1JETA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kak
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The role of water in sequence-independent ligand binding by an oligopeptide transporter protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
molecule tags Complex (peptide transport/peptide)
total genus 187
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1jetA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jetA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1jetA02
2UVGA 2AL4A 4GOTA 3TZAA 4NF5B 1AMFA 3GBAA 3KG2A 1A8EA 4KHZE 1ELJA 4POXA 3PD8A 4R75A 2O51A 3PUZE 1OVTA 2GHAA 3TODA 1PBQA 1BIYA 4YB7A 4F2OA 1MY1A 1B7ZA 2UXAA 2NOOA 4PETA 3K6XA 2XXRA 3RQTA 4C1UA 2VOZA 5FHMA 3CSGA 3MQ9A 1JW4A 4FEBA 5I2NA 4PFYA 3K02A 2DWIA 3IB0A 2RCBA 2VGQA 4FJPA 4QSDA 2H5YA 3N6TA 1OQHA 4YKPA 4HCYA 3H03A 2V3UA 4ONYA 1FQDA 3DP4A 1FTJA 1B5IA 4RPOA 5J1DA 2ONRA 2FNCA 2F6PA 4ELRA 3VVDA 5DT6A 4N07A 2DOJA 4DZ1A 3OO8A 3V5AA 1A55A 3RT8A 3TYHA 3PAMA 3C4MA 3HSTA 1D3KA 2F97A 2HQ0A 1M5CA 1IITA 4AB6A 1ZKBA 2VHAA 4OMBA 5H8FB 5ICTA 3MZ9A 3DRFA 4BDOA 3KJTA 1XHYA 1TXFA 3E13X 3FXUA 3RNNA 2PYYA 4IO5A 1JNFA 4Z0IA 4JB7A 5AA3A 2ALUA 3OXNA 4EDPA 4OZ9A 4R73A 1MY4A 3TDJA 5JEIA 3JYRA 3Q26A 1Q1KA 3A09A 4G4PA 3RLFE 3T66A 1USYH 2OJTA 2ZYNA 1QUJA 2ESNA 2Y7IA 1IXHA 3N94A 3HO7A 1P99A 1JVYA 1MY0A 2P2AA 1EZ9A 2QS2A 2R6GE 1B40A 1XVXA 3VLUA 2UVJA 3PUXE 1MXUA 3SEUA 1B05A 1LAHE 1FTOA 3LSFB 3MZ1A 1P1QA 4GXSB 2RC9A 1HSJA 1ZIUA 3P7IA 2H4IA 2YPNA 1MH4A 1XT8A 1B6HA 3K1PA 1I6BA 1FQEA 4BDRA 3FV2A 5JTYA 1XOCA 1H3DA 1N7XA 4H8JA 2H98A 2R71A 2ZNUA 5KCJB 1FTKA 3CR9A 4ISUA 4GLIA 2Q8JA 3MP8A 3LSWA 1SW1A 4F2QA 1SW2A 2XX8A 1SVXB 5B7DA 1B3GA 1DSNA 1JQFA 3H6UA 2CZLA 4OVJA 3SDFA 2OZZA 4G68B 4GFRA 3DRGA 3SEWA 5ICQA 3CHGA 4YKIA 3QAXA 4N13A 3RYBA 4KR5A 4I62A 3S9MC 3I5OA 3FZVA 3HPIA 3LVUA 4IO6A 1MDQA 3DRHA 3MP6A 3S9LC 3MVYA 3MZBA 2M8CA 1R1NA 1DPPA 1MPDA 3TTLA 1MM7A 2HEUA 3KN7A 2I3WA 1Y9UA 4PFWA 4RY1A 4MLVA 3VV5A 2XXUA 3KSJA 3FJGA 3IOVA 3MPKA 1P1WA 3L6HA 3OO6A 4I8CA 3GBBA 1TFDA 2O7IA 3K0VA 4IB2A 4EF2A 1LFIA 1QKBA 1WVJA 4BDNA 4ZZEA 5BUUA 4QSCA 3FVOA 1DTGA 3ONMA 4KCCA 4X1DA 2ZYOA 5FHNA 1EH3A 4Z7EA 1J1NA 1B4ZA 2VD2A 3TFLA 1GTKA 3K6UA 4LA9A 1MXYA 3PU5A 3DP8A 3T9XB 2YJPA 4DIGA 1QVSA 2VP1A 2OCUA 1JW1A 2D5WA 4U4SA 4R9FA 5DTBA 3PPRA 3CFLA 3IO4A 1R6ZA 3VXBA 3CVGA 1LGBC 1FQCA 1SW4A 4GVOA 4ZEIA 5FTIA 1N0TA 4GRKA 1QJMA 3IX1A 2BJJX 2QRYA 1NNTA 4H6DA 2OLBA 2V3TA 4IGTA 1NL5A 3S9EA 4NWDA 2KLFA 3OO7A 5CMMA 1NNFA 3SESA 4QFPA 2UYEA 2E0SA 5JTYB 1Q35A 5L9MA 3C32A 5CMKA 1VR5A 4XKQA 4MH5A 3T9HB 1B1HA 2XXTA 1Y3NA 2A5TA 3E4RA 5H8HA 1MXZA 3MWBA 1MQGA 2NWJA 5LOMA 4TLMB 2F36A 3G3JA 3U92A 1MQDA 2GRVA 4X9TA 1RKMA 3A3UA 1WDNA 3H4ZA 3OELA 2DVZA 1L5TA 2DS9A 1Y1MA 3THIA 3PD9A 1ANFA 2O1LA 1QUKA 3H06B 4Q8RA 1MQIA 1JW5A 4ELPA 1N84A 1Y1ZA 2Y7RA 3FJ7A 5CRYA 4LONB 2O7UA 1BKAA 3KN3A 3WAEA 1MXWA 3TQLA 1FQAA 1B52A 3IAZA 3K6VA 4H8IA 4ELOA 5DVFA 3OOAA 4QFOA 1MY3A 3GLBA 2O68A 3PMVA 3TTNA 3IB1A 3IORA 2XXWA 4M4GA 2PBWA 1LLSA 1LBCA 1Y4CA 4OETA 2IA4A 1US5A 3V8XB 4EQ7A 3VVFA 3DM0A 3LBSA 2B3BA 1NNKA 5DEXA 5H8SA 3KBRA 5HM4B 3KFMA 5H8QB 4RXLA 4AQ4A 5BWJA 2Z8EA 2I49A 1D9YA 4N6PA 4OFOA 4F39A 3SKPA 3HN0A 2H9BA 3O29A 3RGYA 4IY5A 4F22A 1IZ1A 3IO6A 1VSOA 2LAOA 4QRZA 2Z23A 4Q30B 4U23A 3M3KA 1B7HA 4YB5A 4IGRA 1O63A 2PT2A 4O3AA 3CG3A 4NF4B 4KD5A 1VFDA 5I56A 2PVUA 3G3IA 4NMYA 1GGGA 1B3EA 3KOSA 3QK6A 3HHGA 3OSRA 2WKYA 2B4LA 1DMBA 4C0RA 5TPAB 1MY2A 4ECFA 5L9OA 3UORA 4F18A 5DVJA 3ZKKA 1IXGA 3GXAA 2QS3A 1QW0A 2XXPA 3FD3A 1UTBA 2RC8A 5TP9A 3K1NA 2I0CA 4KYEA 2A5TB 3BKIB 4U1OA 3N6UA 1JEVA 4GQOA 1UTHA 2XXYA 4XKNA 3E9XA 3O66A 5DYHA 3DELB 1IQ7A 2DSFA 2AYSA 3F11A 4M1VA 3TKDA 1MRPA 3O2AA 5IAIA 1MM6A 3KGCA 3UA8A 5AA4A 2DXYA 1LAXA 4OERA 5DVIA 3U8QA 1H44A 2O69A 1Z7NE 1EU8A 4R6KA 2XXQA 1B3FA 1WODA 1OLCA 3K4UA 1I6QA 2XD3A 4U1ZA 1S50A 4ESXA 4I9DA 5EYFA 3BBRA 1MPBA 4H5FA 1MH3A 1LFHA 1I69A 4G8HA 4BDLA 3T9UA 1PB7A 1B3HA 2V25A 3H6WA 3WAFA 3IK6B 5HBCA 1NMUA 1ZMGA 1BP5A 2RKMA 1NKXA 1DTZA 2I4BA 4XKRA 4ZDMA 4RJZA 4NF6A 3QUFA 4NTLA 3ECRA 1R9QA 4R6HA 1OVBA 3K1MA 2A5SA 4KPTA 2I6EA 4LATA 3QYTA 3BFTA 1MQJA 3UIFA 2UYFA 3PPOA 5CMBA 3V83A 5B70A 1TT1A 4H67A 5TU0A 3LSLA 4X48A 5AA1A 3B7DA 2ANJA 4AB5A 1M5FA 3MVXA 2Y84A 5KDTA 3SETA 3W9VA 3FGSA 3PUVE 2HFBA 2QMXA 1IXIA 4RA1A 4UA8A 2REJA 4OHNA 5CMCA 2O84X 3EHUA 5I57A 4YKJA 4GL8A 4YB6A 1B32A 4P0GA 3TCGA 5I56B 3O28A 2X7PA 4IO2A 1D9VA 1IXCA 3PV0E 3GZGA 2UVHA 2ZNTA 2XHDA 3C33A 5I2NB 3VFJA 3FIRA 2ABHA 3OO9A 3UP9A 1DOTA 4P0IA 3SEVA 3H7MA 3LC8A 2Q2CA 1MDP1 1NNPA 1CE2A 3H6VA 2F6GA 4X1BA 3FVGA 3M8UA 1UTBB 5TP9B 2QMWA 3MP1A 2WOLA 2RF1A 3B6TA 3RY3A 1LFGA 3EQ1A 3IOUA 3U94A 2V3QA 5I2KA 3TMGA 4NF8A 1VFEA 3TTMA 3M3FA 3ILTB 3MUQA 2I0BA 3O9PA 4EF1A 4NEDA 4GWOA 5F1QA 2DE2A 4ESWA 4HW8A 5ITPA 1URSA 1UIUA 4KI0E 4QSEA 5AA4B 3R6UA 1XVYA 3R7XA 3RN8A 1SW5A 4MBPA 2CMOA 4ND9A 3PUYE 3EN3A 3S2VA 3TPAA 2R9JA 4FE8A 1HSEA 5FTHA 5I59A 4BDMA 4JSOA 3O6IA 1IEJA 4LVQA 4JXIA 3FXRA 2RINA 3V89B 1YPNA 5I58A 1URGA 4WKMA 4PE5B 4OEVA 4EUOA 4FORA 3O6HA 4OQOA 4OYVA 1B0HA 4RNSA 3EHSA 3LUYA 3VXCA 4UACA 4KYSA 1USYE 1ZLQA 1HSLA 1N7WA 3MPLA 1M5DA 2THIA 1GR2A 1S7YA 2DE3A 4ZEDA 3B6QA 2O1MA 2ZYMA 4G8NA 1P1NA 3AXFA 3MAMA 3O6GA 2OBGA 2Z22A 4U22A 3OEMA 4IO3A 1SYIA 4RYAA 5CBRA 5K2XA 2DQVA 1LBBA 2G29A 4DCYA 2Y7PA 3MVZA 3EHTA 3S9NC 1N04A 3M3LA 3MBPA 3RPWA 3OEKA 1A99A 1TFAA 2B65A 2HCAA 4R2FA 4ZEBA 4HCWA 3FVKA 2F7AA 3S4UA 3Q27A 4KFQA 5AE4A 1MQHA 3PPNA 4RK9A 3T96B 2FA7A 4TOZA 1JETA 4PP0A 1IUDA 4F3GA 3IL1B 4QFKA 2OWSA 3K6WA 1XS5A 4G8MA 1B1XA 4EQBA 4HS7A 4OFLA 2O6AA 3IB2A 2HAUA 1B5HA 4R6YA 3D4CA 3TTKA 3VLWA 2GH9A 4U2RA 4R9GA 3TTRA 4TQUQ 4JSDA 2DE4A 2P0SA 3H3GA 1PB9A 4ZS9A 1SBPA 1US4A 4L17A 1SI1A 1FCKA 5ITOA 2Q88A 1KWHA 2E1SA 3JZJA 1MXVA 4NF8B 4JWXA 2UVIA 3KZGA 3BFUA 2F7BA 4R2BA 1N3XA 3K00A 2V84A 1CB6A 4HTGA 2OK2A 2PX1A 3CRBA 4FECA 4JDFA 4DLDA 3DRKA 2H25A 4BDQA 3IJXB 5I59B 1D4NA 3C35A 2NVUB 1B3LA 2PT1A 1POTA 4ZEKA 5I58B 4Q0CA 3FASA 3HCQA 3PMWA 1A40A 4O3BA 1B9JA 5KCJA 2XXVA 4EQ9A 4OEUA 2X7QA 3D4GA 3ZS6A 4ELQA 2Y7WA 4NE4A 2YLNA 3OMBA 4DXCA 2B3FA 2F8DA 3MC2A 5F7VA 2AIXA 4G68A 5L9SA 4MFIA 4LZ8A 4YICA 1OLAA 4MLQA 3N5LA 4YMBA 3PMXA 2PMSA 3PPPA 5CC2A 4IO4A 5L8DA 3VVEA 3W15C 4JBZA 3B6WA 2I4CA 1FTLA 4OTEA 2RCAA 3RT6B 4U4XA 3UN6A 3EPEA 2F7CA 3OSQA 4THIA 4OESA 5FHOA 1RYXA 3VE1B 2QJEA 3O6PA 1YCJA 3MW0A 5H8HB 1S9TA 4QF9A 2ZXTA 4GIZA 3HV1A 4G77A 5AA2D 3TUSA 3QIMA 2Z8DA 1M5BA 2HZLA 1BLFA 1LAFE 3TQWA 3SERA 1I6AA 3DP6A 1ATGA 4RPNA 1AL3A 5H8NA 4TLLB 3FTOA 1YAEA 4KYDA 3Q29A 4FAJA 1H43A 3CFXA 2XXXA 4H5GA 4LUBA 4F31B 2ZMBA 5K2YA 4XXUA 4OENA 3IOTA 1H76A 4GF8A 4FEDA 4PFUA 3C9HA 4GXAA 3DLNA 2B4MA 1LCFA 4OFJA 5I84A 1EZOA 4JWYA 3IOWA 1B46A 2D21A 4DCXA 3OENA 1XC1A 3TCFA 4YAHX 3I6VA 4POWA 3MVWA 2QSXA 1PC3A 4WEPA 2DP8A 2FYIA 5AA2A 1UIVA 5EHMA 2QL3A 3Q28A 1GVCA 1ZJLA 4IO7A 4ZE8A 1NFTA 4F29A 4XKPA 1LB8A 2F34A 4LQ5A 3QUJA 5DEXB 4PFTA 2NXOA 1A54A 1II5A 5CM6A 4DE8A 2XD2A 4LZ7A 4ZEFA 3MJNA 2XXHA 1B7UA 1VE4A 3A3CA 4FIMA 3CFZA 1OIBA 4LQ2A 3E3KA 4O3CA 2DWAA 3FJMA 1MXXA 3I3VA 3G7WA 4YMAA 5A5XA 4GD5A 2W7YA 1PEBA 3CI8A 2F5XA 4U21A 3RYAA 4WEDA 5M2VA 2ONKE 4G68C 3N26A 2V93A 2XX7A 3DRJA 4K3FA 2Q2AA 3ZSFA 4RK2A 3SEYA 1LSTA 3U1OA 5CBSA 1B2HA 3KEIA 4BLAA 4QFLA 1AOVA 1R9LA 3TEPA 1POY1 2ONSA 3KOTA 1NH7A 2DVCA 1H45A 3LSXA 4JWOA 2XXIA 3U72A 2HXWA 1M5EA 3JV9A 4H65A 3RTFB 2IEEA 1DPEA 2I58A 2F35A 1B5JA 1O64A 1UTHB 4OXVA 1RYOA 4WXJA 5IKBA 3KN8A 4F3PA 3O97A 2ZYKA 3L6GA 3ZKLA 5ELVA 4PQJA 2F78A 1JVXA 2QS4A 4F1YA 4LP2B 3ILUB 1FW0A 5H8NB 1A7LA 4ZECA 4GL0A 4F19A 3UK4A 2DWHA 2X26A 2OWTA 4YKKA 1N3WA 3C31A 4P11A 4F3BA 1QUIA 3RTWB 2DWJA 4R72A 1N76A 4C1TA 1JEUA 1Y3PA 4F1UA 1OQGA 3PGFA 2Q89A 4Q5TA 1OMPA 1SD3A 1B51A 4E0WA 3H6TA 3G3KA 1BTJA 4XIGQ 2DXRA 4MF3A 3PUWE 4KQPA 3QXMA 5H8QA 3ODBA 1AIVA 3C36A 4QHQA 1YTVA 3FATA 3W9WA 3CSBA 1LCTA 1FQFA 3K01A 1SI0A 4NF6B 2DYXA 1PDAA 4NF5A 2H99A 1Z7ME 1F9BA 3FVNA 5AA2B 3VDFA 3CG1A 1LAGE 4YZZA 3G3HA 1TWYA 4NF4A 2NUVA 3Q25A 3T9VA 4EXKA 4F1VA 1SYHA 1B4HA 3IR1A 3USDA 4KCDA 3VLVA 2QS1A 2QPQA 2RC7A 2GFEA 2WOPA 3T93B 5TPAA 3U93A 4DDDA 4H0WA 2I48A 2Y7KA 1SDXA 5KDTB 1MPCA 4ZZAA 1ZU0A 1O7TA 3PPQA 1FTMA 2D3IA 4F3SA 5A5XB 3QSLA 4ZE9A 1ZBMA 3DRIA 1AH5A 1URDA 5HPQA 4I1DA 4LZ5A 1SQYA 5I57B 1QULA 1P1UA 3SEXA 1A8FA 4H1XA 2HZKA 4FATA 3IJOB 1PBPA 3C34A 2I3VA 1T0KA 2GHBA 3G3GA 4NWCA 4QFNA 3EF7A 3R26A 4R74A 3T22A 3G3FA 5H8FA 2AL5A 3TCHA 4G2ZA 5KZTA 3OD7A 1UQWA 1B0LA 1EZPA 5ISUA 5CI5A 2WOKA 4IY6A 3KSXA 4E0XA 2VD3A 4DXUA 3UGWA 3TELA 1ZTYA 3TAJA 1PB8A 3FUZA 1P1OA 1MS7A 1MG1A 3CIJA 5I2KB 2ZNSA 2HAVA 1B58A 2Z8FA 2G93A 1IIWA 4YU0A 2P1SA 1NH8A 1GV8A 1Y4TA 3RUMA 1LB9A 3FV1A 1Y3QA 4XTCQ 3FXQA 4OWDA 3LR1A 2Q9TA 1FQBA 3KJ7A 1Y20A 2REGA 3HHFA 4DXBA 5JK4A 2XX9A 3K2DA 5EHSA 1QKAA 4EXLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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