3H4ZA

Crystal structure of an mbp-der p 7 fusion protein
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
568
structure length
568
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
molecule tags Allergen
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 568
sequence length 568
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16984 Grp7_allergen Group 7 allergen
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.15.10.50 Alpha Beta Super Roll Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 3h4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA01
3FASA 4ISUA 3K1PA 3MAMA 3MPLA 3OENA 1OLAA 3OSQA 5JK4A 3K6XA 3CRBA 5L8DA 2F97A 1M5CA 3KN3A 5TU0A 2G29A 1SVXB 3K02A 4FEDA 4GOTA 5I84A 3H7MA 4MLQA 5AA2B 1SW5A 1Y4CA 1JW1A 3UIFA 2I3VA 3BFTA 1SBPA 3S9NC 4P0IA 2QPQA 3D4GA 5AA1A 4F31B 5F7VA 1H43A 1ZU0A 2XXVA 4I62A 2XXRA 3Q29A 3KJ7A 4PFTA 2NWJA 2DWIA 3G3HA 3PD9A 4N07A 1MXUA 2XXHA 2DVZA 3TMGA 3TQWA 4H6DA 4LATA 5DVJA 3TTNA 4ZZAA 3T22A 3THIA 4OQOA 4XXUA 4QFKA 3GZGA 1VE4A 4KQPA 5H8QB 4XIGQ 4U4XA 3PUVE 4NF4B 1MQJA 1SQYA 1MRPA 1FQBA 3K4UA 1MXZA 2O1LA 2PBWA 4GQOA 1VFDA 2VGQA 5CI5A 2DQVA 3KBRA 3PMVA 4R73A 5CMMA 4X1DA 3TYHA 1A8EA 2RINA 3A3CA 3KEIA 4Q5TA 1N0TA 4GFRA 4H8IA 2V3QA 4R9FA 2XXQA 1EZ9A 4ESXA 4Z0IA 4LVQA 3U1OA 3S9LC 2HZLA 2RF1A 3CIJA 2NUVA 4Z7EA 2ANJA 4R2FA 3VVFA 3IOTA 5AA2A 2ONSA 3FIRA 2D5WA 1B0LA 5CMCA 3DELB 3O29A 4H5FA 3UGWA 5I2NA 2WKYA 2XXPA 3HV1A 3K1NA 3C33A 1JNFA 1JQFA 3TELA 3IJOB 4O3CA 3O66A 4MF3A 3USDA 4OMBA 4XKNA 5ITOA 4I8CA 1ZIUA 3RT8A 1NNTA 1B5HA 4EXLA 3UORA 4OTEA 2HQ0A 2OCUA 4RPOA 3A09A 3K2DA 4ZS9A 4QSDA 5K2XA 4DLDA 2B3FA 3CSGA 1TXFA 4H65A 4P11A 5IAIA 4LZ5A 1Y3PA 1LLSA 4UACA 5H8QA 3HCQA 3DP8A 3U72A 4AQ4A 1H45A 4OERA 3RGYA 4EF1A 4H1XA 4DZ1A 1B3LA 1JEVA 2XXXA 1Y1ZA 3PMXA 1O7TA 2YLNA 4O3BA 4RNSA 3IB1A 2Q88A 3HPIA 4N13A 1IITA 4MLVA 4WEDA 3KOSA 1B9JA 1Q1KA 4HCYA 1LB9A 1P99A 1LB8A 3FJMA 1NH7A 1MY0A 2OZZA 3OO7A 2R9JA 3IAZA 3MP8A 4KI0E 3CFLA 3FVOA 4YB6A 4QFLA 5L9SA 5I2KB 5H8NB 2YPNA 1JW5A 3F11A 1LFIA 1IIWA 2X26A 3GBBA 5M2VA 1Z7ME 4K3FA 3OO6A 3WAFA 3LSXA 4OYVA 4LQ5A 2HAVA 1AIVA 3UA8A 4OETA 1RYOA 1T0KA 1B5IA 5HBCA 4OHNA 2AIXA 5AA4B 3FJGA 4KYEA 4OENA 3QYTA 4XTCQ 2I4CA 3FV1A 5CBSA 1LAHE 3KJTA 4TLMB 2IA4A 3UK4A 3VVDA 4DIGA 1B1XA 2Y7RA 4OXVA 1MPBA 3VFJA 4NTLA 4NMYA 3N6TA 3TODA 1B46A 1IXIA 1MDP1 3B6WA 1EZOA 2UVJA 4BDQA 4LP2B 5FTHA 3K1MA 3PUZE 3I3VA 3LSLA 3I5OA 3M3LA 2Z23A 1UTHB 4JWOA 4F2OA 2A5TB 4NE4A 4KR5A 2HAUA 3OD7A 3VV5A 3OO9A 1Y1MA 4QSCA 1XS5A 1B7HA 1TFDA 2R6GE 4IGRA 3SEVA 2XX9A 4HTGA 2GH9A 5L9MA 3ZKLA 3LBSA 3LC8A 1NMUA 2DWJA 1KWHA 2GHAA 3PD8A 1ZJLA 3RT6B 1N76A 4KYDA 2Z8FA 4U1ZA 1PB7A 5HM4B 4QHQA 3JYRA 4YMAA 4YKKA 4RY1A 4ZE8A 5H8NA 3PMWA 1P1NA 3Q28A 5ISUA 4WKMA 4N6PA 3H6VA 3OMBA 2F6GA 4E0WA 4QFNA 1N84A 4WEPA 3KG2A 1B58A 1M5FA 4JBZA 1N04A 2DE3A 5AA4A 4U4SA 3MWBA 3VXCA 3BFUA 3TPAA 1D4NA 1B3EA 2ZYKA 3MJNA 2O84X 3HO7A 5EHMA 1GTKA 1B51A 4PE5B 3MP6A 1VFEA 3SKPA 2VHAA 5A5XB 3TFLA 4EQ9A 2XD3A 4R75A 3T9XB 4C0RA 1URSA 4GXSB 2A5TA 4G68C 1UTBB 4RA1A 1P1QA 1I6AA 3RLFE 3CSBA 1IQ7A 3FV2A 3R26A 3PPPA 4YAHX 2ZMBA 5TP9B 3ILUB 3QSLA 2F35A 1LBCA 2IEEA 4FIMA 5I58B 4IY5A 3MZ1A 5FHMA 1RYXA 1SW4A 2REJA 4ELPA 1NNFA 4G8MA 3OXNA 3VXBA 1PC3A 2F36A 1DTZA 1D9YA 3U93A 1SI1A 4GRKA 1H76A 2O7IA 4PFYA 4BDRA 4KCDA 1R9QA 3VLWA 2DYXA 4YICA 4OFOA 3B6TA 2O69A 1N3XA 4IO2A 3RTFB 1D9VA 1MH4A 1O64A 4POWA 4F39A 2HCAA 3FVNA 3K0VA 2REGA 1VSOA 1OQHA 3HSTA 3SEUA 4JDFA 1B5JA 1WODA 3C9HA 2DE2A 1SW1A 2DWHA 1JETA 2Q2CA 4R72A 2F8DA 2RCAA 5FHNA 5A5XA 1GVCA 2D21A 4OWDA 1QKAA 4QF9A 4MBPA 1DPPA 3PU5A 4OFLA 4IO3A 3QUJA 3LSFB 1UTBA 5TPAB 1RKMA 4R6KA 4POXA 3TAJA 1SW2A 2HXWA 3CR9A 4U21A 5TP9A 4TLLB 5DVFA 5CMKA 1Y3QA 1FQDA 5I58A 2PT2A 1AOVA 4FE8A 1EU8A 4DCYA 3O28A 3ZS6A 3ZKKA 4FORA 2HFBA 4ZZEA 3PUWE 3BKIB 4JWYA 1D3KA 3IX1A 3OEMA 2OJTA 1B6HA 4H5GA 4GL8A 2GFEA 2XD2A 2ZNTA 3TTMA 3AXFA 2Q8JA 3FATA 1A55A 3N5LA 4NF6A 4F3GA 5H8SA 4GWOA 4NF5B 1QKBA 1LSTA 4OVJA 2DS9A 2OWSA 4UA8A 1J1NA 4MH5A 1Y9UA 4XKQA 4GD5A 1TT1A 3C36A 4YB7A 4PETA 2PYYA 4R2BA 4F18A 4Q0CA 3PPNA 1DMBA 2DP8A 2DE4A 1B3HA 2DXRA 4JB7A 3KFMA 3TCHA 3IORA 1A40A 3MBPA 1LFGA 1N7XA 3O9PA 1MPCA 3TEPA 5TPAA 1NH8A 3T9HB 1NKXA 3SETA 4EQBA 4U22A 3ZSFA 4LUBA 3MVWA 3PUYE 3MUQA 3TCFA 4KCCA 4ELRA 4IO6A 2OWTA 4Q30B 1OIBA 3K6VA 1GGGA 2XXWA 1GR2A 1LGBC 2O51A 4NEDA 4RK2A 4JWXA 5K2YA 3KZGA 2QRYA 1FTMA 2ONKE 2H4IA 4BLAA 4GL0A 5AA2D 2O6AA 4U2RA 4ESWA 1UIVA 4NF4A 2GHBA 3C31A 1ZKBA 1MXWA 3G3KA 1A54A 2VOZA 3U92A 4ZEDA 1PEBA 5HPQA 1R1NA 4P0GA 1EZPA 3IB0A 2UVIA 1PB8A 4NF5A 1XC1A 4PP0A 3JV9A 4LQ2A 1MQDA 3GXAA 1LCFA 1QUKA 2UVHA 1DSNA 1OQGA 3DLNA 4OFJA 4JXIA 3O97A 1JEUA 4G68B 2CMOA 3W9VA 3IOWA 2UYEA 3SDFA 4O3AA 2VD3A 2Q89A 4Q8RA 2XXYA 1WVJA 5LOMA 3BBRA 3IJXB 2F7AA 2I6EA 4PFWA 3FUZA 1A99A 1M5EA 4H8JA 1SI0A 1YCJA 2FA7A 1AH5A 4H67A 3CG3A 5ICQA 1MM7A 1LAGE 4MFIA 3H6TA 5AA3A 1A7LA 1UIUA 2Y7PA 5BWJA 1QUIA 3RTWB 3P7IA 2I0BA 2DVCA 4YKPA 2H5YA 3PGFA 4PFUA 1AL3A 3QIMA 3VLVA 5L9OA 3KSXA 5EHSA 5BUUA 4F2QA 2XXIA 2XXUA 4NF8B 2VP1A 4F29A 4QRZA 2O7UA 3E9XA 4ONYA 4F1VA 3FJ7A 2QMXA 3A3UA 1FTJA 4KPTA 1OLCA 1MM6A 3OEKA 3FD3A 5B70A 1SYHA 3RN8A 4QFOA 3ONMA 3LSWA 2PVUA 4M4GA 3N94A 4ELOA 1VR5A 3CVGA 4GXAA 4G68A 4FECA 4EDPA 3O2AA 3TCGA 4DDDA 5I2KA 1DTGA 3FVKA 3FXQA 1B4ZA 1OMPA 5CC2A 2DXYA 1XHYA 1CB6A 1LAXA 2A5SA 4EQ7A 4FJPA 3TUSA 4JSDA 3S9MC 1N3WA 3PUXE 2PX1A 3T96B 1NL5A 3MQ9A 3RQTA 3V5AA 1PDAA 3LR1A 5H8HB 3W9WA 2UXAA 1IXHA 2RCBA 3RUMA 2F5XA 1USYH 3FZVA 5ELVA 2R71A 5DTBA 2O1MA 2V25A 2P0SA 1LFHA 1PB9A 1ELJA 3N6UA 2AL5A 2QMWA 4IGTA 4G4PA 3T9UA 1MPDA 1BIYA 1MQHA 1HSEA 4NF8A 1UTHA 3HN0A 4R74A 3OOAA 2XX8A 2X7PA 5JTYB 3GBAA 3CI8A 3KSJA 3TZAA 1LCTA 3EHUA 3E4RA 3G3GA 2B3BA 3KGCA 3C34A 2BJJX 1B2HA 3MZ9A 5IKBA 2G93A 1Y3NA 1M5DA 1GV8A 2ESNA 3KN8A 2F6PA 1I69A 4U23A 1HSJA 2OK2A 4OEUA 2I4BA 5EYFA 3DP6A 1ATGA 2ZNUA 4YKIA 1O63A 1P1WA 4F1UA 1FW0A 1NNKA 5H8FB 2PMSA 2AYSA 3MPKA 3KN7A 3M3FA 3E13X 2YJPA 4C1UA 1JW4A 1POY1 3SEYA 4ZDMA 1IZ1A 2XHDA 4XKRA 5H8HA 1MY3A 3EPEA 4LA9A 4BDNA 1B0HA 1B4HA 1P1UA 1XT8A 3V89B 1ANFA 2E1SA 2P1SA 1Z7NE 4ND9A 1L5TA 3QAXA 1B1HA 4GIZA 1US4A 4H0WA 4F3PA 3EHSA 3CG1A 2QS2A 3B7DA 3RNNA 5JTYA 1M5BA 4EF2A 2QS4A 1IXCA 4PQJA 1FQFA 2X7QA 1YPNA 4FATA 1YTVA 4TQUQ 4QFPA 3WAEA 5I2NB 1MY2A 5CM6A 1QW0A 2QS3A 3TQLA 1IUDA 2M8CA 4ZEIA 5J1DA 3O6HA 4YKJA 4U1OA 2RC8A 1MS7A 3W15C 1IXGA 2QJEA 1AMFA 3L6GA 4F1YA 4HW8A 3EQ1A 2V3TA 2HEUA 2ZYNA 3C32A 3ODBA 5H8FA 3QK6A 4QSEA 1B7ZA 2Y7KA 1MXXA 3RPWA 3PV0E 3MVZA 5CRYA 4I9DA 1XVXA 1WDNA 2OLBA 1DPEA 4HS7A 3G7WA 2I58A 1B3GA 5AE4A 1ZTYA 1F9BA 1MG1A 2THIA 3H3GA 1MQIA 2I0CA 4OESA 3M3KA 2I48A 4LZ7A 3I6VA 4KHZE 1S9TA 5B7DA 5KDTB 3UV1A 2ZNSA 3R7XA 4LONB 1MH3A 1TFAA 2OBGA 4IO7A 5F1QA 4BDOA 5ICTA 2XX7A 3FVGA 1I6QA 1R6ZA 3H06B 1MY1A 1SDXA 4JSOA 2ZYOA 3K6WA 2Y7IA 1NFTA 3T93B 2ALUA 2I49A 2O68A 4LZ8A 5DVIA 3U94A 2ZYMA 5I57B 2AL4A 2Z22A 4AB6A 2I3WA 2ZXTA 3H6WA 1EH3A 1HSLA 1JVXA 4F22A 4BDMA 3M8UA 4X9TA 4F3BA 5KCJB 1TWYA 3DM0A 4YU0A 3SESA 2XXTA 1QULA 4NWDA 3FGSA 1FQCA 4DCXA 3HHFA 1YAEA 4KYSA 4KFQA 4ZEKA 1MQGA 4L17A 4TOZA 2QSXA 4RPNA 4RK9A 4G2ZA 2DWAA 4KD5A 3PPRA 4FAJA 2ABHA 3B6QA 3FXUA 1XVYA 3H03A 3GLBA 1Y20A 3VDFA 4G8NA 1MY4A 3V8XB 3U8QA 2NXOA 4F3SA 4RXLA 1CE2A 3QXMA 1FTKA 3SERA 3FXRA 5KDTA 4DE8A 3EN3A 1S50A 1ZBMA 4M1VA 3UN6A 2GRVA 3K01A 2KLFA 2Z8EA 3IB2A 4FEBA 2W7YA 2LAOA 2H98A 1P1OA 1MXVA 2F34A 4IY6A 5FTIA 2UYFA 2V93A 3MW0A 3MC2A 2NOOA 5I56B 2UVGA 2QS1A 2HZKA 3PPQA 5I57A 3T9VA 1R9LA 3MP1A 3IK6B 2H99A 4G8HA 1H44A 4BDLA 1IEJA 4EXKA 4YMBA 2V84A 3H4ZA 1DOTA 1BTJA 5I59B 3R6UA 5KCJA 3OELA 5CMBA 1PBQA 2RKMA 3S2VA 4IO4A 2V3UA 2Y7WA 3MVYA 5CBRA 3MZBA 3S4UA 4R6HA 3IOUA 4DXUA 1PBPA 3VLUA 2FNCA 1MXYA 1SYIA 1FTLA 3Q25A 5DEXB 2F7BA 1H3DA 2H25A 1OVBA 3TTLA 4IO5A 1URGA 2D3IA 4ZE9A 4YZZA 5DYHA 2VD2A 4X48A 3C4MA 4XKPA 1Y4TA 3E3KA 3IO4A 2F7CA 1POTA 2E0SA 4ZECA 3Q27A 3CFXA 3ECRA 1QUJA 2Q2AA 2CZLA 2NVUB 4R9GA 4OZ9A 3T66A 3L6HA 3VVEA 2Y84A 4RJZA 1FCKA 2RC7A 4ZEFA 3N26A 1ZLQA 3UP9A 1B05A 4C1TA 1MDQA 4ELQA 2P2AA 5I56A 4OEVA 3G3JA 3SEXA 5KZTA 3G3IA 3D4CA 3TTKA 1ZMGA 4WXJA 2B65A 3IR1A 4NWCA 4DXCA 3ILTB 4THIA 5DT6A 4F19A 3VE1B 2F78A 3O6IA 1N7WA 1USYE 1LBBA 1I6BA 5I59A 1FQEA 3RY3A 1BLFA 3TDJA 4ZEBA 1QJMA 4I1DA 3V83A 1URDA 3DP4A 2Q9TA 1UQWA 1FQAA 3CFZA 2FYIA 2QL3A 1B52A 3HHGA 3TTRA 3G3FA 4DXBA 1B7UA 5DEXA 3C35A 3LUYA 1LAFE 3SEWA 2Z8DA 1NNPA 3Q26A 1II5A 3QUFA 4X1BA 2H9BA 3MVXA 3EF7A 1JVYA 1S7YA 4HCWA 4AB5A 1B32A 1XOCA 3H6UA 5FHOA 3TKDA 3IL1B 4ECFA 1SD3A 3KOTA 1B3FA 4R6YA 1OVTA 3K6UA 3S9EA 3EHTA 3O6GA 2DSFA 3IOVA 1US5A 4GF8A 2PT1A 5JEIA 4IB2A 3PPOA 3OO8A 4EUOA 4GLIA 1FTOA 1A8FA 3K00A 1QVSA 1Q35A 3JZJA 2ONRA 4RYAA 4G77A 2RC9A 1BP5A 3OSRA 4E0XA 3IO6A 5ITPA 2DOJA 4NF6B 4YB5A 1B40A 4GVOA 1BKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FASA 4ISUA 1EYJA 3K1PA 4GX4A 3MAMA 1KA1A 3MPLA 3OENA 1OLAA 3OSQA 5JK4A 3K6XA 2PFYA 3CRBA 5L8DA 2F97A 5LDZA 1M5CA 3KN3A 5TU0A 2G29A 1DCUA 1SVXB 2KQZA 3K02A 4FEDA 4GOTA 5I84A 3H7MA 3AOSA 1LEVA 1BK4A 1FRPA 4MLQA 5AA2B 5F24A 1SW5A 1Y4CA 1JW1A 3UIFA 4OVRA 2I3VA 3BFTA 1SBPA 2Y5LA 2XWIA 3S9NC 5I5PA 1YXIA 2B4MA 1LBWA 4O7IA 4P0IA 2QPQA 3D4GA 4NN3A 5AA1A 4F31B 5F7VA 4G61A 1H43A 1ZU0A 2GQ1A 2XXVA 4I62A 2XXRA 3Q29A 1G0IA 3KJ7A 4PFTA 2NWJA 2DWIA 3D1RA 3G3HA 3PD9A 4N07A 3B50A 1MXUA 2XXHA 4H45A 3RYDA 2DVZA 3TMGA 3TQWA 4H6DA 3NOHA 4LATA 5DVJA 3TTNA 4ZZAA 4P3LA 3T22A 3THIA 4OQOA 4JVDA 4XXUA 2ZZVA 4QFKA 4PAIA 3GZGA 1VE4A 4KQPA 5H8QB 4XIGQ 2QVUA 4U4XA 3PUVE 4NF4B 4N6KA 4UABA 1MQJA 3MYUA 1FQBA 1MRPA 1NUYA 1SQYA 3K4UA 1MXZA 2O1LA 2PBWA 4GQOA 1VFDA 2VGQA 5CI5A 2DQVA 3KBRA 3PMVA 4R73A 5CMMA 4X1DA 3TYHA 1A8EA 2RINA 3A3CA 2WYPA 3KEIA 4Q5TA 4PGPA 2B4LA 1N0TA 4GFRA 4H8IA 2V3QA 4R9FA 2XXQA 1EZ9A 4ESXA 4Z0IA 4LVQA 3U1OA 3S9LC 4PAKA 2HZLA 4NQ8A 2RF1A 3E8WA 3CIJA 2NUVA 5IM2A 4Z7EA 2ANJA 4FBPA 4R2FA 3VVFA 3IOTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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