3H4ZA

Crystal structure of an mbp-der p 7 fusion protein
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
568
structure length
568
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
molecule tags Allergen
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 568
sequence length 568
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16984 Grp7_allergen Group 7 allergen
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.15.10.50 Alpha Beta Super Roll Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 3h4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA01
4DCXA 1OLAA 2O68A 4KD5A 5JTYB 2OK2A 1VFEA 4JBZA 3DM0A 3R6UA 2Q2CA 1LAGE 2ZYMA 4YAHX 2GHAA 1B40A 4Q5TA 1UTHA 4FE8A 3G3JA 3RY3A 2UYFA 3HN0A 2DVCA 4I9DA 4GL0A 3K01A 2O51A 3TMGA 4H6DA 1QW0A 1QKBA 3H06B 1XVXA 3OO9A 2E1SA 4LONB 1SYHA 2HEUA 4ELOA 3E13X 4DIGA 2F78A 3KN7A 3OSRA 2KLFA 3TCFA 2IEEA 3TTNA 3T93B 1XT8A 3BFUA 3MPLA 5I57A 3OENA 2OZZA 3MW0A 1LFHA 4DXUA 1RKMA 1MXXA 1OVTA 4F39A 3PPQA 1N84A 2O7IA 3U72A 2DWAA 4EF1A 1FQAA 5CRYA 3LSWA 2O1LA 1MXWA 3GBBA 1S50A 4JXIA 4X48A 2ESNA 4F3GA 3TKDA 2NWJA 4P0IA 3MZ9A 3KBRA 1R6ZA 3MP1A 4IGTA 2Y7WA 3OO7A 3SKPA 2HAUA 1LCFA 4OFJA 3HPIA 4FORA 1Q35A 4OYVA 1IEJA 3WAEA 2ZNSA 3DELB 3H6TA 4THIA 4U22A 3FGSA 2D21A 4U1OA 3B6WA 4XTCQ 1QVSA 5EYFA 3KJ7A 1MQDA 1JNFA 4FECA 2AYSA 2Q88A 3PGFA 2UVHA 2WKYA 2UVGA 1DPEA 4U21A 3RT8A 5ICTA 3O97A 4ZEIA 1A40A 5AA1A 1S9TA 2FYIA 3F11A 2VHAA 3IOUA 1Y1ZA 3N5LA 5L9SA 3Q25A 3RLFE 1SYIA 4KYEA 2GH9A 3C35A 3IB1A 4KQPA 3TAJA 4KYSA 2QMWA 1MY1A 1B52A 3VXBA 4WKMA 1IIWA 2HCAA 2I3VA 2LAOA 5I58A 5DVIA 5F7VA 3IX1A 1LAFE 4F19A 2YJPA 1FQFA 4N13A 2XXWA 3PUYE 4O3CA 4OFLA 3TDJA 3T22A 2QPQA 3RTFB 4G2ZA 4OHNA 1MY4A 1D4NA 2R71A 3ODBA 4IO7A 5KCJB 1B05A 1JVYA 3VVFA 2XXTA 2B3BA 4F2OA 1XS5A 3GXAA 3EQ1A 3C32A 1OQGA 1ZMGA 1MM7A 3IAZA 4ECFA 2G93A 1Y3NA 4PFYA 3TELA 2NUVA 3K2DA 3S2VA 4KPTA 2F7CA 3KSXA 5I58B 1NNFA 2QJEA 5DVFA 2PYYA 3I6VA 2ZNUA 3WAFA 4YMBA 4AB5A 1PB7A 1BLFA 1R9LA 2V3QA 3CIJA 4O3BA 3UORA 4QFPA 4HW8A 1ZKBA 4FIMA 5TP9B 4H8JA 3ZSFA 2Y7IA 4OZ9A 3K02A 2I6EA 2ZYKA 4ZE8A 4X1DA 2R6GE 4FATA 4BDOA 3ILTB 3K0VA 4HCWA 5CMBA 5FHMA 3FVGA 1FQDA 1AH5A 2H98A 2Y7RA 3FXRA 3MQ9A 2VOZA 4F22A 3LSXA 3PD8A 4R6YA 4JSOA 1D9VA 3TUSA 4NF5A 5I56B 1QUIA 3K4UA 4JSDA 1JEUA 2P0SA 1MQJA 1LB9A 3UV1A 3KOTA 3MVZA 1P99A 1MH3A 1FTJA 5ITPA 4KCDA 3U94A 3MP8A 4ZEDA 1AL3A 4QSCA 5L8DA 3FXUA 1BP5A 2XXRA 4I62A 5AA3A 3TPAA 4X1BA 5DT6A 4WEPA 4LZ7A 4YMAA 3H3GA 3MC2A 2QL3A 4DDDA 1NFTA 4E0XA 5HM4B 4IY5A 5AA2A 3JZJA 3KJTA 2ALUA 3VVEA 1H3DA 1B5IA 4LUBA 2UXAA 3TTMA 1GV8A 4PFTA 4WEDA 2F6PA 1H43A 2QS4A 3OSQA 3UIFA 1MPBA 1GTKA 1SW2A 1I6BA 5AE4A 3FV1A 2DVZA 3CG3A 4YU0A 3CSBA 2DXYA 1H44A 3H6WA 5I2NB 2NVUB 4IO5A 2DP8A 3IB2A 2GRVA 2PMSA 4M4GA 2XXUA 3DP8A 4R9FA 1FTLA 2O69A 1B4HA 4XKNA 4XIGQ 1QJMA 3VLVA 3T9XB 3U8QA 4OEVA 2DWHA 2I3WA 4LVQA 1Z7NE 5TU0A 1Y4TA 1MXUA 5DEXB 4JWXA 3G3GA 5K2YA 1OVBA 5DTBA 3E3KA 4IGRA 5JTYA 5IKBA 1N3XA 4U2RA 3SESA 4LZ8A 2F7BA 3H6VA 1IXIA 1B46A 2UYEA 5CMMA 1POTA 2HQ0A 1JW5A 3CVGA 1NNPA 2PVUA 3MAMA 2HFBA 3G3IA 2DSFA 3HHGA 5CBSA 3PMWA 5I2KA 3O6HA 4XKQA 4FJPA 1ATGA 4NWCA 3PU5A 4XKRA 1HSLA 1VSOA 1MPCA 1Y3QA 3UK4A 4L17A 5FHOA 1ELJA 3W9VA 4ELPA 1GGGA 3G3HA 1ZU0A 1FCKA 1TXFA 3LR1A 2V3UA 1BIYA 2F97A 3CFXA 2I48A 3PMXA 4RYAA 4Q0CA 3ZKLA 1FTMA 4ZS9A 4F3BA 1OMPA 3K6XA 1LBBA 2BJJX 4F2QA 4QFNA 1TFAA 2HZKA 4U1ZA 4LQ2A 3T9HB 3LSLA 1RYXA 4QSEA 4OEUA 3U1OA 2GHBA 2Z8EA 4GXAA 4EQ9A 3S9MC 3EHUA 2I49A 1N76A 1QULA 1Y1MA 5I2KB 1D3KA 3T96B 2X26A 1QUKA 2Z8DA 2O7UA 4NMYA 3FIRA 3RPWA 4YB5A 3R7XA 1VR5A 4GRKA 4I1DA 3O6IA 4IO4A 4F29A 4BDNA 2QS3A 4GLIA 1B58A 3RT6B 1M5DA 4EQBA 1B1HA 4ND9A 2QS1A 4NTLA 3MZBA 3IB0A 1B1XA 1NH8A 4YB7A 3JYRA 4GL8A 4AB6A 1DSNA 3CRBA 4AQ4A 1TFDA 4U4SA 3CFZA 1LB8A 4JWYA 2OBGA 1WVJA 1AMFA 4RK2A 4Q8RA 1EZPA 1YPNA 3OO6A 2H9BA 1N7XA 4DXCA 2F6GA 1B3HA 3K1MA 3S4UA 1XVYA 3OD7A 3GLBA 1B7UA 3RGYA 3V8XB 3OOAA 4RNSA 1O63A 3KGCA 1MDQA 2Q89A 4XKPA 1AIVA 5I59A 3B6TA 3OXNA 1MG1A 4X9TA 2Q2AA 1LCTA 3TODA 1FQCA 2XXIA 1B7ZA 4ELRA 1ZJLA 2GFEA 1B5HA 3TTKA 5B70A 2PT2A 4OXVA 1CB6A 1US5A 1JW1A 3A3CA 3BBRA 5DVJA 3BFTA 1YTVA 3CFLA 1IXGA 4DLDA 3IK6B 5I84A 4IB2A 1SW5A 3HV1A 3TTRA 4H65A 5KCJA 2PT1A 3T66A 4ESXA 1PDAA 3ZS6A 4QFLA 5CMKA 4G4PA 4UACA 1I6AA 4G8HA 3SEXA 3A3UA 3QSLA 4ZEKA 5I59B 5JEIA 1VE4A 4BDLA 4YKJA 5FHNA 2XD2A 4BDQA 2REJA 1ZIUA 3Q26A 4LP2B 3TCGA 3VV5A 1NKXA 2F8DA 2Z23A 3Q27A 4ZECA 4F1YA 2OLBA 5CMCA 2Y7PA 4G77A 1DMBA 2H99A 2UVIA 4PFUA 2VGQA 4YKPA 1LSTA 5H8SA 4ZEFA 1QKAA 5TP9A 2DE4A 4POXA 2AL4A 4BDRA 1B3GA 1IXCA 1CE2A 4ZE9A 2XX7A 4DE8A 1JEVA 3V89B 5H8QA 3UA8A 2F5XA 3Q29A 3ONMA 4H67A 3E9XA 1FTOA 1GR2A 1LBCA 5I56A 5IAIA 4R74A 1I6QA 2DWJA 3PPRA 1XOCA 3VVDA 1SW1A 4JB7A 1B5JA 3FD3A 2FA7A 3O2AA 3LBSA 1JVXA 3FJGA 2VD3A 3RTWB 1BTJA 3C4MA 1N7WA 2RCAA 4YZZA 3QUJA 3IOWA 2G29A 4OFOA 1M5CA 4TOZA 4EXLA 3KEIA 1NH7A 5EHMA 4FEBA 2W7YA 1N3WA 1NL5A 4ZZAA 1P1QA 5BWJA 3I3VA 1R9QA 3HCQA 5H8QB 3K1NA 1OLCA 2QSXA 2XXQA 1MY3A 2Z22A 4GD5A 1JQFA 4QF9A 1VFDA 3EHSA 1EZOA 2PBWA 3IR1A 5K2XA 2DYXA 3SEVA 2H4IA 4R73A 3PUXE 5HPQA 2RC7A 3VE1B 1TWYA 2OWSA 4LZ5A 2XXXA 5CI5A 2P1SA 4C0RA 2OCUA 5I2NA 4G68A 2DOJA 3SEUA 4ELQA 3FVNA 1DPPA 2XHDA 1SD3A 2A5TA 4F31B 4JDFA 2Y84A 3QUFA 4MLQA 4KCCA 5H8FA 5L9OA 3FJMA 5DEXA 3M3KA 5AA4B 5A5XA 3VDFA 3PUVE 3V83A 4F3PA 4OENA 1UTBA 3IJXB 2QMXA 2NXOA 5H8NA 1A54A 1XHYA 1POY1 2V3TA 4GWOA 3TFLA 3AXFA 3VXCA 4DCYA 4IY6A 3M3LA 3PMVA 4BDMA 3RUMA 1FQEA 4P0GA 4ESWA 2DQVA 5FTIA 4YICA 4DZ1A 4HCYA 1UQWA 3MZ1A 2HXWA 4G68B 2YPNA 1A55A 3FZVA 5J1DA 3GBAA 4YB6A 1GVCA 3GZGA 2D3IA 3QAXA 4R6HA 2A5TB 5TPAA 3H03A 3K6VA 1SI0A 3TQWA 3U92A 4LQ5A 5H8FB 4PFWA 5A5XB 3C36A 1BKAA 3T9UA 1UTBB 1MQGA 4RK9A 4Q30B 2ONKE 1LGBC 1P1OA 5H8NB 4R2BA 4RY1A 2VD2A 3OEKA 3ECRA 1Y9UA 4P11A 3FXQA 3IOVA 1S7YA 3CR9A 3EHTA 4HS7A 5KDTA 1I69A 3O6GA 4U4XA 2QRYA 4R72A 2D5WA 3P7IA 1F9BA 2CZLA 3FJ7A 3QIMA 4H1XA 4PETA 2ONRA 4MH5A 5B7DA 4RPNA 4ZEBA 1A8EA 1MQHA 5ISUA 1P1UA 3H7MA 2V25A 4KHZE 3O28A 5TPAB 1MQIA 2A5SA 1IUDA 1ZBMA 4Z0IA 4IO3A 1M5BA 4GF8A 2UVJA 4N07A 3B6QA 3O9PA 3MJNA 4PE5B 1B9JA 4PP0A 4MFIA 2DE2A 4R2FA 5M2VA 3RQTA 1QUJA 1NMUA 1EU8A 3O66A 3KOSA 5KDTB 5ITOA 1Y4CA 2OJTA 3IOTA 4NWDA 4G8NA 3D4GA 4ONYA 3PUZE 4C1TA 1B2HA 3QXMA 3IORA 3S9EA 3USDA 3M8UA 1B32A 1EH3A 2ABHA 5F1QA 2I4BA 4NF4B 3TTLA 1B51A 4KFQA 4OESA 4MLVA 4UA8A 1FW0A 3FATA 4LA9A 4KYDA 3RN8A 4OTEA 3JV9A 4GFRA 4OQOA 1SBPA 3LUYA 1MY0A 3PV0E 3KN8A 3O29A 4GVOA 2ZXTA 4POWA 2B65A 1USYE 2H5YA 2DXRA 4OVJA 4BLAA 3K6UA 4RXLA 3OO8A 4QRZA 3L6HA 1URGA 3VFJA 3SDFA 1B6HA 3TQLA 4EUOA 2Y7KA 1D9YA 1HSEA 4E0WA 1PB9A 1UTHB 4H0WA 2HZLA 2OWTA 5H8HA 5CC2A 1PBQA 4GOTA 3N6UA 1Y20A 1A99A 3G3KA 3A09A 2M8CA 3MVWA 1H45A 4EXKA 3TZAA 4G8MA 1M5EA 1XC1A 4EQ7A 3W9WA 4KR5A 4GXSB 1EZ9A 3R26A 3S9NC 3HO7A 4Z7EA 3HSTA 1R1NA 4NF8A 4GIZA 3RNNA 3N26A 4RJZA 5HBCA 2XXYA 4GQOA 3DP4A 1LAXA 1SDXA 3MBPA 5I57B 3QK6A 4MBPA 1NNKA 1ANFA 3PPNA 2X7PA 3VLWA 2VP1A 4RA1A 3MWBA 4OWDA 3IL1B 3CSGA 3T9VA 3I5OA 3C9HA 1SVXB 2F36A 3DP6A 4OERA 4R9GA 4NE4A 3HHFA 5H8HB 5DYHA 1OIBA 5AA2D 3E4RA 3EN3A 4M1VA 3PD9A 1II5A 2RINA 3S9LC 1B0HA 3OELA 5LOMA 3FV2A 4IO2A 4NF8B 2DWIA 4NF6A 3FVOA 3TCHA 2XXVA 1RYOA 2I0CA 3U93A 1B3LA 1ZLQA 2I0BA 3KFMA 2CMOA 2FNCA 1AOVA 2YLNA 3FASA 4C1UA 3KSJA 3SERA 4F1UA 3THIA 3H4ZA 5FTHA 1SQYA 3FVKA 4K3FA 4H8IA 2F34A 5EHSA 3H6UA 4ZZEA 4XXUA 1US4A 2B3FA 3BKIB 3IO6A 2RKMA 3C34A 2V84A 2ZNTA 1HSJA 4F3SA 2XX8A 3KN3A 1MM6A 2RF1A 4TQUQ 4FEDA 4NF6B 2X7QA 5L9MA 1URDA 1O7TA 1DOTA 1JW4A 2H25A 1PBPA 3QYTA 3KZGA 2AL5A 3DLNA 3V5AA 1MS7A 2DS9A 4YKKA 3VLUA 4IO6A 3OEMA 5CM6A 3W15C 1MY2A 3IO4A 3K00A 3M3FA 1B0LA 4H5FA 1LFIA 1B7HA 2O1MA 4DXBA 3D4CA 4QFOA 2ANJA 2I4CA 5AA4A 4N6PA 3G7WA 1MXYA 3CG1A 1IZ1A 2P2AA 2PX1A 3MVXA 4U23A 1Q1KA 4YKIA 2O84X 1YAEA 1MDP1 3TYHA 4H5GA 3K1PA 1T0KA 4F1VA 4LATA 1MH4A 1KWHA 3EPEA 2THIA 3PPOA 3MVYA 3CI8A 2DE3A 3UGWA 1A7LA 2ZYOA 5JK4A 3LC8A 1USYH 3N6TA 4G68C 1J1NA 2XD3A 3G3FA 2RC9A 4HTGA 2F35A 2XX9A 3K6WA 3B7DA 1FTKA 4I8CA 1Y3PA 1MXZA 2XXPA 4EF2A 5KZTA 2Z8FA 3N94A 1LAHE 3LSFB 4QFKA 1FQBA 1SI1A 2NOOA 3L6GA 2XXHA 3MUQA 4EDPA 1P1WA 4NF5B 2HAVA 1UIUA 1SW4A 1ZTYA 1H76A 4TLMB 1YCJA 2V93A 3MP6A 2O6AA 3IJOB 1LLSA 2RCBA 3SEYA 4JWOA 4TLLB 4ZDMA 1JETA 1MRPA 1A8FA 2IA4A 1UIVA 1DTZA 3TEPA 3MPKA 1L5TA 1Z7ME 2Q8JA 2RC8A 1N0TA 2Q9TA 1NNTA 2I58A 5ELVA 1LFGA 3UN6A 4OETA 3SETA 3OMBA 2REGA 4OMBA 3SEWA 2R9JA 1B4ZA 1B3EA 4QHQA 5AA2B 3C33A 3FUZA 3PPPA 1MXVA 4KI0E 3PUWE 1PC3A 1PB8A 4O3AA 3C31A 1WODA 1TT1A 4MF3A 1OQHA 4RPOA 1B3FA 1DTGA 1URSA 2ZMBA 2QS2A 3UP9A 4QSDA 3ILUB 4R75A 4NEDA 4R6KA 1P1NA 3KG2A 2F7AA 5ICQA 4FAJA 3Q28A 1M5FA 1O64A 2E0SA 4NF4A 3ZKKA 1MPDA 3EF7A 5BUUA 1N04A 4WXJA 1IQ7A 1PEBA 2ONSA 1IXHA 4ISUA 2ZYNA 5CBRA 4F18A 4PQJA 1IITA 2AIXA 1WDNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P3VA 4DCXA 1OLAA 2O68A 4KD5A 4X8RA 5JTYB 2OK2A 1VFEA 4JBZA 3DM0A 3R6UA 2Q2CA 1LAGE 2ZYMA 4NHBA 4YAHX 2GHAA 1B40A 4Q5TA 1UTHA 4FE8A 3G3JA 3RY3A 2UYFA 3HN0A 2DVCA 4I9DA 4GL0A 3K01A 2O51A 2Q74A 3TMGA 4H6DA 1QW0A 1FTAA 1QKBA 3H06B 1XVXA 3OO9A 2E1SA 4LONB 1SYHA 3MSTA 2HEUA 4ELOA 3E13X 4DIGA 2F78A 3KN7A 1G0IA 3OSRA 2KLFA 3TCFA 2IEEA 3TTNA 3T93B 1XT8A 2XA5A 3BFUA 1YXIA 3MPLA 3KBZA 5I57A 1DBZA 2F3BA 3OENA 2OZZA 3MW0A 1LFHA 4DXUA 1RKMA 2FIEA 1MXXA 1LBZA 1OVTA 4F39A 3PPQA 1N84A 1EWFA 2O7IA 3U72A 2KR0A 2DWAA 4EF1A 3PTYA 1FQAA 5CRYA 3LSWA 2O1LA 1MXWA 3GBBA 1S50A 4JXIA 4O7IA 4X48A 2ESNA 4F3GA 3TKDA 2NWJA 4P0IA 3MZ9A 3KBRA 1R6ZA 3MP1A 4IGTA 2Y7WA 3OO7A 3T0JA 3SKPA 2HAUA 1LCFA 4OFJA 5EQ7A 1FPIA 3HPIA 2ZZWA 4KGOA 4FORA 1Q35A 4OYVA 1IEJA 4I3EA 3WAEA 2ZNSA 4O94A 3DELB 3H6TA 2HXRA 4THIA 4U22A 3FGSA 2D21A 4PDDA 4U1OA 3B6WA 4XTCQ 1QVSA 5EYFA 3KJ7A 2B4LA 3GYYA 1MQDA 1JNFA 1NV1A 4FECA 2AYSA 2Q88A 3PGFA 2UVHA 2WKYA 2UVGA 1DPEA 4U21A 3RT8A 5ICTA 5ESYA 3O97A 3E78A 4ZEIA 1A40A 1FPLA 5AA1A 3T1BA 1S9TA 2FYIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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