1B40A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kfk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b40A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b40A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b40A02
2XX7A 4MF3A 2ZNSA 3OSQA 2DYXA 1PDAA 1OLAA 2XX9A 4NE4A 1T0KA 2F97A 3PMWA 4IO5A 1Q35A 1MM6A 2Q89A 3C34A 1UQWA 1B52A 2AL4A 2WOLA 3CI8A 3BFUA 3RT8A 3U93A 3G3HA 4E0XA 1XVXA 1H76A 1BLFA 1MY0A 3CHGA 2Z23A 3I6VA 3S9LC 2A5SA 2A5TA 2DVCA 3IORA 3OO7A 2OLBA 5FHNA 3H03A 3KN7A 2V3QA 3CSGA 4F31B 3S9MC 3A3CA 2RF1A 1N3WA 1TT1A 4U23A 1MXZA 4LZ5A 2NVUB 4EDPA 1Y1ZA 4DE8A 2XXRA 4GL0A 1GV8A 4G8MA 3TTRA 1UTHA 1PB9A 1MY4A 3E4RA 3IJXB 4X9TA 4DZ1A 3TCHA 4L17A 3K00A 1IXIA 3C33A 3UN6A 4I1DA 1P1WA 2ZXTA 3EPEA 3C36A 3C9HA 1Y3QA 3LUYA 2H99A 1NKXA 5LOMA 4FIMA 4ZS9A 4GFRA 1XC1A 1DOTA 3I5OA 4KD5A 4R74A 3TYHA 2PX1A 5H8NB 4NF5A 5I56A 5I58A 3LSWA 3PUZE 1EU8A 3QK6A 3HHFA 1Y4TA 3QUJA 5HM4B 3THIA 2I58A 2I6EA 1MXVA 3PPOA 1CB6A 1ZU0A 1JNFA 5DEXA 4F39A 1NFTA 3T9VA 5IAIA 1QVSA 4DXCA 2GHAA 2HZLA 3Q25A 3DRHA 2GRVA 1QUKA 3N94A 4FJPA 3ZSFA 2XHDA 3K01A 5A5XA 2F6GA 2REJA 2H5YA 4LVQA 2DE2A 2Z22A 3TQWA 3RNNA 1ZIUA 1JQFA 1MQJA 3JYRA 1Y20A 5DVFA 3K1PA 1AL3A 1TFDA 4F3PA 1LFHA 4RJZA 3CG1A 1P1UA 2NUVA 3KOSA 4OETA 3OENA 4IO7A 1B7ZA 1P1OA 1P1QA 5J1DA 1QUIA 4QFKA 1A8FA 2B4MA 5H8HA 3E9XA 2R6GE 5CMMA 4RK9A 2XXPA 4LONB 1PEBA 2V25A 4R6HA 4F2QA 3FZVA 1JW5A 2DWHA 4U21A 4KYSA 3MZ1A 3H06B 1SQYA 3FJMA 1NNKA 1UTBB 3OEMA 1GR2A 3E13X 2DWAA 4I62A 2VOZA 1MXUA 1ANFA 2B3FA 3KSJA 3WAEA 1M5BA 5BWJA 1QUJA 1O64A 3IO4A 4F3BA 3OSRA 2UYEA 2UVGA 2YLNA 4GLIA 3LSLA 1DPEA 1LAGE 1F9BA 2HZKA 4RNSA 1URDA 3PPPA 3UK4A 2V3UA 1B3HA 1SI1A 3S9NC 5KZTA 3G3FA 4QFOA 2XXTA 1B7UA 3IR1A 4GXSB 5I2KB 4ZEKA 4K3FA 2HAUA 2YJPA 1LBCA 3MPKA 3IOVA 5DEXB 4F3SA 3M8UA 3I3VA 2REGA 5ICQA 4ESWA 1A40A 4ECFA 4LQ2A 3U94A 4RPOA 4F3GA 3CSBA 1ELJA 3RLFE 4BDMA 1M5EA 3HV1A 4FECA 4P0GA 2FNCA 1IXGA 4F1UA 2XD3A 1AOVA 3K02A 3O2AA 4ESXA 4PFWA 4C1UA 2WOPA 4U1OA 3SDFA 3R26A 3CRBA 4R72A 3OOAA 1MY1A 3C32A 1DPPA 1OVTA 3ZKLA 1ATGA 4BDNA 2QL3A 3W9WA 3DP8A 1FCKA 5AA2B 1B4HA 3TTNA 1HSLA 3CFXA 5EYFA 1B5IA 2YPNA 3AXFA 3B6TA 3DM0A 2FA7A 3O6IA 1EZ9A 3HCQA 4I8CA 4JSOA 1IEJA 1LFIA 2E1SA 2AIXA 2DS9A 3SETA 3QSLA 5I59A 1O63A 1LCFA 4G8HA 5CMKA 1MY2A 4HS7A 3ODBA 5ITOA 2IEEA 3TTMA 1VE4A 3SEXA 2H4IA 4MLQA 1Q1KA 3MVXA 5IKBA 1I6AA 1XS5A 3LBSA 3MJNA 3Q26A 1IIWA 4R9GA 4Q0CA 5TP9A 2B4LA 1AH5A 4LZ7A 3MVWA 2I4BA 4ZEBA 1M5DA 1MDQA 4U2RA 3V89B 3KFMA 4KCCA 3FXUA 4FEDA 2F7CA 1D3KA 1B7HA 1US5A 3KJTA 2DOJA 5CI5A 4LATA 3KBRA 2ONKE 2D21A 4N13A 1XHYA 5F7VA 2XX8A 3TDJA 5EHSA 3PUVE 1N7XA 1ZLQA 2DWIA 3HHGA 3ZKKA 4IO6A 1JVXA 1MH4A 3Q28A 4RYAA 5KDTA 1DTGA 1SDXA 3RTFB 2WKYA 4JWXA 4OENA 4F19A 3OO9A 4NMYA 4P0IA 2ZYKA 4G2ZA 3RY3A 1HSJA 2ZNUA 4AB6A 1MH3A 4G68A 4AB5A 4KQPA 2E0SA 2X7PA 4XIGQ 1JVYA 4YB7A 5CRYA 3H7MA 2RCAA 4ZECA 4RA1A 2I49A 4H5FA 3PUXE 1MDP1 4ONYA 3GBBA 2V84A 3N6TA 4YKJA 2HCAA 4Q8RA 5KCJB 1B58A 2UXAA 1FTJA 3TODA 4YU0A 4PFUA 5K2XA 1MS7A 1B1XA 1ZBMA 2I0CA 2PT2A 3MP8A 4YB6A 4U1ZA 2I48A 3PPNA 5FHMA 3G3IA 3VXCA 5TPAA 1FQFA 3QXMA 1NNPA 1POTA 4OZ9A 4LP2B 2F78A 4QF9A 2OZZA 3OMBA 3C4MA 2RCBA 3RYAA 3LSFB 2F8DA 4M4GA 4HCWA 3KN8A 4C0RA 2F7BA 5AE4A 1JW4A 1FW0A 2O68A 5B7DA 3A09A 4R6YA 3SEVA 2ZYMA 1URSA 2R9JA 5M2VA 4ZE8A 1CE2A 3B6WA 2XD2A 4KI0E 4FE8A 4WKMA 2ONSA 3TQLA 1MPBA 2DE3A 5I2NB 1B0LA 4OFLA 4ISUA 2HAVA 4U4XA 2O6AA 1GTKA 1MQDA 2H9BA 3Q27A 4X48A 3VLUA 2HFBA 5TU0A 2XXIA 3TPAA 3MAMA 2ONRA 3QYTA 4OMBA 5I84A 3SERA 2PYYA 5I57B 1FQEA 4YMBA 3H6WA 4IY6A 3IB0A 3TFLA 1N7WA 2VGQA 4R75A 1JETA 2QSXA 5L9MA 4EF1A 3K6WA 1B0HA 4ELOA 2Q88A 3FATA 3FXRA 5CC2A 4XTCQ 3PD9A 5ITPA 4F2OA 3GLBA 2Y7RA 2NWJA 3DLNA 3IX1A 3O6GA 5L9OA 2OCUA 5HPQA 4YKKA 1MPCA 1A8EA 1NNFA 1B3FA 3KZGA 1A99A 1URGA 4NF6A 1WDNA 4R9FA 1XOCA 1B46A 1YTVA 2Q8JA 5JEIA 3MP6A 3T22A 2P1SA 3EF7A 2XXWA 4EQBA 1H43A 1TWYA 4R73A 2XXVA 4DDDA 1USYE 3W15C 4IB2A 3P7IA 3T93B 2OJTA 3G3KA 3TELA 3FV2A 1USYH 3H6UA 1EZPA 2Z8FA 2DSFA 4KYEA 4X1DA 1BTJA 3LC8A 3TTKA 2DP8A 1I69A 4BDQA 2A5TB 5JK4A 5DVJA 5AA4A 4YKPA 5FTIA 4H65A 1A7LA 3CVGA 3IO6A 3O6PA 4LA9A 3TCFA 4DXBA 2Y7WA 3FVGA 4OQOA 1B3EA 2XXXA 4X1BA 1B32A 2I3VA 5ICTA 4Z0IA 3S2VA 3VLWA 3MVYA 1XT8A 3RQTA 1IITA 1KWHA 4TLMB 4F22A 4YICA 4GL8A 1DSNA 3PGFA 2DXRA 4GIZA 1QKAA 1Y9UA 4FEBA 2NOOA 4GWOA 1NNTA 2F34A 2V3TA 1ZMGA 3MW0A 1LB8A 3EQ1A 1UTHB 3IOWA 1LFGA 4DCYA 1MRPA 4GXAA 4OFJA 4NTLA 4IO2A 5K2YA 1LAXA 1H44A 3OEKA 4YKIA 3DP4A 1LAHE 3VV5A 1EH3A 4XXUA 3VLVA 1NL5A 3UP9A 2VD2A 3PV0E 3GBAA 2XXUA 1IXCA 1Z7ME 4NF5B 3IB1A 2ZYOA 4KFQA 5I56B 5I58B 5L8DA 2F36A 3T9XB 1FTKA 1UIUA 1FTLA 1S9TA 4TOZA 3PUWE 3K1NA 5ELVA 1I6BA 4OERA 4NF4A 1MY3A 1JEVA 5ISUA 1Y1MA 2GFEA 3H6TA 3K6UA 4NF6B 4QSDA 3OXNA 1II5A 4Z7EA 3FASA 1MXWA 4UA8A 4EUOA 4PFTA 1N3XA 5A5XB 3FD3A 3EHUA 3DP6A 4JDFA 1MM7A 4AQ4A 2RC8A 1GGGA 4RPNA 4R2BA 1A54A 4HW8A 3O28A 3F11A 3T96B 3KN3A 1VSOA 4ZEFA 2P0SA 3USDA 4ELPA 3E3KA 3FJGA 3RT6B 5CM6A 1GVCA 3W9VA 3HO7A 2ANJA 3KSXA 3MP1A 5H8HB 4N6PA 4KHZE 4WEPA 1SYHA 3T66A 1N76A 3U72A 4P11A 3DRGA 4G77A 3IL1B 5AA2D 5FTHA 1VFDA 4THIA 2PVUA 3LVUA 1R6ZA 2AL5A 2QS2A 2B65A 4H6DA 1JEUA 3UIFA 4EQ9A 3MWBA 5DTBA 4QFNA 3G3GA 4GD5A 4HTGA 3K0VA 3H4ZA 1LAFE 2QMWA 5H8FA 1O7TA 1H45A 3IK6B 4JSDA 4OXVA 4YAHX 4TQUQ 1B4ZA 3O97A 4YZZA 1RKMA 3G3JA 1MXXA 4N07A 3MPLA 4NF4B 4U22A 3GZGA 2OWTA 1LGBC 1JW1A 2UYFA 1MG1A 2Q9TA 3C31A 4F1YA 1WVJA 3FIRA 4PQJA 3V5AA 2OK2A 2I3WA 2V93A 3KG2A 3PD8A 2QS1A 1YCJA 5H8NA 2HQ0A 4GF8A 1QKBA 4KPTA 3ZS6A 4HCYA 3TUSA 3OELA 1DMBA 4GQOA 4KR5A 2NXOA 1IQ7A 5DVIA 4LZ8A 1A55A 3K4UA 4KCDA 5H8QA 1P99A 2QJEA 2O1LA 1FQDA 1NH7A 4PFYA 2WOKA 5I59B 2DVZA 3DRKA 1R1NA 1QJMA 3K1MA 4EXLA 2KLFA 3FV1A 1OVBA 1B1HA 5CMCA 3PUYE 3PAMA 1LLSA 4OESA 1OQGA 5JTYA 3H3GA 3TKDA 3O9PA 1SW4A 3T9UA 3R6UA 3M3LA 4MBPA 3L6HA 2PT1A 4O3AA 3KJ7A 1AIVA 5FHOA 1D4NA 1NH8A 5TP9B 3OD7A 3U1OA 1BIYA 4ZDMA 4EF2A 1YAEA 1LSTA 4WXJA 2Q2AA 3TEPA 2Z8EA 2HEUA 3SESA 3ECRA 2ZNTA 4R2FA 4XKQA 5H8FB 1YPNA 2XXYA 3FJ7A 4ZE9A 2O69A 3BBRA 3A3UA 4KYDA 1MXYA 1SBPA 3BKIB 2LAOA 4ND9A 4OHNA 3VVFA 2R71A 1OMPA 1B3GA 4NWDA 1TXFA 2G29A 2XXHA 2IA4A 4OEVA 4EQ7A 1MPDA 5KDTB 1UTBA 1AMFA 3MQ9A 1OLCA 2M8CA 5L9SA 4BDRA 3RTWB 2VP1A 2ABHA 3EHSA 2D5WA 3R7XA 1UIVA 5EHMA 2H98A 1RYXA 2AYSA 4LUBA 1N0TA 3GXAA 4EXKA 4G68B 4U4SA 5AA1A 2O7IA 1IUDA 2O7UA 4H67A 4PETA 1H3DA 3B6QA 4R6KA 4MFIA 3CG3A 2Y84A 1B51A 3PPRA 5I2KA 4OVJA 2QMXA 3FVNA 1VR5A 3B7DA 4G4PA 3O6HA 4GVOA 4IGRA 3IAZA 5H8SA 2H25A 5CMBA 4G68C 3HN0A 5H8QB 4TLLB 4RXLA 3DRIA 1FQAA 5TPAB 1B3LA 3VE1B 4QHQA 2ALUA 2O1MA 1L5TA 2UVJA 3U92A 3C35A 3FUZA 3VVDA 3MVZA 4H5GA 1SI0A 1EZOA 4DCXA 2B3BA 3O29A 4OTEA 1PBPA 4H8IA 1SYIA 5JTYB 3V8XB 3IJOB 3KGCA 5AA2A 2X26A 3SEWA 4NEDA 4NF8A 1HSEA 4QSCA 3EHTA 5AA3A 3FGSA 1D9VA 4UACA 1QULA 3FVOA 2RKMA 3IOTA 4H8JA 3HSTA 3S9EA 2RC9A 2UVIA 3K6VA 2QS3A 4GRKA 1WODA 4YMAA 1M5FA 4O3BA 3VXBA 4MLVA 3N26A 4QFLA 3MC2A 1DTZA 5CBSA 4XKPA 3CIJA 2Y7PA 3T9HB 1OQHA 2O51A 3KEIA 1MQGA 3PPQA 4IO3A 3FTOA 2F5XA 3Q29A 1SW2A 2VHAA 4JBZA 3SEYA 1LB9A 2PBWA 4QSEA 2GH9A 4POXA 1IZ1A 4F18A 2Z8DA 4M1VA 3DELB 3MBPA 4DXUA 3N6UA 4WEDA 4ELRA 4ZEDA 1IXHA 2BJJX 4FORA 3RN8A 2GHBA 3K2DA 3JZJA 3M3FA 3CFLA 1B40A 2G93A 1B9JA 5DT6A 1LBBA 1I6QA 2D3IA 3ONMA 3MUQA 3TZAA 3RGYA 4JB7A 1POY1 1SW5A 4BDLA 1OIBA 4PE5B 1FQCA 1VFEA 5F1QA 4O3CA 1ZKBA 1J1NA 2DWJA 4IGTA 3D4GA 4ZZAA 4LQ5A 4MH5A 3SEUA 3VVEA 2OBGA 1MQHA 2QPQA 1PB7A 4OWDA 4F29A 3D4CA 4QFPA 2I4CA 4NWCA 4H1XA 1B5HA 1B6HA 2DXYA 4FATA 1R9QA 2F35A 4OFOA 4BLAA 1B5JA 1NMUA 2CMOA 1QW0A 4ZEIA 5AA4B 4C1TA 3L6GA 3H6VA 5KCJA 2Q2CA 5DYHA 1US4A 4NF8B 3ILUB 3OO8A 2DE4A 3TTLA 4POWA 4DIGA 3PMVA 3K6XA 1PC3A 2HXWA 1N84A 4OEUA 5HBCA 1Y3PA 3SKPA 3QAXA 4RK2A 5B70A 2XXQA 5CBRA 1XVYA 1S7YA 3RPWA 2F7AA 3VFJA 4JXIA 3IB2A 4I9DA 4JWOA 3U8QA 1BKAA 1SD3A 2UVHA 3CR9A 4FAJA 3FXQA 3G7WA 1TFAA 2P2AA 1MQIA 3N5LA 4PP0A 4Q5TA 2DQVA 1FQBA 4XKNA 3CFZA 3DRFA 3TAJA 2FYIA 2QRYA 4IY5A 4E0WA 1PBQA 5BUUA 3BFTA 3HPIA 4G8NA 2PMSA 3EN3A 3PU5A 4IO4A 1SVXB 4QRZA 2RC7A 5I2NA 1ZJLA 3UA8A 2VD3A 4Q30B 2Y7IA 3QIMA 4YB5A 4XKRA 2CZLA 4F1VA 3JV9A 1P1NA 3KOTA 4RY1A 3S4UA 3OO6A 5I57A 2X7QA 1ZTYA 3ILTB 2ESNA 1LCTA 1BP5A 4OYVA 3LR1A 2I0BA 4ZZEA 1Y3NA 4GOTA 2ZYNA 1M5CA 3WAFA 3PMXA 3O66A 1R9LA 4DLDA 1PB8A 3TMGA 1B2HA 1FTMA 4H0WA 3IOUA 2RINA 2O84X 2QS4A 2ZMBA 3TCGA 1D9YA 3M3KA 1Y4CA 1S50A 3UGWA 2Y7KA 3RUMA 3MZ9A 1Z7NE 1RYOA 3MZBA 4BDOA 2F6PA 1N04A 3LSXA 2W7YA 3UORA 3V83A 4ELQA 1B05A 3FVKA 3VDFA 1FTOA 3RYBA 4JWYA 2OWSA 2THIA 3QUFA 3DRJA 1SW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XX7A 4MF3A 2ZNSA 3OSQA 1G0HA 4N81A 2DYXA 1PDAA 4PCDA 1OLAA 2XX9A 4NE4A 1T0KA 2F97A 3PMWA 5IGAA 4IO5A 1Q35A 3T0JA 1FPBA 1KA1A 1MM6A 2Q89A 2FHYA 3C34A 1UQWA 1B52A 2AL4A 1NV6A 2WOLA 2FVZA 3CI8A 3BFUA 4I3YA 3RT8A 3U93A 2QVUA 3G3HA 5ET8A 2WEFA 1XVXA 1H76A 1BLFA 4E0XA 1MY0A 3CHGA 2Z23A 3I6VA 3S9LC 2A5SA 2A5TA 2DVCA 3IORA 3OO7A 2OLBA 3GYYA 4MJOA 5FHNA 3H03A 5EQ8A 3KN7A 2KQZA 2V3QA 3CSGA 4O8MA 4F31B 3S9MC 2ZZXA 1LBZA 1EYKA 4MIJA 3A3CA 2ZZVA 2RF1A 1N3WA 1TT1A 4U23A 1RDZA 1MXZA 4LZ5A 1LBXA 4N8GA 2NVUB 4EDPA 3U65A 1Y1ZA 4DE8A 2XXRA 4GL0A 1GV8A 1JP4A 4G8MA 3TTRA 1UTHA 2Y5LA 1PB9A 1MY4A 3E4RA 2WBBA 3IJXB 4X9TA 4GX3A 4DZ1A 3TCHA 4L17A 5T3JA 3K00A 1IXIA 1EYJA 1FBHA 3C33A 3UN6A 4I1DA 1P1WA 2ZXTA 3EPEA 3C36A 3C9HA 1Y3QA 3LUYA 2CZKA 2H99A 1NKXA 5LOMA 4FIMA 4ZS9A 4GFRA 1XC1A 1DOTA 3I5OA 4KD5A 4R74A 3TYHA 4OVSA 2PX1A 5H8NB 4NF5A 1K9YA 5I56A 5I58A 3LSWA 1Q9DA 3PUZE 3E78A 1FPFA 1EU8A 3QK6A 3HHFA 1Y4TA 3QUJA 5HM4B 3THIA 2I58A 1LEVA 2I6EA 1MXVA 3PPOA 1CB6A 1ZU0A 4GX4A 4HE1A 1JNFA 5DEXA 3E79A 4F39A 1NFTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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