1B40A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kfk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b40A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b40A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b40A02
1M5DA 1MY2A 3QSLA 4U4SA 3DRGA 3RUMA 5FHOA 1B7ZA 3MPKA 5AA4B 2Y84A 1MY0A 5FTHA 2OJTA 1B5IA 4DLDA 3C33A 1NH7A 1OQGA 4P11A 2RF1A 4AB5A 2VD3A 1JW1A 1B52A 3FJMA 3K0VA 1OLAA 3RYAA 2KLFA 3DELB 1B05A 5ITPA 3I6VA 3LSLA 3V5AA 1SW1A 3TCHA 2X26A 4ZE8A 3KSXA 2WKYA 2V3TA 2Q88A 1SVXB 1IXIA 1MY1A 3V83A 3JV9A 3U94A 4MFIA 1FCKA 3TCFA 5CI5A 4ESWA 1M5CA 3K01A 3PMXA 4ZZAA 3S2VA 1AOVA 1UIVA 4H65A 3CG1A 1UQWA 2CZLA 4YICA 3MBPA 3MAMA 2LAOA 3Q26A 1JEUA 2ANJA 2NXOA 4I9DA 4G8MA 4OENA 4IY5A 3CRBA 4JBZA 3PPNA 5I56A 5AA2A 1AIVA 2A5TA 1B9JA 4OZ9A 2REJA 3IB2A 4BDLA 1IITA 3KOSA 1N3WA 1QUJA 1P1QA 4IO6A 2HAVA 4YMBA 4POXA 3PV0E 4EF1A 4GWOA 2I4BA 4U23A 2QS2A 3S9MC 4XKNA 3RPWA 2V25A 2WOLA 4ECFA 4PFYA 1BKAA 2HXWA 2F78A 4KI0E 1Y9UA 4F1VA 1FQEA 1B1HA 2DXRA 1D3KA 3E9XA 2DE3A 3RT8A 1LB9A 2Z8FA 3CSGA 4YB5A 3K1MA 2QMWA 2F7CA 4NF8B 3O29A 3G3IA 5TP9A 2F6GA 4F3SA 1MPCA 3QUJA 1SI1A 4G77A 1MRPA 5EHSA 1VE4A 2Q8JA 3MVYA 5CRYA 4F31B 1ANFA 4RA1A 1LFGA 5A5XB 3PU5A 2FA7A 3S9NC 3IOVA 3N6TA 3PUXE 4DIGA 2F6PA 1A7LA 1BIYA 4YKKA 1B1XA 4LA9A 2V84A 4NTLA 4FATA 3K6XA 4OQOA 3S9LC 4ZEIA 2A5SA 1SW4A 1HSJA 3MJNA 1II5A 3EHSA 4EUOA 5KCJB 2O7IA 1LFHA 1P99A 3PUZE 5I57A 1Y3PA 1USYH 3IO6A 1MH3A 3M3LA 4E0WA 2X7QA 1MM7A 1PB7A 4OXVA 2OK2A 2XXPA 2PYYA 2H5YA 2I3WA 1JEVA 5CBRA 3CG3A 5L9MA 1GGGA 1IZ1A 1IEJA 1R9QA 3HV1A 2Z8DA 2Z8EA 4YKJA 4Q5TA 4XIGQ 1I69A 4R6YA 1VR5A 1MM6A 4G68A 2PBWA 2OBGA 3A09A 1MDQA 5M2VA 4OYVA 2DWAA 2OLBA 2IA4A 1IQ7A 2UYFA 3CHGA 3N94A 2UXAA 3VXBA 3A3UA 3W9WA 3PAMA 4POWA 5J1DA 1GV8A 2QPQA 4QF9A 1L5TA 3O9PA 1OMPA 5H8FB 1LAGE 1I6BA 1ZMGA 1LAHE 4EQBA 2RC9A 4ESXA 4U1OA 1JVYA 1SW5A 4P0GA 4NF5B 2ONRA 1JW4A 2HQ0A 3EHUA 3MWBA 4R72A 2UVIA 2ONKE 3UORA 4X9TA 3DP6A 3ILUB 3FV1A 4LZ8A 3BBRA 4GL8A 1Y1MA 1POY1 3E3KA 3RNNA 3T9XB 1FTJA 1SYHA 4QFLA 1B4ZA 1ZLQA 3MVZA 2V93A 3V89B 4ELRA 1EZ9A 2IEEA 4MBPA 4OTEA 1XOCA 1B58A 3O6PA 2AYSA 3TDJA 2QS3A 4DDDA 3IO4A 4F2QA 2ZNUA 4M1VA 3H6TA 5H8HB 2X7PA 3IR1A 5K2XA 3ZKKA 2OZZA 3ONMA 5DT6A 1IXCA 1ELJA 2Y7KA 3G3KA 4ZE9A 1FTOA 5BUUA 2THIA 4H5GA 4NF6B 3TTLA 1VFDA 2DE2A 2DVCA 1EZOA 1XVYA 5TU0A 3TODA 3CIJA 2REGA 4OEVA 4THIA 1Y3NA 2WOPA 2ZYOA 2DWHA 3VLWA 2PT2A 3Q29A 2B4LA 1P1OA 1Y4CA 4KYSA 3SESA 2DQVA 1JQFA 1ZTYA 4R6HA 3EN3A 2PVUA 1US5A 4R74A 2RKMA 5DVJA 4IO4A 2F35A 1DTGA 2PMSA 3O6HA 5DEXA 4GIZA 4JSOA 3LUYA 2I0BA 2DS9A 4DXCA 3DP4A 4Z7EA 4DXUA 1P1NA 3ZKLA 2NOOA 1LAFE 5JTYA 5DTBA 3I3VA 5K2YA 3RN8A 4YB7A 3IAZA 3PUVE 3O97A 3WAEA 4LONB 3RYBA 4Z0IA 3QIMA 1D4NA 1EU8A 2NVUB 1B32A 4OVJA 5FHNA 4M4GA 1M5EA 2XD2A 3K02A 3UK4A 1MH4A 2Y7PA 4OFJA 4XKQA 3TTMA 1QKAA 3E4RA 1A54A 2DYXA 3RGYA 5EYFA 4N13A 3DP8A 3VFJA 3IJXB 1MDP1 3UN6A 4BDMA 5I56B 1MPBA 5AA2B 2A5TB 4FJPA 4TQUQ 4WEDA 2ZYMA 4YB6A 3R26A 2F5XA 3IOTA 4EQ9A 4FORA 4BDQA 4NWCA 3H4ZA 4EDPA 4F1YA 4XKRA 3O2AA 3A3CA 1MXZA 4QRZA 1IXHA 4OESA 2XX9A 1A55A 1DPEA 3TELA 5KDTB 2Y7RA 1R1NA 2RC7A 3H03A 2YPNA 4NMYA 5I58A 3HN0A 4L17A 5DVFA 1JNFA 4GD5A 5I59A 1BTJA 1MQDA 3PUYE 3KGCA 5TP9B 1YTVA 2OCUA 3T9UA 4Q8RA 4R6KA 3N5LA 5IAIA 3MP1A 3T96B 5B7DA 4DZ1A 5CM6A 3MC2A 2D21A 3OO8A 1YCJA 2FYIA 3H6VA 5CC2A 3MP6A 4PFUA 2UVGA 1NH8A 1QULA 2XXTA 2XXQA 4RNSA 3K1PA 5AE4A 3OENA 3QYTA 1B2HA 1IUDA 1MQJA 2D3IA 5KZTA 4IO2A 3TFLA 3U1OA 2AL4A 3KZGA 3C36A 3SERA 2V3UA 2QSXA 4QFKA 3ZSFA 5I57B 4F29A 3PPRA 1PDAA 1VFEA 3DLNA 2UYEA 3KN7A 3BFUA 3BKIB 4F2OA 1LSTA 4X1BA 1LBBA 1H3DA 4F22A 2QL3A 4MH5A 5F7VA 4IO3A 2FNCA 4KYDA 3CVGA 4HCWA 4ELPA 4GF8A 2W7YA 2NWJA 3PUWE 2B3BA 5FHMA 3SDFA 4N6PA 3IL1B 3MUQA 2VOZA 4G2ZA 3VVEA 2F7AA 4G68B 4U22A 2ESNA 3L6HA 3KEIA 4FIMA 2I0CA 1DMBA 4IB2A 2DSFA 1B3GA 1A40A 5JK4A 4TOZA 2XXWA 1PB8A 1NNFA 3K1NA 1MY3A 3K6VA 3K6UA 4GL0A 5ITOA 1M5BA 4HW8A 3U93A 1A8EA 3DRKA 2QRYA 2XHDA 3PPPA 3T93B 1RYXA 4E0XA 2DWJA 2D5WA 4KYEA 3PD8A 4ZEKA 4R73A 3ZS6A 1OVBA 2AIXA 4ELOA 4BDRA 1LCFA 2I58A 4WXJA 3JYRA 2R71A 3UGWA 4UACA 3KBRA 4GOTA 4H8IA 4GRKA 4KCCA 3M3KA 3FVGA 2VD2A 3LSWA 5AA1A 3QK6A 2Z22A 4NF4A 1Y3QA 1FTMA 4G8HA 3TYHA 4ZECA 1Z7ME 1GTKA 4LATA 3Q25A 3K6WA 5JEIA 1CE2A 3G7WA 4AB6A 2XXYA 3TQLA 1AMFA 1XS5A 3PPQA 4LUBA 3LBSA 2PT1A 1YAEA 3Q28A 4YAHX 4FEDA 1ZBMA 3KJTA 1NNTA 2RCBA 1FTKA 2XXVA 5H8QA 2H4IA 4C0RA 1M5FA 4KCDA 2I4CA 1BLFA 2VHAA 1MG1A 1H76A 2QS4A 3TUSA 4QSDA 4R9FA 3SEYA 1B0HA 5LOMA 1B7HA 2I48A 2O1LA 2ZYKA 4X48A 5F1QA 2E1SA 3FGSA 4RY1A 1ZKBA 1S9TA 1IIWA 4ISUA 1RKMA 4YZZA 2R9JA 1Y20A 4AQ4A 5DEXB 3RTFB 2I6EA 1OLCA 4H6DA 3SETA 4PE5B 4RJZA 2XXUA 1FTLA 4DCYA 1Q35A 1UTHA 1JVXA 1B6HA 2H25A 3FVOA 3K00A 5JTYB 3LR1A 2GHBA 4F3GA 1N0TA 1URDA 2AL5A 4U1ZA 5ICQA 2XXXA 2PX1A 4RK2A 2Y7WA 1XT8A 2H99A 4IO5A 2Q2CA 1IXGA 4RYAA 4KPTA 5H8NA 3G3HA 4LVQA 1XVXA 2F97A 4X1DA 4MF3A 1LAXA 3SEXA 4FECA 4NE4A 3E13X 3GZGA 4YU0A 3EPEA 3IK6B 3M3FA 3UA8A 5I2KA 1US4A 1R6ZA 1PBPA 2NUVA 4MLQA 4TLLB 3VLUA 5B70A 3R6UA 3PPOA 1QUIA 1USYE 3VV5A 3OXNA 3FV2A 2B3FA 3CR9A 3H3GA 3VLVA 3OOAA 5I2NA 1RYOA 3VXCA 4ZEBA 3TZAA 2UVHA 4FE8A 4LZ5A 4YMAA 3MZ1A 1FQDA 3EQ1A 1FQBA 1O63A 4H5FA 3CSBA 4GXAA 5DVIA 4I62A 3C34A 2G29A 4JWYA 2O84X 1XHYA 3TKDA 1B3HA 1FQCA 5ISUA 3HHFA 3VVFA 4JWXA 3HSTA 3RQTA 3O66A 1N04A 3OO7A 3GXAA 3W15C 2GHAA 4RK9A 5I58B 3U72A 3MZ9A 1B4HA 4I1DA 1YPNA 3S4UA 5I59B 2F34A 3FXQA 5AA3A 1VSOA 1T0KA 3FXUA 2I49A 3K4UA 2XXRA 3V8XB 2BJJX 3CFLA 3FD3A 3CI8A 2RC8A 3IX1A 3EF7A 1AL3A 1I6QA 2YLNA 3GBAA 3B6TA 4MLVA 2DXYA 3GLBA 3K2DA 1P1UA 1BP5A 2F8DA 1A99A 4FAJA 5HBCA 5CMMA 4C1TA 3DRFA 3USDA 1NKXA 1LBCA 1ZJLA 3B7DA 3DRHA 3ODBA 3L6GA 3C9HA 3KN8A 1D9YA 2QJEA 1B3LA 3THIA 4JB7A 3I5OA 2RCAA 1OIBA 4F3BA 2QS1A 2HZLA 3B6WA 3O6IA 4XTCQ 1NNPA 3C31A 4R2BA 2H9BA 4O3AA 2GRVA 4G4PA 5TPAA 4QHQA 1UTBA 3OEMA 3M8UA 4OWDA 1F9BA 1H43A 2R6GE 3H7MA 2F36A 1B51A 4PQJA 4TLMB 1PEBA 4KR5A 2ZXTA 4DE8A 4KD5A 4OHNA 1MS7A 3F11A 3HPIA 1FW0A 4IO7A 2Z23A 1ATGA 4LZ7A 1JETA 3TMGA 4Q0CA 3MZBA 4H1XA 3ECRA 1D9VA 3FZVA 1WVJA 1B7UA 3G3JA 3HHGA 1CB6A 2P1SA 4ZEDA 4ZS9A 4H8JA 4EF2A 3P7IA 1WODA 3KFMA 4EXLA 5CMCA 1B46A 2DVZA 3FXRA 4F18A 1QVSA 2B4MA 3IJOB 5HPQA 3DRJA 2HCAA 3SEVA 2VGQA 1TFAA 3OD7A 1NNKA 2XX8A 5AA4A 2ZYNA 1O64A 3FJGA 3D4CA 3LSXA 5L9OA 4ELQA 3GBBA 4OETA 3H6WA 1URSA 2XD3A 1NFTA 2P2AA 4ZEFA 2P0SA 3VDFA 5FTIA 3KG2A 5AA2D 2QMXA 4OFLA 3N26A 3IOWA 2O51A 2YJPA 4NF4B 1O7TA 4XXUA 3SEUA 4KQPA 4UA8A 4OEUA 2HEUA 5KDTA 3MVWA 1QKBA 4QSCA 1AH5A 1LLSA 3SEWA 4U21A 4O3CA 2G93A 4IY6A 3ILTB 4QFPA 1SQYA 1Y1ZA 1PC3A 5H8QB 4NWDA 1QUKA 2ZNSA 2H98A 4PFWA 4IGTA 3C4MA 4F3PA 1DPPA 3FUZA 4RPNA 3FIRA 3MW0A 3T9HB 4QFNA 3FVKA 1QW0A 2M8CA 1MQGA 3VVDA 1B40A 3G3FA 5IKBA 4ZZEA 2ALUA 2XX7A 3LVUA 5CMKA 3KOTA 1B5HA 4RXLA 2B65A 1MY4A 1P1WA 4C1UA 5H8SA 1Y4TA 4OERA 4F19A 3U92A 1MQIA 3R7XA 4PP0A 3G3GA 3UIFA 5BWJA 4PFTA 3N6UA 4JXIA 3RY3A 1MXXA 3RTWB 1N76A 1QJMA 1KWHA 1N84A 3TTKA 4BDNA 1UTHB 1LCTA 2E0SA 3TAJA 4G68C 1POTA 3TTNA 4DCXA 1ZIUA 3KJ7A 5EHMA 1GVCA 2ZNTA 1SW2A 4QSEA 1S7YA 3UP9A 2HZKA 3T9VA 3EHTA 4R75A 4U2RA 2XXIA 3B6QA 4EXKA 2O6AA 5H8NB 2ABHA 3QAXA 4NF8A 4K3FA 5ICTA 3MVXA 1S50A 5I2KB 1MXYA 4N07A 2Q89A 4HCYA 4WKMA 1UIUA 1URGA 3LC8A 4XKPA 3DRIA 3T66A 4JWOA 5CBSA 3FATA 1NL5A 1DSNA 1MXWA 5A5XA 3OSQA 3KSJA 4FEBA 1I6AA 1SYIA 2HAUA 3HCQA 1J1NA 5I2NB 3FASA 4PETA 3TTRA 1EZPA 3MQ9A 2V3QA 2OWTA 4G8NA 4F39A 3S9EA 2DE4A 2HFBA 4GQOA 1N7WA 3IOUA 1DTZA 1FQFA 4R9GA 3T22A 3HO7A 3BFTA 4HS7A 4H67A 3MP8A 1XC1A 3CFZA 1EH3A 4Q30B 4HTGA 3W9VA 4YKIA 1Z7NE 2UVJA 3IB1A 4DXBA 3PGFA 5KCJA 4R2FA 4LQ2A 1JW5A 4BLAA 2Y7IA 1MQHA 1H45A 2I3VA 3VE1B 3OSRA 4YKPA 1GR2A 5ELVA 5L9SA 3IORA 3JZJA 4JSDA 4GXSB 4P0IA 3FJ7A 2OWSA 4QFOA 3C32A 4KFQA 3MPLA 1B0LA 4GVOA 1MPDA 1HSLA 1N3XA 3FTOA 2O69A 1WDNA 2O7UA 3OELA 4ZDMA 3QUFA 3PMVA 3OO9A 3CFXA 1SI0A 2VP1A 5I84A 4I8CA 3RT6B 2DP8A 3C35A 1TFDA 2RINA 2DWIA 2GFEA 3OMBA 4OMBA 3AXFA 2GH9A 1OVTA 3RLFE 3OO6A 4IGRA 5H8FA 1OQHA 4JDFA 3PMWA 4GFRA 4ND9A 1R9LA 5TPAB 1MXVA 4NF5A 1A8FA 2ZMBA 1UTBB 2Q9TA 3IB0A 5L8DA 1H44A 1NMUA 3TQWA 2O1MA 4H0WA 3OEKA 3PD9A 3O28A 1LFIA 5DYHA 4GLIA 1MXUA 2XXHA 5CMBA 4OFOA 3TPAA 1SD3A 4LP2B 1HSEA 4WEPA 4EQ7A 2ONSA 3TEPA 1Q1KA 5HM4B 2DOJA 4F1UA 3TCGA 5H8HA 3H06B 2O68A 2WOKA 1B3EA 3D4GA 1B5JA 3QXMA 1LGBC 4NEDA 4ONYA 3H6UA 1SDXA 4O3BA 3LSFB 1FQAA 4KHZE 3WAFA 3SKPA 3U8QA 1DOTA 4NF6A 1PB9A 3O6GA 3KN3A 3Q27A 3DM0A 4U4XA 1B3FA 1TXFA 1TWYA 4BDOA 2F7BA 2Q2AA 1ZU0A 1SBPA 4RPOA 3FVNA 2CMOA 1TT1A 1PBQA 4LQ5A 1LB8A 1N7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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