4ZEFA

Crystal structure of substrate binding domain 2 (sbd2) of abc transporter glnpq from enterococcus faecalis
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
ENLYFQGMKKITPKKEKYVIASDSTFAPFEFQNAQGDYVGIDVDLVKRAAELQGFTVEFKFIGFSSAVQAVESGQADGMVAGMTITDDRKKAFDFSVPYFDSGIQIAVKKGNDKIKSYDDLKGKKVGVKIGTESADFLEKNKKKYDYSIKYLDTTDALYSALEIGEVDAMMDDYPVIGYGVAQNQPLATPIPREKGGSYGFAVKKGQNPELLEMFNEGLKEMKRTGEYDKIIGTYVKDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of substrate binding domain 2 (SBD2) OF ABC transporter GLNPQ from Enterococcus faecalis
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Enterococcus faecalis
molecule keywords Amino acid ABC transporter amino acid-binding/permease
total genus 84
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zefA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zefA02
4G8NA 1URSA 2PVUA 5L9SA 4N6PA 4ZS9A 1PDAA 3CIJA 1YPNA 4WEDA 1H3DA 4R2FA 2UXAA 4OEUA 1M5CA 3PPQA 4HCYA 4PE5B 4I8CA 5CRYA 3KN8A 1B58A 4OQOA 2KLFA 4LQ5A 2FYIA 3Q25A 2P1SA 1LCFA 1JQFA 2Y7WA 3MVYA 1TWYA 2O68A 3FATA 1SW4A 2Y7IA 4C0RA 2OWTA 3U72A 3KBRA 1LFIA 1LBBA 2GH9A 5L8DA 1JW5A 1S9TA 4EQBA 2DWAA 1ZJLA 2F36A 4H65A 4ZEIA 3C33A 1B3GA 3QUJA 1QUIA 4THIA 1FQCA 4YICA 3TTMA 1H76A 1O63A 3BFUA 1QULA 4RA1A 4EQ9A 4XIGQ 4C1UA 4GVOA 4NE4A 1S7YA 4G8MA 4RY1A 3KJTA 4ECFA 5FHOA 2GRVA 4GF8A 1B5IA 3L6HA 2P2AA 3T9HB 3RY3A 1D4NA 1HSLA 3QUFA 1WDNA 2DE3A 2AL4A 4YU0A 4TQUQ 3ZSFA 4O3CA 1VR5A 2I4CA 2QMXA 4RJZA 3R6UA 1MG1A 3EHSA 5AA2B 1BTJA 1YTVA 4XKNA 2UYEA 1YCJA 1Q1KA 3K6WA 3DM0A 4YB5A 3QYTA 4PFYA 3HHGA 1Y1MA 2ZNUA 1LBCA 1JVXA 1N76A 3O28A 1AOVA 3RGYA 3ILUB 4EF2A 1B7ZA 1ZU0A 2O1LA 1H45A 4WKMA 3FVKA 4DXCA 4POXA 4DIGA 3H3GA 5KCJA 1XOCA 1LAXA 4G8HA 5DVIA 2PMSA 2DWIA 3JYRA 2V93A 2IA4A 4GIZA 1LLSA 1NH7A 1A7LA 1B0LA 2QPQA 1LB9A 3S9MC 4KYDA 2QS2A 4IO3A 3MQ9A 1P1WA 4XXUA 3K4UA 4R74A 1ELJA 1LAGE 1FQDA 4FJPA 2Q9TA 3KZGA 1PBPA 4H1XA 1USYE 3HN0A 2WKYA 2HQ0A 2O7IA 3DP8A 4R75A 5FHMA 4JWXA 2XXHA 4ZZEA 2XXRA 3G3JA 4FE8A 3TCHA 4LZ5A 1B52A 5ITPA 3QIMA 1QJMA 1M5BA 4Q8RA 1JW4A 3FGSA 3C35A 4ELPA 4JBZA 3GLBA 3EPEA 2OZZA 3LC8A 1ZBMA 3MZBA 2UVHA 3PGFA 2F34A 2XD3A 1TXFA 4H8IA 1M5FA 3LBSA 5LOMA 2QJEA 2QL3A 1HSJA 3TTNA 3FASA 3WAEA 2DS9A 4OENA 2ONRA 1GGGA 4QFNA 4BDQA 1NNFA 2XXIA 1ZIUA 5K2YA 3SEVA 1B7HA 1UIVA 3TCGA 1FCKA 5HM4B 3DP6A 1BLFA 4KYEA 4E0XA 4IO4A 4ZEDA 2OLBA 1PC3A 3THIA 3IO6A 2FA7A 1RYOA 4UA8A 5DEXB 1MPBA 1URDA 2ZMBA 4JSOA 5CC2A 2D3IA 1PEBA 3BKIB 4OTEA 2AYSA 4Q0CA 3EF7A 4R6KA 1MY1A 3OSRA 1P1NA 3CI8A 4LATA 1B5HA 1Y3QA 5CI5A 4QF9A 3UORA 1OQHA 5I2NB 1DPPA 5AA1A 1EH3A 1MQDA 2NVUB 5H8QB 4DDDA 1R6ZA 3PD9A 5TPAB 1IXGA 2RCBA 4BLAA 1O64A 1M5DA 1FW0A 1SD3A 4QSEA 4P11A 1VSOA 3EQ1A 2AL5A 1SVXB 1SW2A 2O69A 3OO8A 5DEXA 3KSXA 2G93A 5I57A 3RUMA 1UIUA 2X7QA 4QRZA 2F8DA 2F7CA 1MQIA 1SDXA 4R9GA 5JTYB 1B1XA 1DTZA 4R6YA 4M1VA 3FXQA 3LSFB 5H8NB 4UACA 3FJMA 1FQFA 2I48A 1L5TA 1VFDA 5I58B 4IGTA 3IB1A 1XVXA 1R9QA 1QKAA 3G7WA 4KD5A 3HCQA 2Z8DA 2V3UA 5I2NA 2OJTA 2QS4A 4Z7EA 3V89B 3CG1A 4L17A 2ZNTA 4IY5A 4ZECA 2OK2A 4KCDA 4PFWA 4U1ZA 3ZS6A 4U2RA 1AIVA 1B3HA 1B3FA 2E0SA 2O1MA 3RLFE 4IGRA 3UIFA 5CM6A 1IUDA 3WAFA 4XTCQ 1MY0A 1P99A 1Z7ME 1UTBB 1WVJA 4MLQA 1A99A 4ZE8A 4MH5A 5KZTA 1LSTA 3KEIA 1AMFA 2CZLA 5JTYA 1MQJA 3MP1A 1LAFE 2I0CA 1EZOA 4OESA 4OVJA 4NF5B 1URGA 1Y4CA 5I59A 5H8NA 4MLVA 1QUJA 4WXJA 2XXTA 5I58A 2NXOA 1NNTA 3H6UA 1MH3A 1N3WA 1B4HA 4RXLA 3O6IA 2F97A 1LFGA 4NWDA 1A54A 3RPWA 4YAHX 1PBQA 3Q29A 3E13X 3FVNA 3H06B 2QS3A 4EF1A 2DE4A 4FORA 3V5AA 4JB7A 3VFJA 4YMBA 2XX9A 2H5YA 2X7PA 3N5LA 4AB5A 4JDFA 4Z0IA 2XHDA 1N0TA 2X26A 4OYVA 5B7DA 1UTBA 3C31A 3IOUA 2B65A 4FAJA 2UVJA 1D9YA 2ZYOA 3OEMA 3EHUA 2DOJA 4EUOA 3O97A 5KDTB 1B51A 3O2AA 4NF5A 5H8HB 4EQ7A 1MXWA 1FQAA 4XKRA 4JSDA 3FUZA 4F3GA 3S4UA 3D4CA 4POWA 5L9MA 3CFLA 3OO9A 4ZEBA 4IO7A 1DSNA 3HHFA 4FEBA 5AA3A 3PU5A 3IB2A 1TT1A 2B3BA 4FECA 1SI0A 1SI1A 1XVYA 5DTBA 1N84A 3B6TA 3OENA 3SETA 1A40A 4YKIA 5ICQA 4ZZAA 2IEEA 1O7TA 2Y7RA 4R72A 1A8FA 1R9LA 2F7AA 3UGWA 3EN3A 4JWOA 4EXLA 3CFXA 4MF3A 2RC7A 2ANJA 3OO6A 3VLVA 3ECRA 2RINA 4OERA 4P0GA 2HCAA 2HAVA 2AIXA 5KDTA 2V25A 3C9HA 5H8HA 1MXXA 2F6GA 2QS1A 3CR9A 3LSWA 5CBSA 3RT6B 4F3SA 2PT1A 1Q35A 1B5JA 2UVGA 2REJA 1LCTA 1BIYA 3TKDA 3K00A 4GOTA 1QUKA 2BJJX 2ONKE 4ELOA 2HFBA 1N7XA 4PP0A 3FIRA 3TCFA 3OD7A 2VGQA 5L9OA 3HO7A 4RPOA 3N6UA 1US4A 1PB9A 1EZPA 4ND9A 1NH8A 3LR1A 2P0SA 3D4GA 4Q5TA 5H8SA 4QSDA 1N04A 4XKPA 1FTJA 2ZNSA 3S9LC 5J1DA 3G3HA 2YJPA 5TU0A 3ONMA 1J1NA 5AA2A 4N07A 1VFEA 4WEPA 4FIMA 1MRPA 4G68B 1MH4A 4FEDA 3K1PA 5CMKA 4DLDA 4AB6A 3QSLA 1B05A 4JXIA 3VVDA 4F1YA 3N94A 4OHNA 5H8FB 3FXRA 3Q28A 3CG3A 4GQOA 3OXNA 1B2HA 2XXUA 2F6PA 2HZLA 4ESWA 1XS5A 1CE2A 2NWJA 3KOTA 3M8UA 1EZ9A 1DOTA 2RC9A 1Y3PA 4F18A 4U22A 4R6HA 3PPNA 4NF4B 2O6AA 1I6QA 4F39A 2I4BA 3UP9A 4QHQA 1I6AA 2OCUA 1H43A 3K6VA 3TUSA 1ZMGA 4ZEKA 2VD3A 4F3BA 2ESNA 2F78A 1OVBA 3MW0A 2F35A 4TLLB 1IXHA 3OEKA 1B3EA 3I6VA 4G68A 4YB6A 4O3BA 4LVQA 3FV1A 2R9JA 1PB7A 2H99A 1B0HA 2D5WA 3PPOA 2NOOA 2OWSA 2XXYA 2YLNA 1NNPA 3PMXA 3S9NC 3DLNA 4R9FA 2RF1A 1MDQA 2RCAA 3UK4A 4E0WA 3PUYE 2DP8A 5IAIA 1MPCA 3KJ7A 2ABHA 3M3KA 3T22A 1Y20A 4ZE9A 3FD3A 3IB0A 1KWHA 4RYAA 2DSFA 3TFLA 1JETA 4BDMA 1USYH 3K2DA 3UA8A 4G68C 3VVFA 1P1OA 4NF4A 3LSXA 2PT2A 5F1QA 2H25A 4GL8A 3PMVA 3CVGA 3KN3A 3EHTA 3OELA 4YB7A 2RC8A 3JV9A 4I62A 4MFIA 1FTOA 2Q2CA 3G3FA 3I3VA 2VP1A 3K1MA 3SKPA 4KFQA 2OBGA 3K02A 3VXBA 1AL3A 3PUXE 3RN8A 3T9VA 4BDNA 2GHAA 1IQ7A 3MVZA 3FJ7A 2Q2AA 3KGCA 3R7XA 3N26A 3MC2A 3MVWA 3IOWA 4DZ1A 1Y1ZA 3C34A 4U4SA 4H5FA 3S2VA 3U93A 1T0KA 4ZEFA 3ZKKA 3H03A 1B1HA 3K6UA 4RK9A 1F9BA 5I56B 5AA4B 1NFTA 1AH5A 2O7UA 1B9JA 2XXPA 3HSTA 3PV0E 4BDLA 3M3LA 3KN7A 3LUYA 4RNSA 3QXMA 3HPIA 3MP8A 4F3PA 4F19A 4IY6A 5FHNA 1MPDA 3C36A 5EHSA 4F29A 4GXAA 1SW5A 4GRKA 4LONB 1SBPA 2A5TB 4NF6B 3RTWB 1MM7A 3IK6B 4GFRA 4OWDA 1LFHA 3PUZE 1GVCA 5DYHA 2XXXA 3H6TA 5H8QA 1RKMA 4KPTA 5AA2D 5FTIA 1Y3NA 3HV1A 1CB6A 4IB2A 5TPAA 3QK6A 3LSLA 4R73A 3RNNA 4DE8A 3PUWE 3KG2A 3SDFA 3FV2A 2DYXA 1Y9UA 4NWCA 3Q26A 1LB8A 5AA4A 2W7YA 3IO4A 3MZ1A 3T9UA 3O6GA 2H9BA 1QW0A 3TZAA 4U23A 3H6VA 3JZJA 4PQJA 3TQWA 2I6EA 1LAHE 2ZYNA 3A3UA 3Q27A 4U4XA 4RPNA 2LAOA 2XXQA 1IXIA 1B3LA 2Y84A 2A5TA 2G29A 4F2OA 1B32A 5I2KB 1B40A 1OVTA 2I3WA 4G77A 3B7DA 5JEIA 1S50A 3B6QA 3H7MA 2E1SA 2Y7PA 2Z8FA 3SEUA 1DMBA 1N3XA 4H0WA 5IKBA 1Z7NE 3CSBA 3PMWA 4BDOA 3OMBA 3SESA 4EXKA 2FNCA 2VOZA 4M4GA 5ELVA 3GBBA 3SEXA 1A55A 3MWBA 3T93B 3RTFB 5EYFA 5K2XA 4DXUA 2O51A 2DWHA 3CFZA 4N13A 4H8JA 1UTHB 4G2ZA 3P7IA 3VV5A 4YKJA 1B46A 3MZ9A 1ZKBA 2F7BA 2H98A 1I69A 4LA9A 1ZTYA 4YZZA 2ZYKA 3N6TA 1N7WA 4ONYA 1M5EA 2Q8JA 5B70A 3KFMA 3PPPA 1P1UA 3TYHA 4ISUA 5CMBA 4OFLA 5ISUA 1XHYA 3G3IA 2DWJA 4OFOA 5I2KA 2DQVA 3DELB 1P1QA 3SEWA 1JEVA 4RK2A 2ONSA 4TLMB 3VVEA 3OSQA 3U94A 1XT8A 4LUBA 5I84A 4OZ9A 4U1OA 4KQPA 2Z22A 1JNFA 1TFDA 4PETA 4ESXA 4NF8B 3IOTA 1OQGA 4NEDA 4GLIA 3K1NA 4IO5A 1B7UA 1II5A 3T9XB 3U92A 4OFJA 5EHMA 1SYHA 2I3VA 3E3KA 4HCWA 1GV8A 1UTHA 2HXWA 3B6WA 2V3QA 1IIWA 1PB8A 4F2QA 3MJNA 4LZ8A 3QAXA 5DT6A 4YKKA 3BFTA 3OO7A 3R26A 3VXCA 1QVSA 4F22A 4MBPA 2ZYMA 3U8QA 4F1VA 1GR2A 3PD8A 5KCJB 3W9VA 1LGBC 3O6HA 1A8EA 2O84X 1JEUA 3TODA 3FZVA 1H44A 1FQBA 3TTLA 5BUUA 1NKXA 4HTGA 3G3KA 3VE1B 3ZKLA 3MPKA 2HAUA 3H4ZA 2UYFA 1NL5A 3M3FA 2D21A 1FTLA 3T96B 4NF8A 3SERA 1MY2A 3SEYA 4GL0A 5CBRA 1NNKA 3MP6A 4O3AA 2GFEA 2XX7A 2V3TA 5CMMA 4C1TA 3ODBA 5CMCA 4DCYA 2VHAA 3USDA 1I6BA 3O66A 4PFTA 2DXRA 1IEJA 3C32A 2XD2A 1SW1A 5ICTA 1Y4TA 1IZ1A 1US5A 4ZDMA 4OEVA 3L6GA 2HZKA 3K01A 2V84A 1POY1 4OETA 1MY4A 3IJXB 3BBRA 1B6HA 3FXUA 4H67A 1MXVA 3KOSA 4KCCA 2H4IA 4PFUA 1OLCA 3W15C 5A5XB 1B4ZA 4YMAA 1BP5A 2QMWA 3TMGA 1RYXA 3GZGA 1OIBA 3A09A 3CRBA 1FQEA 3IAZA 4KI0E 4NTLA 3V8XB 3IORA 3MVXA 2VD2A 1NMUA 4P0IA 3TELA 1MXUA 4HS7A 4DXBA 3TTKA 4ELQA 2B3FA 1DPEA 2XXVA 4GWOA 3FVGA 3GXAA 4F31B 2YPNA 1ZLQA 2QSXA 3MAMA 3TPAA 1MY3A 2I58A 3DP4A 5H8FA 2PYYA 1ANFA 3FJGA 1GTKA 3IX1A 3FVOA 4QFOA 5TP9B 3RQTA 1IITA 4DCXA 4ELRA 2R71A 4AQ4A 2R6GE 5A5XA 3TTRA 3T66A 4LP2B 4KHZE 4G4PA 4X1BA 3F11A 4X1DA 3ILTB 4LQ2A 4H6DA 1SQYA 3A3CA 4HW8A 4KR5A 3O29A 1EU8A 2PX1A 2Y7KA 1POTA 3TQLA 1D9VA 1OLAA 5HPQA 1ATGA 3GBAA 3K6XA 3MUQA 4X9TA 3MBPA 1R1NA 2REGA 2PBWA 3OOAA 4YKPA 4Q30B 2F5XA 1MDP1 5I57B 3C4MA 4LZ7A 3IOVA 4TOZA 2QRYA 2Z23A 3G3GA 4BDRA 4JWYA 2DXYA 2DVZA 1QKBA 3TDJA 2GHBA 5TP9A 5AE4A 4F1UA 1JW1A 4QFLA 3S9EA 3TAJA 3U1OA 2M8CA 2A5SA 4I1DA 5F7VA 4QFPA 1UQWA 1JVYA 4NMYA 3E4RA 4OMBA 1WODA 4H5GA 3O9PA 1MQGA 1D3KA 4IO6A 2I0BA 2DVCA 1YAEA 3RT8A 4KYSA 4GD5A 1TFAA 3I5OA 4QFKA 4OXVA 1IXCA 4IO2A 2RKMA 2XXWA 2HEUA 4X48A 4EDPA 5ITOA 3IJOB 4XKQA 3VLWA 3PUVE 3K0VA 5I59B 4GXSB 3V83A 1MQHA 2CMOA 2ALUA 3CSGA 5FTHA 3W9WA 1FTKA 4QSCA 5DVJA 3UN6A 2XX8A 2Q88A 1DTGA 3AXFA 3IR1A 4U21A 2UVIA 2Q89A 1VE4A 5DVFA 4R2BA 5I56A 3VDFA 2I49A 3MPLA 5M2VA 4I9DA 3H6WA 3E9XA 3TEPA 3IL1B 5JK4A 1MXYA 1FTMA 5BWJA 2ZXTA 1SYIA 3PPRA 1MM6A 2DE2A 4NF6A 1OMPA 2THIA 4K3FA 2NUVA 4FATA 2Z8EA 1BKAA 1XC1A 5HBCA 1MS7A 3KSJA 1HSEA 1MXZA 3VLUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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