4YMBA

Structure of the ligand-binding domain of gluk1 in complex with the antagonist cng10111
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
254
structure length
252
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-Activity Relationship Study of Ionotropic Glutamate Receptor Antagonist (2S,3R)-3-(3-Carboxyphenyl)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
total genus 80
structure length 252
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA02
2O1MA 1D9VA 1MH4A 3WAEA 3G3FA 5CBSA 2DXRA 1MDP1 1FQBA 4GWOA 3VLWA 1JW1A 5AA3A 2HQ0A 3FVKA 2H98A 2KLFA 3PPQA 2YPNA 1DMBA 2F6GA 3IB0A 4LP2B 4C1UA 2P2AA 5TU0A 3E4RA 4OERA 2UYEA 4DLDA 3TELA 4NF8A 1P1OA 2D5WA 3GZGA 3DP8A 3MVWA 1URSA 2ZNSA 4OMBA 1XVYA 1B05A 2BJJX 1Y4TA 1MRPA 4BDQA 4C1TA 2Z8DA 3KEIA 2I58A 3WAFA 3S2VA 4PQJA 2I48A 5KCJA 3CSGA 5L8DA 4I1DA 3FJ7A 3CSBA 1PB7A 4HTGA 4GF8A 1MXVA 5IAIA 5DTBA 1LB8A 4DDDA 1JVYA 1B3GA 4LATA 1JVXA 1SI0A 4PFTA 1TXFA 1TT1A 5J1DA 1D3KA 2F7AA 3GXAA 4U4SA 4BDMA 3C35A 2NVUB 2Y7IA 4Z7EA 4X1BA 4DCXA 1H76A 4K3FA 2QMWA 1EH3A 5A5XA 3BKIB 3IORA 4JBZA 3VDFA 3K1NA 4M4GA 3VVEA 4MFIA 1A8FA 4FATA 5AA2B 1NNKA 1Y3QA 3IOTA 1B1HA 1OVTA 5I56A 1Y1ZA 2ZMBA 4OFLA 5EHSA 3TUSA 1WVJA 2XXRA 1WDNA 4NTLA 3HSTA 1B7HA 3EPEA 3Q25A 3K1PA 4IO3A 2AIXA 2IEEA 2HAVA 2QS1A 2V84A 2XXTA 1FQDA 2PMSA 4G2ZA 4JDFA 4DZ1A 3TZAA 4RK2A 4ZZEA 2G93A 3KJ7A 1IITA 4G68A 3S4UA 2Z8EA 3FASA 4EXKA 1CB6A 4U1OA 5CRYA 4XKRA 3EHTA 2A5SA 1TFAA 3HHGA 2AL5A 1Y4CA 1PC3A 1MH3A 1PB8A 1QW0A 1MXZA 3N5LA 4H8IA 3PMWA 1UTHB 3LUYA 4LQ2A 1BKAA 3E3KA 3TODA 1PB9A 4G77A 1US4A 4YZZA 3TCFA 4R2FA 1SYIA 5I84A 3PUVE 4NMYA 3G3JA 5FHMA 2Q88A 1VR5A 2M8CA 1M5BA 4NF5B 4YB6A 3MPLA 4QFKA 5I58A 2P0SA 4E0WA 5HBCA 1LSTA 3R6UA 2CZLA 1Y3NA 4NF4A 3C32A 1EZPA 4I62A 1QKAA 4P0GA 4OXVA 1F9BA 2QS4A 4JB7A 4H8JA 2DVZA 1MXUA 5CMCA 3ILTB 1R9QA 3TYHA 3V5AA 3TQLA 4GOTA 2CMOA 1UIUA 2B3FA 3TTNA 3MVZA 5H8NA 2ZYMA 2Q2AA 4OYVA 3FXQA 4F19A 4KQPA 4HW8A 2I4BA 4GQOA 1ATGA 4F39A 4G68C 1OMPA 3OO7A 1LFGA 3BBRA 3VVDA 2NUVA 4WXJA 1BLFA 1QUKA 1B46A 3IB1A 4R73A 1B9JA 3VVFA 1PEBA 4R9GA 1SYHA 2W7YA 4EQ9A 3DELB 3U94A 3KJTA 1GV8A 4YMBA 1ZMGA 3RLFE 3L6HA 3U72A 2ABHA 2XD3A 5H8SA 1XHYA 5ICTA 3KFMA 3M3LA 1B5IA 4LONB 4BLAA 2QPQA 5F1QA 2R71A 4DE8A 1JEUA 4KYEA 4ND9A 4XKQA 5JEIA 2QRYA 2ZYKA 2HXWA 2OJTA 3K1MA 1XC1A 3OO6A 5HM4B 3TTLA 2QS2A 2XXQA 5I59A 1ELJA 3FVOA 2QS3A 1LCTA 2DS9A 5I2NB 3EHUA 4YICA 1II5A 2XX9A 4QSCA 3M8UA 1N0TA 2DE2A 1B58A 5DVFA 5AA2D 4I9DA 1NH7A 4O3BA 2QJEA 5I2KA 2H99A 3B6QA 4OETA 4OWDA 4LQ5A 3FZVA 2OZZA 1IUDA 3CVGA 1ZJLA 4LZ7A 2A5TB 2ONKE 5H8FA 4Q30B 2XXXA 3TDJA 4XTCQ 2V93A 1BIYA 2FA7A 1N04A 3RQTA 1JQFA 1MXWA 5H8HB 1B5JA 1A7LA 3SEUA 3SEVA 3VE1B 3ODBA 4ZEKA 3O6IA 4F29A 3RNNA 2G29A 1J1NA 3PUWE 1RYOA 4IY6A 2DWHA 3H6VA 4YB5A 1YTVA 2PT1A 1Y1MA 3ZKLA 1IXCA 4NF6A 2H25A 3MVXA 1SW1A 3VXCA 4BDLA 1EZ9A 4U23A 3EHSA 1HSJA 3E9XA 1B6HA 1JNFA 4EF1A 3OO8A 3T66A 2H4IA 1B7ZA 3QK6A 2Q2CA 2Y7PA 3ZSFA 5CBRA 4AB5A 4F2QA 2DSFA 4TLMB 1H3DA 3O2AA 3LSXA 3VLVA 2E0SA 4NEDA 2Y7RA 3SETA 4UA8A 1MXXA 3MPKA 2I3WA 2WKYA 3SEYA 1LFIA 1LGBC 2D3IA 2ESNA 3ECRA 4KI0E 1POTA 4U2RA 2F34A 1B32A 3D4GA 4JXIA 4F1YA 2UVHA 1GGGA 3DLNA 2UVGA 5KDTB 2O68A 1SDXA 4FE8A 4OESA 5BUUA 2X7PA 5JTYA 5F7VA 1BP5A 1RKMA 5L9SA 1B3HA 2O7UA 3USDA 3O9PA 3PMVA 3U92A 1NH8A 5DEXB 3OSRA 3OSQA 4F3SA 1IXHA 3BFUA 3PGFA 3S9NC 3F11A 4ZEBA 4GRKA 1DTGA 4DIGA 4C0RA 3IL1B 2REJA 5TPAB 1P1QA 4TLLB 3LC8A 2RCAA 3KOTA 4F3PA 4ELOA 2OWTA 4Z0IA 5AA1A 3TKDA 4H65A 4H0WA 2Z23A 3IK6B 4PFYA 3U8QA 3LR1A 4OHNA 1Y3PA 3EF7A 4ZZAA 3VFJA 4FORA 3W15C 1XT8A 2DVCA 4QRZA 4BDNA 3HO7A 1OIBA 4IO6A 4XXUA 3CFXA 3KN3A 5ITPA 1AOVA 4M1VA 3SDFA 3H6WA 4QFLA 3C9HA 5L9MA 1AIVA 1MG1A 4Q8RA 4X9TA 2X7QA 3VV5A 1N84A 4KYSA 3C33A 1JW4A 1QVSA 4NF8B 2ALUA 4TOZA 2I4CA 2NXOA 3FUZA 5EYFA 4H6DA 1FTKA 3U1OA 5B70A 1MM6A 4AB6A 2I6EA 1VSOA 4RYAA 1MQDA 5BWJA 5KCJB 1SD3A 4JWXA 1OVBA 4Q5TA 1TFDA 3IOWA 3A09A 1AH5A 2PT2A 2HEUA 3T9VA 4GFRA 1CE2A 3CG1A 3MP6A 1Z7NE 3O28A 3KSXA 3QSLA 3K4UA 5FTIA 1YPNA 3L6GA 5H8QA 1BTJA 3CIJA 2DWAA 5FHOA 3N6TA 4JWYA 3IOUA 5A5XB 2H5YA 3M3FA 1MQHA 4DCYA 4GD5A 2Z8FA 1NL5A 1N7WA 1VFEA 2O84X 4Q0CA 4NWDA 2Y7WA 5I56B 3VXBA 2O6AA 3UIFA 1NNPA 4R6KA 4OZ9A 2DXYA 2DE3A 3TAJA 1IXIA 1DOTA 3TTKA 1OLCA 3VLUA 2F7BA 5LOMA 3ZS6A 4XKNA 4ZE9A 4G68B 1B4ZA 4LA9A 4LZ5A 3I3VA 2ANJA 3P7IA 4N13A 4ECFA 1FTMA 1M5FA 2ZXTA 4TQUQ 4FEDA 2DWIA 4PFUA 2DYXA 1XOCA 4GL8A 4QF9A 4BDRA 4QHQA 3ONMA 3OENA 4KYDA 4JSDA 4G8NA 3RN8A 2RF1A 3E13X 1B2HA 4P11A 1HSLA 3TTRA 1B52A 5TP9A 3B6WA 3EQ1A 3UN6A 1A54A 3V83A 1XS5A 2LAOA 4IO2A 1QJMA 1FQCA 3MJNA 1GR2A 4N07A 2ONSA 3O6GA 4NE4A 3K6WA 2OCUA 3UK4A 1VFDA 1AMFA 1LBBA 3LSWA 3I5OA 3DM0A 3QUJA 1I6QA 5DVJA 1MQIA 5I58B 1LCFA 4IO7A 4YAHX 3QIMA 5L9OA 3H6TA 4NF4B 4ZE8A 4EQBA 2P1SA 4ESXA 1Y20A 5AA4A 1TWYA 3OO9A 3LSLA 4U22A 2UVJA 5ICQA 2Y84A 2XXHA 1EZOA 4JWOA 4FAJA 1D9YA 5DT6A 2F5XA 4L17A 5H8NB 1B0LA 1GVCA 1MQJA 5B7DA 1R9LA 4FEBA 3D4CA 1LAXA 3CG3A 1FQAA 2DQVA 1UTBA 1D4NA 4ZDMA 3I6VA 2GRVA 4QFPA 2DP8A 3PUXE 2REGA 2GH9A 4G4PA 4O3CA 3RGYA 2RKMA 4IGRA 3C34A 1P1NA 2O1LA 1A55A 2OBGA 3FIRA 3ZKKA 2QSXA 3RY3A 2GHBA 3IX1A 3FXUA 4IO5A 1FTLA 4KHZE 1YCJA 3PUZE 4GL0A 1H45A 3FJMA 1JW5A 4JSOA 2HFBA 2XXWA 4HCYA 2R9JA 4YMAA 3O66A 3K0VA 4R6HA 2F35A 2V3TA 3S9EA 3SERA 3RUMA 4IO4A 3G3IA 4GLIA 3MUQA 4F1UA 3OEKA 4F3BA 4XKPA 1JEVA 2Z22A 1US5A 1DPPA 1IZ1A 4IGTA 3FV2A 3UP9A 5I59B 2HAUA 2QL3A 1MY3A 2V3QA 4IY5A 4POWA 4KD5A 3MP1A 2VP1A 4R6YA 2ONRA 4AQ4A 1USYH 3H4ZA 4ESWA 4U1ZA 2NOOA 2UVIA 1NMUA 2XD2A 5I2KB 2HZKA 1ZU0A 2VHAA 5CI5A 2XX7A 3K00A 4DXBA 1RYXA 1O7TA 2ZNUA 2QMXA 4RY1A 1M5CA 3HCQA 2PBWA 3OEMA 5H8FB 1DPEA 3FJGA 2XXPA 3FXRA 3G3GA 2F7CA 4LVQA 4F18A 3RPWA 2I49A 3N26A 3PD9A 3CRBA 3RT6B 2ZYNA 3T96B 4YKIA 1T0KA 2NWJA 1IIWA 4R2BA 2F36A 5M2VA 1QUJA 4WEPA 1ZKBA 4O3AA 4OENA 2GFEA 4NF6B 4YKPA 4ZEIA 4ELQA 1PDAA 3MBPA 2F8DA 2F97A 2VGQA 2HCAA 1R6ZA 3Q27A 3MAMA 3SEWA 1H44A 3O97A 4RNSA 3Q28A 3GBBA 3TMGA 2RINA 1NKXA 3G3KA 1O64A 3O29A 3T9HB 4LUBA 3K2DA 2YJPA 5FTHA 1B3FA 3SEXA 2D21A 3N6UA 3IJXB 3FVNA 4MLQA 3KN8A 2XX8A 3JV9A 2Q9TA 5I57A 1IEJA 1QULA 4YKJA 2AL4A 4YB7A 4ELPA 1A99A 3A3CA 2V3UA 3KZGA 5CC2A 1Q35A 4G8MA 3TFLA 3QAXA 4G8HA 1LFHA 4YU0A 3G3HA 4R75A 4H1XA 1LBCA 2FNCA 2Q8JA 3K6XA 3THIA 5AA2A 3HHFA 3MW0A 5DVIA 4THIA 4MLVA 4IB2A 1EU8A 3Q29A 5ISUA 4BDOA 2ZNTA 1MQGA 5JTYB 4H5FA 3S9LC 4F22A 3M3KA 1SVXB 4NWCA 3HPIA 2FYIA 1DSNA 2PYYA 3IO4A 3K6VA 2RC7A 4WKMA 4LZ8A 1NNTA 1OQGA 5I57B 4KFQA 5CM6A 3DP4A 2OK2A 3PPNA 4R9FA 2V25A 5K2XA 1B51A 4HS7A 1I69A 3PD8A 3FV1A 3SKPA 2PX1A 1UQWA 3RT8A 1SW2A 3UGWA 1FTJA 4EUOA 1N3XA 3R7XA 1M5EA 2XXYA 2O69A 2B65A 3IAZA 2XXUA 3H3GA 1R1NA 4GXAA 4FJPA 1UTHA 2UYFA 4ZEDA 2IA4A 3KGCA 1B0HA 5ELVA 3W9WA 4F3GA 3FD3A 3FGSA 1ZLQA 2R6GE 5IKBA 3AXFA 3B6TA 1WODA 1YAEA 5KZTA 1SBPA 4ZS9A 2PVUA 2XXVA 4NF5A 1Y9UA 1URGA 4MH5A 3TQWA 1PBQA 5JK4A 1FQFA 3MZBA 3TCHA 2F78A 4MF3A 2VD2A 1N3WA 3FVGA 4ZECA 1GTKA 3QUFA 3K6UA 4OTEA 1P99A 1QKBA 2B3BA 3CFLA 1NNFA 4KCDA 3MC2A 4DXCA 2OLBA 4KR5A 3IOVA 4QFNA 4RK9A 3U93A 3S9MC 1KWHA 4QSDA 2RC9A 2O7IA 4ONYA 1LAHE 1O63A 2Y7KA 3C4MA 2ZYOA 4POXA 1FTOA 1FQEA 4OFOA 4KCCA 2UXAA 1B40A 3QXMA 5H8QB 3TTMA 5ITOA 3A3UA 4UACA 2E1SA 1VE4A 3KN7A 3GLBA 3LBSA 1POY1 1USYE 1SW5A 4GXSB 3MP8A 1B3EA 2Q89A 4I8CA 1OQHA 3JZJA 1B1XA 1S9TA 2X26A 4YKKA 1PBPA 5HPQA 1LAGE 1M5DA 3EN3A 1B3LA 1MPBA 3C31A 1OLAA 3MQ9A 3DP6A 2O51A 4WEDA 4RA1A 1LAFE 4R74A 3QYTA 3OMBA 2GHAA 3OOAA 3MZ9A 4FIMA 1P1UA 4P0IA 3GBAA 1ZBMA 4HCWA 3KOSA 3V89B 3MVYA 1MPCA 1MY0A 3ILUB 4H67A 5I2NA 3FATA 4QFOA 1SW4A 4RPNA 3PUYE 1NFTA 1IXGA 4F31B 1A40A 3CI8A 3R26A 1S50A 3H03A 3CR9A 3PPPA 4FECA 3G7WA 4RXLA 4QSEA 3UORA 3UA8A 3T9XB 2A5TA 2F6PA 4OFJA 4PETA 5CMMA 4OEUA 5TP9B 3CFZA 3IR1A 2DWJA 3KG2A 5DYHA 4GIZA 2XHDA 3H06B 5H8HA 4U21A 2AYSA 3K02A 4X1DA 2I3VA 1LLSA 3K01A 1B5HA 1JETA 1H43A 3HV1A 1UIVA 3PPOA 1SQYA 1QUIA 3HN0A 2VOZA 3T9UA 1HSEA 3SESA 3TEPA 4OVJA 1B7UA 5AA4B 3RTFB 2I0BA 2XXIA 4ELRA 1N76A 5CMBA 1URDA 4F1VA 2RC8A 2DOJA 1ZIUA 3T93B 4EDPA 3IO6A 2HZLA 1MDQA 3IB2A 1MY4A 4R72A 3TPAA 3V8XB 1MPDA 1P1WA 4OQOA 1B4HA 1I6AA 2RCBA 1UTBB 4RJZA 3T22A 3BFTA 2DE4A 1MY2A 1LB9A 1IQ7A 4F2OA 3PPRA 1MXYA 3PU5A 5K2YA 1XVXA 3JYRA 5CMKA 4X48A 3LSFB 3RTWB 1Z7ME 3W9VA 5FHNA 3KBRA 2VD3A 1ZTYA 1MS7A 1I6BA 3MZ1A 1N7XA 2OWSA 4ISUA 4PP0A 3IJOB 4RPOA 3PMXA 1A8EA 3OD7A 5KDTA 3MWBA 4PE5B 1Q1KA 1AL3A 4EXLA 1ANFA 3O6HA 2I0CA 4GVOA 4MBPA 1L5TA 5DEXA 4DXUA 3OXNA 3H6UA 2YLNA 3H7MA 1SI1A 3N94A 5AE4A 4OEVA 1DTZA 4EF2A 4E0XA 4EQ7A 4U4XA 5TPAA 3B7DA 5EHMA 1MY1A 4XIGQ 3PV0E 2THIA 3Q26A 4H5GA 1MM7A 4ZEFA 3TCGA 4PFWA 1FCKA 2H9BA 3C36A 1S7YA 3OELA 4KPTA 3KSJA 1FW0A 4N6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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