1OLAA

The structural basis of multispecificity in the oligopeptide-binding protein oppa
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis of sequence-independent peptide binding by OppA protein.
pubmed rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
molecule tags Binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 181
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1olaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1olaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1olaA02
4NF5A 4BLAA 3EHUA 1HSEA 4QSDA 4MLVA 3RNNA 3OO7A 3O6IA 2UYEA 2DVZA 4F3PA 3PAMA 3DM0A 3FV2A 4K3FA 4GFRA 4NTLA 1YTVA 4IGRA 4QHQA 2DWHA 4N6PA 3LUYA 4ELRA 5EYFA 2VHAA 4YKIA 3IK6B 2ZXTA 1YPNA 1O63A 2H9BA 3FD3A 2I4CA 5EHSA 4BDMA 1B9JA 3TTRA 1SD3A 4EF2A 4DZ1A 3QAXA 3OOAA 3LR1A 3FXRA 5L9MA 2DS9A 3OEMA 5AA4A 2D5WA 3VLUA 4G8MA 4G68C 3K0VA 2XX9A 4POXA 2VP1A 2VD2A 4Z7EA 3B6WA 5TU0A 3G3KA 1I6AA 3CSGA 2DE2A 3R7XA 5IAIA 3TZAA 1N84A 3WAEA 1MY4A 4IO5A 2ABHA 3TTLA 1FQEA 4C1TA 2I3WA 4I62A 2I4BA 2ESNA 1NH7A 1SQYA 2F6GA 4JWXA 1ZU0A 4Q5TA 1J1NA 3DP8A 4OMBA 3SEVA 2HAVA 2FYIA 2THIA 2Q8JA 1Y9UA 5JK4A 1JW5A 2GHBA 3RYBA 1D9YA 2ZYMA 1JVXA 3K1MA 3FUZA 3DRFA 2YJPA 2H5YA 3CSBA 1ZMGA 3VXBA 2O7IA 2ZMBA 4QFNA 5H8FB 3U72A 1LFHA 2V3TA 5TPAB 2OWSA 3MQ9A 5AA2A 3MVYA 4KR5A 1JNFA 4NEDA 5I2KA 1JW4A 3OO9A 3K2DA 3TCGA 4GD5A 4IY5A 4M1VA 3O6GA 1XOCA 2ZNTA 4GXSB 2R9JA 5DEXA 4GQOA 1ZLQA 4GVOA 3KBRA 4R2BA 5IKBA 1QUIA 2A5TB 4GL8A 3H3GA 1R9LA 3I3VA 3PUYE 3H6VA 2VOZA 4R9GA 1PB7A 1D9VA 1A8EA 3O97A 4LQ2A 3K6XA 3M3KA 3FVNA 1M5DA 4DCXA 4GOTA 5J1DA 1UTHB 4C1UA 4FAJA 1B46A 1FTJA 2PX1A 3VVDA 3CFLA 4KYSA 3FVOA 4KYEA 5JEIA 3G3GA 5KZTA 4ECFA 4F2QA 1M5BA 5B7DA 2CMOA 1B0HA 4HCWA 4F3BA 4EXLA 1MH4A 1KWHA 2QPQA 1Q1KA 3FXQA 3DP4A 1OIBA 2F5XA 3ILTB 2FNCA 3VDFA 4NWCA 2XXUA 4F1UA 1B2HA 3K6UA 4YKKA 1MY1A 3MWBA 4L17A 2D21A 4FECA 2GFEA 4NE4A 1Z7NE 4WXJA 2QMWA 2NXOA 4NF6A 2I6EA 5I57A 1Y4TA 3PU5A 4POWA 5L8DA 1BP5A 4IO6A 2G93A 3FJ7A 1DOTA 4RJZA 3OD7A 3FZVA 4OFLA 4Q30B 1AH5A 3DP6A 4H65A 3RY3A 1SYIA 5ITPA 1T0KA 4OVJA 3I5OA 3OSQA 3ZKLA 1Y1MA 1MH3A 4FATA 3LC8A 2H25A 5L9SA 5DT6A 3HHGA 4M4GA 4G68A 1MDP1 3K6WA 4R9FA 5ICQA 1F9BA 4Q8RA 1AMFA 2B3BA 1TWYA 3A3UA 4X1DA 1DPPA 4O3BA 5H8HA 3CG3A 1ELJA 3MBPA 3QUJA 4H67A 1WVJA 2NUVA 2PT2A 3RTFB 4RYAA 1URSA 3DRHA 1HSLA 2LAOA 4PP0A 2Y7WA 3Q28A 3QXMA 4XTCQ 1TFAA 2UVHA 5AA3A 1S9TA 4JSOA 1WODA 2DWAA 3U8QA 2IA4A 3JZJA 4RK2A 2XD3A 1M5FA 4KHZE 4R74A 2V93A 4ZEDA 3D4CA 3MP1A 4E0WA 2Z22A 2RF1A 4JBZA 2PVUA 3OSRA 2HXWA 3ECRA 4JSDA 3EPEA 3S4UA 3CHGA 1BLFA 3HV1A 4OYVA 1UIUA 3FXUA 4H5GA 4ZZEA 3PUVE 1B4ZA 1L5TA 4MBPA 2ZYNA 3FVGA 3H6TA 4OZ9A 2I49A 3P7IA 5ISUA 4U4XA 3L6GA 3UN6A 2XX8A 4F18A 2WOLA 3CRBA 4R73A 1MQGA 3O28A 2ZYKA 2Q88A 3TODA 5CMKA 3ILUB 1B3FA 4U21A 3OEKA 4KD5A 5CI5A 1B58A 5FHMA 3RYAA 3PMWA 4KFQA 2WOKA 2Y7RA 3BKIB 1ZJLA 4FORA 2HAUA 5F7VA 1A55A 3MZ1A 4EXKA 3VVEA 1BKAA 3SDFA 3G3HA 4OETA 2X7PA 1P1UA 2REJA 2KLFA 2F34A 1ZTYA 3C35A 1VFEA 3K1NA 3DRGA 2ZNSA 1B7ZA 2BJJX 1OMPA 3B7DA 1Y3NA 1P1WA 3U92A 1LCTA 4GL0A 5JTYA 1XVYA 1UQWA 3GBBA 5I58A 1IEJA 3W9WA 2W7YA 3IJOB 1PB8A 3IR1A 3D4GA 1PEBA 2V3UA 3TQWA 4NMYA 1B40A 1H45A 3AXFA 4H0WA 1MQJA 4E0XA 4XKPA 3QIMA 1MPCA 1B7HA 3LSLA 1XT8A 3DRIA 5I56A 4C0RA 2XXWA 4XIGQ 1LAHE 1D3KA 2B65A 5I59A 1GV8A 5A5XA 1D4NA 4GIZA 5H8QB 3T9UA 1P1OA 4Z0IA 4TLLB 4EQBA 4NF4B 3THIA 2NWJA 5HPQA 3A09A 3BFTA 3HHFA 2P2AA 4ELPA 4I1DA 4YB5A 4IB2A 3PPOA 4HW8A 3MPKA 2XXXA 3RPWA 4U22A 1MPBA 2M8CA 2ONRA 2DYXA 3ODBA 3CVGA 1ATGA 5CMMA 4YAHX 1S7YA 1URGA 2O84X 1R9QA 1B3GA 3QYTA 4KI0E 3F11A 4QRZA 3S9MC 5EHMA 1B32A 1EZ9A 3G7WA 4BDQA 1H43A 4OQOA 1N0TA 2OCUA 3H7MA 3MVZA 4LP2B 1PBQA 2P0SA 3K02A 4THIA 1OLCA 4O3AA 3ZKKA 1NH8A 4NF8A 4FEBA 2B4MA 3W15C 2GHAA 3N5LA 4XKQA 4ZEFA 3I6VA 2YPNA 2XXTA 5F1QA 2OLBA 3ZS6A 1O7TA 2UVIA 1XS5A 3KEIA 1B5JA 4X9TA 2XXPA 3VLWA 1MXZA 2ONKE 4OFJA 5DTBA 1BTJA 1OQGA 4HCYA 1DTGA 2F97A 2RC9A 1A99A 3IOUA 4NWDA 2FA7A 4X1BA 2Y7PA 1R6ZA 4TOZA 2O1LA 4XKRA 1FCKA 1JQFA 2XXIA 2OJTA 4ELQA 5FTIA 1MXWA 5FTHA 5KCJB 5TP9B 5I2NA 3K6VA 1FTKA 5CMCA 4R2FA 2F7BA 3BBRA 1FTOA 1DSNA 3CFXA 1VSOA 4U2RA 4I9DA 2O1MA 3RUMA 1QVSA 2DE3A 4KYDA 3O6HA 3TPAA 5M2VA 1QUKA 3PPQA 1FTMA 4OERA 3PV0E 2QL3A 3S2VA 3V83A 4HTGA 4KPTA 3DRJA 1OQHA 2XXVA 5AA2D 1LB9A 4RNSA 3IOWA 3U93A 1OVTA 1AOVA 1N3WA 3DRKA 3PMXA 3KG2A 3SEWA 1I6QA 1UTBB 3PPNA 2F7AA 2O51A 4ZEKA 4UACA 2PT1A 3TTNA 3FGSA 3JYRA 2OBGA 1GTKA 5KDTA 4NF5B 1VFDA 3OENA 2GRVA 3FJMA 3LSXA 3Q26A 4YB7A 4G77A 5H8NA 3MZBA 1EZPA 1B7UA 3HCQA 4MFIA 1FQCA 4XXUA 5L9OA 3IL1B 2DQVA 3MVXA 3W9VA 4JWOA 2XD2A 4PFTA 4LUBA 1B52A 1FQFA 5DVJA 1Y3PA 3FASA 1SW1A 1MY3A 5CM6A 1QULA 3VXCA 5CMBA 4U1OA 3K00A 4O3CA 4JXIA 5I84A 5AA4B 1Y4CA 4ZE8A 1A8FA 1B5IA 4ESXA 3N94A 4MH5A 1N3XA 3TTMA 1SDXA 1FTLA 3GBAA 4R6YA 2Y7KA 2V25A 2E1SA 4RXLA 1P99A 3PD9A 4P11A 3S9LC 3C31A 2F35A 4F3SA 2V3QA 1NL5A 3KN3A 3U1OA 4EQ7A 4RPOA 1EU8A 3IOVA 4ZECA 2ALUA 1S50A 4PFUA 1URDA 1H44A 1B05A 2ZYOA 4PFYA 2ONSA 1FQAA 1R1NA 4FE8A 2Y84A 1TT1A 4QSEA 3KZGA 1MXYA 2PYYA 3RGYA 3RLFE 4F39A 3LSWA 3RT8A 2IEEA 4QF9A 3PUWE 4F2OA 1EH3A 4EDPA 2OK2A 1Y20A 4OTEA 3V5AA 2DXRA 2RCBA 5HM4B 3R6UA 3R26A 3MP8A 4F3GA 5AA2B 1II5A 4GWOA 3KOSA 1JVYA 5LOMA 4RPNA 2B4LA 3TCFA 5ICTA 3O2AA 5I2KB 3C36A 2HZLA 5ELVA 2AIXA 2HEUA 3N6TA 1XVXA 3TYHA 1DTZA 1A54A 1NNFA 4ELOA 4F29A 4G4PA 3DLNA 4ND9A 5DEXB 3TAJA 1LGBC 3CFZA 2Z8EA 4IO4A 4AB5A 2WKYA 1MQIA 4RY1A 1Y1ZA 2Z8FA 1MXXA 2B3FA 3OMBA 5AE4A 3PPRA 4EQ9A 4YZZA 3TUSA 4UA8A 2DVCA 3MP6A 5H8FA 3IOTA 3QUFA 4BDLA 3OO8A 5TPAA 2Q2CA 4DCYA 1MQHA 1LAFE 3OELA 4ZDMA 1LB8A 2V84A 3T93B 2Z8DA 4DLDA 1Y3QA 3K4UA 3TQLA 1B4HA 3FV1A 3O66A 4IO3A 4YKPA 2QJEA 3KJTA 2D3IA 3U94A 4DXUA 3H6UA 4FEDA 3MVWA 2A5TA 5BUUA 4YMAA 3A3CA 1TXFA 3IJXB 4GRKA 1P1QA 2VD3A 1HSJA 1USYE 2NOOA 2E0SA 2DSFA 1UTHA 3LVUA 4NF6B 3K01A 5I57B 2AL4A 4LATA 1JW1A 1ANFA 3ZSFA 4F22A 4ESWA 3Q27A 2DE4A 3N26A 2I58A 1N76A 1LCFA 3V8XB 2VGQA 2AYSA 3H06B 1I6BA 4DIGA 4DE8A 4QFKA 2NVUB 1QUJA 3KSXA 3HSTA 5ITOA 4G68B 4IO7A 4OEUA 2X26A 5CRYA 4OFOA 1XC1A 3H03A 3PGFA 3FATA 3SERA 1IXHA 3IB0A 1MG1A 1B6HA 4MLQA 2O69A 2I48A 5H8HB 5CC2A 1IXIA 2Q89A 1RYXA 1MY2A 3EF7A 1Q35A 3GLBA 1H3DA 4LVQA 4ONYA 4F31B 5B70A 3HN0A 3C4MA 4HS7A 2DOJA 4BDRA 5DYHA 1MXUA 1XHYA 3BFUA 4ZEIA 3PPPA 1MY0A 2GH9A 1SYHA 3Q29A 1NNTA 1LBBA 2F78A 2H98A 4FIMA 4OWDA 4U4SA 4DXCA 4WEDA 3UIFA 1SBPA 2HQ0A 3GXAA 2WOPA 2QS3A 3CR9A 1LFIA 4YKJA 1A40A 5DVFA 1MRPA 2O6AA 1NKXA 2O7UA 4BDNA 2XXYA 3EHSA 1B3HA 1FQDA 1QJMA 3MW0A 4YMBA 1SVXB 3C33A 1ZIUA 1PC3A 4ZEBA 1PB9A 4MF3A 5K2YA 3TFLA 3G3FA 4EUOA 1M5EA 3EHTA 4H1XA 2H4IA 3HPIA 4QFOA 4KQPA 3T9HB 2ANJA 1B0LA 1NFTA 4AQ4A 1SI0A 1GR2A 2XX7A 4KCDA 3TELA 3M3LA 2F36A 3MPLA 4ZS9A 3K1PA 4ISUA 4LQ5A 2X7QA 3O6PA 5FHNA 4YB6A 1B1XA 3Q25A 3QSLA 4R6HA 4LZ5A 1IIWA 3UGWA 1US5A 2RC7A 1OVBA 3KN8A 3RT6B 1JEVA 2QRYA 5H8SA 4H6DA 3FJGA 4N07A 4WKMA 1IZ1A 1SW4A 4ZE9A 3IO6A 3RQTA 1LAGE 1YCJA 3T22A 4G2ZA 5JTYB 1QW0A 2DWIA 2HCAA 3UA8A 1Z7ME 1JEUA 1USYH 2P1SA 3B6QA 3CG1A 5I58B 4JWYA 4QFPA 3MAMA 2PBWA 3FTOA 3SESA 2RC8A 3ONMA 1TFDA 3SETA 3IB1A 4LZ8A 1A7LA 4RA1A 1VE4A 1DPEA 3IORA 1IITA 3VFJA 1LLSA 2PMSA 1SW5A 1FW0A 2UVGA 1NMUA 2Q9TA 5I56B 4XKNA 3S9EA 3E13X 5I59B 4EF1A 5A5XB 3FVKA 4F1YA 1SW2A 2ZNUA 3N6UA 3KGCA 3DELB 3VLVA 3KN7A 2DWJA 4KCCA 4R75A 2AL5A 3HO7A 3KFMA 3TMGA 2HFBA 5BWJA 5FHOA 2QSXA 3VE1B 1BIYA 4OENA 3TDJA 3T66A 2R6GE 1N7XA 1JETA 2H99A 3SEXA 4OHNA 4G8HA 2A5SA 3QK6A 4LONB 3CI8A 3MZ9A 4GLIA 2RKMA 3JV9A 1IXGA 2CZLA 1AIVA 4QSCA 4IO2A 4AB6A 2G29A 2RINA 4YU0A 1MQDA 2DXYA 5CBSA 4JDFA 2UVJA 2O68A 2XXRA 2DP8A 4ZZAA 3H6WA 3VV5A 4IY6A 5H8QA 2F8DA 3M8UA 1MDQA 1FQBA 3G3IA 1B51A 1LBCA 2XHDA 4NF4A 4FJPA 1CE2A 5DVIA 1B3LA 4H5FA 1NNKA 3SEYA 4LA9A 2I0CA 4F19A 4NF8B 1DMBA 1QKBA 3PUZE 4TQUQ 4X48A 1B5HA 3T96B 1MPDA 4R72A 4IGTA 2F6PA 1YAEA 3TCHA 4Q0CA 3OXNA 3B6TA 4OXVA 3S9NC 1RKMA 1LSTA 3G3JA 4I8CA 3MUQA 3EN3A 4DXBA 5AA1A 3UORA 3TEPA 1ZKBA 4QFLA 4F1VA 4OESA 4PETA 3IAZA 1O64A 2OZZA 2R71A 3KJ7A 4TLMB 3UK4A 3O9PA 3FIRA 1MM7A 3PUXE 2RCAA 3SEUA 5HBCA 3C34A 3C9HA 1UIVA 1I69A 1N7WA 3H4ZA 2QMXA 5I2NB 1MXVA 3LBSA 1MS7A 3T9VA 1LFGA 3IO4A 2HZKA 1GGGA 3IX1A 3KSJA 4R6KA 2Z23A 1IXCA 4N13A 4JB7A 1QKAA 1M5CA 3MJNA 3LSFB 4H8JA 3E9XA 2XXQA 1US4A 1IQ7A 3L6HA 1VR5A 3WAFA 2Y7IA 4PQJA 4G8NA 4U1ZA 1PDAA 1MM6A 4P0GA 3C32A 3UP9A 1LAXA 1PBPA 4BDOA 5KCJA 3KOTA 5TP9A 4PFWA 1GVCA 3E3KA 4DDDA 3M3FA 1H76A 3SKPA 2I0BA 1POTA 3MC2A 1NNPA 1N04A 3EQ1A 4U23A 3V89B 1EZOA 4YICA 5KDTB 3RN8A 1WDNA 3PMVA 3RTWB 2OWTA 5H8NB 3PD8A 3GZGA 1SI1A 4RK9A 2YLNA 1IUDA 3USDA 1CB6A 5K2XA 4GF8A 2UXAA 4LZ7A 2UYFA 4P0IA 4PE5B 3TTKA 1RYOA 4GXAA 3E4RA 5CBRA 1OLAA 3IB2A 2REGA 3O29A 1P1NA 3CIJA 4OEVA 3TKDA 2XXHA 3VVFA 1UTBA 4WEPA 1B1HA 1ZBMA 3T9XB 1B3EA 2QS4A 2I3VA 2F7CA 2QS2A 1AL3A 2QS1A 2Q2AA 4H8IA 1POY1 3OO6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GBWA 4NF5A 4BLAA 3EHUA 1Q9DA 1HSEA 4QSDA 4MLVA 1FPLA 3O6IA 3OO7A 3RNNA 2UYEA 2DVZA 4F3PA 3PAMA 3DM0A 3FV2A 4MNPA 4K3FA 4GFRA 3MSTA 4NTLA 1YTVA 4IGRA 4QHQA 2DWHA 4JVIA 4N6PA 4H46A 3LUYA 4ELRA 5EYFA 2VHAA 4YKIA 3IK6B 2ZXTA 1YPNA 1IMFA 1O63A 2H9BA 3FD3A 2I4CA 5EHSA 4BDMA 5IZ3B 4PTKA 1B9JA 3TTRA 1SD3A 4EF2A 4DZ1A 3QAXA 3OOAA 4P3LA 3LR1A 3FXRA 5L9MA 2DS9A 3OEMA 5AA4A 2D5WA 3VLUA 4G8MA 4G68C 3K0VA 2XX9A 4POXA 2VP1A 2VD2A 4Z7EA 3B6WA 5TU0A 3G3KA 1I6AA 3CSGA 2DE2A 4O7IA 3R7XA 1FBGA 5IAIA 3TZAA 1N84A 3WAEA 1MY4A 4IO5A 2ABHA 3TTLA 1FQEA 4C1TA 2I3WA 4I62A 2I4BA 2ESNA 1NH7A 1SQYA 2F6GA 4JWXA 1ZU0A 4Q5TA 1EYKA 1J1NA 3DP8A 1YYZA 4OMBA 3SEVA 2HAVA 2FYIA 2THIA 2Q8JA 1Y9UA 5JK4A 1JW5A 2GHBA 3RYBA 1D9YA 2ZYMA 1JVXA 1DCUA 3K1MA 3FUZA 1QGXA 3DRFA 2YJPA 2H5YA 3CSBA 1ZMGA 3VXBA 2O7IA 2ZMBA 4QFNA 5H8FB 3U72A 1LFHA 2V3TA 5TPAB 2OWSA 3MQ9A 5AA2A 3MVYA 4KR5A 1JNFA 4NEDA 5I2KA 4AS4A 1JW4A 1FPGA 3OO9A 4MAGA 3K2DA 3EKIA 3TCGA 4GD5A 4OA4A 4IY5A 4PAIA 4M1VA 3O6GA 1XOCA 4NHBA 2ZNTA 2ZZXA 4GXSB 2R9JA 4GWSA 5DEXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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