1QKBA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kvk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkbA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkbA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkbA02
1B7ZA 2QL3A 2WOLA 3FUZA 5CMCA 4ELPA 1LBBA 5L9OA 2XXWA 4FAJA 3RY3A 5CMBA 5I59A 3S9LC 3ILUB 4H1XA 4F2QA 3DP6A 5H8HB 2VD3A 3MQ9A 4IO2A 1O64A 2XXQA 2Z23A 3UP9A 3IR1A 3M3KA 2HAVA 3HHGA 2I4BA 1B7HA 4JWXA 1LAXA 3FXQA 2B3BA 4IB2A 3FXRA 2ZNUA 3VFJA 4U23A 4GRKA 4LZ8A 3IO4A 2NVUB 3OO9A 1I6BA 1FQEA 2XX9A 3SETA 2DVCA 2Z22A 4OENA 2O7UA 1KWHA 3UORA 2E0SA 3HO7A 2B4LA 3V83A 3C31A 3TZAA 1IXHA 4U1ZA 1DOTA 4R9GA 3PMWA 1USYE 4ZEKA 1JQFA 4C0RA 1LLSA 2HXWA 2DE4A 2FA7A 2NOOA 3FVKA 1H76A 1P1QA 3VVDA 3HHFA 5ICTA 1NKXA 3QUJA 4IY5A 4DZ1A 5H8NB 1Y4TA 4ZEFA 1US4A 4LA9A 4QSEA 3H6WA 1JETA 2DSFA 3I6VA 2UVGA 4LVQA 1MPDA 3PPOA 2B65A 5I58B 2O84X 2Y7RA 1B3LA 3FVGA 2F6PA 2FNCA 5IKBA 3KN8A 1UIUA 3TUSA 1ZMGA 4RY1A 3U8QA 3OO8A 1EZOA 1XS5A 3DRIA 3F11A 4NE4A 2ZYOA 5K2YA 2D5WA 4R73A 3M8UA 1B0LA 4I8CA 2O1LA 3O2AA 3FGSA 1QUKA 1AMFA 2AYSA 5AE4A 1LAFE 4XKNA 3FJMA 1NNPA 4P0IA 1B5HA 5BWJA 2XXHA 3RYAA 3GBAA 4F31B 3A3UA 3MWBA 1MM7A 3T22A 2HZLA 4H8JA 5I56A 2GRVA 4NF8B 3TCFA 4NEDA 1XVYA 5JTYA 1MY3A 3G3GA 1ELJA 4LQ2A 5EHSA 1UTBB 3B6TA 1POY1 3K4UA 1NH7A 2UVJA 4RK9A 1B40A 3DP8A 2RCAA 1TFDA 4GLIA 3RQTA 3T9VA 5KCJB 2CZLA 5DT6A 4FEDA 4MFIA 2M8CA 3UGWA 1MXXA 1N84A 3IK6B 3QAXA 5DVFA 3ILTB 4KI0E 4HS7A 4RXLA 4P11A 1HSLA 3OSQA 1EH3A 1BTJA 3GLBA 4EDPA 1UTHB 3VLUA 3N26A 3LSWA 4RK2A 4F39A 2HZKA 2DE3A 3EQ1A 2OCUA 3DM0A 1JVYA 4MLQA 4OESA 2H98A 3AXFA 3K6UA 2KLFA 1B1HA 4RNSA 3OXNA 3FV1A 2ANJA 5H8FA 1S50A 4YKPA 2AL5A 3LR1A 1Q35A 1B51A 4YMBA 4BLAA 4KYDA 1SW5A 5B70A 1A54A 1ZKBA 4Q8RA 2YPNA 3ECRA 4JBZA 3RLFE 4TOZA 1MS7A 2F8DA 3TQWA 4JB7A 3TQLA 1SI0A 2DYXA 3FTOA 4KFQA 2R6GE 3IB1A 3W15C 1I6AA 1MH4A 3PV0E 3DRJA 4I9DA 4OYVA 3KOSA 3TTNA 3G3JA 3PUYE 4LONB 5IAIA 3PUZE 4JDFA 4XTCQ 3CG1A 4K3FA 2YJPA 4ELQA 2ZMBA 4GWOA 1PBPA 2ABHA 2RKMA 1JW5A 3K0VA 4U22A 1POTA 4EUOA 1B32A 4F3PA 1LGBC 1I6QA 4WKMA 2PBWA 3QSLA 3G7WA 4FIMA 2ZNTA 4PE5B 3RUMA 1VFDA 3CFZA 4H8IA 1B4ZA 2QPQA 1Z7NE 3SERA 3MVYA 4MF3A 3MZBA 2ONKE 2Q88A 4WXJA 3PPNA 2RC7A 1YPNA 2DP8A 2F34A 2P2AA 1D3KA 4GQOA 2I6EA 1ZIUA 3MVXA 3MP1A 5DEXA 4OFJA 2V3TA 4LZ7A 4YMAA 1YTVA 1SD3A 3K6VA 3KJ7A 3S9EA 3BFUA 2Q89A 1XT8A 1URSA 1B7UA 2XX7A 2VD2A 1AIVA 2QRYA 3KOTA 3GZGA 3TYHA 3W9WA 4G68C 4KYEA 4BDLA 3VXCA 3CI8A 2XX8A 5I2NB 4N07A 4UA8A 1PBQA 5DTBA 3H6UA 3SEVA 4DXCA 4X9TA 4X1DA 3ZKLA 4AQ4A 1O63A 3DRGA 1MDP1 1AOVA 5FHOA 3LSLA 3IO6A 4L17A 3ZSFA 5HPQA 3SEWA 3TTMA 3O28A 2PYYA 2ZYNA 2ESNA 3ODBA 4G8MA 3MW0A 3DRHA 2F7BA 4QFPA 1M5EA 5ITOA 5I57A 5EHMA 1M5CA 3FVOA 3FASA 5I59B 3TTLA 4OEUA 1GV8A 4F29A 3MPLA 3LSFB 2I49A 1CB6A 1P1OA 4GXSB 3SDFA 5CI5A 1B9JA 3O66A 2O51A 2V84A 2THIA 1VE4A 2QJEA 3PPPA 4U4XA 4NMYA 4YICA 4BDMA 2DE2A 1B5IA 1PEBA 4O3BA 3I5OA 3S9NC 2OK2A 4NWDA 1LCTA 5FHNA 2GH9A 1PB8A 2Y7WA 4ONYA 4R6YA 3C33A 5AA2D 1YAEA 1UIVA 1LB8A 4F1YA 4JWOA 2XXTA 3N6UA 4QRZA 1QJMA 3RNNA 5CC2A 3B6QA 4GL0A 3PD9A 4DE8A 4YKIA 2F5XA 4EXKA 4G4PA 4QSDA 3DELB 5LOMA 3PMVA 3KBRA 4NTLA 2IEEA 3E9XA 3JV9A 3C34A 4G2ZA 2WOPA 3MP6A 3PUWE 1IIWA 4QFLA 2CMOA 3HV1A 4TLMB 4ZEIA 1HSJA 4OXVA 3IJXB 3CG3A 4P0GA 2HQ0A 4OEVA 2RINA 3OSRA 3FIRA 4JSDA 1J1NA 3K2DA 5K2XA 4M1VA 1B5JA 4KPTA 3R6UA 5CBSA 1B58A 1MXWA 3KEIA 2NXOA 1H45A 5TPAA 2RC8A 4G8NA 3VVFA 3E3KA 1MY4A 3D4GA 2AL4A 3EF7A 3MC2A 2X7PA 4OHNA 1BP5A 4MH5A 1F9BA 3TFLA 5EYFA 3S4UA 2YLNA 3RT8A 3KSJA 3T9UA 5AA1A 4QFOA 5M2VA 3HPIA 4O3CA 4EQ9A 2RC9A 3R26A 1ZJLA 1ZU0A 3ONMA 5KDTA 5L8DA 3T93B 1BIYA 4JSOA 2Y7KA 1MH3A 4MBPA 5TP9A 1TFAA 1A55A 1VR5A 3QUFA 3C4MA 3CSGA 1IZ1A 2VOZA 4GL8A 1B3HA 1LAHE 5I56B 4IGRA 2XXUA 4QFKA 4ESWA 3U92A 1EU8A 2WKYA 2Y7IA 3U93A 3QYTA 4IY6A 4MLVA 1H3DA 1MPCA 3U94A 1QKAA 3K6XA 5CBRA 3A3CA 4RJZA 3MUQA 3JYRA 3IB2A 2Q9TA 1D9YA 4DXUA 4DIGA 4BDQA 3MVWA 3L6GA 1TT1A 4PP0A 1BKAA 5J1DA 4ISUA 1FCKA 4IO5A 2DS9A 5JEIA 1TXFA 5H8QA 4KD5A 3DRFA 1B3EA 3MP8A 1DMBA 1NH8A 3OO6A 1QUJA 2REGA 3BBRA 3OENA 2V25A 1Y3PA 4YU0A 2QMXA 2ZYMA 1B1XA 2XD2A 4U4SA 2DWIA 2H9BA 3Q26A 3IB0A 2X26A 5H8FB 4DXBA 1MDQA 1R9QA 4F3BA 4OFLA 1A8FA 1ZLQA 5B7DA 2IA4A 1FTLA 3L6HA 1D9VA 4YKKA 4GFRA 3SEUA 2UYEA 1Y1ZA 5FHMA 3FATA 5L9MA 2PX1A 1M5DA 3V8XB 3KN3A 2LAOA 3PGFA 4OVJA 3LC8A 3T66A 1S7YA 3KG2A 3M3LA 3G3HA 1FQDA 2HCAA 4EF2A 2DWJA 2I4CA 1UQWA 1VFEA 4KHZE 4F1UA 1Y3QA 2QS1A 1IITA 2QSXA 3H03A 1US5A 4H0WA 4WEDA 3TMGA 2OZZA 1GVCA 2I48A 3S9MC 3PD8A 1MQDA 4OQOA 1FQBA 4E0XA 2UVHA 3PU5A 4UACA 3RPWA 2REJA 3B6WA 3OO7A 4M4GA 3KN7A 1B46A 4JXIA 1RYXA 1NFTA 5ELVA 5A5XA 1N0TA 3TELA 2OWTA 2HAUA 2DWAA 4GIZA 2HEUA 4POWA 1DTZA 3CHGA 1Q1KA 5CM6A 3FZVA 3SEYA 2F7CA 3TPAA 3MAMA 4XKQA 3K6WA 2PT1A 2H99A 1LFIA 3MJNA 1A40A 1PC3A 4XXUA 1TWYA 5DEXB 5AA4A 1Y9UA 3USDA 4IGTA 1URDA 3SKPA 4HCYA 3MZ9A 3MPKA 4PFWA 1MG1A 1PDAA 1Z7ME 2XXXA 3LSXA 2PT2A 1AL3A 3KSXA 1BLFA 3EHTA 1GTKA 3H3GA 1R6ZA 3C36A 3O6IA 1MQIA 1LAGE 3EN3A 4EF1A 3C32A 1SBPA 2O68A 5HM4B 1SDXA 2OWSA 5H8SA 4OETA 4H67A 3IOWA 4YB7A 5I57B 4EXLA 3ZKKA 4NF4A 3VV5A 3K1PA 4H5GA 3O9PA 2O7IA 4GOTA 1B3GA 1JEUA 2F78A 1VSOA 4F22A 2VHAA 1SW1A 3QK6A 1OQHA 1QULA 2FYIA 1Y20A 2QMWA 3B7DA 2A5TB 1RKMA 4QHQA 1URGA 1ZBMA 4R2FA 1MY1A 1DPPA 1N76A 1XC1A 3EHUA 1GR2A 1MQJA 3O97A 1WODA 1AH5A 2I3WA 4FE8A 1JW4A 5AA2A 2OBGA 4Q5TA 1PB7A 4TLLB 3TCHA 3H6TA 3TDJA 4Z0IA 3BKIB 2DXRA 3BFTA 1QKBA 3TTRA 4H5FA 3QXMA 3SESA 1M5BA 1IQ7A 4F2OA 2H4IA 1QUIA 4PFYA 5I2KA 3RGYA 2NWJA 1B52A 3Q25A 4H65A 3OEKA 1NNKA 4X48A 3M3FA 3V5AA 4BDRA 1LCFA 2Q2AA 1SVXB 1JEVA 4ZE8A 4DLDA 4GVOA 1LSTA 3DRKA 2H5YA 2BJJX 2I58A 1WDNA 2ALUA 1Y1MA 2XXPA 4POXA 4U2RA 4G68A 2F7AA 3K00A 3PMXA 3CIJA 1OQGA 2O1MA 5CMMA 4NF6A 4QFNA 3MVZA 1I69A 1WVJA 4GXAA 1EZPA 1IUDA 3TTKA 4U1OA 2B3FA 3G3KA 1N7WA 1OIBA 3KJTA 4OMBA 4LUBA 1IXCA 1FTMA 2G29A 3VE1B 3H7MA 3PAMA 4GD5A 4NF5A 2DXYA 4OTEA 3TAJA 5JK4A 2DOJA 4LQ5A 3FXUA 4DDDA 4OERA 5KDTB 1P99A 3T96B 3SEXA 3CFXA 3O6PA 4R72A 5TP9B 1FQFA 1Y4CA 2XXRA 3RTWB 3IL1B 3A09A 5F7VA 4FATA 4NWCA 3DP4A 4EQ7A 4RYAA 3O6HA 3OEMA 1IEJA 3FJGA 3WAEA 2QS2A 4G8HA 4Q0CA 3THIA 3N6TA 2F35A 1MXYA 3T9HB 2X7QA 1B05A 3N94A 4R74A 2Q2CA 2G93A 3K01A 4RA1A 2GHBA 3P7IA 5H8HA 2R9JA 3OOAA 4RPNA 1MY0A 5H8QB 1ATGA 2XXYA 3CVGA 1R9LA 3PUXE 1ZTYA 2O6AA 3KGCA 3TCGA 5FTHA 4PETA 1B4HA 3IOUA 3HN0A 4YKJA 1O7TA 5JTYB 3EHSA 1SI1A 1JVXA 1LFGA 4R6KA 3S2VA 1IXGA 5BUUA 1SW2A 1SYIA 3H6VA 1A8EA 2ZNSA 1XHYA 1NNTA 4XKRA 1USYH 5KZTA 4HTGA 1YCJA 1GGGA 4QF9A 2UYFA 4FECA 1NMUA 2WOKA 4R75A 3TKDA 1SQYA 3OMBA 5L9SA 2P1SA 3VXBA 4GF8A 4H6DA 4ZECA 1FW0A 4YZZA 2Y7PA 4PFTA 1OLCA 3E4RA 1EZ9A 5H8NA 5DYHA 1JW1A 4F1VA 1FTKA 4EQBA 1LFHA 3TEPA 3O29A 4Z7EA 2RCBA 3IOVA 4IO6A 1ANFA 1N3WA 1H43A 3KZGA 1RYOA 3FV2A 4LATA 3UA8A 2F6GA 2Z8EA 1A7LA 3TODA 2UXAA 5I58A 1N7XA 1MXVA 5FTIA 1DPEA 4IO4A 4BDOA 3KFMA 1D4NA 3VDFA 1HSEA 2Z8FA 3DLNA 2DVZA 4FJPA 1P1NA 5A5XB 1MPBA 4OZ9A 2ONSA 1M5FA 4WEPA 4FEBA 4YB6A 1CE2A 4LZ5A 1R1NA 4YAHX 2I0CA 2RF1A 4ESXA 2V3UA 2W7YA 4LP2B 4E0WA 3Q29A 4X1BA 4ZS9A 4ELRA 2A5SA 5AA4B 4NF8A 3T9XB 1OVTA 1PB9A 4RPOA 1OLAA 3IAZA 4O3AA 3FVNA 1UTBA 4HW8A 3CSBA 2PMSA 1MY2A 1A99A 5ISUA 2PVUA 5DVIA 5KCJA 3K02A 3UN6A 4Q30B 1IXIA 2V3QA 1II5A 1MRPA 4C1TA 3V89B 1FQAA 4N6PA 2NUVA 4JWYA 4IO3A 3CRBA 4PFUA 2OJTA 1MM6A 4U21A 4KQPA 3FD3A 5DVJA 1B0HA 3MBPA 3RYBA 3K1NA 1UTHA 3G3IA 4KCCA 4N13A 1FTOA 3CFLA 3R7XA 1P1WA 2D3IA 4ZEDA 4I1DA 1QW0A 4F3GA 3IX1A 3PUVE 3CR9A 1H44A 5I84A 2ZYKA 3GXAA 3RN8A 4NF4B 3I3VA 5ICQA 4XKPA 2ONRA 2B4MA 2AIXA 2I3VA 1SYHA 4C1UA 1T0KA 1NL5A 4TQUQ 4ZZAA 3RTFB 3OELA 3O6GA 1L5TA 3C35A 4ELOA 2HFBA 1DSNA 1XVXA 4XIGQ 4ZE9A 4AB5A 5AA2B 2OLBA 4F3SA 2GHAA 2Q8JA 5AA3A 1LB9A 3GBBA 3FJ7A 3PPRA 4THIA 3UIFA 2VGQA 1B3FA 1N04A 2XXIA 2O69A 2Z8DA 3U1OA 2QS3A 1NNFA 3OD7A 1DTGA 3IOTA 4ECFA 5I2KB 4F19A 1MXUA 5TU0A 2F97A 3RT6B 3ZS6A 1MQHA 2XHDA 1MQGA 1XOCA 5HBCA 1OVBA 4IO7A 2H25A 3HSTA 1OMPA 5F1QA 2D21A 1JNFA 1N3XA 3EPEA 2ZXTA 2R71A 3JZJA 3H06B 2P0SA 4YB5A 5CMKA 4KYSA 4QSCA 4G68B 5ITPA 4DCYA 2I0BA 2XD3A 4F18A 4AB6A 3IJOB 3LVUA 4NF6B 3Q27A 3C9HA 3D4CA 3VLVA 2UVIA 2DWHA 4ND9A 3LUYA 4BDNA 4G77A 2QS4A 3UK4A 3WAFA 4R2BA 4ZEBA 4FORA 4ZZEA 3K1MA 3QIMA 3H4ZA 5CRYA 4DCXA 3Q28A 4R6HA 1S9TA 4NF5B 3G3FA 1FQCA 2V93A 1B2HA 1MXZA 4HCWA 1SW4A 3LBSA 2Y84A 2E1SA 4PQJA 1LBCA 2F36A 2VP1A 3HCQA 3PPQA 5I2NA 4KCDA 4OFOA 3U72A 3W9VA 3MZ1A 3VLWA 1B6HA 1QVSA 3VVEA 2A5TA 2GFEA 4R9FA 2XXVA 1P1UA 4KR5A 4OWDA 1Y3NA 3IORA 4I62A 3N5LA 2DQVA 5TPAB 3E13X 4ZDMA 1FTJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7ZA 2QL3A 2WOLA 3FUZA 1XI6A 5CMCA 4ELPA 1LBBA 5L9OA 2XXWA 4FAJA 3RY3A 5CMBA 5I59A 2WEFA 3S9LC 3ILUB 4H1XA 4F2QA 2DDKA 3DP6A 5H8HB 2L5VA 2VD3A 3MQ9A 4IO2A 4OVQA 1O64A 2XXQA 2Z23A 3UP9A 3MYUA 1NUYA 3IR1A 3M3KA 2HAVA 3HHGA 2I4BA 1K9YA 3A29A 1B7HA 4JWXA 1LAXA 3FXQA 1EYIA 2B3BA 2QVUA 4IB2A 3FXRA 2ZNUA 3VFJA 4U23A 4GRKA 4LZ8A 3IO4A 2NVUB 3OO9A 5F24A 4GWYA 1I6BA 1FQEA 2XX9A 3SETA 2DVCA 2Z22A 4OENA 2O7UA 1KWHA 3UORA 4MIJA 2E0SA 3HO7A 2B4LA 3V83A 1FJ6A 2QFLA 3C31A 3TZAA 1IXHA 3U65A 4U1ZA 1DOTA 4LN5A 2WBDA 4R9GA 3PMWA 1USYE 3BIHA 4ZEKA 5ET5A 1JQFA 4NX1A 4C0RA 1LLSA 2HXWA 4MX6A 2DE4A 2FA7A 2NOOA 1LEVA 3FVKA 1H76A 1P1QA 3VVDA 3HHFA 5ICTA 1NKXA 3QUJA 4IY5A 4DZ1A 5H8NB 1Y4TA 4ZEFA 1US4A 4LA9A 4QSEA 3H6WA 1JETA 2DSFA 3I6VA 2UVGA 4LVQA 1MPDA 3PPOA 2P3NA 2B65A 5I58B 2O84X 2Y7RA 2WX9A 1B3LA 3FVGA 2F6PA 2FNCA 5IKBA 3KN8A 1UIUA 2XWOA 3TUSA 1ZMGA 4RY1A 3U8QA 1FPIA 3OO8A 1EZOA 1XS5A 3DRIA 3F11A 4NE4A 2ZYOA 5K2YA 2D5WA 4R73A 3M8UA 1B0LA 4I8CA 2O1LA 3O2AA 3FGSA 1QUKA 1AMFA 2AYSA 5AE4A 1LAFE 4XKNA 1K9ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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