1JETA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kak
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The role of water in sequence-independent ligand binding by an oligopeptide transporter protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Complex (peptide transport/peptide)
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 187
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1jetA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jetA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1jetA02
4OMBA 3U1OA 3RN8A 3SERA 1ZLQA 1S7YA 1D4NA 3IR1A 2ONRA 2DP8A 3H6UA 1YTVA 2XX9A 3FATA 2HAVA 2I49A 1YAEA 3WAFA 2DVCA 3IX1A 4C1TA 2IA4A 3K2DA 5M2VA 4QSEA 2YLNA 4GQOA 3CHGA 1AL3A 1P1QA 4C0RA 2Q9TA 2QPQA 1VFDA 3PMWA 4OXVA 4PETA 4LQ2A 2Y7PA 4UA8A 4OVJA 3G3HA 4F3BA 1IEJA 4KD5A 1A7LA 1N76A 4I62A 3IOVA 3O29A 3I5OA 1JEUA 1USYE 2DOJA 4H0WA 1B0LA 4BDOA 4DE8A 5ITPA 1BP5A 2Y7KA 1B40A 3FZVA 1FQEA 1TWYA 3K1MA 3QAXA 2A5TB 2RINA 1QKAA 2OCUA 4LQ5A 2XXHA 5KDTA 4R6HA 5CMKA 3KSXA 1B2HA 5AE4A 2Z8DA 1UTHB 2ZYNA 1FQCA 2Z8EA 1H44A 3JZJA 4ELPA 4NMYA 5JTYB 3K4UA 2R71A 4OFOA 4DLDA 3IJOB 1OMPA 5JK4A 1B3GA 1N3WA 1B4HA 4I8CA 2Y7IA 1ATGA 4H5GA 1DTGA 2RC7A 2OJTA 3G3IA 2THIA 4IB2A 2DE2A 1JETA 1TT1A 3P7IA 4KQPA 2F6PA 4ISUA 3I6VA 2AL5A 2XXXA 3K00A 5TPAB 2XX7A 1GGGA 1ZKBA 1EU8A 4KHZE 2O69A 4F29A 1DTZA 3FASA 3QK6A 4YKKA 4ZEBA 1GV8A 1S9TA 2FNCA 2P0SA 1OQGA 4LZ8A 3ILTB 4LVQA 3U72A 4F39A 4WEPA 3HO7A 5I2NB 2DS9A 3H03A 3R26A 1LBCA 4ZE8A 3SEUA 4JXIA 5LOMA 4GWOA 2I0BA 4R6YA 1MXXA 1N3XA 3IK6B 3SEXA 2I3VA 1UTBB 4F1VA 2O7UA 5L9MA 1N0TA 1Z7NE 3K02A 4BDQA 4MFIA 2ZYOA 4MLVA 5F7VA 3QIMA 4ZEFA 5FHMA 2VD3A 1Y1MA 3H06B 4G4PA 5K2XA 4QFLA 2IEEA 3UIFA 2YJPA 3SDFA 4GF8A 4JB7A 1NFTA 4JBZA 1SW1A 4RYAA 3PAMA 1LB9A 3UK4A 4R2BA 1IXCA 4YB7A 3WAEA 4KCCA 3L6GA 1MY3A 3EF7A 3T96B 3IL1B 3VFJA 3M8UA 2NVUB 1FW0A 2B4LA 2P2AA 3RNNA 2P1SA 4U2RA 2HZLA 5AA2B 1ANFA 1UQWA 4H8JA 3MUQA 4UACA 3DRKA 1LCTA 1B51A 3T9XB 4PFYA 2QRYA 1MXUA 1B7ZA 3S2VA 3BKIB 3HSTA 3RY3A 3MPKA 4XXUA 4YKPA 3MAMA 1S50A 3E13X 2DYXA 1Q35A 3DP8A 4H1XA 2B4MA 1R6ZA 5I84A 2H98A 1ZMGA 5A5XB 4ZECA 3UGWA 5KCJA 4ECFA 1OVTA 1R9LA 1IXHA 2Q2AA 3MPLA 4KYDA 1N84A 1GR2A 5I57B 3CVGA 3KN3A 4PQJA 3O97A 3OO6A 4ZZEA 2Q88A 2F36A 3K6VA 5CMCA 4U22A 2O84X 2F97A 2XXUA 2XXYA 4YKIA 2ZYMA 5H8HB 3C32A 2VD2A 1JEVA 4YAHX 1I6AA 4ZS9A 1SVXB 3ZSFA 3GBBA 4N07A 2ESNA 3RQTA 1T0KA 2HAUA 5I56A 3A3UA 3IORA 1MQIA 1MQHA 1MY2A 3PD9A 4R75A 4THIA 5I59B 5I58A 1D3KA 1O7TA 4FJPA 1MH3A 4U1OA 3I3VA 2WOLA 1MM7A 5TP9B 2H25A 1XS5A 1XT8A 4PE5B 2UVIA 3K6UA 4H6DA 5AA4B 1PBQA 1WVJA 4GLIA 3DRGA 2DQVA 3O6GA 4KFQA 1H43A 3G3GA 1LAFE 5FTHA 1POTA 2F78A 2F34A 2F7CA 4BLAA 1EH3A 3F11A 3FV1A 5DYHA 2R6GE 3VE1B 1SW5A 4LZ7A 1OIBA 2QS4A 3BBRA 3CG1A 3CSGA 4E0WA 4BDNA 4O3AA 1BKAA 2GRVA 2QJEA 4NF5B 3VVDA 3KEIA 3TUSA 4YMAA 3MZ1A 3TELA 3OMBA 3E3KA 2RF1A 3T22A 2GFEA 2HXWA 2QS3A 3W15C 1DOTA 4OESA 2Q8JA 5TU0A 4RK9A 4ZEDA 1NL5A 3TPAA 2XXTA 3KJTA 4G77A 4G8HA 1ZTYA 3OEMA 4NF6A 2B65A 2V25A 2O6AA 3IOTA 3TCFA 1MDQA 4FE8A 1AOVA 1QUJA 4I1DA 1A8FA 1SD3A 3S4UA 3FVKA 2Z8FA 1WDNA 3V83A 1NNFA 3OO9A 1JW1A 4DXUA 1P1OA 4RPOA 3PPOA 3DRJA 3B6QA 3MP6A 3LSXA 2G29A 1DSNA 3M3KA 5J1DA 3SKPA 2HZKA 3ILUB 3SETA 5I2KA 1PB7A 1Y20A 3Q26A 3BFTA 4F3PA 3EPEA 4XKRA 3RYBA 3OO8A 3EQ1A 3TMGA 1R1NA 1B4ZA 4IO6A 1MPCA 4QHQA 3U94A 3OEKA 5H8SA 3FIRA 5CMBA 2QMXA 1B0HA 1OVBA 5H8FB 4XKQA 4R9GA 4WEDA 3MZ9A 2REGA 4YU0A 3TZAA 3Q29A 4IO4A 1SI1A 2GHAA 2PT2A 3N6UA 3FJGA 1N04A 2X7PA 1JQFA 4RY1A 1OQHA 5ICTA 4IO2A 5DT6A 1Y4TA 1RYXA 1RYOA 3PUXE 4KPTA 4NTLA 4FIMA 2WKYA 1YPNA 3RLFE 1PDAA 5DVIA 2ZMBA 3PU5A 2FYIA 2DE3A 1MG1A 1CB6A 3K1NA 3VLVA 1QJMA 3A3CA 3GBAA 2I0CA 2PBWA 3VV5A 5H8NB 4MBPA 4Q8RA 4FECA 5H8QB 1SQYA 4OWDA 1TXFA 3FXQA 2XXVA 3DLNA 1ZIUA 3H7MA 3CR9A 5AA3A 3RT6B 4OEUA 3PUWE 1A8EA 3T93B 3TTRA 3TDJA 4MH5A 4ESXA 3B6WA 3IAZA 3KOSA 4OFJA 4KI0E 3M3LA 1Y1ZA 3GZGA 1FQDA 2ANJA 1US4A 4F2QA 4O3CA 2GHBA 3GXAA 3IB0A 1JW4A 5DEXB 1LB8A 1JW5A 1D9VA 1AMFA 3MC2A 3GLBA 1O64A 3TFLA 2A5TA 4NWCA 4K3FA 1B58A 3C4MA 3MP8A 3JYRA 2D5WA 4ELRA 3MVXA 1VE4A 2Y7WA 4JSDA 1NMUA 1LBBA 2X26A 2UVHA 3K6XA 2PX1A 3PPQA 4P0GA 5BUUA 2PT1A 3VLUA 1IITA 1UTHA 4NEDA 3KBRA 1MQDA 4G68C 3FD3A 3TAJA 3OSRA 5JTYA 5ELVA 1BTJA 4EXKA 1LFHA 1MPDA 1PB9A 3AXFA 3FVOA 1B46A 3PGFA 5CM6A 1MXYA 4RJZA 4FAJA 2OWTA 2OLBA 1J1NA 2ALUA 2CMOA 2FA7A 1CE2A 1MPBA 3E9XA 2F8DA 1B5HA 1H45A 3G3FA 3THIA 1VSOA 4E0XA 4WKMA 4EF2A 3W9WA 2O51A 1B3EA 4H8IA 4G2ZA 5TPAA 1MRPA 4EXLA 4R74A 1KWHA 4BDLA 1JVYA 5AA2D 2V3UA 1PB8A 3R7XA 4RK2A 4OFLA 3RTFB 2GH9A 2V93A 4OZ9A 4EUOA 3RYAA 1POY1 2R9JA 2YPNA 3C34A 3HCQA 4GXAA 1NH8A 2DWIA 5I2NA 4NF8B 5F1QA 1I6BA 2WOKA 3DRHA 3QUJA 4LP2B 4LZ5A 1H3DA 3K01A 2Y7RA 1MY1A 3PUVE 5DVJA 2W7YA 4RA1A 4U21A 2QS1A 1UTBA 3SEVA 2F5XA 1B7UA 5HBCA 3N94A 3EHSA 1II5A 3VXBA 3G3JA 2NXOA 3IOUA 3MVYA 3U93A 2X7QA 1Y3QA 3HV1A 3K6WA 1DPEA 1MM6A 2VP1A 5B7DA 4GOTA 2XXQA 4OYVA 3H6TA 4X1DA 1PC3A 3HHFA 4FEDA 2Q89A 2O1LA 4QSCA 1QW0A 1LAXA 4OEVA 5ICQA 2HCAA 3C31A 1R9QA 3PUZE 1M5DA 3JV9A 1URGA 1FTKA 2O7IA 5CRYA 1MXVA 3TCGA 1B9JA 3T9UA 5AA2A 4IY5A 2F35A 4HTGA 4QFNA 1NKXA 4L17A 3FVGA 2PMSA 4QFPA 2ZNUA 2F7AA 1BIYA 2B3FA 2ZXTA 4M1VA 1M5EA 1URSA 1B3FA 4NF4B 1XVYA 1JVXA 3C35A 2BJJX 3TYHA 4NF8A 4JWXA 1QUIA 1MQJA 1SYHA 3H4ZA 5FHOA 5HPQA 1FQBA 4O3BA 3CSBA 5A5XA 1B52A 4AB5A 4GXSB 4F2OA 4GVOA 1LLSA 3B7DA 2OK2A 5L9SA 3MWBA 1IIWA 4RPNA 3TTMA 5I57A 3EHTA 3T66A 1FTOA 2H4IA 3B6TA 3CFLA 2KLFA 4G68B 4MLQA 4OQOA 5H8HA 2AL4A 4XIGQ 4F3GA 2QSXA 1HSLA 2G93A 3TQWA 4YKJA 3KOTA 3U8QA 2V84A 2DXRA 1O63A 1YCJA 4FATA 4KYSA 1B1HA 3VDFA 2RC9A 5HM4B 1FQFA 1LSTA 2I4BA 3CIJA 5CC2A 1B32A 4ESWA 5KZTA 4R72A 1B5IA 4G8NA 1D9YA 5I59A 3H6VA 2PYYA 4U23A 3OENA 4HS7A 3M3FA 3UORA 2OBGA 5BWJA 2V3QA 4X1BA 1DMBA 2H5YA 2REJA 1MXZA 2QL3A 4DXBA 1B5JA 3IOWA 1GVCA 5TP9A 1P99A 3EN3A 4XKNA 5B70A 3H3GA 1MXWA 2Q2CA 2DVZA 1SYIA 5AA4A 4IO7A 3HPIA 3ECRA 4LONB 4IGTA 4KYEA 2I48A 3RTWB 5KDTB 1EZPA 2A5SA 2ABHA 3IO6A 1A54A 5EHSA 2E1SA 1XOCA 1P1WA 4F22A 3VXCA 5FTIA 3O6HA 3SEWA 1AIVA 2UVJA 3HHGA 3LSLA 3O6PA 4JDFA 3PPNA 4POXA 4NF5A 3VVEA 2DE4A 4PFWA 1IUDA 4ZDMA 5CI5A 2O1MA 1B3LA 4Q0CA 3TEPA 3PV0E 3FUZA 4NWDA 2XXPA 1SDXA 1MDP1 4ZE9A 5K2YA 3LSFB 1SW4A 4YMBA 2PVUA 3Q25A 3LVUA 3C36A 4NE4A 1LFIA 4BDRA 5AA1A 4YZZA 3CG3A 3S9EA 3VVFA 4GRKA 3H6WA 1WODA 4C1UA 4OETA 4EQBA 1IXGA 3Q27A 2ONSA 4GD5A 1QULA 2D3IA 4U1ZA 3V8XB 3K1PA 3TTLA 3TTKA 1DPPA 3D4GA 3TKDA 3PMVA 2HQ0A 3MVZA 4KCDA 1HSEA 2H99A 1EZOA 1Q1KA 4EDPA 1I6QA 3LUYA 1MH4A 4ZEIA 2RC8A 3OSQA 1Y3NA 3D4CA 1Y4CA 2XX8A 3O28A 4TOZA 3T9VA 2UVGA 1M5BA 1IZ1A 1URDA 3PUYE 5H8FA 3QUFA 3PPRA 4AQ4A 3S9NC 5DVFA 3DRIA 2DXYA 4F19A 4LUBA 3UA8A 2NUVA 5ITOA 2RCBA 1RKMA 3KN7A 3O6IA 4F3SA 1Y3PA 1B05A 1B3HA 4N6PA 4FORA 3MW0A 3UP9A 3KGCA 1XVXA 2OWSA 2RCAA 5JEIA 1UIVA 4P11A 1LAGE 5L8DA 3ZS6A 3E4RA 4X9TA 3C33A 1M5FA 1LFGA 2H9BA 3DM0A 4QRZA 4F18A 4ND9A 4PFTA 4Q5TA 4H65A 2VGQA 4EQ7A 1NNTA 4U4SA 1ZJLA 5KCJB 5H8NA 1FTMA 3OD7A 3FTOA 1TFDA 1OLCA 3QSLA 4JSOA 4XKPA 5H8QA 4PFUA 1OLAA 1XC1A 3K0VA 3DP4A 3IJXB 4OTEA 2I6EA 3MZBA 4QFOA 3Q28A 3U92A 3ONMA 1LAHE 2F7BA 3DELB 2CZLA 4Z0IA 2B3BA 5L9OA 3ODBA 3KFMA 3PPPA 2ZYKA 3HN0A 3O66A 1MQGA 2NWJA 3MBPA 1A99A 1QKBA 4TLLB 3O2AA 1QUKA 1A55A 1MY4A 2UYFA 3MVWA 4YB5A 4FEBA 4OENA 5I56B 2DWAA 4DXCA 5DEXA 1B7HA 2XXRA 3OO7A 3UN6A 4Z7EA 5I58B 4IGRA 2AYSA 3L6HA 3IB1A 1GTKA 1MY0A 1BLFA 3S9MC 3A09A 1IXIA 5CBSA 2AIXA 2OZZA 3C9HA 2D21A 2ONKE 1ZBMA 3FV2A 2V3TA 2VOZA 2DWJA 3MP1A 2I58A 4MF3A 1SBPA 4DIGA 3USDA 1L5TA 3LC8A 3DP6A 3FJ7A 3FXRA 4HW8A 2HEUA 5FHNA 2UXAA 2NOOA 3CFXA 1P1NA 4QF9A 3EHUA 2WOPA 3G7WA 3TQLA 4DZ1A 5EYFA 1TFAA 1P1UA 1NNPA 1B1XA 4M4GA 4ELOA 1H76A 2QMWA 1FTJA 2XXIA 3OOAA 5IAIA 3MJNA 5DTBA 3CFZA 5CBRA 4OERA 3R6UA 1US5A 1NH7A 1JNFA 4ZZAA 4U4XA 1AH5A 4F1YA 1VR5A 4F1UA 3CI8A 4RNSA 3LR1A 4ELQA 4AB6A 3PD8A 3LBSA 3T9HB 4LA9A 2UYEA 4R9FA 1NNKA 4X48A 4DCYA 4YB6A 1I69A 1SW2A 3QYTA 3CRBA 3RGYA 1PBPA 1USYH 4NF6B 4GL8A 3N6TA 4DDDA 2XD2A 4PP0A 1UIUA 3RPWA 5ISUA 3O9PA 1IQ7A 2XHDA 1XHYA 4BDMA 3RT8A 2XD3A 3W9VA 2HFBA 1ELJA 3SESA 3FXUA 1QVSA 1A40A 3KZGA 1EZ9A 4TQUQ 1FCKA 4JWYA 2VHAA 4GIZA 2Z22A 4WXJA 5I2KB 4ONYA 4LATA 1ZU0A 1VFEA 2M8CA 3KG2A 4GFRA 3FJMA 4IY6A 3V89B 3KJ7A 2LAOA 3LSWA 4QSDA 2XXWA 4HCWA 1Z7ME 4HCYA 3VLWA 3OELA 3QXMA 1F9BA 3DRFA 4EF1A 4H67A 4R73A 3BFUA 3N26A 1M5CA 3FGSA 2I4CA 1LGBC 2F6GA 1LCFA 2Y84A 2DWHA 3IB2A 4Q30B 2DSFA 3SEYA 2O68A 4IO5A 3TODA 4YICA 3TTNA 1FQAA 3ZKKA 5IKBA 4TLMB 4EQ9A 1FTLA 3RUMA 4G8MA 3S9LC 4JWOA 1B6HA 2ZNSA 4F31B 4NF4A 3N5LA 4P0IA 1MS7A 5CMMA 4KR5A 2RKMA 4XTCQ 3MQ9A 3FVNA 4I9DA 4OHNA 1PEBA 2QS2A 2I3WA 4ZEKA 3IO4A 1Y9UA 4DCXA 1SI0A 2E0SA 3V5AA 4R6KA 1N7WA 4H5FA 1N7XA 3KSJA 1HSJA 4QFKA 5EHMA 3ZKLA 3TCHA 3G3KA 3KN8A 4GL0A 4IO3A 4POWA 2Z23A 3OXNA 4RXLA 4N13A 2ZNTA 4G68A 4R2FA 3PMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GBWA 4OMBA 3U1OA 5FBPA 3RN8A 3SERA 1ZLQA 1S7YA 1D4NA 3IR1A 2ONRA 2BJIA 2DP8A 3H6UA 1YTVA 2XX9A 3FATA 2HAVA 2I49A 1YAEA 3WAFA 2DVCA 3IX1A 4C1TA 2IA4A 3K2DA 5M2VA 4QSEA 2OX3A 2Q8MA 2YLNA 4GQOA 3CHGA 1AL3A 1P1QA 4C0RA 3RPLA 2Q9TA 2QPQA 1VFDA 3PMWA 4OXVA 4PETA 4OANA 4LQ2A 2Y7PA 4UA8A 4OVJA 3G3HA 4F3BA 4P3LA 1IEJA 4QBAA 4KD5A 1A7LA 1N76A 4I62A 5F24A 3IOVA 3O29A 3I5OA 1JEUA 1USYE 2DOJA 4H0WA 1B0LA 4BDOA 4DE8A 5ITPA 1BP5A 2WBBA 1JP4A 2QFLA 2Y7KA 1B40A 4OVQA 3FZVA 2VT5A 1FQEA 1TWYA 3K1MA 3QAXA 2A5TB 2RINA 1QKAA 2OCUA 4LQ5A 2XXHA 5KDTA 4R6HA 5CMKA 3KSXA 1B2HA 5AE4A 2Z8DA 1UTHB 2ZYNA 1FQCA 2Z8EA 1H44A 3JZJA 1FBGA 4ELPA 4NMYA 5JTYB 3K4UA 2R71A 4OFOA 4DLDA 3IJOB 1OMPA 5JK4A 4I3EA 4KXPA 1B3GA 1N3WA 1B4HA 4I8CA 2Y7IA 1ATGA 4H5GA 1DTGA 2RC7A 2OJTA 2CZKA 3G3IA 2THIA 4IB2A 2DE2A 1JETA 1TT1A 3P7IA 4PGNA 4KQPA 4MEVA 2F6PA 4ISUA 3I6VA 2AL5A 1CNQA 2XXXA 3K00A 2XA5A 5TPAB 2XX7A 1GGGA 1ZKBA 1IMBA 1EU8A 1QGXA 4KHZE 2O69A 4F29A 1DTZA 3FASA 4O7IA 3QK6A 4YKKA 4ZEBA 1GV8A 1S9TA 2FNCA 2P0SA 1OQGA 4LZ8A 3ILTB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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