1QKAA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with krk
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 189
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkaA02
5I2NA 2X26A 2F8DA 1Z7ME 4EF1A 3LSXA 4G8MA 3MZ1A 3TELA 3ONMA 2O1LA 3IORA 2NXOA 4R6KA 2I3WA 3H6TA 1D9YA 3R7XA 3K01A 4IO6A 1LCTA 3E4RA 3FUZA 3B6TA 2B4LA 1LB8A 2ZNTA 1DSNA 2P2AA 4KYDA 1UTHB 5CMBA 4KD5A 1MQJA 2YLNA 5H8HB 2XXYA 3PV0E 3GBAA 2O7IA 4FJPA 5CRYA 3EN3A 1IEJA 5FTIA 3LC8A 1I6BA 4F1YA 3HCQA 5AA4A 4IO7A 3KBRA 3PPNA 3SERA 3K1NA 4OETA 3DP6A 3K1PA 2O51A 4NWDA 2ZYKA 3TUSA 4RK2A 4YU0A 4X48A 4JWXA 3K6UA 3FVKA 1CE2A 3LBSA 4GD5A 3MJNA 3U72A 4IY6A 3VLUA 4ZE9A 3TYHA 2DE3A 2PMSA 2F7AA 1UTHA 5B7DA 4QHQA 3T9VA 4F29A 1I6QA 3FGSA 2F7CA 4ESXA 5H8HA 1GV8A 4Z7EA 4OEVA 2XHDA 3OD7A 3L6HA 1NNFA 1TWYA 3FXRA 4MF3A 4F22A 4ND9A 1B5HA 4K3FA 4F31B 2H4IA 4F3BA 2GFEA 1ZJLA 1HSJA 5CBSA 2Y7WA 3B6QA 4Q30B 4EQ9A 2ANJA 1LAHE 4JDFA 3IOTA 2XXVA 3MVXA 2HAUA 3SEYA 1FCKA 1UTBB 5EHSA 3LUYA 3G3KA 5KZTA 2OJTA 4H67A 3PPPA 2Z23A 4F1UA 3U94A 4M4GA 4OFJA 3QXMA 4NF6B 3ZS6A 3OENA 3MVWA 3KN7A 2QS3A 4PETA 1B4ZA 1OVBA 3K2DA 4LVQA 2KLFA 1LBCA 2Z22A 1B5IA 4LA9A 2Q2AA 1I6AA 3WAFA 3K4UA 2QS4A 3FV1A 4QFKA 1BKAA 1N0TA 2OWTA 3DRGA 1AL3A 3T66A 1MPBA 2VHAA 1NNKA 3JV9A 4JWYA 5FHNA 4G68B 3A09A 3MPLA 2UVIA 4PFWA 3GXAA 3E13X 3FTOA 1UTBA 5FHOA 1NNTA 3PMWA 1SYHA 4NF6A 2NVUB 1MXUA 3TDJA 1QUIA 2XX9A 2PT1A 4KPTA 1ZMGA 2HCAA 3PPRA 4BDRA 4DXUA 4ZEBA 1YAEA 1S9TA 2NWJA 4OERA 3I6VA 4GXSB 3WAEA 1SBPA 4M1VA 4DXBA 5IAIA 4LATA 2RC8A 3I3VA 5DEXB 5TP9B 3RUMA 1NNPA 1SW1A 4QFPA 4F2QA 3CFZA 1JVYA 4ZZEA 1B7UA 5L9MA 1BIYA 3BKIB 3EHTA 4G68A 3JZJA 2DWAA 4QFNA 4H1XA 3DELB 2RC9A 2R6GE 2F35A 3RPWA 3UGWA 1YCJA 1XVXA 4OXVA 4ISUA 3U8QA 3K00A 3FIRA 3C36A 4TLMB 3MW0A 4R74A 4I9DA 1GGGA 2VD3A 4XTCQ 4QF9A 3KJTA 1RYXA 4LQ5A 5IKBA 2XX8A 2O6AA 1MQGA 3T22A 3N5LA 4QSEA 1B32A 3W9WA 3H6UA 5K2YA 1Y3PA 5DEXA 1PBPA 5TP9A 2RF1A 2UYFA 1QKBA 3UK4A 4ZE8A 2I6EA 3CSBA 4YKIA 3HHGA 2XXPA 1IXGA 5F1QA 1ELJA 5DT6A 4RYAA 3O28A 3LVUA 3HO7A 1CB6A 1DMBA 4O3BA 3JYRA 2QSXA 5CBRA 1LAGE 3CSGA 2F6GA 4ZEIA 3LSFB 4N6PA 4OFLA 2AYSA 2E1SA 4H8IA 2UXAA 3PU5A 4U4XA 3RYAA 1IXHA 5L9OA 5BWJA 1US5A 4IGRA 3S9NC 3B7DA 3FJGA 3Q28A 3T93B 3MQ9A 3K02A 5ICTA 1TFAA 2NUVA 1B0HA 1WVJA 4YKPA 4U22A 5TPAB 4MLVA 3A3UA 3UN6A 1IIWA 3VDFA 3PUYE 3KOTA 2XXIA 3MZ9A 2OK2A 5I59B 1LSTA 2DE4A 2XXXA 2XX7A 1FQDA 4QSCA 1US4A 3DRIA 4WEDA 2DVZA 4G4PA 2B4MA 4X1DA 4YB5A 5HPQA 1F9BA 3TQLA 1FQCA 2ALUA 1R9QA 2G29A 4TQUQ 3QUFA 1Z7NE 1SVXB 3TZAA 3IOWA 3VV5A 2WKYA 2OWSA 1GVCA 5DVFA 3E9XA 5TPAA 3N94A 1FQEA 3C34A 3U93A 4ECFA 2G93A 1HSEA 1MPDA 4GXAA 4KHZE 1H45A 2RINA 2PYYA 1MQIA 1GTKA 3VE1B 1MY2A 2H9BA 5I59A 3IB0A 2I3VA 2Q88A 5F7VA 3FATA 4RXLA 4HW8A 2ZMBA 2Z8FA 1UIVA 1M5CA 3EQ1A 1JW1A 3S2VA 1FQFA 4YMAA 2FYIA 4N07A 3G3HA 1M5FA 5H8FB 1PB8A 1SI0A 4Q0CA 5DYHA 1H43A 2DWJA 3MP1A 3R26A 4G2ZA 3MWBA 1NKXA 3FZVA 5ISUA 4GWOA 3EHSA 4THIA 4EQBA 2PX1A 2V3QA 3DLNA 5AA2B 4YB6A 1AH5A 5I58B 4H5GA 4XKPA 4BDNA 4ELOA 2AL4A 3A3CA 1YPNA 2B65A 2A5TB 3BFTA 2Y7RA 1DTZA 3D4GA 4NF4A 4P0IA 3PAMA 4WXJA 2QRYA 3THIA 1UIUA 2Y7KA 1GR2A 4MH5A 1AOVA 4HCWA 5H8FA 2H98A 2OLBA 3LSLA 3DRJA 3ZSFA 2GHBA 1JW4A 5DTBA 1H44A 3IOUA 3O29A 2GH9A 1EZ9A 1QKAA 5ITOA 4RJZA 1B1HA 5AA2A 2D5WA 2D3IA 2UVGA 4F39A 5I58A 1SW2A 1B6HA 4N13A 1MM6A 3SESA 2H5YA 3H6VA 4U23A 3PMVA 2A5TA 3C32A 3M3LA 3BFUA 2QL3A 5L8DA 4JWOA 1R1NA 5J1DA 2QPQA 4DIGA 1A7LA 3TODA 2V25A 2QJEA 4G8HA 3TTNA 1B3HA 5M2VA 3G3IA 3O97A 4R72A 4EXLA 1FTOA 1JEVA 2O68A 1PDAA 4IO2A 2ABHA 1DOTA 4G77A 2CZLA 3PD8A 1O7TA 2F5XA 2Q8JA 3RY3A 4RK9A 3KOSA 1MM7A 1B5JA 2VD2A 1EU8A 3O6GA 1USYE 3VXCA 3M3FA 2F78A 1BP5A 3T9XB 1XS5A 3FD3A 3RN8A 4OHNA 4HCYA 1N04A 3K1MA 3OO8A 4KYEA 3OOAA 2ZNUA 1LCFA 4RY1A 1R6ZA 5CI5A 1A8FA 1Y1ZA 4OENA 1MQDA 2VOZA 3IK6B 2RCAA 4OESA 3IX1A 4OVJA 1LFIA 1XVYA 4C0RA 1MS7A 3OMBA 1P1NA 4U21A 3N6UA 3TTKA 3V83A 2ESNA 5B70A 1OVTA 1BTJA 3O6PA 1B3FA 4OEUA 3Q27A 1D4NA 4FEBA 4U4SA 3UIFA 1IQ7A 4GOTA 3PMXA 3LR1A 3RYBA 4JXIA 1MXZA 3QK6A 1FTJA 3PUVE 1FQAA 2DWHA 2Y7IA 1UQWA 1JNFA 4KI0E 3N26A 4QFLA 5FHMA 5JTYB 3H6WA 2ZYNA 2HAVA 3OXNA 3TTLA 1FTKA 2V84A 3SEVA 3CG1A 4FORA 2DWIA 5CMKA 5KCJB 1LAXA 2M8CA 4NF5B 5CC2A 4MBPA 3CR9A 2PBWA 2F34A 3VVDA 4QSDA 4LQ2A 1MQHA 1B58A 2QS1A 5I2KB 2E0SA 5LOMA 3DRFA 2HFBA 3Q26A 2DYXA 4NTLA 1FW0A 2REGA 3H3GA 2HXWA 3IL1B 3G7WA 3VLVA 5TU0A 2F7BA 5H8QB 1P99A 5EHMA 5ITPA 5ELVA 4JSOA 4ZECA 3HN0A 2PT2A 4KQPA 1MDQA 3VFJA 2I58A 1AIVA 5JTYA 1OQGA 3EHUA 2HZKA 4DCXA 2DQVA 3MVZA 5KCJA 1MY3A 4ZEDA 4OZ9A 2UYEA 3M3KA 2O84X 4NF5A 2ZYOA 1MRPA 4XKQA 1ZBMA 1PB9A 5I2KA 3SEWA 3O6HA 3UORA 2F6PA 2R9JA 4MLQA 1JQFA 3PUXE 1LBBA 1TT1A 1NMUA 2WOLA 4R2FA 2O7UA 1P1QA 5H8QA 4H8JA 1RYOA 3ODBA 1OLAA 4H6DA 3VVEA 3KN3A 1P1OA 3IJXB 4JB7A 1ZTYA 1OMPA 3ZKKA 2ZXTA 3RTFB 1DPEA 1IXIA 1ATGA 1S50A 4DZ1A 2ONKE 4GFRA 1MXYA 4TLLB 4IO4A 2I48A 3C33A 1VE4A 2XXHA 3CFLA 1N76A 2XD2A 4DLDA 2DP8A 2DSFA 1OQHA 3T9UA 2GRVA 1J1NA 1B0LA 1DPPA 4RPOA 3KJ7A 4H5FA 1QW0A 1T0KA 1B46A 5KDTB 4GL0A 3FVNA 2ONRA 1B9JA 3G3FA 1P1WA 1B40A 4GLIA 4X9TA 2V3UA 4I8CA 1Q1KA 3GBBA 4NEDA 1A55A 3FASA 2XXWA 1QULA 4R6HA 3OELA 3TEPA 3PPOA 3TKDA 4C1UA 4O3AA 4PP0A 2DVCA 4RA1A 1ZLQA 3V5AA 3MBPA 1JEUA 2CMOA 3IB2A 5HBCA 3PUZE 1LAFE 3CG3A 5ICQA 2NOOA 3VLWA 4PE5B 1N3WA 3O2AA 5HM4B 1MXWA 3IO4A 1S7YA 5KDTA 5K2XA 4F1VA 1ZU0A 3D4CA 3S9EA 5A5XB 1NH8A 1Q35A 3TTMA 1QUJA 1QVSA 1OIBA 3O6IA 2REJA 1B3LA 3EPEA 3VVFA 1SD3A 3TTRA 4HS7A 4FECA 1XHYA 3FXQA 2DXRA 3ZKLA 1B7HA 4RPNA 1A99A 3RGYA 3K6XA 5I57B 1M5BA 1LFGA 1D9VA 1IZ1A 4EQ7A 1QJMA 4R2BA 3SETA 4OFOA 3HV1A 2ZYMA 1Y3NA 3IR1A 3H03A 1B51A 3GZGA 3S9LC 1LB9A 4Z0IA 2DE2A 4FAJA 1HSLA 4Q5TA 2AIXA 5A5XA 4PFTA 2BJJX 4QFOA 3MZBA 4LZ5A 4YICA 2ONSA 4I62A 3TMGA 1URGA 1POY1 1USYH 3O66A 1Y9UA 2OZZA 3U1OA 3DP8A 1Y20A 3C4MA 1PB7A 4LZ8A 4IY5A 3H4ZA 4O3CA 1N7XA 4YZZA 5I57A 3C31A 4L17A 4OWDA 1ANFA 3SKPA 3MVYA 1JETA 2Q2CA 1MDP1 5FTHA 1Y4CA 3E3KA 2Y84A 4POWA 2OBGA 1A54A 4DE8A 3IJOB 1IITA 1R9LA 1OLCA 1EH3A 2I0BA 3RTWB 4GL8A 1JVXA 1TFDA 4F3GA 2W7YA 2X7QA 4NWCA 4ZZAA 4KR5A 4KFQA 4R9FA 2H99A 1LFHA 3TFLA 4H65A 1EZPA 2O69A 5H8SA 3CFXA 3O9PA 3ILTB 3S4UA 5DVIA 2R71A 3OEMA 1MPCA 4GVOA 3QAXA 3B6WA 4IO3A 3KG2A 4WKMA 3IOVA 3H7MA 4F2OA 4FATA 3TQWA 4GIZA 4F18A 2THIA 2VGQA 3KZGA 3QUJA 3M8UA 3K6WA 1LLSA 5EYFA 4GRKA 2I4BA 4BDMA 3KN8A 1SQYA 3DP4A 4LONB 3G3GA 2HZLA 1B7ZA 3RT8A 3OO6A 1SYIA 3CHGA 1NL5A 4POXA 1O63A 3H06B 1A8EA 5AE4A 4BDQA 5BUUA 2DXYA 1SW5A 1URSA 3IB1A 5AA1A 1Y3QA 1RKMA 3KSJA 3CIJA 2Q89A 4KCCA 3HPIA 4ELRA 1M5DA 2PVUA 3S9MC 3W15C 4BLAA 4YB7A 3CI8A 2P1SA 1VFEA 3USDA 5AA3A 4PFUA 1Y1MA 1SI1A 3KFMA 4P0GA 4JSDA 2I0CA 4F3PA 4BDOA 4UACA 2XXRA 3FJMA 3K0VA 1YTVA 1FTMA 3MUQA 1DTGA 3SEUA 3DRHA 4ZDMA 2XXUA 2B3BA 4PFYA 4ELQA 2IEEA 3MP8A 4C1TA 3N6TA 2X7PA 4F3SA 1MY0A 1PC3A 4ZEFA 3MPKA 4R75A 1SDXA 3C35A 2YPNA 4MFIA 1B3GA 4XKNA 4IB2A 2QMWA 4DDDA 3MC2A 4U1ZA 2DS9A 4UA8A 4GF8A 1MH3A 2V93A 4H0WA 2H25A 3BBRA 3PPQA 3AXFA 3IAZA 4NE4A 4PQJA 2V3TA 2A5SA 3OO9A 3L6GA 2P0SA 4X1BA 3HSTA 1A40A 3ECRA 3OSQA 1XC1A 1FQBA 5I56B 1TXFA 3RLFE 3KEIA 4KYSA 3KSXA 4GQOA 3RQTA 3R6UA 4ZS9A 2HQ0A 4OYVA 3KGCA 2XD3A 1M5EA 2RCBA 3MP6A 5I84A 3FVOA 4ZEKA 4YKKA 3V89B 1MH4A 4F19A 4LUBA 5CMCA 2HEUA 1B3EA 4R73A 5H8NB 3T96B 2UVJA 1ZIUA 1MG1A 1SW4A 2O1MA 3SDFA 4YMBA 3VXBA 2QS2A 1MXVA 4IO5A 4P11A 4ELPA 1P1UA 4E0XA 5AA2D 4I1DA 5I56A 4U2RA 1D3KA 4NMYA 3RT6B 2DOJA 4R6YA 3P7IA 1MY1A 4XXUA 3CRBA 1AMFA 3Q29A 2LAOA 4YAHX 3TPAA 1MXXA 3PD9A 3G3JA 2YJPA 2I4CA 3DRKA 3TCHA 3DM0A 3UP9A 1II5A 2WOPA 1H76A 4RNSA 4EUOA 5H8NA 3T9HB 4R9GA 3TAJA 2GHAA 2RC7A 4EXKA 3GLBA 2QMXA 1KWHA 1N7WA 4QRZA 2XXQA 4XKRA 1VR5A 4XIGQ 1MY4A 2IA4A 3UA8A 4DCYA 1FTLA 2OCUA 2ZNSA 4TOZA 2F97A 1B05A 1BLFA 1B4HA 5DVJA 1QUKA 3U92A 1B2HA 1N3XA 3QSLA 2FNCA 3FVGA 1O64A 4OMBA 3OSRA 3I5OA 4Q8RA 1H3DA 1XT8A 2F36A 3EF7A 1URDA 4ONYA 1POTA 4G68C 3OEKA 1VFDA 3SEXA 3OO7A 1I69A 3CVGA 4G8NA 3V8XB 2Q9TA 2WOKA 4AQ4A 3QIMA 2XXTA 1WDNA 2UVHA 4JBZA 4E0WA 5CMMA 4EF2A 4NF8B 1NFTA 4LZ7A 1L5TA 4FE8A 3W9VA 4YKJA 1PBQA 3FJ7A 3TCFA 3IO6A 1WODA 1PEBA 1IXCA 4BDLA 5JEIA 3FV2A 4AB5A 4ESWA 1Y4TA 5I2NB 3MAMA 3TCGA 4AB6A 3F11A 2VP1A 1NH7A 4HTGA 2Z8DA 1IUDA 3QYTA 3Q25A 4FEDA 1ZKBA 4U1OA 1EZOA 4LP2B 1B1XA 4WEPA 4EDPA 4OQOA 2AL5A 2B3FA 1VSOA 5CM6A 1LGBC 1XOCA 4NF4B 4IGTA 3FXUA 2RKMA 2Z8EA 3HHFA 2I49A 1JW5A 5JK4A 3K6VA 2FA7A 4NF8A 3PUWE 1N84A 4FIMA 2D21A 3RNNA 3ILUB 4DXCA 5AA4B 5L9SA 4OTEA 3PGFA 3C9HA 2Y7PA 1B52A 4KCDA 3LSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I2NA 2X26A 2F8DA 1Z7ME 4EF1A 3LSXA 5IZ3B 4G8MA 3MZ1A 3TELA 1NUWA 3ONMA 2O1LA 3IORA 2NXOA 4R6KA 2I3WA 3H6TA 1D9YA 3R7XA 3K01A 4IO6A 1LCTA 3E4RA 3FUZA 4JVDA 3B6TA 1LBXA 2DDKA 2B4LA 1LB8A 2ZNTA 1DSNA 2P2AA 4KYDA 1UTHB 5CMBA 4KD5A 1MQJA 3E78A 2YLNA 5H8HB 4OVSA 2XXYA 3PV0E 3GBAA 2O7IA 4FJPA 5CRYA 3EN3A 1IEJA 5FTIA 3LC8A 1NV7A 1I6BA 4F1YA 3HCQA 5AA4A 4IO7A 3KBRA 3PPNA 3SERA 3K1NA 4OETA 3DP6A 3K1PA 2O51A 4NWDA 2ZYKA 2Y5LA 5IZ3A 3TUSA 4RK2A 4YU0A 4X48A 4JWXA 3K6UA 3FVKA 1CE2A 3LBSA 4GD5A 3MJNA 3U72A 4IY6A 3VLUA 4ZE9A 3TYHA 2DE3A 4GWZA 2PMSA 2F7AA 1LEVA 1UTHA 5B7DA 4QHQA 3T9VA 3LV0A 4F29A 1I6QA 3FGSA 2F7CA 4ESXA 5H8HA 1GV8A 4Z7EA 4OEVA 2XHDA 3OD7A 1FPGA 3L6HA 1NNFA 1TWYA 3FXRA 4MF3A 4F22A 4ND9A 4PE3A 1B5HA 4K3FA 4F31B 2H4IA 4F3BA 2GFEA 1K9ZA 1ZJLA 2XWKA 1HSJA 5CBSA 2Y7WA 3B6QA 4Q30B 4EQ9A 2ANJA 1LAHE 4JDFA 3IOTA 2XXVA 3MVXA 2HAUA 3SEYA 1FCKA 2KR0A 1UTBB 5EHSA 3LUYA 3G3KA 5KZTA 2OJTA 4H67A 3PPPA 2Z23A 4F1UA 3U94A 4M4GA 4GX3A 4OFJA 3QXMA 4NF6B 3ZS6A 3OENA 2Q74A 3MVWA 3KN7A 3B8BA 2QS3A 4PETA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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