1B52A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with ktk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
515
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTAPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 188
structure length 515
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b52A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b52A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b52A02
2RCBA 3T9VA 2Q2CA 5I56A 1B7UA 4U22A 2B4MA 1VSOA 2I48A 4G8MA 3A3CA 3FVKA 3FATA 2O69A 1M5CA 3TCGA 2Y84A 3K1MA 5H8QA 1DOTA 1S50A 2THIA 3RYAA 3VDFA 3PPPA 4YKPA 1S7YA 4XIGQ 3VVFA 1B7ZA 4NF4B 4ECFA 1TFAA 2DVCA 3QK6A 3IJOB 1MY2A 2I4CA 2QL3A 3VFJA 1IEJA 1LCFA 3KN8A 4G8NA 4R2BA 3B7DA 4KPTA 1P1QA 2ZNTA 3CSGA 4C1TA 3O6HA 1POTA 3HSTA 3UP9A 3C4MA 2I0CA 2ZMBA 2Z22A 5I84A 2O7UA 4TOZA 4TLLB 1IXHA 2DYXA 2AIXA 4G68B 2Y7WA 4GLIA 1ZMGA 2VHAA 2H4IA 3OELA 3BFTA 4EF1A 3S9NC 1UTHA 4N13A 3QUJA 4F18A 4OFOA 3MC2A 4JWXA 2XX7A 2HCAA 3D4GA 3H4ZA 1ZU0A 2DVZA 1QKBA 2F35A 3FD3A 2VP1A 3MAMA 4R9GA 2GH9A 3KN7A 2R6GE 5AA1A 3TZAA 5FTIA 1XVYA 2P1SA 4XKNA 2QS2A 1LFIA 3IO6A 4ZEFA 1J1NA 1FW0A 4LATA 1F9BA 3KJ7A 1USYE 5B7DA 1HSJA 5KCJB 2Y7RA 4IO5A 4WXJA 3RGYA 4ZS9A 1MDP1 2OK2A 3C32A 2Z23A 3BBRA 1P1OA 2XXRA 3MQ9A 5J1DA 2H99A 4K3FA 1DSNA 4OVJA 3L6HA 4DCXA 1ATGA 2HZKA 2DSFA 3KSJA 3GLBA 1P1NA 2W7YA 5L9MA 4GL0A 3E13X 4Q8RA 3PGFA 4RY1A 3PUWE 3PPQA 1PB8A 3QUFA 3TQWA 3RUMA 2DXRA 4DZ1A 1M5EA 2RKMA 3R26A 5AA2B 3ZS6A 4G4PA 4PFYA 4H1XA 1A7LA 3T9HB 2GFEA 1N3XA 4NWCA 3WAFA 2F97A 3K6VA 5HM4B 5HPQA 5H8FA 1A55A 4X1BA 4RPNA 2IA4A 1XOCA 4BDMA 4FEBA 3IK6B 2QJEA 1R9QA 5I2NA 2I0BA 4LA9A 4RJZA 1OQHA 2Z8FA 3M3KA 2H25A 3W9VA 5CMKA 4RK9A 3MW0A 1MY4A 5ICQA 3UK4A 4QSDA 1NNPA 2Q88A 4DCYA 4LONB 2G29A 4TQUQ 4JSOA 4IO7A 2F7AA 5DVJA 2DWIA 4F3GA 2Q9TA 3C9HA 5DEXB 2H98A 5K2YA 3ZKKA 1TFDA 3RPWA 4EQ9A 1I6AA 3MZ9A 4F3SA 1NH8A 1OMPA 4H67A 2OBGA 1FQAA 4F22A 1N7WA 3MVYA 1PBQA 5AA4A 3UA8A 1JEVA 4O3BA 5CM6A 2D21A 3IOTA 2HAVA 4C0RA 3RYBA 3IORA 1PBPA 3G3HA 3MVWA 4DIGA 1P1UA 4F2OA 4LQ5A 1T0KA 1BLFA 3E3KA 4AB5A 1LBBA 2PT2A 4QSCA 1N76A 2UXAA 5H8NB 1MXWA 2O51A 1FTMA 3FXQA 1PDAA 5CRYA 4ZE8A 1DPEA 3LSFB 3TCFA 1MY1A 4F1VA 2DE3A 2VD2A 4ZEBA 2UVHA 4I62A 4U4XA 1B4HA 3MVXA 2UYEA 3LBSA 1B3HA 4GL8A 2DWHA 3RTFB 4MH5A 3N94A 3OSQA 3GZGA 2QMWA 3MVZA 3H7MA 2X26A 4R6KA 3UN6A 3IJXB 1II5A 5I56B 1PC3A 2Q89A 3C33A 3S2VA 1MRPA 4BDLA 3V83A 2ESNA 1A99A 4H65A 2VD3A 3A3UA 2NWJA 4IY5A 4ONYA 3MP1A 4BDQA 3FXUA 2H9BA 1MXZA 5EHSA 4F31B 2DQVA 1EZPA 3M3FA 3QSLA 1KWHA 5K2XA 2BJJX 4XKQA 2OLBA 1B40A 2FYIA 3V89B 2P2AA 1Y3QA 3FV1A 4E0XA 2DOJA 4JWOA 3VV5A 1JW1A 4JSDA 1SQYA 1N0TA 3PAMA 2ZYNA 3HN0A 4OEUA 3EPEA 1LB9A 3K6UA 3E9XA 4YKJA 1WDNA 1QUIA 3ZKLA 4FECA 2ALUA 1IZ1A 4XKPA 4R9FA 1XVXA 3IX1A 3LC8A 4F39A 3DRJA 3N6UA 4KR5A 1JQFA 1B0LA 4PQJA 1DTGA 1EH3A 4P11A 4EXKA 3T93B 3U8QA 2XXUA 3ONMA 3CFXA 4LVQA 1M5FA 4IO4A 5M2VA 1Y4CA 3K1PA 4NF6A 1UTHB 4DDDA 3IAZA 2F6GA 1QUKA 3IL1B 1TWYA 3QAXA 3JZJA 3MP8A 1LFGA 1IITA 2O7IA 2WOKA 3U94A 2DE2A 3B6TA 3RT8A 2Z8DA 3SEXA 4ELRA 2ZYMA 4ZEIA 3OO7A 3G3JA 3HO7A 4OZ9A 2LAOA 3IB2A 1LBCA 3FUZA 3PUYE 3CI8A 1NL5A 4OFLA 4POWA 3G3FA 2PMSA 3R7XA 1LAFE 1N04A 4DXUA 1XS5A 2X7PA 4BLAA 1JVYA 1D3KA 1MXYA 4QFPA 4G68C 4QFOA 3IB1A 1MPDA 2ONSA 1FQDA 1Z7NE 4OERA 2B3BA 3PUXE 4BDNA 2Q8JA 5IKBA 1PB9A 5FHNA 4RNSA 1R1NA 4G77A 1I69A 5I58A 1DMBA 1Y3NA 4U1OA 3O6PA 3QYTA 2I3VA 3FASA 1RYXA 2ABHA 4OHNA 3LUYA 1URSA 3CG1A 1QJMA 4TLMB 5DVIA 1QUJA 4JDFA 1LGBC 3DRKA 3IOWA 4QFNA 3PUVE 1MG1A 3TMGA 4OETA 3PD8A 5CC2A 1B32A 4RYAA 4QF9A 3ODBA 3S9MC 1VR5A 3MPLA 5H8FB 2XD3A 3DP4A 1FQCA 4FATA 2F7BA 4RK2A 1JNFA 2Y7KA 3FVNA 5I2NB 1HSLA 3PPRA 2HQ0A 1N7XA 1B52A 4KYDA 2PX1A 1GR2A 3UORA 1TXFA 1P1WA 4YU0A 2XXXA 3PPNA 5EHMA 3WAEA 2P0SA 3W15C 1Q35A 1YCJA 4WKMA 4F29A 1IXGA 4KYEA 4F2QA 1M5BA 4OTEA 5JEIA 1MQIA 2IEEA 1QVSA 4HS7A 1Y20A 3C34A 1Y1MA 2OJTA 3A09A 1MY0A 4N6PA 1M5DA 4OMBA 4OEVA 2HXWA 4KD5A 1BKAA 3TCHA 1CE2A 3LSWA 3PMXA 3EF7A 3FVGA 2I3WA 4OESA 2GHBA 3EHUA 3V5AA 3T9XB 1US4A 4QFLA 1I6QA 3C35A 4F1YA 1JEUA 1MS7A 2HEUA 1L5TA 2E0SA 2YJPA 4ZE9A 4F19A 1US5A 2NUVA 4H8JA 3PU5A 1SW4A 1MXUA 3Q26A 4RXLA 5AE4A 4HCWA 1TT1A 4GXSB 1URGA 5I2KA 1SI0A 5IAIA 5ITPA 5TU0A 3BFUA 4FJPA 4LZ8A 1NNTA 5H8HA 1SW1A 4O3AA 1XT8A 4IO6A 4X9TA 2DWJA 4GQOA 5ELVA 3K6WA 2XXQA 3KOSA 1B7HA 4MLQA 3UGWA 1ZIUA 4H8IA 1GGGA 4DXCA 2VGQA 1IXIA 3FVOA 1LB8A 4ZEKA 2O68A 1FQEA 3TTKA 4DE8A 3HCQA 1FTJA 2V25A 1O7TA 3HHFA 1XC1A 2AYSA 3K00A 3G7WA 3KG2A 1ZJLA 1IIWA 2Q2AA 4AQ4A 3I6VA 2I4BA 3O66A 4GXAA 1H45A 3FZVA 4DXBA 4KI0E 4U23A 4Z0IA 2A5SA 1SD3A 4GF8A 1GTKA 2QMXA 1H76A 3GBBA 4HTGA 1B1XA 3U92A 5ICTA 4IGTA 4U21A 1H43A 3EN3A 1MQJA 3HPIA 3KZGA 3TODA 3DM0A 3MP6A 2OZZA 5I59A 3VXCA 3TQLA 3TYHA 3H6VA 4ISUA 3K4UA 4PFWA 3AXFA 1JW4A 1H3DA 2DXYA 3R6UA 2M8CA 2V93A 1AL3A 1OVBA 3QXMA 2X7QA 3KEIA 1B3EA 1ELJA 3THIA 3GBAA 5H8SA 3TDJA 2RCAA 4R6HA 2WOLA 3OOAA 2FNCA 4G2ZA 1UTBA 4R6YA 2NXOA 2NOOA 4OXVA 1WVJA 4NF6B 2XXTA 3TPAA 4O3CA 4YICA 1LAXA 3FJGA 1VFDA 1NKXA 1SW5A 3U1OA 1OLAA 4L17A 5F7VA 4OFJA 1A8FA 1B05A 1MXXA 2GHAA 4NF5A 1D9YA 4H5FA 1EU8A 3N26A 3IOUA 3SEUA 3GXAA 3DLNA 1A8EA 4R74A 4XTCQ 4Z7EA 1CB6A 3RY3A 4KCDA 5H8QB 3MWBA 2XD2A 2D3IA 3OMBA 4NF8A 4EQBA 3DRGA 4FAJA 1BIYA 5JTYA 3DRHA 4YB7A 3VE1B 2V3TA 1OQGA 1B3FA 4RA1A 2XXYA 3G3GA 3HV1A 5EYFA 1S9TA 3W9WA 2H5YA 3TTNA 3G3KA 1LCTA 5I58B 3BKIB 3B6WA 1FTOA 4IO3A 3PV0E 4F3PA 4ZEDA 4LZ7A 1B3GA 3MZBA 1LLSA 4LQ2A 4ELOA 2Y7PA 3K2DA 5AA3A 3EQ1A 3MJNA 1B5HA 4NTLA 1FQFA 3TTLA 1FQBA 1MH3A 3CVGA 4YMBA 1NH7A 1LAHE 2ZXTA 2ONKE 3H03A 3USDA 2PBWA 1YAEA 3KGCA 4ESXA 2PT1A 4QRZA 3M3LA 3CSBA 2RC7A 4OENA 4QFKA 3O29A 4UA8A 2ZNUA 3VVEA 2XHDA 5FTHA 4ELQA 3V8XB 1MM7A 3RN8A 3VLUA 1B46A 1ZTYA 1OVTA 4MF3A 3K1NA 3B6QA 5ITOA 2PYYA 4YKIA 1FTKA 3OSRA 3O2AA 5TP9A 2OCUA 2XXIA 2F34A 1EZ9A 2F6PA 2DS9A 4MBPA 4XXUA 2DE4A 3P7IA 4BDRA 1IQ7A 4ZECA 1MXVA 1Y3PA 3IB0A 1R6ZA 1UQWA 3S4UA 5CBRA 1B1HA 1MPBA 4F3BA 3SKPA 5KDTA 3Q28A 3SESA 1ANFA 1B5JA 4I9DA 3CR9A 3TTRA 2F78A 3OD7A 3K01A 4P0IA 4IY6A 4F1UA 3KBRA 2R9JA 5BWJA 1URDA 2FA7A 5CMMA 3FIRA 2HZLA 4LUBA 5AA2D 4YB5A 2ZNSA 2Y7IA 4H5GA 3TAJA 3U72A 4R72A 1UIVA 2QS1A 4H0WA 1NNFA 1B4ZA 2QS4A 5I2KB 4FORA 4U2RA 4PFTA 3I5OA 1D4NA 3IR1A 2I6EA 2QS3A 4LZ5A 1YPNA 4YKKA 3FJ7A 2HFBA 5I57A 5H8HB 2PVUA 1PB7A 1QKAA 3RQTA 1YTVA 3TEPA 1MH4A 3E4RA 3IO4A 4THIA 2XXPA 3HHGA 3KJTA 3SEYA 1QW0A 4I1DA 4KFQA 3SERA 5CMCA 4GRKA 1RYOA 3Q27A 3JV9A 3CHGA 4KCCA 4X48A 4YAHX 3IOVA 4QHQA 4ELPA 5TPAA 3H6UA 3FTOA 3OEKA 1B3LA 2QPQA 1IUDA 2DP8A 2O1LA 2F7CA 3DP6A 1P99A 4YMAA 4XKRA 3TKDA 1BP5A 3S9EA 1O64A 4KQPA 2O84X 2RC8A 1UIUA 2A5TA 2ZYOA 5L8DA 4YZZA 4RPOA 3OXNA 3C31A 3K0VA 5KZTA 5I59B 2DWAA 5AA4B 5DTBA 5A5XA 4KHZE 2ANJA 2XXHA 1QULA 1SYIA 3OO9A 3S9LC 1SYHA 5L9OA 4Q0CA 3TFLA 3FJMA 4U4SA 4PP0A 1VFEA 1B6HA 2GRVA 1MPCA 1HSEA 4HW8A 4YB6A 2XX9A 1NFTA 1B2HA 1B5IA 4GVOA 3H6TA 4NMYA 3K02A 4EXLA 1PEBA 4LP2B 4JXIA 5F1QA 1OLCA 4EUOA 3TELA 1GV8A 2RF1A 2B65A 3KFMA 1UTBB 4NEDA 4POXA 4NF4A 3PMWA 3F11A 1JVXA 3LR1A 3DRIA 1ZBMA 1FTLA 3OEMA 4NF5B 3G3IA 2YPNA 4MLVA 2QRYA 4ZZAA 4OYVA 1Z7ME 3FGSA 1AOVA 3N6TA 3UIFA 1H44A 1R9LA 4PFUA 3MUQA 2XXWA 4OWDA 1EZOA 1GVCA 1LAGE 3CG3A 4DLDA 1Y1ZA 1NNKA 3LVUA 4NF8B 4GD5A 3CRBA 4JBZA 4G68A 2OWSA 5JTYB 1A54A 1B0HA 3T96B 2V84A 2RINA 1N84A 3VLVA 2XX8A 3EHSA 2OWTA 1WODA 3O6IA 3T66A 5L9SA 5CMBA 1B51A 2ZYKA 5DT6A 4E0WA 1USYH 4WEPA 4NE4A 1VE4A 4MFIA 2QSXA 4N07A 1SVXB 3DP8A 2Z8EA 1LFHA 3I3VA 4FE8A 4JB7A 4R73A 4JWYA 3RTWB 1MY3A 3PPOA 1OIBA 4IGRA 3L6GA 4WEDA 3ZSFA 5KCJA 3MZ1A 1SBPA 5HBCA 2G93A 2HAUA 4Q30B 4IO2A 3ILTB 3O97A 1ZKBA 3Q25A 3OO6A 4NWDA 2I58A 1DPPA 4G8HA 2REGA 3CFLA 3VVDA 4BDOA 4EF2A 2CZLA 2O1MA 3LSXA 4GWOA 4ZDMA 2AL5A 4EQ7A 3SETA 3CFZA 4I8CA 3VXBA 5TP9B 3LSLA 3TTMA 3PMVA 3PUZE 4M1VA 3N5LA 4Q5TA 5AA2A 3M8UA 4OQOA 3FV2A 4P0GA 2V3QA 3OENA 2AL4A 2KLFA 2F5XA 5KDTB 3KN3A 3Q29A 2UVJA 1Q1KA 2WOPA 1D9VA 5ISUA 1NMUA 1BTJA 2VOZA 3O28A 1A40A 3O9PA 1AIVA 2I49A 1MQHA 1Y9UA 4GOTA 3PD9A 3RNNA 3JYRA 3T22A 3ECRA 3ILUB 3K6XA 2B4LA 1I6BA 2F8DA 4X1DA 1SDXA 2XXVA 3VLWA 4M4GA 3D4CA 4C1UA 4PETA 1DTZA 2REJA 4AB6A 2UVGA 4GIZA 5DEXA 4ZZEA 4R2FA 2CMOA 4H6DA 1N3WA 1B58A 1MM6A 4FEDA 1JETA 1AMFA 3SDFA 5I57B 5DVFA 3KOTA 1RKMA 2D5WA 1B9JA 2R71A 2YLNA 1SW2A 5CBSA 4UACA 1XHYA 3RT6B 1MDQA 3CIJA 3O6GA 4QSEA 4U1ZA 4PE5B 3SEVA 5B70A 1LSTA 1O63A 2WKYA 3SEWA 3T9UA 3H06B 1IXCA 3FXRA 1AH5A 1Y4TA 3QIMA 4KYSA 3DRFA 2F36A 5H8NA 2RC9A 5TPAB 1MQGA 2E1SA 4FIMA 5FHMA 2V3UA 3KSXA 2UVIA 2B3FA 5FHOA 4IB2A 5CI5A 5LOMA 1SI1A 2NVUB 5JK4A 3OO8A 3U93A 1MQDA 3DELB 1JW5A 3MBPA 5BUUA 3C36A 2A5TB 2ONRA 3MPKA 2O6AA 2UYFA 4GFRA 3TUSA 1POY1 3EHTA 4HCYA 5DYHA 4ND9A 1FCKA 4R75A 5A5XB 4EDPA 3RLFE 3H6WA 3H3GA 4ESWA 1ZLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RCBA 3T9VA 2Q2CA 5I56A 1B7UA 4U22A 2B4MA 1VSOA 2I48A 4G8MA 2Y5KA 3A3CA 3FVKA 3FATA 3A29A 2O69A 1NV0A 1M5CA 3TCGA 2Y84A 1FPGA 3K1MA 5H8QA 1DOTA 1S50A 2THIA 3RYAA 3VDFA 3PPPA 4YKPA 1S7YA 4OA4A 2F3DA 4MCOA 3SZPA 4XIGQ 3VVFA 1B7ZA 4NF4B 4OVPA 4ECFA 4P9KA 1TFAA 2DVCA 3QK6A 5A5LA 3IJOB 1MY2A 2I4CA 2QL3A 2WBBA 3D1RA 3VFJA 1IEJA 3RYDA 4GX4A 1LCFA 3KN8A 4G8NA 4R2BA 3B7DA 4KPTA 1P1QA 2ZNTA 4HXVA 3CSGA 4C1TA 3O6HA 1JP4A 1POTA 2VPOA 3HSTA 3UP9A 3C4MA 4MEVA 2I0CA 2ZMBA 2Z22A 5I84A 2O7UA 4TOZA 4TLLB 1IXHA 2DYXA 2AIXA 4G68B 4PDDA 2Y7WA 4GLIA 1ZMGA 2VHAA 2H4IA 3OELA 3BFTA 4EF1A 3S9NC 1UTHA 4N13A 5IZ3A 3QUJA 4F18A 4OFOA 3MC2A 4JWXA 3T1BA 2XX7A 2HCAA 1EYJA 3D4GA 3FXBA 2QVRA 3H4ZA 1NI9A 1ZU0A 2DVZA 1QKBA 2F35A 3FD3A 2VP1A 3MAMA 4R9GA 2GH9A 4GX6A 1RDXA 3KN7A 2R6GE 5LTCA 5AA1A 5FTIA 1XVYA 2P1SA 3TZAA 2WX9A 2XA5A 4XKNA 2QS2A 1LFIA 3IO6A 4ZEFA 1J1NA 1FW0A 4LATA 1F9BA 3KJ7A 1USYE 5B7DA 1HSJA 5KCJB 2Y7RA 4IO5A 4WXJA 3RGYA 4ZS9A 1MDP1 2OK2A 4GWWA 3C32A 2Z23A 5ET5A 3BBRA 1P1OA 2FHYA 2XXRA 3MQ9A 5J1DA 2H99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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