1JEVA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kwk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The role of water in sequence-independent ligand binding by an oligopeptide transporter protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
molecule tags Complex (peptide transport/peptide)
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1jevA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jevA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1jevA02
5ITOA 1IXHA 1RYXA 3THIA 2Y7PA 2H99A 1P99A 2O1LA 1QULA 2RINA 3PGFA 3OO7A 3O97A 2UYFA 3E4RA 3MVZA 1JW4A 3Q26A 1B32A 1ATGA 3V5AA 1JETA 4RJZA 2UVJA 1MXWA 4KYEA 5HPQA 2Y84A 1B05A 1R9QA 2D3IA 3T9VA 1MQGA 1OVBA 3SEWA 1ZIUA 2O1MA 1R9LA 4U2RA 4R2BA 1OMPA 3O29A 1Y3QA 3OO8A 1B51A 1N0TA 4EXKA 3K2DA 4NWCA 2DSFA 4R72A 1LBBA 2OBGA 3O9PA 3KN7A 4GFRA 4UA8A 4GXSB 3VLVA 4OTEA 2HZLA 4QFPA 1VFDA 2RCAA 5JTYA 2V3UA 4O3AA 2UYEA 3MJNA 4RXLA 2OWTA 4KHZE 1A8EA 1JW5A 3E13X 3W9WA 3A09A 3JYRA 5AA2D 1N7XA 4QFOA 4POXA 4XKNA 2X7PA 2LAOA 4WKMA 1FTLA 2F7CA 4R9FA 2F5XA 3DRKA 3S9EA 1H45A 2G93A 3K0VA 3Q29A 3PPRA 3T9HB 2ESNA 4ONYA 3PUYE 3PV0E 2V3TA 2THIA 3D4CA 1R1NA 3W15C 4YICA 4Q0CA 5EHMA 5L8DA 2PYYA 1H44A 2H5YA 1MS7A 3C9HA 4OFOA 1A8FA 4RY1A 3G3KA 3ZS6A 1FW0A 4F31B 4RK2A 1URDA 4R74A 1POTA 3CSBA 4IO5A 3UIFA 1SYIA 4G77A 3ONMA 2ALUA 3VV5A 2Q9TA 1Z7ME 3RTFB 2R9JA 4IO2A 4OERA 1AH5A 2ZNSA 3HHFA 2HQ0A 3QK6A 4C0RA 4P11A 2VD3A 2XXHA 3CSGA 1MG1A 3EHUA 5KDTA 4BDNA 2F35A 3SEXA 3U1OA 3KOTA 4OQOA 5J1DA 1YTVA 3D4GA 2QPQA 4G8HA 4XXUA 1IUDA 3LSLA 1Y9UA 3MZBA 3TYHA 2V25A 3ODBA 3B6WA 2V3QA 1B0HA 2I58A 1HSLA 4OEVA 3PUZE 3VVEA 1MQIA 3H7MA 1MY0A 1OQGA 4EQBA 3LVUA 3FVNA 1Y3NA 4H1XA 1EH3A 3OEKA 4F29A 1MM6A 2PX1A 4LQ2A 1AOVA 5FHMA 1FTKA 1Y1ZA 3IAZA 4ZS9A 2DVZA 4R6YA 3IK6B 2QL3A 3K6XA 1JEVA 3MW0A 3FD3A 3MQ9A 1JVXA 1SI0A 1FTMA 4GF8A 4YKKA 3UK4A 4H5GA 3KFMA 2H4IA 4MLQA 1ZU0A 1EZPA 1M5BA 1Y20A 2V84A 1PB8A 1SI1A 3G3IA 2F36A 3LC8A 4OFJA 4C1TA 4DLDA 1NH8A 4ESWA 4OESA 3UP9A 3V89B 3B6TA 4LQ5A 4F22A 3LUYA 2YJPA 2P0SA 5KDTB 1ZLQA 1BP5A 1N7WA 5IAIA 2XXQA 1BTJA 3MVXA 1M5CA 4H8JA 4Q8RA 4H0WA 1QUIA 3U94A 4QF9A 3MZ1A 2FA7A 4LVQA 1ANFA 5H8HA 3G3JA 4Q30B 3IOUA 2Z23A 1XS5A 1DMBA 5L9OA 2R71A 2FNCA 3FZVA 3PUVE 3TTMA 2ZYOA 2B3FA 3TTNA 5I56B 3QIMA 1A54A 1MQHA 5H8NA 3IL1B 4EUOA 2V93A 2XXYA 3TQWA 4DIGA 3DP6A 3MBPA 1YPNA 2XXRA 1LCTA 1BLFA 1TXFA 1B7UA 3PPOA 3HO7A 1FQFA 4ZEDA 4TLMB 3N5LA 4YAHX 3TQLA 2F34A 2RF1A 3BFUA 3T93B 3FIRA 1ELJA 1MH3A 3ILTB 4FEDA 3I6VA 4ZECA 3PPQA 3K1PA 3FASA 2UVIA 3FJGA 2FYIA 1PC3A 2CMOA 3TDJA 1S9TA 3IJXB 5EYFA 1UQWA 1XOCA 2XD2A 3H3GA 4XKRA 5FTHA 5I58A 4I9DA 2DOJA 2X26A 3KOSA 3Q28A 2QSXA 3VLUA 3HSTA 2PMSA 5H8QA 1BIYA 1MM7A 2OJTA 2Y7KA 3GLBA 2H98A 2DP8A 3L6HA 3DRIA 1URSA 4GLIA 2E1SA 3C33A 5H8NB 3U92A 3LSFB 3DRGA 2PT1A 5ELVA 1T0KA 1RYOA 4ZDMA 3RYBA 1MXZA 3CG1A 3LBSA 4KI0E 1QKBA 4LA9A 2REJA 4N13A 3R7XA 2A5TB 2NWJA 2B65A 3FATA 3O6IA 3TEPA 3ZKLA 3RLFE 4OWDA 4EF2A 3MVYA 1N04A 5AA2A 5I84A 4LZ5A 3GBBA 1AMFA 2UVHA 2VHAA 3MZ9A 2QS4A 4IY5A 2DXRA 2I3VA 4JDFA 1OLAA 1SVXB 2O68A 2HCAA 1M5DA 1B2HA 2QS2A 5I58B 2I6EA 5B7DA 4IO4A 1JQFA 5H8QB 2H25A 3HN0A 3AXFA 1H76A 4M1VA 2M8CA 3IB1A 3IORA 5HBCA 1MH4A 1PB9A 5A5XB 4I1DA 4OEUA 3C32A 3K00A 2DVCA 1XVYA 3MP8A 1A99A 4GVOA 4JSOA 3K6VA 3T9UA 4FATA 3E3KA 1IIWA 4JSDA 4MLVA 3MWBA 3TUSA 2GHBA 5CC2A 4GD5A 2ONSA 3RGYA 4WEPA 3DM0A 1JVYA 1OLCA 2ZYNA 1Y1MA 4NF6B 4ELQA 4O3CA 3LSWA 4OFLA 5AA2B 4LZ8A 1MPDA 3PPNA 4N07A 4QSEA 3S9LC 2WKYA 1QKAA 4JWYA 1B1HA 3C4MA 1PEBA 4YMAA 5LOMA 3RQTA 5ISUA 3DRFA 3CFXA 1A55A 1JW1A 3OMBA 3PUXE 2XXVA 4KFQA 4H67A 4Z0IA 4JWOA 1B4HA 3SKPA 5JK4A 2VP1A 3RY3A 4ZEFA 1MXVA 1B3GA 2I4CA 3HCQA 3VVFA 4TLLB 3CRBA 3BKIB 3KBRA 3U93A 4H5FA 3QSLA 3IOWA 4LZ7A 4TOZA 2YLNA 4FJPA 4JXIA 4X48A 5ITPA 3CIJA 4NF4A 5H8FB 1EZ9A 1N3XA 3PMWA 2O6AA 2B3BA 4F1YA 1B3HA 3ZKKA 3PMVA 4G2ZA 4F3PA 1I6BA 5IKBA 3OO9A 2F78A 5L9MA 1N84A 2PVUA 4YKPA 4OETA 4X9TA 3IO4A 2Z22A 3M3LA 4IO6A 4THIA 3OENA 4PFWA 4QFKA 2WOLA 5CI5A 1AL3A 3T96B 5AA4A 4DE8A 3MPLA 1NNFA 3CI8A 2DWAA 1NH7A 2G29A 1UIUA 2O69A 3H06B 2HXWA 3B7DA 3TMGA 1UTBB 5I59A 4MFIA 1SD3A 1WVJA 5DT6A 3SEYA 1ZTYA 1O7TA 3MP1A 1FCKA 4G8MA 4R6KA 4ZZEA 5HM4B 2HFBA 4Q5TA 3S9MC 1QJMA 2OCUA 2ONKE 1B1XA 3M3KA 2QMWA 3IB0A 3SERA 3E9XA 3CFLA 2I49A 3TELA 3JV9A 4NF4B 2W7YA 1MQDA 3CG3A 3TAJA 1XC1A 3W9VA 5I56A 4K3FA 2ABHA 4L17A 3KEIA 4QFLA 1FQEA 4R75A 3RYAA 2XXIA 3DP8A 3B6QA 1D9VA 2RC7A 1DOTA 2KLFA 1MDQA 1DTGA 2R6GE 4F3GA 3GXAA 2I48A 4ZE8A 2IEEA 1TFDA 4QHQA 3BBRA 1IXGA 2OWSA 2OLBA 5AA4B 4PFYA 3OSQA 4Z7EA 1B3FA 1QVSA 2I0BA 5I57A 1H43A 1M5FA 2DE4A 2QMXA 1LB8A 5I59B 3OD7A 1SW4A 3PMXA 1MPBA 4NTLA 4P0IA 3OSRA 3QAXA 1QW0A 3TTKA 1JNFA 4GQOA 3FTOA 3RN8A 4DXCA 1QUKA 4LP2B 1XT8A 3ECRA 1EU8A 1PB7A 3C35A 3T9XB 1R6ZA 3G3GA 2F97A 1ZBMA 1S7YA 1NFTA 3DRJA 1CB6A 4LATA 4OENA 3MC2A 3Q27A 3K6UA 2YPNA 4YKJA 3O6PA 3CHGA 1MXYA 2Z8EA 1B9JA 3VE1B 3S9NC 3PPPA 3MP6A 4PQJA 4MH5A 3VDFA 4F1UA 1LB9A 2Q89A 5I2KA 3BFTA 5AA1A 1MY4A 3VXCA 3KG2A 1B40A 1YCJA 3FJMA 3UN6A 3IX1A 1VR5A 2A5TA 5FHNA 4X1DA 2RKMA 4N6PA 3OO6A 3USDA 2ZNUA 4EQ9A 4RYAA 4F2QA 5I57B 4F19A 3PUWE 4QSCA 3FUZA 5ICQA 3KSJA 1B7ZA 4IO3A 3EN3A 5DTBA 2XHDA 2Q2CA 4OYVA 1LBCA 3EHTA 3N94A 1P1WA 1JEUA 2P1SA 5H8SA 1D3KA 4NF5B 4KR5A 1A7LA 3H6UA 1ZJLA 4IO7A 3FVKA 3FVOA 5CMKA 4FORA 2HAUA 1F9BA 4ND9A 1DPEA 1LCFA 2DQVA 2QRYA 1B3LA 5DVJA 3OXNA 5F1QA 4F1VA 4G68C 3IJOB 3Q25A 3VLWA 3TTLA 2OZZA 3MUQA 5FTIA 4FEBA 1HSEA 4XKPA 3DP4A 3MPKA 3UORA 4DCXA 1IZ1A 4F3BA 3SEVA 1Q1KA 5A5XA 1MQJA 4RNSA 5I2KB 4JWXA 3QYTA 3VVDA 4QRZA 4YB7A 2F6GA 2XXUA 1LFIA 1MRPA 4U22A 2XX9A 4POWA 2OK2A 4RK9A 4GL0A 3JZJA 2WOPA 4DCYA 1MXUA 2XX7A 3O6GA 4HTGA 1I6QA 4NF6A 1LAFE 3P7IA 4YKIA 3TPAA 1B5HA 4H6DA 1LAGE 2DWJA 1S50A 1NNKA 3HHGA 4U21A 4IGTA 2PBWA 3S4UA 2Y7RA 4NE4A 4G8NA 2F7BA 1TFAA 1GV8A 2BJJX 4KYSA 3V8XB 4XTCQ 3GBAA 4MBPA 2QS3A 4EXLA 3TODA 4KCCA 3DRHA 1USYE 4X1BA 3UA8A 3WAEA 4MF3A 4U1OA 4HCWA 3FV2A 2GHAA 3K01A 3TCFA 4PFUA 3C36A 1NKXA 2QS1A 1B58A 1P1OA 5FHOA 2PT2A 4LUBA 4NF8A 2Z8DA 3IO6A 1POY1 3IOTA 5H8FA 1LAHE 1URGA 1CE2A 4M4GA 4ISUA 4BDMA 2VGQA 4HW8A 3GZGA 2I0CA 2B4MA 2ZYMA 3MAMA 5TPAA 1UTHA 3H6VA 4EQ7A 2UXAA 3G3HA 3OEMA 3R26A 4KQPA 2X7QA 3VXBA 3O6HA 4ZEIA 1I69A 3KGCA 5DVIA 5KCJA 4XKQA 2VOZA 1DPPA 4XIGQ 1B7HA 2XXXA 2ANJA 4E0XA 1D4NA 4H8IA 3PU5A 4YZZA 4GXAA 4BDLA 1LFHA 1RKMA 3K1NA 3QUJA 1B5JA 1LGBC 4FIMA 4PP0A 3RNNA 1OQHA 4OMBA 1UTBA 3FXQA 3K1MA 4IGRA 4R9GA 1XHYA 1LFGA 1M5EA 3TTRA 1J1NA 1B4ZA 2GRVA 1XVXA 4BDQA 3MVWA 1DTZA 5CM6A 1IEJA 3SESA 1IITA 4YMBA 2RCBA 4KD5A 2Q88A 1DSNA 1LSTA 1B5IA 4GIZA 1PDAA 4G4PA 3DLNA 4ZEBA 3SEUA 4NF8B 2ZYKA 3VFJA 3M8UA 4F3SA 2CZLA 3U8QA 5F7VA 4TQUQ 2XX8A 3EHSA 3TCGA 4OZ9A 1B0LA 1SW2A 4HCYA 2D21A 3C34A 2RC9A 4KCDA 4AQ4A 3HPIA 4H65A 4GRKA 2NXOA 1VSOA 5TPAB 3CVGA 1UTHB 2A5SA 3CR9A 4I8CA 1D9YA 1SQYA 1SW5A 2XD3A 3KJTA 5EHSA 5ICTA 5KCJB 1I6AA 5DEXA 2F6PA 2VD2A 2GFEA 3I5OA 3ZSFA 1LAXA 3A3CA 4GL8A 1NL5A 5DVFA 5L9SA 5I2NA 1NNPA 3FVGA 1II5A 3FXRA 4F18A 3N6TA 3G3FA 3OOAA 2O51A 5JTYB 3KN8A 3LR1A 4F39A 1VFEA 1GTKA 1O63A 2DS9A 3FGSA 2REGA 1P1QA 4GOTA 3C31A 4DDDA 2HZKA 1HSJA 1B6HA 4AB6A 1IXIA 5K2YA 5B70A 3OELA 4RPOA 3K4UA 3LSXA 2H9BA 1FQCA 3U72A 4KYDA 4F2OA 3IOVA 3KZGA 5JEIA 2UVGA 4NEDA 4R73A 3SDFA 5TU0A 4HS7A 2DWIA 4U23A 1US4A 1H3DA 4FECA 4ESXA 1SYHA 2IA4A 1MY2A 3RT8A 3V83A 4ECFA 5DEXB 1FQBA 1ZKBA 4ZEKA 1YAEA 3QXMA 1B52A 2XXPA 4U4SA 5CMBA 5AA3A 2DXYA 2D5WA 1MY3A 1NNTA 3H03A 1GVCA 3DELB 3UGWA 2Y7WA 5I2NB 4RA1A 4BDOA 1WODA 2O84X 4JB7A 3IB2A 4ELPA 5CRYA 3IR1A 4LONB 2B4LA 4NF5A 2I3WA 4R6HA 2XXWA 4EF1A 3TCHA 5AE4A 2NUVA 5BUUA 2ZMBA 2O7IA 4OVJA 3H6TA 4KPTA 5BWJA 3L6GA 4P0GA 2P2AA 4G68A 3PD8A 1EZOA 4UACA 4U1ZA 2DYXA 3T66A 4QFNA 3A3UA 3H4ZA 1VE4A 1PBQA 1SDXA 4EDPA 3PAMA 4WEDA 4ELOA 2GH9A 4ZZAA 3RUMA 5DYHA 1P1UA 5CMMA 1OVTA 5TP9A 4DXUA 2ONRA 4E0WA 4FAJA 1FQAA 3TFLA 4NWDA 4YU0A 3EF7A 1GR2A 3RT6B 4BDRA 2Y7IA 3I3VA 3K02A 3RPWA 1AIVA 1SBPA 2WOKA 3TZAA 2Z8FA 1OIBA 1N76A 3KJ7A 3G7WA 1ZMGA 2E0SA 1MPCA 1PBPA 3FV1A 4FE8A 1Y3PA 1FQDA 2Q2AA 3F11A 3K6WA 2F7AA 3EPEA 4IY6A 1MY1A 5K2XA 4RPNA 1MXXA 3PD9A 3O2AA 4PFTA 2ZXTA 5H8HB 3O28A 2F8DA 4IB2A 2O7UA 3S2VA 3EQ1A 2I4BA 4G68B 2AIXA 3KSXA 3FJ7A 1FTJA 4R2FA 2NOOA 4WXJA 5M2VA 1L5TA 2DE3A 3WAFA 4I62A 4AB5A 1A40A 5CBRA 2DWHA 4ELRA 4YB6A 3HV1A 3QUFA 4PE5B 2AL4A 1UIVA 3H6WA 5CBSA 1WDNA 1GGGA 2HAVA 4DZ1A 3M3FA 1B3EA 3KN3A 3ILUB 4YB5A 2AYSA 4JBZA 1USYH 5TP9B 1Z7NE 4ZE9A 3R6UA 3RTWB 1IXCA 1KWHA 1O64A 5CMCA 4U4XA 2XXTA 4BLAA 2ZNTA 2AL5A 3FXUA 2DE2A 4GWOA 2Q8JA 4C1UA 1Y4CA 1B46A 3SETA 4OHNA 1QUJA 1FTOA 3T22A 4NMYA 4QSDA 2NVUB 1BKAA 1IQ7A 1NMUA 1MDP1 2HEUA 3N26A 3N6UA 2QJEA 3TKDA 1LLSA 4PETA 1TT1A 1SW1A 3O66A 3CFZA 1N3WA 2RC8A 4OXVA 5KZTA 1Y4TA 1US5A 1P1NA 1TWYA 4O3BA 1Q35A 4DXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ITOA 1IXHA 4JVIA 1RYXA 3THIA 1LBXA 2Y7PA 2H99A 1P99A 2O1LA 1QULA 2RINA 5IZZA 3PGFA 3OO7A 3O97A 1NV7A 2UYFA 3E4RA 4AS4A 3MVZA 1JW4A 3Q26A 1B32A 1ATGA 3V5AA 1JETA 4RJZA 2UVJA 1MXWA 4KYEA 5HPQA 2Y84A 1B05A 1R9QA 2D3IA 3T9VA 1MQGA 1OVBA 3SEWA 1ZIUA 2O1MA 1R9LA 4U2RA 4R2BA 1OMPA 5I5PA 3O29A 1Y3QA 3OO8A 4GBVA 5A5LA 1B51A 1N0TA 4EXKA 3K2DA 4NWCA 2DSFA 2HHMA 4R72A 1LBBA 2OBGA 3O9PA 3KN7A 4JVCA 4GFRA 4I40A 4UA8A 4GXSB 3VLVA 4OTEA 2HZLA 4QFPA 1VFDA 2RCAA 5JTYA 2V3UA 5EYGA 4O3AA 2UYEA 3MJNA 4RXLA 2OWTA 4KHZE 1A8EA 3T0JA 1JW5A 3E13X 3W9WA 3A09A 3JYRA 5AA2D 1N7XA 4QFOA 4POXA 4XKNA 2X7PA 2LAOA 4WKMA 1FTLA 2F7CA 4N15A 2F5XA 3DRKA 4R9FA 3S9EA 1H45A 2G93A 3K0VA 3Q29A 4N6DA 3PPRA 2QFLA 2WYPA 3T9HB 2ESNA 4ONYA 3PUYE 3PV0E 4GWYA 2V3TA 2THIA 3D4CA 5LTCA 1R1NA 3W15C 4YICA 4Q0CA 1JP4A 5EHMA 5L8DA 4HE1A 1KA0A 2PYYA 1H44A 2H5YA 1MS7A 3C9HA 4OFOA 1A8FA 4P1EA 2FBPA 4RY1A 3G3KA 3ZS6A 1FW0A 4F31B 1FPIA 4RK2A 2DDKA 5ET8A 1URDA 4R74A 1POTA 3CSBA 4IO5A 3UIFA 1SYIA 1LBZA 4G77A 3ONMA 1YZ0A 2ALUA 5I3SA 5FBPA 3RYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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