4YMBA

Structure of the ligand-binding domain of gluk1 in complex with the antagonist cng10111
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
254
structure length
252
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 1,Glutamate receptor
publication title Structure-Activity Relationship Study of Ionotropic Glutamate Receptor Antagonist (2S,3R)-3-(3-Carboxyphenyl)pyrrolidine-2-carboxylic Acid.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 80
structure length 252
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ymbA02
3S9LC 4G8MA 4GF8A 4NEDA 4XIGQ 1XOCA 3D4CA 4NE4A 2NUVA 2A5TB 1UTHA 4NTLA 1AOVA 3T9HB 4X9TA 3QSLA 4FORA 5AE4A 1PC3A 4DCYA 2OLBA 3MWBA 1URSA 2XXWA 4NMYA 4G68C 1XS5A 3HV1A 1B40A 3IOTA 2UXAA 3FXQA 3SETA 4NF5B 4YKJA 1QUIA 2XX9A 3IAZA 1P1OA 2B3BA 3TTKA 3A3CA 1DTZA 3Q28A 2V25A 2G29A 1IUDA 2UVIA 1Y1ZA 1H43A 5CM6A 2CMOA 1FQCA 4LQ2A 2ONSA 3VLVA 4GWOA 3M3FA 5K2XA 2VD3A 2HZLA 1XVYA 4QHQA 2O68A 1M5FA 1II5A 3O6HA 2YPNA 5K2YA 1ATGA 4IO5A 4Q30B 4MFIA 5I2KB 2PVUA 1ELJA 5I56A 3MBPA 2R6GE 4G2ZA 5ICQA 3CFXA 4XKPA 3OSRA 3V83A 3IORA 2I0BA 4QSCA 3DLNA 3WAEA 3O6IA 3N5LA 4IY5A 2H5YA 2O7UA 2QS4A 4PFWA 4RJZA 5I58B 1O64A 2WKYA 4QFOA 3ZKLA 1US5A 3VLWA 4QFLA 4E0WA 2UYEA 4N6PA 4GL8A 4POWA 2QS2A 1TT1A 4C1UA 3PUYE 1UTBA 2B65A 4HTGA 2DP8A 1Z7ME 1MQIA 4N13A 2E0SA 3FGSA 4F31B 2Z8FA 3S9EA 2D5WA 4JWOA 4QF9A 2Q88A 1MRPA 2OJTA 4TLLB 4IO3A 1MM6A 3PMVA 3S4UA 4ZEIA 4YKPA 3QIMA 2UVGA 4KYDA 5H8HA 1B52A 1A54A 1N3XA 4F39A 4GRKA 5TPAA 1LB9A 1Q35A 3PPPA 1IEJA 4KQPA 4R6YA 4F1VA 1I6BA 3E3KA 1A99A 2M8CA 3OSQA 1VE4A 3R26A 1LSTA 3KJTA 1UTHB 4IO4A 2PT1A 2NOOA 4F2QA 1NH8A 1P1NA 2AIXA 1XVXA 1MQGA 3TAJA 1QW0A 3TQLA 5IAIA 3MAMA 3FJMA 1M5CA 1SQYA 3UN6A 4JXIA 3IOUA 1URGA 1FTOA 1M5BA 3C33A 2XXPA 1J1NA 2DOJA 3OENA 2QMXA 1B5HA 3VLUA 1BP5A 3SKPA 1JW1A 5BUUA 5CMCA 5CI5A 1EZ9A 3N26A 5L9MA 4Z7EA 3VXBA 4R2BA 3S9NC 4GXAA 3F11A 4K3FA 2RC9A 1N7WA 4PQJA 5EHMA 3BKIB 4L17A 3PMWA 4LZ5A 2PYYA 4OWDA 3FJGA 1SW5A 2XXYA 2F5XA 3C32A 1B4ZA 1MM7A 2XXXA 4HS7A 3O29A 1B51A 2BJJX 3K01A 3W15C 2DE4A 2V93A 4OTEA 3K1PA 4U2RA 4H1XA 4C0RA 2XXTA 1Y1MA 1LBBA 2VOZA 1IQ7A 4PFUA 4RXLA 3H6TA 2H4IA 4NF4A 4LUBA 3T93B 1SVXB 1PB7A 3O6GA 2Q8JA 3Q27A 3IO4A 3Q26A 5FHMA 1A55A 4YB6A 3H06B 5I2NB 2HFBA 2I3VA 3VVEA 3IL1B 1LFGA 4BLAA 3IK6B 1N84A 4EF1A 2Z8DA 4FE8A 2F97A 3FVOA 2H9BA 3L6HA 1UTBB 4OESA 3LR1A 4R9FA 2HQ0A 4YB7A 4C1TA 4I8CA 3ZKKA 3G3JA 3FZVA 3UA8A 1B1HA 4G77A 2GHBA 2ESNA 1VFDA 2RF1A 4O3CA 4ZECA 3KJ7A 3ODBA 3RTFB 2RC7A 2H25A 5H8HB 2AL4A 1I69A 1SD3A 3KSXA 4F19A 4RYAA 2Z23A 1A8FA 3TEPA 5TPAB 1HSEA 2XXQA 2X7PA 1PEBA 3Q25A 1Y9UA 1WODA 1P99A 1ZMGA 1B05A 4JB7A 4GXSB 1L5TA 4ZS9A 3DP6A 1GTKA 4OFLA 3B7DA 1GVCA 2UVHA 3K6VA 2OZZA 1B3FA 1URDA 1Y4CA 4ESWA 1ZTYA 4NF6A 4R6KA 1KWHA 4OEVA 3V8XB 4Q5TA 4BDRA 4E0XA 4H5GA 3CFZA 2ZXTA 3K1NA 2VP1A 2DWJA 4F1UA 2HAVA 3DP8A 2NVUB 4I1DA 3PGFA 5LOMA 3ECRA 5A5XA 4QSEA 4KCDA 3CIJA 4YU0A 3MP1A 1MY0A 3EHSA 4FJPA 1O7TA 1P1UA 3FJ7A 3H3GA 4DXCA 5H8QA 2V84A 3O97A 3K2DA 5EHSA 3QUFA 3E9XA 1P1QA 1FQFA 5L9OA 4X48A 2AL5A 3CFLA 1S50A 3VE1B 1MXZA 2Y7IA 2UVJA 4NF4B 4U1OA 4YMAA 4U1ZA 5HM4B 5IKBA 4DE8A 3KN3A 3IOVA 4ECFA 1GR2A 1SYIA 3I3VA 3T9UA 4MLVA 1LBCA 2RC8A 3U93A 4LQ5A 4XKRA 3JV9A 1JEVA 5L8DA 3SEVA 3IX1A 1LCTA 4WXJA 2DXRA 3USDA 3KN7A 3RPWA 2ZNTA 1WVJA 3RNNA 3TZAA 2NWJA 1M5DA 3FXUA 2B3FA 3HHFA 1Y3NA 2H99A 2XXIA 3WAFA 2Q89A 3KG2A 4FEBA 3HCQA 2XXHA 5AA2D 2QPQA 4MBPA 5FTIA 3PMXA 2I3WA 1B46A 3U92A 1DSNA 1YPNA 4DXUA 3TUSA 4RNSA 3OO7A 2QS1A 1OMPA 3TCFA 3N94A 2O69A 4PE5B 4FEDA 1MQHA 4RY1A 2A5SA 1PDAA 1EZPA 1I6AA 1H76A 4X1BA 3CVGA 3O66A 4ZE9A 4UACA 1FTLA 1PBQA 1B58A 4ZDMA 4GL0A 5AA2A 3M3LA 4JSOA 1D4NA 3PPNA 2GH9A 3N6TA 3ILUB 4N07A 4U4XA 4IO6A 4BDMA 2Z8EA 3KEIA 1B6HA 3LBSA 2OWTA 3EPEA 1MXYA 3DM0A 3CSGA 2DVCA 3K6WA 1UQWA 1H44A 4KD5A 1B7UA 1LGBC 4FECA 5CMMA 3MW0A 3KGCA 4TLMB 3UK4A 1VFEA 4QFPA 3KZGA 1EH3A 3OEMA 4OQOA 1NNFA 1Q1KA 4HW8A 4NWDA 2OBGA 3ILTB 2QL3A 3FXRA 1OLCA 3QAXA 1B1XA 3IJOB 1Y3QA 1OLAA 2DWHA 5JTYA 2E1SA 1FW0A 2O6AA 1ANFA 1AL3A 2XX7A 3HO7A 4QFNA 5ITOA 4U4SA 4MLQA 1B7HA 5DVJA 3MZBA 4LVQA 2IA4A 2Q2CA 4YICA 4U22A 3QUJA 2F7AA 4IY6A 4PETA 4AB5A 1AMFA 5KDTA 4EXKA 3TDJA 1RYXA 1DTGA 1B3GA 4OEUA 4RPOA 1BIYA 1MXVA 1NNTA 1MS7A 4OHNA 3E13X 1NL5A 3MUQA 1IXIA 5CC2A 1PB8A 3O2AA 1ZU0A 3RTWB 4KI0E 2Q2AA 1USYH 1R9QA 1F9BA 3BBRA 4PP0A 4DXBA 3B6TA 1R6ZA 1LAGE 3MP6A 5FHNA 4BDOA 3P7IA 4KHZE 2W7YA 4XTCQ 5B7DA 4DDDA 4R6HA 1JVYA 3H03A 4LONB 3MZ1A 3CI8A 4R75A 5H8FA 3LSLA 4Z0IA 4U21A 1XC1A 4OERA 1QKAA 3KBRA 3SDFA 4ELPA 2P2AA 3K6UA 1MY2A 1FQEA 3T9VA 5AA2B 3H4ZA 2V3QA 1N04A 5TP9A 5I56B 1YTVA 4ELRA 5ISUA 3PPRA 4XKNA 3KFMA 3UORA 2QRYA 4BDNA 1B9JA 3I6VA 1P1WA 2O1MA 2Y84A 4F18A 1NFTA 4GQOA 1SW1A 3G3HA 1EZOA 5DYHA 5KZTA 4AQ4A 3U94A 5H8NA 3OXNA 3HSTA 2V3TA 4BDLA 5J1DA 4QFKA 1POTA 1N76A 3V5AA 5CBRA 2QS3A 3VVFA 4GFRA 1AH5A 4KFQA 2Y7RA 3LSFB 3G3GA 3H6UA 4IO7A 4F22A 3MVXA 5FHOA 4EXLA 3L6GA 4QSDA 3W9VA 2DYXA 3FD3A 3MPKA 5JTYB 4DIGA 3VXCA 1MQDA 2F35A 1Y4TA 1IXGA 4GOTA 4THIA 4LZ7A 3VDFA 4O3BA 3RLFE 3GZGA 2D3IA 1N3WA 3THIA 4LA9A 1CB6A 1FCKA 3I5OA 4YKIA 4OFOA 1OVTA 1FTJA 2P0SA 1A7LA 2HAUA 3LSWA 3IB0A 4H6DA 2F6PA 5KDTB 1ZJLA 1US4A 1IIWA 3SEYA 4MH5A 1Z7NE 3HN0A 3LSXA 2VHAA 2ONKE 4ZEKA 5EYFA 4M1VA 3M3KA 1OIBA 5F7VA 2I49A 1M5EA 3SEUA 4ZEBA 2LAOA 3FV1A 3EN3A 5F1QA 3DP4A 3T96B 4F3PA 3VFJA 1SBPA 5AA4A 3GBBA 4LP2B 2RKMA 2F34A 4GLIA 3FV2A 4RA1A 4WEPA 3GXAA 1T0KA 5H8FB 3G3KA 1TFDA 2XD2A 4GIZA 3C34A 2Y7KA 5ITPA 4P0GA 4AB6A 1I6QA 2ANJA 3PUWE 3JZJA 1JNFA 3ZS6A 1SW4A 4R73A 3G3IA 4H65A 5HPQA 4OENA 5TP9B 4OYVA 1SYHA 2O84X 3QK6A 1YAEA 4BDQA 3V89B 5I59A 5HBCA 2R71A 3OO9A 4EQ7A 5I57A 2O7IA 4R74A 4EQ9A 3LUYA 2HCAA 4O3AA 2Y7WA 2YLNA 4PFTA 3IB2A 1O63A 5CRYA 1B5JA 1MQJA 5DVFA 3ZSFA 3FVNA 4P0IA 3ONMA 1ZIUA 5H8NB 3S9MC 4G68A 3FATA 3OO8A 3RN8A 3TCGA 3G7WA 4I62A 2F7CA 3PUVE 2DSFA 3T9XB 1MY4A 3RT6B 3MQ9A 1HSJA 3KOSA 1MPBA 3PD8A 5L9SA 4KYSA 4POXA 4ESXA 3U8QA 2F8DA 4YKKA 3SESA 2FNCA 4F2OA 2QMWA 1FQAA 1AIVA 4DCXA 2HEUA 3H6VA 2RINA 4NWCA 3B6WA 1USYE 4PFYA 2ZNSA 5ELVA 4QRZA 2PT2A 3C31A 1FTMA 1BKAA 1MY1A 3SERA 1EU8A 3K4UA 5JK4A 1IZ1A 1QVSA 3GLBA 3FIRA 2Q9TA 3C36A 1B4HA 1MXXA 1NNKA 2H98A 3AXFA 3OELA 4XKQA 1R1NA 2D21A 2Z22A 2IEEA 1FQDA 3W9WA 5JEIA 1XT8A 1QUJA 1LFHA 1MPDA 1IITA 1ZLQA 2UYFA 2Y7PA 1ZKBA 4TQUQ 4NF6B 2GHAA 2F6GA 2YJPA 1PBPA 2AYSA 1N7XA 2PBWA 1JVXA 3FVGA 5AA4B 3K00A 4H8JA 3C9HA 4R9GA 2OCUA 1QKBA 4RPNA 1NKXA 5A5XB 3N6UA 2PX1A 3UP9A 2OWSA 4OMBA 2FA7A 2DQVA 1RKMA 3FUZA 4KYEA 4DZ1A 1TFAA 3MC2A 1MY3A 2XXRA 1IXCA 1MDP1 4KCCA 2DWAA 4ISUA 4EQBA 5H8QB 1N0TA 4WKMA 4KR5A 2X7QA 3QYTA 3TELA 1ZBMA 1DPPA 2RCBA 5AA3A 3T22A 1B0LA 1JW5A 1B3LA 3PUZE 2VGQA 2O51A 5I2NA 4YAHX 1POY1 3M8UA 5I59B 5AA1A 2DS9A 4YMBA 4JSDA 4XXUA 5I57B 1NNPA 3OMBA 1B3EA 3UIFA 4OFJA 3KSJA 4Q0CA 1SW2A 4ELQA 1OQHA 1DPEA 4EUOA 4HCYA 1B2HA 4G68B 1LFIA 3A3UA 3MP8A 1OQGA 3BFTA 2G93A 3IJXB 2F78A 3KN8A 3E4RA 4ELOA 4U23A 5FTHA 4JDFA 3HPIA 2HZKA 4FAJA 2I48A 1JETA 2DXYA 2ZYOA 5DEXA 3RGYA 5H8SA 3CRBA 3H7MA 3MVWA 3IR1A 4IGTA 2QJEA 1B0HA 4UA8A 1FQBA 1GV8A 3EF7A 2ABHA 1XHYA 1GGGA 3CG1A 5CMKA 2ZYMA 3BFUA 3K6XA 3OO6A 4IB2A 4I9DA 1MH4A 3MVZA 4G8HA 1YCJA 3K02A 5I84A 2R9JA 5BWJA 4JWXA 3OD7A 4H5FA 3RQTA 4H0WA 5CMBA 2ALUA 5KCJA 3LC8A 4HCWA 4M4GA 2P1SA 3EHUA 1LLSA 1NMUA 3PU5A 1QUKA 2QSXA 3C4MA 1DOTA 1B3HA 1S9TA 4DLDA 1JEUA 4ONYA 3GBAA 4P11A 3JYRA 3PPQA 4OVJA 3CR9A 1H3DA 5DTBA 3R6UA 4ZEDA 3QXMA 3PUXE 3R7XA 4YZZA 4YB5A 1Y20A 2THIA 3TTMA 1MDQA 2XHDA 4OXVA 3TCHA 1WDNA 3K1MA 3VVDA 2GFEA 4ZZAA 3TTNA 3TFLA 3TTRA 1CE2A 2I4CA 2DE2A 1MPCA 3CG3A 4F1YA 4MF3A 4H67A 4F3GA 1D9VA 3CSBA 3IB1A 5TU0A 2DE3A 3TODA 1VR5A 4KPTA 3O9PA 3IO6A 4R2FA 3MJNA 3B6QA 4NF8A 3U1OA 4F29A 1SI0A 3PD9A 1BLFA 4ZZEA 4G4PA 3A09A 2I0CA 3FASA 1A8EA 4JBZA 3EQ1A 2XXUA 2X26A 3MVYA 1OVBA 1B32A 4RK2A 3TTLA 4ND9A 1LAXA 3OOAA 3RT8A 2ONRA 3MZ9A 3U72A 1FTKA 1QULA 3IOWA 2XXVA 5CBSA 2A5TA 2V3UA 3DELB 5B70A 3SEXA 2REJA 3TQWA 3TYHA 4JWYA 3K0VA 1MXWA 4ZEFA 1LB8A 2ZNUA 4NF5A 3PPOA 1LAHE 1TWYA 4F3BA 1QJMA 5DEXB 2NXOA 3Q29A 2VD2A 1MH3A 1B5IA 1NH7A 4LZ8A 1H45A 1UIUA 4FATA 3RY3A 3T66A 2CZLA 1B7ZA 2DVZA 2GRVA 1DMBA 2RCAA 4F3SA 4LATA 1SI1A 5DVIA 1UIVA 3H6WA 4R72A 2XD3A 4X1DA 5I2KA 2KLFA 3D4GA 1LCFA 3G3FA 2I4BA 3S2VA 5KCJB 2HXWA 3RUMA 2OK2A 1D3KA 4EDPA 4H8IA 1IXHA 4FIMA 1RYOA 3EHTA 4IO2A 3TMGA 3FVKA 3SEWA 1Y3PA 1MXUA 2O1LA 4RK9A 1A40A 5M2VA 1BTJA 3MPLA 5I58A 3VV5A 1TXFA 2XX8A 3TKDA 4GVOA 3HHGA 2PMSA 4G8NA 3UGWA 4Q8RA 2I6EA 5DT6A 4TOZA 1PB9A 4WEDA 3O28A 1D9YA 1MG1A 2FYIA 5ICTA 4EF2A 2ZMBA 1JQFA 3PV0E 3OEKA 4OETA 2DWIA 4IGRA 1VSOA 2I58A 4NF8B 1SDXA 1LAFE 1R9LA 3C35A 1JW4A 3TPAA 2F7BA 2REGA 2ZYKA 4OZ9A 2ZYNA 4ZE8A 1S7YA 3KOTA 4GD5A 1HSLA 2F36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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