1JETA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kak
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The role of water in sequence-independent ligand binding by an oligopeptide transporter protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Complex (peptide transport/peptide)
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 187
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1jetA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jetA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1jetA02
2RCBA 3LUYA 4WEPA 3HCQA 4FECA 2RC9A 4Q5TA 3QSLA 1GGGA 4OEUA 3SETA 1XVXA 4ZEFA 1Y9UA 5H8QA 3KJ7A 1B3LA 3E13X 2Y7RA 3QK6A 1MDP1 1SDXA 2QS3A 2UYFA 5I57A 4DLDA 5HPQA 4THIA 1IXIA 3G3FA 1MXUA 1Q1KA 1B2HA 5F7VA 1UTHA 3VXBA 2H5YA 1MS7A 4KCDA 1POTA 5KCJB 3OO6A 1NH7A 4XTCQ 4ESXA 1P1NA 3G3IA 3SDFA 1B6HA 2XXPA 4NF5A 1KWHA 2NXOA 4HS7A 2XXUA 3SEUA 1JNFA 3LSLA 4M4GA 3RTFB 2Y7WA 3D4CA 3MBPA 2B4MA 3H7MA 3PPOA 2XXTA 5FHOA 2F5XA 4KFQA 4IO5A 3PD9A 1MQHA 5DEXA 1EU8A 3C33A 1NNTA 1I69A 3W15C 3PAMA 3OENA 4PFYA 2ANJA 5ICQA 4POWA 1AL3A 5I2NA 4JB7A 4XKQA 3UORA 1JEUA 1S7YA 3I6VA 4YMAA 2V3TA 1UIUA 4RXLA 3F11A 5CBRA 1Y3PA 1B40A 4AQ4A 1YAEA 2ZNTA 3TZAA 4POXA 4G8NA 2V3UA 4GLIA 4FJPA 3C4MA 1XT8A 1I6BA 2VHAA 4EF1A 4KR5A 4X9TA 3WAFA 4JWOA 3LSXA 3N94A 3A3UA 2D5WA 2D3IA 4H5GA 4GVOA 4R9FA 1P1OA 5DYHA 1BIYA 1SQYA 1FQEA 2AL5A 4R6KA 3MPLA 4G4PA 4MF3A 1PBQA 3K6XA 2RC8A 4QFKA 2H99A 4YKJA 5BWJA 5H8HA 2ONKE 1ZJLA 4QRZA 2A5SA 3IX1A 3K2DA 2UVJA 5F1QA 4X1DA 3VVEA 4G2ZA 2GHAA 1OLCA 2XXQA 1T0KA 1DMBA 1ANFA 4RYAA 1AOVA 4OYVA 1MY2A 3B6TA 3ILUB 3QIMA 3JV9A 2ZXTA 4ELPA 2D21A 3PUVE 4LUBA 1TXFA 4U1OA 2Z8FA 2O7IA 1H45A 3VLVA 4MLVA 4QHQA 4ELRA 2GRVA 3SERA 3DELB 2UYEA 3R7XA 2F36A 2Z22A 1NNKA 4FORA 1B0LA 1EZOA 3O9PA 3CG3A 1BP5A 1MQIA 1SI0A 4NF4B 3TQLA 5I84A 1B1XA 3DLNA 4XIGQ 1SYHA 3TTRA 2WKYA 1B5JA 4N13A 4H65A 2O6AA 3RQTA 1NL5A 4JWXA 3MWBA 4TQUQ 5H8FB 2Q2CA 3O66A 4XKRA 1B3EA 4U1ZA 1SW1A 2IEEA 3TKDA 4YKIA 2ZYMA 2H4IA 4MBPA 4EUOA 4NEDA 1OQGA 4OESA 3O6HA 1URGA 2Q88A 5JTYA 3MVYA 3G3HA 4FAJA 3V8XB 4BDRA 4ZEBA 2CMOA 3KJTA 2QJEA 1O63A 3ZKKA 2YLNA 4WEDA 2I4BA 3CHGA 4O3BA 2DOJA 3HO7A 3T66A 1I6AA 3CSBA 2B3FA 1N04A 5AA2A 3QUFA 1VFDA 4P0GA 4ZEIA 3IB0A 3IORA 4NF6A 1WDNA 2OK2A 5J1DA 3TTMA 1FCKA 2F6PA 4F18A 2REJA 3S9LC 1TT1A 1IXCA 1YPNA 2QS4A 4KCCA 3PUZE 4PP0A 1B3HA 4HCYA 5M2VA 3EHSA 1EH3A 5FHNA 2QRYA 3PMXA 2CZLA 3HHFA 1ZLQA 1MM6A 2UVIA 4PETA 4RNSA 3MZ1A 1MXYA 2XD3A 3RGYA 3L6HA 5CC2A 2HEUA 3B6QA 4MFIA 3LR1A 4FEBA 3MP1A 5IKBA 3H03A 5K2XA 2DE3A 1TWYA 3GZGA 4YKKA 1DPPA 5H8NA 2ZYNA 3VDFA 1ZIUA 3CSGA 1A54A 2B4LA 3TDJA 2X7PA 4FE8A 4ELQA 5CBSA 3DRHA 3BBRA 3TUSA 4LA9A 1H76A 1FW0A 4PFTA 2NUVA 4H67A 3USDA 1FTKA 3KN3A 1PB8A 1WVJA 3FJ7A 3DRJA 4DE8A 4XXUA 4R9GA 1PEBA 2F34A 2RINA 3TCGA 3I3VA 3T9XB 1UIVA 5DT6A 4ZS9A 4WXJA 1CE2A 4R74A 2FA7A 2O69A 2M8CA 4IY6A 5I58B 5H8SA 2F97A 3V5AA 1Y20A 3TTNA 4R2FA 3LVUA 2XHDA 3UK4A 2O51A 3K6WA 3T22A 2A5TB 3ONMA 4OHNA 3UN6A 2V93A 1JQFA 5I2KA 5FTHA 3Q26A 3OSRA 2XXWA 4DCXA 5CMCA 4H6DA 4DXUA 4LZ5A 5CMBA 5TPAB 1UTBA 3U94A 4IB2A 4WKMA 4Q0CA 3QAXA 1NKXA 3TODA 1B52A 2ONRA 1J1NA 4U4SA 1P1UA 3VVFA 3CFLA 5KDTA 2B65A 2RC7A 3PPPA 5A5XB 4EQ9A 3OEMA 3MQ9A 4H5FA 2B3BA 1NFTA 1S50A 3IK6B 3K0VA 4NMYA 5ITPA 4R72A 3VLWA 2OWTA 1A55A 2O84X 2P1SA 3DP8A 3VE1B 4F22A 3O2AA 1DTGA 4MLQA 2I6EA 4ISUA 1LFIA 4YU0A 1POY1 3K6UA 4JSDA 3TQWA 2W7YA 4RA1A 4JBZA 3RTWB 4BDMA 2RF1A 1OQHA 1LAXA 1D4NA 4OMBA 1CB6A 2DS9A 3E4RA 1OMPA 1NNFA 2OBGA 3MVXA 4U21A 2G93A 4QSCA 3FZVA 3G3JA 1M5EA 3M3FA 2ZYKA 4R73A 2QMXA 4L17A 3FTOA 2Z8EA 1YTVA 2GHBA 1O64A 4LONB 3Q25A 1B4ZA 3GBAA 5ITOA 5DVJA 2G29A 1N3XA 3WAEA 1UQWA 2GFEA 2Q9TA 2PT2A 3CRBA 2DYXA 4ND9A 1MY1A 5AA4B 4OEVA 1D9YA 5AA3A 1BKAA 4NF8A 3T9UA 1OIBA 2OJTA 3TYHA 4JSOA 3FJGA 4DIGA 4KHZE 1FQCA 4KYSA 1LSTA 1LBCA 3TCFA 5TP9A 1QKBA 1R9QA 5LOMA 3IAZA 1D3KA 1LBBA 5I59A 3C35A 3RUMA 3A3CA 3EQ1A 2QL3A 2I58A 4Q30B 1Y3QA 5EYFA 2WOPA 1QW0A 3IO6A 3MVZA 3EF7A 3MJNA 5EHSA 2ZNSA 2IA4A 4HCWA 1JW1A 4P11A 2DXYA 2QS1A 4YKPA 5L8DA 4G8MA 3MAMA 1MH3A 3N26A 3QYTA 4KPTA 2X26A 3MP6A 4BDLA 3S2VA 1USYH 4R75A 4N07A 2DE4A 3KFMA 4JWYA 4OZ9A 3Q28A 4UACA 3O28A 3K4UA 3RPWA 4BDNA 4YICA 2V84A 1P1WA 4X48A 3MPKA 1MXWA 1XOCA 3PUYE 4C1TA 1MY4A 2RCAA 1A7LA 5JK4A 1OVTA 3FXUA 3TCHA 2O1LA 2E1SA 1A99A 1B05A 1FTJA 4I62A 4H8JA 3UP9A 5IAIA 3N6TA 4FATA 5AA2D 1LB8A 2DWAA 3H6VA 3S9NC 1A8FA 1LFGA 2I48A 3D4GA 4X1BA 3LBSA 3K01A 4PE5B 2UXAA 4OTEA 3E3KA 3P7IA 1AMFA 3FXRA 1QVSA 3FV2A 2PT1A 1IXHA 1US4A 4F1YA 3PD8A 4JXIA 5H8QB 2XX7A 3RNNA 4M1VA 4EXKA 4G68A 1PDAA 5I57B 4OENA 3M3KA 1BLFA 3OMBA 2F7CA 4QFOA 4F39A 1UTHB 1MH4A 1ZBMA 3PUXE 3A09A 4ECFA 1PBPA 2F7AA 4GRKA 4MH5A 3DP4A 2H98A 4F2QA 4GD5A 2DVZA 3PPQA 3PV0E 4NF5B 4UA8A 1NH8A 2DXRA 3HHGA 1Z7NE 1XS5A 3SEVA 3DP6A 4IO3A 1B51A 1SI1A 3IOWA 1A8EA 3IB1A 1I6QA 5I56A 3KZGA 5DEXB 4JDFA 3PUWE 3GLBA 4QF9A 1URDA 2THIA 3FUZA 5K2YA 3MVWA 2HXWA 5I2NB 1B58A 4ELOA 4H8IA 3G3GA 4IO6A 1O7TA 1GVCA 4AB6A 4LZ8A 5HM4B 5B70A 1LGBC 1N76A 1MG1A 5DTBA 3VV5A 4YAHX 4E0WA 1B4HA 4LATA 1FTOA 4O3CA 3TTLA 1RKMA 3UIFA 1FQAA 1B9JA 3RY3A 3ZKLA 1HSJA 2NVUB 1QUKA 1XVYA 1BTJA 2PX1A 3T9VA 1MQJA 3MC2A 4ZZEA 4K3FA 3OO8A 1LCFA 3FVOA 1EZPA 3H4ZA 4ZE9A 4H0WA 4GXSB 1MDQA 3ZSFA 2O7UA 3QXMA 1XC1A 1IIWA 4OXVA 4DZ1A 1H3DA 1S9TA 4YB6A 1OVBA 3BFTA 4OQOA 5H8HB 3G3KA 2XXIA 2Q8JA 4IO4A 5KCJA 2ZYOA 1LLSA 1N3WA 2XX9A 5TU0A 2LAOA 3VFJA 2HFBA 1VFEA 3L6GA 3S9EA 5CRYA 3BFUA 3QUJA 3PMVA 2H25A 5L9MA 3TELA 4ZEKA 4KQPA 2XXYA 4YB7A 3MZ9A 1JW4A 1US5A 2XXVA 5L9SA 3U8QA 1MPDA 3TEPA 1RYXA 1VE4A 2Y7KA 4I9DA 3O29A 1URSA 4ZZAA 1TFAA 4PQJA 5FTIA 3C34A 4Z7EA 4TLMB 4QFNA 3C9HA 1F9BA 1MQDA 2QPQA 1MY0A 4BDQA 3IR1A 3CI8A 4KD5A 1JVYA 1ZKBA 2I3WA 4H1XA 4RPNA 3S4UA 3SEWA 2ONSA 4IO2A 1B46A 1USYE 1L5TA 3IJOB 4F29A 3MZBA 2DWIA 3V89B 1IEJA 4DDDA 4YMBA 1MXZA 4ZEDA 4RJZA 2DP8A 4Q8RA 4F3SA 1M5BA 3FATA 5JTYB 1R9LA 1Y4CA 2R71A 3CVGA 3IJXB 2F6GA 3K02A 2DE2A 4OWDA 4FIMA 2Y84A 3M3LA 1B5IA 1B32A 3FVGA 4G8HA 4ZECA 4G68C 2QS2A 1QULA 1B3GA 5CM6A 5AA2B 1FQDA 4ZDMA 3PMWA 3W9VA 1SBPA 4U22A 4LP2B 4LQ5A 4ONYA 2FNCA 1R6ZA 4NF6B 1IZ1A 1SW4A 3H6TA 1N7WA 4PFWA 3RT8A 3IOVA 3GBBA 4XKNA 2E0SA 4YB5A 1Q35A 1II5A 3PPNA 1FTMA 2Q2AA 1P1QA 1OLAA 1AH5A 3ILTB 2Z23A 3R26A 1SYIA 3RT6B 3EPEA 2OZZA 3IL1B 2XX8A 4QSDA 2PYYA 2PMSA 3OXNA 4U2RA 3V83A 3E9XA 2DWHA 1GV8A 2HQ0A 1ELJA 3CIJA 3UA8A 1N0TA 2VD3A 4NF4A 3U92A 2VD2A 2RKMA 3B6WA 3HN0A 1JETA 5H8NB 4OFLA 1RYOA 4QFPA 3FVNA 4GF8A 3U93A 4N6PA 3DRFA 4F2OA 3R6UA 1P99A 2I49A 3KN7A 4ZE8A 1M5FA 2VP1A 2QSXA 5H8FA 2ZMBA 3FD3A 1JW5A 2P0SA 3FJMA 3O6GA 4IO7A 4RY1A 3IB2A 3T96B 3HSTA 4Z0IA 3K1NA 3SKPA 2V25A 5CMMA 2WOKA 3HV1A 3H3GA 1MPBA 3CFXA 1B1HA 4DXCA 3OELA 4R2BA 1DSNA 4GIZA 3FGSA 1N84A 2VGQA 4LZ7A 1LCTA 2XXXA 4HTGA 5ISUA 4GWOA 2UVGA 1IUDA 3OEKA 4DXBA 2O68A 1MM7A 1SD3A 5I2KB 1QJMA 4F19A 2R9JA 4F3BA 2XXHA 1MRPA 1DOTA 2PBWA 5EHMA 3KGCA 3PGFA 3U1OA 1M5CA 1UTBB 1DPEA 1M5DA 4HW8A 3H06B 2H9BA 4FEDA 2OLBA 2Q89A 3K00A 5KDTB 1SW2A 2PVUA 4KYEA 4F1UA 3O6PA 2P2AA 1ZTYA 2HAUA 1DTZA 1MQGA 4NWDA 3THIA 3PPRA 3UGWA 2HAVA 3G7WA 1H43A 3TPAA 1NMUA 2ALUA 4QSEA 5CMKA 1IQ7A 3FV1A 2WOLA 3CG1A 4QFLA 3EHTA 5BUUA 1MXXA 2Y7IA 2DQVA 1FQBA 1B0HA 3VVDA 1R1NA 2HCAA 3DRGA 4P0IA 3C32A 2O1MA 3KSXA 3CFZA 1YCJA 3FXQA 1Y4TA 2V3QA 1LAFE 4OFJA 3SEXA 4XKPA 5AE4A 5I58A 5CI5A 4O3AA 4I1DA 4LQ2A 3H6UA 1QUIA 4NE4A 3N6UA 1MXVA 4GL8A 1GTKA 5ELVA 5AA1A 3TFLA 3K6VA 3RN8A 4IY5A 2A5TA 4NWCA 3VLUA 3I5OA 3DRKA 4NF8B 4F31B 3KOTA 3B7DA 3M8UA 5TPAA 1IXGA 2R6GE 3EN3A 1Y3NA 3T93B 1JEVA 4IGTA 5TP9B 3DM0A 5A5XA 3DRIA 5I59B 3JYRA 4OETA 2QMWA 1QUJA 2F78A 2Z8DA 5DVIA 3O6IA 1B3FA 4EDPA 1AIVA 1PB9A 3N5LA 2BJJX 2NOOA 4F3PA 1WODA 3C36A 1A40A 3ECRA 3IOTA 3C31A 4ESWA 1ZU0A 3SESA 2FYIA 4RK2A 3RYBA 2Y7PA 1EZ9A 3PU5A 1GR2A 2ABHA 4OERA 1Y1ZA 2X7QA 3BKIB 2I4CA 2I3VA 1MPCA 1HSLA 1VR5A 3O97A 2I0BA 2F8DA 4YZZA 1H44A 2YPNA 3Q27A 4EF2A 4KYDA 3EHUA 3LC8A 1B7ZA 3IOUA 3KBRA 3W9WA 4GOTA 2DVCA 3KSJA 1ZMGA 3OSQA 5L9OA 2AIXA 3IO4A 4TLLB 3FIRA 3OO9A 2NWJA 3GXAA 1Y1MA 4KI0E 5AA4A 2YJPA 4RK9A 1QKAA 4IGRA 1HSEA 2HZLA 4GQOA 3H6WA 2AL4A 3K1PA 5DVFA 4C1UA 4C0RA 1Z7ME 1XHYA 4G77A 4RPOA 2F7BA 5FHMA 2KLFA 1B5HA 3MUQA 2XD2A 3TAJA 2I0CA 4NTLA 2VOZA 1ATGA 4G68B 3KOSA 1VSOA 3JZJA 3MW0A 5HBCA 1FQFA 4OFOA 1LB9A 3OOAA 4F1VA 1LAGE 2ESNA 3FVKA 3HPIA 4I8CA 4EQBA 3KEIA 4E0XA 2UVHA 2HZKA 3KG2A 1NNPA 3SEYA 3RLFE 3AXFA 1PC3A 1PB7A 2OCUA 3FASA 4BLAA 4EQ7A 2AYSA 1SW5A 5B7DA 3Q29A 3T9HB 1LFHA 1SVXB 2DWJA 4GL0A 3TMGA 2XXRA 4BDOA 3OD7A 4PFUA 4U23A 3MP8A 4LVQA 3TTKA 1B7HA 4EXLA 3RYAA 4AB5A 4DCYA 5I56B 3LSWA 2DSFA 4R6YA 3CR9A 3LSFB 2GH9A 2REGA 1TFDA 3VXCA 1LAHE 2OWSA 3ZS6A 3ODBA 1B7UA 1IITA 2ZNUA 3KN8A 1N7XA 1MY3A 3U72A 3K1MA 1FTLA 3OO7A 4GXAA 4GFRA 3S9MC 5KZTA 5ICTA 1JVXA 2F35A 4TOZA 5JEIA 4OVJA 4R6HA 1D9VA 4U4XA 4F3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RCBA 3LUYA 4WEPA 2XA5A 3HCQA 4FECA 2RC9A 4Q5TA 5IZ1A 3QSLA 1GGGA 4OEUA 3SETA 4MX6A 1XVXA 4ZEFA 1Y9UA 5H8QA 3KJ7A 5ET8A 1B3LA 3E13X 2Y7RA 3QK6A 1MDP1 2P3VA 1SDXA 2QS3A 2UYFA 5I57A 4DLDA 5HPQA 4THIA 1IXIA 3G3FA 1MXUA 1Q1KA 1B2HA 5F7VA 1UTHA 3VXBA 2H5YA 1FBCA 4MNIA 1MS7A 4KCDA 1POTA 5KCJB 3OO6A 5ET7A 1NH7A 2L5VA 4XTCQ 4ESXA 1P1NA 3G3IA 3SDFA 1B6HA 2XXPA 4NF5A 1KWHA 2NXOA 4HS7A 2XXUA 3SEUA 1JNFA 3LSLA 4M4GA 3RTFB 2Y7WA 2P3NA 3D4CA 3MBPA 2B4MA 3H7MA 3PPOA 2XXTA 5FHOA 2F5XA 4KFQA 4IO5A 3PD9A 1MQHA 5DEXA 1EU8A 3C33A 1NNTA 1I69A 5LTCA 3W15C 3PAMA 3OENA 4PFYA 1IMDA 1JP4A 2ANJA 5ICQA 4POWA 1AL3A 5I2NA 1INPA 4JB7A 5I5PA 4XKQA 3UORA 1JEUA 1S7YA 3I6VA 4YMAA 2V3TA 1UIUA 4RXLA 4XF5A 3F11A 1YYZA 1FJ9A 5CBRA 1Y3PA 1B40A 4PFBA 4AQ4A 1DBZA 1YAEA 2ZNTA 3TZAA 2XWKA 4POXA 4PF6A 4G8NA 2V3UA 4GLIA 4FJPA 3C4MA 1XT8A 1I6BA 4PFRA 2VHAA 4EF1A 4KR5A 4X9TA 3WAFA 2FHYA 4JWOA 3LSXA 4X8RA 3A29A 3N94A 3A3UA 2D5WA 2D3IA 4H5GA 4IR8A 4GVOA 4R9FA 1P1OA 2R8TA 5DYHA 1BIYA 1SQYA 1FQEA 2AL5A 4R6KA 3MPLA 4G4PA 4MF3A 1PBQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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