1B9JA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with klk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b9jA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b9jA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b9jA02
2I49A 5H8FB 1N3XA 2ESNA 3TDJA 1A7LA 2XD3A 1LBBA 5AA1A 1ZMGA 5I57A 3PMXA 1Y4CA 1UIUA 4HW8A 3IB1A 3VXBA 5I56A 2R9JA 5I58B 3KJ7A 4PETA 3THIA 5AA2A 4JWYA 2I3VA 4YKKA 1FQCA 1UIVA 4GIZA 3IOUA 5J1DA 3FV2A 1I6BA 1B1HA 4R9GA 4OERA 3B7DA 5I2KA 1URSA 1AL3A 1R9QA 4H5FA 3D4CA 3EHUA 3PPPA 1NL5A 1ELJA 2OJTA 3QSLA 4OEVA 1B7UA 1SBPA 2CMOA 5KDTA 3LSFB 4O3AA 4EXKA 4NF4B 3ZKLA 3RTWB 1QULA 3R7XA 2QJEA 5DYHA 2GHBA 1B1XA 5HM4B 1WDNA 2F6GA 4DCXA 3V5AA 3EHTA 3MW0A 3E3KA 4G68A 1Q1KA 3H4ZA 4NF6B 4OZ9A 3PUZE 1O63A 3DRFA 2WOLA 4OVJA 1ATGA 2QS4A 3CFXA 2F78A 3RYBA 2UVGA 3C4MA 3TPAA 3M8UA 4ELRA 3U92A 3QIMA 4YICA 3VVEA 4ZEKA 5H8HA 1QKAA 4DXBA 4P11A 3T9XB 1H45A 3E13X 2XX8A 3JYRA 3RQTA 4PFYA 1USYH 1SW2A 5B7DA 1B2HA 4YB6A 3KFMA 4OTEA 2DXRA 1UTHA 3OXNA 1OMPA 4KYEA 1MDQA 1EZ9A 1JW5A 1NNFA 3EN3A 2OZZA 4KI0E 4KYDA 2XXUA 2DSFA 1M5CA 3OELA 1FQFA 2RF1A 4GD5A 3HCQA 1S7YA 4R72A 2HAVA 2Y7RA 2DVCA 3TZAA 2I4BA 3K6WA 4MF3A 1Y1MA 3DP6A 5CMMA 1J1NA 3K02A 3VE1B 3FV1A 2ALUA 1JEVA 4THIA 2QS1A 3RN8A 5ITPA 3H6TA 1URDA 1Y4TA 2F6PA 2Y7KA 3K6XA 3RNNA 4WKMA 4EUOA 4MH5A 3OD7A 4FJPA 3SEVA 2O1LA 4LZ5A 3TODA 4ZS9A 1NNKA 3H6VA 3DP8A 3VLWA 3L6GA 1P1OA 3JZJA 4GXSB 1IEJA 1L5TA 2BJJX 2DP8A 2XXQA 4ONYA 4DE8A 2ONKE 4H6DA 2REGA 4QSCA 3QUJA 4H5GA 4LQ5A 4N13A 1MY1A 4JSOA 3LSWA 3IL1B 2DS9A 1NKXA 2XXHA 1D3KA 5JTYB 5FTIA 3LC8A 3P7IA 4RA1A 1Q35A 4PQJA 4E0WA 4WEPA 3MBPA 1VE4A 3C36A 4BDLA 2NOOA 4ZECA 1B58A 1MXWA 2RCAA 5K2XA 4ELOA 1GVCA 3MVYA 4NF5A 3PU5A 2V84A 4H67A 3MQ9A 1MPCA 2ONRA 1US5A 4O3CA 5AA4A 3EHSA 3MVWA 2VGQA 1D4NA 4OYVA 3WAEA 3GBBA 2OLBA 1IIWA 3N26A 3MP8A 5TU0A 2R6GE 2DOJA 1Y3PA 4HS7A 4Q5TA 5DTBA 3CI8A 3DM0A 4G2ZA 3BKIB 2I48A 5ITOA 4Z7EA 3USDA 2F7BA 4G77A 2RCBA 4C0RA 4OESA 4H0WA 2XHDA 4NF8B 4RK9A 3V83A 1LGBC 2WOKA 1O7TA 3FTOA 1I6QA 1HSJA 1B05A 3QUFA 4G68B 4NWCA 1B3FA 2O51A 1PEBA 2PT1A 1O64A 2B4MA 1B0LA 4OFLA 4M4GA 2DWJA 3CG1A 3K00A 1B52A 3GZGA 3UN6A 3MJNA 1MM6A 1UTBA 1BLFA 1Y3QA 3K2DA 4DDDA 3OSQA 4F1YA 2PMSA 2RINA 1EU8A 2GH9A 4F18A 3SKPA 3W9VA 1B32A 5K2YA 2CZLA 3UK4A 3HO7A 1B40A 3O97A 3C9HA 4U1ZA 4GXAA 4EQ7A 4GL0A 3B6TA 3ONMA 4JWOA 2GFEA 1UTHB 2I3WA 2Z8FA 3K4UA 1LB9A 3VVFA 2H98A 4Z0IA 4G68C 4YMBA 3KOTA 3PMVA 2GRVA 2B3BA 3R6UA 1SD3A 2NXOA 3A3UA 1A8FA 1Z7NE 3TELA 1BKAA 1OVTA 4GFRA 1H44A 4AQ4A 3DRGA 3MUQA 1OQGA 3O66A 2ZNTA 2IEEA 3R26A 2W7YA 1NMUA 2AL4A 2PBWA 3T9UA 3IOWA 4OQOA 4F3SA 4TLMB 2OWTA 4ZEIA 3RYAA 4R6YA 4NWDA 4ZE9A 3G3GA 5EHSA 4XIGQ 1SQYA 1MXYA 4FE8A 3U8QA 4JDFA 4DIGA 2X7QA 4JBZA 3PUYE 4YKIA 2I0CA 4I62A 4ECFA 4GF8A 2Q89A 2O68A 5L9OA 3CFZA 1P1NA 3SEYA 3ECRA 1YCJA 3TQWA 3KN8A 3FVNA 3FD3A 3T9HB 4JXIA 1I69A 3EQ1A 1USYE 4KQPA 4ZZAA 1D9YA 2DYXA 4ELPA 1TXFA 3B6QA 1MH3A 4F31B 3MC2A 1JVYA 1VR5A 3PPRA 3S4UA 3VV5A 3OO6A 4BDRA 2FA7A 2XXVA 5HPQA 1URGA 1GR2A 1H76A 2QL3A 3TCGA 1AOVA 3CR9A 3K1NA 3SEUA 4FATA 2VHAA 3EF7A 1MG1A 4RXLA 1FCKA 5H8SA 4AB5A 3N6UA 3FIRA 4GWOA 3S2VA 3K1PA 3VXCA 3LSXA 2B65A 3OSRA 4ISUA 3G3HA 4R9FA 5CMCA 5HBCA 4XKPA 1Y20A 1N7WA 3T66A 3GLBA 4U4SA 5FHMA 4PP0A 3T93B 3H3GA 1JETA 4IGTA 1H3DA 4U21A 2XXXA 1LAFE 4NMYA 3CHGA 1QUKA 5LOMA 3F11A 3LUYA 2DQVA 1ZTYA 4MBPA 1FQEA 1PBQA 2QRYA 2DE4A 4YKPA 3I6VA 3TMGA 2HAUA 3T9VA 3TTRA 4ZEBA 4QSEA 3TCHA 3FXQA 5H8QA 4IO7A 4R73A 3PGFA 4OHNA 2VD3A 1PDAA 3DLNA 4ZEDA 5ICQA 2XXTA 4F3BA 4DXCA 4LATA 4BDQA 5I59B 3SDFA 2F97A 3N94A 2O69A 4F3GA 2PT2A 2ZYMA 2X26A 4GL8A 2LAOA 1LCFA 4KFQA 1IXCA 3CVGA 3FVKA 3E4RA 2WOPA 3TTKA 2RC7A 2AIXA 4I9DA 1RKMA 1XS5A 1DOTA 3DELB 3G3JA 4Q0CA 1ANFA 3VLVA 1B3GA 1MXUA 2YJPA 4EF1A 3IB0A 1D9VA 2VOZA 5AA3A 1B4HA 1B4ZA 1N3WA 1DPPA 1OLCA 3TTMA 3PPQA 2D5WA 1F9BA 3FXUA 2XXIA 4ZZEA 4LONB 2FNCA 3TKDA 3D4GA 3MAMA 1AIVA 2H9BA 2REJA 4OETA 4F3PA 3IJOB 4HCWA 2O84X 4O3BA 3N6TA 2F7CA 2H25A 3CIJA 4R2BA 2Q2CA 3O28A 3HN0A 5FHOA 3RLFE 1OQHA 2D3IA 3KN7A 2PYYA 2E0SA 2O7UA 4ZE8A 4UA8A 3RPWA 1QUJA 1POTA 1N0TA 4X1BA 4XKNA 4K3FA 1M5EA 1B3HA 3V8XB 4ZEFA 2RC9A 4F2QA 3U1OA 1FTMA 4HCYA 4NE4A 1DSNA 2UVJA 4KHZE 5IAIA 5H8FA 1MQIA 4NEDA 3PPNA 3KJTA 4DCYA 3RT6B 2ZNSA 1P1UA 2H99A 5I57B 1XC1A 3CFLA 5TPAA 1B3EA 5I56B 5I58A 3HHFA 3HPIA 2FYIA 3O6HA 2HEUA 2ZMBA 4X9TA 1FW0A 1MQHA 3Q26A 1QUIA 4IY6A 5AA2B 3IX1A 1P1WA 4PE5B 2QSXA 3HHGA 2O6AA 4LVQA 2QS2A 4OXVA 5CMBA 4BDMA 4DZ1A 3PMWA 1S50A 3L6HA 1M5DA 3HV1A 1SDXA 2DWHA 3CSBA 1NFTA 5DEXA 5JEIA 1R6ZA 3I3VA 1XHYA 5I2KB 5BWJA 1OLAA 2YPNA 1DTZA 4AB6A 3PV0E 3SESA 4Q30B 4QFPA 3K01A 1TFDA 4RPOA 2F35A 3LSLA 5KDTB 3HSTA 3PUWE 3A3CA 3N5LA 1VFEA 3UP9A 1S9TA 3IO6A 2F7AA 4G4PA 1DTGA 3FUZA 1P99A 3C32A 2RKMA 3SERA 3RT8A 4OMBA 3KEIA 5H8NA 1FTKA 4JSDA 1HSEA 4LP2B 2B4LA 3TAJA 1US4A 3C33A 2QPQA 1IZ1A 2Y7IA 2THIA 4F29A 4IY5A 5TP9A 3FGSA 4R75A 1HSLA 4XKQA 5H8QB 2ZYOA 2DE3A 4M1VA 3MZ1A 1B5JA 3DRKA 1JW1A 5AA2D 3PAMA 4F2OA 3C34A 5H8HB 5ISUA 4RJZA 3QYTA 3MP6A 2I58A 2DWAA 2M8CA 1IXIA 1OIBA 4POXA 2VD2A 3FATA 1MQGA 1SYIA 4P0GA 4ZDMA 3PD8A 3A09A 4FECA 2B3FA 4LZ7A 2G93A 4BDOA 4U22A 2UVHA 4ELQA 3OO9A 1N7XA 4XXUA 1TFAA 1PBPA 2KLFA 3TUSA 4G8HA 4EXLA 3U94A 3OO8A 3W15C 1B46A 1IXGA 3K0VA 1ZLQA 2GHAA 4WXJA 1A99A 2V3QA 3TCFA 4YB5A 1SI1A 3W9WA 5F1QA 2ZNUA 3TQLA 3S9LC 1MQDA 1M5BA 2PX1A 1B0HA 3GBAA 1NNTA 4UACA 3LR1A 4MFIA 1IUDA 3LBSA 4KYSA 2ZYNA 3VLUA 2A5SA 2NVUB 4YAHX 2R71A 5CMKA 3LVUA 4IO6A 2VP1A 1A8EA 4LA9A 2QMWA 3O6IA 2HXWA 2RC8A 3FJMA 4NTLA 5M2VA 3ZSFA 1N76A 2HZLA 5DVJA 3I5OA 3TFLA 1LAGE 4FORA 3O9PA 4EQ9A 2XXPA 3U93A 4IO2A 1MPBA 5A5XA 1GGGA 1EH3A 1DMBA 3O6PA 2O7IA 3T96B 2OBGA 4YMAA 2XXWA 2UYFA 1VSOA 1FQAA 1DPEA 4QSDA 1FTOA 3OOAA 4QFNA 4FAJA 2F34A 3MZ9A 5KCJA 3KSJA 2V3TA 5I84A 2P1SA 1B7HA 5JTYA 2I4CA 4IO4A 1ZKBA 3H7MA 1SW4A 4TQUQ 1AH5A 1QJMA 4OFJA 4XKRA 5ICTA 1MS7A 1RYXA 3C35A 1NH7A 1PB8A 5TPAB 4FEBA 1MXXA 1LSTA 4OFOA 2E1SA 4NF5B 4RY1A 5CRYA 1YPNA 3B6WA 4YKJA 5AA4B 3MVXA 1VFDA 3FJ7A 2ANJA 3MPKA 3G3FA 1IXHA 4ND9A 3O29A 4RYAA 3FVOA 1LFHA 5DEXB 2Q88A 1FTJA 1LLSA 3G3KA 1UQWA 3RUMA 4GVOA 2A5TA 1A55A 1B6HA 3RGYA 1KWHA 4H65A 1FQDA 3Q27A 4PFTA 2HQ0A 4FEDA 3EPEA 2UXAA 1BP5A 1JEUA 2I0BA 1XT8A 2WKYA 3PUVE 4NF8A 4R2FA 4FIMA 1FTLA 3ILTB 4XTCQ 4E0XA 2F8DA 1IQ7A 4OWDA 4IO5A 5CC2A 5H8NB 5FTHA 1EZOA 2IA4A 5DVFA 4TOZA 1LFGA 2AL5A 3KSXA 2NWJA 1B5IA 1UTBB 5TP9B 5CBSA 2XXYA 3UIFA 3FXRA 1POY1 3U72A 3M3KA 2UYEA 2Z22A 3CG3A 1MPDA 2HCAA 3H6UA 3BFTA 5BUUA 4RNSA 3OENA 2QS3A 1PB9A 4IB2A 3Q25A 3V89B 1MM7A 3ZS6A 1MY4A 3KG2A 3M3LA 1JVXA 5ELVA 2Q8JA 3MZBA 1BTJA 2HZKA 1CE2A 4ESXA 1B9JA 1PC3A 4QFLA 3IO4A 1LBCA 3KZGA 4EDPA 3ODBA 1GV8A 4H8IA 4YU0A 4QRZA 4KPTA 5EYFA 4QF9A 2XXRA 1TWYA 4N07A 3UORA 1SI0A 1R1NA 3OEKA 3PD9A 2D21A 3G3IA 2Z8DA 1YTVA 1II5A 4U1OA 1MXZA 2ONSA 3DRJA 4BLAA 2ZXTA 2F5XA 1LAXA 5L8DA 3CRBA 2H5YA 5IKBA 5CBRA 3Q29A 4KCCA 2XX7A 3S9NC 2Y7PA 2OK2A 4RPNA 4C1UA 4F19A 4QFKA 1ZBMA 4R6KA 5F7VA 2V93A 1MY2A 1YAEA 3ZKKA 2NUVA 1N04A 4KD5A 2UVIA 3O2AA 4TLLB 3RTFB 5I2NA 3FZVA 1TT1A 2OWSA 5A5XB 1AMFA 2XD2A 1OVBA 3QAXA 1IITA 3UGWA 1WVJA 4G8MA 3IOTA 1LB8A 3AXFA 2ABHA 1EZPA 5KCJB 4GRKA 3O6GA 3ILUB 1NH8A 4OEUA 1I6AA 4R74A 4KR5A 1SW5A 3Q28A 1WODA 3S9EA 1A54A 1SYHA 4I1DA 1RYOA 4KCDA 3BBRA 4R6HA 4H8JA 2O1MA 5DT6A 5L9MA 4H1XA 2DE2A 1QKBA 1M5FA 4F1VA 4X48A 4F1UA 1B7ZA 4EF2A 1CB6A 1Y1ZA 2DVZA 5EHMA 1QW0A 4EQBA 2XX9A 3FASA 3H6WA 3TTLA 2X7PA 4NF4A 2YLNA 3T22A 1SW1A 5JK4A 3SETA 3VDFA 4JWXA 1MQJA 1ZIUA 3SEWA 3PUXE 2A5TB 3IORA 3IJXB 2Y7WA 5FHNA 3PPOA 4G8NA 2QMXA 3IB2A 2Z8EA 2I6EA 4NF6A 3SEXA 3MPLA 2Z23A 1B5HA 3H06B 4QFOA 3S9MC 3WAFA 4DLDA 4GOTA 4RK2A 3C31A 2ZYKA 4POWA 3TEPA 4I8CA 1XVXA 3IR1A 4QHQA 2Q2AA 1PB7A 3KN3A 4U2RA 2V3UA 4ESWA 4GLIA 3VVDA 2F36A 5I59A 1LCTA 2H4IA 3FJGA 3KBRA 3KOSA 3MVZA 2HFBA 4U4XA 3DRIA 2PVUA 1A40A 3OEMA 3OO7A 3FVGA 4YZZA 1SVXB 1GTKA 1MRPA 3QK6A 4LQ2A 4P0IA 2G29A 4BDNA 3JV9A 5L9SA 1ZJLA 4F39A 3TYHA 1Y9UA 4LZ8A 1Y3NA 1ZU0A 4F22A 3G7WA 2P0SA 5CI5A 2Y84A 1NNPA 5DVIA 1QVSA 5B70A 1XVYA 3DP4A 3GXAA 4IO3A 4OENA 2AYSA 5CM6A 2DXYA 1LFIA 4X1DA 1MH4A 3K6UA 4Q8RA 1B3LA 4C1TA 3K1MA 1LAHE 3MP1A 4MLQA 1JNFA 4PFWA 4N6PA 1Z7ME 1T0KA 3DRHA 4WEDA 4IGRA 3E9XA 3QXMA 1MY3A 1MY0A 1XOCA 3OMBA 1P1QA 3IOVA 3KGCA 3UA8A 3VFJA 1JQFA 3TTNA 3RY3A 3H03A 4LUBA 1B51A 5KZTA 4YB7A 5AE4A 3M3FA 1BIYA 1FQBA 1MXVA 4MLVA 1MDP1 3CSGA 1R9LA 4GQOA 1H43A 1JW4A 3IAZA 2V25A 3MWBA 4DXUA 5I2NB 3K6VA 3IK6B 1N84A 4L17A 4HTGA 2DWIA 2P2AA 3BFUA 4PFUA 4JB7A 2Q9TA 2OCUA 4U23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I49A 5H8FB 1N3XA 2ESNA 3TDJA 1A7LA 4GX3A 2XD3A 1LBBA 5AA1A 1ZMGA 2Y5KA 5I57A 3PMXA 5ET8A 1Y4CA 1BK4A 1UIUA 1EYJA 4HW8A 3IB1A 3VXBA 5I56A 2R9JA 5I58B 3KJ7A 4OANA 4NHBA 1KA0A 4PETA 3THIA 2XWVA 4PE3A 5IZ3B 5AA2A 4JWYA 2I3VA 4YKKA 4PAFA 1FQCA 1UIVA 2L5VA 4GIZA 3IOUA 5J16A 5J1DA 3FV2A 1I6BA 1NV5A 1B1HA 4R9GA 4OERA 4MMPA 3B7DA 5I2KA 1URSA 1AL3A 1R9QA 4H5FA 3D4CA 3EHUA 3PPPA 1NL5A 1ELJA 2OJTA 3QSLA 4OEVA 1B7UA 1SBPA 2CMOA 5KDTA 5IM2A 3LSFB 4O3AA 4EXKA 4NF4B 3ZKLA 3RTWB 1QULA 3R7XA 2QJEA 5DYHA 4N4UA 2GHBA 1B1XA 5HM4B 1WDNA 4DI3D 2F6GA 4DCXA 3V5AA 3EHTA 3MW0A 3E3KA 4G68A 1Q1KA 4X04A 3H4ZA 4NF6B 4OZ9A 3PUZE 1O63A 3DRFA 4O94A 2WOLA 4OVJA 1LBVA 4PF6A 1ATGA 2QS4A 3CFXA 2F78A 3RYBA 2UVGA 4XFEA 3C4MA 3TPAA 3M8UA 4ELRA 3U92A 3QIMA 4YICA 3VVEA 4ZEKA 5H8HA 1QKAA 4DXBA 4P11A 3T9XB 1H45A 3E13X 2XX8A 3JYRA 3RQTA 3A29A 4PFYA 1USYH 1SW2A 5B7DA 1B2HA 4YB6A 3KFMA 1EYIA 4OTEA 1NUWA 2DXRA 3FXBA 1UTHA 3OXNA 1OMPA 1DCUA 4KYEA 1MDQA 4N8GA 1EZ9A 5EYGA 1JW5A 1NNFA 3EN3A 2OZZA 4KI0E 4KYDA 2V4CA 3QMFA 4OVRA 2XXUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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