1B2HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-ornithyl-lysine
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 186
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b2hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b2hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b2hA02
3S4UA 3GZGA 4ZEKA 1IITA 1VSOA 4ELRA 3KG2A 3SEWA 3HSTA 1LAGE 2HAVA 3U94A 5AA2A 3UP9A 5I58B 4IY6A 3DRHA 4RK2A 1QJMA 3IL1B 3TCHA 2DWHA 4OFOA 1OLCA 4NE4A 3S9MC 2REGA 1QW0A 3O6IA 2P0SA 2F78A 3M3KA 2O51A 4GLIA 1LAFE 5I2KB 3VV5A 1NH7A 4FIMA 2DQVA 1SI1A 3OO6A 2WOKA 1SYIA 1B32A 3ILUB 2QS4A 4H65A 5KCJA 3I5OA 3A3UA 3ODBA 4NF4B 1Y3PA 3K4UA 1NNKA 2VP1A 1FQEA 3PAMA 4PFWA 3G3FA 5HBCA 1TT1A 2FYIA 1LBBA 3ZS6A 2THIA 4H8JA 1H76A 3O29A 2F36A 4YICA 1MY4A 4G4PA 2HZLA 1Q35A 5I58A 4F2QA 3ECRA 4OEUA 1MQJA 2Y7PA 1QUJA 2HQ0A 2DE2A 4BDLA 3SEUA 4GFRA 3ILTB 3RY3A 3HCQA 4LQ5A 2F35A 3PD9A 1A8FA 1MPDA 1BP5A 1GR2A 1MH4A 2NWJA 1USYE 1NMUA 2F8DA 3H6TA 3TZAA 2OBGA 1URSA 2ZMBA 1N76A 4YB6A 1S7YA 3RGYA 4ZEIA 1WDNA 3GXAA 4H8IA 3C33A 2QS3A 3K6XA 2UVHA 4MLQA 2ONSA 4C0RA 2V3TA 1SDXA 4O3AA 5HM4B 1BTJA 2PT2A 1XOCA 3OD7A 3QAXA 3LBSA 3E3KA 3O97A 4R72A 2OCUA 3ONMA 4HCYA 3PUYE 3S9NC 2XXWA 2G93A 1R9LA 1IEJA 4U4SA 3V5AA 3T93B 4BDQA 4R6HA 1D9VA 1MDP1 2HEUA 4IGRA 4F31B 3G7WA 3O6GA 3H4ZA 1H43A 1EZPA 4Q5TA 3KN8A 3K6UA 5EHSA 3PV0E 1FTMA 2XX9A 3OENA 3FJMA 4ZEDA 1FQAA 1GTKA 2F6GA 1VFEA 1B7UA 3K02A 2ABHA 5CBSA 4GOTA 4BLAA 1NFTA 4E0WA 3RLFE 3SERA 2O1MA 2ALUA 3T9VA 3FD3A 4FORA 4QSDA 1PBQA 1LCTA 3UN6A 4F2OA 1O7TA 5FHOA 4KPTA 4NWCA 3FVKA 5BUUA 4M4GA 4F22A 1R6ZA 5AA2D 3OSQA 3PPOA 1BLFA 3DRKA 3FV2A 1B46A 1ZMGA 2XXTA 4JWOA 1MQGA 3K01A 3PGFA 1B5JA 1MY2A 4KR5A 1B5HA 2Q2AA 4NWDA 1JETA 4KCDA 1VFDA 1B3FA 3DRFA 3KJ7A 5DEXB 2YLNA 4DCYA 2UYEA 3PUVE 3CSBA 3KGCA 4JWXA 4MBPA 3KBRA 3VVDA 4THIA 2RKMA 1P1NA 2QPQA 1PDAA 3OXNA 1URGA 3IX1A 5JK4A 1LAXA 2XXXA 2H98A 4JSOA 3MP8A 1AL3A 4M1VA 3G3GA 1GVCA 1VE4A 1IQ7A 3FXUA 3LSFB 3HN0A 3IB2A 3LC8A 3DRGA 3FVNA 5TPAB 1UTHB 4X1BA 1XVXA 3FXRA 3TYHA 5F7VA 2O6AA 1LSTA 4FECA 1LCFA 5ELVA 3C4MA 2QMXA 2YJPA 4MF3A 5IAIA 4EDPA 2BJJX 2AYSA 2OWTA 3LSWA 3L6HA 1Y4TA 2XXVA 3CI8A 4GL8A 1ZTYA 5I56B 5DEXA 1LBCA 1ANFA 1OMPA 3DRJA 1FQBA 3USDA 3H3GA 3K1PA 4NF6B 1USYH 2IA4A 4POWA 3FTOA 2QS2A 3TTNA 1Z7NE 1OQHA 3W15C 5H8HB 3LUYA 4IO6A 4NTLA 1UQWA 2WKYA 3FGSA 3T66A 1FTLA 2VD2A 1B2HA 4YKJA 2VHAA 5TPAA 3EPEA 4OQOA 1UTHA 3CSGA 1DOTA 2B3FA 1FW0A 3O2AA 3MBPA 3I6VA 1ZJLA 3B6TA 2RCAA 3K1NA 1I69A 1H44A 4PFUA 1MQIA 3PPQA 2XX8A 3IOUA 5JEIA 1I6QA 1N3XA 1MPCA 3IK6B 3VXCA 1UIUA 4PE5B 1QUIA 4NF5A 2YPNA 4QRZA 2XXPA 2ZXTA 2Y84A 4DCXA 5H8QB 5J1DA 5TP9B 1MG1A 2G29A 4OWDA 4OMBA 1DPPA 2R9JA 3O6HA 4R9GA 5I56A 1ZU0A 2FNCA 2XD3A 3SEYA 4IB2A 4NF6A 5TU0A 4U4XA 2UVIA 4YKKA 4KCCA 4E0XA 4ZECA 5I59B 1B40A 5CI5A 1NNFA 3GBBA 2NUVA 2DXYA 4QFKA 4L17A 1GV8A 2XXUA 4F39A 2QS1A 1FQFA 4Z0IA 3H6WA 3Q27A 1H3DA 3T96B 4ZS9A 4ECFA 2Q89A 3TEPA 1B6HA 5H8SA 4HTGA 4BDMA 3R7XA 1Z7ME 3DELB 3BBRA 3Q25A 1YCJA 4EQ7A 2FA7A 3S9LC 4NEDA 2XXYA 3CVGA 1SW5A 1MY1A 2Q2CA 3RN8A 1F9BA 1UTBB 5L9MA 3VLWA 4XKQA 3VVFA 5H8QA 3SESA 4C1TA 5AA3A 4KYSA 5TP9A 3FVGA 1P1UA 3VLVA 3TTLA 3P7IA 3PPPA 4U22A 4XKRA 3ZSFA 4ZDMA 3VE1B 2F97A 1AOVA 4RPNA 2PYYA 1B3LA 1IXCA 5L9OA 1LB8A 1B4ZA 5I59A 1H45A 5CMCA 2DP8A 4POXA 2R71A 4HW8A 3CFXA 3LVUA 4GL0A 1JVYA 3PMVA 4F3PA 4MLVA 4QSCA 4TQUQ 1TFDA 3U8QA 4YMAA 3RUMA 3HPIA 2GHBA 2DSFA 5I84A 1FTOA 5L9SA 1TXFA 2Q9TA 3QUFA 1AIVA 2OJTA 1B52A 3N5LA 5A5XB 1HSEA 3S2VA 4UA8A 1UTBA 1B1XA 2NOOA 3FZVA 3MUQA 5FTIA 1PB9A 3B6QA 1URDA 1WVJA 2ZYMA 1NH8A 3E4RA 2B4MA 4Q0CA 2DWAA 1N7WA 1PEBA 2Q88A 2O1LA 3QK6A 3KZGA 2QJEA 1DSNA 3MWBA 4LVQA 3JZJA 3PMWA 3SKPA 5DYHA 4EF2A 4XXUA 3KSXA 4OYVA 3RPWA 1XC1A 3EHUA 1A7LA 1SQYA 3M3LA 1P99A 3N6UA 3TMGA 5CM6A 5HPQA 3TCFA 1YPNA 4I9DA 2F7AA 1LGBC 5EYFA 1US5A 4HS7A 4OERA 3PMXA 4FATA 3TTKA 4JDFA 3UA8A 3FUZA 4QFNA 1ELJA 1MS7A 4OENA 3TODA 1EZ9A 1US4A 5I2KA 5ICQA 4DXBA 2DWJA 1J1NA 3O6PA 3FIRA 1ZIUA 5A5XA 3OO7A 3DP8A 4EUOA 3C9HA 2X7QA 1JEUA 4GVOA 2F34A 4H5GA 4NF4A 4LQ2A 3KN3A 3G3JA 5L8DA 4GWOA 3DP4A 4NF8B 2O7IA 3U1OA 2Y7KA 2I0CA 5DTBA 1MQDA 2M8CA 4IO7A 4LONB 3JYRA 5DVJA 2HZKA 1D4NA 2HFBA 4RY1A 3CFZA 4G68B 4YB7A 4G68C 1XS5A 4G8MA 1DTGA 4XKNA 1FQCA 1GGGA 4TLLB 4QSEA 5CBRA 3C31A 2ZNUA 4YKIA 4F1YA 5EHMA 3CRBA 2AL5A 5KZTA 1B05A 4IO3A 1R1NA 4RK9A 1SBPA 3RT6B 2IEEA 5BWJA 4OZ9A 3RTWB 5K2XA 4TOZA 4YAHX 3SEXA 4G2ZA 1NL5A 2Z23A 3D4CA 4F18A 3PD8A 4EXLA 2PT1A 3DM0A 4EQ9A 3EF7A 4NF8A 2ZNSA 2RINA 2XXIA 3E9XA 1QUKA 4R73A 4NMYA 4TLMB 3V89B 1Y20A 3WAFA 4Z7EA 1A54A 3HHGA 4RJZA 4G68A 2D21A 1BKAA 1PB7A 4EQBA 4KFQA 5B70A 3CHGA 1KWHA 3BFUA 3CG3A 1M5EA 3MVWA 3O28A 4N13A 3PPNA 1ZLQA 4ND9A 4X48A 3T22A 4ZZAA 1JNFA 5CMKA 1PB8A 2F6PA 1B1HA 5K2YA 1MY0A 2V84A 3N94A 4PQJA 2CMOA 2GRVA 3TUSA 1NKXA 4YZZA 2XHDA 3HHFA 2DVCA 1ZKBA 1B58A 3BFTA 5H8FB 1JW1A 4F1UA 4ZE9A 3FJGA 4YU0A 1I6AA 3H03A 3ZKLA 2X7PA 1MRPA 2QMWA 1JVXA 1FQDA 4PFYA 2CZLA 2R6GE 5ISUA 3LSLA 4GXAA 4RXLA 3KOSA 4JBZA 3QSLA 3B6WA 3N26A 3H6UA 4GRKA 3IOTA 4JSDA 3W9VA 1Y3NA 2I58A 4AB5A 1RKMA 5LOMA 3VFJA 4K3FA 1EU8A 1B0LA 4LA9A 2O69A 3EHSA 1VR5A 3IB1A 4WEDA 1D3KA 1SVXB 4ESXA 2DS9A 3IORA 4R75A 4XTCQ 2A5TB 1EZOA 3KN7A 2QSXA 3K1MA 2I4BA 4H5FA 1OIBA 3GBAA 1II5A 3KOTA 4U1OA 2UVGA 3K6VA 3V83A 1BIYA 3RT8A 5H8FA 3EQ1A 1DTZA 5AA4B 4IY5A 2HAUA 3IJOB 4IGTA 4I1DA 3N6TA 4MH5A 3IOVA 1N7XA 4H6DA 4QFPA 1SW2A 3TQLA 3MZBA 1B0HA 3TELA 4OESA 3CG1A 4IO2A 4LP2B 4U23A 2VD3A 4AQ4A 2HXWA 3DLNA 4BDNA 3RQTA 4KD5A 3QYTA 5CMBA 3PUWE 2KLFA 4ELOA 2ZYNA 4G77A 4N07A 4RA1A 5H8HA 4EXKA 4LZ5A 3IO4A 2RC8A 5CRYA 1A55A 3VVEA 3M3FA 4XKPA 1Y3QA 1M5DA 2H25A 2DOJA 3C36A 4R9FA 1JW5A 1QKBA 2I49A 1MDQA 5B7DA 3C34A 1MXYA 4WXJA 1QVSA 2LAOA 3KSJA 1LAHE 4ZEBA 2DYXA 5DVIA 3T9HB 2Z22A 2DXRA 4OETA 2A5TA 1CB6A 2O68A 2XXRA 5I57B 2PBWA 5CC2A 3OO8A 3UORA 2OWSA 1SD3A 1DMBA 3VLUA 1N3WA 3KFMA 3MPLA 3OMBA 4GQOA 5AA4A 2D5WA 3PUXE 5IKBA 1SW1A 2I0BA 1B51A 3Q28A 3EHTA 2WOPA 4GXSB 3GLBA 4PFTA 3TAJA 3A09A 1MXXA 3A3CA 4H0WA 1WODA 2GHAA 4F1VA 2B3BA 3M8UA 2E1SA 1PC3A 2QL3A 1S50A 4KI0E 2Q8JA 4F29A 1HSLA 1RYOA 4YB5A 2Y7WA 4X9TA 1B3GA 3KEIA 1MPBA 3TFLA 4OFJA 5ITOA 1MXZA 5DT6A 5H8NB 4KYEA 1AH5A 4DE8A 1OQGA 4O3CA 3G3IA 3QUJA 5CMMA 3TTMA 1N04A 3FXQA 4OHNA 2DWIA 2DVZA 3T9UA 3G3KA 4X1DA 1LB9A 2DE3A 4P0IA 4XIGQ 1YAEA 1B9JA 3UGWA 5I57A 3MC2A 2V3UA 1M5FA 2O84X 3JV9A 1FCKA 4UACA 4R74A 3RNNA 3FJ7A 1B7ZA 2V3QA 4R2FA 2F7BA 1LFIA 3R26A 4BDOA 1DPEA 3IB0A 4ZEFA 3SEVA 4WKMA 4ZZEA 3O9PA 1HSJA 3F11A 1POY1 3C35A 1FTKA 1ZBMA 3U93A 3TTRA 3RYAA 1L5TA 3QIMA 3T9XB 1SYHA 3O66A 5AE4A 2H99A 3SETA 2ZYKA 1Y1MA 1QULA 5H8NA 1O64A 2I3WA 3Q29A 2O7UA 4RNSA 1RYXA 1P1OA 2F5XA 4LZ7A 4OEVA 1Q1KA 4C1UA 4DZ1A 2I4CA 3IJXB 5FHMA 3DRIA 3HO7A 2Z8FA 4DLDA 3OEMA 1JEVA 1XVYA 4ONYA 3ZKKA 4LZ8A 5ICTA 1XT8A 2NXOA 2B4LA 5FHNA 1Y9UA 4FAJA 1A99A 5ITPA 3CIJA 3UIFA 1OVTA 4ESWA 2V93A 4U2RA 3MVYA 3H06B 4WEPA 2AIXA 3OELA 3SDFA 2P2AA 4R2BA 4F3GA 2Y7RA 4N6PA 4KQPA 4DDDA 4ISUA 4R6KA 1CE2A 5KDTB 3MJNA 1MM7A 2H5YA 2A5SA 2DE4A 2V25A 2VGQA 1JW4A 4ELQA 4GD5A 5JTYB 2OK2A 1B7HA 4FEDA 3VDFA 2AL4A 2OLBA 1IXIA 3HV1A 3RTFB 4FJPA 1A40A 2I3VA 3MVXA 1NNPA 2ONKE 1N84A 2XXHA 3S9EA 2NVUB 2F7CA 3MAMA 2X26A 3IAZA 4FE8A 1B3EA 1IIWA 1LLSA 1QKAA 4LATA 4G8HA 3FVOA 4IO5A 5I2NB 1P1WA 4EF1A 3K2DA 4MFIA 3KJTA 3PU5A 3THIA 4RYAA 3CFLA 3R6UA 2I6EA 4R6YA 5AA1A 2RCBA 2RF1A 1MXWA 1OVBA 2I48A 3IR1A 1POTA 2VOZA 3BKIB 2HCAA 5KDTA 3OOAA 1AMFA 4FEBA 2RC7A 1TFAA 1O63A 2XX7A 3H6VA 2B65A 1UIVA 3QXMA 4QF9A 5JTYA 5M2VA 4QFOA 4JWYA 1MM6A 3IO6A 4F3BA 3TKDA 1IZ1A 1N0TA 3FASA 2ZNTA 3K0VA 1Y1ZA 3FV1A 2P1SA 3OO9A 3CR9A 4Q30B 2WOLA 3TCGA 2ONRA 3EN3A 2Z8EA 1JQFA 3OSRA 2XXQA 4NF5B 5I2NA 1NNTA 2GFEA 4IO4A 1TWYA 3MW0A 4JXIA 2Y7IA 4KHZE 3MQ9A 3AXFA 4H67A 1IUDA 3K6WA 3MP1A 4OXVA 2Z8DA 1MH3A 3WAEA 3IOWA 2UYFA 3PPRA 2ANJA 4DIGA 4YMBA 3H7MA 1SW4A 1EH3A 4F3SA 4GF8A 4YKPA 1YTVA 3U72A 3TDJA 1I6BA 3K00A 3MZ1A 1MQHA 2H4IA 1OLAA 1R9QA 1M5BA 4U21A 4DXUA 3PUZE 2ESNA 4KYDA 4BDRA 4OTEA 4H1XA 3D4GA 1MY3A 4AB6A 3G3HA 3LSXA 1Y4CA 3MZ9A 2H9BA 4PETA 5DVFA 1ATGA 1D9YA 4G8NA 3OEKA 3MVZA 2PVUA 2OZZA 4RPOA 3L6GA 3MPKA 4DXCA 1FTJA 2QRYA 2RC9A 1SI0A 2PMSA 3Q26A 2W7YA 4QHQA 4Q8RA 4P11A 3MP6A 2E0SA 4O3BA 4GIZA 4U1ZA 4I62A 4JB7A 5AA2B 3U92A 4OFLA 4F19A 5F1QA 1MXVA 1XHYA 1T0KA 1LFGA 3UK4A 2D3IA 3C32A 2XD2A 3TQWA 3W9WA 3TPAA 4ELPA 3V8XB 3B7DA 1M5CA 3LR1A 4P0GA 3RYBA 2ZYOA 1P1QA 3DP6A 1PBPA 4LUBA 1A8EA 1IXHA 1S9TA 1B3HA 4HCWA 1MXUA 2REJA 5FTHA 2PX1A 2UXAA 4OVJA 4QFLA 3E13X 3FATA 1B4HA 4PP0A 1B5IA 2GH9A 2UVJA 5KCJB 4I8CA 1LFHA 1IXGA 3VXBA 3I3VA 4ZE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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