1B2HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-ornithyl-lysine
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 186
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b2hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b2hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b2hA02
1A7LA 4YB5A 3OO7A 2OWSA 1HSJA 1GVCA 3EN3A 2DWHA 4ELPA 4EUOA 1B0LA 1IQ7A 4MH5A 1FQAA 5J1DA 5A5XB 4HCYA 1CE2A 2I0BA 3K4UA 4G68A 4H5FA 1URSA 1Q35A 3FZVA 4LUBA 3KOTA 4H8IA 4YAHX 3SEVA 4OWDA 3PPRA 5EYFA 2PYYA 2P2AA 3C9HA 4ZE8A 4DCYA 1YCJA 1JQFA 3KOSA 4G68B 1MXYA 1R1NA 4OERA 1P1OA 4ECFA 1QULA 3Q26A 3FVNA 3FVOA 4F3SA 4RPOA 3FD3A 2HXWA 4U2RA 1QKAA 5BWJA 3B6WA 2F7BA 3U1OA 3DRJA 2RF1A 1QUIA 2UVIA 4ESWA 4G8NA 4H65A 4OFLA 1IXIA 3UGWA 3VXCA 2Q8JA 3OOAA 2V3QA 3FVKA 1USYH 3T22A 3G7WA 3PV0E 3TKDA 1MQIA 1NNPA 1A8FA 4IGRA 4NWDA 4GVOA 3WAEA 3G3KA 3U72A 2Z8DA 3TPAA 4I62A 1NMUA 4RK2A 1ZU0A 3G3IA 3OO9A 3DRHA 3KN7A 4C1TA 1FTMA 4RXLA 3VDFA 5I84A 2ABHA 3HPIA 3FGSA 4MF3A 1JVXA 3IOUA 3FXRA 2Q9TA 5EHSA 3CFZA 4AB5A 2D3IA 3MP8A 2H9BA 4FJPA 1TFAA 3TELA 1M5EA 3CSGA 5AA1A 4P0GA 1B5JA 2KLFA 3V83A 1B5IA 3TTRA 3TQLA 3OD7A 1LLSA 4M1VA 5I56A 3IR1A 2GHBA 1FQFA 2F7CA 4NTLA 3CRBA 4OQOA 2DWAA 3D4CA 1MG1A 3Q25A 5K2XA 1I6QA 2XXRA 4OENA 1IXHA 3FJGA 4E0XA 2Z8FA 5CM6A 3IJXB 3IJOB 5I56B 3CG1A 1NNFA 5AE4A 1SI1A 4YZZA 4YU0A 3DLNA 4EQ9A 1DPEA 1SW1A 3DP6A 1GTKA 3UP9A 2RCAA 4F31B 1POY1 1QKBA 3C36A 1Y3NA 3DM0A 1VFDA 5B7DA 3QSLA 2F78A 2PBWA 3JV9A 3MPKA 2VHAA 4RA1A 3PMWA 2F6PA 3B7DA 1EH3A 4QFPA 4QFKA 3H03A 3TFLA 1OVBA 1MDP1 4JBZA 4KCDA 1N7XA 2V84A 4LA9A 4YB6A 3OXNA 3O9PA 2HAUA 4GL0A 1CB6A 1B6HA 4GXSB 1ATGA 4POXA 3RT8A 3TTKA 3KSXA 3FXUA 2NWJA 2F6GA 1XOCA 3UK4A 3ILUB 4OYVA 4H67A 4LZ5A 2XXYA 3HO7A 2NUVA 4Z7EA 2DQVA 4OXVA 1DOTA 1NH7A 4DXUA 3C35A 3KBRA 1VSOA 1II5A 1MXWA 2Z8EA 2B3FA 1R9QA 3RGYA 4Q8RA 3OEKA 3CR9A 4KYDA 2F97A 4Q30B 3BKIB 1Z7NE 3DRFA 3A09A 1MY0A 1UTBA 5CMBA 2ONRA 3KGCA 3LSLA 3SKPA 3KSJA 4KPTA 1F9BA 2I49A 2IEEA 2DE2A 1DSNA 3TEPA 1B40A 3VVDA 2Y7PA 3T9XB 1IUDA 4JWXA 1S50A 4XKNA 3QYTA 3E9XA 3K00A 3K1NA 2O1MA 4R6HA 4PE5B 5AA2D 3Q27A 3FTOA 4EQBA 1UTBB 3VV5A 1I6BA 1B4HA 1ZMGA 5TP9A 2O7UA 1FTKA 3PPQA 3E13X 2B4LA 1B46A 2HQ0A 4IO2A 5ICTA 1FTOA 5CI5A 4EF1A 3IB0A 5TP9B 4ZE9A 3LC8A 1MH4A 4XKQA 5I59A 4XIGQ 4N07A 4PETA 3T96B 1DMBA 3HHGA 4F3PA 4IY5A 3TTLA 3H6WA 5DVJA 4C1UA 5L9MA 3THIA 2GH9A 3K1MA 3N6UA 3VFJA 5FHOA 4FEBA 5CMCA 3KJTA 3H3GA 1N7WA 1T0KA 2D5WA 3KJ7A 2OWTA 5I59B 4DCXA 5H8NA 4OESA 1MXZA 1MH3A 1Y3QA 4JSOA 5ELVA 4GFRA 3T9UA 3IX1A 3O28A 4THIA 5EHMA 4F39A 2NXOA 3ECRA 3MPLA 4ELOA 2F8DA 4ESXA 4HS7A 3PPOA 3SEWA 3ZS6A 1VFEA 5HM4B 2RINA 2H99A 1Y4CA 4OEVA 1UIUA 5H8NB 3H6UA 4ZEIA 2QJEA 4ZZEA 4WXJA 1PDAA 4DDDA 4IO6A 1JVYA 3UORA 1URGA 4TLLB 2E0SA 3H6VA 4JB7A 3T93B 3MZ9A 1DTZA 5JTYB 1ZJLA 4ZEDA 1VR5A 2I0CA 3LSXA 4Q5TA 4H6DA 3K6XA 1SYHA 2O7IA 1EZPA 4GD5A 3S2VA 2DXYA 2Y7IA 2WOPA 3K6WA 4R73A 1P1QA 4BDQA 3QUJA 1MM6A 3WAFA 1B3GA 2AYSA 3P7IA 1XVYA 1A55A 4GF8A 2WKYA 1WDNA 4LATA 2V25A 1OIBA 1SBPA 4U1OA 1MPBA 3DELB 3TTMA 4GQOA 4F1VA 1LFGA 2AL5A 2ZYNA 3LR1A 3U93A 2DWJA 3EQ1A 2UVHA 3TCFA 3O6GA 1LBCA 3TQWA 3TCGA 4IO5A 4LQ5A 2Y7WA 3MZ1A 4EXLA 1O63A 1S7YA 2XXIA 3DRGA 5CBRA 1NH8A 1PBQA 4R6KA 1LAXA 4QSDA 2M8CA 5HBCA 2XXUA 1XT8A 4ISUA 3OELA 3OO8A 1LB9A 3RTWB 1M5BA 3O6IA 2DVCA 2O68A 4ZS9A 3SEUA 4X1BA 5I58A 1IITA 1XVXA 3KFMA 1A99A 4BDLA 2UYEA 1FCKA 4Q0CA 1OQGA 3RQTA 1QW0A 1PB7A 5FTHA 1USYE 3M3FA 1ZBMA 4C0RA 3TYHA 1Y1MA 3FATA 1HSEA 2H5YA 3MUQA 4F1YA 2QS4A 3S9EA 1H45A 2HZKA 3C4MA 1XHYA 2XX8A 4G8HA 2B3BA 3ZKKA 4M4GA 2DP8A 4K3FA 1YAEA 3IOWA 5ITPA 5I58B 3S9MC 5CMKA 3GZGA 2WOKA 1MQHA 2AIXA 5KCJA 2I6EA 5KZTA 1MQDA 3OEMA 2QPQA 2QMXA 4JDFA 1MY3A 4NE4A 4UA8A 3QK6A 4AQ4A 3TMGA 1H3DA 5DT6A 1MY2A 4IB2A 2ANJA 1NL5A 4G77A 4U1ZA 3R7XA 5KCJB 2QS3A 3O66A 1A8EA 1AH5A 3S9NC 3O2AA 1LAHE 1MRPA 3N94A 4NEDA 1TXFA 3KG2A 1B0HA 1FQDA 2XXVA 4YMBA 1ANFA 3K2DA 3CFLA 3CIJA 3E4RA 3PPPA 3PU5A 3T9VA 2RC8A 1SW4A 1IIWA 3G3FA 3N5LA 2VP1A 1QJMA 1B58A 3SETA 4YKJA 4QSCA 3FVGA 4RPNA 5DVIA 1GR2A 1J1NA 1JEUA 3KZGA 1XC1A 3OO6A 1LB8A 2A5SA 2IA4A 3LUYA 3DRIA 1BP5A 4OHNA 2BJJX 1MS7A 3V8XB 4TQUQ 2NOOA 4G8MA 3RYBA 4R9GA 3U92A 1US5A 2RC7A 1BKAA 3HN0A 3W9VA 3SERA 3V5AA 3ZSFA 3PUXE 4G68C 3F11A 1XS5A 1H76A 2YLNA 3U94A 5JEIA 1RYXA 1M5CA 3CG3A 1A54A 3I3VA 3HV1A 3Q28A 4H0WA 1QUJA 2QS1A 4XKRA 3CFXA 1NFTA 4PQJA 2Q2CA 1B5HA 2QS2A 4OFJA 3I5OA 3IL1B 1P1NA 3DP4A 5L9OA 4QRZA 5DVFA 4KI0E 2GFEA 4MFIA 4NF6A 5KDTA 2V3TA 4NF4A 3UN6A 4JXIA 1VE4A 1B7HA 3TTNA 3M3LA 4PFYA 3G3HA 2ZYOA 3LBSA 3K6VA 3USDA 4IY6A 2DS9A 4LQ2A 4H8JA 3PUWE 3JYRA 1PB8A 4X48A 4NF6B 1R6ZA 1Y9UA 5KDTB 1D3KA 4NF4B 4O3BA 3FJ7A 5TPAA 4QFOA 4FAJA 1JNFA 1JEVA 2XD3A 3TUSA 1AMFA 1B3EA 1UTHA 2PX1A 2XXHA 1TWYA 5BUUA 3D4GA 4DXBA 4R2FA 5I2KA 2CZLA 3C32A 4LVQA 4AB6A 1I69A 5TPAB 1MXVA 1M5DA 2ZMBA 4HTGA 2QSXA 4F19A 3GBBA 3MVWA 4F22A 1UTHB 1GGGA 3PPNA 3PD9A 1B4ZA 1LGBC 4IO4A 4R75A 1SYIA 2ZXTA 1B2HA 2I48A 5I2KB 3FXQA 3W15C 3KN3A 4OMBA 4LP2B 3N6TA 4BDOA 1N0TA 3O6PA 3FV1A 3HHFA 3K01A 5AA4A 3PUZE 3LSWA 4OEUA 4HCWA 3EF7A 1LFHA 1AIVA 2A5TA 4R74A 2R71A 4EF2A 3BBRA 3C34A 1I6AA 2O51A 3VLUA 2I3WA 4FE8A 3RNNA 3TZAA 3V89B 2QL3A 1MM7A 2UVJA 5AA4B 1B51A 1JW1A 5CRYA 2R6GE 2A5TB 4YKIA 3A3UA 4ELRA 4F3GA 5CMMA 2OLBA 1B3HA 4P11A 5F7VA 4QFNA 2FYIA 2AL4A 2F34A 4YB7A 3E3KA 5JTYA 4EDPA 1PC3A 1YTVA 1D4NA 1URDA 3OSQA 3G3JA 2ZNTA 3H06B 3QUFA 1Y1ZA 3TAJA 3LSFB 5DYHA 2PT1A 1Y3PA 1L5TA 4NWCA 3T66A 4TOZA 2PT2A 1DPPA 3CSBA 1ZKBA 3EHTA 3K1PA 2VD2A 1TT1A 1Z7ME 2UXAA 4ND9A 5LOMA 3IO4A 4GRKA 4QFLA 4F2QA 3VLVA 4U4SA 1LCTA 1MPDA 2XXWA 4DZ1A 4WKMA 1SQYA 3K0VA 4RYAA 5H8QA 2HZLA 4XXUA 2DWIA 3UA8A 3MVYA 4Z0IA 4HW8A 3MAMA 3A3CA 4QSEA 3M8UA 2G93A 2REJA 5TU0A 2B4MA 4PFUA 2CMOA 4OZ9A 4YKKA 3VVFA 3FUZA 2P0SA 4H1XA 4JSDA 2Y7KA 1Y4TA 4U22A 4ONYA 5H8QB 4YICA 4ZEBA 2Q89A 3RN8A 1OMPA 2Z23A 3T9HB 4PFWA 2OJTA 3PMVA 1FTJA 2I58A 1B3FA 4LONB 3CVGA 2GHAA 4JWYA 2Y7RA 2X7PA 5H8SA 1B1HA 4KYEA 4WEPA 2F36A 5ITOA 5F1QA 2PVUA 2ZNSA 1FQEA 1EU8A 3LVUA 3PUYE 4GIZA 1RKMA 1BIYA 1D9YA 2I4CA 4ZDMA 4G4PA 1NNKA 1BLFA 4I8CA 4JWOA 4X1DA 2YJPA 2XXXA 4ZZAA 1SW2A 3PAMA 2HFBA 3PGFA 4KHZE 3K6UA 4R6YA 4X9TA 5I57A 4FATA 1O7TA 1N84A 3SDFA 2HAVA 3RYAA 2DE4A 4PFTA 1FQCA 1NKXA 4BLAA 2RC9A 3TODA 2XXPA 1Y20A 3KN8A 4DIGA 3O29A 3ODBA 2X26A 2XD2A 3R26A 1MXXA 5I57B 4OVJA 2RKMA 4O3AA 1US4A 2P1SA 3TCHA 1OVTA 3B6QA 3MZBA 3HSTA 3IB1A 4UACA 1YPNA 3BFUA 5H8FA 1EZ9A 3EPEA 3RLFE 2OZZA 4EQ7A 3RPWA 5CBSA 3MW0A 3GXAA 3QIMA 4XTCQ 3SESA 4POWA 4QF9A 1POTA 3MBPA 1ZLQA 3EHUA 2XXTA 3VLWA 3FIRA 4U23A 3CHGA 2DE3A 3G3GA 2H98A 1KWHA 5JK4A 4OFOA 2ZNUA 1UQWA 4MLQA 5H8FB 3IAZA 2FA7A 1SW5A 3JZJA 3Q29A 4NF8A 1SVXB 3H7MA 1FW0A 1JW5A 3RY3A 4NMYA 1PBPA 2DXRA 3S4UA 1P1WA 5K2YA 1OLCA 3O97A 3TDJA 1AOVA 1MY1A 2HCAA 3IB2A 4MLVA 3KEIA 1N3WA 4FEDA 3IO6A 2DVZA 4NF8B 4RY1A 5IKBA 1LAFE 4GLIA 3FJMA 1B52A 2H4IA 4BDRA 3IORA 3B6TA 1FTLA 4ZEKA 3HCQA 4F2OA 5FHNA 1JW4A 3OMBA 4KQPA 3S9LC 3PUVE 2XX7A 4F3BA 1LAGE 4GL8A 4G2ZA 2WOLA 3H4ZA 4FORA 2YPNA 1B32A 1B3LA 3RTFB 2R9JA 2THIA 1TFDA 1WODA 1EZOA 3GBAA 4N13A 3O6HA 2XHDA 4L17A 2GRVA 1NNTA 2DSFA 2Z22A 5DEXA 2VD3A 1S9TA 3EHSA 5H8HA 3H6TA 5ISUA 3QAXA 3MC2A 1O64A 3PD8A 4MBPA 4U21A 2D21A 1B7ZA 1P99A 1P1UA 4N6PA 4PP0A 1HSLA 2O1LA 4DLDA 4KD5A 1PEBA 5DEXB 2F35A 4F18A 4YKPA 5CC2A 5H8HB 3MQ9A 4FECA 4ZEFA 3I6VA 4GOTA 2DYXA 2E1SA 4BDMA 2XX9A 4NF5A 4YMAA 1R9LA 1IXCA 2RCBA 3IOTA 2ZYMA 4ZECA 3L6GA 1IXGA 3MVZA 1GV8A 3ILTB 4ELQA 1B1XA 3OENA 1MPCA 1LCFA 1M5FA 3MJNA 2PMSA 1ZIUA 3U8QA 1QVSA 3ONMA 1SDXA 3ZKLA 1QUKA 1N3XA 4DXCA 2VOZA 3SEXA 1LSTA 1DTGA 3OSRA 3IK6B 4NF5B 2O84X 5ICQA 1RYOA 3MVXA 3MP1A 4R9FA 1N76A 2X7QA 2ONSA 2QRYA 4XKPA 2I4BA 3RUMA 2V3UA 1BTJA 3RT6B 4I9DA 5L8DA 1FQBA 2ALUA 2B65A 4RJZA 4BDNA 5AA2A 1A40A 4LZ7A 3AXFA 3FV2A 4KYSA 3W9WA 1SD3A 4OTEA 5FHMA 2NVUB 2Y84A 3M3KA 2G29A 3SEYA 4E0WA 2O69A 1OQHA 1ELJA 2OBGA 3K02A 1MDQA 4GWOA 5AA2B 2V93A 5DTBA 3VXBA 1MQGA 4KCCA 3L6HA 1N04A 1SI0A 4IO7A 2ZYKA 3DP8A 2O6AA 2DOJA 5HPQA 3N26A 5I2NA 2I3VA 2VGQA 4F1UA 2ESNA 4R72A 2OCUA 3VE1B 1B05A 4U4XA 1H43A 4WEDA 4OETA 3DRKA 4LZ8A 4TLMB 2UYFA 4RK9A 4RNSA 1H44A 4KFQA 2Q2AA 4QHQA 2UVGA 4IGTA 4F29A 1MY4A 1Q1KA 2LAOA 5M2VA 1JETA 2F7AA 4P0IA 1ZTYA 4GXAA 2ONKE 1MQJA 3CI8A 3MWBA 5I2NB 5AA3A 2QMWA 3FASA 5FTIA 2W7YA 4I1DA 4DE8A 4H5GA 2OK2A 3C33A 2Q88A 4KR5A 3R6UA 3VVEA 1MXUA 1B9JA 4O3CA 2XXQA 1LBBA 3IOVA 3BFTA 2F5XA 4FIMA 1UIVA 1LFIA 1B7UA 3MP6A 2REGA 2FNCA 5B70A 1OLAA 4IO3A 3GLBA 1IEJA 3QXMA 1AL3A 1D9VA 1IZ1A 5A5XA 1PB9A 2H25A 3PMXA 2HEUA 5IAIA 4EXKA 5L9SA 1WVJA 3UIFA 4R2BA 3C31A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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