1OLAA

The structural basis of multispecificity in the oligopeptide-binding protein oppa
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title The structural basis of sequence-independent peptide binding by OppA protein.
pubmed rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 181
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1olaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1olaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1olaA02
5KCJA 4NF5B 2WOPA 4C1UA 2XXPA 3I5OA 1I6QA 1DPPA 3PGFA 1UIUA 3T9XB 3G3KA 4QFOA 4OFLA 1MQGA 2O1MA 1LAXA 3KBRA 1VSOA 3LBSA 1I6BA 4OZ9A 1FQBA 4I62A 3HCQA 2QMWA 2DWIA 5H8QA 2XXXA 4WEDA 3H6VA 4ONYA 1MDP1 3MUQA 4MBPA 2NXOA 4ZEIA 4G68C 3MW0A 1MG1A 2ONKE 2D5WA 1MM6A 2DWHA 3PUWE 1PBPA 1JVYA 1MY1A 4C0RA 2Z8FA 4PFTA 5AA1A 4YB6A 3FIRA 3IJOB 4GFRA 3RQTA 1IXGA 3MC2A 2Y7RA 4BDRA 1T0KA 5I2NA 1JW1A 1WDNA 3HHGA 2B65A 4BLAA 3DP8A 3CFZA 2XXRA 2QS3A 4G68B 4ZDMA 4X48A 4E0XA 4ZEBA 2FYIA 1P1OA 3GLBA 5I59B 2CZLA 2HEUA 3N5LA 4LZ7A 4QSEA 2H5YA 1POY1 3Q26A 3G3GA 3CR9A 3DRGA 3PD8A 1IQ7A 1ZBMA 4QSDA 4ZZEA 4F29A 3RPWA 5A5XB 4R2BA 4MF3A 1SVXB 2QPQA 2XXTA 3RN8A 4F1YA 3MVXA 2O7IA 4R75A 1LFHA 3QUFA 1SD3A 1LCFA 4IY5A 3TODA 4F1VA 2E1SA 4EQ9A 1PB8A 5DYHA 3ZS6A 3TEPA 2OWTA 3JYRA 5JTYB 2Q9TA 1SDXA 1SW1A 1XVXA 4OESA 4YAHX 2DWAA 5I57A 1NH8A 4GL0A 3U72A 4YB5A 3IK6B 1Y4CA 4NF5A 2WOKA 3Q29A 4TLLB 3QYTA 3S2VA 1J1NA 5H8NB 2XXIA 2FA7A 3WAEA 3PMXA 4N13A 2H98A 4F3GA 2A5TB 2DWJA 4K3FA 4KYEA 3DRHA 1F9BA 1N84A 4OENA 3T9UA 1B5HA 2O51A 3PMWA 4BDOA 3IX1A 3KOTA 1ZLQA 4YU0A 3H6WA 3SERA 3TQWA 1Z7NE 3A3CA 2ZXTA 3TELA 1Q1KA 2QS4A 2PT1A 3LVUA 2PYYA 4LATA 3SEUA 4GRKA 4N07A 1PC3A 1DTGA 4OMBA 1I6AA 4LONB 1II5A 3E9XA 1FQAA 4H67A 1ZU0A 4G68A 3KN3A 4U1ZA 3ZSFA 5I59A 4H65A 3K01A 4G77A 1NMUA 3G3IA 3IO4A 1SYHA 4N6PA 1JNFA 3FASA 2YJPA 4HW8A 3FVKA 3FVNA 5L9OA 3PPQA 5A5XA 3RYAA 4LP2B 1MPBA 2PMSA 5FTIA 1BIYA 4XKPA 2QSXA 4EQBA 2PX1A 4HCWA 3O66A 4DIGA 5I58B 1LSTA 3IO6A 1N3WA 3R26A 3TUSA 4EF1A 4JSDA 1BP5A 2F5XA 1RYXA 4YKIA 2D21A 3D4GA 5JTYA 4ELOA 1A8EA 1M5BA 4EQ7A 3T22A 4X1BA 2XD3A 4FEBA 5AA3A 3I3VA 4YZZA 2H9BA 3HHFA 4OQOA 4F3PA 1H43A 1A55A 1N3XA 3S4UA 3KJTA 1N76A 2I0CA 3LUYA 1NNTA 1OMPA 3H4ZA 1LAGE 2Z8EA 3O29A 5H8NA 1DPEA 4RY1A 5CRYA 1XOCA 1GGGA 2A5TA 2HZLA 1B05A 1DSNA 3S9EA 3VLWA 3OELA 1ZTYA 5M2VA 3VDFA 4OETA 3BKIB 1B1HA 3G3FA 1LBCA 4FORA 3DRFA 4F19A 3K4UA 3JZJA 4R2FA 4EXKA 4NTLA 4ZE8A 3MWBA 4OFOA 5AE4A 3TZAA 1MY3A 4FJPA 4XXUA 1XHYA 3DP4A 3FUZA 1FTKA 5IKBA 2DE3A 1USYE 1LAFE 2REGA 3FVOA 3S9LC 1XC1A 2F35A 4BDLA 1BKAA 4ZEKA 1NKXA 3M8UA 2GHBA 3IORA 3GBBA 4AB6A 3IOUA 2F7AA 1N0TA 1OQHA 1LB9A 4GXSB 2H4IA 1FCKA 4NF6B 4KI0E 3TPAA 3TCFA 2G93A 2XXVA 2R9JA 3CIJA 3K00A 3IB1A 3CHGA 5K2YA 2ZYMA 1B3HA 3B6TA 3DELB 2DSFA 3Q25A 4Z0IA 2GHAA 1ANFA 3OXNA 1GVCA 3T9HB 2KLFA 1M5FA 1LAHE 4ISUA 1KWHA 3TMGA 1B1XA 2O69A 3DM0A 3SETA 2CMOA 3KEIA 2F36A 5CC2A 2D3IA 2UVJA 4RK2A 2PT2A 3JV9A 1R6ZA 3OO9A 1M5CA 2OWSA 4RPNA 3FJ7A 1MXXA 3K1NA 4QSCA 2DXYA 3QXMA 4GOTA 3FTOA 3LSXA 4OTEA 4F1UA 2X7PA 5H8HB 3IAZA 4DXBA 5B7DA 3SDFA 4LZ5A 1MQHA 3EHUA 4QFNA 1B3EA 2ALUA 3K0VA 5DVIA 1SW4A 2O1LA 1OLAA 2P2AA 1Y3QA 1IEJA 1MY2A 3T9VA 4F22A 4XKRA 1AOVA 1QUJA 3DRJA 1D9VA 4U22A 4YB7A 4DCXA 3OENA 4I8CA 4Q0CA 1OLCA 3PMVA 4ND9A 1Y9UA 1S7YA 3K6WA 4PP0A 3FXRA 1MY4A 3O2AA 1O64A 3KJ7A 1FQEA 5CM6A 1A7LA 5TPAB 4BDNA 2RF1A 4JBZA 5FHNA 4POWA 3V5AA 5KDTB 3LSLA 3VV5A 3CFLA 1B7UA 4R6HA 3VVEA 3U94A 4MH5A 4NF6A 3OEKA 2R6GE 3FXUA 3IB2A 2P0SA 3MPLA 1EZPA 5AA4B 3UK4A 3L6HA 2I0BA 3CFXA 4DZ1A 2VGQA 4AB5A 1EU8A 3W9VA 1PEBA 1OVTA 3UP9A 1IXCA 2AIXA 3V8XB 1FTLA 4DLDA 3IL1B 3KGCA 3T96B 2I3VA 4PETA 1BTJA 1FQFA 1B0LA 1P99A 2QJEA 2OJTA 1PB7A 3SESA 1XS5A 1GV8A 3QUJA 4JWOA 5H8FB 2B3BA 2O68A 1MQJA 3OD7A 4NF4B 4ECFA 4ZECA 2I6EA 3KOSA 2Q89A 1MRPA 3C33A 1D9YA 5CMMA 5H8HA 5HM4B 4NWCA 4LQ2A 2OBGA 5I2KB 3FD3A 4F2OA 4HS7A 3O6GA 1LGBC 4IGRA 2AYSA 3KG2A 2H25A 2XX8A 3AXFA 2QL3A 3WAFA 5B70A 2ANJA 1MXWA 1UQWA 1R9QA 2Y84A 1CE2A 1UTBA 1AMFA 1TXFA 3C31A 1NL5A 1JEVA 3L6GA 1P1UA 4H0WA 5ISUA 3FV2A 3LSWA 2Q2AA 2NOOA 2XX7A 2Y7PA 4OHNA 3HO7A 4QFKA 3LR1A 2ZNTA 4NE4A 1IXHA 4KCDA 3IJXB 3RLFE 4OFJA 1B40A 2ZYOA 3U1OA 3CSBA 1N7WA 1TT1A 4XKQA 2V84A 4XIGQ 3VFJA 5FTHA 1H3DA 3W15C 2DYXA 2Q2CA 1MXVA 5DEXB 3ILTB 1ELJA 1WVJA 1MXZA 3O28A 4M4GA 5TPAA 2F7BA 3C9HA 1S9TA 2V3UA 1MH3A 3SEVA 2XXWA 3RT8A 1UTHB 1MPDA 4G8MA 5KDTA 4IO7A 1P1QA 2PBWA 3O6PA 1IUDA 2GFEA 1M5DA 4JWYA 5ITOA 4DXCA 3O6HA 1JQFA 4P0GA 3MPKA 4NF8B 2RCAA 5JEIA 4FIMA 1MS7A 3OSQA 2HAUA 4PE5B 5AA4A 4ZZAA 3TFLA 2WOLA 5F7VA 2RINA 1HSLA 3UIFA 1NFTA 2XD2A 4RNSA 2E0SA 3FJMA 4F18A 3VVDA 3B6QA 4ELQA 4O3CA 2DOJA 3KN7A 4KYSA 4R73A 1NNFA 1ZJLA 1AIVA 3PUYE 4GF8A 3ZKKA 3FVGA 5H8FA 1ZMGA 2I58A 4ZE9A 5LOMA 3MP6A 4H5GA 4NF4A 3OO7A 1MY0A 1LLSA 1URSA 3TCHA 3DLNA 3PD9A 1N04A 4GVOA 3EF7A 3PPNA 2REJA 3LSFB 2ZNSA 3CSGA 3VXBA 2B3FA 1VFDA 1FQDA 2HQ0A 4OXVA 1GTKA 3TTMA 3DRIA 1PDAA 3QSLA 1B3LA 1PBQA 2P1SA 4JWXA 4F31B 4QFLA 2O7UA 3FV1A 1CB6A 1JETA 2ONRA 1YAEA 1VE4A 3G3HA 3K6UA 1QVSA 3N6UA 3HSTA 4QHQA 1TFDA 4WXJA 3H7MA 2LAOA 2M8CA 2I4BA 1B5IA 1QJMA 3PPRA 1B58A 3H3GA 2OZZA 4KD5A 1B4ZA 2YPNA 3CVGA 5CMKA 4UACA 3S9MC 2F97A 2X26A 3TTRA 4GL8A 3OEMA 5FHOA 5CI5A 5L8DA 1EH3A 5JK4A 5DEXA 5H8SA 5TP9B 1DTZA 5IAIA 2UYEA 1O7TA 5DVJA 5I56B 2NUVA 1OQGA 3VE1B 4X1DA 3EHTA 1UTHA 3CI8A 2A5SA 1POTA 1YCJA 3CG3A 4OVJA 3KZGA 4DE8A 4NF8A 1SBPA 4GIZA 2I4CA 4NEDA 3KSXA 3IR1A 1US5A 4I1DA 3DRKA 4JXIA 4L17A 2ZYKA 3N94A 2UVIA 5DTBA 3M3KA 1FTMA 1OIBA 1B7HA 1B46A 3QAXA 3IOWA 1H44A 4RK9A 5ITPA 3K6VA 3EN3A 1SI1A 3C32A 3FJGA 4RA1A 4I9DA 1L5TA 3MVWA 4IO2A 2DVCA 1LBBA 1HSJA 4P11A 4GWOA 3SEXA 3ECRA 2ZMBA 1Z7ME 4GLIA 4IY6A 4G2ZA 4R6KA 1Y3PA 2I49A 5I58A 3I6VA 4YKJA 3TDJA 3MZ1A 4YMBA 4OEUA 4GD5A 2HAVA 4LQ5A 4KQPA 2BJJX 3RT6B 3A09A 2OCUA 1JW5A 3RYBA 3PUVE 5HPQA 3MAMA 3C34A 3ONMA 4O3BA 1B4HA 4TQUQ 4DDDA 3FXQA 3TYHA 5ICQA 4QRZA 1FQCA 4KHZE 2HFBA 1B2HA 3PAMA 3EPEA 3K1PA 2IEEA 1P1WA 2PVUA 3UORA 1YPNA 4EF2A 4ELRA 5TP9A 4M1VA 3RTWB 3A3UA 1A99A 4FEDA 3RTFB 5I56A 3B7DA 2Q8JA 2WKYA 4OEVA 4YKKA 4YKPA 2IA4A 3H6TA 2O6AA 2I3WA 4ZS9A 1URGA 2RC9A 3R6UA 1QKAA 1LCTA 2RC7A 4FECA 1VR5A 1MPCA 4IO4A 4ESXA 1Y4TA 4G8NA 1AL3A 1DOTA 1A8FA 3MP1A 4LVQA 2DXRA 4GXAA 5CMCA 3K02A 4JDFA 2QS1A 5EHSA 1NNKA 4MLQA 4WKMA 4U2RA 1JEUA 3KFMA 3P7IA 3OMBA 1P1NA 4PFUA 3PPPA 4JSOA 2UVGA 3PPOA 4NWDA 3OO6A 5CBSA 3TKDA 3LC8A 3G7WA 2ONSA 3CRBA 3GBAA 5EHMA 1B52A 2GRVA 3M3FA 5ELVA 2DVZA 4GQOA 2NWJA 1XVYA 5AA2B 4ESWA 4F2QA 5I84A 3MQ9A 2AL4A 2OLBA 3VLVA 1MH4A 1PB9A 1UIVA 1GR2A 2XXHA 2ZYNA 1BLFA 3Q28A 1USYH 5FHMA 4EDPA 1QKBA 1MDQA 5HBCA 3K2DA 4KFQA 3K6XA 2HZKA 2Z8DA 4Z7EA 2G29A 1FTOA 4H1XA 4KPTA 5BUUA 4UA8A 3IB0A 5TU0A 4FATA 4H5FA 1US4A 4Q5TA 1DMBA 1O63A 5ICTA 1D4NA 3MVZA 4KCCA 4POXA 3C35A 1B32A 2XHDA 4IO5A 3GZGA 2XX9A 4HTGA 5L9MA 3PUZE 3PUXE 3MZ9A 4TOZA 2UVHA 1LB8A 2V3TA 5DVFA 1JVXA 4PFWA 3N26A 2QRYA 2ABHA 2VD3A 4F3BA 1IIWA 1WODA 3Q27A 4P0IA 3V89B 5CBRA 2O84X 2Y7IA 4R74A 3IOTA 4F39A 3ILUB 1M5EA 1EZ9A 2VP1A 5J1DA 1A54A 3GXAA 1QUIA 3H06B 4F3SA 3RNNA 4R6YA 4BDQA 4C1TA 1URDA 1MQDA 3S9NC 3QIMA 3HV1A 1B5JA 2GH9A 3FGSA 3O6IA 3SEWA 2H99A 4ZEDA 1IITA 1B9JA 3BBRA 3QK6A 2VHAA 5AA2A 4NMYA 1TFAA 3HPIA 3UA8A 2VOZA 3E3KA 3K1MA 1NH7A 5F1QA 1B3GA 1EZOA 2F6GA 4Q30B 4LUBA 3FATA 4RJZA 3IOVA 1JW4A 1LFIA 2DE4A 2QS2A 2B4MA 2DE2A 5I2KA 4KR5A 4OERA 4E0WA 3ZKLA 4MFIA 1Q35A 3OO8A 2V3QA 2F34A 4RPOA 3RGYA 2Y7KA 2DS9A 3TTKA 3BFTA 4DXUA 1YTVA 2UXAA 4G4PA 2XXYA 3UGWA 2X7QA 3G3JA 3V83A 2V93A 4U1OA 3U92A 3U8QA 4G8HA 2Z22A 2F6PA 4ELPA 3BFUA 3CG1A 2NVUB 2DP8A 5AA2D 1TWYA 5K2XA 3N6TA 5EYFA 4FE8A 3D4CA 4U4XA 1MXUA 3M3LA 3MBPA 1R1NA 3U93A 2RCBA 3MJNA 5DT6A 4U21A 1H76A 1ZIUA 4IO6A 4ZEFA 2AL5A 3USDA 3OOAA 3DP6A 2F8DA 1B7ZA 4RXLA 4R72A 3W9WA 3C36A 4R9FA 3B6WA 1MM7A 4WEPA 4X9TA 4H6DA 2B4LA 5KCJB 4OYVA 4THIA 1I69A 3PU5A 3VVFA 4QF9A 3H03A 1VFEA 5KZTA 2HXWA 2ESNA 4R9GA 2FNCA 1RYOA 3RUMA 3VXCA 4U23A 1H45A 3PV0E 4U4SA 3MVYA 3SEYA 4QFPA 2ZNUA 1B51A 3F11A 3R7XA 2RKMA 3OSRA 5H8QB 1AH5A 1QUKA 2Y7WA 1Y1MA 1S50A 3O97A 4EUOA 2F78A 4YMAA 5L9SA 4AQ4A 2RC8A 4PQJA 1MXYA 2VD2A 1RKMA 4FAJA 2I48A 3TAJA 1A40A 3TTLA 2OK2A 4YICA 3MP8A 4TLMB 4XTCQ 5BWJA 1MQIA 3H6UA 4MLVA 2THIA 4O3AA 3MZBA 4IB2A 4EXLA 1ATGA 1QULA 4KYDA 3T66A 2R71A 2W7YA 1B6HA 3C4MA 2HCAA 3THIA 1Y3NA 3UN6A 1IXIA 3HN0A 4OWDA 3VLUA 1N7XA 3O9PA 4LZ8A 5I2NB 1SYIA 2V25A 1QW0A 2Z23A 4PFYA 1SI0A 2QMXA 1SW2A 4IO3A 4RYAA 3RY3A 3SKPA 3TTNA 1Y20A 4JB7A 4DCYA 3EQ1A 1LFGA 1XT8A 4BDMA 3T93B 4XKNA 2YLNA 2XXQA 1SQYA 1NNPA 3TQLA 4HCYA 1FTJA 1FW0A 1ZKBA 1Y1ZA 2XXUA 3FZVA 1HSEA 1R9LA 4H8JA 2UYFA 1B3FA 1D3KA 5CMBA 4Q8RA 3E4RA 3ODBA 4LA9A 2DQVA 1SW5A 2F7CA 2Q88A 1IZ1A 3KN8A 3TCGA 1UTBB 3KSJA 3EHSA 5I57B 4H8IA 1B0HA 4IGTA 3E13X 1OVBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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