1B3LA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kgk
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 181
structure length 517
sequence length 517
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3lA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3lA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3lA02
5BWJA 4Q5TA 4RY1A 1B1HA 3RT8A 1Y1MA 2E1SA 3AXFA 1ANFA 1SDXA 5AA2B 1MY4A 1GR2A 3T22A 4WKMA 3VXCA 3OXNA 1UIUA 1UTBB 3DP6A 2B4LA 1SD3A 1R9LA 4PFTA 4U21A 4X1BA 4KYEA 4YICA 3FVKA 1M5CA 3R26A 1DTZA 1JVYA 3Q29A 2ZNSA 4H65A 4NTLA 4DXUA 3ODBA 5CMBA 5K2XA 1QUIA 3G3JA 1M5FA 4MBPA 1POTA 2X7QA 1SW5A 5DVJA 5F1QA 1NFTA 4YU0A 5I2KB 3SESA 1FTJA 4JB7A 3IB1A 5ICQA 1ZIUA 1MH3A 1IXCA 1BP5A 2A5TB 2O51A 5I58B 4NF8A 2O7UA 5IKBA 1B5HA 1DTGA 2Q2AA 3PUWE 5DEXB 2P0SA 1S50A 5CM6A 4GL8A 2QL3A 2F36A 4I8CA 1P1NA 3TTMA 3CFXA 3PPPA 1FTMA 4OETA 4R9GA 1CE2A 3OELA 3N6UA 2GHAA 4ZZAA 2B4MA 1JVXA 4G2ZA 4RA1A 3KN8A 1B7UA 2DVCA 1EU8A 2D5WA 4U4XA 3HPIA 4U2RA 2ESNA 3M8UA 4WEPA 2X26A 3L6HA 1B0LA 4LONB 2VHAA 1T0KA 3PPNA 5I57A 1N04A 3CSBA 3PUXE 4KHZE 1PB8A 3VE1B 1JNFA 1OQGA 4KYSA 1Y3NA 3OOAA 3EHTA 5JTYB 3U72A 3OMBA 1HSJA 1NNFA 2R9JA 1LAGE 3V8XB 3W9WA 3UA8A 2Y7KA 1B32A 3TTKA 1B52A 1PB7A 2XXXA 3O6IA 1QKAA 4OMBA 2UVIA 1UTHB 4BDOA 3OD7A 5KZTA 3PUYE 4PFWA 4X48A 3V89B 2ZYKA 5H8HA 1MQJA 1NL5A 3PMWA 3IJXB 1LB9A 4M1VA 3TUSA 4RK9A 2O84X 4F1VA 3H6UA 1MQIA 4P0GA 3B7DA 2VGQA 4R6HA 5TP9A 4KI0E 1BTJA 1OIBA 2Y7WA 3VXBA 2XXTA 3HSTA 3RNNA 3LSXA 3TTRA 5H8NB 3EHSA 1DPPA 4PQJA 5I59B 1IXHA 3KOTA 1H45A 3BBRA 4JSDA 4G68A 4JWXA 3I3VA 1QUJA 3G3HA 4P0IA 1XS5A 4ZS9A 2ABHA 4LA9A 4EUOA 1MY2A 3VVEA 5FHMA 3IORA 4ZEBA 5B70A 4I62A 1ZKBA 3KG2A 4FATA 3FASA 1SW4A 2Z23A 2G29A 3TAJA 3WAFA 5I56B 1JQFA 4RJZA 1B4ZA 3PPQA 5H8QB 3VLUA 2PT1A 3K1PA 4G68C 3DRKA 1MRPA 4R73A 1P1QA 4MFIA 3ZKKA 4TLLB 4QFNA 1QJMA 3RY3A 1B3FA 3UIFA 4MLVA 2NXOA 3BFUA 1Y3QA 2B3BA 5AA4B 1OMPA 3DM0A 4QSCA 3CSGA 2F35A 4GVOA 4F3SA 4AB6A 1MS7A 4F19A 4EF2A 1LAFE 3Q28A 1GTKA 3GXAA 5CBRA 3RN8A 3IOUA 1DMBA 1Y4CA 1IXGA 2UVJA 5AE4A 3QSLA 2ONKE 1RKMA 5ELVA 2QS3A 3PAMA 1SQYA 4UA8A 4JBZA 1SW2A 1EZPA 4FIMA 1TT1A 2YPNA 3UGWA 1MXWA 2UVGA 1I69A 2OWSA 1B05A 1FQCA 1QULA 2OWTA 3MVYA 4E0XA 2IA4A 3T9VA 3C31A 4NEDA 3OO7A 1XT8A 1US5A 1MXVA 4JSOA 2RF1A 3OEKA 1H76A 3KOSA 1S7YA 4OQOA 1LBBA 3QAXA 4ZEDA 3BFTA 3ECRA 3RQTA 3FVGA 3EF7A 3H3GA 1B7HA 4Q30B 4YB5A 1B9JA 4LATA 4LP2B 5FTIA 3FVNA 3KN7A 4NE4A 5CMKA 5KDTB 1YTVA 3KSJA 3MVXA 4F2QA 3U8QA 2FA7A 1RYOA 3D4GA 5KCJA 3O6PA 2I0CA 3DRFA 3CHGA 2DXRA 3KGCA 2UYFA 2OJTA 4H67A 2PBWA 4NF4B 3VFJA 4IO2A 2A5SA 2M8CA 2H99A 2AYSA 2RC7A 3RYAA 3C36A 3IX1A 5DT6A 3R6UA 1RYXA 2DWAA 1OLAA 5CMMA 2OBGA 3QYTA 2DXYA 3DRHA 1BIYA 4RK2A 4HW8A 2GHBA 2I48A 3MZ1A 4R75A 3IB0A 1R9QA 4HTGA 3VV5A 4F31B 3DP4A 5TPAB 3SEWA 4N13A 2HAVA 3SETA 1B46A 2O7IA 4XIGQ 3FJGA 5DVFA 1JEUA 3O9PA 4ZEKA 1POY1 2X7PA 3O2AA 4F1UA 3S9NC 1SYHA 2F8DA 4BDRA 1P1OA 5DTBA 2Q9TA 1M5BA 1A40A 3CIJA 1GV8A 2ZNUA 2HZKA 4QSDA 5IAIA 3KBRA 1Y1ZA 2O69A 1LCTA 2IEEA 1QKBA 3JV9A 3U93A 4QHQA 4TOZA 1PDAA 4THIA 4FAJA 2ANJA 4HCWA 2ZYOA 3UP9A 4RPNA 3RUMA 3OSRA 1JEVA 1XC1A 2XX8A 4IO7A 1HSLA 1LAXA 2HCAA 1A54A 1P99A 3OO9A 3GZGA 4QFKA 3Q27A 3SEYA 4N6PA 4IGRA 1PBPA 1AL3A 1MDP1 4IO3A 1PEBA 4EQBA 3I6VA 2Q89A 3K2DA 1D9YA 4OENA 1SI0A 3PPRA 1DPEA 4GXSB 2PYYA 2ONSA 2XXWA 1GVCA 3FV1A 3G3GA 4NF6A 4FEBA 2I6EA 3FZVA 2BJJX 1MM6A 3MQ9A 1TFDA 2DSFA 4DIGA 3TCFA 3RTFB 3GBBA 3FUZA 1R6ZA 1MQDA 1N76A 1Y3PA 3PD9A 1MY0A 3B6TA 4YKKA 3DLNA 4LVQA 4LUBA 2F34A 3HN0A 3KJTA 4TQUQ 5AA3A 4KQPA 1O7TA 5CRYA 4PP0A 4JDFA 1IUDA 1LB8A 2V25A 1QVSA 1B51A 4AB5A 2QSXA 3DRGA 4DXCA 3KJ7A 3THIA 1SYIA 1YPNA 3TODA 4DLDA 3KZGA 4O3AA 3HHFA 2DE4A 4FJPA 3TZAA 4G77A 4EQ9A 1EZ9A 2RINA 3RPWA 3T93B 4NF8B 1R1NA 1WODA 3DRIA 5FHOA 2Z8FA 3IO4A 3D4CA 1B5JA 3MAMA 3FTOA 3N5LA 2VD3A 3U92A 3IAZA 1D3KA 1FTLA 4H0WA 4OXVA 3BKIB 2OLBA 1LGBC 2Z8DA 3TKDA 4MLQA 1B4HA 1B1XA 1VSOA 1SBPA 2NUVA 4OYVA 2XX7A 3PU5A 2V3UA 3TCGA 4FECA 2VOZA 2DWJA 1LSTA 4GF8A 4PETA 3S4UA 4F22A 4ELOA 5I57B 1MDQA 5ITOA 2AIXA 3TQLA 4XKRA 4H8IA 2HEUA 4LZ5A 4G4PA 2HQ0A 2Q2CA 2REGA 1XOCA 5EHSA 2QMWA 2RC8A 1XVYA 3C4MA 3OEMA 1MY1A 4KCDA 2QS4A 3KSXA 3U94A 3TELA 3RTWB 3TFLA 1MPCA 1O63A 2R6GE 2FNCA 3RLFE 1URSA 2ZNTA 1Q1KA 4X9TA 3LVUA 1NNKA 2QMXA 3FV2A 2DVZA 2H9BA 3EN3A 5H8HB 2O68A 1DSNA 3K0VA 1XVXA 4HS7A 4X1DA 3E9XA 5TP9B 5F7VA 4H1XA 3ZSFA 2H98A 4JWYA 3A09A 1ZJLA 4AQ4A 4ZDMA 4F3PA 2F7BA 3CG3A 1B5IA 3M3FA 3G3KA 2XXRA 1IITA 4PFYA 3QIMA 1N3XA 4YAHX 4E0WA 1TXFA 4G68B 4YMAA 2V3QA 4GLIA 5AA1A 3FVOA 1LAHE 3O29A 4H5FA 4DCYA 2DOJA 1BKAA 5FHNA 4GIZA 2B65A 2HZLA 3IOWA 1I6BA 2H5YA 4NF5A 3I5OA 2DP8A 2XXVA 1B3HA 3TTNA 4XKNA 2YJPA 1FW0A 2FYIA 3K1NA 4C1UA 4QFOA 2YLNA 1S9TA 3O97A 4OFLA 2I49A 3MJNA 3P7IA 2P1SA 3MC2A 2Y7IA 4OEVA 3PUZE 4RYAA 1A8EA 3O6GA 1MXYA 3RGYA 1FTOA 1URDA 3H7MA 3LR1A 4G8NA 1MM7A 2NVUB 2O1MA 3PPOA 1USYE 1ATGA 2I3WA 4M4GA 4RPOA 4OEUA 1IXIA 4NWCA 4TLMB 2DQVA 2DS9A 4PE5B 3K6VA 4F2OA 4ZEFA 3C35A 1LFIA 1BLFA 4EXKA 3SEUA 5CBSA 2CMOA 4HCYA 4KCCA 1AIVA 4R74A 1D4NA 4YKPA 4ESWA 4OFJA 2XD2A 5H8FA 1DOTA 1OQHA 4YB7A 4OERA 2QPQA 2GFEA 3IL1B 5A5XA 2XXPA 3S9MC 3G7WA 1J1NA 3E3KA 3CVGA 3SEXA 1ZU0A 1P1WA 4JWOA 4XKPA 3RYBA 4U1OA 3B6WA 1B2HA 4GL0A 3O28A 1KWHA 1FQFA 3K4UA 2PX1A 2G93A 4ZE9A 2I4CA 2ZMBA 3HO7A 1USYH 1OVTA 1FQAA 4NMYA 2OZZA 3HHGA 1OLCA 3ZS6A 3IOVA 5ICTA 5HBCA 1B6HA 1H44A 2VD2A 3ILTB 5CC2A 3EQ1A 4ESXA 1O64A 3LC8A 4IY6A 4POXA 2HXWA 5KCJB 4EF1A 2HFBA 2D21A 3T9UA 3CFZA 5AA2A 2D3IA 4WEDA 3MVWA 4GQOA 3JZJA 4FEDA 2W7YA 1MPBA 3H6VA 4FORA 3TCHA 5I84A 1UTBA 4EQ7A 2V3TA 3WAEA 4MH5A 1MG1A 2H4IA 4K3FA 1JW1A 2QS1A 2F97A 3W15C 4OZ9A 4RXLA 4F1YA 3TTLA 4U1ZA 3K00A 2XD3A 2REJA 1JW4A 3EPEA 1N7WA 5K2YA 4Z0IA 2O6AA 4DDDA 1N3WA 1MPDA 2KLFA 3DRJA 2F7CA 4OWDA 3LSWA 3MZ9A 2I58A 2P2AA 2WOKA 5I2KA 3K6WA 3SDFA 1IQ7A 5DYHA 1NNTA 2A5TA 4C0RA 1N0TA 1IZ1A 3USDA 5I58A 1JETA 5L9SA 3K6UA 1EH3A 4QFPA 1N7XA 5DEXA 3L6GA 1A7LA 2H25A 4R6YA 5H8SA 3G3FA 4PFUA 1P1UA 5EYFA 2OK2A 5JEIA 4QRZA 4DE8A 3CI8A 4ZEIA 3TMGA 4Q8RA 5I2NA 4OESA 3UORA 2Y7PA 4BDNA 1WDNA 2I3VA 1NMUA 4POWA 5LOMA 2RCBA 2XHDA 3TEPA 5L9MA 2WKYA 3FIRA 4O3BA 1ZTYA 3FXRA 3JYRA 1TFAA 3CR9A 1VE4A 3PGFA 4ELPA 2XX9A 3O66A 3IK6B 3T9XB 2WOLA 4G8MA 4C1TA 4NF6B 4Q0CA 2HAUA 3DELB 5JTYA 4KFQA 1FQEA 1NH8A 4F39A 1YCJA 4ZECA 2O1LA 1B3LA 3QUJA 1HSEA 1EZOA 2E0SA 5I2NB 1Y9UA 4U23A 2XXYA 3MPLA 1UTHA 3MZBA 3MP6A 5ITPA 1FTKA 4ELRA 3C34A 3CRBA 2UVHA 4YKJA 3W9VA 4KR5A 3F11A 1PB9A 1M5EA 4R2FA 3FXUA 3ZKLA 2GRVA 4ONYA 2PVUA 3K6XA 3V83A 2V93A 3OSQA 3TPAA 4BLAA 2DE2A 4YB6A 3T96B 3ILUB 3A3CA 4IO5A 3RT6B 4QFLA 3HCQA 3IJOB 1SW1A 3O6HA 4OFOA 3IO6A 1Q35A 3M3KA 1MQHA 5H8NA 1Z7NE 4GOTA 3K1MA 1JW5A 5I59A 4WXJA 4ND9A 3TYHA 3CFLA 1ZBMA 4BDLA 3ONMA 3C33A 5L9OA 1FCKA 4P11A 4L17A 4KPTA 1UQWA 3K02A 3E13X 4F3BA 4IO4A 4XTCQ 3H4ZA 3EHUA 1VFDA 1I6AA 4GXAA 1XHYA 2OCUA 3UN6A 3CG1A 5I56A 2ONRA 1D9VA 3FD3A 5H8QA 2RKMA 1TWYA 5TU0A 1AOVA 1B3EA 2Y84A 2XXIA 2THIA 3N26A 4F29A 2UXAA 4H6DA 1F9BA 3QXMA 4G8HA 4UACA 3OO6A 5HPQA 2AL5A 2F6PA 3N94A 4LQ5A 3PMXA 3KN3A 2WOPA 5AA4A 4EXLA 3SERA 2ZYMA 1LFGA 3PMVA 2ZXTA 1B0HA 4ELQA 3U1OA 3LSLA 3MWBA 1WVJA 4Z7EA 2Z22A 1GGGA 3UK4A 4ZE8A 3GBAA 4ZZEA 1L5TA 3H6WA 3HV1A 2DWIA 4BDQA 1VFEA 2XXUA 1A99A 3H06B 2F5XA 3LSFB 3R7XA 1Z7ME 2Q8JA 2Z8EA 5B7DA 3SKPA 3DP8A 3Q25A 2LAOA 3N6TA 1Y20A 1ELJA 3H03A 1VR5A 1A8FA 3VVDA 5HM4B 1UIVA 1AH5A 3FJMA 1IEJA 4QSEA 3VLWA 5J1DA 1MXZA 3VDFA 4MF3A 2QJEA 1SVXB 2Q88A 3MUQA 4O3CA 4KD5A 4GWOA 3FATA 4LQ2A 4JXIA 4GFRA 3OO8A 4FE8A 5JK4A 5AA2D 3QK6A 1B40A 3C9HA 3FGSA 4IB2A 4R9FA 1LCFA 2CZLA 2ZYNA 5KDTA 5EHMA 2Y7RA 2V84A 3MW0A 1MXUA 4DCXA 1QW0A 4ISUA 4LZ8A 1AMFA 2AL4A 1FQDA 4DZ1A 2QS2A 5M2VA 5ISUA 3MPKA 4YMBA 1IIWA 5L8DA 1PBQA 5BUUA 3PUVE 3KFMA 4F3GA 1B58A 2F7AA 3T66A 4U4SA 4NF4A 1PC3A 4R2BA 3S9LC 1NNPA 2I4BA 3IB2A 3VLVA 3C32A 3VVFA 4H8JA 4R72A 4RNSA 3H6TA 4NF5B 2PT2A 2VP1A 3T9HB 2NWJA 4XKQA 2PMSA 2B3FA 1LBCA 5FTHA 2GH9A 4GRKA 3LUYA 4OVJA 4DXBA 2DE3A 3MBPA 1NKXA 5DVIA 1CB6A 3MP8A 1YAEA 3IR1A 5CI5A 1B7ZA 1OVBA 4IY5A 5TPAA 2R71A 2F78A 5CMCA 3V5AA 3TQWA 4QF9A 2RC9A 1I6QA 1ZLQA 3E4RA 4LZ7A 1II5A 3B6QA 4YZZA 1B3GA 1NH7A 3PD8A 2I0BA 2XXQA 1M5DA 1SI1A 3FXQA 3S9EA 2F6GA 1A55A 3K01A 1ZMGA 4EDPA 1LFHA 1Y4TA 4F18A 4IGTA 3FJ7A 4OHNA 1FQBA 3OENA 4KYDA 2ALUA 3GLBA 3MVZA 2XXHA 2UYEA 3TDJA 2RCAA 5H8FB 3A3UA 3IOTA 1MH4A 1URGA 4OTEA 5A5XB 3MP1A 4XXUA 1QUKA 4IO6A 4U22A 4BDMA 4H5GA 4YKIA 3SEVA 4ECFA 2DWHA 3LBSA 4N07A 3G3IA 1MQGA 1MY3A 3M3LA 3KEIA 3S2VA 1H43A 1MXXA 1N84A 3Q26A 4R6KA 4I9DA 3QUFA 2NOOA 3PV0E 4NWDA 2QRYA 1US4A 1LLSA 2DYXA 4GD5A 1H3DA 4I1DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BWJA 4Q5TA 4RY1A 1B1HA 3RT8A 1Y1MA 2E1SA 3AXFA 1ANFA 1SDXA 5AA2B 1MY4A 4PFRA 1GR2A 3T22A 4WKMA 3VXCA 3OXNA 5EQ8A 1UIUA 1FBEA 2VPNA 4XEQA 1UTBB 3DP6A 1CNQA 2B4LA 1SD3A 1R9LA 4PFTA 4U21A 4X1BA 4KYEA 4YICA 3FVKA 1M5CA 3R26A 1DTZA 4MX6A 1JVYA 3Q29A 2ZNSA 5A5LA 4H65A 2FHYA 4NTLA 3MYUA 4DXUA 3ODBA 5CMBA 2PCRA 5K2XA 1QUIA 3G3JA 2XWVA 1M5FA 4GWZA 4JVDA 4MBPA 1POTA 2FIXA 2L5VA 2X7QA 1SW5A 5DVJA 5F1QA 1NFTA 2WBBA 2WBDA 4YU0A 5I2KB 3SESA 1FTJA 4JB7A 1NUYA 3IB1A 5ICQA 1ZIUA 1MH3A 1IXCA 2Q74A 1BP5A 2A5TB 2O51A 1EYKA 4OA4A 5I58B 4NF8A 2O7UA 2Y5LA 5IKBA 1B5HA 1DTGA 2Q2AA 3PUWE 5DEXB 2P0SA 1S50A 5CM6A 4GL8A 2QL3A 2F36A 4PBHA 4I8CA 1P1NA 3TTMA 3CFXA 3PPPA 4N4UA 1FTMA 2MKZA 4OETA 4R9GA 1CE2A 3OELA 3N6UA 2GHAA 4ZZAA 2B4MA 1JVXA 4G2ZA 4RA1A 3KN8A 1B7UA 2DVCA 5EYGA 1EU8A 2D5WA 4U4XA 3HPIA 4U2RA 2ESNA 3M8UA 4WEPA 2X26A 3L6HA 1B0LA 4LONB 2VHAA 1FJ9A 1T0KA 4PGPA 3PPNA 5I57A 1N04A 3CSBA 3PUXE 1IMDA 4KHZE 1PB8A 1FTAA 3VE1B 1FBPA 1JNFA 1OQGA 4KYSA 1Y3NA 1K9ZA 3OOAA 3EHTA 5JTYB 3U72A 3OMBA 1DK4A 1HSJA 1NNFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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