1B6HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-norvalyl-lysine
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 193
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b6hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b6hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b6hA02
5L9OA 3V83A 5KCJA 1Y3PA 5B70A 1Z7NE 1WODA 3K6UA 4BDLA 2F34A 1WDNA 1MY3A 1SW4A 4DE8A 2DWAA 4U2RA 1FTLA 4OEVA 5KZTA 1MQIA 1FTJA 1LBBA 3VVDA 4ELPA 1VFEA 3C33A 1Y1MA 4G8MA 1AMFA 3CRBA 4NEDA 5HBCA 2WOLA 3OSQA 4NWDA 3BKIB 4ZZAA 4P0IA 1VR5A 4ELQA 4F3BA 3DRFA 4OERA 4K3FA 2I4BA 3IB0A 3T9VA 1R1NA 1NH8A 1IIWA 1XVXA 2XXIA 4DCYA 2Y7WA 5CMBA 3UORA 1N7WA 4PFUA 4YICA 3DP6A 4HCYA 1B0HA 2REGA 1ATGA 3O28A 3H6VA 1PBPA 3MC2A 4QFKA 3F11A 3LUYA 1UQWA 1MXYA 2X7QA 4YU0A 5TP9A 2Q88A 4POWA 3DP4A 1XVYA 2F78A 4EUOA 2ALUA 4ZEFA 1AH5A 4LA9A 2XHDA 3TMGA 1AIVA 5HM4B 2OBGA 1ZTYA 1MY1A 5A5XA 4NF5A 2HZKA 4OWDA 2YJPA 3OENA 1SW2A 1MG1A 2Q2AA 1LFHA 2H4IA 1LAFE 3OO6A 3DP8A 1USYE 1B32A 4FAJA 3TQWA 3MZ9A 3TKDA 3RN8A 5DEXA 2VGQA 1URSA 4TLMB 3K1PA 5CI5A 2F5XA 3IL1B 1USYH 3C31A 3QUJA 3T22A 2A5TB 2P2AA 3CG3A 1LSTA 1B40A 4GL8A 1TWYA 1Y20A 4OETA 3RNNA 3DLNA 1XT8A 3CFZA 3ZSFA 2O51A 1P1UA 4ZECA 3O6PA 2Q9TA 2QRYA 3W9VA 4H6DA 4EXKA 4LP2B 3O29A 2UVJA 3CG1A 1B58A 4EQ7A 3GXAA 4M1VA 3LR1A 4F3SA 2UVGA 5I58B 4LZ7A 1MY4A 3UIFA 3KOSA 2OK2A 3R26A 3KJ7A 1IITA 3RTFB 1TXFA 2Z8EA 1VSOA 4R73A 3MWBA 1B3FA 1DTGA 1NNPA 1NNKA 3TCFA 5BUUA 1URGA 2O1MA 4BDRA 1B3EA 3HN0A 4N13A 4DXCA 1B4ZA 3MVYA 2UYFA 3IJOB 1N3WA 3W15C 1OLCA 1XC1A 2DS9A 4G68B 1N3XA 3UN6A 3EPEA 2RC9A 1DPPA 1ELJA 3FXRA 3HO7A 4MFIA 2DE2A 2QS1A 2PBWA 2ANJA 1D4NA 3Q26A 2GRVA 3I6VA 2XD2A 4R75A 1FQFA 4NF8A 2QPQA 2ZXTA 4G2ZA 1NFTA 2XXHA 3K6XA 4KFQA 5F7VA 3B6WA 3KBRA 1IQ7A 3KZGA 4YB6A 3E9XA 2Y7IA 3L6HA 3OXNA 3SEYA 4DZ1A 4KCCA 2UYEA 3PPNA 3UA8A 1MXZA 2F7CA 4GFRA 3THIA 4ESWA 3GLBA 5I2NB 2F8DA 3PD9A 4P0GA 2Y7PA 4H5FA 2I48A 1EZ9A 4F1VA 4JSOA 1Q35A 1A7LA 1N7XA 3LSLA 1NL5A 2FYIA 3Q27A 5I56A 3SEVA 2F35A 2HFBA 1SVXB 1B3GA 1B46A 5DTBA 4PFTA 1M5EA 2I4CA 4R2FA 3DRGA 1ZU0A 3U8QA 2E1SA 5H8NA 2HAUA 5A5XB 2PMSA 3CHGA 3O2AA 5H8FA 2DE4A 2W7YA 3PMXA 3KN7A 3G3JA 4Q8RA 3TEPA 3TCHA 4C1TA 2QS4A 3HCQA 3Q28A 3UK4A 3ECRA 1SD3A 3IO6A 4RNSA 3S9NC 2F97A 4M4GA 5DEXB 2D5WA 1MQHA 5ELVA 3UGWA 1JETA 1JVXA 3O6HA 1MQJA 3TTRA 4YKJA 3C9HA 5AA4A 2DVZA 1YTVA 4BDMA 4XKNA 4F3PA 4GWOA 4YZZA 3H3GA 4ZEIA 1P1OA 1I6BA 1QVSA 4IO4A 3Q29A 4U4XA 1MDP1 5I57B 4F3GA 2XXWA 3N94A 3QK6A 2PYYA 3O66A 3QAXA 4OEUA 3H6TA 1MDQA 2UXAA 4XKRA 1GGGA 5I59B 4H8IA 5I84A 5DVIA 2ZYNA 1B6HA 4G8NA 2RC8A 3MPKA 2XXUA 1DSNA 2F36A 5I2KA 2I6EA 1S7YA 3GBBA 3SKPA 4ZE9A 3CVGA 1Y4TA 3OMBA 1M5FA 4NF4A 2RCBA 1CB6A 3TTMA 1QW0A 2X26A 3G3HA 3SERA 4H8JA 3SDFA 5HPQA 4GRKA 4F2QA 3G3FA 3OEMA 3T93B 4YAHX 3IAZA 2I0CA 4ND9A 4EQBA 2DWJA 3U1OA 2XD3A 3M3LA 3FVNA 4NF8B 3T9HB 2XXXA 4G68C 3S9LC 1I6QA 2VD2A 3E4RA 5ITPA 3I5OA 5JTYB 5CC2A 3MBPA 3PGFA 1A40A 3H6WA 3KN8A 3H06B 2NXOA 3TTLA 1MXXA 1M5CA 4HCWA 2DP8A 5TPAB 5AA3A 5IAIA 4H1XA 4U4SA 2ZNUA 3TTKA 2DXYA 3PUVE 4L17A 4JDFA 4Q30B 1ZMGA 1JEUA 4YKKA 2Y7KA 1GVCA 2YPNA 2I58A 4E0XA 3V89B 4UACA 3G7WA 2O7UA 5H8NB 4NMYA 3OO7A 2Y84A 2V3UA 4X1DA 3IOUA 3FATA 1RYOA 2V3QA 4NF6B 1ZLQA 2IA4A 2DQVA 2VOZA 1NNTA 1IXCA 1BKAA 2O68A 5LOMA 4RA1A 4F22A 3RY3A 4F19A 2Z22A 4IY6A 2B65A 1OLAA 3FUZA 3ZKLA 3PV0E 2OWTA 5AA2B 3SETA 5H8HA 2KLFA 5B7DA 4DIGA 4GXAA 2D21A 2PT2A 3IO4A 4WEDA 3HHFA 4ZZEA 3C32A 4IB2A 1DPEA 3T66A 1TFAA 2G93A 3VLWA 1FTMA 1EU8A 4DXBA 2AYSA 2RINA 3VLVA 1XS5A 2B4LA 5CRYA 2DXRA 4DXUA 1A8FA 3AXFA 3TODA 1S50A 1I6AA 3W9WA 2F6PA 4RK2A 1MQGA 1Y3QA 5KDTA 3QSLA 3FTOA 1H43A 2P0SA 4F29A 1MS7A 4FECA 1ZKBA 4IO5A 3CIJA 2WKYA 3E3KA 3V8XB 4G77A 3ZS6A 2VHAA 3KN3A 3MVXA 3A09A 5CMCA 5CM6A 1MY2A 4FEBA 2DYXA 1MH3A 3H6UA 1B5JA 2HCAA 5ITOA 1EZPA 3FGSA 4LVQA 4OZ9A 4F18A 2F7BA 1B7ZA 4P11A 2AL4A 2M8CA 4EQ9A 2DVCA 5FHMA 4R2BA 3K2DA 3TZAA 1B0LA 1DMBA 4BLAA 1SYIA 1A8EA 4BDNA 2LAOA 4DCXA 4I62A 4UA8A 1NMUA 2V3TA 5JK4A 1N04A 3OSRA 2CMOA 3KGCA 3MZBA 3FXQA 1N76A 2GHBA 3CFLA 3WAEA 4MLQA 1FQBA 1YPNA 1BTJA 3MP8A 4IGTA 1QULA 3MZ1A 4EXLA 4C1UA 3RTWB 1GR2A 2XXQA 1PEBA 1LB9A 3E13X 1FQAA 4IO7A 1GV8A 1POY1 3D4GA 5ISUA 4JB7A 4KYSA 1RKMA 1IXGA 4QFPA 4LQ5A 3PAMA 3M8UA 1MM7A 1ZJLA 5K2XA 4QFLA 5KCJB 1Y9UA 4KYEA 3TCGA 4YMAA 1A54A 1LBCA 4QFNA 1ZBMA 3FVKA 1XOCA 1OQHA 1NH7A 4N07A 3O9PA 1YCJA 4ESXA 3MUQA 4QHQA 4R72A 3PPPA 3K0VA 3VFJA 1J1NA 3PPOA 1P1NA 4POXA 4ZEKA 3QYTA 1UTHA 4XXUA 2THIA 1N0TA 3QXMA 5BWJA 3EN3A 4ZEDA 4GVOA 1H44A 3RQTA 3BBRA 3CSBA 2YLNA 1BP5A 1LAXA 1ANFA 4GD5A 3QIMA 4OENA 1MH4A 4DDDA 2D3IA 4LZ8A 5H8HB 2PT1A 3KG2A 4JXIA 2GHAA 4JBZA 4U23A 3LSXA 1SBPA 3K4UA 4MBPA 5CMKA 3JYRA 3DELB 1OMPA 4FEDA 2DWHA 1DTZA 2VP1A 5TP9B 4EF2A 3FD3A 3U93A 1MXUA 1MRPA 3MAMA 2OJTA 1D9VA 4LATA 3EHSA 4F39A 3PUWE 3FJGA 1IZ1A 4NF5B 1JEVA 4G8HA 3IB1A 4RY1A 1OIBA 3FXUA 4OMBA 3TELA 3N6UA 4TQUQ 3OO9A 1FTKA 3G3IA 3PMVA 3FZVA 2RKMA 5AA1A 5FHOA 2XXRA 3ILUB 4KQPA 3K6VA 3A3CA 4R6HA 3FVGA 1B9JA 3CFXA 1OVTA 3TFLA 4GOTA 3JZJA 3CI8A 1Y3NA 3SEXA 3JV9A 4PQJA 2FA7A 3PUXE 3B7DA 3PUZE 4Q5TA 4GF8A 5CMMA 2H25A 4MF3A 4R6YA 3TYHA 2DOJA 4BDOA 1QKAA 3N5LA 3OEKA 1B1HA 4IO6A 2DSFA 2QJEA 4OYVA 2H98A 3TUSA 3TQLA 1B5HA 3O97A 1O64A 2R71A 5EHMA 4OFOA 3B6TA 1LAGE 2IEEA 4XKPA 3VE1B 5F1QA 1FTOA 5IKBA 4RK9A 4ZE8A 4O3CA 2Q89A 5EHSA 3VVFA 3KSXA 4ONYA 4H0WA 3EHTA 1TT1A 5TU0A 3B6QA 3V5AA 2ZYKA 1JNFA 2OLBA 4FIMA 4QFOA 2XXYA 1SYHA 3SEUA 2RCAA 3GZGA 1O7TA 2ONRA 2F7AA 3VVEA 5AE4A 1PC3A 3H03A 3MJNA 4H65A 1DOTA 3IK6B 1B7HA 1NKXA 3O6IA 4GLIA 4KCDA 4EF1A 4E0WA 2A5TA 4N6PA 5FTIA 4FJPA 1QKBA 1OQGA 4QSDA 4X1BA 3VXBA 3S2VA 4YB5A 3BFTA 3RPWA 4O3AA 1QUJA 1O63A 2V93A 4ZS9A 1LCTA 4F31B 3L6GA 1MY0A 4XKQA 4R9GA 2XXVA 1B52A 4KHZE 4TOZA 5M2VA 3GBAA 1PBQA 3LVUA 1P1WA 3K00A 1B51A 1SW5A 2ZNSA 1NNFA 5L9MA 5I56B 4GL0A 1MPDA 3TPAA 1JW4A 2O6AA 3U94A 1R6ZA 2E0SA 1POTA 3FJ7A 4G68A 4I1DA 4ZDMA 5L9SA 3OELA 4X48A 5H8FB 1B7UA 2V25A 2OWSA 3MP1A 3H7MA 1FQEA 2O7IA 4JWXA 3FV1A 2Z23A 4MLVA 3LBSA 4HS7A 1F9BA 4OESA 5ICTA 3EF7A 5H8SA 4KYDA 4Z0IA 2B4MA 3C4MA 3N6TA 3BFUA 1BIYA 1SDXA 3HPIA 1YAEA 2HQ0A 2F6GA 5AA4B 1I69A 4AB6A 4XTCQ 3HSTA 3VLUA 2DWIA 2O69A 3K6WA 3TAJA 2ESNA 4XIGQ 1H3DA 1ZIUA 1LCFA 4RJZA 1UTBA 1UIUA 3DRHA 5I2NA 1LFGA 1B3LA 1RYXA 2ABHA 4YMBA 3LSWA 1QJMA 3M3FA 3KJTA 2BJJX 3OOAA 1JW5A 2G29A 1US4A 4KD5A 5JEIA 4ELOA 1T0KA 2Q8JA 4R74A 3FVOA 5I2KB 2DE3A 5CBRA 2ZYMA 3MPLA 3KSJA 4JWYA 4U21A 4NF4B 2Z8FA 2FNCA 2QMWA 1EZOA 1JW1A 5K2YA 1XHYA 4H5GA 3ZKKA 4QSCA 2XX9A 2WOPA 3U72A 1IUDA 2A5SA 2ZYOA 3DRJA 2ZNTA 3S9MC 1MPCA 3A3UA 1SI1A 2UVIA 3MVZA 2Z8DA 4WKMA 4PP0A 1IEJA 3K1NA 3RUMA 3O6GA 4PFYA 3PD8A 3WAFA 4ECFA 3QUFA 3M3KA 5I57A 5AA2D 2RF1A 1LAHE 4U1ZA 3U92A 5FTHA 2H9BA 2OZZA 3OO8A 1B2HA 2XXPA 4U22A 1B3HA 1PB7A 1URDA 1H45A 3EHUA 1GTKA 5I59A 4FE8A 1P1QA 4LQ2A 2NUVA 2R9JA 1Y4CA 2OCUA 2I0BA 3G3GA 3PUYE 4U1OA 4H67A 4ELRA 4MH5A 4GQOA 2WOKA 3H4ZA 4ISUA 1MQDA 4Q0CA 3VDFA 2HXWA 2H99A 1S9TA 3LC8A 4PETA 3FV2A 1H76A 1FQCA 4KR5A 4RPOA 3RYAA 5DT6A 3K1MA 5DYHA 1LGBC 1US5A 3TDJA 1N84A 1B1XA 3R6UA 4JSDA 1FW0A 2RC7A 3MP6A 3KOTA 1LLSA 4G4PA 2XXTA 4RXLA 3RT8A 5H8QA 3CR9A 4QF9A 1AL3A 1KWHA 3G3KA 4FATA 1OVBA 1HSJA 1LB8A 1HSLA 4IO3A 1JQFA 2NWJA 4IY5A 5JTYA 2R6GE 3HV1A 2CZLA 4HW8A 4OTEA 2QMXA 3P7IA 4F2OA 4NWCA 1P99A 1WVJA 1FQDA 1L5TA 1UTBB 4RPNA 2NVUB 4KPTA 5TPAA 3PU5A 3USDA 2QSXA 3RT6B 3UP9A 4FORA 4QSEA 5DVJA 2QL3A 5KDTB 4JWOA 5J1DA 3K01A 3HHGA 4OFJA 4TLLB 1II5A 3K02A 4LUBA 1TFDA 3DRKA 3R7XA 3S9EA 1A99A 1MXWA 4R6KA 2AL5A 3IX1A 3IOVA 2I3WA 4LZ5A 4C0RA 4RYAA 1JVYA 1SQYA 2O84X 3IORA 1Z7ME 4PFWA 3C35A 3S4UA 1VE4A 4NF6A 4O3BA 1IXHA 2B3BA 1M5DA 4QRZA 5FHNA 4OFLA 4OHNA 1QUKA 2PVUA 5DVFA 3Q25A 3SEWA 3MW0A 2B3FA 5AA2A 2AIXA 3ILTB 1R9QA 1Y1ZA 4BDQA 3PPRA 3IOWA 2REJA 3C36A 4GIZA 1SW1A 2ONSA 3RYBA 1A55A 1SI0A 3PMWA 4Z7EA 1QUIA 3VXCA 3OD7A 4OXVA 1MM6A 3T9UA 1LFIA 1PDAA 4DLDA 3FJMA 1MPBA 2NOOA 3SESA 2ZMBA 1PB9A 2O1LA 5L8DA 2UVHA 4NE4A 3N26A 4GXSB 4KI0E 1B4HA 3PPQA 2XX7A 3ODBA 5EYFA 1B5IA 2PX1A 4X9TA 3DM0A 1IXIA 1EH3A 4OQOA 2Y7RA 2QS2A 4LONB 3MVWA 3TTNA 1HSEA 4F1UA 3FIRA 4R9FA 3DRIA 2VD3A 2HZLA 4EDPA 4I9DA 3C34A 1D9YA 1PB8A 4OVJA 1Q1KA 1M5BA 4ZEBA 3I3VA 3RGYA 4YKIA 4HTGA 1UTHB 3VV5A 4WXJA 2H5YA 4WEPA 3RLFE 4THIA 3D4CA 5ICQA 3KFMA 4IGRA 5H8QB 1CE2A 1D3KA 3T96B 1BLFA 1B05A 1R9LA 1FCKA 1AOVA 1MXVA 3EQ1A 2QS3A 2HAVA 2I49A 4YB7A 3ONMA 2P1SA 5I58A 4PE5B 3FASA 4NTLA 3IOTA 4I8CA 4IO2A 4AB5A 5CBSA 3T9XB 3IB2A 2I3VA 2GH9A 3CSGA 3KEIA 2X7PA 4AQ4A 3MQ9A 4F1YA 4YKPA 3LSFB 2ONKE 3IJXB 2Q2CA 1VFDA 1UIVA 2HEUA 2V84A 2GFEA 2XX8A 3IR1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L9OA 3V83A 5KCJA 1Y3PA 5B70A 1Z7NE 1WODA 3K6UA 4BDLA 2F34A 3MSTA 1WDNA 1MY3A 1SW4A 4DE8A 2DWAA 4U2RA 1FTLA 3FXBA 1NUWA 4OEVA 5KZTA 1MQIA 1FTJA 1LBBA 3VVDA 4ELPA 1VFEA 3C33A 1Y1MA 4G8MA 4PC9A 1AMFA 3CRBA 4NEDA 5HBCA 2WOLA 3OSQA 4NWDA 3BKIB 4N91A 4ZZAA 4P0IA 1VR5A 5EYHA 4ELQA 4F3BA 3DRFA 4OERA 4K3FA 2I4BA 3IB0A 3T9VA 1FPGA 1R1NA 1NH8A 1IIWA 1XVXA 1NUZA 2XXIA 4DCYA 2Y7WA 5CMBA 3UORA 1N7WA 4PFUA 4YICA 3DP6A 4HCYA 1B0HA 2REGA 1SPIA 1ATGA 3O28A 3KC1A 1IMDA 3H6VA 1PBPA 3MC2A 4QFKA 3F11A 3LUYA 1UQWA 1MXYA 2X7QA 4YU0A 5TP9A 4KXPA 2Q88A 4POWA 1DCUA 3RYDA 2VPNA 4I3EA 3DP4A 1XVYA 2F78A 4EUOA 2ALUA 4ZEFA 1AH5A 4LA9A 2XHDA 3TMGA 1AIVA 5HM4B 2OBGA 1ZTYA 1FBPA 1MY1A 5A5XA 4NF5A 2HZKA 4OWDA 2YJPA 3OENA 1NV7A 1SW2A 1MG1A 2Q2AA 1LFHA 2H4IA 1LAFE 3OO6A 3DP8A 1USYE 1B32A 4FAJA 3TQWA 3MZ9A 4OA4A 4NHBA 1LBXA 3TKDA 3RN8A 5DEXA 2VGQA 1URSA 3B8BA 4PAKA 4TLMB 3K1PA 5CI5A 2F5XA 3IL1B 1USYH 3C31A 3QUJA 3T22A 2HHMA 4O8MA 2A5TB 2P2AA 3CG3A 1LSTA 1B40A 4GL8A 1TWYA 1Y20A 4OETA 3RNNA 3DLNA 1XT8A 3CFZA 3NOHA 3ZSFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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