1B3HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-cyclohexylalanyl-lysine
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 192
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3hA02
1Y4CA 2F35A 4U4XA 3CG1A 3Q28A 5H8QA 2DWAA 4YKKA 4WEPA 3MAMA 2V25A 1MQJA 1M5DA 1FQFA 2AIXA 3L6GA 3IOWA 4F1UA 1LAHE 3EHUA 4U4SA 1B3HA 1LCFA 3FXUA 2FNCA 5H8QB 2P0SA 1JETA 1CB6A 4I62A 1ANFA 3CR9A 5CI5A 3MVWA 2XX9A 4MFIA 2VHAA 3OO9A 2OBGA 1P1UA 1EH3A 2O51A 1Z7NE 2I3VA 1BIYA 4X48A 1FQDA 4GVOA 5AA2D 1ZU0A 3LSFB 2IA4A 3O66A 3N6UA 4AB6A 1OLCA 3V83A 3KFMA 4QFLA 1SYHA 5H8SA 3F11A 3T96B 5L9OA 1ZMGA 2NVUB 3FV2A 1B3FA 4NF4A 1S9TA 1XVYA 3JYRA 1MRPA 1POTA 4U22A 1TT1A 4ELQA 1YPNA 3UP9A 4U2RA 3DP4A 2UVGA 4OTEA 4QSDA 2GHAA 3KOSA 3N5LA 2AL5A 2PVUA 1MPCA 4FEBA 4F31B 1Y3NA 4BDQA 5IAIA 4NF4B 2B4MA 4KHZE 3LBSA 2V3QA 3DRJA 2REGA 4DXUA 3SETA 3FV1A 2X26A 3U1OA 1UIVA 3VDFA 2O7IA 3MUQA 3FZVA 3UGWA 3MVZA 3OO6A 4OMBA 2QL3A 3OMBA 1US5A 5FHOA 1SW4A 1P99A 1N76A 2DXRA 1O64A 2LAOA 3FGSA 4G68C 4ZECA 2NUVA 2O1MA 2Q9TA 3B7DA 1P1QA 3TZAA 1M5BA 2RCBA 4QFPA 4XIGQ 5CBSA 4TLLB 3TEPA 1CE2A 5DYHA 3MPLA 1B52A 3IL1B 4K3FA 4POXA 3G3HA 3VV5A 4X1BA 4O3AA 5IKBA 1OQGA 1LAFE 4OZ9A 2O68A 4F29A 2F6GA 3H6UA 3TCFA 4L17A 5I57A 3FIRA 3FJMA 2Q2AA 4KYDA 5LOMA 3OD7A 4JSOA 4BLAA 3S9LC 3IOTA 1MM6A 5EHMA 3G3IA 1SW5A 5DTBA 5BWJA 1D4NA 1R1NA 4OWDA 2ANJA 3C36A 5I57B 4TLMB 3FJ7A 2QS4A 2YLNA 4BDOA 5K2XA 2Y84A 2RC8A 4GF8A 5I84A 4RY1A 3OENA 3RT8A 1VR5A 4LUBA 3PUZE 4YKIA 4QFKA 3JZJA 3RYAA 1WODA 4WEDA 4GL0A 1JQFA 4XXUA 5KCJA 1SI1A 3LSLA 2HAVA 3TTLA 4R9GA 1O7TA 3Q25A 1DMBA 1EU8A 3TCGA 3CVGA 3VVDA 2DYXA 4U23A 2ZNUA 1LB8A 2P2AA 3SDFA 2E1SA 4G8NA 4F1VA 3BFUA 3TKDA 1UIUA 5KCJB 1LCTA 4GLIA 1L5TA 3SERA 3KG2A 2A5SA 3M3KA 4IB2A 3KZGA 2R9JA 4ZEFA 1Q1KA 5CMBA 2KLFA 3FATA 3FASA 2GRVA 2OK2A 2RC9A 1MY3A 3HCQA 3D4CA 5M2VA 2XX7A 1QULA 4BDLA 3PPPA 4FAJA 1HSLA 3PD9A 1N3WA 3K1NA 1MY4A 3OELA 3C32A 4P0GA 5ITPA 3FD3A 4JBZA 4LQ5A 3CG3A 4G4PA 2D5WA 5L8DA 3TMGA 3IOUA 1Y1MA 4LQ2A 3KJTA 3RNNA 4LA9A 1H44A 2F97A 4TOZA 3TPAA 3C31A 1IXHA 1AIVA 1B3LA 1SVXB 2UYEA 2O1LA 4YU0A 2I0CA 1PC3A 1M5CA 2DVZA 2VP1A 1SW2A 1AMFA 2CZLA 1QVSA 2DE3A 4KR5A 4OESA 2DQVA 1LFIA 3ZKKA 3DRGA 4ELPA 3USDA 3EF7A 2YPNA 4DZ1A 2NOOA 4IO2A 3K1MA 4XKNA 3RT6B 1JW4A 3IJXB 2ZYMA 3WAEA 4OHNA 3PMXA 3UORA 3O97A 3A09A 3TQLA 3IK6B 2AYSA 3IB2A 2X7QA 3MQ9A 3BFTA 1SD3A 1MXZA 1FQCA 1LSTA 5L9SA 1JW5A 3FXQA 3RQTA 5H8NA 4ZS9A 1OMPA 2OLBA 2BJJX 1UTBA 3MW0A 3I3VA 2UYFA 3B6QA 3I5OA 2I49A 2F34A 5H8NB 3IAZA 4H65A 4KQPA 1XOCA 1XC1A 2G29A 2H4IA 4FIMA 3CSBA 4KFQA 1MQHA 1UTBB 3DELB 4MF3A 3SKPA 2NXOA 1IXCA 3GXAA 3ZS6A 4LATA 4DXCA 4HCYA 4JSDA 2O69A 3IORA 3UN6A 3HPIA 4RJZA 5CRYA 3OEMA 1RKMA 1B05A 3C35A 3T9HB 4MBPA 1NKXA 4ISUA 4FEDA 3C4MA 3T66A 4R75A 2Q8JA 2PT2A 1B7UA 2ZXTA 2H9BA 1SQYA 4H5GA 5ICQA 1B7ZA 3MC2A 3OSQA 4KI0E 1MY0A 3H03A 3ONMA 2X7PA 2Z8FA 1NL5A 3PPOA 1XHYA 3MP1A 2A5TA 1NH8A 4OFJA 4YZZA 5J1DA 1URSA 2RC7A 4OFOA 2ABHA 3S9NC 1QW0A 4HS7A 2Y7KA 2RINA 4KCDA 3RTFB 4YAHX 2YJPA 1H76A 2ONSA 1F9BA 3MP6A 1FTJA 1B1HA 4RPNA 2A5TB 4KYEA 1RYXA 4EQBA 3K6XA 5JEIA 4FE8A 4H67A 4KPTA 4N07A 4JXIA 4RPOA 3RLFE 1ZLQA 2PYYA 5FHNA 3EPEA 4Q30B 3K00A 5HBCA 2DE4A 2HCAA 3MP8A 4UA8A 3QSLA 1MPBA 3UIFA 1B5IA 3S2VA 4DCYA 3ILUB 2F8DA 5L9MA 2OWSA 4PFTA 2DS9A 3EN3A 3RPWA 3PPQA 4ONYA 4GIZA 1IEJA 2F36A 3K2DA 1QUKA 3OXNA 1H3DA 2B3BA 4FATA 1POY1 1LLSA 3IO6A 3CFXA 4POWA 3H7MA 3PMWA 5FTIA 3O6HA 1JVXA 1FQAA 4FJPA 3O2AA 4Q5TA 3TTRA 2FA7A 4LZ5A 4ZZAA 4IO7A 4G8MA 4G68A 2D3IA 4F18A 3N94A 3TQWA 3TUSA 4JB7A 1OVBA 4ZEDA 3E4RA 3U93A 1DOTA 3ZKLA 4FORA 2DXYA 2UVIA 1I6QA 1I69A 4G68B 2V84A 4ZE9A 2HZKA 1ZIUA 3EQ1A 4GFRA 5I2NA 4U21A 5F7VA 1FQBA 3VVFA 3IOVA 3RYBA 4XKQA 4YB7A 1QUIA 4NF6A 3MPKA 1N7WA 2H98A 3IO4A 1JVYA 3DP8A 4YMAA 2I4CA 1DTGA 4QRZA 5I2NB 1N04A 1LGBC 2R6GE 1B32A 5FHMA 1MQDA 3E3KA 1BP5A 4NF6B 3T93B 2UXAA 5JK4A 1PB9A 1ZKBA 2UVHA 3PD8A 2QMWA 5ISUA 2DWJA 3IR1A 4IGRA 4OERA 1YCJA 4RK9A 3KN3A 2V3TA 3PMVA 4JWYA 5HM4B 1H45A 3LSWA 3G3JA 4ND9A 3PV0E 4NF5A 1B5HA 3D4GA 4F3SA 4PQJA 3FVGA 2P1SA 1IIWA 2AL4A 2GHBA 2QS1A 4R74A 3K1PA 1A40A 3T9VA 1JW1A 3LR1A 2VGQA 3FJGA 4HCWA 2ZNSA 4NF5B 5DEXA 3H6WA 3R6UA 1PBQA 4DCXA 1QKBA 1O63A 3MBPA 2DE2A 2I6EA 3W9WA 4KCCA 1P1OA 1FTMA 1B4HA 2GFEA 1Y1ZA 2QMXA 3QAXA 4XKRA 5DEXB 4DLDA 2XD2A 5TPAA 1BKAA 1FTLA 1MM7A 3QUJA 1BTJA 3KOTA 1Y20A 1IITA 1DSNA 1LFGA 3VXCA 4H0WA 1A54A 1N0TA 1B51A 4GD5A 3P7IA 2DWIA 5TPAB 4OVJA 2OJTA 3SESA 1ATGA 3GBBA 4PFYA 4EUOA 4YMBA 1PB7A 2UVJA 1DPPA 5CMMA 3CFLA 2GH9A 3MWBA 2HZLA 4OEUA 1XVXA 1A7LA 1B7HA 1AL3A 1IXGA 2CMOA 1VE4A 2ZMBA 1MH3A 1UQWA 5H8FA 2IEEA 3RUMA 1PDAA 1NNPA 5CMKA 4OXVA 3S9MC 3O28A 1R6ZA 4P11A 4YKJA 1NMUA 5AA4A 5H8FB 5I56A 4ZEKA 3KN7A 1MG1A 1B9JA 1HSEA 4RK2A 4EQ9A 4F19A 4UACA 3MZBA 1YTVA 4LVQA 4JWOA 4I8CA 1EZOA 3RN8A 4X1DA 3TAJA 5AA4B 5I56B 1JEUA 3SEXA 1HSJA 4IO3A 1RYOA 1P1NA 2XXIA 3TYHA 2XXQA 1MQIA 5CC2A 3G3KA 2Z8EA 3UA8A 2G93A 2PT1A 2ZYKA 3TTKA 1VFDA 4N13A 5ICTA 1VSOA 4YICA 3E13X 4QFOA 2QS3A 4GRKA 2Q88A 3C34A 2B4LA 2XXYA 1AOVA 4RNSA 5CMCA 3GBAA 2F5XA 1AH5A 4NWCA 3H6TA 4XKPA 1N3XA 3V5AA 2PX1A 3FVNA 1NNFA 3IJOB 5I2KA 2QSXA 3C9HA 3ECRA 4DIGA 1IQ7A 3K01A 1MH4A 3GZGA 1LBBA 1MDQA 4ESXA 2RF1A 3CSGA 2O7UA 4F2OA 3PUYE 3Q27A 1DTZA 5I2KB 1NH7A 4HW8A 5KDTA 1N7XA 4F1YA 3QYTA 3K0VA 4U1ZA 3HN0A 3VVEA 3OO7A 3A3CA 5TU0A 2DP8A 3RGYA 1USYH 1B40A 3HO7A 4PE5B 2F78A 2Z22A 4N6PA 4Z7EA 2HAUA 2HQ0A 5KDTB 3OEKA 5DVIA 1B0LA 4EF1A 4ESWA 1MDP1 4OFLA 3PPRA 1XT8A 1PEBA 1KWHA 4WXJA 4X9TA 4H5FA 1R9QA 3CHGA 1QUJA 1Q35A 1A99A 1TXFA 2VOZA 3VLVA 5DVJA 1MXXA 4C1TA 2H5YA 4AB5A 1UTHB 1IUDA 1JEVA 3LVUA 2WOLA 2ONRA 1ZBMA 4PFWA 1A8EA 3DRHA 3T9UA 4MLVA 3G3GA 4Q8RA 4F3BA 3WAFA 3R7XA 2H99A 1NFTA 2I4BA 3DRKA 3PUVE 3BBRA 1B58A 3S4UA 4THIA 3Q29A 3MVYA 1OVTA 3TFLA 4F2QA 1M5EA 4QHQA 4EXKA 2THIA 1B3GA 2XXTA 3FUZA 1D9VA 5ITOA 3PPNA 2QRYA 2ZYOA 3QIMA 3ILTB 3W9VA 2ZNTA 3OSRA 1WDNA 2NWJA 1ELJA 2ONKE 1B5JA 1FTOA 1SW1A 2XXWA 2XXUA 2RKMA 4R72A 3U92A 1SI0A 2DSFA 3SEVA 3U72A 4BDMA 3U8QA 4ZZEA 1BLFA 2I0BA 4EF2A 3PU5A 5HPQA 4G8HA 1S7YA 1II5A 4I9DA 1GV8A 3OO8A 4MLQA 1SBPA 4Z0IA 4M1VA 4ZDMA 3LUYA 4KD5A 3RY3A 5EYFA 2PMSA 2XXHA 4H1XA 3PUXE 4EXLA 1IXIA 4KYSA 4F3GA 4RXLA 3MZ1A 1MY1A 4YB5A 1LAGE 2DWHA 4C0RA 3DLNA 3B6TA 3TELA 3QK6A 3O6IA 2WOKA 3VLUA 1D3KA 3VE1B 2XXRA 1OLAA 3MVXA 3O6GA 3K02A 4NF8A 2DOJA 4JWXA 1PB8A 3SEYA 1URGA 1I6BA 1B46A 1QKAA 3M3FA 3R26A 2DVCA 1MQGA 4ZE8A 1T0KA 3MJNA 2H25A 4IO5A 4AQ4A 1DPEA 2XXVA 4WKMA 3V8XB 2WKYA 1GVCA 3U94A 4NF8B 1Y3PA 4OYVA 4O3BA 4R6HA 2Z23A 3G3FA 4G2ZA 4NMYA 3KGCA 3ODBA 2QS2A 2HEUA 3TODA 4F39A 2F7BA 4R73A 3K6WA 2OWTA 2WOPA 3I6VA 2OCUA 3AXFA 3JV9A 3KSXA 4GXSB 3CIJA 1VFEA 2XHDA 3M8UA 4JDFA 1J1NA 3FXRA 4H8IA 5DVFA 4GQOA 4GL8A 2HXWA 3C33A 3CFZA 3VXBA 4QFNA 4H6DA 5BUUA 1GGGA 2XXPA 3HHGA 4U1OA 3M3LA 1FCKA 5DT6A 4Q0CA 2XX8A 4IGTA 2W7YA 3W15C 2Z8DA 3K6VA 4NEDA 2D21A 4QSCA 4R2FA 5ELVA 2ALUA 1B4ZA 2Y7WA 2I58A 2I3WA 1MXUA 4ZEBA 4RA1A 3EHTA 4PETA 3E9XA 2F6PA 3T9XB 2RCAA 3DM0A 1P1WA 5AA3A 5K2YA 2E0SA 4HTGA 1LBCA 3KJ7A 1OIBA 4MH5A 1B3EA 3G7WA 2VD2A 3QUFA 2Q89A 5I59A 3UK4A 1M5FA 5B7DA 4PP0A 3CI8A 3H6VA 2PBWA 5B70A 1US4A 3RTWB 2XD3A 2M8CA 4DXBA 4LZ8A 4GXAA 1USYE 3DRFA 2QJEA 3KN8A 4LZ7A 4IO6A 5AA2A 3PGFA 5I59B 1YAEA 2F7CA 4QSEA 5CM6A 3SEWA 4RYAA 4LP2B 5TP9A 3A3UA 4R6KA 5CBRA 2OZZA 4OQOA 1D9YA 3PUWE 4IY5A 4C1UA 3H06B 2V3UA 1GR2A 4NE4A 2V93A 3KEIA 3THIA 5F1QA 4H8JA 5H8HA 5AA2B 4OEVA 4ELRA 1IZ1A 3FVOA 4E0XA 1N84A 4EQ7A 3DRIA 3HHFA 1TWYA 3K4UA 5TP9B 1A55A 2O84X 1MXWA 3VLWA 4ECFA 3Q26A 2B65A 3KSJA 1NNTA 1GTKA 1Y9UA 1FTKA 3SEUA 5H8HB 1MXVA 1OQHA 4F3PA 1Z7ME 3N6TA 1MY2A 5EHSA 2Y7RA 3BKIB 1B2HA 3T22A 2VD3A 4I1DA 1QJMA 4R6YA 4GOTA 1LB9A 4TQUQ 1Y4TA 3H3GA 4IY6A 1FW0A 4F22A 4EDPA 1R9LA 3FVKA 3OOAA 3LSXA 1URDA 2Y7IA 2F7AA 3DP6A 4GWOA 4DE8A 1NNKA 3MZ9A 2O6AA 1I6AA 1SYIA 4NTLA 4R2BA 3IX1A 1WVJA 5AE4A 4OETA 4PFUA 4YB6A 1TFAA 4FECA 3S9EA 3TDJA 4YKPA 5FTHA 3ZSFA 2ESNA 3K6UA 5AA1A 1MXYA 5A5XA 3EHSA 4E0WA 3L6HA 1B0HA 4ZEIA 2XXXA 2I48A 4BDNA 4G77A 1Y3QA 3FTOA 2B3FA 2Y7PA 3O29A 5JTYA 3CRBA 3TCHA 5I58A 1S50A 2R71A 1MPDA 3GLBA 1LAXA 3QXMA 5A5XB 1A8FA 1B1XA 4M4GA 3IB1A 3HV1A 1EZPA 1UTHA 3V89B 3TTNA 4XTCQ 5JTYB 4BDRA 1ZJLA 3N26A 5I58B 2REJA 3B6WA 3LC8A 1ZTYA 1LFHA 4LONB 1H43A 1PBPA 4QF9A 1MS7A 2HFBA 1B6HA 4O3CA 3KBRA 3H4ZA 1EZ9A 3IB0A 4IO4A 3TTMA 5KZTA 3O6PA 3VFJA 3HSTA 3O9PA 4P0IA 1FQEA 2Q2CA 1XS5A 1SDXA 1TFDA 3PAMA 4OENA 4ELOA 2FYIA 2QPQA 1JNFA 2ZYNA 4DDDA 4R9FA 4NWDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y4CA 4GWSA 2F35A 4PAFA 4U4XA 3CG1A 3Q28A 2QVRA 5H8QA 2DWAA 4I3EA 4YKKA 4WEPA 1Q9DA 3MAMA 2V25A 1MQJA 1M5DA 1FQFA 2AIXA 3L6GA 3IOWA 4F1UA 1LAHE 1LEVA 3EHUA 4U4SA 1B3HA 1LCFA 3FXUA 2FNCA 5H8QB 2P0SA 4MIJA 1JETA 1CB6A 4I62A 1ANFA 3CR9A 5CI5A 3MVWA 2XX9A 4MFIA 2VHAA 2FBPA 3OO9A 2OBGA 4MMPA 1P1UA 1EH3A 1EYIA 2O51A 1Z7NE 2I3VA 1BIYA 4X48A 1FQDA 4GVOA 4IR8A 5AA2D 1ZU0A 3LSFB 2IA4A 3O66A 3N6UA 4AB6A 1OLCA 3V83A 3KFMA 4QFLA 1SYHA 5H8SA 3F11A 4GWYA 3B50A 4P8BA 5EQAA 3T96B 1ZMGA 5L9OA 2NVUB 3FV2A 1B3FA 4MNIA 4NF4A 1S9TA 1XVYA 3JYRA 1MRPA 1POTA 4X8RA 4U22A 1TT1A 2XWKA 5EYGA 4ELQA 1YPNA 3UP9A 4U2RA 3DP4A 2UVGA 4OTEA 4QSDA 2GHAA 3KOSA 1FPBA 3N5LA 2AL5A 2PVUA 1MPCA 4FEBA 2BJIA 4F31B 1Y3NA 4BDQA 5IAIA 4NF4B 2B4MA 4KHZE 3LBSA 2V3QA 3DRJA 2REGA 4DXUA 3SETA 3FV1A 2X26A 4O94A 1UIVA 1FPJA 3U1OA 4N91A 3VDFA 2O7IA 3MUQA 3FZVA 3UGWA 3MVZA 3OO6A 4OMBA 2QL3A 3OMBA 1US5A 5FHOA 1SW4A 1P99A 1N76A 2DXRA 1O64A 2LAOA 3FGSA 4G68C 4ZECA 2NUVA 2O1MA 2Q9TA 3B7DA 2VT5A 1P1QA 1DCUA 4MEVA 1K9ZA 3TZAA 1M5BA 2RCBA 4QFPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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