1XOCA

The structure of the oligopeptide-binding protein, appa, from bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
Total Genus 165
100200300400500020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
504
structure length
504
Chain Sequence
KPQQGGDLVVGSIGEPTLFNSLYSTDDASTDIENMLYSFLTKTDEKLNVKLSLAESIKELDGGLAYDVKIKKGVKFHDGKELTADDVVFTYSVPLSKDYKGERGSTYEMLKSVEKKGDYEVLFKLKYKDGNFYNNALDSTAILPKHILGNVPIADLEENEFNRKKPIGSGPFKFKEWKQGQYIKLEANDDYFEGRPYLDTVTYKVIPDANAAEAQLQAGDINFFNVPATDYKTAEKFNNLKIVTDLALSYVYIGWNEKNELFKDKKVRQALTTALDRESIVSQVLDGDGEVAYIPESPLSWNYPKDIDVPKFEYNEKKAKQMLAEAGWKDTNGDGILDKDGKKFSFTLKTNQGNKVREDIAVVVQEQLKKIGIEVKTQIVEWSALVEQMNPPNWDFDAMVMGWSLSTFPDQYDIFHSSQIKKGLNYVWYKNAEADKLMKDAKSISDRKQYSKEYEQIYQKIAEDQPYTFLYYPNNHMAMPENLEGYKYHPKRDLYNIEKWWLAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
publication title The structure of the oligopeptide-binding protein, AppA, from Bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligopeptide-binding protein appA
total genus 165
structure length 504
sequence length 504
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1xocA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xocA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1xocA02
2OWSA 2Z22A 3IX1A 1TFDA 4Q8RA 5I59A 3MVZA 3N6TA 4BDMA 5DVFA 3D4CA 4WEPA 2XXRA 1A99A 1CB6A 3K6XA 1B0HA 4G68B 5DT6A 4R2BA 1LGBC 3OELA 1JVXA 3OMBA 2B4LA 2QJEA 1YAEA 4IGTA 1Y4CA 3CR9A 1IUDA 4I8CA 1MS7A 1YPNA 3U8QA 1GGGA 3WAFA 2Q2AA 4IY5A 3VE1B 1BKAA 3VLVA 4IY6A 1MDQA 4NF5B 1MY3A 4ZECA 3H06B 4DCXA 2NUVA 3LSWA 3PMVA 3K6UA 5L9MA 5FHMA 5J1DA 2IEEA 2UXAA 4M4GA 4ELQA 1HSLA 3RTWB 1USYE 3MPLA 5IKBA 3MP1A 4XKPA 2HQ0A 2OJTA 4Z7EA 3G3IA 4PFWA 2ZYMA 2F7CA 2AL5A 1N3XA 5KDTB 2GFEA 4YAHX 1P1NA 5CMKA 2DVCA 3PUVE 3G7WA 2A5TA 1AL3A 2PBWA 5BWJA 1URGA 1FW0A 1WVJA 3H6VA 4FORA 3O6PA 4KYEA 1MQJA 2F97A 5DYHA 1NH8A 5CBSA 2AL4A 1OQHA 1LB8A 3TYHA 3O2AA 1LFHA 2WOLA 3K1NA 4P0IA 3OO9A 4F1UA 2RC7A 1TT1A 3TCHA 1J1NA 5EHSA 3KBRA 4R6HA 1MM7A 1Z7NE 1MXVA 1PB7A 3RYAA 3I5OA 4U22A 3CFZA 4KQPA 2DE3A 4F3BA 4GWOA 5CMMA 4IO2A 1JQFA 4ZEIA 3C34A 3SEUA 2XXTA 3S9MC 3FASA 1HSJA 3O28A 3KG2A 1NL5A 4Q30B 2ZXTA 4KCDA 2F78A 3C32A 1SW4A 2QPQA 4LZ7A 3DRJA 4JBZA 2Q89A 1UTHB 1Y4TA 3I3VA 3IB2A 2W7YA 4NMYA 3HO7A 2UVJA 1H43A 3ILTB 2Z8DA 3BKIB 3W9WA 1N0TA 3K1MA 3RT8A 1IXIA 1LFGA 2RCAA 3VLWA 4G68C 2VP1A 1SI0A 5CMBA 2YLNA 3A3UA 3TMGA 4OFJA 1SW2A 4KHZE 3QK6A 3DRIA 1B7UA 3D4GA 4NE4A 1P1QA 3OEKA 4O3CA 1FTKA 1JW1A 1POTA 3MQ9A 3PU5A 3GLBA 4NF5A 4I9DA 3K6WA 2VHAA 3GBAA 5H8HB 3TTKA 3FUZA 3E9XA 4F31B 4NF8B 1B1HA 3K6VA 4M1VA 2XXYA 4FIMA 1D3KA 3UORA 3N94A 5AA1A 1OIBA 3TQWA 1R9QA 4QF9A 2UYFA 3E13X 1OMPA 1MDP1 4F22A 3RLFE 2XXQA 3OO8A 3PPOA 2HAUA 1H3DA 4ZDMA 4IO4A 2G29A 4H8IA 4P0GA 3H6WA 1JEUA 3JYRA 1BP5A 5KDTA 1QUJA 3TTNA 3T22A 3E4RA 1SYIA 4MFIA 4TLMB 5AA2B 3H6TA 1FQCA 3KSJA 3F11A 4OQOA 3EHTA 1VSOA 3V5AA 2QSXA 4RA1A 3B6WA 1OVBA 3KGCA 1QKAA 1IEJA 1S50A 4YKJA 3BFUA 1QW0A 3SDFA 1LCTA 2Q88A 3S9NC 3FATA 2O6AA 4U21A 3OSRA 4LUBA 1PC3A 1JW5A 3FV2A 1XT8A 1XHYA 2QS3A 1SQYA 4KYDA 4TLLB 2Y7RA 3FJ7A 3LC8A 5KCJA 1JETA 5H8QB 3AXFA 4JDFA 5ELVA 3TKDA 2DYXA 2F34A 1D4NA 3R26A 1FTJA 3FZVA 5CI5A 4OERA 5ITPA 1UTHA 2WOKA 1O7TA 3CSBA 3FXUA 3MZ9A 3O6HA 2RKMA 3CIJA 4JSOA 5F7VA 4DE8A 2Y7WA 4OETA 1XVYA 1B46A 4OENA 4NF6B 3FJMA 2O51A 1PEBA 1MPDA 2RC8A 5DTBA 2XXUA 1YTVA 4YB5A 2QS1A 3T9HB 4BLAA 3L6GA 3W9VA 3TTMA 4AQ4A 1DMBA 1VFEA 1N84A 2RC9A 4ZEBA 1EZ9A 4HW8A 3KOSA 3DRKA 5H8HA 1MH3A 2H5YA 4HS7A 4MLQA 3IOTA 4H8JA 1IZ1A 2I4BA 3TTLA 5A5XA 3TTRA 3S4UA 3OOAA 3QXMA 3T9VA 4FEDA 4FAJA 4ZE9A 1ZTYA 4LA9A 1S9TA 3U72A 4F2OA 1B32A 4THIA 3CG1A 2ZNTA 4LQ5A 1MY1A 5H8FB 4IO3A 4ZZAA 3IO6A 3U93A 1US4A 3VXBA 5H8NA 1POY1 3W15C 3FTOA 3GXAA 3EN3A 4R73A 2XXXA 1UTBA 1NFTA 2UVGA 1PDAA 2X26A 2D3IA 1B9JA 1URDA 1LAFE 2QL3A 4C1UA 1Q35A 3ZKLA 4FE8A 2PVUA 2XD3A 4LZ5A 4NEDA 4FJPA 3MVWA 1NNTA 5DEXA 3ODBA 4F29A 3KZGA 4N13A 1HSEA 1AOVA 4F3SA 4U4SA 5H8QA 3FD3A 1LAXA 1MXUA 1TXFA 4OZ9A 4EQBA 3R7XA 2DSFA 3PUWE 4AB5A 3OEMA 4GFRA 1MQIA 3RTFB 4KFQA 3QUJA 3O9PA 5FTIA 1M5EA 1P1OA 4Q0CA 3M3LA 1B52A 3EF7A 1WDNA 2P1SA 4GOTA 3M8UA 3TPAA 4MBPA 2RF1A 1T0KA 3EHSA 2B3BA 4OWDA 2I0BA 4X48A 4H67A 1B2HA 4ZS9A 2H4IA 4JWOA 4C0RA 5TPAA 3PUZE 4KR5A 1A55A 2I3WA 4BDOA 5L9SA 3B6QA 3T93B 3E3KA 4ONYA 3G3FA 4G8MA 4EXLA 3SETA 2B65A 3M3KA 2X7PA 1SD3A 1NMUA 2PT2A 4GQOA 2F35A 5I56A 1A8FA 3S9EA 5I57A 4F2QA 4OMBA 2Q8JA 4JWXA 1LCFA 4EUOA 4RJZA 1FQFA 2RCBA 1TWYA 5EYFA 3PPRA 3PUYE 1UIUA 2Z8FA 4F3PA 4GLIA 2DP8A 4PETA 2ALUA 4FATA 4AB6A 4POXA 1H45A 4HCYA 2I0CA 4RK9A 2YJPA 2XD2A 2Y7PA 4F39A 1ATGA 5I2KB 4LVQA 2WKYA 2DE4A 3K4UA 5CRYA 1FTMA 4BDQA 5JTYB 4GL0A 2HZKA 5I58B 4U1ZA 3IK6B 1IXGA 1N04A 3IO4A 2F7BA 5I2NA 3DP8A 3PMWA 1US5A 1BLFA 2WOPA 2O7UA 1I6BA 4F3GA 4YKPA 4QSEA 4GXSB 1B3LA 3DRFA 4X1DA 2OLBA 1MQGA 3MVYA 3CFXA 4GXAA 1M5BA 3MZBA 4R9GA 1B51A 3PPNA 1ZJLA 3MZ1A 4QHQA 1MXZA 3C4MA 5DVIA 1FCKA 3ZSFA 4L17A 2O1MA 4TQUQ 3HSTA 4IO7A 4PE5B 4YKIA 1D9VA 1XS5A 4X1BA 4G68A 3MC2A 3IOUA 3FV1A 1ZLQA 1YCJA 1QKBA 2DWIA 3DP6A 2I58A 3FVGA 3TDJA 3MWBA 4KCCA 3QYTA 4ND9A 4RXLA 5JK4A 2HFBA 4KYSA 2V84A 2Z23A 3GZGA 4QFNA 1VR5A 3H7MA 1Z7ME 3IORA 2QMXA 2V93A 4YMBA 1PB9A 2OWTA 4QFOA 1QUKA 4H5GA 1LBCA 1P1UA 4K3FA 2KLFA 4C1TA 2PMSA 3S9LC 1UIVA 2QRYA 3IR1A 3C35A 4EF1A 4LONB 5AA2D 3IAZA 4X9TA 1GR2A 4DDDA 1H76A 4I62A 5ICQA 4H0WA 2V3QA 5I2KA 3HCQA 2ABHA 1RYXA 4GL8A 3HHFA 4JB7A 3TCFA 1IIWA 1USYH 2P2AA 3C33A 2B3FA 4Q5TA 1URSA 2QS4A 1I6AA 3P7IA 3H4ZA 2V25A 2R71A 3B7DA 1B05A 4R74A 1ZIUA 4YB7A 1SBPA 1SYHA 1P99A 1S7YA 1NH7A 2ZYKA 3K01A 5ITOA 2OCUA 2ONRA 3V89B 1N3WA 4KPTA 2FA7A 1RYOA 2ZYOA 3IJXB 1B7HA 4OFLA 3RT6B 1QULA 5CC2A 2O1LA 4IO5A 4O3BA 3OO7A 2E0SA 3C9HA 3VLUA 4DCYA 3FVKA 3USDA 1BIYA 2XXIA 4HTGA 2R9JA 3PGFA 3R6UA 4EQ7A 2GHBA 1B3GA 4BDRA 1IXHA 4R75A 3H6UA 4U23A 3THIA 4IO6A 5AA3A 4LP2B 2ZNSA 4NF4B 3TELA 4ELRA 2UYEA 3CSGA 4XKQA 1EU8A 4NWDA 2NXOA 1BTJA 5ISUA 3LR1A 3RPWA 3Q26A 3G3JA 3DM0A 3RYBA 4PQJA 2O84X 3ZKKA 4EDPA 4F18A 3VV5A 3UGWA 3KSXA 3TODA 1ANFA 2M8CA 4NF8A 4XKNA 2UVHA 4ZEDA 3RY3A 1NNKA 3CRBA 3PD8A 3JV9A 1FTLA 4BDLA 2DWAA 3O6IA 1XC1A 4XXUA 2ONKE 1WODA 2H9BA 4QSDA 2Y84A 2F8DA 2PT1A 2CMOA 3SEVA 4ZEFA 4TOZA 2VD2A 1DOTA 4RPNA 3TEPA 2DXYA 1QJMA 1OQGA 1P1WA 4I1DA 1CE2A 3LVUA 5I84A 3QUFA 2OK2A 5AA2A 1IQ7A 1DTGA 5L8DA 5M2VA 3MVXA 1EZPA 4U2RA 1VFDA 1QUIA 3LBSA 5K2YA 1DTZA 2A5SA 5LOMA 1MY0A 3CVGA 1DPEA 2REJA 4RNSA 4ECFA 4H1XA 4MH5A 4G77A 5BUUA 2P0SA 4QFPA 3K00A 2XX7A 4PFTA 1SW5A 3CI8A 3LUYA 3DRGA 4PP0A 4GVOA 3OENA 3FXRA 3Q25A 5HPQA 4OFOA 1OVTA 3UIFA 2I48A 2XXPA 1NNPA 2XX8A 5L9OA 1IITA 2GRVA 1A54A 5ICTA 4N07A 2GH9A 1KWHA 4WEDA 2VGQA 3EHUA 4NF6A 4NWCA 2V3UA 4ESXA 3T96B 3EPEA 1B3EA 3JZJA 1EZOA 5IAIA 3VDFA 2QMWA 3VVFA 2HAVA 4PFUA 4Z0IA 4NF4A 3DELB 3U94A 3GBBA 3SEXA 1Y3PA 4YKKA 4XTCQ 3PPQA 2PYYA 2AYSA 3ECRA 2DWJA 1ZBMA 4U1OA 5KZTA 3G3KA 2DVZA 4GRKA 4ZEKA 4JXIA 4RPOA 4ELPA 1PBPA 1AIVA 4DXBA 5FTHA 1AMFA 1LSTA 4DIGA 1FQEA 2Y7IA 2D5WA 1MXYA 2HEUA 5K2XA 1H44A 4OESA 1R1NA 2RINA 4YZZA 2DE2A 1I6QA 2NWJA 3K2DA 1SVXB 4GF8A 3S2VA 3MW0A 1JVYA 2R6GE 1B4HA 1JEVA 3TAJA 2BJJX 4UA8A 3QAXA 4IGRA 3Q27A 3MBPA 2G93A 3RN8A 4KD5A 3BBRA 3RNNA 3RQTA 3K0VA 3TQLA 1A8EA 4H6DA 5H8FA 2NOOA 4G4PA 2HXWA 2UVIA 4OHNA 3RUMA 1OLCA 2ONSA 3UN6A 2H25A 4POWA 1MRPA 3C36A 3DP4A 3N6UA 5FHOA 4GD5A 3G3GA 4E0WA 4R2FA 1JNFA 2NVUB 4OXVA 3Q29A 2CZLA 1PBQA 4RYAA 5TP9B 2H99A 3L6HA 1XVXA 4LQ2A 3VVEA 2F6GA 4QSCA 1DPPA 5EHMA 3WAEA 3N26A 4IB2A 1EH3A 3O66A 3M3FA 4FEBA 5HM4B 4FECA 2ZNUA 1PB8A 3T9UA 2V3TA 1B6HA 3IB0A 4F19A 3H3GA 5CBRA 2D21A 4OEVA 1MQHA 3MP8A 1M5DA 1O63A 4MF3A 2DOJA 5CM6A 3G3HA 5KCJB 4GIZA 5FHNA 1A7LA 3ZS6A 4DZ1A 1NKXA 1JW4A 3VXCA 1MG1A 2FNCA 4ZE8A 3PV0E 3KN7A 4EXKA 3KN8A 1Y20A 2HCAA 1B40A 3SKPA 4DLDA 3MPKA 3T66A 3UP9A 1SW1A 3LSXA 5F1QA 4DXCA 4PFYA 4U4XA 3CFLA 3HHGA 4OTEA 4XIGQ 2O7IA 3V83A 4YB6A 3O6GA 1VE4A 3CHGA 2X7QA 4N6PA 3T9XB 2ZYNA 3SEYA 2THIA 4H65A 3VVDA 4QFLA 4ISUA 3TZAA 5TU0A 3FJGA 3HN0A 2XXVA 2I3VA 1FQDA 3FIRA 4BDNA 4DXUA 2F36A 1D9YA 1Y1ZA 4ELOA 1LAGE 2F7AA 1B7ZA 3MAMA 3O29A 1M5CA 2I49A 5AE4A 1R9LA 1B4ZA 2DXRA 5AA4B 3VFJA 5A5XB 5JEIA 4G2ZA 1ZU0A 5JTYA 3KJ7A 2O68A 5I58A 2AIXA 1F9BA 1B3HA 3DLNA 1GV8A 3FVOA 1Q1KA 3O97A 3EQ1A 2DS9A 5TP9A 5B70A 2ZMBA 3B6TA 4G8NA 3V8XB 4WXJA 3K1PA 2E1SA 2GHAA 2XX9A 3TCGA 2I6EA 5H8NB 1Y1MA 3U1OA 3HV1A 1MPBA 1Y3NA 2DQVA 2HZLA 3KOTA 1UTBB 3KEIA 2LAOA 3LSLA 1RKMA 3KFMA 3OD7A 1N7WA 3TFLA 1FTOA 3IOWA 4QFKA 2XHDA 3BFTA 4HCWA 3HPIA 4WKMA 2Q9TA 4JWYA 3ONMA 4YMAA 5DEXB 3OXNA 5HBCA 3KJTA 1XOCA 4LATA 1LBBA 1A40A 3A3CA 4G8HA 4QRZA 4YICA 3QSLA 4LZ8A 1B5IA 3PPPA 1LB9A 4P11A 1OLAA 3IOVA 5I59B 4R72A 2REGA 2Y7KA 3H03A 1L5TA 3IL1B 1LLSA 4YU0A 3UK4A 3KN3A 3U92A 1M5FA 2IA4A 1MQDA 2ANJA 1MY2A 3CG3A 2OBGA 2F6PA 5TPAB 1B1XA 3RGYA 3MJNA 4F1YA 4F1VA 1I69A 1MXXA 1ELJA 2OZZA 3SESA 4OEUA 1B5HA 1DSNA 3I6VA 4EF2A 1ZMGA 1SI1A 2YPNA 1MM6A 1B3FA 2ESNA 1LAHE 1Y3QA 3C31A 4MLVA 5I56B 1B0LA 3K02A 2PX1A 2Q2CA 5I57B 1FQAA 1N76A 1FQBA 1MPCA 5CMCA 1II5A 1GTKA 1TFAA 4RY1A 3Q28A 2FYIA 3PUXE 5AA4A 2O69A 3FXQA 2DWHA 2VOZA 2VD3A 2I4CA 4R9FA 1LFIA 3ILUB 3IJOB 2XXWA 1MXWA 1R6ZA 1AH5A 4XKRA 3DRHA 3OO6A 3FVNA 3PD9A 4OYVA 5DVJA 2XXHA 4OVJA 1UQWA 1QVSA 4R6KA 4RK2A 2A5TB 1ZKBA 3N5LA 3PAMA 2F5XA 3UA8A 4H5FA 4KI0E 2QS2A 3PMXA 3QIMA 5B7DA 4ZZEA 1B5JA 3OSQA 4UACA 3SERA 5I2NB 2Z8EA 3TUSA 4NTLA 1IXCA 1MH4A 1O64A 4E0XA 1SDXA 3IB1A 3MUQA 4R6YA 3MP6A 2H98A 1N7XA 5H8SA 4ESWA 3FGSA 4EQ9A 4O3AA 2B4MA 1MY4A 4JSDA 1B58A 3A09A 1NNFA 3SEWA 1Y9UA 1GVCA 3LSFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OWSA 2Z22A 3IX1A 1TFDA 4Q8RA 5I59A 3MVZA 3D1RA 3N6TA 4BDMA 5DVFA 3D4CA 4WEPA 2XXRA 1A99A 1CB6A 3K6XA 1B0HA 4G68B 5DT6A 4R2BA 1LGBC 3OELA 1JVXA 3OMBA 2B4LA 2QJEA 1YAEA 4IGTA 1Y4CA 3CR9A 3T0JA 3LV0A 1IUDA 4PE3A 4I8CA 2WYKA 4X04A 1MS7A 1YPNA 4X8RA 3U8QA 1GGGA 3WAFA 3MSTA 2Q2AA 4IY5A 3VE1B 1BKAA 3VLVA 4IY6A 1MDQA 4NF5B 1MY3A 5I3SA 4ZECA 3H06B 4DCXA 2NUVA 3LSWA 3PMVA 3K6UA 5L9MA 5FHMA 5J1DA 2IEEA 5I7IA 2UXAA 4M4GA 4ELQA 1HSLA 3RTWB 1USYE 3MPLA 5IKBA 3MP1A 4XKPA 2HQ0A 2OJTA 4Z7EA 3G3IA 4PFWA 3PTYA 2ZYMA 2F7CA 2AL5A 1N3XA 5KDTB 2GFEA 4YAHX 1P1NA 5CMKA 2DVCA 3PUVE 3G7WA 2A5TA 1AL3A 2PBWA 5BWJA 1URGA 1FW0A 1WVJA 3H6VA 4FORA 3O6PA 4KYEA 1MQJA 2F97A 5DYHA 1NH8A 5CBSA 2AL4A 1OQHA 1LB8A 3TYHA 3O2AA 1LFHA 2WOLA 3K1NA 4P0IA 3OO9A 2WBBA 4F1UA 2RC7A 1TT1A 3TCHA 1J1NA 1FPLA 2ZZWA 1KA1A 4O8MA 1RDYA 5EHSA 1YZ0A 2HXRA 3KBRA 4R6HA 1MM7A 1Z7NE 1MXVA 1PB7A 3RYAA 3I5OA 4U22A 4PDHA 3CFZA 4KQPA 3SZPA 2DE3A 2Q74A 4F3BA 4GWOA 1FPDA 1FJ6A 4IO2A 4JVIA 5CMMA 1JQFA 4ZEIA 3C34A 3SEUA 2XXTA 3S9MC 3FASA 1HSJA 5FBPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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