 2VD2A 5KDTA 1RYOA 4YU0A 3HN0A 3VLUA 1PEBA 4HS7A 2RCAA 2PT1A 1SQYA 3Q25A 2HZKA 1D3KA 3O6IA 3O9PA 2VOZA 1B52A 3H6VA 2QL3A 2XXPA 3BFTA 3G3GA 1OMPA 1NL5A 4LVQA 2Z8EA 1S9TA 2P1SA 1UTHB 3RT6B 3UP9A 1PC3A 3N6UA 4K3FA 4NF5B 3S9LC 3OO6A 4KYSA 4OWDA 4JB7A 3CIJA 1B3GA 3R6UA 3SETA 3L6HA 2IEEA 3HHFA 3T93B 2O7UA 1LGBC 4RXLA 3C9HA 1OVBA 4JBZA 1SVXB 1MQGA 4IO7A 4BDMA 4ELQA 5ITOA 3KZGA 2X7QA 3KN8A 3FVGA 2QS3A 5I56B 5I59A 4MLQA 1H45A 3PPNA 3SEYA 1I6BA 3KEIA 4EF2A 4R2FA 4AB6A 4HTGA 4R72A 3BBRA 4PQJA 2VD3A 3RGYA 1MQJA 2BJJX 3LSFB 2DWJA 4NF8B 2I0CA 4G77A 4PFTA 2UYFA 1OLAA 3RPWA 4LQ5A 2NVUB 3FASA 3I6VA 2Y7PA 4RPOA 3ONMA 1JVXA 1URGA 4QSDA 4F3SA 4P11A 4IO5A 4F19A 3CSGA 3HO7A 2Z22A 3OELA 1OIBA 2A5SA 1MDP1 3C32A 5CC2A 3PMVA 2A5TA 5A5XB 3RT8A 4KQPA 1N0TA 1LCFA 3MZ1A 1WODA 4G68C 3QUJA 3K1MA 1BP5A 3T96B 2Q2CA 2O84X 2I0BA 5FTIA 4YKJA 3QIMA 3O6HA 1I69A 3E3KA 2XXTA 3FVNA 3N5LA 3FZVA 4OETA 3MQ9A 3O6GA 2FYIA 5H8SA 3KN7A 4F3BA 4DXBA 1A7LA 1P1NA 5I58A 2UVJA 3E13X 3TUSA 3W15C 1GVCA 1TFAA 4RY1A 1JETA 4RK9A 2H4IA 1POY1 1FW0A 3KBRA 4YMBA 1BIYA 3MUQA 4E0WA 2ZNUA 1P1UA 2D21A 4F29A 4Q0CA 1MXYA 3K1PA 3ECRA 2GFEA 1XT8A 3H4ZA 3IJOB 1MPDA 3D4GA 1ATGA 3L6GA 4NTLA 2ZMBA 3QUFA 4LP2B 2OZZA 2Y84A 3PUXE 3UGWA 3S9MC 1MG1A 5I2KB 1JW4A 1B32A 4BDOA 3PUYE 1TT1A 5DEXA 1MQHA 1LBCA 4P0IA 2OK2A 4Z0IA 3MP1A 3OENA 1NNKA 1P1WA 4N13A 5CM6A 2XXVA 3T22A 3V8XB 1ZU0A 3TTLA 3OSRA 3M3FA 4R2BA 4ELOA 4HW8A 3V5AA 1Y20A 4F22A 1B0HA 4ELPA 3Q27A 3KG2A 1MY2A 2QRYA 3C33A 2HFBA 3TAJA 2REGA 1B3LA 3U1OA 3M8UA 1QVSA 4ESWA 1D4NA 5HM4B 3MJNA 3ILUB 5AA2D 2NWJA 1WDNA 2F7BA 5ISUA 3OO9A 4H1XA 2ZYKA 2ALUA 1DTGA 4QSCA 4R75A 5H8NA 5CMKA 1ANFA 5DT6A 3PUVE 4C1UA 2GHBA 4X48A 1ZLQA 3G3KA 1O63A 2X7PA 3TTMA 3T9XB 3KN3A 1EZOA 1ZIUA 3H3GA 1UIVA 1B7UA 4EUOA 4DLDA 4YKPA 1FQFA 4RPNA 4JXIA 4XXUA 3K02A 3C4MA 4PE5B 4LONB 5L9OA 3D4CA 3E4RA 4NF4A 3G3JA 3TQLA 4IB2A 1NNPA 1O7TA 1BTJA 3JV9A 2O68A 3A09A 1MH4A 4Q30B 2PVUA 1FTMA 3TZAA 2O1LA 4H6DA 5I57A 3FJGA 1B05A 4LUBA 2XXUA 1Y3PA 4F18A 1POTA 1ZKBA 3CVGA 1USYE 1Y9UA 3F11A 3EHSA 2X26A 1QKBA 4IY5A 1AOVA 1LLSA 2F35A 2XHDA 4I8CA 5BWJA 5DVIA 3H6UA 3CRBA 2I58A 1QJMA 3MBPA 4NWDA 1AIVA 3TYHA 3DM0A 3DP4A 4G8HA 1B46A 1DPEA 3G7WA 3U72A 3C36A 3R7XA 2UYEA 1LB8A 5H8FA 1GV8A 4MF3A 1KWHA 2Z8DA 4ZZAA 4DIGA 3QK6A 2AYSA 5AA2A 1ZJLA 3TTNA 1B1HA 1N7XA 3FUZA 4ISUA 1LAXA 2DOJA 2F7AA 2HQ0A 2F78A 3GZGA 2H99A 4KR5A 5AA4A 2B65A 5ELVA 3GLBA 3UA8A 2YJPA 3S9EA 3C31A 5B7DA 4ZEKA 4NF6B 4R74A 1LB9A 3ZKKA 2B3BA 3MZBA 4NMYA 5CBRA 1UIUA 3MPKA 4XTCQ 3ZSFA 4DDDA 3N26A 4LATA 4BDLA 2O6AA 1T0KA 1MXZA 1A8EA 3W9WA 3U93A 3MC2A 4OQOA 4YICA 4QFOA 3DP8A 1I6QA 4KI0E 4H65A 5FHOA 3IOWA 4MLVA 4X1BA 2AL4A 1ELJA 4ZEIA 2D3IA 4LA9A 3SERA 3K6XA 3DLNA 4FIMA 3OOAA 1IZ1A 3O28A 4ZS9A 1MDQA 4ZE9A 4ZEBA 2DS9A 1PDAA 1FTJA 1FQCA 1RKMA 2I4CA 3LSWA 4I62A 1PBPA 3FVOA 3RTFB 1NH7A 5L8DA 1YPNA 3HV1A 5AA3A 4R73A 3M3LA 3KOSA 4DE8A 3B6TA 2OBGA 2KLFA 3LBSA 3T66A 1URSA 4LZ8A 4C1TA 3LSXA 4I1DA 4RK2A 4QFLA 4GFRA 3MVZA 5I2NA 4MBPA 1PBQA 3C35A 2ZNSA 2V3UA 5IAIA 5DYHA 2RF1A 3K00A 1B1XA 4FECA 2NUVA 4G68B 5I58B 1N7WA 2RKMA 1SYHA 3MWBA 4JWOA 2E1SA 4ELRA 4POWA 4H8JA 5H8QB 1HSJA 3G3FA 2XXWA 1MM6A 3IR1A 4F1YA 1A8FA 3O97A 3QAXA 1EZPA 1M5FA 5CMBA 2HEUA 4WEPA 2IA4A 3CSBA 1IEJA 1M5CA 2VHAA 4O3AA 4FAJA 2I3VA 1MY4A 2PYYA 5LOMA 1JVYA 1SD3A 4JWXA 3S2VA 2ONRA 4X1DA 3PU5A 2DXYA 3FXRA 1WVJA 3U94A 4DCXA 3SDFA 1M5EA 3MVWA 3R26A 3Q26A 1B5IA 1UTHA 4XIGQ 4YZZA 5KCJB 2Q9TA 3U92A 4NF5A 2UXAA 5JK4A 4QF9A 2P0SA 4DXUA 3USDA 4YKIA 4DXCA 3W9VA 3K0VA 3LUYA 2H98A 2OWTA 4RJZA 4ESXA 3TKDA 4QHQA 3H6WA 3PGFA 4GXAA 3S4UA 1IXHA 4OHNA 1B3FA 4U1OA 1LBBA 1H76A 3UORA 4U21A 5H8HA 2V84A 4YMAA 4THIA 2I3WA 3VLWA 2ZYNA 4OYVA 3IO6A 2XXHA 2XX8A 3OO8A 5JTYB 4QFKA 2HZLA 1B58A 1B3EA 3V89B 4GL0A 4N6PA 2HAVA 4YKKA 1VSOA 2DWIA 1MM7A 2Q88A 1EU8A 1B51A 5K2YA 2XXIA 4KHZE 4KYDA 1NH8A 2HAUA 4QFNA 1QKAA 1TXFA 3RY3A 2Z23A 2ABHA 4RYAA 4OFLA 2H25A 4QRZA 2Z8FA 2PX1A 2RC8A 5CMCA 1TFDA 2XXRA 3G3HA 1FQDA 3UK4A 2DE2A 4EDPA 4KCCA 3B6QA 2XD2A 4PFYA 3LR1A 1UTBB 1O64A 3PV0E 3QSLA 4WEDA 2DYXA 3VXBA 3FXUA 1FTOA 1RYXA 3FV2A 3LC8A 4LQ2A 1LCTA 4IGRA 2DWHA 4FEDA 4GOTA 2F97A 4OERA 3B6WA 2OLBA 3KSXA 1QUKA 4NWCA 3GXAA 4EXLA 1XC1A 2V93A 3K6VA 1MY3A 4JSOA 4PFUA 5CRYA 2UVHA 2Y7IA 4OVJA 3FJ7A 4GIZA 1HSLA 3IK6B 3CG1A 1SW5A 1JW5A 4OMBA 1N76A 3CFLA 1FQEA 4XKRA 4UA8A 5H8FB 4Q8RA 4GWOA 3JYRA 2DQVA 1B0LA 3FGSA 2P2AA 3PPRA 4KPTA 3MP8A 2NOOA 4BDQA 5I2KA 4GD5A 5ICQA 2ZYMA 1AMFA 3EPEA 3C34A 1Y3NA 3MPLA 5TU0A 4WKMA 2F6PA 1Y1MA 2DE4A 1IQ7A 2DWAA 4TLLB 2CZLA 5AA1A 1OLCA 1MXXA 3PMWA 2O7IA 1IXCA 4I9DA 3FXQA 3THIA 5FTHA 1SDXA 3RNNA 2NXOA 2UVIA 4FJPA 3VVDA 3TFLA 1R9QA 1AL3A 4GXSB 1B4ZA 4EXKA 3ZKLA 1NKXA 1A99A 4OZ9A 4F1VA 4H0WA 3RN8A 4R9FA 1ZMGA 4G4PA 3P7IA 2YPNA 5JEIA 1B5HA 4EQ7A 3IB0A 5I84A 3QYTA 4BDRA 4NEDA 5KDTB 1LFGA 1DTZA 2I6EA 3RUMA 5CMMA 4XKPA 1MQDA 1IIWA 3VVFA 3FJMA 1XVYA 4XKQA 4BDNA 1MQIA 2QS4A 4TLMB 1NFTA 4EQBA 1XVXA 1LFIA 3T9VA 4F2OA 1MXWA 1N04A 3SKPA 1LFHA 3G3IA 5KZTA 2Q89A 4G2ZA 3IAZA 4GLIA 5TPAA 1H43A 3B7DA 4ZEDA 4L17A 1YAEA 2R6GE 3H03A 1GTKA 1DOTA 3Q28A 1QUIA 2OWSA 4FATA 1Y3QA 4F2QA 3K1NA 5EHMA 1AH5A 1LSTA 3H06B 3E9XA 4LZ5A 5IKBA 5DVJA 2RC7A 3O2AA 2GHAA 2XX9A 5I59B 1I6AA 4GVOA 3TCGA 5CBSA 3PMXA 4WXJA 3VFJA 1LAGE 4F39A 1B6HA 4BLAA 1QULA 3AXFA 1R9LA 1EZ9A 3CG3A 4IO6A 2CMOA 3HHGA 5L9MA 4F3PA 3BFUA 2LAOA 4KYEA 3SEVA 4DCYA 3PPPA 3K4UA 1B9JA 4IO3A 4G8MA 4H8IA 4LZ7A 3TTKA 2V3QA 2Y7WA 4AQ4A 2Q2AA 3CR9A 1SW2A 4OXVA 2HCAA 1R1NA 1II5A 3PD9A 4IY6A 2A5TB 1HSEA 3OD7A 3I3VA 5FHNA 1M5DA 1FCKA 4RA1A 1NMUA 4OEUA 4FEBA 1YCJA 3IOTA 5TP9A 1VFDA 3K2DA 4PP0A 1VR5A 3N6TA 2Y7KA 1PB9A 1N84A 5ICTA 1L5TA 4F31B 3PUWE 3DELB 3QXMA 1URDA 4F1UA 1NNTA 3DP6A 4F3GA 2DP8A 3MVYA 2PT2A 4NF6A 3FD3A 3KOTA 4U4SA 1Q1KA 4X9TA 2O1MA 5H8HB 4ND9A 2OJTA 3RQTA 3CI8A 3MVXA 1N3WA 4N07A 3OMBA 4R9GA 2W7YA 2H5YA 3HCQA 2R9JA 1H3DA 3TCHA 1QUJA 2ONSA 3EQ1A 2E0SA 4OFJA 1IXIA 4U23A 1MY0A 2PBWA 1Y1ZA 2QMWA 5CI5A 5L9SA 4P0GA 4R6HA 3TELA 2OCUA 4KD5A 4GF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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