3H4Z | Genus

Total Genus 167

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	167
sequence length	568
structure length	568
Chain Sequence	KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__856428604345302__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__856428604345302__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3h4z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__856428604345302__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"856428604345302","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3h4z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__856428604345302__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff09801936631c2ed1ec7d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff09801936631c2ed1ec7d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff09801936631c2ed1ec7d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff09801936631c2ed1ec7d/pdb.gz): 1692 ms

reading 568 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

568 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 37 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:567});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Allergen
source organism	Escherichia coli
publication title	The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
total genus	167
structure length	568
sequence length	568
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-04-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01547	SBP_bac_1	Bacterial extracellular solute-binding protein
A	PF16984	Grp7_allergen	Group 7 allergen

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.15.10.50	Alpha Beta	Super Roll	Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1	Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1	3h4zA03
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3h4zA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	3h4zA01

3OD7A 4R2FA 2UVIA 3PPNA 4H65A 2VD3A 3UV1A 3KJ7A 3KSJA 5CI5A 1OQGA 5JEIA 3MVWA 2OZZA 3O28A 2O1LA 1QUKA 3TFLA 5AA4B 5H8HB 4U23A 4H67A 4DCYA 2AL4A 3S2VA 3JYRA 1FTJA 2PX1A 3T9HB 3FV1A 3H3GA 3FJMA 2PYYA 3MVXA 4MLVA 4LQ5A 5B70A 2ONRA 2UVHA 1URDA 3IB2A 4R9GA 4DZ1A 2Y7RA 4H8IA 2F7CA 4EQ7A 2HZKA 3TCFA 3IB0A 2Q2CA 5FHNA 2M8CA 3ZKLA 4F1VA 1I6QA 5DT6A 4F29A 2BJJX 3N5LA 1NNKA 4KI0E 4ISUA 4EQ9A 4LONB 4NMYA 5TPAA 1LBCA 4GOTA 5H8FB 2ZNSA 1Y4TA 3FASA 4G4PA 5A5XB 1B6HA 3QIMA 3PGFA 3TTRA 3MUQA 1SBPA 4FIMA 3KN7A 4HS7A 2FYIA 1N7XA 4JDFA 4M4GA 4R2BA 3N26A 2Q2AA 4X1BA 5TPAB 2O7IA 3DP8A 3D4GA 2HXWA 3EQ1A 3SKPA 3KJTA 3CRBA 4ZDMA 4DXUA 1Z7ME 4IGTA 1P99A 1FTOA 1ZLQA 3RQTA 4EXLA 4R6KA 1MY4A 5DEXA 4GWOA 4ESXA 1NH7A 3LSFB 5B7DA 1LFHA 5KDTB 4HCYA 1JETA 3AXFA 4O3BA 4HTGA 4ECFA 5I2KA 1UTHA 4GL0A 1A54A 3VVDA 2DVZA 4Q30B 3FVKA 2X26A 1USYH 4NTLA 4BDLA 2HFBA 3GBAA 1IZ1A 3G7WA 3O9PA 3KBRA 1WDNA 1N7WA 4G68C 3H7MA 1LLSA 4X1DA 2Q89A 1B7ZA 1TT1A 3G3FA 4PETA 3T9VA 4H5FA 1SI0A 2DE2A 2I4CA 3HSTA 2VHAA 3E3KA 4OVJA 3O6HA 4MFIA 3SEXA 1NNTA 2RKMA 1B0LA 3RN8A 1NMUA 4ZEKA 1EZ9A 3RGYA 1LCTA 5I57B 1A40A 4G8MA 1N84A 1UTBB 3QXMA 3B6WA 1Q1KA 2H5YA 3TTMA 1B3GA 1US5A 3FV2A 1R6ZA 1O63A 5FTIA 3MZ1A 5IKBA 5H8QB 4BDMA 2RF1A 2GFEA 3Q28A 3O29A 3H4ZA 1H76A 4IO5A 4QF9A 5K2XA 2ZYKA 4XIGQ 1B0HA 4NF8A 4QSDA 1MQGA 3A09A 4BDRA 4OXVA 3THIA 1AMFA 2H4IA 3TTKA 4TQUQ 3C32A 1N0TA 2RC9A 1OLAA 5IAIA 5L9MA 1SI1A 4NF8B 1Y1ZA 1B52A 1MXXA 3P7IA 3TEPA 1MM7A 4GFRA 4BDOA 4HW8A 2REJA 1M5FA 1GTKA 1CB6A 3IO6A 4UACA 3VV5A 4EUOA 4JWXA 3PMXA 1MPBA 3T96B 3O97A 4OESA 3CVGA 1XC1A 3K1MA 4ZE8A 1JQFA 5I58A 4RJZA 1SVXB 2F78A 1PBQA 5JTYA 1WVJA 2OWSA 3IOTA 3B6QA 4EDPA 1M5EA 3IK6B 3HHGA 2AYSA 3TMGA 2I0BA 1M5BA 1IXHA 4ZECA 3RUMA 2IEEA 1QULA 1USYE 1B1HA 3OEMA 4JBZA 4DLDA 3K01A 1XHYA 1B2HA 1A8EA 1ELJA 4RYAA 2DWJA 3FXQA 4KQPA 4F18A 3WAFA 1ZMGA 4QFKA 3Q26A 1LB9A 4MBPA 4XKQA 3C33A 2D5WA 3TCHA 4LZ7A 4OWDA 3M8UA 3VFJA 1SYIA 1B05A 3SERA 3FGSA 1DTZA 2VGQA 1A55A 1MS7A 1O64A 4E0WA 1EU8A 4GL8A 2HCAA 1JVXA 2QMXA 4F1UA 1LAGE 1SDXA 3IJOB 4FEDA 4U1ZA 3PPQA 2ANJA 5CBRA 2DOJA 5F7VA 3V83A 3VDFA 1POTA 3T9XB 4PFWA 1MDP1 1DTGA 2NVUB 1UQWA 4F3PA 2ZYOA 1DPEA 2Q88A 4GRKA 3E13X 3O6IA 5CMBA 3VVFA 1P1QA 2VD2A 4JWOA 4LUBA 4NF6B 2P2AA 3G3GA 2DWAA 4DCXA 3PPOA 1Y3QA 1MQHA 4POWA 3E4RA 1KWHA 4DIGA 1QKBA 1GV8A 3M3FA 4F39A 2HQ0A 3FZVA 4GXAA 4QSCA 4U2RA 1VE4A 4OFLA 5EYFA 1POY1 3CSBA 1Y3PA 4YAHX 2ZYMA 3S9MC 5HPQA 2F7BA 3PD9A 5ICTA 1JW5A 4OQOA 1PB8A 1MY1A 4PFTA 1MPCA 4JSDA 1MDQA 1DMBA 4M1VA 2DXYA 2B3FA 1URGA 4EF2A 2ZYNA 2FNCA 2XD3A 1B5HA 3QK6A 3I3VA 3FVNA 3D4CA 1FQFA 1FQBA 4Q8RA 2GH9A 3UP9A 1R9QA 2RC8A 2O7UA 3V5AA 3OELA 2UVGA 5AA1A 3MZ9A 3IORA 1YCJA 1A99A 4ZZEA 5I84A 2X7PA 1P1WA 1VFDA 5CBSA 4NWCA 3EPEA 2O6AA 3MZBA 5KCJB 4QHQA 5CMKA 1P1NA 1MY3A 2YLNA 4KD5A 5H8FA 3MAMA 5A5XA 3UK4A 2H25A 1H45A 3CI8A 4ND9A 1OLCA 1FQEA 4JWYA 3MP1A 4WKMA 2UYEA 1S50A 1H3DA 2H99A 4OEVA 2XXHA 4U4SA 3PUVE 3JZJA 3KGCA 1YAEA 3OO7A 3OO6A 5CMMA 2WKYA 1O7TA 3F11A 3LC8A 4F22A 4IO7A 4ZEIA 2QPQA 2P0SA 3SEUA 2RCBA 4RPOA 2F5XA 2OWTA 4GD5A 4NF5B 3K0VA 3VVEA 5DTBA 5KDTA 2ZNTA 2F34A 2XXIA 5I59A 2PT2A 1IUDA 4AQ4A 4GIZA 2NOOA 4JB7A 4H1XA 4QSEA 3C31A 4Q5TA 1MY0A 3GLBA 3K6VA 5I59B 4GQOA 1T0KA 4RA1A 2DYXA 1Y4CA 2V3UA 1II5A 4KHZE 3KEIA 3VLUA 4C1UA 4NWDA 1MM6A 4FAJA 3PPPA 3UORA 1EH3A 4IY6A 1IXGA 2I49A 3KG2A 1M5CA 1RYOA 2DE4A 3PPRA 1MXWA 1HSEA 4U1OA 1N3WA 5ITOA 4C0RA 3QYTA 5TU0A 1PB9A 5I57A 5FHMA 4YMBA 4IO4A 3USDA 1TFAA 2Y7PA 1EZOA 1MY2A 1UTBA 3TODA 5L8DA 4QFLA 1F9BA 1FCKA 3UA8A 5J1DA 3N6UA 2FA7A 4RK2A 3PUXE 4F2QA 1HSLA 2ZXTA 4LQ2A 2O51A 3CSGA 4FE8A 1EZPA 4YKKA 2NUVA 1RKMA 3BKIB 3QAXA 4JXIA 5CM6A 2YJPA 5H8QA 4FECA 3IL1B 4OETA 2R6GE 2OJTA 2XXTA 5DVFA 1UIVA 3H6VA 3SESA 4IY5A 2V84A 2E1SA 1NNPA 1CE2A 1PC3A 2DE3A 2QJEA 1SD3A 4IO6A 4P0GA 4Z0IA 1B3FA 3HHFA 2I3VA 4YB7A 3LSXA 3K6UA 3H06B 1LSTA 2I6EA 3KN8A 3OO9A 1ZJLA 4I9DA 1GVCA 2ONKE 3ECRA 3K02A 1B4ZA 4OFOA 3TKDA 3KSXA 2LAOA 3ZS6A 4P0IA 1FW0A 3OOAA 3LBSA 2W7YA 4OEUA 4YMAA 1IEJA 2O84X 2QS3A 3A3CA 3EHUA 3K6XA 2XD2A 4JSOA 3CFXA 2RC7A 3B6TA 4H5GA 3MP8A 2B65A 4ZEBA 5FHOA 2O1MA 3DELB 4I1DA 1MRPA 4C1TA 2I0CA 5DVIA 3HN0A 3N94A 3C9HA 3V89B 2Z8FA 2PBWA 2IA4A 2ZMBA 2D3IA 3VLVA 1P1UA 5ISUA 3EF7A 4PFYA 5AA2B 2G93A 3BBRA 2AL5A 4IO3A 1QUIA 1S7YA 3VLWA 2DWHA 2CZLA 3FXRA 3U92A 3LSWA 3L6HA 1N76A 3SDFA 2XX8A 3N6TA 2E0SA 3PUZE 3KOTA 2V3TA 4K3FA 4H0WA 1OIBA 1MXZA 1NFTA 2DQVA 2F8DA 3ODBA 3H6TA 1IIWA 2QSXA 3SEVA 1XT8A 3FJ7A 1IXCA 1BKAA 4N13A 1QW0A 4PFUA 1PEBA 4R72A 1XS5A 3DP6A 5L9OA 4P11A 2Q9TA 3TZAA 1XOCA 4RY1A 5EHSA 3WAEA 4YB6A 3TDJA 1UIUA 3RLFE 1D3KA 1IXIA 5AE4A 2THIA 3QUJA 4R6YA 3Q29A 1JVYA 3FVGA 1PB7A 3QUFA 4H6DA 1B5IA 3SETA 5I56A 2PMSA 3T66A 1SYHA 4Z7EA 4YU0A 4EXKA 2DS9A 3FXUA 3U94A 3U1OA 3L6GA 1OMPA 2XHDA 3TELA 5CMCA 1P1OA 2Z22A 5JK4A 4KYSA 4F1YA 3T93B 2OCUA 1TWYA 2Y7WA 4IB2A 2Y7KA 4ZEDA 5I56B 4NF6A 1PBPA 4KPTA 2REGA 1B40A 4ESWA 3IOVA 3IJXB 2XXYA 1FTKA 3EHSA 2O68A 3O2AA 1FQAA 1Y20A 2V25A 3EN3A 3MBPA 1LB8A 3CFZA 3I5OA 3W9VA 5L9SA 3G3JA 4OERA 2QL3A 4YKJA 3ONMA 4LZ5A 4TLLB 3OEKA 4QFNA 3ZKKA 4F19A 1M5DA 3TCGA 4O3CA 3PU5A 2AIXA 1LGBC 3DM0A 3O6GA 2DP8A 5ITPA 4OYVA 3EHTA 1BP5A 3HCQA 3GXAA 1Z7NE 4THIA 4F3SA 3R7XA 3TTNA 3K1NA 2GHAA 2Z8DA 2ESNA 1N3XA 1AL3A 3K1PA 2GRVA 4OENA 3IB1A 2HEUA 1MQIA 1D9YA 1JW4A 4KYEA 1BIYA 4HCWA 5KCJA 4RPNA 4PE5B 3MW0A 1H44A 1LBBA 1B1XA 2Z8EA 1SW1A 4ELPA 3KN3A 3RT8A 4R9FA 1LCFA 4PP0A 3DP4A 2XXPA 3O66A 4NE4A 3RTWB 4N6PA 1URSA 3PMVA 1BLFA 5LOMA 4TLMB 4F2OA 1FTLA 3ILTB 3R6UA 3MWBA 3PMWA 1LAXA 5CRYA 1MQDA 4BDQA 5AA2D 4NF5A 2QS1A 1D4NA 1TXFA 1AOVA 4F3GA 1B5JA 2OLBA 1B7UA 4MH5A 1LFIA 1JNFA 1MPDA 2A5SA 3I6VA 2F6PA 4DE8A 1MH4A 4X9TA 1TFDA 3UN6A 4GF8A 1B7HA 3OXNA 3B7DA 3RY3A 1VSOA 3UIFA 2XX7A 2XXVA 3S9LC 4DDDA 1ANFA 3GZGA 4R74A 4OFJA 3FD3A 3T9UA 2F35A 2VOZA 2ONSA 3IO4A 1YTVA 1BTJA 2XXWA 3PUYE 1DSNA 1B3HA 4FATA 2PT1A 3HV1A 4PQJA 4QFOA 1JW1A 2QMWA 3IR1A 4G77A 1MXVA 4OZ9A 4GLIA 1B32A 4YKIA 3TUSA 1GGGA 4XXUA 5BWJA 1L5TA 4WXJA 4LZ8A 5ICQA 5DEXB 4KFQA 1MXUA 1SW2A 3C35A 4UA8A 1JEUA 1MQJA 4I8CA 1OQHA 5EHMA 3U72A 5I2KB 4RNSA 1ZBMA 1LAFE 4E0XA 1UTHB 2HAVA 4RK9A 2I58A 3C36A 3HPIA 4QRZA 3ILUB 3OSRA 5I2NA 2Z23A 4N07A 4ZEFA 3LUYA 3RT6B 3SEYA 3VE1B 4AB5A 4ZS9A 4AB6A 2F7AA 4BDNA 2XXRA 4GVOA 5I2NB 3CG1A 4TOZA 3K6WA 4FORA 2X7QA 3MJNA 3CFLA 4KR5A 5H8NA 4ELQA 4I62A 1QUJA 1QJMA 2UYFA 1VR5A 1R1NA 3Q27A 3TYHA 3M3KA 3KZGA 4L17A 3ZSFA 3K00A 4F3BA 3A3UA 3VXCA 2QRYA 2ABHA 3TQLA 3FIRA 3CIJA 1QVSA 2V3QA 5H8NB 5K2YA 3MP6A 3BFUA 4YB5A 1N04A 4H8JA 2V93A 3MVYA 1QKAA 4OTEA 3TQWA 1GR2A 3G3HA 3IAZA 1I69A 5FTHA 1A8FA 1ZTYA 3S4UA 2O69A 2D21A 3MVZA 1NKXA 3TPAA 3VXBA 1D9VA 1NL5A 4LP2B 4G8NA 1SW4A 3DLNA 3S9NC 1NH8A 3KOSA 2XXUA 2RCAA 2PVUA 4EQBA 4R73A 4ZZAA 3RTFB 1I6BA 3FJGA 2R9JA 4DXBA 2A5TA 5AA2A 1OVBA 3IOWA 4G8HA 3TTLA 4QFPA 3T22A 2OBGA 4FEBA 1B9JA 5H8SA 4MLQA 2YPNA 4OMBA 3TAJA 3BFTA 1FTMA 3OO8A 4R75A 2A5TB 1LAHE 3RNNA 2Y7IA 1B4HA 1S9TA 3W9WA 1NNFA 4IO2A 2P1SA 3PD8A 4FJPA 2GHBA 1SW5A 1Y3NA 1MH3A 3C4MA 4YKPA 3CG3A 5I58B 2I48A 2I3WA 1FQDA 4U21A 1MXYA 1US4A 5JTYB 2F36A 3FATA 1B58A 2XX9A 4WEPA 3S9EA 4ELOA 4NF4A 5DYHA 1FQCA 1IITA 4XKNA 4XKRA 5M2VA 3LR1A 2KLFA 4LA9A 2CMOA 3HO7A 1IQ7A 3MPKA 1ZKBA 4Q0CA 3W15C 4U22A 1ZIUA 2Y84A 4NEDA 2H98A 4ONYA 2DWIA 4NF4B 3M3LA 2QS2A 3MC2A 5TP9A 4LATA 1I6AA 2B3BA 2QS4A 5ELVA 3V8XB 3UGWA 1DOTA 2DXRA 4KYDA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3H4ZA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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