3H4ZA

Crystal structure of an mbp-der p 7 fusion protein
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
568
structure length
568
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Allergen
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
total genus 167
structure length 568
sequence length 568
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16984 Grp7_allergen Group 7 allergen
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.15.10.50 Alpha Beta Super Roll Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 3h4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA01
1MQGA 3KJ7A 3SEVA 1P1WA 3ZKLA 3CSGA 5TPAB 3VV5A 2VP1A 1Z7NE 5TP9B 4QSDA 2O6AA 1QKAA 1GTKA 3LSFB 4OZ9A 2NOOA 3KSXA 1II5A 1OVBA 4IY5A 3TTMA 5A5XA 3H6WA 2X7QA 5DVJA 5I59A 3GBAA 4ESXA 2UVGA 4U23A 4QRZA 2Q8JA 5CM6A 2I58A 2HEUA 2NUVA 3CG3A 1ANFA 1JNFA 4X1DA 3VLVA 1MXVA 3VVFA 4HS7A 2DXRA 4R9GA 3TTNA 1P1OA 4Z0IA 4PE5B 4JB7A 2RCBA 3MVZA 4PETA 1B9JA 2HCAA 3L6GA 1FCKA 2PX1A 1R9QA 3RN8A 2B3BA 4LVQA 4XKNA 5I2NA 5CMKA 2Q88A 1B0HA 3O2AA 1HSEA 3FXRA 1URDA 1SI0A 1B52A 1NNFA 3FJMA 4JBZA 4YKPA 2REJA 2BJJX 3S9MC 1ZMGA 2F36A 4BDQA 1ZKBA 4GWOA 3V5AA 4HW8A 5H8QA 3Q29A 2QJEA 4YZZA 5JEIA 3M8UA 4U1OA 3GXAA 3UGWA 3TCGA 3IB2A 1EZOA 2XXTA 3VVEA 3VXCA 2V3QA 4H5FA 3UK4A 5AA4A 1MQDA 1OLCA 3D4CA 2THIA 2YJPA 1VFDA 4YU0A 3FASA 1XOCA 4OEVA 1ZLQA 3CFXA 1S9TA 5B7DA 3KBRA 1WODA 1AH5A 2P1SA 3D4GA 1IZ1A 1QJMA 4QFKA 1VR5A 1JW5A 3EN3A 5M2VA 3CFZA 3RT8A 4NF6A 1MY3A 1B5HA 2F97A 3B6TA 3T9UA 4TLLB 4AB6A 3BFUA 2ZMBA 3T9XB 1FQCA 2Y7WA 4MLQA 1JQFA 5DEXA 1HSJA 4X1BA 4DCYA 2I6EA 1LAFE 3KN8A 2OJTA 1EZ9A 1JW4A 3U72A 1D4NA 2R9JA 3PUXE 3MW0A 1URSA 3VLWA 1B3HA 3TTLA 4NF6B 1QUJA 2A5TB 1H76A 1POY1 1LAXA 4IO7A 1VFEA 3K2DA 4IO3A 4OVJA 4JDFA 1Y9UA 1US5A 4POWA 4LQ5A 4WEPA 1B05A 4F3BA 1PDAA 3TQWA 3I6VA 4ZE9A 2ONSA 2ZYNA 4P0GA 3ILUB 1MQJA 1A99A 4Q30B 2A5SA 4PFWA 2D3IA 3OO7A 1MQIA 2I0CA 4X9TA 4L17A 5KCJB 3U94A 4OESA 3MZ9A 3MVYA 2DOJA 2QS2A 2DVCA 3BFTA 1FTJA 3OO6A 4EQ9A 4E0XA 3LUYA 1S7YA 3SERA 3A3CA 4KHZE 4OWDA 4IO5A 2XX9A 4NF5A 2XXPA 5ITPA 3TPAA 3H4ZA 3Q26A 3FVNA 1LBCA 1FTMA 1DOTA 4ND9A 3ZSFA 2Q9TA 2RC7A 3FZVA 2VD3A 1IXHA 1ZTYA 2F34A 1B3EA 3OEMA 1SW1A 4NF5B 3RUMA 2I0BA 3MP1A 1P1NA 2ZXTA 4ZEIA 2PT2A 3FV1A 3IX1A 2HXWA 2I3WA 5ELVA 3IJXB 4BDNA 3I5OA 3G3IA 2H5YA 1XHYA 2ZYOA 4NE4A 2O7UA 5I58A 3C33A 1YPNA 3CG1A 3H06B 1POTA 2RC8A 4GOTA 3SETA 4R2FA 5EHSA 4GL8A 1QULA 1B46A 2X7PA 3FVKA 3W9VA 2DWJA 3FIRA 1XVXA 1MDP1 4RK2A 2DWIA 4BDMA 2Z8EA 1MXUA 5CMCA 2ZNTA 4F31B 4H1XA 2RCAA 3N6TA 4R6YA 4RXLA 3DLNA 3LSLA 5H8SA 1US4A 3EHUA 4XKPA 4M1VA 1NL5A 1QW0A 3WAEA 2D5WA 2F7CA 1CE2A 4ELQA 1SW5A 3QUJA 4WXJA 4R6KA 1Y3QA 2ZNSA 3CR9A 3SEUA 1P1UA 1UIVA 4OFJA 4R74A 5I56A 1BTJA 1SYHA 3PD8A 1Q35A 4NF4A 2V3UA 4G68C 4YB6A 2P2AA 4OETA 4H67A 1UQWA 4RJZA 3MVXA 1I6AA 2PVUA 4YKIA 4ONYA 2P0SA 3IK6B 1A40A 3OSRA 1XC1A 2UXAA 3G3FA 1PB8A 3HCQA 5AE4A 2O1MA 3KEIA 1L5TA 2DYXA 3OEKA 1LB8A 3VVDA 1LFHA 4NF4B 2OZZA 4P11A 4GIZA 3TQLA 4IY6A 3ONMA 3M3LA 4G8HA 3EHTA 3MZBA 1Y3NA 4NEDA 2R71A 3IL1B 5TPAA 3DP8A 4JXIA 2PBWA 5K2YA 1NMUA 5TP9A 2UYEA 3PMVA 3U8QA 3GZGA 1ZJLA 5KZTA 1Q1KA 5TU0A 1UTHB 1B0LA 3K4UA 3VXBA 4WEDA 4RYAA 4F1UA 1KWHA 2XXHA 3OO9A 1MPBA 4RNSA 1VSOA 1TWYA 2DP8A 3C9HA 3HV1A 4GVOA 3UN6A 4HCWA 1ZIUA 3KGCA 3K1NA 3CFLA 1B3LA 3K6VA 3HHFA 4R72A 5I84A 1P1QA 4IB2A 1A8EA 2UYFA 1OMPA 2RC9A 1B7ZA 3PV0E 5F7VA 4KFQA 2GHAA 4ISUA 4U21A 1UIUA 1FQDA 1JETA 1B2HA 4LONB 4XIGQ 3CI8A 1LFGA 3LSWA 3UIFA 3LR1A 1B7UA 4H5GA 1LB9A 2HAVA 2PYYA 3ZS6A 4FEBA 1VE4A 4ZEDA 2OCUA 4KYEA 3TTRA 4F1YA 3C36A 1IQ7A 3DP6A 3E9XA 4F19A 4GXAA 3S2VA 4UACA 1S50A 3GBBA 4GD5A 4NWCA 2KLFA 1LAGE 3QK6A 3PUYE 2O1LA 4KR5A 3TZAA 4OXVA 2GFEA 2B65A 1YTVA 4LP2B 1H44A 2UVJA 1NNKA 2ONKE 3O28A 4NF8A 4IO4A 2FA7A 4Q5TA 3TCHA 3M3KA 1EU8A 1IUDA 3C32A 1TXFA 4YICA 4IGTA 1IXIA 1QUKA 1B7HA 3H6VA 1QUIA 5EHMA 2QL3A 4FIMA 3RTFB 3A09A 4LATA 4NF8B 3PD9A 1BP5A 1B4ZA 1N04A 2CZLA 2XX8A 4KCCA 2VGQA 2IEEA 4EUOA 5BWJA 2F8DA 2HZLA 2ZNUA 1R1NA 3TELA 2DWAA 5CI5A 2X26A 3SKPA 4FE8A 2M8CA 5FHOA 4DXBA 1GVCA 4MH5A 3T66A 3Q27A 4PFYA 4RPOA 3IORA 2F7AA 2CMOA 1BIYA 1R9LA 3RNNA 3SESA 2V25A 3K6WA 2NWJA 4WKMA 4IO2A 3G3KA 2RF1A 2A5TA 3JZJA 3O9PA 1JVYA 4MF3A 3O66A 4GF8A 2H98A 1MQHA 4GFRA 3PU5A 3QXMA 3T9HB 5JK4A 5IAIA 4JWYA 2AIXA 4AQ4A 5KCJA 1ELJA 1MY4A 3LC8A 3H7MA 4UA8A 3FD3A 3UA8A 1M5BA 1NH8A 3MVWA 1B3GA 2H25A 3CIJA 3IR1A 2QS4A 5AA2A 3HN0A 1NKXA 3ZKKA 2V3TA 1SD3A 2Y7IA 3IAZA 1MM6A 2I4CA 3PGFA 2O84X 4F3GA 1SVXB 5DTBA 1D9YA 1OQHA 2GRVA 2XXXA 4E0WA 1SYIA 3OD7A 4XKRA 1MS7A 2G29A 4TLMB 4K3FA 3C34A 3IJOB 5AA2B 3TKDA 2XXVA 2NXOA 3RT6B 4N13A 3TMGA 3IOWA 3IO6A 4OMBA 3SEXA 3TDJA 2B3FA 3UORA 4OERA 1SDXA 2QMXA 2E0SA 2DS9A 2ZYMA 3EF7A 3B6QA 4QSCA 3F11A 3FVOA 1N3WA 3RPWA 3ECRA 5H8FB 3FXQA 1M5FA 3FXUA 3PPRA 2WKYA 3JV9A 1N0TA 5I2KB 2XD2A 4F39A 1PB9A 3MUQA 4QFLA 4N6PA 5HPQA 1FTKA 3KN7A 1JVXA 1PEBA 3T22A 3PUWE 4F1VA 2ZYKA 2H99A 3KN3A 3VFJA 4F2OA 2Z8DA 3O6GA 3FJGA 4FAJA 2ALUA 3PUVE 1RYOA 2OWTA 2QSXA 1IEJA 2XHDA 3C31A 3V83A 4G77A 1QVSA 3H3GA 3PPQA 1B3FA 3S4UA 2GH9A 1B5JA 1OVTA 1AL3A 5H8NB 4LZ8A 3IOTA 1B5IA 4P0IA 3HPIA 3DP4A 3BBRA 4MLVA 1LCTA 5I57B 1LGBC 3KFMA 3FVGA 3PUZE 5AA1A 1OIBA 3IB0A 1FQAA 5B70A 2OK2A 2G93A 4KQPA 4I62A 4KYSA 4I9DA 3PPNA 4TOZA 4QFNA 4YKKA 4R9FA 2RKMA 3T93B 3FUZA 2OLBA 4G4PA 3MZ1A 1B58A 3THIA 4EF1A 3TYHA 1SI1A 3CSBA 3L6HA 1A54A 2W7YA 1TFDA 1I6BA 1IITA 4XXUA 4BDRA 1LCFA 3OELA 2F78A 4X48A 2F5XA 5L9SA 3JYRA 4BDOA 1N7WA 1A7LA 4H0WA 4Q0CA 1CB6A 4LQ2A 1PB7A 3PMXA 5EYFA 4KPTA 2O68A 3S9EA 2RINA 4IGRA 1FQBA 3N94A 2HZKA 1NFTA 5JTYB 4DCXA 4M4GA 4F29A 2HQ0A 4G2ZA 1UTHA 3QIMA 4U4SA 4R6HA 2F6GA 4OYVA 2UVHA 1PBQA 4YMBA 3OO8A 4U4XA 1H45A 5CMBA 4F2QA 4MFIA 4F3PA 4ECFA 2FYIA 1F9BA 4ZEBA 4FATA 2VOZA 1RYXA 4ZE8A 2XXQA 3C4MA 2AYSA 3BKIB 2DXYA 3QSLA 3MPKA 1Y1MA 4HCYA 3IOVA 2DWHA 2Y7RA 4AB5A 3U1OA 4NMYA 2DE3A 1DMBA 4Z7EA 4DDDA 2O7IA 4DLDA 3EHSA 2I3VA 3T9VA 1IXCA 5K2XA 2Y7KA 1TT1A 4EXKA 3KSJA 4JWXA 1B1XA 4XKQA 3W9WA 4F18A 3K6UA 4G68B 4THIA 1LBBA 4ZECA 2Z23A 4OTEA 3KZGA 4H65A 1T0KA 5CRYA 3LSXA 1N84A 2Q2AA 2Q89A 3K0VA 2DVZA 2OWSA 3V8XB 1SQYA 1SW2A 1N3XA 3H6UA 2NVUB 1MXWA 2E1SA 1J1NA 1D3KA 1YCJA 1N76A 1D9VA 1MH3A 3WAFA 4KYDA 4OENA 1XT8A 3V89B 4LUBA 4DXUA 4YMAA 4JSOA 3O97A 3AXFA 4ELPA 2OBGA 4RK9A 4ELOA 1O63A 2QRYA 1DTGA 1NH7A 1FTOA 3K02A 5CC2A 4IO6A 1AMFA 5A5XB 1MDQA 1MM7A 4YKJA 5I59B 2XXWA 5CMMA 4JSDA 1JEVA 4R2BA 4YB7A 4EDPA 1XS5A 4NWDA 3RLFE 3R26A 4EF2A 4KI0E 4DIGA 1A55A 1AIVA 1LLSA 3HSTA 4G8NA 3TODA 5FTHA 2DE2A 3OSQA 3PPPA 3VLUA 1B6HA 3E4RA 1AOVA 4ZZEA 2QMWA 5AA2D 4EQBA 5BUUA 2FNCA 1MXXA 2HAUA 4U2RA 4G8MA 1M5DA 4QFPA 1R6ZA 3PMWA 2Z8FA 1A8FA 3K1PA 5KDTA 4N07A 5I2NB 4LZ7A 1Y1ZA 3SEWA 5FHMA 5AA3A 3RGYA 3K1MA 3TFLA 1RKMA 1I6QA 3R7XA 4H8IA 4I1DA 5DVIA 1PC3A 1Y4CA 4GLIA 1FTLA 3B7DA 5DYHA 1PBPA 3IOUA 5H8QB 5KDTB 2XXUA 3IO4A 3UV1A 1Z7ME 2Y7PA 4FJPA 3TUSA 2ESNA 3E13X 5ITOA 5J1DA 3S9LC 2YLNA 4RY1A 4ZDMA 1MPDA 1B40A 2O69A 5H8HA 4KD5A 4LA9A 5AA4B 1DSNA 1H43A 3E3KA 4FORA 3N26A 3K6XA 4C1UA 4ZEFA 4YB5A 3KOSA 4C0RA 1JW1A 1MY0A 1EZPA 4ZZAA 3A3UA 5FHNA 3R6UA 3TAJA 1JEUA 2ONRA 4RA1A 3CVGA 5H8HB 3T96B 4R73A 1OQGA 3SDFA 4H8JA 2DE4A 3MPLA 3TEPA 1LFIA 3VE1B 3QUFA 5ICTA 3KOTA 1SBPA 2QPQA 3Q28A 1FQEA 3HHGA 2ANJA 5DEXB 4U22A 5CBSA 5H8FA 3GLBA 4H6DA 2QS1A 1DPPA 4ZEKA 4FEDA 5I2KA 4PFUA 4LZ5A 4I8CA 3MC2A 2V93A 1BLFA 3KJTA 3ODBA 2F7BA 2XD3A 1GR2A 2REGA 5L9MA 2UVIA 2QS3A 3UP9A 2XXIA 1LAHE 4GL0A 1Y4TA 1MRPA 3EQ1A 3S9NC 3U92A 4ESWA 3HO7A 2Z22A 3PPOA 1URGA 1MG1A 4OEUA 4ZS9A 1WDNA 1DPEA 3N5LA 1GV8A 1WVJA 5L8DA 4DXCA 5HBCA 2Q2CA 5ISUA 5FTIA 3K01A 1ZBMA 4F3SA 1B32A 2ABHA 2I49A 5H8NA 3QYTA 4EXLA 2F6PA 1IIWA 2V84A 3DELB 3FATA 3H03A 3USDA 1LSTA 3W15C 5I57A 4QSEA 2I4BA 2AL5A 3MP6A 2H4IA 1USYH 3OOAA 4EQ7A 2YPNA 1NNTA 1UTBA 5DT6A 2F35A 1MH4A 3MAMA 1MY1A 3FV2A 2O51A 1Y20A 1GGGA 3H6TA 3SEYA 3KG2A 1MY2A 5F1QA 3OMBA 1Y3PA 4XTCQ 1QKBA 3N6UA 2DSFA 5CBRA 3I3VA 3CRBA 1NNPA 3LBSA 4U1ZA 3Q25A 1H3DA 4O3BA 2Y84A 3EPEA 1UTBB 1XVYA 3O6IA 3OXNA 4JWOA 1FQFA 3MBPA 3TTKA 4DZ1A 2R6GE 3O29A 1USYE 2XXYA 4GXSB 5I58B 2XX7A 4OFLA 4OHNA 1TFAA 3OENA 1YAEA 3DM0A 5JTYA 1FW0A 2PT1A 1ZU0A 4RPNA 4ELRA 4NTLA 4QF9A 3U93A 3G7WA 3MQ9A 1OLAA 4POXA 2H9BA 1I69A 4GQOA 3MJNA 1B4HA 3O6HA 4Q8RA 3C35A 3RQTA 3G3GA 3TCFA 1BKAA 4QHQA 5L9OA 3P7IA 4MBPA 4R75A 2I48A 4C1TA 4O3AA 2XXRA 4YAHX 2AL4A 3RY3A 4OFOA 3M3FA 3K00A 4O3CA 4OQOA 3VDFA 3IB1A 3FJ7A 4BLAA 4PQJA 1B51A 4GRKA 1M5EA 3MWBA 2IA4A 1SW4A 5ICQA 1O64A 5HM4B 2D21A 1MXZA 5I56B 1O7TA 2LAOA 3QAXA 1N7XA 5IKBA 4HTGA 1ATGA 3G3HA 2VHAA 1IXGA 3G3JA 4QFOA 2DQVA 4PFTA 2PMSA 1MXYA 1DTZA 1HSLA 1B1HA 1M5CA 4KCDA 4G68A 3FGSA 3RTWB 5LOMA 4F22A 4TQUQ 2VD2A 3MP8A 2GHBA 3B6WA 1EH3A 4PP0A 4BDLA 2HFBA 3ILTB 5DVFA 1MPCA 4DE8A 1P99A 4FECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MQGA 3KJ7A 3LV0A 3SEVA 1P1WA 3ZKLA 3CSGA 4MCOA 5TPAB 3VV5A 2MKZA 2VP1A 1Z7NE 5TP9B 4MNPA 4QSDA 2O6AA 1QKAA 1GTKA 3LSFB 4GWZA 4OZ9A 2NOOA 3KSXA 1II5A 1OVBA 4IY5A 3TTMA 2WX9A 5A5XA 3H6WA 2X7QA 5DVJA 5I59A 3GBAA 4ESXA 2UVGA 3HFUA 4U23A 4QRZA 2Q8JA 5CM6A 2I58A 2HEUA 2NUVA 3CG3A 5IZ1A 1ANFA 3E8WA 1JNFA 4X1DA 3VLVA 2Y5LA 1MXVA 3VVFA 4HS7A 2DXRA 4R9GA 3TTNA 1P1OA 4Z0IA 4PE5B 4JB7A 3T0JA 2B4LA 2RCBA 4O7IA 3MVZA 4PETA 4N17A 1B9JA 2HCAA 3L6GA 1FCKA 2PX1A 1R9QA 3RN8A 2B3BA 4LVQA 4XKNA 5I2NA 5CMKA 2Q88A 1B0HA 3O2AA 1HSEA 3FXRA 4MEVA 1URDA 1SI0A 4M4DA 1B52A 1NNFA 3FJMA 4JBZA 4YKPA 1FBDA 2REJA 2BJJX 3S9MC 1ZMGA 2F36A 4BDQA 2P3VA 1ZKBA 4GWOA 4NF0A 3V5AA 3E78A 4HW8A 5H8QA 3Q29A 2QJEA 4YZZA 5JEIA 3M8UA 4U1OA 2BJIA 3GXAA 3UGWA 3TCGA 3IB2A 1K9YA 1EZOA 2GQ1A 2XXTA 5DW8A 3SZPA 1Q9DA 3VVEA 3VXCA 3E79A 2OX3A 2V3QA 4H5FA 4O7MA 3UK4A 5AA4A 1MQDA 1OLCA 3D4CA 4I40A 2THIA 2YJPA 1VFDA 4YU0A 3FASA 3MYUA 1XOCA 4OEVA 1ZLQA 3CFXA 2WBBA 4MHFA 1S9TA 5B7DA 3KBRA 1WODA 1AH5A 5IZZA 2P1SA 4LN5A 3D4GA 1IZ1A 1QJMA 4QFKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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