1B51A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with ksk
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 191
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b51A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b51A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b51A02
1MPBA 5TP9A 4GQOA 5I57A 3T9VA 5HPQA 5ITPA 4Z7EA 1PEBA 1UTHA 2F78A 3FJ7A 2D21A 1B0HA 1XHYA 3QK6A 1M5EA 4JBZA 1QUJA 3KZGA 1B2HA 1ZIUA 4UA8A 3O6PA 3PPQA 3LUYA 3TCHA 1AH5A 2F7AA 4WXJA 2I49A 4Q5TA 3TMGA 1NMUA 3FD3A 2QJEA 1QUIA 5KZTA 1BTJA 2DOJA 3H6TA 3MAMA 3FZVA 1B7ZA 1IZ1A 4R6YA 2I0BA 3TELA 1IXIA 1NKXA 2XXXA 2DE4A 2R71A 3H06B 3SEUA 3U1OA 4YB7A 3PUVE 3O2AA 4EXKA 3N26A 1M5FA 3CFXA 4LUBA 2XHDA 2XXTA 1ANFA 2YLNA 5HBCA 4PETA 4G8HA 3KGCA 4C0RA 4G8NA 2I3WA 3I6VA 4RA1A 3G3JA 1UTBB 4YZZA 2CMOA 2XX7A 4YKPA 4R75A 3TAJA 3KJ7A 3PUWE 4GRKA 3K6WA 1LFHA 1N04A 1LSTA 2XXYA 1F9BA 3FASA 2UVHA 2LAOA 2DXRA 3F11A 1RKMA 4XKQA 2YPNA 2NWJA 3EHSA 3UK4A 2DP8A 3O28A 2DSFA 1B7UA 3O29A 2PT1A 3IJOB 3IOWA 1VR5A 3CG1A 3DRJA 3O9PA 4LVQA 2OWTA 4NF4B 5ISUA 4YKIA 2ABHA 3S9EA 5BUUA 3KOSA 5CRYA 3RNNA 3TDJA 3TPAA 1HSJA 1NL5A 3D4GA 2QS2A 1Z7ME 3HHGA 4YU0A 1UTBA 4MFIA 1NNKA 3MVWA 1ELJA 4OEVA 4OERA 1Y20A 1CB6A 2P0SA 5DVJA 1RYOA 4X1DA 4QRZA 1OLCA 4OFJA 1SI1A 1US4A 1SDXA 4KYDA 4U4SA 4KCDA 3AXFA 2HEUA 4X9TA 4X48A 3M8UA 3TTNA 5I59A 4M1VA 4QSDA 1NNTA 1JVXA 4YB6A 3FV1A 3H3GA 4ZZAA 4ZEIA 4ZE8A 2UYEA 4NF4A 3TQLA 2NXOA 5EHSA 5B7DA 4N6PA 2RC9A 2VGQA 4FEBA 1H43A 2QMXA 2F6GA 3JZJA 2V3UA 4H65A 1JETA 3ZS6A 1KWHA 3FGSA 4IGRA 3RQTA 1GVCA 2RCAA 3O66A 4ZDMA 2VOZA 2ZYOA 4KYSA 4U1ZA 3TCFA 3IAZA 1OQGA 4OXVA 5I58B 1AIVA 4EXLA 2QMWA 3Q28A 3G3IA 4FAJA 4ESWA 3UORA 1N7WA 1ZKBA 3FVNA 3K6VA 3K01A 4OFLA 3TTMA 4ZS9A 1ZMGA 3K2DA 3G7WA 3FXUA 3V83A 5KCJB 4U1OA 1MDP1 3VLUA 1GTKA 2ZYMA 1R9QA 1JEVA 4RK2A 1A8FA 1SYHA 1ZU0A 1LLSA 2H4IA 3ZKLA 4XKNA 1A99A 2OBGA 2B65A 2G29A 2ZNSA 3K4UA 3SEXA 3LSFB 5M2VA 2F7CA 2Q89A 2PBWA 3VVEA 1SBPA 3FIRA 1CE2A 1MY2A 4R9GA 2I3VA 1FQCA 3DRHA 3ONMA 4H8JA 3MPKA 3SEYA 3N94A 1EZPA 2GH9A 5I58A 1TFDA 3PAMA 3N6UA 3VXCA 2X7PA 1J1NA 3T96B 4OMBA 1LB9A 1QVSA 3RLFE 3ILTB 1QKAA 1B52A 2WKYA 1B3GA 3OEKA 3PMXA 1SW1A 5KCJA 4I9DA 3IX1A 1AOVA 3MC2A 3C4MA 4BDLA 4F3SA 4P0IA 4Z0IA 3KN8A 3W9VA 4DXBA 4AB6A 1MDQA 1NNPA 3MZ9A 3O6IA 1B1XA 3QUJA 4U4XA 3CVGA 2A5TB 2B3FA 1HSEA 4RY1A 4WEDA 3S9LC 5H8FB 4TQUQ 4FECA 3K0VA 3G3HA 4FEDA 3RY3A 1I6QA 2DE2A 4F39A 5IKBA 2VD2A 1M5CA 1ZJLA 4OENA 3SDFA 3HN0A 1MQGA 1NFTA 3IK6B 1NNFA 2V84A 4LA9A 3MVZA 4N13A 1B0LA 3UP9A 4OEUA 5LOMA 1UIUA 4KD5A 4L17A 2UVGA 2Y7WA 4JWXA 3TTRA 2AL4A 1IEJA 3V5AA 3VFJA 2F36A 4LP2B 3M3LA 2VHAA 2Y7RA 4BDMA 3SESA 4ZEDA 2AL5A 4R74A 5ICTA 4IY6A 1D9YA 1N7XA 2REJA 4R6KA 1JVYA 3HCQA 4G68C 3CFZA 4M4GA 1S9TA 3LR1A 1GGGA 1JW5A 4ELRA 4PFWA 3PD8A 1IXCA 4I1DA 5K2YA 1OIBA 4BLAA 1B3FA 1P1QA 3PMWA 5CC2A 4HCWA 2I6EA 1XT8A 2A5TA 2Q8JA 5H8FA 4NWCA 3CRBA 4PQJA 2GHBA 2XXHA 4O3BA 3IOVA 4GFRA 1P1UA 4AB5A 4PE5B 2PYYA 1MY4A 4NF5B 2OJTA 2RF1A 1LCTA 3K1MA 3SEWA 1MY0A 3LSLA 4NEDA 1SVXB 3EQ1A 2A5SA 4P11A 1SQYA 3JYRA 4JWYA 4G2ZA 4EQBA 3GLBA 1N84A 2ESNA 1USYH 1DPPA 4QFNA 1I69A 3W15C 5AA4B 2XXPA 3GZGA 4POXA 3TTLA 3OELA 4DCXA 1DTZA 1POY1 2I58A 3PPPA 4TLMB 5FHNA 3TYHA 2XD2A 2HQ0A 4PFTA 1MS7A 3PPNA 2ONKE 3MPLA 1Y3QA 2FA7A 4H6DA 1PBPA 3A3CA 2W7YA 1GR2A 2ZYNA 3BFUA 3TODA 3D4CA 1Q35A 3O6HA 1YCJA 4XXUA 4ZECA 1GV8A 5JEIA 2I48A 4NF5A 4OQOA 4LQ2A 5DT6A 3FVGA 4Q0CA 4KQPA 4K3FA 3N5LA 4BDOA 3PU5A 2QS3A 1BKAA 4RYAA 4WEPA 4FATA 3GBBA 1S7YA 4XTCQ 5AA4A 3A09A 3QAXA 5CMKA 2WOKA 1USYE 4GIZA 3DP8A 1MH3A 4LATA 4F19A 1DMBA 4MLVA 4LZ8A 4LZ5A 4OTEA 4LONB 4ESXA 2HXWA 3T93B 3E4RA 3T9UA 1PBQA 4THIA 3G3FA 4U23A 2RC7A 5TPAB 4NF8B 3FJGA 3TKDA 1DTGA 2QPQA 1JW4A 3WAEA 3KG2A 3RN8A 3S9MC 4QF9A 4I8CA 4FJPA 2DS9A 2UXAA 1QKBA 4F22A 4E0WA 3G3GA 5F1QA 1M5BA 4GL0A 4RPOA 2VP1A 3KJTA 5FTHA 3OSRA 1SI0A 1OMPA 3IB1A 3Q29A 3S9NC 3ODBA 2O7UA 1D4NA 4GXSB 1B3LA 4NTLA 5BWJA 1N3XA 1B6HA 4IGTA 3KFMA 1LBBA 3IORA 3OO8A 1VFEA 2PMSA 4YAHX 2F34A 1PDAA 1Z7NE 5TPAA 4NF8A 3HSTA 5AE4A 3VXBA 3RUMA 2F6PA 2V3TA 5AA3A 5CBSA 2M8CA 2X26A 3R26A 2DVCA 4F31B 5L9MA 3KOTA 3RT8A 3PUZE 2B4LA 3C9HA 4WKMA 3OO7A 1VSOA 3E13X 2YJPA 1XC1A 4U22A 3C31A 4F1VA 3FXRA 3EHTA 2FNCA 4FORA 3VDFA 4HW8A 2PVUA 1PB7A 3KSJA 2F5XA 1YAEA 2P2AA 2CZLA 1I6BA 3CSGA 1LFIA 3OO9A 1Y1MA 3MJNA 1TXFA 2THIA 5H8HB 4BDQA 3CG3A 2O84X 3IO6A 4H5FA 3FJMA 1FQFA 3A3UA 1DPEA 1WVJA 3QSLA 2Q88A 1POTA 4GOTA 3K02A 3PUXE 4MLQA 3PPRA 5AA1A 4KI0E 1N3WA 1OLAA 1B7HA 3Q26A 1FTKA 2KLFA 3UN6A 2NOOA 2ZXTA 3U8QA 2ZYKA 1FCKA 3JV9A 2Z22A 4GWOA 4ZEKA 2F8DA 4ZEBA 4QFPA 2ZNUA 1NH8A 1S50A 1XS5A 5L9SA 2DWJA 2XXQA 4OYVA 1B05A 1T0KA 2OWSA 3B7DA 1SYIA 3IB2A 1PB8A 5H8HA 3OEMA 2F7BA 4EUOA 3C34A 4ZEFA 1LBCA 2E1SA 3LVUA 4GVOA 3TZAA 2QS4A 2Z8DA 2DXYA 4KYEA 3LSWA 5IAIA 4QSEA 1OVBA 3DRIA 1MH4A 5I84A 4KFQA 1B51A 4O3AA 3PUYE 4NF6B 1N0TA 3K6UA 3KN7A 2NUVA 1D9VA 5F7VA 1B5HA 5DTBA 1TT1A 3MQ9A 3HPIA 1B32A 3M3KA 1UQWA 3C33A 4R6HA 3VLWA 1MRPA 1ZTYA 4ONYA 3ECRA 1B46A 2H25A 4F1UA 2QRYA 1OVTA 3MBPA 3MP1A 4JB7A 4F2OA 3QUFA 3L6GA 3MWBA 3ILUB 3RTWB 4JSDA 1B3HA 3R6UA 3QYTA 1QUKA 3TEPA 2OLBA 5H8NB 4DDDA 3Q27A 1MG1A 2ZNTA 2Z8FA 1AL3A 2ANJA 2Q2AA 2F35A 1LAHE 2XXVA 2ONRA 4XKPA 1MXVA 3PGFA 1FTMA 2I4CA 1MXWA 2HCAA 2F97A 3VLVA 4JSOA 1UIVA 1URDA 5H8QB 1FQAA 1PC3A 2V3QA 3L6HA 1DOTA 5I2NB 3E9XA 4NF6A 2IA4A 5JTYB 4IO2A 3DP6A 3HO7A 3MVYA 2GHAA 4H8IA 3FATA 3OSQA 4KR5A 2O1LA 1NH7A 4IO5A 3CFLA 4ELPA 2OCUA 1IQ7A 2XXUA 1H76A 3MVXA 3K1PA 4F3GA 1B3EA 3FV2A 2H5YA 2Y7PA 4RNSA 2GRVA 4POWA 2H9BA 5CM6A 2V25A 5H8NA 3FVOA 3GXAA 3VVFA 5L8DA 1WODA 2RCBA 2BJJX 3B6QA 4OVJA 4HTGA 4YMAA 2H98A 1JW1A 2REGA 4GLIA 5H8QA 3C32A 3MP8A 5L9OA 4YB5A 4G8MA 5JTYA 2HZLA 4U21A 3N6TA 1A7LA 1SW2A 1ATGA 2GFEA 3H03A 5I2KB 2O7IA 2UVIA 4QFOA 1A55A 3UA8A 2G93A 2UVJA 4MF3A 1LGBC 3O97A 1IITA 4DCYA 3BKIB 4RPNA 4ND9A 3RGYA 5ICQA 4OHNA 3EN3A 4IB2A 2VD3A 4YKKA 4ZZEA 4ISUA 3TCGA 2Q9TA 2IEEA 4R73A 3WAFA 5HM4B 3W9WA 5KDTB 1MM6A 4R2FA 1BIYA 1A54A 3S2VA 3U92A 4JWOA 5AA2D 2DWHA 5B70A 4Q8RA 3R7XA 3IOUA 3LC8A 4TOZA 4OFOA 4IO4A 3LBSA 4H0WA 4FE8A 4PFUA 1FQBA 2XX9A 4KCCA 1H45A 1B9JA 3EF7A 3KN3A 3MUQA 5I2KA 4EQ9A 3OXNA 4ELQA 1MM7A 1VFDA 3B6WA 3LSXA 2O51A 3Q25A 3HV1A 2AIXA 2B3BA 5AA2B 3OO6A 2DWIA 3IO4A 1B5IA 3USDA 1B40A 4AQ4A 4GF8A 2QL3A 1YPNA 1IUDA 4DXCA 3UIFA 5KDTA 1PB9A 3CR9A 2V93A 3V8XB 4EDPA 4P0GA 4QFLA 2HAVA 1P1NA 3VV5A 1Y4TA 1URSA 1B58A 1XVYA 1M5DA 3V89B 2PT2A 3MZBA 4I62A 1FW0A 5H8SA 3SKPA 3E3KA 4GD5A 4OWDA 4XIGQ 3T22A 1Y3PA 5DEXB 2OZZA 3MP6A 1VE4A 4BDNA 1JNFA 3TQWA 1BLFA 5DVFA 5FHMA 4O3CA 1EZ9A 2D3IA 4IY5A 4R72A 5I59B 4R2BA 1MQDA 5AA2A 5EHMA 4F1YA 4F18A 2I0CA 2Z23A 3EHUA 3K6XA 4F2QA 4ZE9A 5JK4A 3SERA 3ZSFA 3PPOA 4G4PA 1AMFA 3K1NA 1D3KA 2RC8A 2RKMA 3TUSA 1EH3A 3UGWA 3U72A 3QIMA 3PMVA 4JDFA 2R9JA 4HCYA 4MBPA 1QJMA 3VVDA 3RYBA 3G3KA 2AYSA 1O64A 2I4BA 3KSXA 1Y3NA 2DVZA 5DEXA 1XOCA 1A40A 3DRGA 1BP5A 5CMMA 3KBRA 1MXXA 4RXLA 2R6GE 1P1OA 3QXMA 4JXIA 3IB0A 4NMYA 3GBAA 3P7IA 2X7QA 5A5XB 5I56B 4F29A 3CIJA 3RTFB 2DYXA 4EF2A 2OK2A 4E0XA 1SW5A 4KPTA 1URGA 3DP4A 5CMCA 1FTOA 3VE1B 1ZBMA 1LAFE 1LAGE 1RYXA 1R1NA 1TFAA 3H4ZA 2FYIA 4R9FA 4QSCA 4HS7A 3DM0A 1YTVA 4QHQA 4YICA 1FTLA 2WOPA 3IR1A 4PFYA 4F3PA 4H1XA 2HAUA 2D5WA 1FQDA 2XD3A 1B5JA 2RINA 2NVUB 1HSLA 3U93A 2Y7KA 4YMBA 1B4HA 2QSXA 1EZOA 1LB8A 3OENA 5EYFA 3OD7A 1SD3A 1TWYA 3HHFA 3CHGA 5A5XA 5I56A 2DWAA 3H7MA 5TU0A 4RJZA 4OETA 1Y1ZA 4PP0A 1FTJA 4ELOA 3DRKA 1Q1KA 4C1UA 2Y7IA 5DVIA 2DQVA 2XXWA 3S4UA 1SW4A 4G68B 1P1WA 1B1HA 1MXUA 3MZ1A 3SEVA 1I6AA 2P1SA 1LFGA 4OZ9A 1MY1A 3O6GA 3TTKA 2ZMBA 2O68A 4IO3A 2E0SA 5CMBA 2Y84A 3OMBA 2WOLA 3CSBA 1MXZA 1R9LA 4IO7A 3IOTA 4DIGA 1MXYA 4Q30B 3ZKKA 4NWDA 3BFTA 4C1TA 1IIWA 4BDRA 3IJXB 4U2RA 4ECFA 3I3VA 2B4MA 1ZLQA 4H67A 1QULA 4LQ5A 5ELVA 4KHZE 4TLLB 1JEUA 3PV0E 2DE3A 1US5A 5DYHA 3OOAA 1MQIA 4G68A 1MPCA 3B6TA 1LCFA 1II5A 1Y4CA 4EQ7A 4XKRA 3TFLA 3FXQA 3THIA 2XXIA 1MPDA 3RPWA 1IXGA 5CI5A 2XX8A 4IO6A 4LZ7A 1DSNA 3M3FA 3C35A 4DZ1A 3IL1B 3FVKA 1A8EA 5ITOA 4UACA 3MW0A 4DLDA 4DXUA 3I5OA 3H6WA 1MQJA 2XXRA 4GL8A 2HZKA 1EU8A 4H5GA 3RYAA 3BBRA 1QW0A 2ONSA 1WDNA 1Y9UA 4DE8A 3U94A 1XVXA 3T9HB 4FIMA 3K00A 4G77A 1H3DA 4MH5A 4F3BA 3FTOA 1L5TA 4NE4A 3T9XB 4RK9A 1FQEA 5J1DA 4OESA 3DRFA 2O69A 5TP9B 5I57B 1P99A 3CI8A 3H6UA 3H6VA 1UTHB 3RT6B 5K2XA 1O63A 3C36A 3SETA 4EF1A 2QS1A 1LAXA 4YKJA 2PX1A 5FHOA 2H99A 2UYFA 3EPEA 1IXHA 2Q2CA 1JQFA 5I2NA 4GXAA 1B4ZA 3DLNA 1MQHA 4X1BA 3DELB 1N76A 2O1MA 1O7TA 1OQHA 2ALUA 4QFKA 5FTIA 3KEIA 1R6ZA 3PD9A 4N07A 2HFBA 1MY3A 5CBRA 2Z8EA 2O6AA 3T66A 3FUZA 1H44A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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