1JETA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kak
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The role of water in sequence-independent ligand binding by an oligopeptide transporter protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
molecule tags Complex (peptide transport/peptide)
total genus 187
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1jetA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jetA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1jetA02
1XVXA 1RYOA 3A09A 1LGBC 2M8CA 3BKIB 1MXXA 3FVNA 1FTJA 1P1WA 3FXUA 4DZ1A 1RYXA 3H6VA 4G68C 2HQ0A 3HN0A 3TYHA 1JETA 1IITA 4R9FA 4X1BA 3O29A 2DP8A 1B1HA 2I49A 2VGQA 4XTCQ 1P1OA 4OQOA 4PQJA 3MW0A 4GL0A 3K0VA 2F7BA 2O7IA 1NFTA 1MY2A 2DE2A 1MM7A 3CRBA 1ZIUA 4OETA 2F97A 3B6TA 1MDQA 3IB2A 4TLLB 3H3GA 2RCAA 2B3BA 4U4SA 4YZZA 3T22A 4IY6A 4WXJA 1MPCA 3SEVA 3OMBA 4EXLA 2WOPA 4THIA 1B4ZA 2DE3A 4IB2A 2XX7A 1H76A 3KSJA 3RGYA 1R6ZA 4ECFA 1LAHE 1WODA 4YMAA 3A3CA 4OZ9A 1OIBA 1CE2A 1AIVA 3LUYA 4OFLA 4QSEA 4LP2B 4XKPA 3MP8A 4NEDA 3P7IA 3A3UA 2IEEA 1A55A 1O7TA 2F7AA 1FW0A 1H44A 2A5SA 2F5XA 3IAZA 3SEXA 2ZYKA 2RKMA 3JV9A 4DLDA 1O64A 4RPNA 4EDPA 1P1QA 2XXQA 5FHNA 1Y3PA 4LONB 1Y4CA 3TCFA 4JWOA 1NKXA 3S4UA 1IQ7A 2DWAA 1ZLQA 4ZS9A 5FTHA 3FJGA 2Z23A 4XKNA 3VLUA 4R9GA 2FNCA 3TDJA 2HZKA 1GVCA 4IY5A 1NL5A 3PUWE 4HCYA 3U94A 2I4CA 4C1TA 1I69A 3AXFA 4RYAA 2RC9A 3K02A 3OEKA 2ANJA 3H4ZA 4XIGQ 5I2KA 1VE4A 4EQ7A 5AA4B 3LVUA 1IIWA 2PT2A 2P2AA 4P11A 5H8NB 4TQUQ 1MXZA 5I56A 2IA4A 3OELA 1LCFA 4ONYA 1B3LA 1II5A 5AA2D 5H8FA 3H6WA 3EN3A 4IGRA 2Q88A 5I59A 3UIFA 3IOVA 4KYEA 2YPNA 3TMGA 4M4GA 3O97A 4DCXA 3MVZA 3SERA 2E0SA 3MZBA 4R6HA 3QIMA 2F78A 1UTBA 4YKJA 2I3WA 3G3KA 4WEPA 4NWCA 5JTYB 1D3KA 1MS7A 2A5TA 4NE4A 3CIJA 2DWHA 2PT1A 1LAXA 2FYIA 4F1YA 3HHFA 4KYSA 5BWJA 4YB5A 3O28A 4Q30B 2B65A 3LBSA 4RXLA 3G3JA 2OWTA 5TP9B 4MLVA 4U2RA 2DVZA 4FEDA 3IB1A 1POTA 1NNTA 4GIZA 5TPAA 3RLFE 1B3HA 1BP5A 3EHSA 3S9MC 1B0LA 1MXUA 1M5DA 4O3BA 3QYTA 2DYXA 4BLAA 3IJXB 3U1OA 5DEXB 4LATA 2AIXA 3SEUA 1B5JA 3RPWA 1PBPA 4OESA 4H0WA 2P1SA 2GHAA 3DP8A 4EUOA 1FTMA 1M5EA 4R2FA 1DPPA 3UA8A 3TZAA 1EZ9A 5FHMA 3R26A 2QSXA 4ZEIA 3G3IA 3Q28A 1MQGA 3FGSA 5EHMA 3V5AA 1MRPA 4OHNA 2UVIA 5I58B 3RN8A 5CBSA 4NF5A 1LFGA 4FEBA 1R9LA 4P0IA 3HHGA 5CI5A 3PD9A 2NVUB 1HSEA 4ND9A 4KCCA 1QKAA 3IL1B 2R6GE 3K1PA 3MBPA 1FQDA 3KOSA 1JVXA 4R72A 2H25A 2I6EA 4JDFA 1PBQA 4EQBA 3DP6A 2THIA 3VDFA 5CBRA 4ESWA 2XXYA 2XXWA 1MQHA 4PFUA 4Q0CA 4GD5A 1LBBA 2HAVA 1VFEA 1MQJA 1D4NA 4F3BA 3OO6A 1PB9A 1ZJLA 1H3DA 2BJJX 2H98A 2XD3A 4ISUA 4FATA 4U4XA 2GFEA 3W9VA 3VXCA 1S9TA 2H5YA 1UIUA 3TFLA 5KDTB 4U1OA 4DXBA 4XKRA 4F3SA 3T9UA 1FTKA 4F18A 1OVBA 1OQGA 1OVTA 5M2VA 4KPTA 5DT6A 4HW8A 4R2BA 2XXTA 2XX8A 4OENA 2I3VA 4ELOA 4YMBA 4F3PA 1MY1A 1S50A 3N6UA 2F34A 1EZPA 3O6IA 4JB7A 4E0WA 4I62A 1Y3NA 3K6XA 1XS5A 3VLVA 4ZE9A 3V83A 3H03A 5F1QA 3JYRA 5H8SA 1OQHA 1XHYA 4GRKA 4F1VA 4NF6B 1LLSA 1M5BA 2OJTA 2F7CA 1ZMGA 3N94A 4NMYA 3ILTB 1IUDA 2D3IA 4G4PA 3OENA 1A8FA 3C33A 2Y7PA 4RK2A 3L6GA 4N07A 1VR5A 3MVXA 4QSCA 4QFPA 4GXAA 1I6AA 4KI0E 3KJTA 5DVFA 3PD8A 3E13X 3F11A 3QUJA 5B7DA 3FD3A 1QUIA 1JVYA 4E0XA 3RY3A 3T96B 4OEUA 4JWXA 4JWYA 4G68B 4PFYA 2XXVA 4MH5A 4BDNA 1NNFA 4EF2A 3FVOA 2HXWA 4KR5A 3DRIA 4DCYA 2D21A 1ZKBA 1M5FA 3PUYE 3VXBA 1EU8A 3V89B 3OD7A 4NWDA 4DIGA 4FECA 2DXRA 5H8HA 3TEPA 4IO4A 2AL5A 2F36A 5I57A 1MG1A 3FXRA 1JEUA 3UN6A 2VOZA 1URDA 2ZYOA 4MLQA 1XVYA 4ELPA 5ICTA 3GLBA 3VE1B 5H8QB 3RYBA 3Q29A 1MQDA 4BDLA 4QSDA 3Q25A 3RTFB 3CI8A 1B7UA 3VVEA 2Z8EA 3IOTA 1R1NA 4NF4B 4LVQA 1B3GA 2Q9TA 1B6HA 4MFIA 5A5XB 3THIA 2I58A 4YICA 5AA4A 2PX1A 4YKKA 3WAEA 1POY1 2QJEA 1P1UA 1LAGE 2Q2AA 3RQTA 4AQ4A 4DXUA 2OCUA 5H8NA 3T93B 1JQFA 2NXOA 1FCKA 2WOKA 1SYHA 2DXYA 1MH4A 3QAXA 1SD3A 3FASA 3T9HB 2ZMBA 4K3FA 1URGA 4EQ9A 4KHZE 3USDA 1FQFA 1O63A 2UVHA 1MH3A 1N3XA 4LZ5A 3CG1A 1QJMA 3K4UA 1S7YA 2Y7WA 5CM6A 5JTYA 1QULA 3G7WA 1FTLA 4F29A 1LB8A 1M5CA 1SQYA 3DRGA 2E1SA 5KCJB 4DE8A 1T0KA 2RF1A 2HZLA 3MQ9A 5TP9A 1XOCA 3TTNA 3K6VA 5DTBA 1N04A 4OWDA 3DM0A 2HFBA 4YB7A 3FZVA 4IO6A 1N7XA 1MM6A 2ALUA 3PUXE 1MY0A 4R6KA 1TXFA 3VLWA 2YLNA 3DRKA 3SETA 2XD2A 4LZ7A 1AH5A 1UTHA 2B4LA 1GGGA 2F8DA 4OFJA 1XT8A 3G3GA 2DWJA 3BFUA 1USYH 3TCHA 3KGCA 2CMOA 3DP4A 3TTKA 4WKMA 3FV1A 4N13A 3BFTA 4LZ8A 4QFLA 3GZGA 5AA1A 4F19A 1MPBA 2XXPA 4X48A 3KBRA 1HSJA 4YU0A 3TTMA 3BBRA 1R9QA 2X26A 1NH8A 3QSLA 2HCAA 3G3FA 3PUVE 5AA2A 3IX1A 4MBPA 2V84A 3ILUB 3MZ9A 2YJPA 4OMBA 2ZNSA 1QW0A 4X1DA 1SI0A 1YCJA 1URSA 4GOTA 3FUZA 2I4BA 4PE5B 3E4RA 2DQVA 1N7WA 1JNFA 3W9WA 1FQAA 1XC1A 2Y7IA 4NTLA 1SDXA 2PYYA 2O68A 4ELQA 2QS2A 1MXWA 5KDTA 5DVIA 3E9XA 5AE4A 4NF8B 4F39A 2FA7A 1B5HA 3RYAA 2XXXA 4HS7A 4YKIA 3OSQA 3ZS6A 1B7HA 4I8CA 3GBBA 3K6UA 1DMBA 5IKBA 1D9YA 2X7PA 4Z0IA 1Z7ME 5ITPA 5CMBA 4KCDA 3ZKLA 4F22A 2VHAA 3DELB 4FAJA 3C34A 3LSLA 4N6PA 3EF7A 4PP0A 5BUUA 4RJZA 2O84X 1N84A 3TQLA 3CFXA 2QMXA 1US5A 3MP6A 3HO7A 4UA8A 4FJPA 4H67A 3DRHA 1NNKA 5I2NA 4LA9A 4ZE8A 3TQWA 3C9HA 1FTOA 1LCTA 1B58A 4U23A 2Q89A 1IXCA 5EHSA 3RT6B 4FE8A 1P99A 1SBPA 2RC8A 2UYFA 2Z8DA 3KEIA 1PC3A 3RUMA 4G77A 1OLAA 3C31A 2ABHA 3LSWA 2O51A 2UYEA 1AOVA 3OO8A 4GXSB 5J1DA 3FATA 3T9XB 1Y3QA 1NNPA 3PPRA 4F31B 2GRVA 3M3FA 2B4MA 3D4GA 3LSFB 5L9OA 2DSFA 1WDNA 2W7YA 3MC2A 5I2KB 1VFDA 5DVJA 3U93A 5EYFA 2KLFA 3M3LA 1SI1A 3CSBA 3B6QA 2XHDA 4IGTA 5TU0A 3LR1A 1YTVA 2XXRA 5I84A 1JEVA 1B1XA 5H8FB 1AMFA 4DXCA 4Z7EA 5I59B 1F9BA 1TWYA 5HPQA 3IO6A 4AB5A 3H6TA 1B5IA 3CFLA 3FJ7A 4H65A 5HM4B 3O6GA 1N3WA 1UTBB 3N5LA 2GHBA 4POXA 2VD2A 3MPKA 2A5TB 4IO2A 4OVJA 1BLFA 1UIVA 4H8JA 4KFQA 1B7ZA 4ZDMA 2AYSA 1B40A 1H45A 3OOAA 1DOTA 5JK4A 3TELA 1JW4A 3IOWA 1Z7NE 2QS3A 1A7LA 2RCBA 4DDDA 2H99A 3DRJA 4U1ZA 4FORA 3IK6B 2ZXTA 1SW2A 1QUKA 3KN8A 5KCJA 3PUZE 2XX9A 3HCQA 3CG3A 3TODA 4ESXA 4ELRA 4H5FA 2QS1A 1B32A 3N6TA 3IO4A 2XXHA 1B4HA 4BDOA 1BKAA 4JXIA 5CMCA 3KFMA 3VFJA 3SDFA 3CVGA 3CR9A 3U72A 5FTIA 1I6QA 1A8EA 3QK6A 3OO9A 5L8DA 4RK9A 1SYIA 2H4IA 1LFHA 3M3KA 4RPOA 3SKPA 2ESNA 4ZEFA 1YAEA 3FJMA 3PPOA 3TTRA 3LC8A 4PFTA 4EF1A 3PAMA 4ZEKA 4QF9A 3PPQA 4YAHX 1ANFA 1GR2A 2F35A 4I9DA 1A54A 1PB7A 1TT1A 5DYHA 4U21A 3MPLA 1UQWA 3CHGA 4PFWA 1USYE 4G8MA 1BTJA 3H7MA 1LAFE 4ZECA 4OXVA 4BDMA 1MY3A 3K1NA 4QFOA 2Y7RA 4Q5TA 1ZBMA 3FTOA 1I6BA 3SEWA 3V8XB 3E3KA 2R9JA 3JZJA 2QPQA 1LFIA 5ELVA 3M8UA 2ONKE 4G8HA 2DVCA 4ZZAA 3B6WA 4NF8A 4JBZA 3TCGA 1IXIA 4R74A 4IO3A 2F6GA 4H5GA 3KN7A 1N0TA 5AA3A 1IXHA 3K00A 5ISUA 4G2ZA 3I5OA 3U8QA 1OMPA 3UP9A 1TFDA 1JW5A 2DWIA 2X7QA 2WOLA 5F7VA 1B0HA 1PEBA 4ZEBA 3IOUA 5DEXA 3ZKKA 3K1MA 3K01A 4U22A 4IO7A 4LQ2A 3RNNA 1TFAA 1SW1A 1B05A 1VSOA 3Q26A 1Q1KA 4IO5A 3QXMA 3EQ1A 1IZ1A 3PGFA 4R6YA 3IB0A 1Q35A 3T9VA 2O1MA 2H9BA 4Q8RA 2PVUA 4AB6A 1QUJA 3HSTA 4RA1A 1FQBA 5JEIA 3UORA 1ZU0A 4PETA 5H8HB 4TOZA 2ZNTA 5I58A 3DLNA 4QRZA 1B2HA 3MJNA 1MXYA 2OLBA 1N76A 5I57B 4H1XA 1DPEA 1YPNA 1DTZA 3K2DA 3D4CA 1LBCA 3TUSA 2DE4A 2V3QA 2HEUA 3PMWA 3W15C 3FV2A 3RT8A 1ZTYA 4ZEDA 1B46A 1OLCA 4OFOA 2VD3A 1EZOA 3PPNA 2V25A 1NH7A 3KN3A 2I0BA 2O6AA 3H06B 1L5TA 2R71A 4RY1A 2V93A 3C36A 1Y1MA 1Y4TA 4I1DA 4EXKA 5L9SA 3ECRA 1LSTA 3G3HA 4F1UA 1MY4A 3FVKA 4HTGA 1A99A 1P1NA 3HPIA 1H43A 2V3UA 3TPAA 2V3TA 2HAUA 5CMMA 5IAIA 4YKPA 1JW1A 3KJ7A 3S9LC 5CRYA 4XKQA 3MVWA 4TLMB 5ITOA 2GH9A 1RKMA 2Z22A 2NOOA 1Y9UA 2G93A 2ZYNA 3OEMA 4KYDA 1CB6A 2O7UA 3QUFA 4JSOA 2Q8JA 2ZYMA 2NWJA 1QKBA 2UVGA 3R6UA 2OK2A 4NF6A 2O1LA 4YB6A 3O2AA 1SW4A 3TTLA 4M1VA 4QFNA 4L17A 1MXVA 4R73A 5L9MA 1BIYA 3R7XA 1A40A 4QFKA 2QMWA 4GL8A 2Q2CA 2O69A 2ONSA 3S9NC 2WKYA 4ZZEA 2Y84A 3TKDA 1B51A 1UTHB 4KD5A 1US4A 2P0SA 2I0CA 3DRFA 1QVSA 1IEJA 2G29A 4POWA 3ZSFA 2D5WA 3PMXA 3CFZA 4FIMA 4G68A 3MZ1A 1B3EA 3U92A 2PMSA 3KSXA 3IR1A 3K6WA 2QS4A 1HSLA 3EHUA 4GWOA 1EH3A 3PMVA 2LAOA 3FVGA 1PB8A 1MPDA 3O6PA 3IJOB 1DTGA 2OWSA 3GXAA 2Y7KA 4LQ5A 1ELJA 4OTEA 1KWHA 3IORA 4F2OA 4MF3A 4X9TA 1NMUA 5H8QA 5AA2B 3MP1A 5K2YA 3HV1A 3ONMA 5I56B 4NF4A 2REGA 4XXUA 3MUQA 1GV8A 2QRYA 3I6VA 3PPPA 1B52A 5A5XA 5K2XA 4H6DA 5FHOA 1LB9A 1MQIA 3VV5A 3O6HA 1IXGA 4C1UA 2DOJA 2OZZA 3C35A 3C4MA 2OBGA 3FIRA 2ZNUA 1ATGA 4C0RA 1FQEA 2UVJA 3UGWA 4H8IA 4GQOA 2NUVA 4RNSA 3MWBA 3KG2A 3ODBA 4JSDA 2F6PA 3WAFA 3FXQA 4OERA 3KZGA 1WVJA 4LUBA 5CMKA 3SEYA 1Y1ZA 3N26A 2B3FA 4OEVA 2REJA 3VVFA 2XXIA 3PU5A 3OO7A 3T66A 4GLIA 1B3FA 3RTWB 1MDP1 3C32A 1SVXB 3EHTA 5B70A 2QL3A 5TPAB 3I3VA 4UACA 3B7DA 5HBCA 4GF8A 3MVYA 3Q27A 2UXAA 3O9PA 5LOMA 2I48A 2PBWA 2CZLA 3CSGA 4HCWA 4QHQA 4P0GA 4G8NA 5I2NB 1AL3A 2VP1A 5ICQA 1PDAA 3VVDA 3KOTA 1SW5A 3PV0E 2ONRA 3UK4A 4O3AA 4F3GA 3LSXA 4GFRA 3S2VA 1D9VA 2Z8FA 1FQCA 4BDRA 3OXNA 2RC7A 1Y20A 1J1NA 2DS9A 3TAJA 4O3CA 5KZTA 2RINA 3SESA 3OSRA 3L6HA 2XXUA 4GVOA 4WEDA 2AL4A 3EPEA 3GBAA 4F2QA 4OYVA 4NF5B 5CC2A 3MAMA 1DSNA 1B9JA 1GTKA 3S9EA 4BDQA 3H6UA 4KQPA 4R75A 3O66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XVXA 3BIGA 1RYOA 3A09A 4MHFA 1LGBC 2M8CA 3BKIB 1MXXA 3FVNA 1FTJA 1P1WA 5EQ9A 3FXUA 4DZ1A 1RYXA 3H6VA 4G68C 2HQ0A 3HN0A 3TYHA 5ESYA 1JETA 1IITA 4R9FA 1G0HA 4X1BA 3O29A 2DP8A 1B1HA 1AWBA 2I49A 2XA5A 2VGQA 4XTCQ 1P1OA 3ROJA 4OQOA 1YXIA 4PQJA 3MW0A 4GL0A 3K0VA 2F7BA 2O7IA 1MY2A 1NFTA 2HXRA 4MCOA 2DE2A 1MM7A 3CRBA 4NQ8A 1ZIUA 4OETA 2F97A 3B6TA 1MDQA 3IB2A 4TLLB 3H3GA 2RCAA 2B3BA 4U4SA 4YZZA 3T22A 4IY6A 4WXJA 1MPCA 3SEVA 5LTCA 4MJOA 3OMBA 4EXLA 2WOPA 4HE0A 1NV6A 4THIA 4PCDA 1B4ZA 2DE3A 4FBPA 4IB2A 2XX7A 4I40A 1H76A 3KSJA 3RGYA 1R6ZA 4ECFA 1LAHE 4PAIA 1WODA 4YMAA 3A3CA 4OZ9A 3SZPA 1OIBA 1CE2A 1CNQA 1AIVA 3LUYA 4OFLA 4QSEA 4LP2B 4GWSA 5LDZA 1G0IA 4XKPA 3MP8A 4NEDA 3P7IA 3A3UA 2IEEA 1A55A 4OANA 1O7TA 2F7AA 1FW0A 1H44A 2A5SA 2F5XA 3IAZA 3SEXA 2ZYKA 2RKMA 3JV9A 4DLDA 1O64A 4RPNA 4EDPA 1P1QA 2XXQA 5FHNA 1Y3PA 2P3NA 4GWWA 4LONB 4OVTA 1Y4CA 4X8RA 3TCFA 4JWOA 1NKXA 3S4UA 1NV0A 4DI3D 1SPIA 1IQ7A 2DWAA 1ZLQA 2FVZA 4ZS9A 5FTHA 3FJGA 2Z23A 4XKNA 3VLUA 3GYYA 4R9GA 2FNCA 3TDJA 2HZKA 1GVCA 4P3LA 4IY5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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