1UQWA

Crystal structure of ylib protein from escherichia coi
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
AAKDVVVAVGSNFTTLDPYDANDTLSQAVAKSFYQGLFGLDKEMKLKNVLAESYTVSDDGITYTVKLREGIKFQDGTDFNAAAVKANLDRASDPANHLKRHNLYKNIAKTEAIDPTTVKITLKQPFSAFINILAHPATAMISPAALEKYGKEIGFYPVGTGPYELDTWNQTDFVKVKKFAGYWQPGLPKLDSITWRPVADNNTRAAMLQTGEAQFAFPIPYEQATLLEKNKNIELMASPSIMQRYISMNVTQKPFDNPKVREALNYAINRPALVKVAFAGYATPATGVVPPSIAYAQSYKPWPYDPVKARELLKEAGYPNGFSTTLWSSHNHSTAQKVLQFTQQQLAQVGIKAQVTAMDAGQRAAEVEGKGQKESGVRMFYTGWSASTGEADWALSPLFASQNWPPTLFNTAFYSNKQVDDFLAQALKTNDPAEKTRLYKAAQDIIWQESPWIPLVVEKLVSAHSKNLTGFWIMPDTGFSFEDADLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Zn binding protein
source organism Escherichia coli
publication title Crystal Structure of Ylib Protein from E.Coli
rcsb
molecule keywords PUTATIVE BINDING PROTEIN YLIB
total genus 120
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uqwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uqwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1uqwA02
5B7DA 4G8HA 1AMFA 1ZMGA 4GVOA 5AA2D 1JEVA 4H5GA 4YB7A 4BDLA 4BDOA 1MQDA 1P1UA 1M5FA 4OFJA 4YZZA 1A8EA 2FNCA 3G3GA 3PUYE 3VFJA 1SYHA 1N04A 2P1SA 2V84A 1A55A 2VHAA 4X48A 3DRGA 3KGCA 3KJTA 1QVSA 3MVYA 3EQ1A 1JW5A 3ZKLA 1MG1A 2X26A 3K0VA 4R72A 3O9PA 1NNPA 1Q1KA 5I84A 2ANJA 2HZKA 1JEUA 4ELPA 3QUFA 1Z7NE 3DM0A 1IITA 2QJEA 1AIVA 4RA1A 1B52A 1I6QA 3SEXA 4OYVA 3CFLA 4G8MA 3H3GA 4JXIA 2XD3A 4WXJA 4C0RA 5AA3A 1LFIA 2H99A 1OVTA 4DLDA 5H8QA 5DVFA 3K02A 4R74A 2YJPA 4JDFA 2QS3A 3OSRA 1Y1ZA 4LQ2A 1DMBA 3ZSFA 1GTKA 2GHBA 1F9BA 3K4UA 3B7DA 4TLMB 3SEWA 3SEYA 4RK9A 4OWDA 1LAFE 3S2VA 1QULA 3RYBA 3C34A 1YCJA 1SW5A 3LC8A 1TT1A 2XXPA 1SQYA 1A8FA 1QUKA 4GF8A 3BKIB 2UYEA 3OO8A 3R26A 2WOPA 2QS2A 2XX9A 4G77A 2PYYA 2Y7PA 4GIZA 3G7WA 5LOMA 4RYAA 1H76A 3AXFA 2Q2AA 3N5LA 1DOTA 2RINA 3IL1B 2H5YA 3OD7A 3TMGA 3CSBA 2ESNA 4L17A 4P0GA 3OELA 3T93B 2Y7RA 2O68A 2D3IA 1VR5A 3PPOA 3TODA 4NF5A 4NEDA 3IR1A 1AH5A 2R9JA 4MLQA 3KFMA 3Q27A 3H7MA 1MY2A 4NF4B 4U4XA 3G3IA 1NNTA 1PDAA 4WEDA 2RC8A 4OTEA 1QKAA 4GLIA 1YPNA 4I8CA 5H8FB 1B40A 4KYEA 4U1OA 3T66A 5ICQA 3SKPA 1B5JA 1WVJA 2DP8A 4QFOA 4RXLA 4OHNA 5HBCA 2F8DA 1HSLA 2H25A 2UVHA 3T9VA 5DYHA 1NH8A 3LR1A 3LSFB 2ZYNA 5DEXA 3IORA 2DOJA 2AL4A 4F29A 3FXUA 2O1MA 1O7TA 4ISUA 3DLNA 3DRHA 5H8SA 3H6TA 3FUZA 4JSDA 3TTMA 3RGYA 2I0CA 4R9FA 1FQEA 3KOTA 1MXZA 3RTWB 1I69A 4R6YA 1SDXA 5TP9B 1CE2A 3QK6A 4MFIA 3A3CA 2F35A 1MM6A 3TUSA 5K2XA 3CRBA 4AQ4A 1MPBA 3ILUB 3KSXA 4EXKA 1TWYA 3TQWA 3K6VA 2DYXA 1MS7A 1OVBA 3L6GA 3S9MC 4PFTA 3IK6B 4ZEIA 1QUJA 4X1DA 2IEEA 1GR2A 4OEVA 4YB6A 2O7UA 3LBSA 2PX1A 1MM7A 1Y4TA 2HZLA 1EH3A 4H0WA 1DSNA 5I2KB 3UK4A 3UN6A 2AIXA 1P1WA 5AE4A 2P2AA 4KCCA 3TELA 3PMVA 2HFBA 4FEDA 3MUQA 3B6WA 2Y84A 4TLLB 4O3AA 1SW4A 1US5A 3TTRA 2IA4A 1XC1A 3UGWA 2XXIA 3CI8A 3O6PA 3C9HA 1NL5A 3OEMA 2UYFA 1IIWA 3RQTA 2XD2A 2B4MA 3FTOA 2Q88A 4RK2A 2F7AA 1WODA 3MWBA 1XT8A 3FV1A 5DVIA 4F19A 2ZMBA 2Z8FA 3TCFA 3GBBA 1AOVA 2O1LA 3U72A 3U1OA 4GFRA 1NMUA 4YKPA 1M5BA 2ZNUA 3JYRA 1P99A 1USYH 4LZ8A 4ZEFA 4OVJA 1S7YA 2QMXA 3TPAA 2VD3A 5BUUA 1NKXA 3BFUA 3MVXA 5H8HA 4FECA 1JQFA 4XKNA 4EQ7A 1B0HA 3U94A 3JZJA 2QPQA 3O2AA 4PP0A 1GVCA 1MXVA 2RCBA 4OQOA 2F5XA 4R75A 4EQBA 4JB7A 1US4A 4Q0CA 1EZ9A 3H6UA 3K6XA 4FEBA 4DDDA 3T96B 4DXBA 3G3JA 3H6VA 4KQPA 4F1VA 5ICTA 4GWOA 2E1SA 4LONB 4XXUA 5KCJB 1Y1MA 4ZEDA 2D5WA 1B7ZA 2RF1A 2GH9A 5AA4A 3C31A 2OJTA 2NOOA 4OFLA 2PT1A 5JEIA 3RT6B 1Y3PA 4XIGQ 4ONYA 4YU0A 4DCXA 1JVXA 3HN0A 1B3HA 3R7XA 3K6UA 4H8IA 1QUIA 3DP6A 4P0IA 4JWOA 2O84X 4YKIA 1A54A 3IOWA 3GLBA 3EHSA 2DWHA 4Q30B 4I9DA 3C4MA 4QSCA 3OO6A 1N0TA 3DRJA 5IKBA 2F6PA 4F3PA 4DE8A 4ZS9A 5I56B 4EXLA 1MY4A 4EF1A 3HSTA 4IO2A 2B3FA 5KDTA 1A99A 1UTHB 1JW4A 3MPKA 3FASA 2FYIA 4GRKA 4DCYA 3IJXB 2XHDA 3USDA 1MXYA 4U4SA 2RC9A 3JV9A 1Y20A 2FA7A 4FORA 2GFEA 1SD3A 1B7UA 3SEVA 2X7QA 2HAUA 2DVCA 4LUBA 1I6BA 1DPPA 2UVGA 3LSXA 4KYDA 1B2HA 4F2QA 3S9EA 2F6GA 1MQHA 4F3GA 4HTGA 2CZLA 3K2DA 2H98A 2H4IA 4LVQA 4RJZA 1I6AA 2R71A 3PGFA 3B6QA 2XXXA 5I58B 5FHMA 3RN8A 4DZ1A 3KG2A 4U21A 2F97A 4H1XA 2PVUA 5I2NA 3T22A 1MPCA 2OBGA 4ZE9A 1MXXA 5KZTA 2DVZA 3C32A 4KHZE 1Y4CA 2I48A 5JTYB 4QFPA 2ABHA 4F2OA 3G3FA 5L9MA 3IO6A 4M1VA 1ZIUA 1LCFA 4IO7A 4THIA 3MVWA 4ZEKA 5EHSA 3DP4A 3PPQA 3VE1B 5CMBA 2QMWA 3IB1A 3PPPA 1LLSA 3WAEA 2P0SA 3V89B 4YMBA 3CSGA 1IUDA 3M3LA 5FTHA 1O63A 1BTJA 3SETA 3O6HA 3FXQA 1LCTA 4NF6A 3EN3A 5JK4A 4ZZAA 1XHYA 2I3WA 1KWHA 4EUOA 4JWXA 3IOTA 2WOLA 1HSEA 3HO7A 4OERA 3VLUA 1UTBA 3MW0A 2REGA 4XKRA 3K00A 1NH7A 1OQGA 3QSLA 4IO4A 1LFHA 1LBBA 1FTLA 5TPAA 2A5TB 2X7PA 2AL5A 2O6AA 3T9HB 3E3KA 1FCKA 3C36A 4XTCQ 2OWTA 2F7BA 1FQCA 4C1TA 4JWYA 3CR9A 4Z0IA 5DT6A 1B9JA 1TXFA 3FVOA 3EPEA 2BJJX 1B4ZA 2KLFA 1TFAA 3H6WA 1QW0A 2I58A 1FTKA 3CVGA 3OMBA 1DTGA 4RNSA 3D4GA 4NMYA 3W9WA 5H8NB 4FIMA 4QF9A 1B51A 3FIRA 4PFYA 3ILTB 3HV1A 3W9VA 3RY3A 5I59B 1POTA 2WOKA 1SBPA 3EHTA 1USYE 1HSJA 3FZVA 4OFOA 2XXTA 1FW0A 3DRKA 1TFDA 1B3LA 4IY5A 2V3TA 2LAOA 4RPOA 4RPNA 3TYHA 2PBWA 2NWJA 1SVXB 3B6TA 2DS9A 3V8XB 3PUZE 3OO7A 1FQFA 1VE4A 1FTJA 1Y3NA 4F1YA 5AA1A 2F36A 1S9TA 2PMSA 4ZECA 4BDRA 3H03A 3DRFA 3OSQA 1ATGA 2ZXTA 3U93A 1XVXA 3QUJA 3QXMA 3UP9A 4H67A 3MZ1A 4OXVA 3CG3A 5ISUA 3TFLA 3ZKKA 2G29A 1M5EA 2ZNTA 1MY1A 1PB9A 5J1DA 2QSXA 3HCQA 5A5XB 1LGBC 4PETA 1VSOA 2XXQA 2I3VA 5FTIA 2Z8EA 1B46A 2DWAA 1M5DA 2D21A 1UIUA 1OLAA 4F31B 2O69A 4UA8A 2V25A 4F18A 3R6UA 2R6GE 4ZDMA 3TZAA 2CMOA 2ZNSA 2DE4A 3TDJA 4H8JA 4N13A 2XXWA 1MRPA 1LBCA 1VFDA 4H5FA 1SYIA 1H3DA 1PB8A 1J1NA 1SW2A 4I1DA 4NF8B 3OOAA 3TTLA 1DTZA 1Y3QA 1EZOA 3RTFB 1MQJA 4YB5A 4YICA 1IXCA 4HW8A 1N7WA 1SI0A 1MXWA 2GHAA 1UIVA 1NFTA 1B5HA 3MJNA 1MY3A 3S9NC 1URGA 3RT8A 1IXIA 4FE8A 5I57B 4PFWA 2XX8A 3CIJA 3FVGA 4O3BA 3SESA 2B4LA 2DWJA 4IY6A 4QFKA 3O6IA 1Z7ME 4PFUA 2VGQA 4NF4A 1QJMA 4GL8A 3A09A 1FTOA 1T0KA 4K3FA 3E9XA 1B6HA 2NUVA 4PQJA 3Q28A 5CMCA 1N76A 3I3VA 2A5SA 4F3BA 1D4NA 3CFXA 2GRVA 3KEIA 3Q26A 3IOUA 5H8FA 4MBPA 1OLCA 3RYAA 2ZYKA 4LQ5A 4N6PA 2Q8JA 3MZ9A 1FQDA 2XX7A 3FVKA 3TCGA 4G2ZA 4KCDA 3SDFA 3Q29A 5L9SA 2Z8DA 4MH5A 1L5TA 4FATA 5BWJA 3QAXA 2WKYA 4YKJA 4X1BA 1PEBA 2I4BA 3MP8A 4IGRA 1RYOA 4G68A 4QSEA 2PT2A 3WAFA 2Q2CA 2ONSA 2I49A 3O6GA 1IEJA 2OWSA 3LSWA 1EU8A 4H65A 4G8NA 4IO5A 4POXA 3CFZA 1N3WA 4F22A 1QKBA 2F78A 1Q35A 3THIA 2NVUB 1IXHA 1BP5A 5CI5A 1PBPA 1D9VA 5H8QB 4YAHX 5L9OA 5TP9A 1MQGA 1B5IA 4TQUQ 1WDNA 1MH3A 2Z22A 4ZZEA 1ANFA 3KN3A 2RC7A 3BFTA 3G3HA 3EF7A 3N94A 3KZGA 4U23A 3PU5A 1OQHA 5ITPA 5CM6A 4LA9A 2M8CA 1DPEA 4KYSA 2B3BA 1B0LA 3IB2A 4AB6A 3UORA 1NNFA 1BKAA 1MY0A 4GL0A 2DSFA 4DXCA 4N07A 3ECRA 1SW1A 5I2KA 4ZEBA 2Y7IA 2HAVA 1B7HA 4IB2A 5AA2A 4X9TA 1VFEA 5HM4B 2UVIA 2O51A 1CB6A 1ZKBA 2XXYA 2NXOA 4KR5A 1URSA 4GXSB 1BLFA 4PE5B 1ZTYA 1R9LA 3FJ7A 3K1NA 1RYXA 5EHMA 5FHNA 3T9XB 2ZYMA 4NTLA 1A40A 1JVYA 4P11A 3IB0A 4ESXA 4IO3A 4XKQA 4NF5B 3RLFE 4NWCA 3FGSA 4JSOA 1ZBMA 4KD5A 1PBQA 3OXNA 4F3SA 3H06B 2QS4A 5HPQA 3D4CA 4M4GA 3E4RA 4JBZA 3K01A 3VLVA 1XS5A 3IOVA 3GBAA 1NNKA 4OENA 2HQ0A 4BLAA 3QYTA 3FXRA 4FJPA 2QS1A 3LSLA 1D9YA 4G4PA 4R6KA 4OESA 4U2RA 1N7XA 3PUXE 1ELJA 5CMKA 2Q9TA 1N84A 2XXHA 1B3FA 4GOTA 5DEXB 5B70A 3LVUA 4QRZA 4E0XA 2Q89A 3U8QA 2Z23A 2ONKE 5KCJA 1GGGA 3DP8A 4DIGA 4LATA 3PMWA 5CBSA 5CMMA 4R9GA 1XVYA 4C1UA 2HCAA 3P7IA 1B05A 5FHOA 5CBRA 2OK2A 2ZYOA 4TOZA 3TTKA 1P1NA 3MBPA 4U22A 3U92A 2QRYA 4HCYA 3A3UA 1B58A 1XOCA 3QIMA 3TQLA 1OIBA 3KOSA 3O66A 4DXUA 3VLWA 4BDQA 1R1NA 2HEUA 4H6DA 1LAGE 3VXBA 2DXRA 5I56A 1LFGA 3EHUA 1FQBA 5DTBA 4XKPA 4MF3A 1P1OA 3OENA 1UTHA 5TU0A 4EQ9A 4ECFA 3KN7A 2XXRA 4BDMA 3UA8A 4OEUA 1MQIA 3TKDA 3PAMA 4GD5A 3V83A 3BBRA 2V3UA 2V93A 1FTMA 3ONMA 3IAZA 2OZZA 3V5AA 4R2BA 1LAXA 1MDQA 4F39A 3I6VA 3C35A 3PMXA 4WKMA 1S50A 3OO9A 4HCWA 2YLNA 2YPNA 3I5OA 3HHFA 1MXUA 1H45A 4KFQA 2RKMA 4YMAA 4LP2B 3K1MA 1O64A 5L8DA 5I58A 1AL3A 4FAJA 3MC2A 3VV5A 3HHGA 1B3EA 1PB7A 3MP1A 4E0WA 1JW1A 5ELVA 3T9UA 3PPNA 4GXAA 5H8HB 3S9LC 4MLVA 2OCUA 2DQVA 1Y9UA 4POWA 4Z7EA 1LB9A 3TTNA 3C33A 5JTYA 2VOZA 4WEPA 1B32A 4OZ9A 2DXYA 2UVJA 1JETA 5CRYA 4G68B 4UACA 3HPIA 2Y7KA 2DWIA 2VD2A 1PC3A 2AYSA 3FD3A 1EZPA 1BIYA 5DVJA 4R6HA 4QFNA 3O29A 4QFLA 1IXGA 4HS7A 5IAIA 5K2YA 3SERA 3E13X 1LSTA 3M8UA 5AA4B 3CHGA 1D3KA 1IQ7A 2A5TA 4NWDA 3N26A 1MH4A 4YKKA 1R9QA 1H44A 3FJGA 1M5CA 1ZJLA 3MAMA 1B1HA 3DELB 3PUVE 1MPDA 4Q8RA 1SI1A 4EF2A 2QL3A 2REJA 4KI0E 2F34A 3M3KA 4QHQA 2F7CA 2OLBA 3TCHA 2THIA 5CC2A 4ND9A 3PV0E 3MQ9A 4ELOA 3VVEA 4U1ZA 5F1QA 5AA2B 4G68C 4BDNA 3M3FA 5M2VA 3ZS6A 3VDFA 3CG1A 5H8NA 1B3GA 4R2FA 1LAHE 3UIFA 2DE3A 2ALUA 3IJOB 2H9BA 4ELQA 5I59A 1YTVA 1ZU0A 5KDTB 3KJ7A 2O7IA 3FATA 3H4ZA 3K6WA 2UXAA 3N6TA 1P1QA 3VVFA 3LUYA 3KBRA 4IO6A 3PUWE 1IZ1A 3PD8A 3VXCA 2E0SA 3RUMA 3L6HA 4OMBA 4ESWA 3TAJA 3RNNA 4F1UA 3IX1A 3SEUA 5F7VA 3FVNA 3F11A 1OMPA 3TEPA 2XXVA 4I62A 3KSJA 3GZGA 3W15C 2V3QA 4ZE8A 3OEKA 3ODBA 3K1PA 1LB8A 4IGTA 3FJMA 5I2NB 1II5A 1N3XA 1POY1 4NE4A 1UQWA 1B1XA 2I6EA 3PD9A 2I0BA 5A5XA 3MVZA 2VP1A 1JNFA 3O28A 3RPWA 1URDA 1FQAA 3GXAA 2Y7WA 4EDPA 3KN8A 1A7LA 2G93A 1RKMA 2XXUA 3N6UA 1ZLQA 3Q25A 3DRIA 1R6ZA 5ITOA 3FV2A 4OETA 4RY1A 4KPTA 4ELRA 3MP6A 2ONRA 4O3CA 4Q5TA 1B4HA 2B65A 3PPRA 4GQOA 1MDP1 3IO4A 3O97A 4AB5A 4NF6B 3G3KA 4NF8A 1H43A 4LZ7A 1GV8A 3VVDA 1UTBB 2W7YA 2HXWA 5EYFA 3MZBA 4R73A 3MPLA 5TPAB 1YAEA 4QSDA 2I4CA 2RCAA 5I57A 4LZ5A 3S4UA 2DE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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