1UQWA

Crystal structure of ylib protein from escherichia coi
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
AAKDVVVAVGSNFTTLDPYDANDTLSQAVAKSFYQGLFGLDKEMKLKNVLAESYTVSDDGITYTVKLREGIKFQDGTDFNAAAVKANLDRASDPANHLKRHNLYKNIAKTEAIDPTTVKITLKQPFSAFINILAHPATAMISPAALEKYGKEIGFYPVGTGPYELDTWNQTDFVKVKKFAGYWQPGLPKLDSITWRPVADNNTRAAMLQTGEAQFAFPIPYEQATLLEKNKNIELMASPSIMQRYISMNVTQKPFDNPKVREALNYAINRPALVKVAFAGYATPATGVVPPSIAYAQSYKPWPYDPVKARELLKEAGYPNGFSTTLWSSHNHSTAQKVLQFTQQQLAQVGIKAQVTAMDAGQRAAEVEGKGQKESGVRMFYTGWSASTGEADWALSPLFASQNWPPTLFNTAFYSNKQVDDFLAQALKTNDPAEKTRLYKAAQDIIWQESPWIPLVVEKLVSAHSKNLTGFWIMPDTGFSFEDADLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ylib Protein from E.Coli
rcsb
molecule tags Zn binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords PUTATIVE BINDING PROTEIN YLIB
total genus 120
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1uqwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1uqwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1uqwA02
3UIFA 4RPOA 3TTLA 1XHYA 3VLVA 5IKBA 3TCHA 3WAFA 3IJXB 3TKDA 3I3VA 3T9UA 2QJEA 4F3SA 4NMYA 1B58A 2DWAA 1BKAA 2ONSA 2F97A 3PPNA 4ESWA 4PQJA 4U1OA 4TOZA 1MH3A 1SI1A 5IAIA 5CMKA 4HW8A 1I6AA 1BLFA 4UA8A 4ZS9A 5I58A 3EHUA 3CVGA 3SETA 4F3PA 3FJMA 5I59A 2F7BA 3V83A 4YKPA 1SW5A 1NKXA 3MQ9A 3K1MA 2O1MA 4GL0A 4WXJA 1A54A 2O69A 3G7WA 1HSEA 4KHZE 4R73A 2A5TB 4XTCQ 3VVFA 3UORA 4Z0IA 5AA2A 2DXYA 3MVYA 4ZDMA 4LZ5A 2PX1A 1B3EA 1Y9UA 3LSFB 1FQEA 4FIMA 2B3BA 1NH7A 4F3GA 1IITA 5KDTB 1B5IA 3VDFA 5DVJA 4QF9A 4YICA 4IO4A 4HCYA 3PUZE 2GH9A 3R26A 4KCDA 5AE4A 3C4MA 4KI0E 3RT6B 2X7QA 4EQ7A 3RTWB 4DCXA 1LFHA 2V84A 5CBSA 1B52A 4YU0A 5CRYA 2IA4A 3RUMA 4F22A 4NF5B 4GFRA 2AIXA 2QL3A 1EZPA 1DTZA 2G93A 1OIBA 5J1DA 3DP4A 2DWHA 1USYE 3T9XB 3ZKLA 1MM7A 1OMPA 3PMWA 3QSLA 5F7VA 5JEIA 1AIVA 2XXRA 5K2YA 3SESA 4BDRA 4JB7A 1JW1A 4ISUA 2B4LA 3Q25A 2ANJA 2X7PA 1BP5A 3OELA 1DPPA 2V3QA 1TWYA 1P1WA 3OEKA 5L8DA 1MXYA 4ESXA 4DCYA 3RN8A 4YB5A 3N26A 1MDP1 2Y7WA 4U4SA 4DXUA 3U72A 2A5SA 2Q88A 3Q28A 4YZZA 3ILUB 3SEXA 5TP9B 2VGQA 3SERA 1IZ1A 4O3BA 2CZLA 4LQ5A 3VVDA 4QHQA 3HSTA 2HCAA 3FVOA 4I9DA 3VFJA 2HEUA 3UP9A 3MZ9A 1MRPA 3OO6A 4I1DA 1IXCA 5H8FA 4F31B 4OWDA 5I57B 3TQLA 3U94A 4GWOA 1OQGA 3C32A 3K6UA 1LAHE 4OHNA 5DVIA 1MQGA 4JSOA 3O6HA 1P1OA 4ELPA 3V8XB 3MPLA 3FV2A 1MPCA 2DSFA 3PUVE 4OESA 1N3XA 3VXCA 4F2OA 3P7IA 1D3KA 2M8CA 4ELQA 1MG1A 2E1SA 2F7CA 5AA3A 3HHFA 2XXXA 3CG3A 1H45A 3WAEA 1N7XA 1LAGE 1RYOA 3FVGA 4QRZA 1SYIA 2RCAA 3U1OA 1GR2A 3VXBA 2D3IA 4YKKA 3TMGA 3K0VA 4QSEA 2V3UA 2B3FA 1BIYA 5AA4A 1FW0A 1FQAA 3MWBA 3GXAA 2H25A 3S4UA 2I0BA 4GL8A 1Y3NA 1M5FA 4PETA 2NWJA 2PYYA 3PAMA 2F6GA 3DRHA 1D9YA 2Y84A 4GXAA 3M8UA 4DLDA 4XXUA 3RLFE 2WKYA 1MXWA 4F29A 2V25A 3QUFA 3IR1A 4KCCA 3HCQA 3FVNA 1JETA 3TTRA 5JTYA 3K6XA 5DT6A 5KCJB 3K1PA 1MPBA 3K6VA 1GTKA 4R6HA 4EQ9A 1JVXA 4O3AA 1B4ZA 2O84X 2ONKE 3O66A 4JBZA 2P1SA 3IO4A 1B1XA 4RYAA 2PT2A 5I2KB 1GV8A 1I6QA 3VLUA 1ZU0A 3TEPA 3U93A 1FTLA 1NNKA 5EHSA 4OENA 1PB9A 4EXKA 1WODA 1S50A 1SYHA 3FXQA 3PUWE 3MVZA 1B7UA 1IXGA 3FJ7A 3M3FA 4C0RA 5HM4B 3IB1A 3JYRA 3GBAA 2QMWA 4F19A 2PT1A 3DRKA 3MW0A 3CFZA 5CM6A 3RQTA 1SW1A 1FTKA 4U23A 3OSRA 3EQ1A 4DXCA 2QS2A 2Y7PA 4RNSA 4LVQA 2VOZA 3IO6A 2B65A 1II5A 1N3WA 3KG2A 4G68C 1MM6A 3FV1A 2OCUA 1PB8A 5H8QB 3G3KA 5TPAA 2O1LA 2QRYA 3KSJA 3T22A 1UTBA 1ZLQA 1IIWA 1TXFA 1JW5A 2H5YA 2VD2A 2ZNUA 3K01A 4EF2A 2YLNA 2ZYKA 3RYBA 4Q8RA 3TCGA 3B6TA 4R74A 4POWA 4X9TA 2D5WA 1P1UA 2QS1A 4KYDA 2XXIA 3DRGA 4XIGQ 1XT8A 4YKJA 1B2HA 1S7YA 2Y7KA 2WOPA 3H06B 1AOVA 3CHGA 1LFIA 1FCKA 3T9VA 2F78A 1B6HA 5L9OA 3UA8A 4EF1A 4MBPA 2WOKA 3IK6B 4KFQA 4KD5A 5EYFA 5I2NB 5DTBA 3QK6A 1H44A 3EHTA 3O6IA 4R2FA 4P0GA 4PP0A 4H8IA 5CBRA 2RKMA 1RYXA 2GRVA 1URSA 3KBRA 4GRKA 3VVEA 1N76A 5BWJA 4X48A 2R6GE 3ODBA 4R6YA 4MFIA 1N04A 3MUQA 3OOAA 4EXLA 4FJPA 5FHMA 1OLAA 3F11A 3C36A 3MBPA 4G8MA 3IJOB 2VP1A 4ONYA 5I56B 2HFBA 4OTEA 1ZKBA 1QJMA 1US4A 2I4BA 2ZMBA 3LSLA 4ZEBA 2NOOA 3MP8A 1KWHA 5HPQA 1PBQA 4IGRA 3TCFA 2RCBA 3C9HA 1A8EA 3M3KA 1CB6A 2I48A 4R9FA 2Z8DA 1VFEA 1P1QA 3CFLA 4R9GA 4YMAA 3TYHA 3FATA 1AL3A 1UTHA 3TTKA 3CR9A 3KGCA 2UYEA 3HHGA 1B3GA 1MDQA 2UVGA 1M5EA 1SI0A 3V89B 3K4UA 1NH8A 1R1NA 1QW0A 2ZYNA 2QS4A 1SBPA 3TFLA 3TDJA 4OEUA 1JVYA 1R6ZA 2I4CA 3RYAA 1AMFA 3Q26A 1GVCA 4GQOA 3LSWA 5CMMA 1CE2A 3O28A 4F18A 4THIA 1PC3A 4K3FA 2XXTA 1XS5A 3E13X 3GZGA 4ECFA 5H8HA 1PEBA 1MXXA 4TLMB 3RY3A 3BFUA 4QSDA 4NF6B 4NTLA 3CI8A 2HQ0A 3MVXA 4X1BA 3E3KA 1A7LA 1YPNA 4AQ4A 3QYTA 4NF4B 4KPTA 1POY1 3N5LA 4XKQA 2B4MA 3KOTA 4NF8B 3S9LC 4FECA 4N07A 4OQOA 3IL1B 2OJTA 1LCFA 2F35A 1XVYA 2XX8A 4TQUQ 4LONB 1Z7NE 2FYIA 3HPIA 4JWXA 3SEYA 1MXVA 4U21A 2ABHA 2G29A 5M2VA 1YCJA 1B05A 1XC1A 3MVWA 1BTJA 1O64A 4ZE9A 4FAJA 2E0SA 4ZECA 5I84A 3L6HA 2YJPA 1MQHA 3PPOA 1EZ9A 2PMSA 4R72A 1NFTA 3Q27A 4LATA 3TZAA 3FZVA 2XXWA 4NE4A 1LBBA 3KSXA 4FORA 3IOUA 3FD3A 3K2DA 2F5XA 3HO7A 2FA7A 4F1UA 2PBWA 4IO5A 3RPWA 3RNNA 4M4GA 1Y4CA 1FQDA 3BFTA 4JXIA 2GFEA 4NF5A 1EZOA 4N6PA 4U2RA 1SW4A 3PPQA 4LA9A 2I6EA 1Y1MA 1H43A 2Y7IA 4G68B 1URDA 3S2VA 3H6WA 5LOMA 3IAZA 3HV1A 1S9TA 1B4HA 4P11A 3OMBA 3KZGA 1OVBA 4QFNA 2F6PA 4YAHX 1HSJA 5B70A 2XXHA 2R71A 4OETA 5ELVA 1PB7A 1NMUA 3KJTA 4FE8A 4LZ7A 4ZZEA 3H4ZA 1Y3PA 3O2AA 5FHOA 2LAOA 3MAMA 2F34A 1A8FA 1VR5A 4BDNA 3S9EA 3IORA 2XX7A 4BDMA 1IUDA 2HXWA 1QULA 4E0WA 4HS7A 2O7UA 4GVOA 1O63A 3B6QA 3IB0A 3CSGA 3OO8A 3FUZA 3MZ1A 1FQCA 3W15C 5TP9A 3DP8A 2ZYOA 2FNCA 1OVTA 2HAUA 4OFOA 3OXNA 4H5FA 3PPPA 2AL4A 3FGSA 3I5OA 3CSBA 3V5AA 4UACA 3PUXE 5I57A 3R6UA 3T66A 3D4CA 2UYFA 2UVHA 3U8QA 3LR1A 1J1NA 3QXMA 2OBGA 4GF8A 1Y1ZA 3HN0A 4IO2A 2I0CA 2DWJA 3AXFA 1YTVA 3DM0A 3D4GA 2UXAA 3MJNA 3K00A 3IB2A 1MQIA 3TTNA 4OFJA 3CRBA 4OMBA 2QSXA 3SKPA 3TELA 4R75A 3ZS6A 4BDOA 1IEJA 2F7AA 4RJZA 5FTIA 3A3CA 4WEDA 2KLFA 2H99A 1LGBC 2AYSA 3IOVA 1B9JA 1MY3A 4U1ZA 4RXLA 5TPAB 1XOCA 1XVXA 4F3BA 1JW4A 2XD2A 3KEIA 2DOJA 1B32A 3SDFA 2HAVA 3S9MC 4GLIA 1B5JA 3H6TA 1SW2A 4QFKA 1EH3A 3C31A 4PE5B 3ILTB 4F2QA 5DEXB 1LB9A 4TLLB 1UIVA 2XXPA 4PFWA 2REJA 2H4IA 3H3GA 1LB8A 5KCJA 1B0HA 1ANFA 1JEUA 2QS3A 2DYXA 3O6GA 3G3FA 3M3LA 3K6WA 1N84A 2HZKA 4G8NA 2UVJA 4I8CA 4H65A 1RKMA 4IGTA 5I2KA 3ZSFA 3KJ7A 5AA2D 4F1YA 1F9BA 1Y4TA 5A5XA 4F39A 4PFTA 2IEEA 4LZ8A 1P1NA 4MLQA 5H8NA 3DELB 4P0IA 1Q1KA 3GBBA 4DE8A 4KYSA 3EF7A 3W9VA 5TU0A 1MY2A 2DE2A 1MH4A 4H67A 1FTOA 1ELJA 2P2AA 2VD3A 3MP6A 4EUOA 1OLCA 3KN3A 3KN8A 1QUJA 1MXZA 2WOLA 4NWCA 4X1DA 2UVIA 4L17A 5I58B 1B0LA 1MY4A 1JNFA 1A40A 3K1NA 5ICQA 5I59B 5H8QA 4N13A 3LSXA 3SEVA 1MPDA 4NEDA 3U92A 4JWOA 4ELOA 4G4PA 2I3VA 2P0SA 1POTA 1I69A 2XXUA 3H6UA 4DXBA 4QSCA 3OEMA 2OLBA 4OZ9A 5EHMA 4H1XA 4Q5TA 3MC2A 3TTMA 2OK2A 3DP6A 4MF3A 4HTGA 1R9LA 1LSTA 3EHSA 2AL5A 2DE3A 5B7DA 5AA2B 1LBCA 1B40A 2GHAA 2I58A 2OWTA 5F1QA 3O29A 4AB6A 1SQYA 5H8HB 2F8DA 3LBSA 1PDAA 1AH5A 5I2NA 1Q35A 3KOSA 1B7ZA 2R9JA 1LCTA 3RTFB 1HSLA 3BBRA 3THIA 1ZIUA 2BJJX 4GOTA 1FQBA 1QUKA 4YB7A 4KYEA 3SEWA 3VLWA 2DWIA 1NNFA 2Y7RA 3OO7A 1R9QA 3DRFA 5DYHA 3H7MA 3PD8A 1B46A 1SDXA 2I3WA 4F1VA 5I56A 3RT8A 4OXVA 2RC9A 4IY6A 4NWDA 3SEUA 4ZE8A 4JWYA 1JQFA 1NL5A 5L9SA 4Q30B 4H8JA 3QIMA 4POXA 4RY1A 3TODA 3MP1A 1ZBMA 4C1TA 2YPNA 4M1VA 1A55A 1A99A 3FASA 1MY1A 4KQPA 3BKIB 1FQFA 1L5TA 2RC8A 4EDPA 4OVJA 1B1HA 1ATGA 3DRJA 1M5DA 1D9VA 1FTMA 3CG1A 4Z7EA 4G2ZA 4O3CA 1WDNA 2D21A 3W9WA 4XKNA 5ISUA 2A5TA 2DVZA 1N7WA 3CIJA 1M5BA 1ZTYA 4RA1A 3Q29A 2Q2CA 1URGA 2DS9A 2ALUA 1ZJLA 3QAXA 5H8FB 5DVFA 2DVCA 2OWSA 3ECRA 1O7TA 3MZBA 4MLVA 5ICTA 1B51A 3USDA 3FIRA 5H8SA 5BUUA 4LUBA 5KDTA 4WEPA 2XD3A 4NF6A 1DTGA 4G77A 2O68A 4H5GA 4MH5A 1QKBA 5JK4A 1FTJA 1DSNA 3UK4A 4NF4A 3UN6A 1MXUA 4JDFA 4NF8A 2H98A 3FVKA 5AA1A 4BDQA 1IXHA 3A09A 1IXIA 1SD3A 5CMBA 1NNTA 2RINA 4OYVA 2RC7A 1TT1A 2OZZA 4RK2A 5KZTA 4YMBA 3LUYA 5AA4B 3G3JA 3PD9A 3QUJA 1N0TA 3PGFA 2THIA 5CC2A 1VE4A 2Z8FA 4LP2B 3LC8A 3IOWA 4ELRA 2XXYA 3JV9A 3N6UA 3L6GA 1USYH 1QVSA 3O6PA 4IO7A 4XKRA 2O51A 1VFDA 3EPEA 5FHNA 2DE4A 4GXSB 4OEVA 2V93A 5JTYB 1IQ7A 1H76A 3VV5A 3ZKKA 4YKIA 4H0WA 2I49A 4RPNA 4AB5A 3OD7A 1GGGA 3I6VA 2XXQA 3OENA 4ZZAA 2Q8JA 3JZJA 4QFLA 5K2XA 3N6TA 2F36A 4ZEFA 5CMCA 4IY5A 3ONMA 2CMOA 3E9XA 4ZEIA 3E4RA 4G68A 3FXRA 3G3GA 1Y3QA 1B7HA 4U4XA 5CI5A 1TFAA 1JEVA 3TUSA 2ZNTA 3K02A 1VSOA 2NVUB 3C34A 3TQWA 3T96B 2Z23A 1QKAA 1DMBA 1Y20A 4LQ2A 3G3HA 1NNPA 5FTHA 3TPAA 3CFXA 1SVXB 4DZ1A 3MPKA 4U22A 3O97A 1DOTA 2XHDA 3IOTA 1MQDA 4IO3A 1B3FA 3EN3A 4ZEKA 1EU8A 1P99A 2NXOA 2O7IA 3PMVA 2PVUA 2RF1A 1B5HA 2Q2AA 2Z8EA 2ONRA 1UTBB 3T9HB 4FATA 1MY0A 1M5CA 2QPQA 5A5XB 3R7XA 3T93B 1Z7ME 4EQBA 3DRIA 3OSQA 1UQWA 5H8NB 3PMXA 1PBPA 4E0XA 1LAXA 2Z22A 2Q89A 3C33A 1H3DA 3PPRA 2Q9TA 2XXVA 1ZMGA 2ESNA 3IX1A 2DQVA 5ITOA 2V3TA 3B6WA 1T0KA 4FEBA 4BLAA 3A3UA 4ND9A 4XKPA 1I6BA 1LAFE 1B3LA 4I62A 3VE1B 1TFDA 3H6VA 4KR5A 3N94A 4GIZA 1LLSA 4C1UA 2GHBA 4WKMA 5HBCA 3FXUA 4DIGA 4QFPA 2DXRA 3S9NC 4JSDA 3KN7A 4GD5A 2ZXTA 4H6DA 4PFYA 2VHAA 2REGA 4R6KA 2DP8A 2ZNSA 4R2BA 1OQHA 4BDLA 5ITPA 3DLNA 4Q0CA 3O9PA 1D4NA 3B7DA 3FTOA 3G3IA 3PUYE 1MS7A 1YAEA 4G8HA 2W7YA 5DEXA 1LFGA 3RGYA 4QFOA 3PU5A 1QUIA 1WVJA 2HZLA 4OFLA 4IB2A 3TAJA 3C35A 1B3HA 4OERA 4IO6A 3GLBA 4FEDA 4YB6A 1UTHB 4HCWA 1DPEA 3H03A 2NUVA 1MQJA 3FJGA 3PV0E 2QMXA 4PFUA 3KFMA 1UIUA 5L9MA 2X26A 3OO9A 2O6AA 2ZYMA 4RK9A 3LVUA 4ZEDA 4DDDA 3UGWA 1US5A 2H9BA 2XX9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G0IA 3UIFA 4RPOA 3TTLA 1XHYA 3VLVA 5IKBA 3TCHA 3WAFA 3IJXB 3TKDA 4N17A 3I3VA 3T9UA 2QJEA 4F3SA 4NMYA 1B58A 5J16A 2DWAA 1BKAA 2ONSA 2F97A 3PPNA 4ESWA 4PQJA 2VT5A 4U1OA 4TOZA 1MH3A 1SI1A 2CEYA 5IAIA 5CMKA 4HW8A 1I6AA 3LUZA 1G0HA 1BLFA 4UA8A 4ZS9A 5I58A 3EHUA 3CVGA 3SETA 4F3PA 3FJMA 5I59A 2F7BA 3V83A 4YKPA 1FRPA 4MEVA 1SW5A 1NKXA 3MQ9A 3K1MA 2O1MA 4GL0A 1FPJA 4WXJA 1A54A 1NUWA 2O69A 3G7WA 1HSEA 4HE0A 4KHZE 4R73A 2A5TB 4XTCQ 3VVFA 4PE3A 3UORA 4Z0IA 5AA2A 2DXYA 3MVYA 4ZDMA 4LZ5A 2PX1A 5F24A 1B3EA 1Y9UA 3LSFB 1FQEA 4FIMA 2B3BA 1NH7A 4F3GA 1IITA 5KDTB 1B5IA 3VDFA 5DVJA 4OVSA 4QF9A 4YICA 4IO4A 4HCYA 3PUZE 2GH9A 3R26A 4KCDA 5AE4A 3C4MA 4KI0E 3RT6B 2X7QA 4EQ7A 3RTWB 4DCXA 1LFHA 2V84A 5CBSA 4HE1A 1B52A 4YU0A 5CRYA 2IA4A 3RUMA 4F22A 4NF5B 4GFRA 2AIXA 2QL3A 2KR0A 1EZPA 1DTZA 4NG7A 2G93A 1OIBA 5J1DA 3DP4A 2DWHA 1USYE 3T9XB 3ZKLA 1MM7A 1OMPA 3PMWA 3QSLA 5F7VA 5JEIA 1AIVA 2XXRA 5K2YA 3SESA 4BDRA 4JB7A 4I3YA 1JW1A 4ISUA 2B4LA 3Q25A 2MKZA 2ANJA 1NUZA 2XWOA 2X7PA 1BP5A 4I40A 3OELA 1DPPA 2V3QA 1TWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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