3H4ZA

Crystal structure of an mbp-der p 7 fusion protein
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
568
structure length
568
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
molecule tags Allergen
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 568
sequence length 568
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16984 Grp7_allergen Group 7 allergen
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.15.10.50 Alpha Beta Super Roll Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 3h4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA01
3BKIB 1FTOA 1DTZA 3O6HA 4GRKA 2LAOA 2VD2A 3L6GA 4LVQA 3VVFA 1S50A 2OWSA 4N07A 1TFAA 3EPEA 4OETA 2QPQA 1QJMA 4DDDA 2A5TA 4EUOA 1MQHA 1NL5A 1S9TA 4U1OA 1FTLA 1PDAA 4ISUA 3E4RA 2YLNA 1NH8A 5DEXA 5EYFA 1LFHA 2HAUA 4ELPA 1MPDA 2XXWA 5H8NB 2UYEA 5B7DA 2Q89A 4EDPA 3E13X 4PFYA 1DOTA 1OLCA 3CSGA 1RYXA 4IO6A 5FHNA 4NF5A 3TFLA 1JVXA 4F29A 1FQEA 4XKRA 3FV1A 1IUDA 4NF4A 1URSA 3S9MC 1US5A 2Z8EA 5AA2B 1Y20A 3TAJA 1N0TA 2QJEA 2QS4A 1FQFA 4IGRA 1Z7NE 3LSLA 1YTVA 3OEKA 1SD3A 4LA9A 1P1OA 1LAFE 5K2YA 2QL3A 4P0GA 5FHMA 1IXCA 4OMBA 4LZ5A 2XXIA 1B3EA 3MVXA 3P7IA 3TTKA 3TODA 3FXRA 4DLDA 1USYE 3MVYA 1OMPA 4R6YA 1IXIA 2KLFA 3W15C 4YKIA 1QUKA 2AIXA 2H4IA 3OSQA 3QAXA 3VLWA 5CI5A 1KWHA 5M2VA 4FORA 2NUVA 1UTHB 5I57B 2I58A 1LGBC 3CR9A 2F7BA 2VHAA 4ZECA 5TP9B 2NOOA 3K01A 3R7XA 1PBPA 4H0WA 1JW1A 3O6IA 4OYVA 3FZVA 1Y3PA 2QMXA 3TDJA 2F78A 1L5TA 2UVHA 2UVGA 3VVEA 5I56B 1AL3A 2X26A 3MJNA 1MQIA 4YB6A 3IL1B 1OIBA 4ELRA 4YAHX 1B32A 5BUUA 4QSEA 1JETA 4F1YA 3OO6A 4KYSA 3FVKA 1LAGE 3S9NC 4NF6A 1NNFA 2OWTA 3TMGA 1LFGA 3G3HA 3G3IA 1BLFA 1NNKA 2ZMBA 4U2RA 1SVXB 1B5HA 2W7YA 1MDQA 3HCQA 2XXPA 3FVGA 2I3WA 1I6AA 4QSCA 1PBQA 1H44A 2V3TA 4LQ5A 1QULA 2GHBA 1I6BA 4ONYA 3TUSA 2DVZA 4I62A 3QUJA 3IOVA 2OBGA 3C36A 1F9BA 4JWXA 3PPRA 2ESNA 4NF8A 3IK6B 2R71A 1BKAA 2AL5A 1XC1A 1LB8A 1MPBA 1HSLA 1J1NA 2PYYA 3FD3A 2IA4A 3KJ7A 2DE3A 3AXFA 4P0IA 1B4HA 4YZZA 2DYXA 3GBBA 4R2BA 4NMYA 4GL8A 3SESA 4JDFA 3M3FA 4GD5A 2Z23A 4GWOA 4XKPA 4EF2A 4ZZEA 4NTLA 5AA2D 1HSJA 4H8IA 2V3QA 4H67A 2F7AA 2A5TB 3OELA 1JEUA 3UN6A 3PUVE 1LFIA 5ITPA 1GV8A 3H6WA 5DEXB 1H76A 3MZBA 3FIRA 3HV1A 3VFJA 5TPAA 4TOZA 4H8JA 3G7WA 4LUBA 4NF5B 2UVJA 3HN0A 4BDMA 2ZYKA 2O7IA 4NF4B 3SEXA 1A7LA 3KFMA 4YKPA 3UA8A 1MY1A 4RA1A 3W9WA 2HZLA 2V93A 1M5FA 4RK2A 1ZMGA 4Q8RA 3VVDA 2REGA 2Q2CA 1ATGA 3PUXE 2PT1A 2THIA 4OQOA 3JZJA 2YPNA 5KZTA 3SEVA 3RUMA 5ITOA 1B6HA 3E3KA 3FJ7A 3RY3A 1B0LA 2XXRA 1FQAA 2DS9A 3CI8A 4QFOA 2P1SA 2RC7A 3I5OA 3PPOA 1LSTA 5F1QA 1POTA 2GRVA 1EZOA 3TEPA 3TYHA 3PUYE 3H6TA 4DZ1A 3Q26A 1CB6A 4FECA 1DMBA 3MQ9A 4THIA 4GF8A 3HO7A 4H6DA 4HCYA 1GTKA 2WKYA 3O6GA 4O3BA 1MXVA 2GFEA 4F1UA 3O9PA 3PUWE 3IR1A 3CIJA 4RNSA 4PFWA 3M3LA 3OOAA 3EF7A 3T96B 4YICA 2O1LA 3PMVA 3W9VA 5HM4B 3PD8A 1DPEA 1H43A 2QMWA 2PT2A 4R75A 3M3KA 5EHSA 4ZDMA 4U1ZA 1LAXA 4KYDA 3KN8A 5KCJA 4LQ2A 4HCWA 4OFLA 2V25A 1GVCA 1M5BA 4R2FA 3CFZA 1A99A 1JVYA 2Y7IA 1H45A 1NNTA 4NF6B 4H5GA 3KZGA 1ZKBA 3LSXA 2XXXA 3BFTA 3MPLA 3OO7A 1P1NA 1N84A 2RKMA 4F1VA 2F5XA 1N3XA 4AQ4A 5CMKA 4Q30B 4QFKA 1QVSA 3FXQA 3TCFA 3K6VA 2REJA 3IORA 3IJOB 3VXBA 1FQBA 4YMBA 3PUZE 1PEBA 4NF8B 4ZEFA 1B58A 3TTLA 2FYIA 3PMXA 1SW5A 1RYOA 4YU0A 4TQUQ 1A8EA 5FHOA 1MY3A 4G68A 3QXMA 3QK6A 3UK4A 4AB5A 3IO6A 5A5XA 1NH7A 1P1UA 1XVXA 3T22A 3THIA 4GFRA 4DIGA 3H6UA 4R73A 2R9JA 1JEVA 2HQ0A 4ZE9A 3EQ1A 2F8DA 5I58A 4X1DA 2OLBA 1M5CA 1Y4TA 2HCAA 1MY0A 3U94A 4JSOA 4LONB 3O97A 3VLVA 3B7DA 1DSNA 3G3GA 4G8HA 3K6UA 1NKXA 1VSOA 3K00A 2ZYMA 1B51A 2O84X 5H8QA 4R6HA 2G29A 3L6HA 2I4CA 4IO2A 3CG3A 1TFDA 1B7ZA 2ZYOA 3PD9A 5ISUA 4ZZAA 5CBRA 2F36A 1Y1MA 3Q27A 3CRBA 4KD5A 1B3LA 3SEWA 5FTHA 5K2XA 5J1DA 4F31B 2I0BA 3N94A 1XHYA 2XXTA 3OMBA 3IOWA 4FEDA 1ZIUA 3RPWA 1IXHA 1UIVA 4JXIA 3T93B 4POXA 2FA7A 4Z7EA 4MH5A 1MM6A 4KCDA 1YCJA 1SI1A 1SI0A 3K0VA 1MQDA 2ONRA 2RC8A 1MXXA 2Y7WA 2HEUA 2RC9A 4WKMA 4N13A 4I8CA 1OLAA 3CFLA 4YKJA 5DTBA 3FV2A 1LBBA 4QF9A 3T9UA 5AA3A 2VD3A 2O1MA 5L9MA 1ANFA 1XOCA 3FXUA 4ECFA 1O7TA 1M5DA 5LOMA 3C31A 3K6XA 1FQCA 4JSDA 3K1MA 5ICTA 4YMAA 3MAMA 4JWYA 2R6GE 5I84A 3FATA 2I0CA 2AYSA 5EHMA 3SERA 3H7MA 1IEJA 4G77A 4OFJA 1P99A 3PPQA 4QHQA 1AH5A 4R74A 4G2ZA 4GLIA 4RPNA 3R6UA 4FE8A 3KSJA 3FJMA 4KHZE 2V3UA 5I2KA 1MXUA 5AA4A 5BWJA 3UORA 3IB1A 4H65A 4YB7A 3QYTA 3KBRA 4DE8A 4UA8A 3MUQA 5KCJB 3LBSA 4XKNA 5CMBA 3OEMA 3IO4A 4OTEA 3BFUA 4WXJA 3KGCA 3N5LA 5DVJA 3TKDA 3HHFA 1B3HA 2XX8A 1FTKA 3ZS6A 1OVBA 1LB9A 2Y7PA 3KSXA 1ZU0A 4ZEKA 2RF1A 4RY1A 4DXUA 3ODBA 3EN3A 1QKBA 3IJXB 1FTJA 3PU5A 3K2DA 4YKKA 3OXNA 4F2QA 3FGSA 3LC8A 4OXVA 1SYHA 4FJPA 4QFNA 3U93A 4N6PA 3A3CA 4G68B 4KPTA 3U8QA 4RK9A 1SW1A 5TU0A 1IQ7A 1A55A 1BP5A 5A5XB 1B46A 4NEDA 4TLMB 5JTYA 4UACA 5I59A 3WAFA 1Y1ZA 3RT6B 2NVUB 4M4GA 3IB2A 3RTFB 3SKPA 3C34A 5I58B 3UIFA 1N7WA 2E1SA 3H06B 4WEDA 1URGA 4OHNA 1MQGA 2HZKA 3K1PA 3EHUA 2DSFA 4F3BA 3C4MA 3UGWA 3LSFB 3LUYA 3PPNA 1EZ9A 4U4SA 1Y3QA 2DE2A 4TLLB 2O69A 3KG2A 3S9EA 2ZXTA 4F22A 1QKAA 3CG1A 1Q1KA 1MH4A 1UQWA 4R9GA 4EQ9A 5H8QB 1B5JA 1MDP1 4LATA 2ABHA 5H8FA 2UVIA 1R9LA 3T66A 4JWOA 2DP8A 2OK2A 4XXUA 4GIZA 1B40A 3SDFA 5DYHA 4RXLA 2DWHA 3HHGA 1DTGA 2F97A 3K02A 2I4BA 4PP0A 1XVYA 3DM0A 3LR1A 1USYH 4QSDA 3SEUA 5CC2A 2CMOA 3C35A 4KYEA 2XX7A 1FTMA 3G3FA 3IOUA 4FIMA 3V83A 2I48A 3JYRA 2Y84A 3M8UA 1IIWA 4MBPA 3OENA 1B3GA 4QFLA 1MG1A 3H6VA 2X7QA 1D3KA 1ELJA 1BIYA 2NXOA 4PETA 4QRZA 3IOTA 3C9HA 3F11A 1IXGA 5CM6A 2ZNSA 5I2NA 3PV0E 3H03A 4ZE8A 4NWCA 1DPPA 2RCBA 3DP4A 5F7VA 3B6TA 2Q88A 4GOTA 4IY5A 3RQTA 4MF3A 1A54A 1FCKA 3U72A 5HPQA 3EHTA 1B1HA 2OJTA 3TCHA 1QW0A 3VLUA 5DVIA 4BDNA 3ILUB 5I2KB 5AA4B 3RLFE 4BDRA 3U1OA 4YB5A 3B6WA 1JW5A 4PQJA 1H3DA 2PX1A 4OEVA 3HPIA 2H5YA 2ZNTA 2DVCA 3S4UA 3V89B 4Q0CA 3RNNA 1VFEA 3PGFA 3TTMA 2D3IA 3PMWA 4KCCA 3D4GA 2DWIA 1N3WA 1UTBA 4LP2B 1EU8A 2ONKE 3O29A 3VE1B 3QSLA 2HXWA 3ILTB 5L8DA 2QS2A 1JNFA 1R1NA 4OWDA 2DXYA 2B65A 4NE4A 2DWAA 2UXAA 4IO5A 5L9SA 2QS3A 4FATA 4C1UA 2XXVA 1MS7A 2H99A 3S9LC 5H8SA 5IKBA 1ZTYA 4C0RA 2F35A 2XXUA 4G68C 3IAZA 1Q35A 4BDOA 1AMFA 1GGGA 3QIMA 3TZAA 4MLQA 4ND9A 1M5EA 4P11A 1P1WA 1ZJLA 3DP6A 1MXZA 3OO9A 4DXCA 3OSRA 1WVJA 5JTYB 1P1QA 1VFDA 5I59B 3GLBA 4U23A 4EXKA 4OFOA 4FAJA 4G8MA 3ONMA 2B3FA 1SYIA 1D4NA 3ZSFA 3TQLA 1ZLQA 3MWBA 4F3PA 3DLNA 4OEUA 3RTWB 4JB7A 1T0KA 5TPAB 1HSEA 3S2VA 3MVZA 3H4ZA 1GR2A 5H8HA 1URDA 1II5A 1EH3A 3O28A 2ONSA 3V5AA 2PMSA 5B70A 3R26A 3I3VA 2RINA 1N04A 2O7UA 4R72A 3T9XB 4RPOA 4GXSB 3FVOA 4JBZA 3FVNA 4BLAA 5H8FB 4U21A 1SDXA 4G4PA 1O64A 4GXAA 1ZBMA 4XKQA 1SBPA 3C33A 1YPNA 2XX9A 1OQGA 3B6QA 4F39A 2UYFA 3MP6A 2PVUA 1R9QA 3RT8A 1XS5A 3C32A 1NFTA 4O3AA 4LZ7A 1PB8A 1OVTA 2HFBA 3VDFA 4BDQA 1CE2A 4DCYA 2G93A 2XD3A 4OERA 3UP9A 3MP8A 4WEPA 1SW2A 4NWDA 4XTCQ 3WAEA 2DXRA 2BJJX 1B05A 4R6KA 4EQBA 5AA1A 1MXYA 4U22A 3V8XB 3ZKLA 1MY2A 3HSTA 3G3JA 3E9XA 4OZ9A 5I2NB 2QS1A 5CRYA 1PC3A 1Y3NA 2M8CA 3OO8A 1PB7A 1N76A 2D21A 2I6EA 2QSXA 3QUFA 1UIUA 4IO4A 1LAHE 4KQPA 1AOVA 2ZYNA 1MXWA 2OZZA 3GBAA 3TTNA 3OD7A 3Q25A 3EHSA 1TXFA 1XT8A 4ELOA 2YJPA 4M1VA 5KDTA 2ZNUA 2Q2AA 1SQYA 2H9BA 2FNCA 3FASA 4K3FA 4G8NA 1B7HA 2P0SA 1B7UA 2XXQA 2XXYA 4Z0IA 1MPCA 2XXHA 1LCFA 1Y4CA 1LLSA 1MY4A 3A09A 4HTGA 2B3BA 1UTBB 3O2AA 2DWJA 4EF1A 1NMUA 1QUIA 4PFUA 4F3SA 3N6UA 2H25A 1B1XA 4U4XA 3CFXA 1B9JA 4ZEBA 1R6ZA 3O66A 3USDA 3VV5A 3MC2A 3I6VA 1A8FA 3T9VA 4F2OA 3KOSA 4F18A 2H98A 4ZEDA 2XHDA 2DOJA 1MM7A 3RN8A 4BDLA 3BBRA 3N26A 4QFPA 1JQFA 3KEIA 1I69A 1NNPA 1SW4A 5JEIA 5H8NA 3ZKKA 5CBSA 3TELA 4IO7A 2Z22A 3JV9A 1B0HA 4POWA 3VXCA 1I6QA 3GZGA 1EZPA 3N6TA 1TT1A 4OVJA 1WDNA 3ECRA 1N7XA 4I9DA 3TTRA 1LBCA 2O68A 5AA2A 5HBCA 2E0SA 2QRYA 1S7YA 4R9FA 3TQWA 2Z8DA 3T9HB 4MFIA 4GL0A 2GHAA 3KOTA 5H8HB 4E0WA 1MH3A 4OENA 1MQJA 4ZS9A 4H1XA 1JW4A 4KR5A 3FUZA 1B4ZA 2X7PA 4PFTA 2XD2A 5JK4A 1MRPA 3DELB 3A3UA 2HAVA 1FQDA 4F3GA 2V84A 4C1TA 4DCXA 4Q5TA 3TPAA 2NWJA 1O63A 3TCGA 2VP1A 3LSWA 4GQOA 1WODA 1POY1 5ELVA 3SETA 3H3GA 2IEEA 1B2HA 1FW0A 4EXLA 4EQ7A 3MP1A 4LZ8A 5ICQA 4ESWA 2O51A 2A5SA 3KN7A 2O6AA 4L17A 4GVOA 1VR5A 3SEYA 1UTHA 2CZLA 3MZ1A 5I57A 3CVGA 4F19A 4IB2A 2I49A 2Q8JA 4IY6A 4OESA 4X1BA 4DXBA 1LCTA 2P2AA 4XIGQ 5TP9A 4O3CA 2OCUA 4KI0E 2AL4A 5FTIA 3G3KA 2Y7RA 3Q28A 1TWYA 3MVWA 3MW0A 4AB6A 2I3VA 2ALUA 1B5IA 5AE4A 1Z7ME 4I1DA 1BTJA 1RKMA 2DE4A 3CSBA 2DQVA 4IO3A 5I56A 2F7CA 3FJGA 5L9OA 2F34A 1Y9UA 3K6WA 2VGQA 5IAIA 4HS7A 3D4CA 2GH9A 3U92A 1QUJA 1B3FA 4PE5B 3K4UA 4IGTA 3GXAA 3Q29A 1IITA 2Y7KA 2F6GA 2ANJA 5KDTB 2VOZA 1A40A 4ELQA 4ZEIA 1OQHA 3UV1A 3MZ9A 4RYAA 2D5WA 4X48A 2Z8FA 1B52A 5CMMA 2PBWA 5CMCA 3PPPA 4ESXA 1D9VA 1PB9A 4H5FA 1YAEA 1D9YA 2Q9TA 1AIVA 4RJZA 4KFQA 4X9TA 3KN3A 3RGYA 4MLVA 4FEBA 1IZ1A 3IX1A 2RCAA 1US4A 3K1NA 3KJTA 4E0XA 3IB0A 3MBPA 4HW8A 3MPKA 5DVFA 5DT6A 2F6PA 1VE4A 3DP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BKIB 1FTOA 1DTZA 3O6HA 4GRKA 2LAOA 2VD2A 3L6GA 4LVQA 3VVFA 1S50A 2OWSA 3KC1A 4N07A 1TFAA 3EPEA 4OETA 4GBVA 2QPQA 1QJMA 4DDDA 3LUZA 2A5TA 4EUOA 1MQHA 3ZPMA 1NL5A 1S9TA 4U1OA 1FTLA 1PDAA 4ISUA 3E4RA 2YLNA 1NH8A 2QVUA 1NUYA 5DEXA 5EYFA 1LFHA 2HAUA 4ELPA 1MPDA 2XXWA 5H8NB 1NV5A 2UYEA 4P1EA 5B7DA 2Q89A 4EDPA 3E13X 4PFYA 1DOTA 1OLCA 3CSGA 1RYXA 1FPEA 4IO6A 5FHNA 1IMFA 4NF5A 3TFLA 1JVXA 4F29A 1FQEA 4XKRA 3FV1A 1IUDA 2WYPA 4NF4A 4MAGA 1IMAA 1FPDA 1URSA 3S9MC 1US5A 1NV0A 2Z8EA 5AA2B 2ZZWA 1Y20A 1QGXA 3TAJA 4N4UA 1N0TA 2QJEA 2QS4A 1FQFA 4IGRA 2B4LA 1Z7NE 3LSLA 1YTVA 1BP1A 3OEKA 1SD3A 4LA9A 1P1OA 3QMFA 1LAFE 5K2YA 2QL3A 4P0GA 5I7IA 5FHMA 1IXCA 4OMBA 5J16A 4LZ5A 2XXIA 1B3EA 1NUWA 3MVXA 3P7IA 3TTKA 3TODA 3FXRA 4DI4B 4DLDA 1USYE 3MVYA 5I7KA 4AS4A 2OBDA 1OMPA 4R6YA 1IXIA 2KLFA 3W15C 4YKIA 4PBHA 1QUKA 2AIXA 2H4IA 2KR0A 3OSQA 3QAXA 1IMCA 3VLWA 4OVPA 2VPNA 5CI5A 2Y5KA 1KWHA 5M2VA 2GQ1A 4FORA 2NUVA 1UTHB 5I57B 2I58A 1LGBC 3CR9A 2F7BA 2VHAA 4ZECA 5TP9B 2NOOA 3K01A 3R7XA 1PBPA 4H0WA 1JW1A 3O6IA 4JVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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