1RKMA

Structure of oppa
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Peptide binding in OppA, the crystal structures of the periplasmic oligopeptide binding protein in the unliganded form and in complex with lysyllysine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
molecule tags Binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 170
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1rkmA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1rkmA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1rkmA02
1B9JA 1SW1A 4RY1A 3C33A 3LUYA 4G4PA 5I59A 1VR5A 4WEPA 4WXJA 4ECFA 4O3AA 3SEUA 3UORA 1NNFA 3UK4A 1ZIUA 1ZMGA 1IUDA 3U72A 4K3FA 1SQYA 3GLBA 1Y4CA 3S9EA 2XXHA 4FEBA 5L9MA 3KFMA 4JWXA 3H7MA 4H8IA 3K02A 5LOMA 4QFOA 3M8UA 2Z23A 5AA2B 1D9VA 2VD2A 1VFDA 4EXLA 2QJEA 1B58A 2O7UA 1A7LA 1H3DA 4OETA 5H8FB 1BIYA 3ILUB 4JBZA 3CFXA 2P0SA 5TPAB 4X9TA 3MWBA 4M4GA 4ZEDA 2NVUB 2HFBA 1LFHA 1Z7NE 3MVYA 4R9FA 1L5TA 2ONSA 1DTGA 5I2KB 1OVBA 3I3VA 2ANJA 4LVQA 4IO5A 4HW8A 1YCJA 5AA4B 1FTMA 1ZJLA 3RLFE 1MY4A 3EQ1A 4KD5A 1A40A 4OWDA 4ZE8A 4U1OA 1XVYA 1AIVA 4O3BA 5TP9B 1P1WA 4NWCA 4RPOA 4OQOA 1VE4A 2PT1A 1GVCA 3KJTA 1JVXA 3U92A 3OEKA 5CC2A 2QMXA 3BFUA 2I4BA 3TYHA 4H0WA 1N84A 1SBPA 4U21A 4LQ5A 4ZZAA 1Y1MA 2OWSA 4F3PA 4F39A 1N0TA 3AXFA 5DVFA 2RINA 5I57B 3PPOA 2G93A 4EQ7A 5FTIA 1J1NA 2H98A 3IK6B 1B2HA 1FQAA 4ZEKA 3N5LA 1MPDA 3PPNA 3HPIA 1FQFA 4GD5A 3W9VA 2I58A 1IXCA 2ZNTA 3PUYE 1CB6A 4UACA 4IO3A 2XXPA 2FYIA 3MUQA 3QXMA 1B1XA 1US5A 4AB6A 4ELRA 2ZMBA 1P99A 4RA1A 4NF8B 3H06B 3MZ1A 2QPQA 1ZBMA 1D4NA 1WODA 4NF4B 2ONKE 4GFRA 4R6YA 2NXOA 3ZKKA 3K2DA 3OO8A 2R6GE 3B6QA 3CG1A 1PC3A 2W7YA 2HAVA 4H8JA 2Y7WA 1RYXA 2ZYMA 4F3SA 4N13A 1LB9A 2GHBA 3V5AA 1DPPA 4NF6A 2IA4A 3TAJA 1NNPA 1JEVA 2XXXA 5IKBA 3ONMA 5FTHA 2OJTA 2H5YA 3KN8A 1UTHB 2F6PA 4OFLA 4MF3A 5BWJA 4QF9A 3LBSA 3USDA 2I3VA 5B70A 4OVJA 2FNCA 3IB1A 3K1MA 1SDXA 4X1DA 3L6HA 1MXVA 2DWHA 4KYSA 5I84A 2Q8JA 4FECA 3FJGA 5I58B 3O6PA 1Q1KA 1UTBB 3P7IA 2H4IA 5FHNA 4GWOA 3SKPA 4JSDA 5AE4A 5KDTB 2HXWA 1B40A 3IB0A 2P1SA 3V8XB 2BJJX 1S7YA 2O69A 4BDLA 2O84X 1FTKA 2A5SA 3RN8A 3VFJA 3FIRA 2DS9A 4QFKA 1MDP1 2I3WA 4HS7A 1TT1A 3FD3A 5DTBA 4DXUA 4JDFA 2F7BA 5FHMA 1B5HA 2ZXTA 5H8NB 1LFIA 2OWTA 1PBPA 4XKNA 4R74A 3U94A 2G29A 3UA8A 3LSWA 3V89B 2PYYA 1IQ7A 2FA7A 1URDA 3DRGA 2Z22A 3TTNA 1NMUA 3EF7A 4KI0E 4QRZA 4OESA 1NNTA 3ILTB 4H6DA 4GQOA 2X26A 3PGFA 2HEUA 3M3LA 4I62A 1PEBA 4FATA 3V83A 4PFWA 4Q5TA 2XXWA 3VVFA 2M8CA 1OIBA 3IAZA 1NNKA 4XKQA 1AL3A 3MVWA 4JWOA 4F2QA 1GTKA 2PMSA 3F11A 4YU0A 2XX8A 5DT6A 3TPAA 4DIGA 3T22A 3G7WA 2RC8A 4G68B 3CI8A 2GHAA 1XT8A 1AH5A 1B3LA 1JW4A 4LZ8A 2WOPA 4EQBA 4QSDA 2WOLA 5CI5A 3MP1A 1URSA 3DLNA 2Z8EA 3TDJA 2P2AA 3KEIA 1TWYA 1XC1A 4OEVA 4KFQA 2V25A 3Q25A 1WVJA 3Q26A 4ONYA 1QUJA 3T9HB 1H43A 4IO7A 1M5BA 1HSJA 1DTZA 3VDFA 1I6QA 3RNNA 1B5IA 2RC7A 3GXAA 4GVOA 2UVIA 1PB9A 1PB7A 1LAXA 2YPNA 4C1TA 5H8HB 2I0BA 1FQBA 1LFGA 4GLIA 4UA8A 1Y1ZA 2DE2A 3BFTA 3IJXB 3FVOA 3FATA 4GF8A 4YKJA 3CFLA 4THIA 4XIGQ 3GBBA 1ZU0A 1P1UA 1FTLA 1OMPA 3OMBA 4FIMA 4H5GA 1I6AA 1P1OA 1XOCA 3MAMA 1VFEA 5M2VA 3TFLA 4R75A 4HCYA 2F5XA 5H8QA 2ZNUA 5K2YA 1PBQA 1O63A 3K0VA 1SW2A 1F9BA 1UQWA 5DVJA 3TZAA 1MPCA 3MPLA 3KZGA 3R26A 4H67A 1GGGA 4ZECA 4RJZA 4OENA 4IB2A 4QFNA 3Q29A 2F35A 5F1QA 3T9VA 1R9QA 2R9JA 3H6UA 5I56B 4TOZA 4PFUA 1JETA 3QUJA 4LONB 1JVYA 4RK2A 3SEWA 4YB7A 5TPAA 1EZOA 1S9TA 3PUXE 3KGCA 1B46A 4F29A 1SYIA 3FJ7A 3FJMA 4OFOA 1QJMA 3PD9A 1UIUA 1ZKBA 3IORA 4NF5A 1S50A 5DEXA 4BDNA 3RGYA 3VLVA 1POY1 4PFTA 4Z0IA 4R2BA 5JTYB 4IY6A 4GL8A 4OERA 3IO6A 5TP9A 1MH4A 3O6GA 2QL3A 2HCAA 5ITOA 3PUZE 4JXIA 3IOWA 3TTMA 3MC2A 1SI1A 1FTJA 1NL5A 1NH8A 1MM6A 1M5DA 5DYHA 3C32A 3TTKA 4QFPA 4U2RA 3OO9A 1MRPA 2OBGA 3DM0A 2ZYOA 4GXSB 2Q89A 2DOJA 2UYFA 1FQCA 2F8DA 1B32A 4EQ9A 3BKIB 3CR9A 4POWA 3G3GA 4IO4A 1BKAA 4RPNA 4F3GA 3FTOA 4U4XA 5L9SA 1Q35A 3H6WA 2QMWA 3SETA 3FXUA 4PETA 1A8EA 1N3WA 3SEVA 1JEUA 3RTFB 1A54A 3SEYA 5FHOA 5I2NA 1VSOA 2O6AA 2PT2A 2A5TA 1I6BA 3S9MC 1IEJA 3E3KA 3S2VA 4JB7A 3R7XA 4F1VA 3S4UA 2Q9TA 4ND9A 1MXZA 1YPNA 3N6UA 4KCCA 3G3IA 2QS3A 4DCYA 3T93B 2Q2AA 4KHZE 3QSLA 2PX1A 4G68C 3TODA 3PUVE 4MBPA 3KOTA 1A8FA 4F18A 2IEEA 4KYDA 1MXUA 4FE8A 4R73A 1SD3A 2OCUA 1EZPA 1B3HA 3FV1A 2OLBA 4FJPA 4YAHX 4EF2A 3GZGA 2B65A 3T9XB 3WAFA 1SYHA 4GRKA 2XXTA 3QUFA 2HZLA 1OVTA 2B4LA 1MS7A 4KPTA 3UIFA 4EUOA 1UTHA 1O7TA 3K00A 5CMCA 4E0WA 2DVCA 4DDDA 5AA2D 1B7HA 5ICQA 3CFZA 1P1NA 3T66A 4YKIA 4LUBA 4NE4A 5H8SA 1UTBA 4R72A 4BDOA 2DVZA 4KR5A 4XTCQ 2CZLA 2Z8FA 2X7QA 3OD7A 3THIA 4BLAA 3KSXA 2GRVA 1POTA 5HBCA 3QAXA 4EDPA 3TUSA 4JWYA 3H6VA 4ESXA 1FQEA 4R6KA 2F97A 1JW5A 3KN3A 3OSRA 4R2FA 4KQPA 1ZLQA 2ALUA 1Y4TA 1MG1A 1US4A 3PD8A 3IO4A 1N3XA 1N7XA 1MY3A 3O9PA 3CVGA 4U22A 4RXLA 1MQDA 4P0GA 3KSJA 2B3FA 2RCAA 3U1OA 1LAGE 1MPBA 2D3IA 2F7AA 4F31B 4F2OA 3EHTA 3FGSA 3C4MA 3VLUA 3IOUA 3PUWE 2QS4A 3PMVA 4NF6B 2XX7A 3K4UA 4X48A 4H1XA 1R9LA 3UGWA 4H5FA 3G3KA 4DXBA 3OXNA 3E9XA 3MP8A 3MW0A 4C1UA 1YAEA 2I4CA 3LVUA 4QSCA 3JYRA 3O6IA 4F1UA 3KG2A 2QS2A 4JSOA 2QSXA 5EHMA 3U93A 1OLAA 1JQFA 1QUKA 4Q0CA 4WEDA 4ELOA 1JNFA 1CE2A 2DWJA 4DZ1A 1LAFE 5A5XB 1GV8A 1ELJA 3E4RA 1SW5A 3CSBA 3WAEA 5L9OA 3TQWA 2RKMA 3DP4A 1B7ZA 2E0SA 2O68A 3U8QA 3DRJA 3PMWA 2V3QA 3FZVA 5H8HA 3KBRA 2H9BA 3MQ9A 3D4GA 4IY5A 3HO7A 1B5JA 1LCFA 4IO6A 3TTLA 3SERA 3B6TA 3Q27A 4Z7EA 1O64A 4Q8RA 3EN3A 3A09A 1MY2A 3UP9A 1LBBA 3FV2A 4BDQA 1DSNA 4ZEIA 3JV9A 2F36A 4TQUQ 3Q28A 3IL1B 1B0HA 4NMYA 4QSEA 3HN0A 3TCFA 2RC9A 3W15C 1LBCA 2ESNA 1MXWA 1B3GA 1TFDA 2E1SA 1SVXB 1MDQA 1Y3NA 3SESA 2Y7KA 1IXGA 3FASA 2XXVA 3HCQA 1AOVA 3ECRA 4X1BA 1WDNA 1IITA 4OMBA 1MQJA 2AL4A 1MXXA 1N76A 4OFJA 4ZEFA 4GIZA 4ELQA 4KCDA 4I9DA 2OK2A 2D21A 1OLCA 3MBPA 3RYAA 1A55A 5CBRA 5KCJB 3TQLA 2XXQA 5K2XA 2RCBA 4R9GA 2NOOA 3HV1A 3EHSA 2AYSA 3CRBA 3HSTA 4YMAA 2R71A 2DWIA 2VOZA 1IIWA 2V93A 3IB2A 3OEMA 4ZE9A 3VXCA 2Q88A 2XD2A 1AMFA 4ZEBA 5AA2A 4XKRA 2VGQA 4HCWA 1USYH 3OELA 3PV0E 2DSFA 3PPRA 5H8FA 2Z8DA 5AA1A 3C34A 1QW0A 3RQTA 3ODBA 1PB8A 2DP8A 1B7UA 4BDRA 5F7VA 3LSXA 1B1HA 5I2KA 1ZTYA 3FXQA 1NH7A 3K1NA 1XVXA 5AA4A 1H45A 4YZZA 5H8QB 2REGA 3TEPA 2I0CA 2I6EA 1ANFA 1P1QA 2VD3A 3H4ZA 2OZZA 4U23A 1XHYA 2PVUA 3OOAA 4ISUA 2Y7PA 4F3BA 3RYBA 4GL0A 3CSGA 4R6HA 3T9UA 1FCKA 4EF1A 3IX1A 2B4MA 3PPQA 3DRFA 5I59B 3SEXA 4TLLB 2LAOA 1LSTA 1IXHA 2XX9A 2O1MA 3VV5A 3S9NC 3HHFA 4F1YA 2XHDA 2H99A 3RT6B 4MLVA 2Y7IA 3VE1B 5BUUA 4IO2A 3MVXA 5KZTA 4NF5B 1BLFA 4L17A 5DEXB 4ZS9A 3KN7A 5I57A 3ZS6A 5ISUA 1Y20A 1DOTA 2B3BA 1NKXA 4F19A 3K6XA 4U1ZA 4LZ7A 3EPEA 5HPQA 3H03A 3M3KA 3H3GA 1EZ9A 3G3HA 3H6TA 1TFAA 5CMBA 3TTRA 1Z7ME 5EHSA 3K6VA 4G8NA 3C31A 3KJ7A 1KWHA 1N7WA 4MLQA 4N07A 3HHGA 1LLSA 3FVNA 3VVDA 2UVGA 4ELPA 2HAUA 3MZ9A 1OQHA 1EH3A 4POXA 4NF8A 1USYE 4OXVA 4NF4A 1RKMA 4G77A 2DXRA 2GH9A 4RYAA 3PPPA 1QVSA 2DE3A 4TLMB 3N94A 3MVZA 3MP6A 4OZ9A 2THIA 4OTEA 2V84A 3CG3A 3IR1A 1B51A 5AA3A 3I5OA 3LSLA 2I49A 1LCTA 3O28A 1B6HA 2KLFA 1DMBA 2YJPA 4FEDA 2AIXA 4G8MA 4OYVA 2Y84A 1MQIA 4PP0A 5CRYA 3DRKA 1MQGA 3E13X 5I2NB 2CMOA 5IAIA 2A5TB 5J1DA 5CBSA 3RY3A 4LA9A 1GR2A 3LSFB 1HSEA 5I58A 2REJA 2HZKA 2UVJA 2Y7RA 3T96B 4EXKA 3OSQA 3I6VA 4NEDA 3OO7A 2ONRA 3OO6A 2DYXA 5KDTA 1BP5A 4P0IA 2DXYA 4ZDMA 3ZSFA 4IGRA 3O2AA 2DWAA 3PU5A 1NFTA 3UN6A 1H44A 3LR1A 3D4CA 3K1PA 3TMGA 4FORA 4PE5B 4FAJA 1MY1A 5CM6A 3RT8A 5JEIA 4YKKA 4C0RA 4PFYA 1PDAA 5H8NA 4LP2B 4E0XA 3B7DA 4GOTA 2V3UA 3RPWA 1A99A 4I1DA 2NWJA 2QRYA 1MQHA 3DRHA 1R6ZA 1FQDA 1QKAA 1B0LA 1OQGA 3GBAA 4DXCA 2NUVA 5HM4B 1B4ZA 3L6GA 1Y3QA 3MZBA 3IOTA 2UVHA 2XXRA 5A5XA 3G3FA 1Y9UA 4DLDA 4LQ2A 4YICA 2WOKA 5CMKA 3LC8A 1ATGA 1B3EA 2XXYA 3QYTA 1D3KA 3IOVA 4I8CA 3A3UA 2ABHA 1QKBA 4OHNA 2ZYKA 4G2ZA 3O6HA 4IGTA 2XXIA 1YTVA 2O7IA 4NWDA 4G68A 3FXRA 3R6UA 3TCHA 3RUMA 1LB8A 1MY0A 1BTJA 2YLNA 2AL5A 5ELVA 1QULA 2WKYA 3N6TA 4LZ5A 3ZKLA 3C9HA 3DRIA 4XXUA 1XS5A 3K01A 4PQJA 3DP8A 3MPKA 2XD3A 4RNSA 5B7DA 4DCXA 1I69A 5CMMA 4ESWA 3O66A 1FW0A 4YB6A 1II5A 1D9YA 5ITPA 4WKMA 3G3JA 2V3TA 5JK4A 2X7PA 3O29A 4P11A 3QK6A 4N6PA 1RYOA 1JW1A 1B52A 1LAHE 4MH5A 2O51A 2F34A 2F6GA 2VHAA 3PAMA 1TXFA 3W9WA 4GXAA 4AB5A 3B6WA 2PBWA 1B05A 4HTGA 4U4SA 1LGBC 2O1LA 2XXUA 4MFIA 4QHQA 1FTOA 2F7CA 3A3CA 4DE8A 4G8HA 2H25A 3K6WA 5EYFA 1MH3A 4M1VA 1EU8A 3JZJA 1N04A 2HQ0A 1MM7A 3FVGA 3VLWA 4YB5A 2F78A 5L8DA 3CIJA 1Y3PA 5DVIA 2ZYNA 5KCJA 2VP1A 4KYEA 3SDFA 4F22A 3O97A 3VXBA 3MJNA 3TCGA 2DQVA 5ICTA 2Q2CA 1HSLA 1M5EA 1H76A 1QUIA 4OEUA 4YKPA 4ZZEA 3QIMA 1T0KA 4QFLA 3KOSA 2GFEA 2DE4A 1URGA 3M3FA 2UXAA 3VVEA 3BBRA 4Q30B 3EHUA 3K6UA 3CHGA 3DELB 1UIVA 2QS1A 3OENA 2D5WA 5I56A 1IXIA 2I48A 1R1NA 3FVKA 3IJOB 3C36A 4O3CA 3FUZA 2RF1A 4NTLA 3S9LC 3TELA 4AQ4A 1MXYA 3N26A 1IZ1A 3C35A 2ZNSA 3TKDA 1B3FA 3RTWB 1SW4A 1M5FA 3PMXA 1DPEA 1B4HA 1SI0A 4XKPA 4H65A 5JTYA 2UYEA 4YMBA 4BDMA 3DP6A 4LATA 1M5CA 5TU0A 4RK9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWSA 1B9JA 1SW1A 4RY1A 4NX1A 4NG7A 3C33A 1FPIA 3LUYA 4G4PA 4HXVA 5I59A 1VR5A 4WEPA 4WXJA 4ECFA 4O3AA 3SEUA 3UORA 1NNFA 3UK4A 1ZIUA 1ZMGA 1IUDA 3U72A 4K3FA 1SQYA 3GLBA 1Y4CA 2CZKA 3S9EA 2XXHA 4XFEA 4FEBA 5L9MA 3KFMA 2F3BA 4JWXA 3H7MA 4H8IA 3K02A 1LEVA 1FTAA 5EYHA 5LOMA 4QFOA 3M8UA 2Z23A 5AA2B 1D9VA 2VD2A 1VFDA 4EXLA 1FPGA 2QJEA 4UABA 1B58A 4PE3A 2O7UA 1A7LA 1H3DA 4OETA 5H8FB 1BIYA 3ILUB 4JBZA 3RPLB 3CFXA 2P0SA 5TPAB 4X9TA 2Q8MA 3MWBA 4M4GA 4ZEDA 5EQ8A 2NVUB 2HFBA 1LFHA 1Z7NE 3MVYA 4R9FA 1L5TA 2WEFA 2ONSA 1DTGA 4PGNA 1OVBA 3I3VA 5I2KB 5I7IA 2ANJA 4LVQA 4IO5A 4HW8A 1YCJA 5AA4B 1FTMA 1ZJLA 4XF5A 3RLFE 1KA0A 1MY4A 3U65A 3EQ1A 4KD5A 4P3LA 1A40A 4OWDA 4ZE8A 4U1OA 1XVYA 1IMFA 1AIVA 4O3BA 5TP9B 1P1WA 4NWCA 4RPOA 4OQOA 5F24A 1VE4A 2PT1A 1GVCA 1FPEA 1RDYA 3KJTA 1JVXA 1INPA 3U92A 3OEKA 5CC2A 2QMXA 2BJIA 3T1BA 3BFUA 2I4BA 1FPJA 3TYHA 4H0WA 1N84A 1SBPA 4U21A 4LQ5A 4ZZAA 1Y1MA 1K9YA 2OWSA 4F3PA 4F39A 4PTKA 1N0TA 2P3VA 3AXFA 5DVFA 4P8BA 2RINA 1LBVA 5I57B 3PPOA 2G93A 4EQ7A 5FTIA 1J1NA 2H98A 3IK6B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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