1B5JA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kqk
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 185
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b5jA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b5jA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b5jA02
3M3LA 3OSQA 5M2VA 2XXYA 2QS2A 5I2NB 4LZ7A 3AXFA 3LUYA 1R9QA 1IXHA 3PD9A 1XHYA 2OLBA 2R9JA 4X48A 2Z22A 4G8MA 3MZ1A 3FVGA 1DPPA 3P7IA 2RC7A 3C4MA 5EHMA 1SW4A 1M5EA 2Q9TA 1PBQA 3TTNA 1A40A 3G3FA 3MAMA 2O7IA 2XXPA 4DXCA 2DOJA 1P1NA 1B0LA 2DVCA 3KJTA 4AB5A 3ZKLA 2V93A 3M3KA 3FJGA 3DRFA 4R2FA 2IEEA 3RYAA 1SD3A 3VVFA 1VFEA 2PT1A 3TZAA 5JK4A 5AA4B 5I58A 4G4PA 3MW0A 4OWDA 1MG1A 2QS4A 2AYSA 4LZ8A 2I49A 2B4LA 1UTBB 4EUOA 1NH7A 3SEVA 2XXUA 3ILTB 4JDFA 3ODBA 4BDMA 2FYIA 4N6PA 1JVYA 3QAXA 3VVEA 2UXAA 2NWJA 3D4GA 3FV2A 1A55A 3K6XA 1BKAA 4R6KA 4F3PA 4G68B 1Y1ZA 5J1DA 4F39A 4IO4A 4U22A 3TTMA 4TQUQ 1P1UA 4QRZA 4FE8A 1B3HA 3UA8A 4ZZEA 4ZE8A 1OVBA 5AA1A 3E3KA 1LSTA 1H45A 4R72A 2D21A 2HFBA 1JEUA 1FTKA 3Q28A 3QIMA 1TXFA 1IITA 3H6WA 3EQ1A 1OMPA 4YKPA 4NWCA 1HSJA 3IAZA 2GRVA 2B4MA 4R6YA 3R26A 1VE4A 5DVFA 4KD5A 5H8QB 4FAJA 3DP6A 2CZLA 4RY1A 4ECFA 3MVWA 1B52A 1XS5A 1B4ZA 1MQHA 2H25A 2OBGA 1MXWA 3DP8A 3K2DA 3PUYE 5I2KB 3H06B 3VDFA 3K6UA 2HAVA 3IO6A 2RCBA 1URDA 3OO7A 2G29A 4QFLA 3S9LC 1JW5A 2VHAA 5TU0A 2O6AA 4Z7EA 1NNFA 1NKXA 5FHMA 3HN0A 2O7UA 3T96B 4MFIA 1BTJA 2VD3A 3IB0A 1LCFA 5KCJB 2XX9A 1N0TA 1IQ7A 5CMKA 2W7YA 4XTCQ 4ONYA 3OENA 1A54A 1NNKA 2OK2A 2ZNUA 4EF1A 3K4UA 4U21A 2A5SA 3FV1A 4HCYA 4YB5A 3N6UA 1DTGA 3PUVE 2VP1A 3T9UA 3H7MA 5FHOA 3G3HA 2PX1A 2QS3A 5I58B 2X7QA 3EHTA 1MXYA 3MP8A 1D3KA 4BDLA 4EXKA 3N5LA 1GV8A 4OXVA 4Q30B 1MDP1 1N84A 2H99A 4KI0E 1LBCA 2XXWA 3GXAA 3VV5A 3B7DA 3KZGA 4ELRA 3LSXA 5I56B 3OD7A 4ZZAA 4QFOA 4U1OA 2F7BA 3FATA 2QPQA 3MQ9A 2FA7A 1QKBA 1US5A 3K6VA 2ONKE 3LR1A 2I58A 3C33A 5HBCA 1N3XA 4F29A 1B51A 3FZVA 1B7ZA 1EZOA 4DDDA 3QSLA 1A99A 4JXIA 4F31B 4LQ5A 1MQGA 1TFAA 3E9XA 3RQTA 2QRYA 1Q1KA 1MH3A 4WEDA 3FJ7A 1LLSA 5DVIA 2F7CA 1JW4A 4ISUA 1Z7NE 1PB8A 3W9WA 4RJZA 4U1ZA 4F1UA 4DZ1A 3IORA 3HHFA 5KDTB 4I1DA 3TYHA 5K2XA 1LCTA 3SKPA 5H8HB 2H5YA 3S2VA 1MY4A 5JEIA 3S4UA 2VOZA 2RF1A 1GGGA 4MH5A 3PU5A 4L17A 3KFMA 5KZTA 3KN3A 4GL8A 3U1OA 3S9NC 1XVXA 3PUZE 2I6EA 4I8CA 1B4HA 1FQBA 4KR5A 2XXTA 1O64A 3IL1B 1VSOA 2V84A 3FXRA 5L9SA 1MY3A 2DSFA 1MRPA 1LB8A 1Y20A 3K00A 3RN8A 4OEVA 3DRIA 5LOMA 4ZEFA 1I6AA 1NMUA 1P1OA 3C35A 4H5GA 3TELA 3PPRA 3PUWE 3IK6B 3V89B 4G77A 3A09A 4KHZE 3FVNA 2Y7RA 2F5XA 2UVGA 3OMBA 4G8NA 4FEDA 4R6HA 5AA2D 3QXMA 3FXUA 3PMXA 2M8CA 3L6GA 3CFZA 2B3BA 2F6PA 2Q89A 1SI1A 4ZE9A 4U4XA 4H8JA 1TWYA 1UIVA 4RYAA 4ZECA 4OFOA 1FTOA 3FJMA 5DEXB 3PD8A 5H8NA 1LAXA 1MY0A 1SW2A 1N7XA 3PUXE 5FHNA 1BP5A 2QL3A 2REJA 4NTLA 1EZ9A 1ZLQA 3U72A 4G2ZA 4YZZA 1B3FA 2QMWA 2HZLA 1HSLA 3TCHA 4F2OA 4M1VA 4DIGA 5A5XA 5H8FB 2I4BA 5AA3A 4F1YA 4LZ5A 5I59B 3DRJA 3PMVA 5H8SA 3RY3A 3RGYA 3OSRA 4YB7A 4H65A 4TLLB 1IEJA 2Y7WA 4EXLA 3G3GA 1FQFA 3SETA 1M5FA 3MPKA 5CBRA 2OCUA 4EQ7A 5ISUA 3JYRA 1B32A 2HQ0A 3QK6A 2I0CA 3MZ9A 2O1LA 1B6HA 3DLNA 3UN6A 1MY1A 2VGQA 4MBPA 2XXVA 3CSGA 4M4GA 4NF8A 2I3WA 1Y4TA 5B7DA 3IX1A 4K3FA 5BWJA 2HAUA 1Y3QA 1BIYA 3CSBA 1MQIA 2XHDA 4OQOA 4Q8RA 1M5CA 3DRGA 2BJJX 2Y7PA 3ZS6A 3IO4A 3O6HA 4I62A 3KJ7A 3CI8A 2RKMA 1ZIUA 2P0SA 1MQJA 2PMSA 4IY6A 2NXOA 1AH5A 4XIGQ 1R6ZA 2YJPA 4H67A 2NOOA 1P1WA 2XD2A 3TDJA 2R71A 1FTLA 4O3AA 2DYXA 4PFUA 3RT8A 4FJPA 1MPCA 3JZJA 4C1TA 1N3WA 5CM6A 2IA4A 2DXRA 4BDQA 4JBZA 3QUFA 4GXSB 3RT6B 1I6QA 3KSXA 2ZYKA 3LVUA 4H0WA 2V3QA 4F2QA 2H9BA 4DXBA 3M8UA 4DCXA 3FVOA 1FTJA 3FUZA 1F9BA 3MVXA 3IB2A 3UP9A 4JSOA 4NF6A 3PV0E 3OEKA 3G3KA 2A5TA 4OMBA 5FTIA 3V5AA 2QSXA 3MJNA 4DE8A 1NH8A 4UACA 1R1NA 4GVOA 4OHNA 4ZEIA 1MM6A 3IOTA 3BFUA 3GZGA 1RYOA 1JVXA 4EQBA 4PQJA 1XVYA 4KYEA 2DS9A 5TP9B 3H6UA 1XOCA 3H6TA 4PP0A 5BUUA 5FTHA 4KQPA 2HEUA 2D3IA 4JSDA 2PYYA 1JQFA 3TTKA 4PETA 5CC2A 2O84X 3U92A 3FASA 2YLNA 4G68C 2ZNTA 4LUBA 4YKKA 2WKYA 1FTMA 4IGTA 2DWJA 1D9VA 1S7YA 3SEWA 3G3IA 3PPPA 3PPOA 1USYH 3N26A 4FATA 2F34A 3O66A 1PB7A 3IOWA 1SYIA 3OO8A 2GHAA 3PMWA 1QVSA 4R75A 4R74A 2PBWA 3C34A 4GXAA 3CR9A 4ZDMA 4YKJA 4R9GA 3SEUA 3R7XA 3FD3A 2AIXA 2ZMBA 3TUSA 4YAHX 4FECA 2DXYA 5TPAA 3CFXA 3GLBA 4GL0A 4QHQA 4NF5A 3O6GA 4IO2A 2Z23A 4IY5A 3A3CA 4RXLA 1N04A 1OVTA 2GHBA 3O9PA 1DOTA 4PFYA 1IUDA 1ZBMA 1AMFA 1R9LA 1SW1A 3MVZA 4QFNA 3T66A 4ZEKA 3IOVA 2P1SA 1YCJA 5L9MA 4OFJA 3IJXB 4PFTA 2AL5A 1SBPA 2Z8EA 3JV9A 4O3CA 5ELVA 2Z8DA 3OOAA 1US4A 1S9TA 1B40A 4JWXA 2KLFA 2DE3A 3FGSA 1B1HA 4KCDA 1DPEA 1ATGA 3B6TA 1B0HA 3CIJA 4F22A 2ZYOA 2UVHA 2NVUB 3T9VA 1MS7A 5I57A 3LBSA 4HCWA 2I48A 2OZZA 1L5TA 4RK2A 3K1NA 4NF6B 4NMYA 4N07A 3O6PA 3LSLA 1OQHA 4E0XA 2WOKA 2A5TB 4KYDA 3SDFA 1AL3A 4JWYA 1MDQA 2G93A 3USDA 1SQYA 4DCYA 1O63A 1PC3A 4OENA 1B3LA 4XXUA 1UQWA 1HSEA 1QUKA 1LB9A 5L8DA 3KOTA 4QSEA 5I2NA 3SEXA 3CRBA 4ESWA 2XXQA 1Y3NA 4IO3A 3IR1A 1OLCA 1A7LA 2RINA 4RA1A 2Q8JA 4PFWA 3C36A 3OXNA 1D4NA 3ILUB 4WEPA 3E4RA 1IIWA 1ZU0A 1MQDA 1QKAA 1JEVA 1VR5A 2VD2A 4FEBA 2DWIA 3FIRA 3ZKKA 3Q25A 2XXIA 4LP2B 3RTFB 1Q35A 2R6GE 1MY2A 3VE1B 3O29A 4F1VA 4TLMB 5K2YA 2O69A 3QUJA 2UYFA 1LBBA 2OWSA 3W9VA 1IXCA 3TTRA 3UGWA 1QULA 1PEBA 2QS1A 3KOSA 4G8HA 3I3VA 5CMBA 5TPAB 4EF2A 5AA4A 1FQCA 1NNPA 4NF5B 4X1DA 3Q26A 3BBRA 1KWHA 5AA2A 2X7PA 4LATA 1USYE 4GF8A 2I0BA 4FORA 4BDNA 4GQOA 4GWOA 2Y84A 3N94A 1MXXA 3RLFE 1EH3A 2OWTA 3K1PA 3TEPA 1N76A 4NF4A 3H03A 4WXJA 5I84A 3S9EA 4RPNA 2Y7IA 3THIA 3IJOB 4G68A 2V3UA 4GOTA 4OFLA 3GBBA 1M5DA 5CMCA 3DP4A 1JW1A 1Y3PA 5JTYA 2PT2A 2XXHA 1FQDA 4I9DA 5DVJA 4KCCA 4R73A 3V8XB 2YPNA 2UVIA 3WAEA 2XXRA 4XKRA 3HCQA 3VXBA 3CG1A 5I57B 1ANFA 3QYTA 3HV1A 1BLFA 2DQVA 4KYSA 3KGCA 3O6IA 1B7HA 1B46A 3MP6A 1MXZA 4E0WA 1DSNA 1IXGA 1QW0A 3RPWA 2UYEA 3SESA 5H8QA 1B2HA 3EF7A 2ZNSA 1B05A 3W15C 3VVDA 1JNFA 3MZBA 3RUMA 4YICA 3T9HB 4NE4A 2ZXTA 4XKNA 2ZYNA 1PB9A 2Z8FA 5I2KA 3RNNA 3TCFA 1LFIA 1T0KA 3SEYA 2ONSA 2DP8A 1IZ1A 2WOPA 1D9YA 3VLUA 3ECRA 4RPOA 1ZJLA 4OYVA 2LAOA 3CG3A 4YMBA 2PVUA 3I6VA 5KCJA 2HXWA 4IGRA 4AQ4A 4H5FA 4JB7A 5AE4A 1B9JA 1ELJA 3TQLA 3U93A 5CRYA 3UK4A 1SYHA 1FQEA 1ZKBA 4YMAA 4OEUA 4ELPA 4RK9A 5ITOA 1UTHA 2Q88A 2F97A 3TTLA 2E0SA 2O68A 1SDXA 4U4SA 3EN3A 3HPIA 3O97A 1O7TA 3V83A 1CB6A 3LSFB 3KSJA 4MF3A 4WKMA 2RC8A 2UVJA 2Y7KA 4BDOA 3UIFA 5B70A 4JWOA 1EU8A 3MPLA 5ICQA 5HM4B 1MM7A 1QJMA 3KEIA 3BFTA 3H6VA 3OEMA 2D5WA 5AA2B 4N13A 4POXA 3A3UA 3DRHA 4YB6A 3PPNA 1YAEA 4P0IA 2WOLA 4U23A 1H43A 4ZEDA 2Q2CA 4F3SA 3DRKA 2Q2AA 1GR2A 3LSWA 2AL4A 5H8NB 4NF4B 4RNSA 3HO7A 4H8IA 5I56A 4OETA 3T22A 4NWDA 4PE5B 4MLQA 4Q5TA 1LAGE 3MUQA 4ND9A 1URGA 1WVJA 1A8FA 5JTYB 1Z7ME 1MH4A 3MWBA 1MXVA 3H3GA 3C31A 1PBPA 3TFLA 5A5XB 4LVQA 2XX8A 3IB1A 5CI5A 3KN7A 2ONRA 1QUJA 4QFKA 1DMBA 3OO6A 4GD5A 1OIBA 4C1UA 3L6HA 4KFQA 3CFLA 5KDTA 4P0GA 3PAMA 4C0RA 5HPQA 4OVJA 3OELA 4UA8A 5H8HA 4F3BA 3G7WA 3Q27A 2B3FA 3M3FA 4P11A 3S9MC 4TOZA 3G3JA 4FIMA 4X9TA 5F1QA 3TAJA 4EQ9A 4EDPA 4ELOA 1B5IA 1WODA 4OZ9A 4OESA 4QF9A 1FW0A 2ESNA 1LFGA 4NF8B 1II5A 3TPAA 1FQAA 2THIA 2V3TA 1WDNA 1SW5A 4YKIA 1B7UA 3KBRA 4DXUA 5F7VA 1B3EA 1I6BA 3VLVA 3MC2A 2F7AA 1SVXB 1URSA 4QFPA 1GVCA 3TODA 5CBSA 2F36A 3KG2A 4ELQA 4XKPA 3GBAA 3U8QA 4BDRA 4IO5A 3PGFA 4POWA 2DE4A 3IOUA 1UTHB 3F11A 3DELB 2DVZA 1VFDA 4ESXA 2F35A 3ONMA 1MXUA 4AB6A 3VFJA 1H44A 2REGA 2ALUA 5EYFA 1QUIA 1GTKA 3U94A 1AOVA 3B6QA 1B58A 2H98A 2QJEA 4H6DA 3TQWA 4U2RA 1P99A 5DEXA 1H76A 2V25A 4XKQA 4BLAA 3OO9A 2NUVA 5ITPA 3VXCA 1TFDA 1NNTA 3E13X 2QMXA 4F18A 3K02A 4NEDA 1ZMGA 3EPEA 2B65A 3I5OA 2RCAA 3MP1A 5DTBA 4Q0CA 3C9HA 3CHGA 3HHGA 4OTEA 1NL5A 1EZPA 5H8FA 4OERA 4R9FA 1CE2A 1TT1A 4QSCA 5I59A 4F3GA 4GFRA 2X26A 3CVGA 3PPQA 2XX7A 3B6WA 3K0VA 3EHUA 4HTGA 1RKMA 4THIA 3O28A 4IO7A 2DWAA 4DLDA 1FCKA 4GLIA 2P2AA 1M5BA 4QSDA 2O51A 4ZS9A 4H1XA 1ZTYA 1MPDA 3TCGA 1JETA 2XD3A 4HS7A 3K1MA 1Y1MA 3FVKA 3O2AA 3Q29A 1I69A 1POY1 5IKBA 1NFTA 3UORA 1B3GA 1XC1A 2ANJA 3TKDA 5EHSA 4O3BA 1OLAA 3FTOA 3DM0A 4LQ2A 4Z0IA 2OJTA 2F8DA 1LGBC 2RC9A 1PDAA 4F19A 2I3VA 1Y9UA 2H4IA 3TMGA 1B5HA 3FXQA 3KN8A 5DYHA 1UIUA 5CMMA 5DT6A 2F78A 3T93B 3T9XB 3LC8A 4GRKA 1B5JA 2HZKA 4X1BA 2O1MA 1IXIA 1UTBA 1MPBA 1B1XA 2GH9A 3R6UA 1P1QA 1SI0A 4IB2A 1J1NA 2DE2A 4YU0A 3VLWA 4GIZA 1YPNA 5ICTA 1DTZA 3N6TA 3MBPA 1POTA 2F6GA 4LONB 4LA9A 4MLVA 1LFHA 1AIVA 1LAFE 1A8EA 1Y4CA 3SERA 2I4CA 3D4CA 2E1SA 5IAIA 2HCAA 4HW8A 3K01A 3MVYA 3RYBA 2DWHA 3H4ZA 4ZEBA 2CMOA 2XXXA 1H3DA 1LAHE 1OQGA 1XT8A 3C32A 1N7WA 3ZSFA 5L9OA 3WAFA 4KPTA 2FNCA 2GFEA 3BKIB 3K6WA 3RTWB 3EHSA 4IO6A 2ABHA 1YTVA 2ZYMA 1S50A 1RYXA 5TP9A 3HSTA 4R2BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5J16A 3M3LA 3OSQA 5M2VA 2GQ1A 2XXYA 2QS2A 5I2NB 1D9QA 4LZ7A 3AXFA 3LUYA 1R9QA 1IXHA 3PD9A 1XHYA 2OLBA 2R9JA 4X48A 2Z22A 4G8MA 1FPDA 3MZ1A 3FVGA 1DPPA 3E78A 3P7IA 2RC7A 3C4MA 5EHMA 1SW4A 1M5EA 2Q9TA 1PBQA 2XWVA 3TTNA 1A40A 3G3FA 2BJIA 5DW8A 1IMEA 3MAMA 2O7IA 2XXPA 4DXCA 2DOJA 1P1NA 1B0LA 1FJ6A 2DVCA 1G0IA 3KJTA 4AB5A 3ZKLA 2V93A 3M3KA 3FJGA 3DRFA 4R2FA 2IEEA 3RYAA 1SD3A 3VVFA 1FSAA 1KA1A 4NGUA 1VFEA 2PT1A 3TZAA 2V4CA 5JK4A 3T1BA 5AA4B 5I58A 2XWOA 4G4PA 3MW0A 4OWDA 1MG1A 3A29A 2QS4A 2AYSA 4LZ8A 2PFZA 4H46A 2I49A 5T3JA 2B4LA 1UTBB 1NH7A 3SEVA 4EUOA 2XXUA 3ILTB 4JDFA 3ODBA 4BDMA 2FYIA 4N6PA 1JVYA 3QAXA 3VVEA 4DI4B 2UXAA 2NWJA 1NUYA 3D4GA 3FV2A 1A55A 1YZ0A 3K6XA 2Y5LA 1LBWA 1BKAA 4PFBA 4R6KA 4F3PA 4G68B 1Y1ZA 5J1DA 4F39A 4IO4A 2QFLA 4JVCA 4PFIA 4U22A 4JVDA 2CEYA 3TTMA 4TQUQ 1P1UA 4QRZA 4HE1A 4FE8A 1B3HA 3UA8A 4ZZEA 4ZE8A 1OVBA 5AA1A 3E3KA 1LSTA 1H45A 4R72A 2ZZXA 2D21A 2HFBA 1JEUA 3KC0A 1FTKA 2WEFA 3Q28A 3QIMA 1TXFA 1IITA 3H6WA 4P47A 3EQ1A 4DI3D 1OMPA 4YKPA 4NWCA 1HSJA 3IAZA 4OVRA 2GRVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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