1B05A

Structure of oligo-peptide binding protein complexed with lys-cys-lys
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 185
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b05A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b05A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b05A02
3C32A 3DRIA 4JSOA 3O6GA 3V8XB 2CMOA 2WOPA 4PQJA 1POY1 1OLCA 5H8HB 2O6AA 2V84A 3PU5A 4EQ7A 5TP9B 5AA1A 4Q8RA 1A55A 3K0VA 2VGQA 1LSTA 4HTGA 4DXCA 2Z8EA 4ZEIA 3B7DA 4GXSB 4FJPA 1H45A 1WODA 5H8QA 1PDAA 3VLUA 1IITA 3H06B 3IO6A 1PB9A 3O29A 2I58A 1B7UA 3K6UA 1GV8A 3GBAA 3SEYA 1A40A 5FTIA 4IO4A 3HPIA 3KN8A 2DS9A 4X1DA 3OO6A 2DXYA 3ZKKA 2VD3A 3TUSA 5FHOA 2RC8A 3EHUA 4MLQA 3SEUA 3VXCA 1LAGE 4OXVA 4M1VA 4KPTA 3VLVA 3K1NA 4G68B 4JB7A 4QFLA 3FV1A 4ZECA 2DE4A 4NE4A 1RYOA 2FYIA 1SBPA 3TTNA 3LSFB 1RKMA 2VP1A 3UP9A 1N7WA 3KN3A 3RNNA 3MP8A 4ISUA 1YPNA 3OO8A 1XHYA 3MW0A 3EQ1A 5CMCA 1N76A 3BFTA 4OWDA 4YZZA 2DP8A 3C36A 3FZVA 3UA8A 3DP8A 3KN7A 3FJMA 1GVCA 1AMFA 2DVCA 5I2KB 3ZSFA 2Q2AA 1R9QA 1MXUA 5IAIA 3KZGA 1P1UA 3TTKA 2IA4A 1MQIA 3DRFA 3U93A 4PFTA 2Z8DA 1FTKA 4YAHX 3RYAA 1MY2A 2ZNUA 2Y7KA 5AA4A 1FTOA 1LCFA 3T9VA 3CHGA 3MPKA 4H5FA 2GRVA 1MXWA 3GLBA 2I0BA 4OMBA 3MBPA 5JTYB 1IZ1A 2WKYA 3QSLA 3KGCA 5L9OA 3O97A 3T22A 1AH5A 2XXYA 5K2XA 4U21A 3H6VA 1B6HA 3A3CA 4YMBA 4QFNA 3H03A 3RQTA 1SI1A 3DRJA 4FEDA 4LZ8A 3K1PA 4F1YA 1B5JA 4NWCA 1B5IA 5CC2A 4ESXA 4RPNA 1MY3A 4GQOA 1MQHA 4FECA 3ZS6A 2QL3A 3K01A 2UVIA 4P0GA 3THIA 2XXHA 4RXLA 4BDMA 2O84X 3WAFA 1TWYA 1USYE 2I48A 5DEXA 1MPDA 4YB5A 4ESWA 3BBRA 2F34A 4TLLB 1P1QA 1IXGA 2ONRA 1IEJA 2DWAA 3UORA 3KEIA 5CRYA 1XOCA 3C4MA 4KCCA 1F9BA 2I4CA 4LA9A 1IXIA 1MH3A 3KG2A 5FTHA 3TCFA 2XXQA 3N94A 1GTKA 4R6YA 1LBBA 4O3AA 1T0KA 1XS5A 4NF4A 5I2NA 4U1ZA 2G29A 3V83A 3KJTA 1AOVA 4U1OA 2QS2A 1JEVA 3USDA 1SDXA 4FIMA 2ZXTA 4AB6A 4HCYA 2HCAA 1VSOA 4KYSA 2AIXA 2H25A 1N84A 4JBZA 3U1OA 4UACA 4ZEFA 1HSLA 4NMYA 3LSLA 4IGRA 2OWSA 3DM0A 3PAMA 5FHMA 5K2YA 4OENA 4RK9A 4H8JA 1MQJA 1EH3A 3S9MC 5KCJB 5L8DA 4BDOA 1MM7A 1NL5A 4G68C 1I6BA 5EHSA 3HN0A 4GWOA 3IK6B 1P1NA 3P7IA 1LB9A 4YMAA 2VD2A 3MVYA 1I69A 4TOZA 5DTBA 3MAMA 4FATA 3JZJA 1UTBB 2Q88A 2HZLA 3K6VA 3EF7A 3GZGA 2F7BA 1ZKBA 3D4GA 3FATA 4RY1A 5A5XA 2B3BA 3W9VA 4MBPA 3TQWA 3SEWA 3U8QA 4G77A 1UTHB 3K02A 1QJMA 4POWA 1UIUA 3F11A 1EZPA 4THIA 3TAJA 4EF1A 1JW1A 1B3GA 2XD3A 4GL0A 5CI5A 1NNTA 3N26A 3O2AA 5EYFA 3EHSA 4F39A 3VLWA 2QMWA 3I3VA 2W7YA 4K3FA 2XXPA 4LQ2A 3DRHA 2X7QA 1DTZA 2H4IA 4DCYA 2XX8A 3K2DA 4GOTA 3RN8A 4KCDA 4I8CA 3MWBA 4UA8A 4RJZA 4L17A 3MC2A 1PBQA 2F5XA 3HV1A 2P2AA 3FASA 3TCGA 1S50A 3WAEA 3BFUA 1DSNA 1B3LA 2QJEA 1DOTA 1POTA 3PUYE 3JV9A 1NFTA 5I58A 2I4BA 3L6GA 4OZ9A 4ZZAA 2WOKA 5CM6A 3QAXA 1M5EA 3SEXA 2FA7A 3A3UA 2QMXA 2Y7IA 2F78A 5KDTB 1NNKA 2V93A 1SD3A 3OENA 3MVXA 4Q30B 1NH7A 1DTGA 1LAHE 4F22A 1LFIA 3CG3A 2PVUA 1B4ZA 3W15C 5I56B 2B4LA 4F19A 4F2QA 2D21A 4ZE8A 5AA2D 4I1DA 4WXJA 2DSFA 4ELOA 1ZJLA 1B51A 3FVKA 4BDLA 1EZOA 2ZNSA 3KSXA 2Z23A 1Y20A 1QUKA 2V25A 5BWJA 2O51A 1CE2A 1B32A 3TDJA 3ILUB 2RCAA 4G8MA 2OBGA 4BDNA 1YTVA 1MXXA 1A7LA 2H98A 4LUBA 4F3PA 4KHZE 2UYFA 4FEBA 1UQWA 5HBCA 1MS7A 5FHNA 4U4XA 3Q26A 1B40A 1EZ9A 4R2FA 4I62A 1A8FA 4ZZEA 1B2HA 2NUVA 3RT8A 1BP5A 1NNPA 3IAZA 4YKPA 3O6PA 2O7UA 3A09A 3PUZE 3OSQA 5H8QB 4EF2A 2Q89A 1IQ7A 4QF9A 4E0WA 2I3WA 4R72A 1QUIA 1Y4TA 4PFWA 4ELQA 3C31A 4LQ5A 2P1SA 3PGFA 1ZIUA 2ONSA 1OQHA 2M8CA 2NWJA 3QK6A 5BUUA 3IB0A 4OESA 3R6UA 2DWJA 2F6GA 2PYYA 3CIJA 3H6TA 3VV5A 3S9NC 2V3QA 1Y3PA 3O28A 4OETA 2I6EA 1M5CA 2VOZA 3B6QA 3G3HA 4ONYA 5CMKA 3OO9A 2P0SA 2THIA 4YU0A 3TZAA 1N3XA 4GVOA 4YKJA 3PV0E 3G3KA 1Y3NA 3LSWA 3IJXB 2HEUA 3PD8A 1SYHA 1MXZA 3C35A 3E9XA 3H6UA 4QSCA 1FQAA 2RF1A 1MQGA 4H8IA 2Y84A 3SESA 5F7VA 4DE8A 1MXYA 1SW4A 4NWDA 2PMSA 3QYTA 3OOAA 3TPAA 3MVZA 1NMUA 3FVOA 4IGTA 3G3GA 1SI0A 3BKIB 1VE4A 3SDFA 4KYEA 3Q29A 1BLFA 5DVJA 3ONMA 3Q27A 1ZTYA 1D9VA 2OCUA 2ZYNA 3FIRA 4EXKA 3G3IA 3T66A 1USYH 4F3SA 4KYDA 3K00A 2I49A 5H8FA 5AA4B 4NEDA 2UXAA 3UK4A 1MDP1 2R9JA 4LATA 2DE2A 3ZKLA 4JSDA 3B6TA 3N5LA 3G7WA 3UIFA 3R7XA 1ELJA 3PPPA 1FTLA 4GD5A 4P11A 4FE8A 5KZTA 5AA2A 3SKPA 3MP6A 4O3BA 1PB8A 2Q9TA 4JWOA 4X48A 3IR1A 4YKKA 1VFDA 3MZ9A 4OFLA 3H6WA 2F35A 3IOWA 3LUYA 2A5TA 4QRZA 1B5HA 1XVXA 5M2VA 4POXA 3RY3A 2DVZA 5CBSA 2XD2A 1LAXA 4TLMB 2QRYA 3TEPA 2ESNA 1ZLQA 4F29A 2ONKE 1OMPA 4HCWA 1FQDA 3TODA 2REJA 1DPPA 3MZ1A 5DEXB 5ITPA 2HQ0A 1PC3A 1WDNA 3AXFA 2YJPA 4IO5A 2KLFA 4ELPA 4KI0E 1XC1A 3M3FA 4PP0A 4Q0CA 1YAEA 1A8EA 5F1QA 4ZEDA 3PUVE 3K6WA 5I57A 1MXVA 1MY0A 3FXRA 5J1DA 3FVNA 5ICQA 2ZMBA 3T96B 2QS4A 4NTLA 4RYAA 4NF4B 5I2NB 3FJ7A 3S9LC 4NF5A 3FXUA 1MDQA 3U72A 2OJTA 4IO3A 4NF8A 3U94A 5ELVA 1SW1A 3TQLA 4EUOA 1B7ZA 4EDPA 1B3EA 4DIGA 1FCKA 3VVFA 5IKBA 1Q35A 4OTEA 2D5WA 3UGWA 5B7DA 4XKPA 4PFUA 1B7HA 2HZKA 1N7XA 5I59A 2GHBA 2R6GE 3TTLA 1PB7A 1GR2A 2LAOA 4C1TA 4YICA 1RYXA 2ZYKA 4OFOA 3RTFB 4R73A 1MPBA 4GLIA 4GL8A 2F7CA 3VE1B 4DZ1A 3DRKA 3U92A 3T93B 2VHAA 2UYEA 3S4UA 2ZYMA 2NOOA 1NH8A 4RK2A 2HFBA 1MRPA 2XHDA 4JWXA 3KBRA 1Y9UA 5EHMA 4ZS9A 2RC9A 3TFLA 5H8NA 4C0RA 3T9XB 3IJOB 3PPQA 5A5XB 3V89B 4X9TA 4PE5B 1FQEA 2DE3A 2F97A 4PETA 2REGA 3PMWA 2O69A 3CG1A 3RYBA 3L6HA 1QULA 3RGYA 1QVSA 5HPQA 3G3JA 5TPAA 4KFQA 4IY5A 2ALUA 3H7MA 3RUMA 4OERA 4OHNA 2ZYOA 1HSEA 3M3KA 2F6PA 5DVFA 3E13X 2GFEA 3KOTA 3O6HA 2F7AA 1JEUA 1US5A 1D9YA 1FQBA 1US4A 3HHGA 1AIVA 3HHFA 4H65A 1DPEA 1PBPA 1ANFA 3IOVA 3DRGA 2XXVA 3W9WA 4ZEKA 3H4ZA 3N6TA 2O1LA 5I58B 1NNFA 3DLNA 2Z8FA 1B52A 3DELB 1BIYA 4JXIA 4H67A 4E0XA 1FQFA 1OQGA 3Q28A 4OVJA 4QFKA 2PT1A 2OWTA 2F8DA 4NF6A 4F31B 3OSRA 4C1UA 4MH5A 4YKIA 3ILTB 2PX1A 5TU0A 2H99A 1B0LA 1H76A 4DCXA 1B1HA 4XXUA 4RNSA 4BDQA 2Y7RA 5H8HA 4WEDA 1SVXB 1MH4A 1LFHA 2X26A 1OLAA 3KOSA 5TP9A 3KFMA 1B58A 1URDA 4LP2B 1VFEA 1QKBA 1AL3A 3MVWA 3RLFE 4I9DA 3IOUA 5CMMA 1SW2A 3OMBA 1CB6A 1L5TA 4U4SA 4DLDA 4Z0IA 3MUQA 2HXWA 3IOTA 2ZNTA 3O9PA 4QSEA 4N13A 3OEMA 1B05A 1Y4CA 2GHAA 2F36A 3FVGA 2B4MA 2Q8JA 4KD5A 1JW5A 1II5A 4OEVA 4R2BA 4YB6A 1QUJA 4G68A 3FGSA 1XVYA 4YB7A 4OYVA 3TTMA 1SQYA 3FJGA 3MZBA 3VXBA 3FV2A 4F18A 1IXHA 4AQ4A 1R6ZA 3EPEA 4R6HA 3FUZA 4R6KA 3KJ7A 4XKQA 5L9MA 4R75A 1Z7ME 3TYHA 1M5FA 4R9GA 3TMGA 3LC8A 4DDDA 3E4RA 4EQ9A 2XXUA 2XXXA 4RA1A 4GF8A 1UIVA 1N3WA 4JWYA 3PPRA 4ZDMA 3I6VA 1MG1A 1S9TA 3OXNA 3CR9A 3CVGA 2I0CA 3ECRA 3GXAA 2UVHA 4QHQA 3S2VA 4O3CA 1BKAA 1I6AA 2DWIA 1D3KA 3MQ9A 2R71A 3TCHA 5I2KA 4IB2A 2RC7A 3LBSA 3E3KA 3EHTA 3RTWB 2X7PA 4ECFA 1VR5A 3CRBA 1S7YA 2XX9A 4BDRA 4GFRA 3FXQA 5LOMA 2ANJA 1FTJA 1MY4A 4Q5TA 1R9LA 4F1UA 1MPCA 1O7TA 1IXCA 4XKNA 1A54A 4OQOA 4GRKA 1B0HA 4ZE9A 5JTYA 3S9EA 1EU8A 3LVUA 4TQUQ 3EN3A 5JEIA 1JETA 2O68A 4U2RA 2E0SA 1IIWA 3M3LA 1GGGA 1QW0A 4N07A 1M5BA 1NKXA 4G8NA 4LZ7A 5H8FB 4PFYA 5B70A 2QPQA 3G3FA 1URSA 4OFJA 1FQCA 1KWHA 3OD7A 1N0TA 1R1NA 2B65A 3M8UA 4IO2A 3LR1A 2IEEA 2AL5A 3PUXE 3QIMA 3RT6B 2ABHA 3QUJA 2GH9A 5AA2B 3VFJA 1YCJA 3IX1A 4WKMA 4XIGQ 3N6UA 2XX7A 2Y7PA 1OVTA 3IL1B 4HW8A 3V5AA 1D4NA 3K6XA 2A5TB 1P1OA 1MQDA 1ZU0A 2YPNA 3DP6A 1ZMGA 4F1VA 3PMVA 1Y1MA 2DXRA 1Z7NE 2QSXA 3FD3A 4IO7A 1M5DA 5ISUA 4F3BA 5HM4B 2D3IA 4WEPA 4DXUA 1LCTA 2RINA 4U22A 4LVQA 1WVJA 2DYXA 4QFPA 4EXLA 1O63A 3HCQA 1LLSA 1Y1ZA 1LB8A 4QSDA 2DWHA 3IB2A 3TELA 1MM6A 3K4UA 2Q2CA 4R9FA 1TT1A 2PT2A 5I57B 1LAFE 4H5GA 1B46A 1P1WA 1P99A 3KSJA 3VDFA 4F2OA 1HSJA 4IY6A 1URGA 4DXBA 2DOJA 3OELA 4NF5B 2H5YA 1XT8A 4NF8B 4FAJA 1OVBA 3PPOA 5KCJA 4U23A 2PBWA 3QXMA 2RCBA 3JYRA 1TXFA 3O66A 2Y7WA 2OZZA 2UVGA 3ODBA 4KQPA 5I59B 1O64A 4BLAA 4R74A 1UTBA 4G4PA 1JVYA 4Z7EA 4ELRA 1BTJA 3T9HB 2OK2A 5DVIA 4FORA 3OEKA 2NVUB 1DMBA 3IB1A 1FTMA 4F3GA 1ATGA 2AYSA 4RPOA 1H43A 3R26A 3MJNA 1B3FA 1UTHA 3SETA 3PMXA 3HSTA 3B6WA 3Q25A 3TKDA 3SERA 4H0WA 4ZEBA 1JNFA 5I84A 5DYHA 1TFDA 3DP4A 3I5OA 1JW4A 2YLNA 1PEBA 2BJJX 5H8NB 3C9HA 3CFLA 1MY1A 3CSGA 1QKAA 2QS1A 2UVJA 3CI8A 3HO7A 1LFGA 4HS7A 3VVEA 4G8HA 2XXIA 4H6DA 3IO4A 5AE4A 3RPWA 3MPLA 1ZBMA 2NXOA 3QUFA 4XTCQ 1JQFA 3FTOA 1B3HA 5CBRA 3UN6A 5TPAB 1SYIA 2AL4A 2QS3A 4LONB 2G93A 3O6IA 1I6QA 2RKMA 5CMBA 4EQBA 3IORA 3C33A 3MP1A 2XXRA 5JK4A 1N04A 1H44A 5H8SA 2O1MA 4KR5A 3TTRA 4AB5A 4IO6A 3D4CA 1Y3QA 4XKRA 2V3UA 4MLVA 4ND9A 2XXWA 4GXAA 4P0IA 1OIBA 3CFZA 1Q1KA 1H3DA 5AA3A 1FW0A 4OEUA 4MFIA 1B4HA 3OO7A 2Z22A 1A99A 2HAVA 5KDTA 3T9UA 3GBBA 2XXTA 2OLBA 1LBCA 1J1NA 4GIZA 2CZLA 2E1SA 4H1XA 5DT6A 2WOLA 1B9JA 5ITOA 2I3VA 5L9SA 2DQVA 2V3TA 3VVDA 4X1BA 1JVXA 5I56A 3CSBA 4M4GA 3SEVA 4QFOA 5ICTA 2B3FA 1TFAA 4MF3A 2A5SA 2H9BA 1LGBC 4JDFA 3CFXA 3K1MA 3PD9A 3PPNA 4N6PA 4NF6B 4G2ZA 1B1XA 3H3GA 2O7IA 3C34A 3LSXA 4LZ5A 1SW5A 2HAUA 1IUDA 3PUWE 2FNCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C32A 1BK4A 3DRIA 4JSOA 3O6GA 3V8XB 2CMOA 2DDKA 2WOPA 4PQJA 1POY1 1OLCA 5EYGA 5H8HB 2O6AA 2V84A 3PU5A 4EQ7A 5TP9B 5AA1A 4Q8RA 1A55A 3K0VA 2VGQA 1LSTA 4HTGA 4DXCA 2Z8EA 4ZEIA 3B7DA 4GXSB 4FJPA 1H45A 5I3SA 1WODA 5H8QA 1PDAA 3VLUA 1IITA 3H06B 3IO6A 1PB9A 4O7MA 3O29A 2I58A 1B7UA 3K6UA 1GV8A 3GBAA 3SEYA 1A40A 5FTIA 4MEVA 4IO4A 3HPIA 2F3DA 3KN8A 2DS9A 3KC1A 4X1DA 3OO6A 2DXYA 3ZKKA 2VD3A 3TUSA 5FHOA 4LN5A 4XEQA 2RC8A 3EHUA 4MLQA 3SEUA 3VXCA 1LAGE 4OXVA 4M1VA 4KPTA 3VLVA 3K1NA 4G68B 4JB7A 4QFLA 3FV1A 4ZECA 2DE4A 4NE4A 4OA4A 1RYOA 2FYIA 1SBPA 3TTNA 3LSFB 4P1LA 1RKMA 2VP1A 4NX1A 3UP9A 1N7WA 3KN3A 3RNNA 3MP8A 4ISUA 1YPNA 3OO8A 1XHYA 3MW0A 3EQ1A 4PGNA 5CMCA 4MHFA 5J16A 5EQ8A 1N76A 3BFTA 4OWDA 4YZZA 2DP8A 3C36A 3FZVA 3UA8A 3DP8A 4PFBA 3KN7A 3FJMA 1GVCA 1AMFA 4PBHA 2DVCA 5I2KB 3ZSFA 2Q2AA 4PAKA 1R9QA 1MXUA 5IAIA 3KZGA 1P1UA 3TTKA 2IA4A 1MQIA 3DRFA 4PGPA 3U93A 4PFTA 2QFLA 2Z8DA 2CEYA 1FTKA 4YAHX 3RYAA 1MY2A 2ZNUA 2Y7KA 5AA4A 4NAPA 1FTOA 1LBYA 1LCFA 3T9VA 3CHGA 3MPKA 4H5FA 3FBPA 2GRVA 1MXWA 3GLBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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