1B5JA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kqk
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 185
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b5jA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b5jA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b5jA02
5CMMA 1DSNA 1SW4A 1VFEA 3JYRA 2ZNUA 5EYFA 1B3LA 5AA4A 4HCWA 3TQWA 1VR5A 4OFOA 2PBWA 4TOZA 3VVFA 3OO8A 3FVNA 1ZLQA 3T93B 3OSRA 2H5YA 4R2FA 5I56A 4OVJA 3A3CA 3PD8A 3Q27A 3DRJA 4XKNA 4POWA 1I6BA 3CIJA 2NOOA 2FYIA 4RA1A 3KBRA 4AQ4A 4ZEIA 4TQUQ 4BDLA 4WEDA 3SERA 2CMOA 2ZMBA 3CR9A 2B4LA 3EHSA 2I58A 3FV2A 4R6HA 3H7MA 2NWJA 1Q35A 1JVYA 4KQPA 3W9VA 4GXSB 1Q1KA 5LOMA 3C32A 3UK4A 2O51A 4EF1A 1WDNA 5ICQA 1OQHA 3K6UA 3I5OA 4N6PA 3VDFA 3T9XB 1D3KA 3PPNA 4I9DA 3FTOA 3ODBA 4F1YA 4H8IA 2Z8EA 1M5EA 3EHUA 3K6VA 4E0WA 1AH5A 3KJ7A 2Q8JA 2REJA 4F2QA 2ZXTA 4G68C 1SYHA 1EH3A 3SEVA 4DZ1A 2HZKA 2VD3A 3BBRA 5L9OA 5DEXB 1JEVA 3C34A 4QFNA 3IR1A 3CSGA 1HSEA 1MQHA 2F7CA 3E13X 1MS7A 2LAOA 3DP4A 2UVGA 1OIBA 1XHYA 3TTMA 1TWYA 3VLVA 2PMSA 2VHAA 2O1LA 1MXVA 4G68A 4OFLA 2Q2CA 3F11A 1B1HA 1QW0A 3R7XA 2RINA 3PUWE 4ZEFA 1Z7ME 3MZBA 4QSDA 4R72A 2V25A 5AA2D 2QPQA 4QFOA 1H45A 1GVCA 5H8QB 1XT8A 1PDAA 3N6UA 1NMUA 5EHSA 3MP6A 2XXVA 4H5FA 4H1XA 4EQBA 3DP6A 2RCBA 2H25A 4IGRA 1JETA 1A55A 4GQOA 3BFUA 3LBSA 3QUJA 1BLFA 1GR2A 4BLAA 1D9VA 4QFPA 4LUBA 4DE8A 3OENA 3VVDA 4JBZA 1NL5A 1YCJA 3V5AA 2DWIA 2Y7KA 3LR1A 3LSXA 1XS5A 3QAXA 1T0KA 5CMKA 3SESA 1B40A 2DVZA 1QVSA 2H99A 4MF3A 1IXIA 4U4SA 1OVBA 4FATA 1A99A 1Y20A 1MQDA 3IB1A 5ELVA 3HSTA 3PPRA 2UYFA 3DRKA 4OENA 1MY2A 1A8EA 1H44A 3BFTA 2XX8A 1N76A 1PEBA 2FNCA 4NF8B 4O3AA 4GFRA 5JK4A 3O29A 4OXVA 4Q0CA 1B1XA 3PPOA 4FE8A 4YKKA 3IOTA 5AA3A 4IO6A 1EZOA 3LSWA 3O6HA 5H8NA 3FV1A 4RPOA 3IO6A 2V93A 3IB2A 4IY5A 1B5JA 3FJMA 1SD3A 5H8SA 2X7PA 4NF8A 3SEUA 3ECRA 1Z7NE 3KG2A 1VFDA 4LATA 1ZKBA 1MQGA 1AOVA 4LA9A 5H8HB 2A5TA 4POXA 1N3WA 2XHDA 4DCYA 4EQ9A 4N13A 2QRYA 1MPDA 4YAHX 1LBCA 3RYBA 4ZE9A 1PB9A 4MLVA 2GHBA 5L9SA 2QMXA 1FQDA 3T96B 2E1SA 4M4GA 3MQ9A 2OWTA 4YZZA 1ZJLA 3CFZA 1CE2A 1S9TA 1FQEA 1B2HA 2RC7A 2HXWA 3QSLA 5H8HA 1SYIA 2I49A 3IB0A 4NF6A 3GBBA 2QS4A 1IZ1A 2ONRA 4P11A 4ZEBA 3P7IA 3QIMA 3GZGA 4OERA 1FQCA 3B6TA 4HCYA 4NE4A 3M8UA 1IXHA 4FIMA 1BKAA 4FJPA 1OLCA 4R6YA 4H65A 3KOSA 4QSEA 1MXYA 1UQWA 3H06B 3HCQA 3RUMA 1QJMA 2X26A 3FVKA 3H6VA 2WOLA 2PYYA 3TYHA 3R26A 4XKQA 3W9WA 2OLBA 2QS2A 4PFYA 1O7TA 3FZVA 1USYE 3N94A 2PT1A 3KJTA 3FD3A 3B7DA 4NF4B 2DE2A 4RPNA 3WAFA 4AB6A 3CG3A 3S9EA 3K0VA 4H67A 4Q5TA 3EHTA 1MQJA 3T22A 2NUVA 3L6GA 1MPCA 4F3BA 3TELA 3TEPA 1DMBA 4X48A 4KYEA 2XXIA 4WKMA 4RY1A 3S9MC 2W7YA 1BP5A 1P1UA 3K00A 1XC1A 4KI0E 5AE4A 5AA1A 3E9XA 3U93A 2DXYA 3MUQA 2RC8A 1N3XA 4NF4A 1JVXA 3UIFA 2I6EA 1M5CA 1B4ZA 1EZ9A 4YB5A 1JW4A 2A5SA 5IAIA 5TPAB 1ANFA 1B7UA 2XXXA 4YB7A 4L17A 4LQ5A 3IOUA 2Y84A 3PMXA 3HHFA 1LAFE 1O63A 2Q9TA 2DS9A 3FJ7A 4C1TA 3M3KA 4YMAA 1UIUA 1PB7A 4EXLA 3C31A 4XIGQ 4THIA 5AA4B 1UTHB 1N84A 5B70A 1XVYA 4WXJA 3RQTA 4NWCA 3M3FA 5TP9A 1H3DA 3O6PA 3JZJA 2ANJA 3S4UA 3LVUA 1MM6A 1LLSA 1B3FA 4FAJA 5J1DA 4I8CA 4JWOA 1FW0A 4DXUA 3KN8A 3O2AA 4X1BA 2ONKE 1B5HA 4H5GA 4PQJA 1DPPA 4LZ7A 1UTHA 4G8NA 1MY1A 1Y9UA 1P1QA 4G4PA 3CRBA 3A09A 1SDXA 3IL1B 4IO3A 3OEMA 5ISUA 3K1NA 1ZIUA 5DVFA 3EF7A 1R9LA 4OQOA 1RYXA 2GHAA 2AYSA 4OETA 1O64A 1LB9A 1LAHE 1RYOA 2XXUA 5KCJA 2GFEA 1B7HA 1URSA 3KSXA 1NNTA 2XX7A 1B3GA 4YKPA 2HAUA 2B3FA 4Z0IA 1Y1MA 1B4HA 1LSTA 4KR5A 4GF8A 2DOJA 3PD9A 3DRIA 4GWOA 1MRPA 1B52A 3MPLA 3IK6B 3T9UA 1B6HA 2O84X 5M2VA 3CSBA 4ZS9A 1B05A 1PC3A 4PFWA 2Q2AA 2Z8FA 3DRHA 4QFKA 3JV9A 2QL3A 1IEJA 4OWDA 1P1WA 3O6IA 4U23A 3EQ1A 2VD2A 3CFXA 1NH7A 4BDNA 2OZZA 5K2XA 5I59A 4G68B 1FCKA 4ISUA 1S50A 4YB6A 3U8QA 2G93A 4FORA 3B6QA 3C33A 3CVGA 1UTBB 3RYAA 2THIA 3QXMA 2CZLA 4U4XA 3HO7A 3KN7A 1URGA 4F1VA 3O28A 2YPNA 4X9TA 4KCCA 4TLMB 2UVIA 3TUSA 4QHQA 3PMVA 2M8CA 3PUYE 2I4BA 1MG1A 3DP8A 1XVXA 2F6GA 3PV0E 1UTBA 4DDDA 5JEIA 4UACA 3FXUA 1VSOA 3I6VA 2AIXA 1Y3PA 2HCAA 4YKIA 1PBPA 1LGBC 4R9FA 2RC9A 3MVXA 3B6WA 5L8DA 1OMPA 3G3HA 4OTEA 3VVEA 1IITA 1B7ZA 1D9YA 3MBPA 1A7LA 2V3TA 3TAJA 5I2NB 2Q88A 3MVWA 4N07A 3DLNA 4NF5A 3T9HB 2F5XA 3OOAA 3RTFB 1FQBA 4M1VA 3QK6A 3DELB 3S9NC 1MPBA 2DWAA 4GLIA 1IIWA 4NTLA 2V84A 3D4GA 2F97A 2Z8DA 5A5XB 1WODA 3FJGA 4O3CA 4GRKA 2O7IA 2R9JA 2D21A 3CG1A 3OEKA 3SEWA 4XXUA 5I2NA 3SDFA 4YKJA 5K2YA 4RK2A 2I3WA 5BWJA 5ITOA 3GLBA 3ILTB 3O66A 4F18A 5H8NB 1NFTA 4F22A 3K1MA 1LFGA 1DOTA 3C36A 5CBRA 2OCUA 5A5XA 3V8XB 5I2KA 4U21A 1SI0A 4EF2A 1JW1A 2XXQA 3O9PA 1B3HA 1YTVA 3ILUB 2I0CA 4G8MA 2IA4A 2A5TB 4JXIA 2H98A 3RPWA 1FTKA 1VE4A 2I4CA 2XXYA 3QUFA 4QF9A 1SW2A 1ATGA 2UVHA 5CMCA 3TKDA 1AIVA 2E0SA 4YU0A 3MJNA 3MVZA 2XXTA 4P0IA 1ZMGA 1EZPA 3U94A 1LAXA 3OD7A 2OWSA 4YICA 1SW5A 4C1UA 2R71A 1H43A 1P99A 4XKRA 1TXFA 4NF6B 1N0TA 4XTCQ 3RLFE 3IJOB 2HZLA 2DQVA 4IB2A 1AMFA 2OK2A 3TCGA 1EU8A 3VLUA 1FTMA 1MDP1 2V3UA 3D4CA 2D3IA 1IXCA 3TCHA 2PX1A 5B7DA 3UN6A 4R73A 4LZ8A 3UA8A 3LSLA 5JTYB 3G3FA 2Z23A 1PB8A 4RJZA 4HW8A 5KDTB 4DIGA 3N6TA 5L9MA 3K02A 3TTRA 1MQIA 2DP8A 2AL5A 5FTHA 3MWBA 3H3GA 3C9HA 4IO7A 1BTJA 4C0RA 1A8FA 5FHOA 3VXBA 5JTYA 4R75A 5FHNA 4F39A 5KDTA 2DWJA 1MXZA 5H8FB 4H6DA 4FECA 4H8JA 5DTBA 1FQFA 3FASA 5CI5A 3SEXA 4JWXA 4F3PA 1LCTA 4GOTA 4LQ2A 4ZZAA 1URDA 2R6GE 5DVIA 3A3UA 3HN0A 1QUJA 4QRZA 1SVXB 2GRVA 3U92A 3MP1A 1A54A 3RNNA 4GL8A 2HFBA 3BKIB 1MY3A 4EUOA 3TODA 2ABHA 2F7AA 4ONYA 1N04A 2NVUB 1A40A 2HQ0A 1D4NA 1US4A 5H8FA 3K6WA 3ZS6A 1R6ZA 3V83A 3EPEA 1FTJA 1DPEA 1I6QA 2WOKA 3GBAA 5TP9B 4ZEKA 1XOCA 1GTKA 2G29A 2QSXA 3K1PA 3Q25A 1TFAA 1OQGA 4ZDMA 3K4UA 5CM6A 1JW5A 1N7XA 3THIA 1ELJA 3IJXB 3WAEA 2H9BA 2VGQA 1LB8A 4ZEDA 2XXRA 2O6AA 5I58A 3PUZE 1MXWA 4X1DA 5ITPA 3Q29A 5CBSA 3PGFA 1FQAA 4BDQA 2RKMA 4KCDA 2Y7RA 2XX9A 4R74A 1WVJA 3GXAA 4EXKA 1B58A 4OEUA 1PBQA 4TLLB 5I57A 5HBCA 2DE4A 3KFMA 1SI1A 1KWHA 1R1NA 3VLWA 4FEDA 1JQFA 5KCJB 5AA2B 3UORA 3R6UA 3T9VA 3FGSA 3TPAA 3S2VA 5CRYA 5DT6A 4ELRA 1MY4A 3IO4A 2GH9A 3IAZA 3VV5A 3FATA 3K6XA 3CHGA 4WEPA 1SQYA 4H0WA 1Y4TA 2Y7WA 3S9LC 3H6UA 5AA2A 3KGCA 5BUUA 3W15C 3N26A 5I59B 1JEUA 5HM4B 4NEDA 1LFIA 2HAVA 2Y7IA 4OMBA 1NNKA 3U72A 1MY0A 3TZAA 2D5WA 2F78A 4G2ZA 4LVQA 1POY1 1MXUA 3IORA 1YAEA 4NMYA 2VOZA 4GD5A 1LFHA 2WOPA 4IY6A 3MZ9A 3FXRA 3UGWA 4ZZEA 4PFTA 3RY3A 1ZTYA 4R9GA 1R9QA 3MP8A 4RXLA 5DVJA 3E4RA 3V89B 2WKYA 3TTLA 4MH5A 4PE5B 1B51A 3FVOA 4LZ5A 1USYH 4EDPA 2DXRA 3HV1A 3AXFA 3LUYA 1FTOA 2Y7PA 1J1NA 3O6GA 4ESWA 4Q8RA 2ESNA 2AL4A 4HTGA 1MH3A 1P1NA 5TU0A 1N7WA 3K01A 1TFDA 1MDQA 2I3VA 2F8DA 2Q89A 4NF5B 1S7YA 1II5A 4BDRA 3K2DA 1NNPA 2F7BA 3C4MA 4RK9A 1OLAA 4KFQA 3L6HA 3PMWA 4XKPA 3FIRA 4I1DA 3G3GA 5DEXA 2F34A 4DXCA 2DWHA 3VE1B 2DE3A 4QSCA 3TQLA 2YJPA 1B3EA 1MXXA 3USDA 2QJEA 1B5IA 2ZYNA 3KOTA 2O7UA 1Y4CA 1F9BA 3H6TA 3U1OA 4JSDA 3TDJA 3N5LA 2X7QA 2DSFA 5I84A 4IO2A 3TTNA 4R2BA 4O3BA 1LAGE 5I2KB 4KYDA 2B65A 4G77A 2XXWA 1IUDA 4ZECA 4BDMA 2ZNTA 3ZKKA 1M5BA 3IOVA 1P1OA 5H8QA 3IX1A 5CC2A 3RN8A 5EHMA 3MW0A 3G7WA 1LCFA 2B3BA 3PUVE 4Z7EA 3HPIA 2OBGA 5KZTA 1UIVA 2VP1A 2YLNA 4GVOA 1ZBMA 4PP0A 4OHNA 1QKAA 4OEVA 3UP9A 1DTZA 3OMBA 4QFLA 4ZE8A 3E3KA 2P2AA 4UA8A 4F31B 1LBBA 3PPQA 2B4MA 3KN3A 4PFUA 1POTA 3OO9A 3PU5A 1H76A 4G8HA 2BJJX 4ND9A 4LONB 2ZYOA 3RT6B 3PAMA 1MH4A 2O1MA 2QS1A 4MFIA 4KYSA 3T66A 2O68A 2V3QA 1M5DA 1Y3NA 3HHGA 2ZYKA 4F3SA 3LC8A 4Q30B 4U1ZA 3G3IA 4EQ7A 1QKBA 4DCXA 5FHMA 2OJTA 3I3VA 2XXHA 4AB5A 1HSLA 3TTKA 3MAMA 3RT8A 3VXCA 4E0XA 1QULA 4ELOA 3ZSFA 3DRGA 5FTIA 3H6WA 5CMBA 1NH8A 4OYVA 3C35A 1Y1ZA 3OO7A 2QS3A 4YMBA 2Z22A 2KLFA 4PETA 3FXQA 3FUZA 4U1OA 3Q28A 1I69A 1NKXA 1MM7A 3OXNA 2NXOA 3O97A 1I6AA 1B0LA 4JSOA 4JWYA 3RGYA 4P0GA 4JDFA 4ESXA 1SW1A 4F19A 4GXAA 5F7VA 2I48A 3G3KA 2FA7A 3SKPA 3KZGA 3MZ1A 2REGA 3LSFB 1TT1A 4BDOA 4HS7A 3EN3A 4KD5A 4F29A 3DRFA 4IO5A 4F1UA 2I0BA 4OZ9A 3TMGA 1NNFA 4KHZE 4R6KA 3KEIA 4DXBA 4MBPA 5DYHA 4GIZA 3G3JA 3OELA 1CB6A 2UYEA 3CI8A 3PPPA 3H03A 3VFJA 4U2RA 4F2OA 2IEEA 4I62A 1B9JA 1QUIA 3RTWB 2ALUA 2ZYMA 4DLDA 2ZNSA 4KPTA 4IO4A 4RYAA 3MC2A 1DTGA 5IKBA 3CFLA 4RNSA 3FVGA 2QMWA 3QYTA 3IOWA 2H4IA 3Q26A 4MLQA 2F35A 3KSJA 1B32A 1L5TA 1QUKA 2PT2A 2RCAA 3SEYA 1AL3A 1B0HA 4ELQA 2RF1A 2DVCA 5I58B 2ONSA 2UXAA 3M3LA 1SBPA 3H4ZA 1JNFA 2PVUA 4ELPA 1US5A 2P0SA 3MVYA 1GGGA 2DYXA 1BIYA 1OVTA 2UVJA 3MPKA 4IGTA 5I57B 3TFLA 1IQ7A 1M5FA 1HSJA 2F6PA 4NWDA 4GL0A 3TCFA 3OSQA 4F3GA 3DM0A 1B46A 1RKMA 5ICTA 1GV8A 4LP2B 4U22A 1YPNA 3OO6A 4K3FA 4FEBA 5HPQA 1Y3QA 5F1QA 4ECFA 3PUXE 5TPAA 3ONMA 2HEUA 2F36A 2XD3A 4JB7A 4OESA 2XD2A 1ZU0A 2XXPA 1FTLA 3SETA 5I56B 2O69A 2P1SA 3ZKLA 4OFJA 1IXGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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