5IAIA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein arad_9887 from agrobacterium radiobacter k84, target efi-510945 in complex with ribitol
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
KPLDGVTLTLASQNDPFGAVLTKLAAEFKQDTGADLKVEVMDYGTLLTKTTADFVGKTKGYDLVTMDIVWAGAYQANGYSVDLTDWVKRDAAELDLDDIYPVILQSLGQYKGHYVAFPFAAYANVLAYRKDLFQAAGLPVPTTVEELVSDAKKLTDPSKKQYGFVANGQKGPAVAQDWMQYNNQMGGSILDNDGKPALNSPENVKSLTVYKQLFVETAPPGAIEYDWGGREESFRQGAAAMMQTWSVGAPGYSDPASSNVVGKVGITTAPVGKGVPPQYGVGGWGMAINADIDPKQKEAAWTFIKWLVSKKIHKEFNMDGAGSFMRKSQMTDPDLTAKFDFLPVVAKTYENGNGEYRPRIPEYPEIQDILGSAVNSVLAGAAEPQAALDEAQVEAKKLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Solute-binding protein
molecule keywords Sugar ABC transporter
publication title Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein Arad_9887 from Agrobacterium radiobacter K84, target EFI-510945 in complex with Ribitol
rcsb
source organism Agrobacterium radiobacter
total genus 142
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5iaiA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5iaiA02
2D21A 3H4ZA 1MH3A 3QUJA 2O1LA 2F7BA 3K6UA 4EDPA 1D9YA 3M8UA 5AA2B 5FTIA 1LSTA 3K00A 2DWJA 5AA2D 3TQLA 3U92A 4EUOA 4AB6A 1MPBA 1QULA 2ONKE 5FHNA 2YJPA 3B7DA 5K2YA 3FVKA 5H8HA 2PVUA 4YB7A 2DE2A 3DM0A 4LP2B 1ZLQA 4O3BA 1OQGA 3FASA 4LQ5A 1JETA 3C4MA 1R6ZA 4OHNA 1TFAA 4NF6B 1QW0A 5BWJA 2ZYOA 4R74A 5L9MA 3HHGA 3UORA 3MVZA 2Y7IA 3U8QA 4F18A 4R2BA 5AA2A 3MJNA 1B52A 3VVFA 2Z22A 1P1UA 2I3VA 3RTWB 4BDMA 4PFUA 1URDA 2UVIA 2F6GA 5TPAB 4GF8A 4RNSA 3M3FA 1CB6A 1LBBA 5KCJB 4ZECA 3H03A 3OO7A 4DCYA 1LLSA 3RPWA 2QRYA 5I2KA 3G3IA 4TOZA 1Y20A 1IXCA 5ELVA 4ZS9A 3TFLA 1ZJLA 1A8EA 3IJXB 2O1MA 1EZ9A 3FXRA 3SEYA 1GV8A 5B70A 3DELB 1PB9A 3KEIA 4NF6A 3USDA 3ONMA 2Y7PA 4N07A 4U1OA 1FW0A 1LGBC 3QYTA 3K01A 3H6TA 4BDQA 1VFEA 4RK9A 2DXYA 5DEXB 5TPAA 2H4IA 1TXFA 3G3HA 3IAZA 3N94A 5KCJA 3IB0A 3KSJA 3MVXA 4MF3A 4F29A 3LBSA 2XD2A 2F36A 2VD3A 4NF8B 3WAEA 1DPPA 1UTBB 1WVJA 1Y4CA 4OMBA 3BKIB 3EPEA 3FD3A 2DXRA 3A3UA 4JB7A 4OTEA 4FEBA 1MXUA 1B3EA 1J1NA 2XXVA 2H98A 4IO2A 1MY4A 1S50A 3JZJA 4F1YA 1HSEA 4MBPA 3G3KA 4BDRA 3C32A 4N13A 2P2AA 3CFZA 4GL8A 2PT2A 5HBCA 1A99A 2BJJX 2Q89A 4G68C 4BDOA 3FXUA 1IIWA 3OO9A 4QSDA 5IAIA 1I6AA 4U23A 5DEXA 4IO5A 5DVJA 2DOJA 3L6GA 4F2OA 5B7DA 4DLDA 1S7YA 2FNCA 3HO7A 3H06B 4G4PA 3SEVA 1Q1KA 1Y9UA 2XXXA 4NF8A 2Z8FA 3Q25A 2DS9A 2E0SA 1UTBA 3SETA 3FVOA 1H43A 3S9MC 4C0RA 2VHAA 4ZE8A 3PD9A 4LA9A 1ZIUA 1B4HA 3K1NA 5DTBA 1SI1A 4ZDMA 3C34A 2QSXA 4FIMA 3E9XA 4XIGQ 1M5FA 3MZ9A 4PP0A 2DE3A 2F7CA 4RA1A 1T0KA 1N04A 3H3GA 4F3PA 1NL5A 4FAJA 2HAUA 4XXUA 3IJOB 1O7TA 2O68A 1PB7A 3GXAA 4YB5A 3H6VA 4OFOA 3LUYA 4YMBA 4DE8A 2Q9TA 1BP5A 2VP1A 1NKXA 4I8CA 4KHZE 3TELA 4QFNA 3PPRA 1PEBA 1S9TA 3EN3A 4F3SA 4FORA 5LOMA 3UIFA 1YCJA 2AYSA 2CZLA 2Q8JA 3VVEA 4NEDA 2F8DA 2OZZA 2F97A 2A5SA 4NTLA 5HM4B 1B58A 3HV1A 1GTKA 4P11A 3FVNA 3TQWA 3MVYA 4POWA 4PE5B 1XOCA 2UVJA 1Z7ME 4G77A 3SEXA 4EQBA 1FQAA 1HSLA 2ZYKA 1HSJA 5JEIA 5KZTA 2REJA 3U1OA 4GLIA 4H5GA 4OXVA 1P1QA 3GZGA 3O9PA 2V3TA 3MVWA 4ISUA 3VLWA 4DZ1A 2QMWA 2OCUA 3FV1A 3MPLA 4KPTA 3T66A 3O97A 1LCFA 2YPNA 3OEMA 4Q30B 1VFDA 2O6AA 3PU5A 3O6GA 3PMVA 2Y7WA 4AQ4A 2XX7A 1MY3A 3IB1A 3VE1B 4U4XA 3C33A 3O6IA 3T9HB 3LSWA 5TP9B 1FTKA 4GD5A 4AB5A 3FGSA 5H8NB 1EU8A 2NVUB 2DQVA 1PBPA 3GBAA 4E0XA 1A7LA 3FATA 5H8SA 4FJPA 5F7VA 1FTJA 4O3AA 3C31A 4O3CA 3F11A 3U94A 2H9BA 4KYSA 1Y3QA 4OENA 2OBGA 4LZ5A 1B4ZA 2KLFA 1P1OA 4H8IA 3FJMA 1WODA 5CMBA 1B46A 1IEJA 1LBCA 3PUWE 2RC8A 4RPOA 2H25A 1FTMA 1POY1 2F78A 3FVGA 4YKIA 2H99A 3EF7A 4UA8A 4FECA 4L17A 2DE4A 3K1PA 5TP9A 1EZOA 3TKDA 4ZEDA 4IO3A 2HAVA 2O7IA 3C36A 2I0BA 3SESA 5H8NA 1JVYA 1Q35A 1N76A 3FXQA 1QUJA 1B5HA 3K6VA 3O66A 3KN3A 3PPPA 1R9QA 1B3FA 1OLCA 1MPCA 3KN7A 5CI5A 1IZ1A 2QS4A 3HSTA 3W9VA 4R6HA 1UIVA 1DMBA 4GQOA 3RT6B 1OLAA 5ITPA 2B3BA 4GVOA 3OMBA 5CBRA 3MWBA 3T9XB 5ICTA 2R9JA 3MZ1A 1LFIA 4ZZEA 2REGA 4F19A 3SEUA 1O64A 3HCQA 4IGTA 4RJZA 1XVXA 1LB8A 3CFXA 4MLVA 3ILUB 3E4RA 1ZMGA 1BKAA 4TLMB 2RCAA 4XKNA 5KDTA 1I6BA 4BLAA 3I6VA 2THIA 3OEKA 1SD3A 5H8QB 1A40A 2B3FA 4RY1A 3Q29A 2GRVA 5I2KB 2GH9A 1URSA 2X7QA 1N0TA 3KJ7A 3T22A 4KCCA 3TTMA 5ICQA 5JK4A 4HCYA 4JSOA 3H7MA 3N6UA 1WDNA 2QMXA 5EHMA 4YICA 5H8FB 3LSXA 1MM6A 4EF2A 3KJTA 4K3FA 1AL3A 4ECFA 4U2RA 2XXQA 3CRBA 4POXA 1UIUA 2Z8DA 4I1DA 4GXSB 3H6UA 3W15C 5DVFA 1NMUA 3JV9A 4TQUQ 1I6QA 3I5OA 5I57B 1B5JA 2PT1A 4F2QA 2QL3A 1QJMA 3TZAA 2B65A 5H8QA 4NWCA 3UP9A 4LONB 4GOTA 4H6DA 1AIVA 3ILTB 1Y3NA 3JYRA 2QJEA 3K0VA 3KFMA 4LVQA 1JW4A 3PPOA 4ELPA 3EHTA 4IY6A 3B6WA 1USYE 2F5XA 4WKMA 3MBPA 3FV2A 5H8FA 4H8JA 3MW0A 3W9WA 1B7HA 4ZE9A 3RY3A 4ESWA 4NWDA 2RF1A 3C9HA 4GXAA 4N6PA 2Q2AA 3IOUA 1N7XA 2R6GE 3SKPA 1NNPA 3TTKA 1TWYA 3A09A 3CIJA 1B32A 5I57A 1LAHE 2OK2A 5L9SA 3FUZA 1SW1A 3MC2A 2V93A 2OJTA 4JXIA 3KOTA 3OXNA 4WEDA 1GGGA 1N3WA 3OENA 2UYFA 4ND9A 4G8NA 1RKMA 4QFPA 3MP6A 4F22A 4U22A 1MDQA 3U72A 5CMMA 2I3WA 3MP1A 1BIYA 3GBBA 3ZKLA 1ZU0A 3IX1A 1MQHA 3EHSA 2CMOA 4PFTA 3HPIA 5AA1A 3K02A 1B9JA 1Y1MA 1OMPA 1FTOA 5AE4A 4QFOA 1IITA 5I2NB 1QKAA 1NNKA 4IGRA 3PUVE 1NFTA 3TUSA 4HW8A 4X9TA 1MQDA 3UN6A 5M2VA 1AMFA 3M3KA 4ELOA 3L6HA 1O63A 4C1TA 2HCAA 1VSOA 1YAEA 1MQGA 3GLBA 3WAFA 2ZNUA 4LZ7A 1QKBA 2Z23A 1A54A 2P1SA 4R2FA 2ZYMA 5K2XA 4EXLA 1AH5A 3G3FA 3KOSA 3DP8A 5FHMA 3RTFB 4JWOA 5JTYB 1Y1ZA 2GHBA 3IOTA 3TPAA 2VGQA 1US5A 5A5XB 1EZPA 1LFGA 4HCWA 4KQPA 2Q88A 4ZZAA 2V84A 1NH7A 2I4BA 4JWXA 5I2NA 2F6PA 3OO6A 2XXIA 2OLBA 1RYXA 1IXHA 5I84A 1XVYA 3T9VA 2D3IA 4GFRA 2Y7KA 2WKYA 1MM7A 1VE4A 2UYEA 3R26A 3VLUA 2ZNTA 3SDFA 1JEUA 3BFTA 5JTYA 1MXYA 3DLNA 3S4UA 1XC1A 1YPNA 2ZNSA 5I58B 3VV5A 3VVDA 3BBRA 1FQBA 5A5XA 1DPEA 1SDXA 3OELA 4OFJA 3SERA 1RYOA 3K4UA 1H44A 5DYHA 4Z7EA 3G3GA 2DVZA 2UVHA 1NH8A 1R9LA 4ONYA 1ZBMA 1ANFA 4QRZA 4F1UA 1Z7NE 4DCXA 4FE8A 2V3UA 1BLFA 1MS7A 1SW4A 1P1NA 3IO6A 3Q26A 1B5IA 2XXRA 1MXXA 2AL4A 2HZKA 1A55A 1M5DA 3QAXA 4PFWA 2ANJA 3RT8A 5J1DA 1B6HA 5I58A 2OWSA 2QS3A 3N5LA 1DTZA 2O84X 1AOVA 3EHUA 4U4SA 4RYAA 5FTHA 1UTHB 2A5TB 1MY0A 3SEWA 3R7XA 2QS1A 2GFEA 3UA8A 3I3VA 4YKJA 2P0SA 3OSQA 4NE4A 3S9EA 4OVJA 4LATA 1POTA 3TTRA 4C1UA 2VD2A 4PETA 1B1XA 5CMCA 4Q0CA 3LR1A 2UVGA 1BTJA 4IB2A 3CFLA 3MPKA 5I59B 1JNFA 4ZEKA 4BDNA 5CRYA 1B1HA 4JDFA 4R73A 2F7AA 4LQ2A 1ATGA 4ELQA 1FQCA 3ZS6A 2HZLA 3QUFA 1JQFA 3CR9A 4MH5A 3D4CA 1L5TA 2PX1A 5L8DA 3N26A 1USYH 2GHAA 3E13X 1SW2A 3TMGA 1P1WA 1H45A 1UTHA 2ZMBA 4M1VA 2A5TA 4OZ9A 5KDTB 2HEUA 1B3HA 4GIZA 1VR5A 4JSDA 3O28A 1D3KA 2PMSA 2G29A 2XXTA 3VLVA 1URGA 2XXHA 4BDLA 2AIXA 4OETA 5HPQA 1MG1A 3O6HA 3TYHA 4NF5B 3A3CA 2PYYA 2XXPA 1CE2A 3K6WA 5I59A 2Y84A 3OSRA 4G68B 4LZ8A 1MPDA 3AXFA 1B3LA 4UACA 3LSLA 4R9GA 4F3BA 3CSGA 3TTLA 3K2DA 3TCHA 1XHYA 1XT8A 5FHOA 4F31B 4H67A 4YB6A 1P99A 3PPQA 4IY5A 3QIMA 3VDFA 4M4GA 1JW1A 3KSXA 4EQ9A 3UGWA 3KBRA 2FA7A 3U93A 3VXCA 4ZEIA 3IORA 1GVCA 3K1MA 2V25A 3QSLA 3IOWA 1A8FA 1H76A 3V8XB 4HTGA 1PDAA 4R75A 4R6KA 3T96B 3RN8A 2HFBA 2ONSA 4NF5A 4G68A 4Q5TA 3R6UA 1NNFA 2DWIA 1B0HA 4WEPA 3QK6A 2ESNA 1PB8A 2I0CA 1NNTA 4DDDA 4RPNA 4PQJA 4QSCA 1Y3PA 1PC3A 5BUUA 4FEDA 3OO8A 4H1XA 5ISUA 4Z0IA 2E1SA 3TCFA 4YZZA 4MFIA 3CSBA 2I49A 4HS7A 2UXAA 1II5A 1OQHA 3FJ7A 4NMYA 4YMAA 4QFLA 3TAJA 4OESA 2XX8A 1SI0A 2O7UA 2HQ0A 2W7YA 3H6WA 4GWOA 4KYDA 1JW5A 3DP4A 3DP6A 4XKQA 3TEPA 2I4CA 3P7IA 1PBQA 2XXWA 2O51A 3LSFB 4KI0E 4R72A 2ZYNA 4G8HA 3TCGA 5DT6A 2Y7RA 2R71A 5AA3A 2ZXTA 4XTCQ 1ZTYA 3QXMA 3RQTA 1DOTA 4QSEA 1TT1A 3LC8A 4X48A 1ZKBA 1Y4TA 1SVXB 1B40A 3B6TA 3VXBA 4DIGA 1ELJA 3KZGA 4OEUA 3IO4A 4EXKA 1B0LA 2Z8EA 1N3XA 3CG1A 4H0WA 4NF4B 2NXOA 4DXCA 2H5YA 2O69A 4F1VA 1SYIA 3RUMA 2HXWA 3IB2A 4OWDA 1SYHA 2FYIA 2M8CA 5TU0A 4KYEA 1US4A 1B3GA 2XXYA 4ZEBA 1N7WA 4TLLB 5AA4B 1EH3A 2AL5A 3PV0E 5CC2A 4X1DA 3IOVA 3Q27A 3ZSFA 3IR1A 2XD3A 4EQ7A 3HN0A 4ESXA 4OERA 5I56B 5CBSA 2NWJA 5EYFA 2QPQA 4YU0A 1MRPA 3TODA 4THIA 1SQYA 4R6YA 4NF4A 4XKPA 1LCTA 1MXZA 1OIBA 3D4GA 1MQIA 1B51A 2D5WA 1MY1A 2IEEA 1I69A 2NOOA 1LFHA 2I58A 3PPNA 3CG3A 2ABHA 2I48A 4Q8RA 2DP8A 3T93B 5AA4A 2RINA 2ONRA 3O2AA 1JVXA 3RGYA 1LB9A 1TFDA 3T9UA 3VFJA 1FQFA 2RC7A 1GR2A 4WXJA 4X1BA 2QS2A 5EHSA 3MUQA 5I56A 2YLNA 5DVIA 4P0IA 2DSFA 4P0GA 2LAOA 1MQJA 3KGCA 4H65A 4FATA 3V89B 3TTNA 1B05A 3CI8A 1MH4A 2X26A 4EF1A 4F39A 3BFUA 1QUKA 3G7WA 4G8MA 4U21A 2XXUA 4IO4A 3MP8A 1B7UA 2ALUA 2PBWA 1FQEA 3IK6B 1QUIA 3RLFE 4RXLA 2F35A 1MXWA 2DVCA 4YAHX 3M3LA 1H3DA 1IXGA 1MDP1 2Q2CA 3HHFA 4DXBA 4JBZA 4KCDA 2NUVA 3MZBA 1M5EA 3EQ1A 2RC9A 1XS5A 4GL0A 4KFQA 4OQOA 3UK4A 1LAXA 1QVSA 4YKPA 2VOZA 1B7ZA 4KR5A 4QHQA 1LAFE 3S2VA 4YKKA 3ZKKA 1JEVA 3V5AA 1LAGE 1SBPA 1DSNA 2DWAA 4G2ZA 4OYVA 4QF9A 3O29A 1D9VA 3RNNA 4IO6A 3S9LC 3KG2A 4E0WA 3FJGA 1D4NA 4DXUA 2DYXA 1IXIA 5CM6A 2G93A 4ZEFA 3OOAA 1IQ7A 1M5CA 1OVBA 1B2HA 4H5FA 5F1QA 1KWHA 3N6TA 3THIA 3C35A 3OD7A 4RK2A 3CVGA 3ODBA 1DTGA 5CMKA 2X7PA 4KD5A 3MAMA 3PD8A 2RKMA 4QFKA 1YTVA 4JWYA 3ECRA 4LUBA 4ELRA 3KN8A 1F9BA 5L9OA 4PFYA 4IO7A 1FTLA 2OWTA 5ITOA 1MY2A 2I6EA 4I62A 2IA4A 1M5BA 4OFLA 4R9FA 5IKBA 2XHDA 2XX9A 1N84A 3FZVA 1IUDA 3PMXA 3Q28A 3IL1B 2RCBA 3K6XA 1FCKA 2DWHA 1UQWA 4GRKA 3PUZE 4OEVA 4U1ZA 3MQ9A 1MXVA 3PUXE 3TDJA 3PUYE 4F3GA 4MLQA 5H8HB 3FIRA 2V3QA 3G3JA 3B6QA 3S9NC 1SW5A 1FQDA 3V83A 2F34A 3PGFA 1R1NA 3E3KA 1OVTA 4I9DA 3PMWA 4XKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D21A 4GWSA 4MCOA 3H4ZA 1MH3A 3QUJA 2O1LA 2F7BA 3K6UA 2F3DA 4EDPA 1D9YA 3M8UA 5AA2B 5FTIA 1LSTA 1NV7A 3K00A 4GBWA 2DWJA 5AA2D 3TQLA 3U92A 4EUOA 4AB6A 4O7MA 1DBZA 4NGUA 1MPBA 1QULA 2ONKE 5FHNA 2YJPA 3B7DA 5ESYA 5K2YA 3FVKA 1LBZA 5H8HA 2PVUA 4YB7A 2DE2A 3DM0A 4LP2B 1ZLQA 4O3BA 1OQGA 3FASA 4LQ5A 1JETA 3C4MA 4MIJA 1R6ZA 4OHNA 1TFAA 1CNQA 4NF6B 4PDDA 1IMDA 5I7IA 1QW0A 4UABA 5BWJA 2ZYOA 4R74A 5L9MA 3HHGA 3UORA 3MVZA 2Y7IA 3U8QA 4F18A 4R2BA 5F24A 5AA2A 3MJNA 1B52A 3VVFA 2Z22A 1P1UA 2I3VA 3RTWB 4BDMA 4PFUA 1URDA 2OWZA 2UVIA 2F6GA 5TPAB 2HHMA 4GF8A 4RNSA 3M3FA 1CB6A 1LBBA 5KCJB 1IMEA 4ZECA 3H03A 3OO7A 3LV0A 4GWUA 4DCYA 1LLSA 3RPWA 2QRYA 5I2KA 3G3IA 4TOZA 1Y20A 1RDXA 5I5PA 1IXCA 5ELVA 4ZS9A 3TFLA 2BJIA 1ZJLA 1A8EA 3IJXB 1FSAA 2O1MA 1EZ9A 3FXRA 4IR8A 3SEYA 1GV8A 5B70A 2QFLA 4PFIA 3DELB 2CZKA 1PB9A 3KEIA 4NF6A 3USDA 3ONMA 2Y7PA 4N07A 4U1OA 2ZZWA 1FW0A 1NV0A 1LGBC 3QYTA 3K01A 3H6TA 4BDQA 1VFEA 4RK9A 2DXYA 5DEXB 4P1LA 5TPAA 2H4IA 1TXFA 3G3HA 3IAZA 3N94A 5KCJA 3IB0A 3KSJA 3MVXA 4MF3A 4F29A 4PTKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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