1B0HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-napthylalanyl-lysine
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 192
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b0hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b0hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b0hA02
1GV8A 1BKAA 3C36A 1ATGA 1PDAA 5H8FA 1B58A 2QJEA 4IGTA 4F19A 3B6QA 3FUZA 4LATA 1Y4CA 5CBRA 2HZLA 4MLQA 4ZEFA 3PUWE 1B0HA 1N84A 4Q5TA 4TLMB 4ELQA 3S9NC 4G8MA 4ZEDA 3UN6A 3OXNA 3UP9A 1TFAA 1A99A 4LZ7A 1B7UA 3K1PA 4UACA 1UIVA 4QSCA 3SEUA 3SEVA 4G68B 4U21A 1MY2A 1LAHE 4ZZEA 2ZMBA 3OO7A 1LBCA 3MW0A 1P1QA 3HCQA 2REJA 3MP1A 3BFTA 4HS7A 3PUVE 3O6PA 1B1XA 2Y7WA 4YMBA 3TKDA 1FTKA 4KYEA 1LGBC 3PPPA 3LSXA 3QUFA 5IAIA 1A55A 2QS3A 3T93B 3RGYA 1GTKA 4OERA 1LFHA 4P0GA 2RINA 1FTJA 4FECA 2VP1A 4LQ2A 4U23A 4GL0A 3K6WA 3TYHA 3Q28A 3K6XA 1M5BA 3PPQA 1POY1 5F1QA 2P2AA 4G8NA 4QF9A 3WAEA 5HPQA 1QUJA 4PFYA 3PAMA 3IB2A 5ICQA 3PV0E 1MPBA 3SEWA 2VD2A 4R6YA 3IB1A 1A54A 2ZYOA 1EZ9A 1MXVA 3S2VA 2O51A 3B6WA 5DYHA 3CR9A 4FORA 1JW4A 4IY5A 3EN3A 5DVJA 1OVBA 2VD3A 4TOZA 5H8HB 3BKIB 3QSLA 4H8IA 2QL3A 4AQ4A 3C4MA 3TTMA 4U4XA 1EZPA 2UXAA 4MFIA 4F2QA 1ANFA 4F31B 2THIA 1IXHA 1B3LA 2ZNSA 4FATA 2VOZA 5HM4B 2F6GA 3LUYA 4LP2B 3N26A 3E13X 1S50A 4R6HA 3M3KA 1M5CA 2RC8A 2XXYA 2F8DA 4R2BA 1EU8A 1MS7A 4RA1A 4U4SA 3OSQA 4IO6A 4PP0A 5ITPA 3TAJA 4G2ZA 1IXCA 1NL5A 4IO7A 4OFLA 1PB9A 4N07A 1LCFA 4LA9A 3VLWA 4JWYA 1URDA 3ECRA 4YB7A 4ZEKA 2XX7A 1I69A 3TTNA 1MXXA 3W9WA 2DWJA 2NUVA 1EZOA 4G8HA 3DM0A 2ONSA 3HHGA 3OSRA 4XTCQ 3RN8A 2R9JA 2XXUA 3OELA 3G3JA 1Y3NA 5FTHA 3FATA 1IZ1A 3T22A 4OEUA 2D5WA 1UTBB 3EQ1A 2I0CA 3FVGA 1SI0A 1NKXA 4NTLA 1N7XA 4DZ1A 1LBBA 4LQ5A 3QK6A 4PFWA 5I57B 4NE4A 3TQWA 2X7QA 1O64A 2CMOA 4EDPA 1B3FA 2HCAA 4WEDA 3FIRA 1F9BA 1OQHA 4KD5A 3EHUA 3K4UA 2H9BA 3DRKA 4EXKA 3I6VA 3DLNA 4O3BA 1B05A 2B65A 3DRGA 4GLIA 2DSFA 1HSEA 1B7HA 3IOVA 1USYE 3C33A 1B32A 2Q88A 2UYEA 1POTA 2I4BA 4GQOA 2QPQA 1Z7ME 4DDDA 3QYTA 3THIA 3TELA 3VVDA 1ZTYA 4YAHX 2PX1A 3K2DA 5L9SA 1PB8A 1WDNA 4KI0E 3FVOA 3H06B 3CG1A 1MDP1 1S7YA 4LZ8A 5I59B 3OO8A 4PETA 2H25A 2B3BA 1FTMA 4K3FA 3TCHA 2AL5A 3Q27A 2V25A 3U94A 1B5JA 4F1VA 5ICTA 1AH5A 4DXBA 3JZJA 3KBRA 3WAFA 4OHNA 5I2KA 3DELB 3DP8A 4OZ9A 5DTBA 3KEIA 3JYRA 4R74A 1AMFA 2QS4A 3M3FA 4GF8A 1OMPA 3TODA 3GLBA 4FJPA 1A8EA 1MY3A 3KSXA 4EF2A 1PBPA 3TUSA 2R6GE 3P7IA 1SW2A 4YICA 4IGRA 2H4IA 3C9HA 3D4CA 4ECFA 5IKBA 4IO4A 2AL4A 1QULA 1N3WA 2D21A 5L8DA 1S9TA 1SW4A 1ELJA 2O1LA 4NWCA 4GD5A 2DVCA 3B7DA 2F6PA 2E1SA 1B4ZA 4GIZA 1BLFA 4JSOA 2OWSA 5H8NB 3RYBA 1AOVA 4ND9A 3UIFA 2WOLA 4FE8A 1ZIUA 1FTOA 3K1NA 5H8QB 3PD9A 2D3IA 1MM6A 1GVCA 2ANJA 2F7AA 5DT6A 5L9MA 2ZXTA 4NMYA 2KLFA 1B7ZA 2DE4A 3CI8A 3L6GA 1IIWA 2ONRA 4OWDA 2RCBA 2QS2A 1SW1A 2B4MA 3OOAA 3ZS6A 3MVZA 5DVIA 5CC2A 1RYXA 5FHNA 1NFTA 1WVJA 2F36A 2F5XA 3CFZA 1LLSA 4F29A 4GXAA 4DCXA 3E3KA 3SETA 3IOWA 2YJPA 4R72A 4OYVA 1L5TA 3VLUA 4QFNA 4HCWA 4ELOA 4RPOA 1NH7A 2DS9A 3FJGA 3MZ1A 1NH8A 1XVYA 5LOMA 1ZLQA 1I6QA 5I57A 4H6DA 2YPNA 2UVJA 2UVHA 1B9JA 2NXOA 5AA4B 4JDFA 1M5DA 4TLLB 4BDNA 3C34A 1ZKBA 1B6HA 1H43A 4X48A 3MZBA 4R6KA 1AIVA 3HPIA 4ZZAA 3SEYA 1SI1A 1JVXA 4QFPA 3IB0A 4FEBA 1OLCA 5KDTB 4KCCA 3E4RA 1URGA 1H44A 4OFOA 3HO7A 3LR1A 4NEDA 5EHSA 1NMUA 1JVYA 3U93A 1XC1A 4OENA 5CMBA 1FQFA 5AE4A 3H7MA 1B46A 2XXHA 1B52A 2REGA 3U92A 2BJJX 5I59A 3TMGA 3CVGA 4ZEIA 2PT1A 2RC7A 4NF6B 1D9VA 2IA4A 3EF7A 4NF8B 1UIUA 3SEXA 3MUQA 2ZYMA 2Y7PA 2WOKA 1CE2A 2XXTA 3IK6B 3V8XB 3O6GA 2VGQA 4YKJA 3VV5A 3IJXB 1A8FA 3O29A 2RCAA 2ESNA 5M2VA 3VDFA 2O68A 5H8SA 3MBPA 5EHMA 4IO5A 1PBQA 2DE2A 5CRYA 5I2KB 3RUMA 1P1OA 3MZ9A 2PMSA 3G3IA 4OEVA 1MXUA 1SYHA 3FVKA 3IOUA 1JQFA 1P1NA 1OLAA 3DRHA 4ESWA 5EYFA 1NNFA 4FIMA 1PC3A 1Y3QA 5J1DA 1WODA 2DXRA 1T0KA 5JEIA 1B5IA 1QKBA 2G29A 2I0BA 4MBPA 5H8NA 2ZYKA 3MAMA 1P1WA 4KFQA 3ONMA 1QJMA 2O7IA 1PB7A 3DP6A 2F7CA 2GHBA 3T96B 3O28A 2O69A 5H8QA 2Y7RA 5JTYB 2FNCA 3TCGA 1M5FA 3CFXA 3R26A 1B3GA 3MVYA 1B40A 3W15C 1SYIA 5KZTA 4KPTA 1IXIA 2XXPA 4Q0CA 1MXYA 4EUOA 1ZBMA 3H4ZA 2XXIA 4OTEA 4U2RA 5AA3A 1N0TA 1QKAA 1LFGA 4QFOA 1BTJA 2RC9A 1XVXA 2VHAA 4C1UA 1Y9UA 4R9FA 4MLVA 3TFLA 2HQ0A 5BWJA 3S9EA 4R73A 1TXFA 3UGWA 3V83A 4EXLA 4U1OA 4THIA 4RPNA 1PEBA 5FTIA 3QUJA 4G77A 4Q30B 3S9LC 1Z7NE 3RPWA 3CIJA 3N5LA 4FAJA 5DEXB 1IXGA 2I58A 3M8UA 2O84X 2IEEA 4OETA 3Q26A 4E0XA 1RKMA 1MQDA 1N3XA 2QS1A 3H6VA 2CZLA 2DXYA 5I84A 1LB8A 3H6TA 4RJZA 3N94A 4OFJA 3MWBA 5AA4A 1OIBA 2OWTA 1DPEA 2PT2A 2PYYA 1VFDA 2HEUA 3IR1A 3KFMA 3D4GA 3IORA 4C0RA 3FXRA 4WEPA 3ODBA 3FXQA 4YZZA 4DLDA 3EPEA 3K02A 3ILUB 4IY6A 5FHOA 3A3CA 4X9TA 3TQLA 1BP5A 3USDA 1MH3A 2OCUA 4I9DA 3K1MA 3LBSA 2OJTA 3C32A 3FJ7A 3R6UA 3N6UA 5KDTA 3I5OA 1DPPA 4XKQA 4ELRA 3PMXA 4EF1A 3KJTA 1Y1MA 3MVWA 1QUIA 4F3SA 1QVSA 3PGFA 3KOSA 2F97A 4MF3A 4F2OA 1VE4A 4HW8A 4LZ5A 2RF1A 1J1NA 4NF6A 4MH5A 1JW1A 3RT6B 4PFUA 1EH3A 4NF8A 1NNKA 2A5TB 2P1SA 1A40A 4P11A 4RYAA 1CB6A 1Q1KA 1LSTA 3FZVA 1YTVA 4F39A 2XX8A 5BUUA 3O9PA 2ONKE 3IJOB 3IOTA 3QXMA 4QRZA 5KCJB 2H99A 1DTZA 1R6ZA 1URSA 3G3KA 1HSJA 1US4A 3RTFB 1B51A 1SQYA 1R9QA 2Q2AA 2PBWA 4DXCA 4QSDA 1NNTA 2DQVA 3VVFA 1KWHA 3FGSA 2XXQA 4GXSB 4NF5B 4OESA 3RT8A 2DWAA 4R75A 3G3GA 1GGGA 4F1YA 2R71A 4DIGA 2NVUB 2XHDA 1Y3PA 4R9GA 1MPCA 5TP9A 3T9HB 1VR5A 4GVOA 1DTGA 5JTYA 4ZE9A 2GH9A 3LVUA 2OLBA 4XKNA 3RYAA 3KN8A 4KCDA 3CSGA 2FA7A 4RXLA 3G7WA 3E9XA 1TFDA 1FTLA 1DMBA 4ZECA 4GOTA 4WXJA 1TT1A 5AA1A 3MQ9A 3IO6A 4AB5A 2Z22A 3H6WA 4YB5A 3VXCA 1OVTA 2O7UA 3FTOA 4ESXA 4N13A 3O2AA 4O3AA 4O3CA 4JSDA 3MPKA 1SVXB 2E0SA 1JETA 4C1TA 3CSBA 2DOJA 4KHZE 4I1DA 5DEXA 4QHQA 1MXWA 1MG1A 3MP8A 3A09A 4NF4B 4M4GA 1LAFE 2W7YA 3T66A 2ZNUA 3LC8A 4LUBA 3PMWA 3PUXE 5TPAB 1SBPA 1H3DA 1D4NA 2F35A 3UA8A 2DVZA 1YCJA 5CMMA 3T9VA 4YKIA 1B2HA 1FQDA 4BDMA 3TTLA 5TU0A 3V5AA 5F7VA 1US5A 4H1XA 4POWA 2UVIA 4YMAA 3VVEA 3QAXA 2QMWA 2AIXA 3SERA 4H8JA 3DRJA 3DP4A 3VXBA 3OD7A 3PUZE 3G3FA 4DXUA 4PFTA 1MM7A 2H98A 4ELPA 1MPDA 4EQ7A 3K01A 5CMKA 3K00A 4IB2A 1ZU0A 1IUDA 3IL1B 4H67A 1B3HA 3O66A 4IO2A 2X7PA 3MPLA 3TTKA 1LB9A 3FD3A 4OQOA 3PPOA 3I3VA 2AYSA 3DRFA 5B70A 3ZKKA 4I62A 4KR5A 4F3PA 2M8CA 1XOCA 4NWDA 4E0WA 3VE1B 3LSFB 3MP6A 3U72A 2HAUA 2Y84A 4POXA 4F18A 2A5TA 3TDJA 5B7DA 5FHMA 4DE8A 3OO6A 3U1OA 3H03A 3MC2A 2V84A 1SW5A 4FEDA 4H5FA 1H76A 1Q35A 1M5EA 3KOTA 2O6AA 3CHGA 1D3KA 5JK4A 2WOPA 3KG2A 3RTWB 5KCJA 2V93A 2V3TA 1O7TA 4IO3A 1AL3A 3PD8A 2OBGA 4UA8A 3PPNA 2RKMA 1D9YA 2Y7IA 3PMVA 3SDFA 3IX1A 1XT8A 3RY3A 3OENA 2B4LA 2F78A 4NF5A 4GWOA 2WKYA 1YPNA 1VFEA 3JV9A 4XIGQ 4QFLA 1LFIA 4Z0IA 4F3GA 1II5A 4GRKA 2UVGA 2OZZA 3Q25A 5K2XA 5TP9B 5I2NA 3MJNA 1FQEA 3SESA 3T9UA 4X1DA 4RNSA 5ELVA 3F11A 2QMXA 2YLNA 5I56A 1B3EA 3R7XA 4BLAA 3GBBA 2HZKA 2I4CA 3FJMA 4DCYA 3PUYE 3RLFE 4I8CA 3FVNA 3KZGA 3UK4A 5CBSA 1FW0A 3K6VA 4RY1A 4L17A 1YAEA 2Y7KA 3IO4A 3LSLA 4JB7A 1MRPA 3FXUA 2H5YA 5CMCA 1JEVA 4OXVA 2ZNTA 2UYFA 2A5SA 4M1VA 1USYH 4R2FA 3OO9A 5CI5A 1O63A 3C35A 4TQUQ 1NNPA 2Z8DA 4PE5B 3UORA 4NF4A 4Q8RA 2Q89A 1SDXA 1QW0A 3GBAA 4KYDA 4YB6A 5TPAA 2DWHA 2HFBA 2XD2A 5A5XA 1VSOA 2OK2A 4AB6A 3FV2A 3OMBA 2Z23A 5L9OA 1UQWA 1MY0A 3A3UA 1LAGE 5HBCA 1MQIA 5AA2A 1R1NA 1R9LA 2ALUA 4OMBA 3K6UA 3KGCA 3DRIA 3SKPA 4H65A 4BDOA 3KN7A 2DE3A 1TWYA 1MQHA 1ZJLA 2XXWA 2XXVA 1LAXA 2X26A 3KN3A 4ZDMA 5I58B 4ONYA 5CM6A 3H6UA 1HSLA 1UTHB 3H3GA 4F22A 2NOOA 1XS5A 3RNNA 2G93A 1P99A 4XKPA 5H8FB 4BDQA 3N6TA 3BBRA 4X1BA 3VFJA 4P0IA 4PQJA 4LONB 4RK9A 3HSTA 3TEPA 4EQBA 3V89B 3LSWA 4U1ZA 3TPAA 4QSEA 4G68A 2ABHA 2QSXA 1JNFA 1FQAA 1DSNA 1IEJA 3PU5A 2NWJA 3C31A 4YKKA 3MVXA 3CRBA 1IQ7A 2XXRA 2I3WA 1N04A 1B1HA 4XKRA 2HAVA 3GXAA 4ZE8A 5K2YA 1LCTA 4F3BA 2Q2CA 3PPRA 3W9VA 4BDRA 4YKPA 3IAZA 3OEMA 3Q29A 2V3UA 3O6IA 1A7LA 4EQ9A 4JWXA 3M3LA 4GL8A 4G68C 1DOTA 1B0LA 2Q8JA 4YU0A 4H0WA 3OEKA 1MY1A 2XD3A 3O97A 4BDLA 1I6BA 3ILTB 3QIMA 3GZGA 1I6AA 3CFLA 1IITA 1GR2A 1RYOA 2O1MA 4JBZA 2Z8EA 1FCKA 1JW5A 5ISUA 1Y1ZA 2GHAA 4H5GA 3KJ7A 3FV1A 2LAOA 4ZEBA 5I2NB 2DYXA 1H45A 4JWOA 5H8HA 2Q9TA 2DP8A 4G4PA 2F7BA 4XXUA 4OVJA 3TTRA 5I56B 3EHSA 4JXIA 1BIYA 4HCYA 3S4UA 3HHFA 2I49A 2Z8FA 1MXZA 1FQBA 3RQTA 3S9MC 4Z7EA 1SD3A 3HV1A 3HN0A 3BFUA 2ZYNA 1JEUA 2P0SA 2I6EA 2V3QA 2FYIA 2I48A 4RK2A 4GFRA 4ISUA 2I3VA 2QRYA 2GFEA 3O6HA 3B6TA 4KYSA 3FASA 3KSJA 4N6PA 4ZS9A 3VLVA 1B4HA 2GRVA 5A5XB 1FQCA 5DVFA 4F1UA 3EHTA 2PVUA 1MDQA 1XHYA 1QUKA 5ITOA 2DWIA 3T9XB 1Y20A 4HTGA 4WKMA 3AXFA 5AA2B 1N7WA 1UTBA 1MQGA 3CG3A 4KQPA 1Y4TA 5AA2D 4QFKA 1B5HA 3G3HA 3L6HA 3U8QA 1MQJA 3TZAA 2F34A 1OQGA 3ZSFA 3ZKLA 2B3FA 1MY4A 5I58A 4U22A 2XXXA 2XX9A 4LVQA 1UTHA 2HXWA 3K0VA 1P1UA 1MH4A 3TCFA 1N76A 1ZMGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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