1DPEA

Dipeptide-binding protein
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFISGTTYDASSVPLYNRLVEFKIGTTEVIPGLAEKWEVSEDGKTYTFHLRKGVKWHDNKEFKPTRELNADDVVFSFDRQKNAQNPYHKVSGGSYEYFEGMGLPELISEVKKVDDNTVQFVLTRPEAPFLADLAMDFASILSKEYADAMMKAGTPEKLDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRIRYKAFDGYWGTKPQIDTLVFSITPDASVRYAKLQKNECQVMPYPNPADIARMKQDKSINLMEMPGLNVGYLSYNVQKKPLDDVKVRQALTYAVNKDAIIKAVYQGAGVSAKNLIPPTMWGYNDDVQDYTYDPEKAKALLKEAGLEKGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQADWAKVGVQAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHQTVMMGWTGDNGDPDNFFATEFSCAASEQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARATDDHNKRVELYKQAQVVMHDQAPALIIAHSTVFEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFENVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title 2 A resolution structure of DppA, a periplasmic dipeptide transport/chemosensory receptor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DIPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide transport
total genus 155
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1dpeA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dpeA02
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1dpeA01
4XKRA 4X48A 4ZECA 2XXIA 1FQDA 3H6WA 4YICA 4GXSB 4KFQA 1AMFA 4ELQA 3UIFA 4DE8A 1FW0A 2Z22A 5H8FA 4JB7A 2O51A 4PE5B 4ZEKA 1MH3A 4E0XA 1JW4A 3KN7A 3K4UA 1FQEA 2F5XA 2V3TA 3I5OA 4P0IA 5M2VA 4OQOA 1LCFA 3G3KA 4KCCA 3IO4A 1JW1A 3TKDA 1GTKA 1I6AA 3HCQA 2YPNA 3UN6A 3CSBA 2QS1A 5I57B 4H1XA 3DLNA 4EXLA 1MY3A 1B1XA 5JTYA 1MDQA 1B5JA 3U72A 3VVEA 3BKIB 2ZMBA 3GXAA 1XVXA 1N3WA 3UA8A 1S9TA 3K1NA 4DXUA 4TQUQ 4RJZA 1UTHB 4R6YA 3VVDA 1MS7A 3G3HA 4NE4A 4LQ2A 2I3VA 2I4CA 5KCJA 3A3UA 3PGFA 4IO3A 3V83A 3KJTA 1B7HA 3OD7A 2QMXA 2DYXA 4MF3A 3PPRA 4M4GA 4EQ9A 2OZZA 4ZE8A 1Y4TA 4FEBA 4FJPA 3MJNA 2V3UA 3LBSA 4XKNA 1J1NA 3QAXA 2FYIA 4GFRA 4OFOA 4BDNA 5IKBA 1UTBB 2HFBA 2PMSA 2Q2CA 4MLVA 1B58A 3IR1A 1OQGA 2B4LA 1LAHE 2VD2A 4PFTA 4R9GA 4PFYA 3BBRA 2DWAA 3VLVA 2WOKA 2A5TA 4KCDA 3FIRA 4G77A 3MPLA 4KYSA 1B5IA 1FTJA 3TTKA 3FVGA 2F35A 4TOZA 4C1TA 3AXFA 1I69A 4R9FA 1MM7A 3WAFA 1AOVA 1VFDA 3IORA 5CMCA 2O6AA 4N6PA 2HEUA 3FJGA 5FTHA 1P1QA 4OEUA 4DCXA 1MQIA 4I62A 4FAJA 2B3FA 1LBBA 3TCFA 1B5HA 4F1YA 3IX1A 3KG2A 4UA8A 4EF1A 5K2XA 2GH9A 1B52A 1Z7ME 4KD5A 1SW1A 3TAJA 3TQLA 3FJMA 4MBPA 4GIZA 2I58A 2QS4A 2I48A 3FATA 3M3FA 3TCGA 1IUDA 4R2BA 4YKIA 3LC8A 3K1MA 3TZAA 5KZTA 5J1DA 1FQFA 3T9XB 1O7TA 1JVYA 4O3AA 4G68A 3IO6A 3S9MC 3LVUA 4ESXA 4NF8A 2ONSA 1FCKA 3FXUA 2UVIA 1USYH 3RTWB 5F7VA 1NH7A 2A5SA 5I59A 4H5FA 4F3PA 3V89B 1JW5A 3SEVA 4N13A 4MH5A 1QJMA 3C35A 5H8HA 3EQ1A 3TEPA 4JDFA 1S7YA 3ECRA 4G8MA 1EH3A 3O97A 2NUVA 3PU5A 2NVUB 2E0SA 1RYXA 3SKPA 4JBZA 1B6HA 3PAMA 4IY6A 3PUWE 2OWSA 1DTGA 2I49A 1Y20A 2PVUA 1OMPA 2WKYA 4OEVA 2PYYA 4P0GA 3JYRA 2NOOA 3K02A 4LA9A 2X7QA 3QSLA 3TTMA 4BDLA 1TXFA 3K6UA 4F1UA 1PBPA 1VE4A 3O6HA 4EQBA 2UVHA 3CVGA 3O6GA 2A5TB 1URSA 4GVOA 4NTLA 5L9SA 2UYFA 1MY0A 4H0WA 3DRHA 2VP1A 4JXIA 4XIGQ 4RK2A 3CHGA 3VVFA 2HAVA 2XX9A 4GL8A 2NWJA 1POY1 1A8EA 3MVWA 1B3EA 1I6BA 1URDA 2RINA 2XXHA 3A09A 1B7UA 4JSOA 3TCHA 1M5DA 3HHGA 4R74A 3ONMA 4PFWA 4I1DA 1ZLQA 3ZS6A 2Q8JA 1Y9UA 3H3GA 2OWTA 4K3FA 3EF7A 4RXLA 2Q89A 4GL0A 3DRFA 5I57A 2P2AA 2Y84A 1N7XA 3SESA 3MUQA 3CG3A 3G3JA 2X7PA 3SDFA 1FQBA 2V25A 3ZKKA 1TWYA 4IB2A 3G7WA 1IIWA 2RKMA 1OQHA 1CE2A 1JNFA 2B3BA 1N84A 2CZLA 4MFIA 2CMOA 3JV9A 1AIVA 4ZS9A 3MZ1A 4U1OA 4KYDA 5DVIA 1GGGA 4NF8B 3GZGA 3EHUA 3R26A 1DSNA 2AYSA 4DXBA 1MPDA 4OZ9A 4ZZAA 1BKAA 1MY1A 4NMYA 5FHOA 3CRBA 3W9VA 1Y1ZA 5H8HB 3PMWA 3U94A 5L8DA 2W7YA 4ELPA 2UXAA 4F2QA 1SBPA 4NF6B 4F22A 5HBCA 1HSEA 1Y1MA 3RN8A 4IO5A 3SEUA 3RYBA 3O6IA 4F3SA 1WDNA 5CBSA 2LAOA 3Q26A 1NNTA 3MAMA 3OENA 2DS9A 5CMBA 4F18A 1BIYA 5BUUA 4G8NA 3T9HB 5ISUA 4F3BA 2RC9A 3Q28A 3DP8A 3E13X 3R6UA 3ILTB 4FATA 2ZNSA 2M8CA 1OVBA 3PUYE 1HSJA 2I4BA 1NNPA 1N7WA 4MLQA 4ZEIA 2F6GA 2P0SA 4OENA 3S4UA 5EYFA 2H99A 3FVKA 1II5A 3C4MA 3SEWA 2THIA 4HTGA 4OMBA 2OBGA 3RYAA 1OIBA 5CBRA 2GFEA 4NWDA 3OO7A 4OERA 4Z7EA 4OFLA 1N04A 3C33A 1MQDA 4RPNA 2HZKA 1DMBA 3G3GA 1MXWA 1GR2A 2Z8DA 4I9DA 2F6PA 3G3IA 3UGWA 3H7MA 2IA4A 3CFLA 2XX8A 4FIMA 3S9LC 3RNNA 3PD9A 1O63A 1YTVA 1PDAA 2ZYKA 1P99A 3OOAA 5AA3A 3GLBA 2I0BA 4X1DA 2Y7PA 4QHQA 3O29A 2DXYA 4G2ZA 1LFHA 3O2AA 2REGA 2F7CA 3TODA 1F9BA 1B0HA 2H98A 4ZE9A 4FECA 4OHNA 5I2NA 2O1LA 1LAXA 4FE8A 4WKMA 4WEPA 4WXJA 1EZPA 4F39A 1P1UA 2QSXA 1A99A 3T96B 2HQ0A 3CFZA 2Y7IA 3DRGA 4G8HA 3UORA 1PB8A 1NH8A 2ZYNA 5L9OA 3U8QA 3VLUA 3U92A 4NWCA 5ICQA 2DXRA 3H6VA 4X1BA 4QFPA 1ZU0A 1LCTA 1DPPA 5DT6A 4PP0A 2AIXA 3QYTA 2G29A 4HCWA 3RT8A 3FJ7A 2ANJA 1MQHA 4LUBA 2I3WA 1R6ZA 2V3QA 3L6GA 5DYHA 3KN3A 4RYAA 3G3FA 5DEXA 3KBRA 1JQFA 2UYEA 4C1UA 3HV1A 3MC2A 2OCUA 4BLAA 3B6QA 4IGTA 2DVCA 1ZIUA 4BDQA 3K6VA 4OWDA 4U4XA 4U1ZA 1B40A 3FASA 4PQJA 2O68A 3Q27A 4F3GA 4GXAA 3OO8A 3IOTA 3O9PA 1SDXA 5I56A 2DWHA 1LLSA 1Q35A 1N0TA 4H8JA 4H65A 3CSGA 4QSDA 2F34A 1O64A 1BTJA 1GV8A 2Z8EA 3QIMA 4XKPA 1B3LA 1NL5A 3IK6B 2D5WA 3IOVA 4LONB 2Q2AA 3THIA 1A54A 1OVTA 5TP9B 3OELA 4U21A 2UVGA 2Q9TA 2PT1A 1LFIA 4F2OA 1JETA 1LGBC 4LP2B 2G93A 1XS5A 2I6EA 1IZ1A 2GHBA 1Q1KA 4GF8A 1LSTA 5ICTA 1FQCA 4YB6A 2F7AA 4OESA 2Y7RA 4IGRA 3L6HA 1ANFA 3O6PA 1XVYA 3KGCA 3LUYA 2I0CA 1GVCA 3HO7A 3MBPA 2VOZA 1ELJA 2XXWA 3Q25A 4KQPA 3E4RA 1MPBA 4ISUA 4ZEDA 1WVJA 5I2NB 1IXIA 3Q29A 3U93A 1SVXB 4GOTA 1UIVA 3FTOA 1QVSA 2ONRA 3LSLA 4NF6A 4F31B 4QSEA 3LSWA 1LAFE 2R9JA 1MM6A 2E1SA 2DE3A 1S50A 1QUJA 3IAZA 3SETA 3TTRA 3MZ9A 5AA4A 1R9LA 5ITPA 1RKMA 1B3FA 1BP5A 1QKAA 3JZJA 2H4IA 1B4HA 3OMBA 3MP6A 4DXCA 4R6HA 3RLFE 4QF9A 5DEXB 3FGSA 3GBBA 1DPEA 4EXKA 4BDMA 4U23A 3MW0A 3IB0A 3T22A 3CIJA 1MXYA 4Q5TA 5H8NB 3OSRA 3P7IA 1MPCA 2YLNA 3N26A 4ONYA 3EPEA 4XXUA 3PMVA 5BWJA 4YZZA 3H03A 1OLCA 2RCBA 5LOMA 5I56B 1FTLA 4R6KA 3TYHA 5I2KA 3KEIA 3FXRA 3PPOA 2H25A 1P1NA 3FV1A 1POTA 5CC2A 3DRIA 4FEDA 4YKJA 2Z8FA 5ITOA 3H4ZA 3N94A 3T93B 1T0KA 4QFKA 3S9EA 3I3VA 2B4MA 2Q88A 3CI8A 2HXWA 5A5XA 4R75A 2HZLA 4JWOA 1SYHA 4KPTA 2F78A 4R73A 3FUZA 4GRKA 3MWBA 1URGA 4EQ7A 3R7XA 3T9VA 1MY4A 2X26A 2QS3A 2F7BA 3VE1B 3H6TA 2R6GE 4RY1A 4R2FA 4POWA 1H76A 2QMWA 4OVJA 2KLFA 3KOTA 4ESWA 4YKPA 1LB8A 3N6TA 2YJPA 3KJ7A 4GD5A 2VHAA 4YAHX 3OEMA 2ESNA 1FQAA 1MQJA 2O7UA 1JEUA 4QRZA 3FD3A 1XT8A 3KSJA 2Y7WA 3KFMA 3KN8A 3MZBA 3MP8A 4G4PA 2ALUA 1M5CA 5H8SA 1ZBMA 1LAGE 4RK9A 5AA2D 3MVYA 2V93A 2XXVA 3IB2A 3I6VA 3PUZE 1VSOA 2O7IA 4N07A 4NEDA 2Y7KA 1NFTA 3D4CA 1PC3A 3IB1A 5B70A 3K2DA 3E3KA 2H5YA 5AA1A 4OTEA 1ZMGA 2DWJA 5AA4B 1ATGA 4EUOA 1FTKA 3PUXE 2R71A 1H44A 2DP8A 5CMMA 3C34A 3DP6A 3TUSA 4EDPA 5DVJA 3VXBA 1WODA 2XXQA 5H8QA 1IQ7A 3BFUA 2QL3A 3M3LA 3QXMA 1UQWA 3DRJA 2O69A 1B32A 1RYOA 3DRKA 1N76A 3C31A 3EN3A 1NNFA 2QRYA 3FVNA 1B7ZA 3HPIA 2ZNTA 3C9HA 2GRVA 3K01A 5TP9A 1YAEA 2XXYA 4O3CA 2PBWA 5I2KB 4Q0CA 1B05A 5FHMA 1QUIA 3MVXA 4R72A 3DM0A 1ZJLA 2UVJA 2ZXTA 3H06B 1H45A 3MQ9A 5FHNA 4OETA 1PBQA 2DE4A 1I6QA 1H3DA 3OO6A 1SYIA 3ZKLA 1SW4A 3HN0A 3KOSA 3USDA 4JWYA 1VFEA 5A5XB 3VFJA 4QFOA 5DVFA 1VR5A 5HM4B 4YMBA 3K00A 3OEKA 1Y3NA 4XKQA 1Y4CA 5EHMA 1SD3A 1SW5A 4ELOA 3TDJA 4KI0E 1PEBA 3TELA 2XXUA 4XTCQ 3LSXA 5CI5A 1M5FA 4H8IA 3TMGA 4HS7A 5I58B 2PT2A 2P1SA 3T66A 4TLMB 1IXCA 4QFNA 2DE2A 5CMKA 1MDP1 4HCYA 1B2HA 2DOJA 4H67A 1AL3A 3H6UA 2FA7A 2XXXA 3S2VA 3UP9A 3PD8A 3PUVE 1XHYA 3RUMA 3DELB 2DSFA 4UACA 1B9JA 1M5BA 5IAIA 1EZ9A 3HSTA 4NF4A 1MH4A 5F1QA 3OO9A 5AE4A 3ODBA 4DDDA 3RPWA 1MXXA 4O3BA 3B7DA 2ZYOA 4F1VA 2HCAA 1IEJA 4YB7A 5H8NA 1BLFA 1Z7NE 3FVOA 2REJA 4LQ5A 5TPAA 3ILUB 3U1OA 3ZSFA 3TPAA 3KSXA 4EF2A 1D9VA 3E9XA 4THIA 1IITA 5KDTA 3PPPA 1NKXA 1LFGA 4POXA 1SI0A 4QSCA 1B0LA 3TFLA 2RCAA 3O66A 4F19A 3SEXA 1R1NA 5JK4A 3N6UA 3C36A 2XXRA 3WAEA 4Q8RA 5H8QB 4AB5A 4IO6A 2Z23A 1ZTYA 3VDFA 4Z0IA 1FTMA 4YKKA 3MPKA 2OLBA 4TLLB 1OLAA 3EHTA 3IOWA 1XC1A 3K6XA 3IL1B 4F29A 4DIGA 2RF1A 5B7DA 2DQVA 2NXOA 5HPQA 3EHSA 1P1OA 3QK6A 1P1WA 3BFTA 5H8FB 1LB9A 2WOLA 1A7LA 1SQYA 1TT1A 1B46A 1NMUA 2XD2A 3O28A 2OK2A 2ONKE 3A3CA 4H6DA 4LVQA 3M8UA 5DTBA 4NF5A 4QFLA 1KWHA 4C0RA 5K2YA 4Q30B 4IO4A 1PB7A 4M1VA 3QUJA 3B6TA 1FTOA 3DP4A 1IXHA 3PV0E 2ZNUA 4DCYA 3RY3A 2QPQA 1XOCA 2QJEA 1TFDA 2DWIA 1Y3QA 5JTYB 1EZOA 3GBAA 4OFJA 3CR9A 1SW2A 5AA2A 3TQWA 1B1HA 4WEDA 4KR5A 2IEEA 4P11A 4AQ4A 4AB6A 5JEIA 1USYE 3IJXB 1D4NA 3SEYA 4BDOA 1B3GA 4LZ8A 1MY2A 5EHSA 4DLDA 2H9BA 3PPNA 2F36A 1M5EA 1DOTA 5TU0A 2XHDA 3K0VA 4E0WA 2ZYMA 5KCJB 1IXGA 3VLWA 4U22A 1JVXA 4ECFA 2HAUA 1MRPA 1D3KA 4NF4B 4HW8A 3IOUA 3MP1A 1MXZA 3PMXA 2D21A 3RQTA 3K6WA 4KHZE 3K1PA 1SI1A 4YU0A 4L17A 2OJTA 3IJOB 1EU8A 5TPAB 1US4A 2XX7A 1HSLA 3V8XB 4RA1A 2FNCA 2PX1A 5FTIA 1A55A 3CFXA 5I84A 5KDTB 3FXQA 4ND9A 2XD3A 4X9TA 2ABHA 4GQOA 3SERA 1QULA 3B6WA 3OSQA 3RGYA 5CM6A 2BJJX 4G68C 1ZKBA 3MVZA 3PPQA 2F97A 3T9UA 1NNKA 4U4SA 4ELRA 2O1MA 4IY5A 1D9YA 1B51A 4ZDMA 1L5TA 4JWXA 3FZVA 4GLIA 4JSDA 4LATA 4YMAA 1DTZA 3M3KA 3QUFA 2VD3A 4KYEA 2RC8A 1YPNA 2QS2A 3UK4A 2XXPA 1B4ZA 4RNSA 3TTLA 2F8DA 1CB6A 4YB5A 1TFAA 4OYVA 3FV2A 3F11A 2VGQA 3CG1A 4ZEFA 4NF5B 1H43A 3LSFB 4H5GA 1AH5A 3C32A 5I58A 2AL5A 2RC7A 1YCJA 3OXNA 4G68B 4FORA 1UTHA 1MXUA 2D3IA 4ZEBA 1MQGA 4LZ5A 3KZGA 5L9MA 4GWOA 2V84A 1LBCA 3W15C 4OXVA 5CRYA 4U2RA 1A40A 5AA2B 5I59B 3W9WA 3N5LA 1MXVA 1R9QA 4I8CA 2GHAA 3LR1A 1UTBA 1B3HA 3V5AA 1US5A 2B65A 3VV5A 1UIUA 4ZZEA 4IO2A 1JEVA 3RT6B 3S9NC 2AL4A 3D4GA 1QW0A 1Y3PA 3HHFA 1MG1A 2O84X 1N3XA 3TTNA 3VXCA 4DZ1A 4LZ7A 1PB9A 4PFUA 5ELVA 2XXTA 4IO7A 4RPOA 1QKBA 1QUKA 4PETA 2WOPA 1A8FA 2DVZA 4BDRA 3RTFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XKRA 4X48A 4ZECA 4N17A 2XXIA 1FQDA 3H6WA 4YICA 4GXSB 4KFQA 1AMFA 4GWSA 4P56A 4ELQA 5FBPA 4JVCA 3UIFA 4DE8A 1FW0A 2Z22A 1IMAA 5H8FA 4JB7A 2O51A 4PE5B 4ZEKA 4PCDA 1MH3A 4E0XA 1JW4A 3KN7A 1NV1A 3K4UA 1FQEA 5ET6A 2F5XA 2V3TA 3I5OA 4X8RA 4P0IA 5M2VA 4OQOA 1LCFA 3G3KA 4PFIA 3MYUA 4KCCA 3IO4A 1JW1A 3TKDA 1GTKA 1INPA 1I6AA 3HCQA 2YPNA 3UN6A 3CSBA 2QS1A 5I57B 1FTAA 4H1XA 3DLNA 4EXLA 4PC9A 1MY3A 1B1XA 5JTYA 1MDQA 1B5JA 3U72A 3VVEA 3BKIB 2ZMBA 3GXAA 1XVXA 1N3WA 3E79A 1NUWA 3UA8A 1S9TA 3K1NA 4DXUA 4TQUQ 3HFUA 5IM2A 4RJZA 1UTHB 3B8BA 4R6YA 3VVDA 1MS7A 3G3HA 4NE4A 4LQ2A 2I3VA 2I4CA 5IGAA 5KCJA 3A3UA 3PGFA 2PFZA 2KQZA 4IO3A 3V83A 4GWWA 3KJTA 1QGXA 4PFBA 1B7HA 3OD7A 2QMXA 2DYXA 4MF3A 3PPRA 4M4GA 4EQ9A 2OZZA 4ZE8A 1Y4TA 4FEBA 4FJPA 3MJNA 2V3UA 3LBSA 4XKNA 1J1NA 3QAXA 2FYIA 4GFRA 4OFOA 4BDNA 5IKBA 3NOHA 1UTBB 2HFBA 2PMSA 2Q2CA 4MLVA 1B58A 3IR1A 1OQGA 2B4LA 1NUZA 1LBZA 1LAHE 3B50A 2VD2A 4PFTA 4R9GA 4PFYA 3BBRA 4MIJA 2DWAA 3VLVA 2WOKA 2A5TA 5IZ3B 4KCDA 5EQAA 3FIRA 4G77A 3MPLA 3IFCA 4KYSA 2F3DA 1B5IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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