1QKBA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kvk
Total Genus 188

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkbA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkbA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkbA02
3K01A 1TT1A 3C9HA 3FASA 1B5HA 3O28A 3K4UA 3THIA 1Y1ZA 1WODA 4PETA 3LC8A 1H43A 4DZ1A 3PUWE 5ICTA 2F35A 4LONB 1B0HA 3O97A 4THIA 1MY1A 2V25A 4E0WA 3U93A 2DOJA 4ESXA 2OZZA 3FVOA 2D3IA 1M5BA 1EU8A 4O3BA 4WEDA 1SI0A 5B7DA 3KBRA 4NE4A 2ALUA 3MVYA 3KJTA 2GHBA 2B3FA 4OWDA 1B1XA 1P1WA 3T9VA 5ELVA 1OVBA 4NTLA 3C33A 4Q8RA 1UQWA 2D21A 2Z8FA 3G3GA 2Q2CA 1FW0A 4HCYA 3DM0A 2DP8A 4KCCA 2GRVA 3MP6A 3FV1A 1Y20A 3JZJA 1MQHA 1VR5A 4GXAA 3O6HA 1SYIA 5L8DA 3KZGA 1US4A 5TPAA 4F3GA 4MFIA 3RT8A 1SVXB 1PC3A 1LLSA 3E9XA 4NWDA 1AL3A 2LAOA 3OOAA 3W9WA 4H5GA 2HAVA 3RYAA 3DP8A 5I84A 3EHUA 3RQTA 2DE4A 3GBBA 3QXMA 1B3HA 3CI8A 3H3GA 3G3JA 3K6XA 1ANFA 2PVUA 1JVYA 3RYBA 1BIYA 1NNPA 4QFOA 5H8FA 1MXVA 4GIZA 1USYH 2ZNTA 2Z23A 2O1LA 3C36A 4UACA 4OETA 3FXQA 2OWTA 4C1UA 2NVUB 4YZZA 2DWAA 1MM6A 4KCDA 1FCKA 2ZYMA 2I0BA 4X48A 5JK4A 4R75A 2A5TB 2DE3A 2HFBA 4NF6A 2RC7A 1D9VA 4QFKA 1EH3A 4ZEBA 1GV8A 2F7CA 2OK2A 3FTOA 4F1UA 1Z7NE 1YAEA 1FQEA 4YKJA 5JTYB 1NKXA 4U4SA 2ZNUA 4OESA 3QSLA 3USDA 3CG3A 2DS9A 1NNTA 1I6AA 1Y3QA 2VD3A 3W9VA 4OVJA 3H03A 1LB8A 4ZE9A 4F1YA 2Z8EA 1A7LA 4U1OA 4EQ9A 2IA4A 1AIVA 3TCGA 1P99A 4PQJA 2B3BA 1B52A 4Z0IA 1MPBA 4F31B 3MZ1A 3H6WA 1ATGA 4LA9A 1XVXA 3PPQA 4PE5B 1XC1A 3U72A 4G8HA 1DMBA 2ZYNA 2F7BA 4FEBA 3HHGA 5H8NA 4JWOA 3KFMA 2VGQA 2Q8JA 3UIFA 3FVKA 1B5JA 4OQOA 2PX1A 4ISUA 1QVSA 5DVFA 4QSCA 3H7MA 3CHGA 2GFEA 1GGGA 4DLDA 4U4XA 3OO9A 4G68B 3G3IA 3DRFA 3GBAA 4HS7A 1MS7A 2RC8A 2O1MA 3VLVA 1JVXA 3K6UA 2V3UA 5TP9B 4UA8A 5HM4B 4OHNA 4GF8A 4Q0CA 2O6AA 2QPQA 4OEUA 3FJMA 4ZZEA 4PFYA 1RKMA 4IO7A 3R6UA 4U2RA 2DXRA 3OELA 1JQFA 4EUOA 3TTMA 2BJJX 3MZ9A 1MPCA 2XXUA 1DTGA 1LB9A 3DLNA 1B9JA 4JSDA 1XVYA 3UN6A 3PGFA 2KLFA 1N3XA 3KGCA 4IO4A 5L9MA 4GXSB 1LGBC 2Y7KA 3PUXE 4OENA 4MBPA 1B5IA 3Q28A 4IB2A 4EQ7A 1YTVA 1VSOA 5J1DA 4Q30B 2XD2A 2H4IA 1Q35A 1FTOA 5CRYA 1B6HA 1URDA 1MQIA 3TQWA 3HPIA 3R26A 4XIGQ 3IR1A 4JWYA 1B4ZA 3OEKA 4BDOA 3QYTA 4G4PA 3TTKA 2XXQA 5H8QA 4OERA 2NWJA 3UGWA 2NOOA 3FXUA 3I3VA 2FNCA 4EDPA 3MP1A 2QMXA 2R9JA 3FGSA 1DTZA 3DP4A 4BDNA 4H67A 1NL5A 3V8XB 1J1NA 2CMOA 3Q27A 3O6PA 5AE4A 2I58A 5I59A 3BKIB 4H6DA 3LSWA 4GOTA 4NEDA 1JW4A 2DXYA 2F97A 3OXNA 1AOVA 4F29A 4RXLA 4R9FA 4ZS9A 3IB2A 1Q1KA 1Y3PA 1FTMA 5KZTA 3O9PA 3HSTA 4AQ4A 2F78A 4NWCA 2QL3A 1MXUA 2ABHA 4GQOA 2AIXA 2QRYA 4I9DA 1II5A 4GWOA 5K2XA 1BP5A 3VV5A 4WXJA 1JW5A 5KDTB 5DEXA 3CFZA 4Q5TA 2ZMBA 1MQJA 1N04A 4EXLA 1SD3A 1A55A 2M8CA 3MVZA 3RGYA 4KYDA 3FXRA 4YU0A 1LFGA 2DYXA 1MDP1 4LVQA 4FE8A 2W7YA 4E0XA 1OQGA 3FVNA 4LUBA 1SI1A 3CSGA 4PFTA 3ODBA 2WKYA 4RK2A 5BWJA 5CMKA 1B58A 2F6PA 5F1QA 3OMBA 3SEWA 1QUKA 1BKAA 3JV9A 4LZ8A 1IQ7A 2XXRA 3L6HA 3UA8A 4DXBA 2ZNSA 2Z22A 3UP9A 2DSFA 1GVCA 1IZ1A 1SW5A 3MPLA 1CE2A 1MY2A 1KWHA 5FTIA 2X26A 1OQHA 4X9TA 1SBPA 1B7ZA 4I1DA 3T93B 4YB7A 2ONSA 2RF1A 4DDDA 2XXIA 1MY0A 3RLFE 4KQPA 1YPNA 5M2VA 2OJTA 3B6QA 1ZU0A 3OEMA 4RPNA 3CVGA 4ZEFA 5ITOA 2THIA 1Y4CA 3E3KA 2P1SA 3D4GA 1VE4A 1ZKBA 2XXPA 4DXCA 1UTBB 3DP6A 4LP2B 1A40A 3VE1B 3MC2A 4G8MA 4R9GA 1LAFE 4F2OA 3CIJA 3T9XB 1B0LA 2REJA 2DWHA 3CR9A 5DVJA 1PB8A 2XX9A 4QF9A 3MVWA 4ONYA 3E13X 3RY3A 3B6WA 2ANJA 4G8NA 3TTLA 1GR2A 1JEVA 1PDAA 3RNNA 5KCJA 1XOCA 1WVJA 2HXWA 3MW0A 4OZ9A 1ZTYA 2E0SA 3TMGA 4ELRA 3G3KA 1R1NA 4OFJA 5I57A 4EQBA 1MY4A 3S9MC 3S9LC 1POY1 4YAHX 1O64A 3M3KA 2I4BA 4P11A 1S9TA 1FQCA 3CRBA 1SDXA 4DIGA 4ZEKA 1TFDA 4Z7EA 3LSXA 3S9EA 3C31A 5L9SA 5K2YA 1LAGE 5H8HB 3BFUA 4F3BA 3ECRA 3O6IA 4XKRA 2OCUA 4POXA 4R73A 1B51A 4H8IA 3K0VA 3MBPA 2RCBA 2F6GA 2HZKA 3DRHA 1D3KA 1SQYA 4KPTA 4R6HA 4IGRA 5ISUA 1HSJA 2QSXA 4ELOA 4U21A 3N5LA 1MG1A 3FUZA 1IIWA 1QJMA 2H5YA 2AL4A 3VVDA 1QULA 4ZE8A 4G68A 4TLLB 3LUYA 1P1QA 3H4ZA 2XXHA 4F39A 3DRGA 3IJOB 4WEPA 2ONRA 1MM7A 3E4RA 5TU0A 1HSLA 1US5A 1JW1A 1NMUA 1S50A 3UK4A 3OENA 2HZLA 2XX8A 1DPPA 3OSQA 3C35A 4YKIA 4EF2A 2QS4A 4GVOA 4XXUA 1XS5A 5I2KA 2V84A 4HTGA 3TQLA 2I4CA 3EPEA 4G77A 5DTBA 4BLAA 4KI0E 3TYHA 3K6VA 4U1ZA 5CM6A 2O7IA 2A5SA 4JXIA 4WKMA 2V3QA 4JB7A 3QK6A 5LOMA 3A3CA 3PMXA 5A5XA 1R6ZA 3KOSA 1R9QA 5FHMA 2V3TA 2OWSA 3K2DA 2R6GE 4JBZA 5AA3A 2G93A 1PBQA 3N6UA 3PPOA 2XXXA 4JDFA 5TPAB 3B7DA 2DWIA 4EXKA 4NF5A 4BDRA 3S9NC 1P1OA 3PPPA 2Q2AA 2UYEA 3MUQA 4HW8A 1QUIA 2HEUA 3I5OA 1P1NA 2XD3A 2DQVA 2QS2A 3OO8A 4K3FA 1B46A 3M3FA 5I2NA 3CSBA 4IGTA 3EN3A 1H76A 2Y7WA 3U8QA 1F9BA 1B1HA 1MXXA 1MDQA 2YJPA 1FQBA 4IY5A 4I62A 2O84X 1RYOA 4NF6B 3VLUA 1XT8A 2V93A 2QS3A 2O51A 2B4LA 3MAMA 3IX1A 4NF8A 3TCHA 1IXIA 3TFLA 4NF4A 1S7YA 3K02A 3MVXA 2UVHA 3TCFA 3K1NA 4YKKA 2WOLA 5I56A 1IITA 1NNFA 5AA2D 4U22A 1NH7A 1A8EA 3O66A 2DWJA 4QSDA 1MXZA 1O63A 1B40A 4ECFA 2G29A 3DELB 3O2AA 4RJZA 3KOTA 2FYIA 4AB6A 4IO6A 1RYXA 3EF7A 3V83A 1UIUA 1UTHA 1URSA 2F7AA 3PPRA 2XHDA 3WAEA 2WOPA 4RNSA 3IJXB 3IO6A 4YB5A 4QFNA 3DRJA 5H8NB 1P1UA 2VOZA 3FJ7A 1OLAA 4OXVA 1EZOA 3TUSA 3AXFA 4KHZE 3IAZA 5IAIA 3IOVA 2VP1A 4GRKA 4I8CA 5AA4A 4LQ2A 3S2VA 4YMAA 1ZBMA 2Y84A 2B4MA 4LZ7A 4IO3A 3K00A 3IOTA 4R74A 1QKBA 3I6VA 1B7HA 1SW1A 5EHMA 5I58A 1SW4A 2Y7RA 3W15C 4ELQA 3N6TA 4GLIA 1BTJA 4DCYA 2FA7A 1MQDA 2WOKA 3FIRA 3B6TA 4RK9A 2I0CA 3VLWA 2H25A 5CBSA 2IEEA 1FTKA 4KR5A 4MH5A 5BUUA 4KD5A 3MWBA 4QFPA 4ESWA 3RT6B 1MRPA 5EHSA 2PT2A 1NFTA 1MQGA 3KN7A 2XXWA 1A99A 1FTLA 3T9UA 3MZBA 1PBPA 2I49A 3PAMA 2UXAA 3KG2A 4ZEIA 5JEIA 3MJNA 3VVFA 1MPDA 1HSEA 1TXFA 3M3LA 1ELJA 3ILTB 1ZJLA 3VDFA 3T9HB 2YLNA 1A8FA 4GFRA 2NUVA 3IK6B 4PFWA 1ZIUA 4FAJA 2E1SA 2ZXTA 3N94A 3WAFA 2DVCA 3U94A 3LR1A 4FATA 3PUVE 2RINA 4O3AA 1OMPA 3FATA 2XXYA 5FTHA 2F34A 1PB7A 2Q89A 3V5AA 1IXHA 5H8QB 4F18A 1IXGA 4U23A 3S4UA 2CZLA 4PFUA 4DCXA 1LBCA 3U92A 2O69A 4KYSA 1VFDA 3C4MA 3T22A 3JYRA 3OD7A 1TFAA 5FHOA 4TQUQ 3PMVA 4ND9A 4R2BA 4FIMA 4F1VA 1A54A 4KFQA 4KYEA 5DYHA 4OFLA 1N7XA 4QFLA 4POWA 2VHAA 4G68C 3OO7A 4QHQA 4XKQA 3RUMA 1T0KA 2F8DA 1N3WA 4H65A 3U1OA 2Z8DA 3SEXA 3QUFA 1NH8A 5AA1A 2A5TA 2UYFA 3RTFB 3VVEA 3C32A 1EZPA 1PEBA 3EHTA 4PP0A 5FHNA 4IY6A 5DT6A 3G3HA 4ZZAA 1B3EA 3OSRA 4N13A 4F19A 1O7TA 5JTYA 4MLQA 1PB9A 4MF3A 4ZECA 4GD5A 4LZ5A 4ELPA 2PBWA 4YMBA 5DEXB 4QRZA 3PD8A 2PYYA 4YICA 5AA2B 4XTCQ 1OIBA 1N76A 4GL8A 5CBRA 3BBRA 3SESA 1ZMGA 3IORA 1M5DA 2Y7PA 1LSTA 3BFTA 1MXWA 3KN8A 3HN0A 4O3CA 4R72A 4X1BA 4TLMB 4R6KA 4EF1A 2H98A 3T96B 1POTA 3SEYA 4RA1A 4ZEDA 1B4HA 1AMFA 4C1TA 2YPNA 3MP8A 2R71A 4RY1A 3OO6A 1DPEA 3TTNA 1Y4TA 4QSEA 2NXOA 5CI5A 2ESNA 3RN8A 1B05A 1Y3NA 5ITPA 3R7XA 1YCJA 2P2AA 2XXVA 3A09A 3TAJA 2P0SA 3QIMA 1AH5A 5F7VA 1Z7ME 4H1XA 2XXTA 4OYVA 3LBSA 1N7WA 1I69A 2GH9A 5TP9A 1R9LA 2QJEA 1URGA 1M5FA 4NMYA 1MY3A 4N07A 2I6EA 3D4CA 3PUZE 3PD9A 4FEDA 3KN3A 3TDJA 3TODA 5KCJB 3EHSA 1UIVA 1Y1MA 4P0GA 5I57B 1LCFA 1B3GA 1B7UA 5B70A 3RPWA 4F3PA 4R2FA 3M8UA 4P0IA 2Q9TA 2QS1A 2X7PA 4F22A 4F3SA 5DVIA 1VFEA 1LFHA 5L9OA 4AB5A 1D9YA 3ZKLA 5CC2A 3LSFB 3H6UA 4JWXA 3T66A 2UVGA 1EZ9A 4H5FA 4IO2A 4X1DA 3VXCA 2F36A 2H9BA 3FVGA 1I6BA 1D4NA 5IKBA 3EQ1A 5H8FB 4LATA 3SETA 4ZDMA 1SW2A 2REGA 5CMBA 4M4GA 3V89B 4OTEA 2ZYOA 3TTRA 1B2HA 4XKPA 5CMCA 1OLCA 1FQDA 1N84A 3Q29A 3UORA 1JEUA 3A3UA 4N6PA 1NNKA 1FQFA 2HQ0A 4GL0A 4F2QA 4R6YA 4FECA 3ZSFA 3FZVA 5I2KB 2ZYKA 2I48A 1DSNA 4L17A 3G3FA 2DE2A 1TWYA 3C34A 1IXCA 2D5WA 4YB6A 1QW0A 3TKDA 2UVIA 3HV1A 3IO4A 4RPOA 3FV2A 4H0WA 3LSLA 2Y7IA 5A5XB 1Y9UA 2ONKE 3H06B 3TELA 5KDTA 3O6GA 3VXBA 2H99A 3FJGA 1B32A 4RYAA 3PMWA 3CFXA 1DOTA 3KSXA 2PMSA 2VD2A 4NF5B 2AYSA 1IUDA 4XKNA 1GTKA 1FQAA 1USYE 3QUJA 3N26A 3IOWA 3SKPA 3PPNA 4M1VA 3HHFA 3Q26A 2XX7A 3K1MA 3KSJA 4DXUA 3RTWB 1MH4A 1M5EA 1I6QA 3SDFA 3PUYE 5I2NB 2RKMA 3HCQA 2HAUA 1L5TA 3PV0E 1CB6A 3LVUA 4JSOA 1WDNA 4H8JA 3G7WA 3FD3A 4LQ5A 3ONMA 3H6TA 1N0TA 2I3WA 2F5XA 3ZS6A 2B65A 3DRKA 3QAXA 1MH3A 2GHAA 4C0RA 1H3DA 2X7QA 3MQ9A 3IB0A 3TZAA 3ILUB 3KJ7A 1JETA 1LFIA 4NF8B 3O29A 3SEUA 3K1PA 4NF4B 1B3FA 2RC9A 3TPAA 1ZLQA 2OBGA 5I56B 3CFLA 1UTBA 4YKPA 4HCWA 4BDQA 2Q88A 1B3LA 1SYHA 2PT1A 4FJPA 2HCAA 1LBBA 1H45A 1MXYA 3F11A 1OVTA 4OMBA 2QMWA 4BDLA 2RCAA 1IEJA 1LCTA 3IOUA 3PU5A 4TOZA 3SERA 4BDMA 1UTHB 3HO7A 5AA2A 5EYFA 3KEIA 3SEVA 2DVZA 3GLBA 3DRIA 5HPQA 1BLFA 4OEVA 4OFOA 3CG1A 2UVJA 3ZKKA 1JNFA 3VFJA 5H8SA 1H44A 2O7UA 1FTJA 1LAHE 3GZGA 4DE8A 3MPKA 2I3VA 3GXAA 1XHYA 1M5CA 1LAXA 2OLBA 5AA4B 3IB1A 3K6WA 2AL5A 5H8HA 5CMMA 5HBCA 1QUJA 5ICQA 3H6VA 3IL1B 3Q25A 3P7IA 4G2ZA 3L6GA 4FORA 1QKAA 5I59B 4IO5A 2O68A 4MLVA 3TEPA 5I58B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T1BA 3K01A 1TT1A 3C9HA 2Q8MA 3FASA 1B5HA 3O28A 3K4UA 3THIA 1Y1ZA 1WODA 4PETA 3LC8A 1Q9DA 1H43A 4DZ1A 2VPNA 3PUWE 5ICTA 2F35A 4LONB 1B0HA 3O97A 4THIA 1MY1A 2V25A 4E0WA 3U93A 2DOJA 4N17A 4ESXA 4N15A 2OZZA 3FVOA 2D3IA 1M5BA 1EU8A 4O3BA 4WEDA 1SI0A 5B7DA 3KBRA 4NE4A 2ALUA 3MVYA 3KJTA 2GHBA 2B3FA 4PDDA 4OWDA 2P3NA 1B1XA 1P1WA 2VT5A 3T9VA 5ELVA 1OVBA 4NTLA 3C33A 4Q8RA 1UQWA 2D21A 2Z8FA 3G3GA 2Q2CA 1FW0A 1IMDA 4HCYA 3DM0A 2DP8A 4KCCA 2GRVA 3MP6A 3FV1A 1Y20A 3JZJA 1MQHA 1VR5A 4GXAA 3O6HA 1SYIA 5L8DA 3KZGA 1US4A 5TPAA 4F3GA 4MFIA 3RT8A 2CZIA 1SVXB 1PC3A 2XWVA 1LLSA 3RPLA 3E9XA 4NWDA 4AS4A 1AL3A 2LAOA 3OOAA 3W9WA 4H5GA 2HAVA 3RYAA 3DP8A 4N8GA 3RYDA 5I84A 3EHUA 3RQTA 4OA4A 2DE4A 3GBBA 3QXMA 1B3HA 3CI8A 3H3GA 3NOHA 3G3JA 3K6XA 4PGNA 1ANFA 5LTCA 2PVUA 1JVYA 3RYBA 1BIYA 1NNPA 4QFOA 5H8FA 1MXVA 5IZ1A 4GIZA 4GBWA 3LUZA 1USYH 2ZNTA 2Z23A 2O1LA 3C36A 4UACA 4OETA 3FXQA 4MNIA 2OWTA 4C1UA 2NVUB 4YZZA 2DWAA 1MM6A 4KCDA 1FCKA 2ZYMA 2I0BA 4X48A 5JK4A 4R75A 2A5TB 2DE3A 4G61A 4X04A 2HFBA 4NF6A 2RC7A 1D9VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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