1B05A

Structure of oligo-peptide binding protein complexed with lys-cys-lys
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 185
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b05A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b05A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b05A02
3TDJA 3KN3A 2DE3A 5I57B 3HN0A 2I4BA 5KCJA 4BDMA 4XTCQ 2UVJA 2HAUA 1HSJA 4OERA 3O6HA 1I6BA 1MY2A 4F2OA 3CHGA 3DRJA 5F7VA 1QJMA 3EN3A 2QMWA 1MG1A 1IXCA 1I6AA 4H6DA 3UGWA 1JQFA 5EHMA 1FQAA 4NWDA 2Z8FA 4ZE9A 1F9BA 3HHFA 2NUVA 2F6PA 5HPQA 1TT1A 4X1BA 4NWCA 1AMFA 2WKYA 3FATA 4Q30B 2UXAA 4JXIA 1N3XA 2A5TB 4H5GA 5I58B 4G8MA 5DT6A 2DWJA 3G3IA 4F3GA 1MQJA 1XVXA 3PPRA 2X7QA 4JWOA 3PPNA 4PETA 3VLWA 1N04A 3KOTA 2DE4A 4OETA 2OK2A 5I59A 2DXYA 5CRYA 3RGYA 4I1DA 3S9NC 3SESA 1IXIA 4RK2A 2PVUA 3MP8A 1FTKA 3RUMA 3UORA 4PQJA 1OQHA 4EQBA 3IX1A 4OZ9A 4M4GA 4C1UA 3Q27A 3PMXA 3THIA 5I2NB 3KEIA 4GF8A 3C34A 5LOMA 5AA3A 4TLLB 4NF6B 1OLCA 3FIRA 5EYFA 1P1UA 1URSA 2HQ0A 3PAMA 2DP8A 3GBAA 1VFDA 4ZEIA 1YTVA 3CG3A 4I9DA 5TP9B 3W9VA 3CIJA 1MPBA 3CR9A 4PFWA 4U4XA 3FXUA 2DXRA 4RYAA 3C35A 3MC2A 1MRPA 4QSCA 5H8NB 1GTKA 1WODA 1ANFA 4IO3A 3MZ1A 1B7HA 3E9XA 4LQ2A 4G77A 2THIA 2O7UA 2B4LA 4HCWA 3MJNA 2V3TA 5AA4B 1DSNA 1SW5A 5KZTA 2QS3A 4NEDA 2O68A 2F8DA 3RT6B 4THIA 3K1MA 3QK6A 3VLUA 3TEPA 3Q28A 3HCQA 2YLNA 3PUXE 3KN7A 4F1VA 1URGA 4IO5A 3MVYA 4G4PA 3M3LA 4R2BA 4BDOA 1ZIUA 1IIWA 4IO4A 2YPNA 2Q8JA 3IB1A 1A7LA 3OMBA 3SEWA 4FJPA 2ZNUA 4LZ8A 4PFTA 5KCJB 4GQOA 3HSTA 3IJOB 1B3LA 1LB9A 5ITPA 3OELA 2PT2A 2XXVA 1SDXA 1B5IA 3EHTA 3E4RA 3LSXA 3OOAA 3K00A 1CE2A 1B7ZA 4RK9A 4G68A 3RTWB 1A54A 1B5JA 2XXRA 1FQCA 1T0KA 4AB5A 5B70A 3DP6A 1P1OA 3TTNA 4ND9A 3TCFA 4OQOA 3KSXA 1UTBA 3H7MA 4JWYA 4P11A 3FASA 4N07A 3IOUA 2ALUA 4U1OA 3U92A 4IY6A 2F35A 4KYSA 1MM7A 3GLBA 5I59B 3IJXB 2I49A 3TTRA 3SDFA 3O2AA 1B58A 3ZKLA 1LBCA 2Q88A 4U2RA 4F22A 4OVJA 5CM6A 4EF1A 1URDA 1B32A 1LAFE 3Q29A 5JTYA 1XVYA 1B4HA 3T96B 4TQUQ 2G29A 4LUBA 4IO2A 4FORA 4DDDA 1B9JA 3KZGA 4HTGA 1PBPA 5F1QA 2O6AA 3JV9A 4E0XA 4PFUA 4YB7A 5B7DA 1KWHA 5DVIA 2V84A 2P1SA 4OESA 1H45A 3PUZE 4UA8A 1S7YA 1US4A 1YCJA 2D21A 3V5AA 1N7XA 3KJTA 5L9OA 3H6TA 1DOTA 1BKAA 3RTFB 5I56A 4GXSB 4MH5A 5I2KA 5FTIA 2V3QA 5ITOA 2GRVA 3LBSA 2NOOA 4GVOA 3G3HA 4Q0CA 3H4ZA 3MAMA 1MXXA 4U22A 4Q8RA 4JDFA 2DS9A 2Q89A 3KBRA 1QW0A 3TTLA 2QMXA 2Y84A 2I0CA 4F19A 1MXZA 2DVCA 3JZJA 3RQTA 4U1ZA 4QFPA 2QSXA 4YKIA 4R75A 4F29A 1VE4A 2XD2A 2HZLA 1LGBC 3MWBA 2E1SA 2F97A 1Y3PA 4UACA 1MH4A 2H25A 4M1VA 1P1QA 1JVXA 3OEKA 2OZZA 3QXMA 1LAXA 2VP1A 3Q25A 3PMWA 4LATA 1FQEA 1JVYA 1B3EA 2HXWA 3LSLA 5FHNA 1B1XA 3B6QA 2XX8A 1N84A 3T9HB 3FJ7A 1D9YA 4R6HA 1IZ1A 1JW1A 5CI5A 2D3IA 1IEJA 1QKAA 3SEUA 4NF8A 1TXFA 1B3GA 3RYAA 3FVGA 5H8FB 4FAJA 3U72A 2ONKE 2Z23A 4XXUA 4YICA 2F78A 5JTYB 3TAJA 1D9VA 3VDFA 4ISUA 1B0LA 4I62A 3MPKA 3TUSA 3V8XB 5ICQA 1FQBA 4QFLA 4LQ5A 1ATGA 3TKDA 2REGA 3O6PA 1H44A 1LCTA 3LSFB 1UIVA 3IORA 1RYOA 2RKMA 3O29A 4GLIA 4EXLA 4DCYA 1TFDA 4IO6A 3I6VA 2Y7RA 3P7IA 1VSOA 4YU0A 4F18A 4QHQA 1MDQA 1MQDA 3O28A 3VE1B 3U94A 2AYSA 2R6GE 1EU8A 1FQDA 3IOTA 1PBQA 4AQ4A 3MPLA 4OEUA 3FTOA 1ZKBA 2I4CA 2F34A 2XXQA 4G68C 3SEVA 1MQIA 3DELB 1AH5A 3Q26A 5L9SA 3G3GA 2GHBA 1OVBA 4R6YA 3U8QA 2PX1A 4FEDA 4C0RA 1US5A 4OFOA 3K4UA 5I56B 1OLAA 3VXBA 5I2KB 1HSLA 2F7AA 4KFQA 3SKPA 2XXIA 4JBZA 3G3FA 4X48A 3LC8A 2I58A 3IAZA 2REJA 1MXVA 3CSGA 4QFNA 3PMVA 4G2ZA 4KR5A 3OO6A 3S9LC 4YAHX 4EF2A 1IQ7A 2KLFA 2V3UA 4EDPA 1OMPA 4KYEA 3MVXA 2QPQA 1I6QA 3FUZA 3K1PA 2D5WA 5CMCA 1VR5A 4YZZA 1OIBA 5H8HA 4DCXA 3WAFA 3TPAA 4P0IA 4DXCA 4KPTA 2OBGA 1NMUA 3VLVA 1PEBA 3FV2A 1LSTA 1RYXA 4H0WA 3IL1B 4OHNA 5L8DA 5ISUA 4GL8A 2XXPA 3OSRA 2XHDA 1JEUA 3EHUA 4FECA 2HCAA 1MY0A 5AE4A 1FTMA 2AL5A 3TYHA 2DYXA 3A3CA 3TODA 5KDTA 4NF8B 2XXUA 1MQHA 5CBRA 3OO9A 2X7PA 1QUKA 3ZS6A 3N26A 1SI1A 5FHMA 3R7XA 4RNSA 3IR1A 2DSFA 1A8EA 1SW1A 1GR2A 3EQ1A 4POWA 4F3SA 2ESNA 4Z0IA 2DOJA 4ONYA 3MP6A 2RF1A 2DWHA 4ZE8A 1EZPA 1Z7NE 2PT1A 3PV0E 1D4NA 3JYRA 4DXBA 2F6GA 1I69A 3MBPA 1USYE 1Y3NA 3O6IA 1D3KA 3UP9A 3KJ7A 4RA1A 1UTHA 3EPEA 3H6UA 3HO7A 2XXYA 3VV5A 1NNKA 3FZVA 4H1XA 4H8JA 1S9TA 4RY1A 5EHSA 1N3WA 4QFOA 2OLBA 1A8FA 4OEVA 2QS1A 2ZXTA 4K3FA 2QL3A 4P0GA 1Y9UA 2YJPA 1NNFA 2UVGA 5FHOA 3M8UA 4R72A 4I8CA 1B4ZA 3G7WA 3EHSA 3MZBA 1II5A 4ZDMA 3K6VA 3BFUA 1MXYA 1FQFA 3FXRA 3SEYA 4ELPA 3VVEA 1DPPA 2ZNTA 3RPWA 4ZEKA 1CB6A 2RC7A 4WXJA 3H03A 1Y1MA 4U23A 2XXHA 2DE2A 1WVJA 4ZEFA 2PYYA 1Y4CA 3SEXA 3T9UA 4R9FA 1A40A 4F39A 3K02A 2X26A 5ELVA 1XS5A 1SI0A 3N6TA 4R74A 1Z7ME 4LA9A 4HW8A 1UIUA 4KCCA 1Y3QA 4H8IA 2LAOA 1TWYA 2Y7IA 5K2YA 3WAEA 5H8HB 3HPIA 4ELQA 4GRKA 3KSJA 4NF4A 3OO8A 2O84X 4QF9A 5L9MA 4EUOA 4F2QA 5H8QA 2RINA 3U1OA 2G93A 4XKNA 3OXNA 1AOVA 4GIZA 5A5XA 2WOPA 3ILTB 1MY4A 3UIFA 1MDP1 4YMAA 4BDRA 2ONSA 4GL0A 1FCKA 3ECRA 1A55A 4F1YA 2FYIA 2GHAA 3RY3A 3S9MC 5KDTB 3FGSA 3N94A 1MS7A 1BLFA 5AA2A 3O6GA 1ZLQA 2VD2A 3OSQA 1SD3A 3LSWA 3HHGA 5HBCA 1B1HA 1MY1A 3C9HA 3MP1A 2IA4A 4RPOA 3FVNA 1MM6A 4XKRA 4QFKA 1QULA 4TOZA 2H5YA 3FVOA 3N5LA 1NKXA 3VFJA 2QJEA 1PB9A 1Q1KA 2ZMBA 4R2FA 1ZJLA 4QSDA 4LZ7A 2ABHA 1S50A 4OFLA 2Y7PA 3F11A 3C36A 3UN6A 4DLDA 1UTHB 5M2VA 4E0WA 1IXHA 1B52A 3S9EA 3T9VA 4DZ1A 3ZSFA 3OEMA 3ODBA 4G68B 4LVQA 4X1DA 3T93B 1NL5A 1O7TA 3K1NA 3C33A 3DRGA 1AIVA 2Z8EA 3PPPA 2I0BA 3H6WA 1VFEA 1UTBB 3VXCA 3MZ9A 3E13X 3N6UA 3TTMA 2F7BA 2QS2A 1MPDA 3RLFE 3RNNA 4OENA 2O1LA 3I5OA 2B4MA 1WDNA 3TFLA 3RYBA 4F1UA 2H99A 4HCYA 3LR1A 5TP9A 2HFBA 5CMKA 1H76A 4YB5A 4LONB 2QS4A 3CI8A 3DLNA 3FV1A 2ZYKA 3RT8A 3SETA 3USDA 2RCBA 3PPOA 4NF4B 3CVGA 2A5SA 2V93A 4FIMA 4TLMB 4OTEA 5H8SA 2GFEA 3PD8A 5H8QB 1LBBA 3U93A 4KCDA 5K2XA 2OWSA 3DM0A 4OYVA 5TPAA 5A5XB 1SW4A 1OQGA 4MLQA 2O1MA 4XKQA 2Q9TA 4NE4A 1B3HA 3DRKA 4PP0A 2F36A 1RKMA 2M8CA 4KHZE 4KI0E 5DEXA 2P0SA 2CZLA 3E3KA 4LZ5A 1LCFA 2OJTA 4NTLA 1LFHA 1FTJA 2B3FA 1SBPA 5AA2B 2RCAA 3M3KA 4GD5A 2I3VA 1N0TA 1YPNA 2UVIA 3TMGA 2IEEA 4R9GA 3BFTA 1M5EA 1LFIA 1NNPA 3DRIA 1ZMGA 1GV8A 4ELOA 2Q2CA 4U4SA 1MQGA 5JEIA 4IGRA 3R26A 4ESXA 2H9BA 3S4UA 4XKPA 3IOWA 1JETA 3EF7A 4O3CA 1BP5A 4EXKA 2Y7KA 3B7DA 1PC3A 2Z8DA 3MVWA 1EZOA 3MW0A 3GBBA 1MXUA 5CC2A 1JW4A 3B6TA 4F3PA 3ZKKA 2CMOA 1H43A 4IY5A 4BLAA 2O7IA 3H3GA 3FVKA 2FA7A 4QSEA 4DXUA 5DYHA 2H4IA 1MXWA 1DMBA 3TCHA 1M5FA 4O3BA 4JWXA 5HM4B 1NNTA 4OWDA 1Y4TA 4ESWA 3TELA 2B3BA 4IGTA 2I48A 1M5CA 1FTOA 4XIGQ 2R9JA 4YKKA 1M5BA 3QIMA 3G3KA 1LB8A 4JB7A 1JW5A 1N7WA 3OO7A 5AA2D 5JK4A 3PUVE 3TCGA 1YAEA 4IB2A 2OCUA 2ONRA 3UA8A 3K6XA 2ZYOA 1FW0A 3PU5A 1MPCA 3S2VA 1P1NA 3GZGA 3FXQA 1P99A 1B3FA 3A09A 4MLVA 4PFYA 4DIGA 2RC9A 1B40A 2UYEA 3T22A 2AIXA 1XHYA 5BWJA 1QKBA 3O9PA 1IITA 2I3WA 3K6UA 4U21A 2NVUB 1HSEA 1N76A 2E0SA 3DP8A 3KGCA 1J1NA 3A3UA 3CRBA 5TPAB 2XX7A 5CMBA 1EZ9A 3O97A 3K0VA 4G8HA 2B65A 2DWIA 5DEXB 3V83A 2XD3A 1B05A 3TZAA 1PB8A 1PB7A 3CSBA 5TU0A 3ONMA 5BUUA 1DPEA 4H65A 1QUIA 1JEVA 3K01A 2VGQA 3FJMA 4QRZA 4ZEDA 1L5TA 3G3JA 1SYHA 1B46A 3PD9A 2AL4A 2DWAA 4WEPA 1LFGA 4NF5A 3O66A 2PMSA 3SERA 4O3AA 4GXAA 4KQPA 1POY1 2NXOA 3BBRA 3QYTA 4RXLA 3HV1A 4BDQA 4OMBA 4WEDA 1XT8A 2XXWA 1Y1ZA 4F31B 3DP4A 2HEUA 4POXA 3TQLA 3C32A 4R6KA 2ZYNA 2DVZA 1FTLA 2I6EA 1IXGA 3I3VA 1DTGA 3DRHA 3QAXA 3K2DA 5CBSA 3IB2A 1ZBMA 4KYDA 2WOLA 5DTBA 3C31A 1QUJA 2XXTA 3D4GA 4NMYA 4MFIA 3DRFA 3W9WA 3D4CA 4PE5B 3IK6B 2ANJA 4ZZAA 1A99A 2UYFA 1B0HA 2VHAA 2XXXA 5FTHA 3CFLA 3IB0A 3GXAA 2PBWA 3VVDA 2VOZA 4GWOA 3RN8A 1M5DA 1B2HA 4BDLA 1B5HA 5H8FA 2H98A 3KG2A 4WKMA 3KOSA 1XC1A 4AB6A 1H3DA 1O64A 3M3FA 4EQ9A 3QSLA 4KD5A 3V89B 3L6GA 1ELJA 2DQVA 3TQWA 3OENA 1GVCA 4X9TA 1BTJA 1LAHE 3C4MA 3PPQA 3H6VA 1USYH 3QUJA 2ZNSA 5I57A 4BDNA 5I84A 2HAVA 4FEBA 2Y7WA 3H06B 3K6WA 1MH3A 4ELRA 3IO6A 2F7CA 4ZS9A 3UK4A 4FATA 1BIYA 1UQWA 4YKPA 4F3BA 2Q2AA 2RC8A 4OXVA 4C1TA 1EH3A 3PGFA 4GOTA 2VD3A 1DTZA 3W15C 1LLSA 2O51A 3BKIB 4RPNA 1R9LA 5DVJA 3MVZA 3PUYE 4Q5TA 2A5TA 1NH8A 1PDAA 3AXFA 5I58A 3TTKA 1SQYA 5ICTA 1GGGA 3KN8A 1ZTYA 4RJZA 3FJGA 3LUYA 1R9QA 1B7UA 4ZEBA 4N13A 2XX9A 4JSDA 4NF5B 3CFXA 1XOCA 1POTA 4N6PA 3MUQA 3CFZA 4IO7A 1AL3A 2Z22A 1R6ZA 1B6HA 4FE8A 4YKJA 1JNFA 2QRYA 5IAIA 3B6WA 2GH9A 5IKBA 2FNCA 5AA1A 4H5FA 1TFAA 5I2NA 2NWJA 2F5XA 1MY3A 3CG1A 1LAGE 1R1NA 4NF6A 5CMMA 1O63A 1SW2A 4L17A 1SVXB 4Z7EA 3MQ9A 3ILUB 2R71A 1IUDA 3T9XB 3QUFA 3VVFA 5DVFA 1Y20A 4YMBA 2O69A 3OD7A 4R73A 2WOKA 2BJJX 3KFMA 4LP2B 5H8NA 2W7YA 2HZKA 1P1WA 4GFRA 1Q35A 4MF3A 2ZYMA 3L6HA 1ZU0A 3FD3A 4H67A 1OVTA 4G8NA 1NFTA 4EQ7A 1QVSA 2OWTA 5AA4A 4JSOA 4DE8A 1NH7A 4ZECA 2V25A 5J1DA 4OFJA 3R6UA 3T66A 2UVHA 4HS7A 4YB6A 4ECFA 3IOVA 2P2AA 3LVUA 3PUWE 4ZZEA 4MBPA 1SYIA 1B51A 3IO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TDJA 3KN3A 2DE3A 5I57B 3HN0A 2I4BA 5KCJA 3IFAA 4BDMA 4XTCQ 1FPFA 2UVJA 2HAUA 1HSJA 4OERA 3O6HA 1I6BA 1MY2A 1LEVA 4NGUA 3BIHA 4F2OA 3CHGA 3DRJA 5F7VA 1QJMA 3EN3A 2QMWA 1MG1A 1IXCA 1I6AA 1FBPA 4H6DA 3UGWA 1JQFA 4NAPA 5EHMA 3LV0A 1FQAA 2ZZVA 4NWDA 2Z8FA 4ZE9A 1F9BA 3HHFA 4GWWA 2NUVA 2F6PA 5HPQA 1TT1A 4X1BA 4NWCA 1AMFA 4MNIA 2WKYA 3FATA 4Q30B 2UXAA 4JXIA 1N3XA 2A5TB 4H5GA 5I58B 1Q9DA 4G8MA 5DT6A 2DWJA 3G3IA 1DBZA 4F3GA 1MQJA 1XVXA 3PPRA 2X7QA 4JWOA 3PPNA 4PETA 3VLWA 1N04A 3KOTA 3A29A 1LBXA 2DE4A 4OETA 2OK2A 5I59A 2DXYA 5CRYA 3RGYA 4I1DA 3S9NC 3SESA 1IXIA 4RK2A 2PVUA 2FVZA 3MP8A 1FTKA 3RUMA 3UORA 4PQJA 1OQHA 4EQBA 3IX1A 4OZ9A 4M4GA 4C1UA 3Q27A 4PBHA 3PMXA 2XWVA 3THIA 1NV4A 5I2NB 3KEIA 4GF8A 3C34A 5LOMA 5AA3A 4TLLB 4NF6B 1OLCA 3FIRA 5EYFA 1P1UA 1URSA 2HQ0A 3PAMA 2DP8A 4GX6A 1SPIA 3GBAA 1VFDA 4ZEIA 1YTVA 3CG3A 4I9DA 4PE3A 5TP9B 3W9VA 4MNPA 3CIJA 1MPBA 3CR9A 4PFWA 2QFLA 4U4XA 4MEVA 3FXUA 2DXRA 4RYAA 3C35A 3MC2A 1MRPA 4QSCA 5H8NB 1GTKA 1WODA 1ANFA 4IO3A 3MZ1A 1B7HA 3E9XA 4LQ2A 4G77A 3T1BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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