1QKAA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with krk
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 189
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkaA02
2DSFA 4DXUA 3MVXA 4R9GA 3V83A 5KDTA 3Q26A 1JW1A 5KCJA 1JW4A 4KYDA 1UQWA 3K1MA 1B58A 1A40A 1FTKA 2Z8EA 3T9XB 3THIA 3SEXA 1Y3PA 1B5IA 4ELRA 4R9FA 4AB6A 4GLIA 4TLMB 4O3AA 2VD2A 3W9WA 1AMFA 4NMYA 3VXCA 2NOOA 5DYHA 1NNPA 5AA4A 2RC8A 3KJTA 4ZECA 4OYVA 5AA1A 4ELPA 4BLAA 2NVUB 4TLLB 1YCJA 4MF3A 1GR2A 2ALUA 2I3WA 3K1NA 2V3TA 3CFXA 5DVFA 5TP9B 3MP8A 3E9XA 1B40A 3KEIA 4H1XA 2I58A 1URDA 3T22A 2NXOA 2PT1A 4GFRA 3LVUA 3UGWA 3G3KA 4TQUQ 3GBBA 4ZZAA 3UIFA 4P0GA 3TZAA 4IGRA 1UIVA 5HBCA 3MVZA 3C4MA 2DP8A 5DVJA 4RNSA 4PFYA 4R74A 5EHMA 3G3JA 3Q27A 4F3BA 3IB1A 4E0XA 4OXVA 4ZEBA 2LAOA 4DLDA 1BKAA 5ISUA 3OO6A 4EF1A 4H8JA 2B65A 4Q0CA 3H03A 1MXUA 4YB6A 5L9OA 4ZE9A 2FYIA 4JBZA 4C1UA 3MZBA 2B3FA 4X1BA 1DOTA 1N04A 4NF5A 4ND9A 2F6PA 4G8MA 1B3EA 1B3HA 3VV5A 4ISUA 2Y84A 2ZMBA 3RT8A 1VFEA 4RY1A 3N5LA 5I84A 1B3LA 4FEBA 1MG1A 3TTKA 4OEVA 3O97A 1B32A 3T9UA 2Q88A 2X26A 2RCBA 2B4LA 3TFLA 3TELA 3A3UA 1SQYA 1PB7A 4YMAA 1P1UA 4YKJA 2F8DA 4OFJA 1XVYA 1M5BA 2ZNUA 3FUZA 4RYAA 3WAEA 1FTOA 2GH9A 2XXPA 3MZ1A 5AA2A 3DRIA 1LB9A 4U2RA 1NNFA 1A55A 2DWIA 3KJ7A 2OZZA 2I49A 3FZVA 3FXUA 3G3FA 4IO6A 1R1NA 2O84X 1M5DA 5CMMA 1A54A 4C0RA 2UXAA 2D5WA 4FEDA 2UYFA 1P1OA 3CSBA 3EF7A 3E4RA 4R2FA 1A8EA 3K4UA 2OJTA 3TTLA 5BUUA 5H8FA 5K2XA 1SW4A 3PV0E 1Y3QA 3VXBA 1O64A 3RQTA 1XT8A 1OLCA 4GVOA 1FTMA 4FECA 3CFLA 1NKXA 1WDNA 3KZGA 3RN8A 3HHFA 4EQ9A 4YKPA 2QL3A 4LONB 1D3KA 1PBPA 2F78A 3KN3A 3BFUA 2DQVA 2O6AA 3AXFA 5DVIA 3IB2A 1H44A 1B0LA 3CRBA 3VVDA 3E13X 3U8QA 1R9QA 4N13A 4XTCQ 3I3VA 5CM6A 4QRZA 2YLNA 3Q25A 2DE2A 4RPNA 3B6QA 3QXMA 1A7LA 4R6YA 3RPWA 1H76A 3M3LA 2KLFA 1OIBA 3IAZA 3USDA 2DYXA 4EDPA 1DTGA 3KOTA 3K02A 1B05A 3V5AA 3PPQA 1MXYA 2Q8JA 5KZTA 4Q30B 3DRHA 2QS4A 1I69A 1R6ZA 3H6TA 4KI0E 3FATA 4NF8A 2F97A 4XKRA 1B1XA 1UTHA 1B5JA 2RCAA 4QSDA 4ZDMA 1LAFE 3H6UA 2XD3A 3LBSA 3HPIA 2OCUA 3SEWA 3OELA 3P7IA 1R9LA 4AQ4A 4ZEFA 4XKQA 4DXBA 3O2AA 2HZLA 4QHQA 2A5TB 1IIWA 3S4UA 4RPOA 5AA2D 1YTVA 1VFDA 3CG1A 4QFKA 3DRFA 3FVKA 1N76A 5KDTB 3B7DA 2RINA 3MP6A 4M4GA 3IO4A 4F18A 4OETA 3H6WA 1GGGA 3FJMA 3KN8A 5I2KB 4F3PA 2V84A 4FATA 3DRGA 3ILUB 2O7IA 1NNTA 3PD8A 3SEYA 1H45A 2Q2AA 2H9BA 3G7WA 3HV1A 5B7DA 1DPEA 3GLBA 4O3BA 2Y7IA 3PPPA 2PT2A 4JWYA 3DP6A 1B5HA 1IXCA 1JVXA 4H65A 4MBPA 5F7VA 3C31A 1MY3A 1URSA 3E3KA 1SYHA 1ANFA 1WODA 3OO7A 3VVEA 1EH3A 4PP0A 3CR9A 3HHGA 3UP9A 4X48A 2NWJA 3V89B 3G3GA 4NEDA 5CMCA 4OFLA 1IITA 3O9PA 4F1UA 2XX7A 3ODBA 5I59B 3LSLA 3QSLA 3M8UA 4E0WA 2ONSA 3VLVA 2Y7PA 2XD2A 4G68C 4NWDA 4I8CA 3RTWB 5IKBA 4X9TA 5H8NA 4KCCA 3TEPA 4KYEA 2XXHA 5DT6A 1SVXB 4BDLA 5I57A 1NMUA 4PFWA 1LCTA 3S9MC 5H8QA 5F1QA 3D4GA 2X7PA 1S7YA 4BDQA 3TAJA 2NUVA 5EYFA 4IO4A 1NH8A 4N6PA 1Y4TA 2DWJA 4MFIA 1UTBA 4L17A 3I6VA 2V3UA 4ELQA 3RLFE 3JV9A 3M3KA 2Z8FA 2QS2A 4G68A 2PBWA 4G8HA 2YPNA 3PGFA 4ESXA 2UVHA 4LATA 4NF5B 1QULA 1Z7NE 4WEDA 4OVJA 4YKKA 4P11A 1MM7A 1NH7A 3RGYA 2RKMA 2X7QA 3Q29A 2G29A 3IORA 3PMWA 1P1WA 5H8HA 4F1VA 3IL1B 3OEMA 1M5CA 2DXYA 3CHGA 4NF4A 1B6HA 4MH5A 1AH5A 4IO5A 2I4CA 3QUJA 5L9MA 2XXYA 4EF2A 1A99A 1OMPA 1TFAA 1N0TA 1OQHA 1SBPA 2AL5A 4FE8A 2VD3A 4GL0A 2AIXA 2H99A 5AA2B 1XOCA 3ZS6A 1IZ1A 3VLUA 3QAXA 3MZ9A 5J1DA 3GZGA 3VVFA 1ELJA 4LZ5A 3FJGA 3BFTA 2I6EA 2PVUA 1URGA 3TUSA 4OMBA 3N26A 2I0BA 4U21A 4OERA 3OSQA 1KWHA 3PPOA 3MQ9A 1MXXA 3JZJA 4QSCA 2VP1A 4FAJA 2H98A 4ZZEA 2ABHA 1B2HA 4LA9A 3SDFA 1EZOA 1MPBA 3L6GA 3OXNA 4GF8A 3IR1A 1MH3A 3U92A 1ZMGA 1USYH 2F34A 1SW5A 3IB0A 5AA3A 1TXFA 5LOMA 4R72A 1Y4CA 5ICQA 1SW2A 4QFPA 2V25A 3ZKKA 3KG2A 4ZE8A 3TODA 1F9BA 1JW5A 3HO7A 3KN7A 1RYXA 4KQPA 1N3XA 1JNFA 3PMVA 2O1MA 5I2NB 5FTIA 4DXCA 1LLSA 3LSFB 1POTA 4U1OA 4K3FA 1N3WA 3TQLA 1S9TA 2XXIA 4KCDA 3EHTA 4YB7A 2ZYOA 4TOZA 3VDFA 3ONMA 2W7YA 1JEVA 5B70A 1GTKA 3U94A 2I4BA 4WXJA 3O6PA 3EHSA 1OQGA 1MY4A 3DLNA 3KGCA 3O6HA 5TPAA 2WOLA 2ANJA 3SETA 3SKPA 4JDFA 5FHMA 4ZEDA 5CMBA 1B7ZA 2QRYA 3C9HA 5JTYB 3VLWA 3PAMA 2GRVA 4EQBA 1B7HA 1QUJA 1SW1A 3MUQA 3S9EA 3UN6A 3OENA 2H4IA 3UK4A 1LFIA 1PEBA 1LB8A 1RKMA 4KR5A 5A5XA 1OLAA 2F36A 4F29A 3OO8A 2YJPA 2XX8A 2H5YA 2WKYA 2O7UA 3S2VA 1ZJLA 2CZLA 4LZ7A 1NFTA 2DOJA 1USYE 4QFNA 2E1SA 1LFGA 1LBCA 3OEKA 1VR5A 4I62A 1ZKBA 1LSTA 5I58A 2XXTA 1LBBA 1M5FA 2HAVA 5DEXA 1BIYA 3C36A 4HCYA 2Y7RA 1MY1A 4PETA 4EQ7A 1PB8A 1DSNA 4LVQA 2ZYNA 2UYEA 4G4PA 2XX9A 3LSXA 3QIMA 4GIZA 2REGA 1MRPA 3LSWA 3C33A 2V3QA 4OZ9A 4JWXA 4AB5A 4FIMA 4C1TA 2OWTA 3PUVE 4XXUA 1Y3NA 3H6VA 1B4ZA 3EQ1A 4NWCA 4MLQA 1B46A 3S9LC 3T93B 4IO2A 3PPNA 4U1ZA 2D21A 3T96B 5JEIA 3FJ7A 4JSDA 1OVTA 3N6TA 2VGQA 4RA1A 3T9VA 3MVWA 1Z7ME 4O3CA 4GRKA 5I56B 1BLFA 2R71A 1B1HA 4PFTA 2QJEA 2QPQA 1WVJA 3CVGA 3FASA 1NL5A 3MVYA 1JQFA 3MW0A 5FTHA 2G93A 1UTBB 4GWOA 3CSGA 4R73A 3Q28A 2OBGA 4ZEIA 1FCKA 3R26A 3MJNA 2QS3A 4NF6A 3MP1A 5KCJB 1US5A 2B4MA 4G8NA 3SEVA 4ONYA 4G2ZA 1FTJA 3O6GA 4YICA 3SEUA 5H8HB 4PFUA 1SDXA 5CI5A 3PPRA 1LGBC 3W9VA 4EXKA 3PUWE 2PMSA 4NF4B 2F6GA 1FW0A 4U22A 2IA4A 4H5FA 4DIGA 3SESA 5CBRA 2R9JA 1QUKA 4F3SA 1DPPA 2I48A 1L5TA 4Q8RA 2XXRA 3FD3A 2V93A 4BDOA 1IEJA 4F3GA 5AA4B 2DVCA 1XS5A 1ZIUA 1GV8A 4M1VA 2GHAA 5FHOA 1M5EA 1P99A 2Y7WA 3FVOA 3MBPA 2O69A 4WEPA 3EPEA 3O29A 2DS9A 1Y1ZA 4PQJA 4Z7EA 3U93A 4G77A 4F2QA 2XXQA 4OEUA 4NE4A 2XXXA 1VE4A 1ZBMA 2QMWA 2E0SA 1YPNA 2VOZA 4IO3A 4DCYA 4OESA 3TKDA 4R6HA 1MQHA 1TFDA 1PBQA 4P0IA 1NNKA 4GQOA 3DELB 4MLVA 2F7AA 4IO7A 1XHYA 2I3VA 4KPTA 2BJJX 4IY5A 3DM0A 3VE1B 4FJPA 3TTMA 1B9JA 5HPQA 3M3FA 5H8SA 3FV1A 4LQ2A 2Z8DA 4Q5TA 1CB6A 2PYYA 3IOUA 4LUBA 3K6WA 3I5OA 3S9NC 1D9YA 4KYSA 4QSEA 4ZS9A 3C32A 3IK6B 3HN0A 4QFLA 2UVJA 3TPAA 4DDDA 1MQIA 4H6DA 2CMOA 3MPLA 4HCWA 3FIRA 4Z0IA 1O63A 5I2KA 1MDP1 1QVSA 1Y1MA 1HSEA 2DE4A 1A8FA 1DTZA 4GXAA 1MXZA 4GD5A 3ZKLA 1FQFA 5TPAB 4JXIA 4KHZE 2DE3A 3C34A 1D4NA 2HCAA 2REJA 5L9SA 2H25A 2ZXTA 1PDAA 2DXRA 3FTOA 4LQ5A 4YB5A 1BP5A 5H8FB 3K2DA 4H5GA 3RYAA 5A5XB 3TMGA 4DZ1A 1B3FA 2P2AA 4DCXA 1MY0A 2XXWA 2ZNTA 5I59A 2D3IA 3HCQA 4EXLA 3TYHA 3A09A 4YAHX 1SI0A 1IXGA 4JSOA 5ICTA 1SYIA 1EU8A 4UA8A 4IY6A 1I6BA 4FORA 2Z22A 3UORA 5I58B 1FQBA 1I6QA 5DEXB 1FQDA 1HSJA 2RC9A 4PE5B 4F1YA 4YMBA 3FVNA 1CE2A 3EHUA 3MPKA 1JVYA 4IGTA 3D4CA 2WOPA 3WAFA 3R6UA 1D9VA 1FQAA 3ECRA 3FGSA 1S50A 3TTNA 3IX1A 3RYBA 1B0HA 4F39A 1H3DA 3OD7A 2Q9TA 1MQDA 2O68A 1B7UA 2ONRA 4F2OA 1MY2A 4LZ8A 3OO9A 3A3CA 4F31B 4IB2A 4X1DA 1O7TA 4GL8A 1QKBA 1FTLA 4NF8B 1P1NA 1JETA 3LC8A 3K6UA 1UTHB 3FVGA 4RK9A 3G3HA 1HSLA 1B52A 3VFJA 1T0KA 1LAHE 4OQOA 4YU0A 1IUDA 3KFMA 4RK2A 4EUOA 4I1DA 4BDNA 1N7WA 5M2VA 3CG3A 1MQGA 4ELOA 4BDMA 1ZLQA 2HZKA 3PD9A 3SERA 2M8CA 2WOKA 4OHNA 3TCHA 3QK6A 4POWA 2P1SA 2OWSA 2XXUA 5TP9A 1I6AA 3OSRA 3R7XA 4NF6B 3CI8A 2DWHA 4WKMA 5AE4A 1B4HA 3KSJA 2UVIA 1ZTYA 3K6VA 1ATGA 1XVXA 4OENA 4RJZA 4HW8A 2ZNSA 1UIUA 1IQ7A 5FHNA 1LFHA 1LAXA 3C35A 3FXQA 5DTBA 3DP8A 1MXVA 4ESWA 1MQJA 3K01A 2F5XA 1IXHA 3RUMA 3OMBA 4NTLA 2I0CA 1SI1A 4QF9A 5IAIA 2F35A 2VHAA 2RC7A 4U4SA 1VSOA 2DWAA 1MPDA 2THIA 2IEEA 2HQ0A 2PX1A 5CBSA 3G3IA 1MM6A 3IJXB 5CMKA 1PB9A 1QUIA 2XXVA 2FNCA 3ZSFA 2Q89A 4DE8A 1B3GA 4XIGQ 1H43A 4ECFA 2O51A 4POXA 3H3GA 5I2NA 3RTFB 2ESNA 3QYTA 2A5SA 3EN3A 5EHSA 1XC1A 3K00A 3MAMA 4XKNA 5ITPA 5ELVA 2HEUA 4HTGA 4LP2B 2R6GE 3W15C 1AL3A 3GXAA 3UA8A 1Q35A 3O28A 3JYRA 3IOVA 5H8NB 4JWOA 3K1PA 1JEUA 5I57B 3LR1A 5H8QB 1MDQA 2ZYKA 1Y9UA 1QJMA 3PMXA 3KSXA 3K0VA 4R75A 2HFBA 3TQWA 1RYOA 3CFZA 1DMBA 1IXIA 1B51A 1MH4A 3H7MA 3IO6A 5L8DA 3MC2A 2HAUA 4G68B 1TWYA 5JTYA 3L6HA 1II5A 5K2YA 1LCFA 4XKPA 3O6IA 4R2BA 1N7XA 3U1OA 3GBAA 2ZYMA 1GVCA 4H67A 1EZPA 4ZEKA 1J1NA 3F11A 4GOTA 4YZZA 4F19A 3KBRA 1N84A 1EZ9A 2F7BA 2O1LA 3FV2A 2OLBA 1TT1A 4F22A 4HS7A 4H8IA 3O66A 3TTRA 1AIVA 3DRJA 2DVZA 3K6XA 4GXSB 3TDJA 3N6UA 3OOAA 1AOVA 2Y7KA 1BTJA 4H0WA 5JK4A 4KFQA 1LAGE 2GHBA 1FQCA 3H06B 1OVBA 2ONKE 4QFOA 3B6TA 2UVGA 3RT6B 5HM4B 4R6KA 3MWBA 2AL4A 1Q1KA 4U23A 3T66A 2QMXA 2OK2A 1POY1 2Q2CA 5BWJA 3IJOB 4U4XA 3PU5A 3TCFA 3RNNA 4YKIA 1FQEA 2B3BA 4BDRA 5CC2A 5CRYA 4N07A 1Y20A 3TCGA 3H4ZA 3LUYA 3IOWA 1ZU0A 1YAEA 4OFOA 1QKAA 3N94A 3PUXE 4JB7A 3BBRA 3V8XB 3BKIB 4THIA 2RF1A 3FXRA 3U72A 3B6WA 3PUYE 3PUZE 3RY3A 1P1QA 4OTEA 3DRKA 2GFEA 3HSTA 2HXWA 1US4A 3QUFA 1MPCA 2AYSA 3DP4A 1MS7A 2Z23A 3IOTA 4OWDA 4RXLA 1PC3A 1MXWA 2XHDA 5TU0A 1QW0A 5I56A 3ILTB 5ITOA 3KOSA 4KD5A 2A5TA 4UACA 2QSXA 2QS1A 3CIJA 3T9HB 1SD3A 2F7CA 4I9DA 2FA7A 2P0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DSFA 4DXUA 3T0JA 3MVXA 4R9GA 3V83A 5KDTA 3Q26A 1JW1A 5KCJA 4P47A 2WBBA 1IMFA 1JW4A 4KYDA 1UQWA 4GX3A 3K1MA 1B58A 1LEVA 1A40A 1FTKA 2Z8EA 1YZ0A 3T9XB 3THIA 3SEXA 4NAPA 1Y3PA 4PFRA 1B5IA 4ELRA 4R9FA 4AB6A 4GLIA 4TLMB 4GWYA 4O3AA 2VD2A 4GX6A 2XWOA 3W9WA 1AMFA 4NMYA 5I3SA 3VXCA 2NOOA 5DYHA 1NNPA 5AA4A 2RC8A 3KJTA 4ZECA 4OYVA 5AA1A 4ELPA 4BLAA 2NVUB 4TLLB 2BJIA 1YCJA 2XA5A 4MF3A 1GR2A 2ALUA 2I3WA 4N8YA 4N17A 3K1NA 2V3TA 3CFXA 5DVFA 5TP9B 3MP8A 3E9XA 1B40A 3KEIA 4H1XA 2I58A 3KC1A 1URDA 3T22A 2NXOA 2FIEA 2FVZA 2PT1A 4GFRA 3LVUA 3UGWA 3G3KA 4TQUQ 3GBBA 4GBWA 2PFYA 4ZZAA 3UIFA 2OX3A 4P0GA 3TZAA 4IGRA 1UIVA 5HBCA 3MVZA 3C4MA 2DP8A 5DVJA 2JJKA 4RNSA 4PFYA 4R74A 5EHMA 2WBDA 3G3JA 3Q27A 4F3BA 3IB1A 4E0XA 4OXVA 4ZEBA 2LAOA 4DLDA 1BKAA 5ISUA 3OO6A 4EF1A 4H8JA 2B65A 4Q0CA 3H03A 1MXUA 4YB6A 5L9OA 4ZE9A 2FYIA 4JBZA 4C1UA 3MZBA 2B3FA 4X1BA 1FPFA 1DOTA 4PBHA 1N04A 2WX9A 4NF5A 4ND9A 2F6PA 4G8MA 1B3EA 1FBFA 1B3HA 3VV5A 4ISUA 2Y84A 2ZMBA 3RT8A 1VFEA 4RY1A 3N5LA 5I84A 1B3LA 4FEBA 1MG1A 3TTKA 4OEVA 3O97A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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