1XOCA

The structure of the oligopeptide-binding protein, appa, from bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
504
structure length
504
Chain Sequence
KPQQGGDLVVGSIGEPTLFNSLYSTDDASTDIENMLYSFLTKTDEKLNVKLSLAESIKELDGGLAYDVKIKKGVKFHDGKELTADDVVFTYSVPLSKDYKGERGSTYEMLKSVEKKGDYEVLFKLKYKDGNFYNNALDSTAILPKHILGNVPIADLEENEFNRKKPIGSGPFKFKEWKQGQYIKLEANDDYFEGRPYLDTVTYKVIPDANAAEAQLQAGDINFFNVPATDYKTAEKFNNLKIVTDLALSYVYIGWNEKNELFKDKKVRQALTTALDRESIVSQVLDGDGEVAYIPESPLSWNYPKDIDVPKFEYNEKKAKQMLAEAGWKDTNGDGILDKDGKKFSFTLKTNQGNKVREDIAVVVQEQLKKIGIEVKTQIVEWSALVEQMNPPNWDFDAMVMGWSLSTFPDQYDIFHSSQIKKGLNYVWYKNAEADKLMKDAKSISDRKQYSKEYEQIYQKIAEDQPYTFLYYPNNHMAMPENLEGYKYHPKRDLYNIEKWWLAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structure of the oligopeptide-binding protein, AppA, from Bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oligopeptide-binding protein appA
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
total genus 165
structure length 504
sequence length 504
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1xocA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xocA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1xocA02
3I5OA 4YB6A 1XVXA 4KCDA 1LGBC 2Z22A 5AA2D 4XTCQ 5CMCA 4LP2B 1R6ZA 3HPIA 3QUJA 3FATA 3TAJA 4C0RA 4TLLB 3CSBA 3E9XA 1YAEA 2P1SA 2DYXA 3UA8A 3TTNA 2DWHA 2RCBA 3DP4A 1O7TA 2ABHA 3E3KA 3QAXA 3SERA 1LFHA 1O64A 1Y3NA 4BDRA 2XXQA 4ONYA 4LONB 5JTYA 3MP8A 2DE3A 3B6QA 2DVZA 5CRYA 4KR5A 1PB9A 4FE8A 3T9UA 1US4A 2NWJA 1AMFA 2OK2A 2V3TA 4N13A 5FHMA 3FV2A 2RC8A 3LSWA 1UTBB 4LZ7A 2D5WA 5B7DA 5I57B 4U1OA 3CIJA 3K6VA 2DVCA 3SKPA 3LBSA 5I57A 1MQGA 2F35A 4FEBA 3FUZA 4OWDA 2V84A 3FVOA 1MH4A 2B3BA 5F7VA 4IB2A 3KZGA 3KGCA 1BIYA 2UVJA 3VV5A 1NFTA 4IO5A 3GLBA 1TFDA 4X1BA 2ZYNA 1M5EA 4AB5A 2DQVA 1P1OA 3VDFA 1A8FA 1B3FA 1SW5A 2V3QA 4HCYA 3HSTA 3PUVE 3G3IA 1MQJA 4G77A 4OENA 2O1MA 1Y3QA 3U8QA 3O2AA 4H6DA 3ZKLA 5I2KB 4DIGA 3K1MA 4ZDMA 1I6AA 1Y4CA 3ILUB 2I0CA 1TFAA 5I2KA 3JZJA 5KCJB 4ZEBA 1RYXA 3MVZA 1H45A 3IX1A 2I3VA 1B5HA 4DXUA 1OLCA 1KWHA 2PX1A 1N7WA 2XXUA 3IORA 3K6XA 3TEPA 3C9HA 4KD5A 2H98A 2QS4A 1SD3A 4WEDA 3P7IA 4G4PA 3KJ7A 3DP8A 1QW0A 3TPAA 5DVIA 5M2VA 3LC8A 2GH9A 2HFBA 5CM6A 4F3GA 3MWBA 4QRZA 4F19A 3UORA 3VXBA 3DRIA 3U94A 2DWAA 4YMAA 3MC2A 1H3DA 1OVTA 3FJMA 1R9QA 1N3WA 5DT6A 4YICA 3DRFA 4R74A 1JW5A 2XXXA 4OFOA 4ZE9A 1URDA 1UIUA 2NUVA 3GZGA 1QKBA 1URGA 4ELQA 4M1VA 1TXFA 1VFEA 2XX9A 2ZYMA 4LATA 3SESA 4DLDA 3IOTA 2VP1A 3E4RA 5K2XA 1B0LA 1A99A 3AXFA 2V25A 4OMBA 3RT6B 5CBRA 1ATGA 1B40A 5CMBA 5BUUA 3PUYE 2ZMBA 1UQWA 1B6HA 4GRKA 3OMBA 3N94A 4Z7EA 4LUBA 4GD5A 4OFLA 4ZECA 4P11A 2R9JA 3IOUA 3GBBA 4Z0IA 1DMBA 1VFDA 4Q5TA 2B4MA 4AB6A 3FTOA 3MAMA 4QSDA 4Q30B 3KFMA 4XKQA 3VVDA 1MXXA 2R6GE 2XD2A 2DXRA 2H99A 3C34A 4P0GA 3OSQA 2ZNUA 3CG3A 3G3KA 3UP9A 4P0IA 1DSNA 1R1NA 3KN7A 2I58A 3H6WA 4EUOA 1LAFE 1N0TA 1EZOA 2OZZA 5CMMA 2IA4A 3BFTA 3O6IA 4GLIA 1SDXA 4LQ2A 3FZVA 4H65A 1MXYA 5FHOA 3OSRA 4NE4A 4JSDA 4Q0CA 2B65A 4GOTA 1B9JA 1SBPA 4BDQA 4GVOA 3H6TA 4IO4A 3VFJA 1B3HA 2AYSA 3RNNA 3K6UA 1FTLA 2E1SA 3CRBA 4QFOA 2KLFA 1J1NA 2Z8EA 4M4GA 4K3FA 3FJ7A 3T9HB 3UK4A 5KDTB 1A55A 3KN8A 3FIRA 1EU8A 2FYIA 5KDTA 3V8XB 4JWOA 2RINA 1MY0A 5H8FB 3K01A 4OVJA 1N7XA 5H8FA 4NEDA 3IOWA 2YJPA 4KCCA 3G3FA 4KPTA 3RYBA 1B1XA 3B6WA 5L8DA 4O3CA 1LB8A 4BDOA 4F1UA 1Q1KA 1MQHA 3TCFA 3CSGA 3LUYA 2XXVA 1BTJA 1OLAA 2O51A 3FASA 2O7UA 4YB7A 2YLNA 3PMWA 1B7UA 5AA1A 2QSXA 4FECA 1GR2A 1PBQA 2Y7KA 1OQGA 1LAGE 4MH5A 1Q35A 4RYAA 1JEUA 2H25A 3TTRA 3KOSA 1WODA 3PPPA 4PE5B 4ZZEA 3A09A 4U2RA 3FXQA 1TT1A 3HHGA 3DRJA 3U72A 3Q29A 3LSXA 1R9LA 3LSFB 3C33A 3N6UA 1HSJA 3PPRA 2VGQA 2THIA 3VLUA 2P2AA 1PB8A 3C4MA 3D4CA 3QSLA 4G8MA 5B70A 2VD2A 3ZS6A 3T9VA 1LCTA 3IJXB 1QULA 4QFPA 2Z8DA 3V5AA 4ECFA 1IEJA 2Z23A 4F3PA 1GGGA 3Q26A 3R6UA 1M5DA 3ECRA 2X7QA 5I56A 1S50A 5TP9A 5IAIA 2FA7A 3EPEA 2WOPA 1SI0A 3KOTA 4IGRA 1SQYA 2F7CA 2VOZA 4QHQA 1B05A 2VD3A 1MXWA 1URSA 3VVFA 4GF8A 1LB9A 4KI0E 4DZ1A 3UGWA 3H4ZA 2R71A 3K4UA 4F2QA 3OO6A 3C36A 4YKIA 1NMUA 2HZKA 2XXHA 1FTMA 1EH3A 1H76A 2WOLA 1FTJA 4N07A 3ZSFA 2Y7PA 1JW1A 4IO6A 3DRKA 3QIMA 4KHZE 5ITOA 3TKDA 3D4GA 2OLBA 3C35A 2Y84A 4OQOA 1EZPA 5I58B 1A40A 3PMVA 5JTYB 4EQ9A 5I58A 1SYHA 3ONMA 1Y4TA 4OETA 3Q27A 3DLNA 3M3FA 1LBCA 1Y20A 1MM7A 1SVXB 4FORA 5AA2B 3H03A 2Q2CA 5I59B 1WDNA 4R75A 5FTHA 5AA2A 3W9WA 2DOJA 3O28A 3KG2A 5I59A 1B1HA 5IKBA 1SYIA 3IR1A 4F3SA 2DXYA 3BFUA 2CMOA 1Y1ZA 1MDP1 2XXRA 2AL5A 1I69A 3PGFA 2XXTA 4GFRA 4MLVA 4F31B 3U1OA 3MQ9A 4EDPA 3TYHA 1IZ1A 5J1DA 1MPDA 4ND9A 3G3JA 4PFUA 2FNCA 4LVQA 2X26A 3FXRA 5EHMA 4YKPA 4OERA 1FQAA 1LSTA 3K1PA 4E0XA 3Q28A 3I6VA 1JQFA 4H5FA 4R73A 1XS5A 4AQ4A 4IY6A 2QS1A 3IB2A 2PVUA 4H67A 3DRGA 3GXAA 2RC7A 4JXIA 4G68C 1JEVA 3RN8A 4R9GA 2ANJA 1D9VA 1DOTA 2HZLA 1FQEA 3SDFA 1B4ZA 1F9BA 4FJPA 4ISUA 1NNTA 1FW0A 2NVUB 4DXCA 4U4SA 1QJMA 1LFIA 2NOOA 3W15C 3MW0A 2XXYA 2UVIA 4OYVA 1D3KA 5JEIA 2GHBA 1XC1A 3OELA 3C32A 4F1YA 1NH7A 3OOAA 2GFEA 3B7DA 3IAZA 3F11A 1MY2A 3I3VA 4WKMA 4YKJA 1GV8A 5CMKA 3IB1A 3O6GA 3ZKKA 4FATA 3M3KA 4LZ5A 4NF6B 3K6WA 2ONSA 4NF6A 3KJTA 1IQ7A 1LLSA 3MP6A 3QYTA 4UA8A 4ZEDA 3TTLA 1D4NA 1PB7A 1A54A 1N84A 1YTVA 4YAHX 4PQJA 4POWA 1LBBA 2OWTA 4DCXA 4ZE8A 4LZ8A 3TCHA 3H6UA 1ZIUA 1MY1A 3JV9A 3TZAA 3G3GA 3R26A 3HCQA 3HHFA 3PUXE 3RPWA 4GIZA 4X1DA 3L6GA 3FGSA 1OVBA 3TMGA 3RQTA 4PP0A 2QS3A 3M8UA 4G2ZA 2BJJX 3S9MC 4KYSA 1Z7ME 1O63A 3RTFB 3RLFE 2Z8FA 3N5LA 5JK4A 3V83A 4XKPA 1A7LA 3TQWA 4RNSA 4NTLA 5H8NB 1B2HA 2LAOA 2X7PA 3B6TA 3S9EA 3UIFA 3U92A 3PUWE 3TTMA 1HSEA 3FD3A 5H8NA 3TUSA 1OIBA 3CG1A 2F7AA 4U22A 1FQFA 1DPEA 3SEUA 2GRVA 1B3GA 3VVEA 4HTGA 3HO7A 5KZTA 5DVJA 1MXUA 4NF8B 5I84A 4EF2A 3K02A 1L5TA 1NNPA 1I6QA 3T9XB 2ZXTA 2DE4A 3FJGA 4NF8A 1NNKA 3JYRA 3S4UA 1MPBA 4U23A 3PUZE 2O84X 4WEPA 1II5A 5HBCA 1IUDA 1LAHE 3H3GA 1Y1MA 5H8SA 4OEVA 2B4LA 4Q8RA 1QUKA 3K00A 3Q25A 4JWXA 4QFLA 3KSXA 3VLVA 4OESA 2O68A 4BDNA 2WOKA 2I4CA 4KYEA 2XD3A 3MZ9A 1XT8A 3HV1A 1IXIA 4RJZA 4YZZA 3MVYA 4HW8A 3OO9A 5FTIA 2I0BA 1MY4A 1ELJA 3SEYA 3CI8A 3G3HA 1SW4A 2DWJA 3IO6A 5DEXA 4JBZA 2I3WA 1AOVA 4GXAA 5ELVA 4RY1A 2ZNSA 4EXLA 3MPKA 4XKRA 1MM6A 2UVGA 4GWOA 3SEWA 3FVGA 3HN0A 4EQ7A 3SEXA 2AL4A 5BWJA 4TQUQ 3CVGA 1FTKA 1PBPA 4N6PA 1B4HA 3T66A 4NF5A 1MRPA 3BBRA 2F7BA 2UXAA 3PD9A 1RKMA 2Y7RA 1S7YA 1GVCA 5A5XA 3H06B 1P1NA 5CBSA 2OJTA 1XOCA 4WXJA 1WVJA 1I6BA 1LFGA 4X48A 2I48A 4HCWA 4F3BA 2V93A 1MDQA 1N3XA 4GL8A 5I56B 2HQ0A 2OBGA 1M5CA 5TP9B 4R72A 2ZYOA 3O6PA 1M5FA 2W7YA 2RF1A 3VE1B 2NXOA 4OEUA 3LVUA 5EYFA 2PT2A 3K2DA 2V3UA 5I2NB 4THIA 3KN3A 3PPNA 4C1UA 3RYAA 5I2NA 1N04A 4IO2A 4KFQA 2DE2A 4OXVA 4I9DA 1CB6A 4F39A 4G8NA 2REJA 5HPQA 2G29A 4E0WA 2QS2A 3PD8A 1B58A 1QVSA 2GHAA 4R9FA 3N6TA 1AL3A 1ZLQA 4ELPA 4KQPA 5LOMA 1P99A 2H4IA 4EQBA 1ANFA 4POXA 3EF7A 1H44A 4NMYA 2A5SA 3IL1B 1PDAA 4RK9A 3CFZA 5ITPA 4FAJA 1DPPA 3MUQA 4MFIA 4QSEA 1QUJA 3OO8A 3MVWA 3N26A 3TTKA 4I8CA 4IY5A 1NNFA 4QF9A 2OWSA 1QKAA 4F22A 4BLAA 1P1UA 4O3AA 4OFJA 4TLMB 1PC3A 1B32A 3O29A 5DVFA 3CR9A 4C1TA 1N76A 3O6HA 4ZEFA 1PEBA 2PMSA 1P1WA 2H5YA 4GQOA 4ZEIA 3O66A 2YPNA 4ZS9A 1MG1A 1GTKA 3ODBA 4PFTA 2DWIA 1EZ9A 1SI1A 2QMXA 2QPQA 1UTBA 1MXVA 3DP6A 1B46A 3W9VA 3PMXA 1QUIA 1TWYA 5DTBA 3A3CA 1IXHA 4F18A 1IXGA 2QMWA 4H1XA 1AIVA 3IO4A 4F29A 4ZEKA 3E13X 3WAFA 3THIA 3EN3A 4OZ9A 3KBRA 1AH5A 1B3LA 3PV0E 1UIVA 2PBWA 3RUMA 4MBPA 4U1ZA 3OXNA 2B3FA 2HEUA 4FEDA 2HXWA 3EHSA 4YU0A 3KSJA 4NWDA 4IO3A 1B5JA 4YMBA 4ELRA 1HSLA 1S9TA 2CZLA 3MJNA 2OCUA 4BDLA 4BDMA 2XHDA 3CFLA 2UYEA 4JB7A 2XXIA 4ELOA 3TCGA 5ICTA 1BP5A 1B52A 3L6HA 4XXUA 1RYOA 1UTHB 1MH3A 1ZU0A 5KCJA 1B7ZA 5L9OA 1UTHA 2QL3A 4H0WA 2PT1A 4ZZAA 2A5TB 1ZJLA 1FTOA 1SW1A 3TODA 2G93A 5H8QB 4DCYA 1USYH 4DXBA 1LCFA 1Y9UA 2A5TA 4IO7A 3EQ1A 4PETA 3EHUA 3T93B 5H8QA 1MQIA 4RPOA 4YB5A 2P0SA 2XX8A 1MY3A 2IEEA 4PFYA 2PYYA 2WKYA 4RA1A 3TQLA 3IB0A 1B51A 2E0SA 3H7MA 4JDFA 4XKNA 4UACA 5EHSA 2DP8A 4R6HA 1YPNA 3MZ1A 3WAEA 3V89B 2HAVA 5ICQA 3O97A 1OQHA 4KYDA 2ALUA 3KEIA 4DE8A 4PFWA 4YKKA 5ISUA 2I4BA 5HM4B 1VSOA 1ZBMA 1FCKA 3H6VA 4JWYA 2RKMA 3MVXA 3CHGA 2VHAA 3K1NA 3TFLA 2I6EA 5H8HB 2DSFA 3PPOA 3IOVA 2F5XA 3UN6A 3GBAA 5H8HA 2O7IA 2F78A 3TDJA 3LR1A 1Z7NE 1ZTYA 1T0KA 4R2FA 4H8JA 3QK6A 4O3BA 1MQDA 1JVXA 4EXKA 3OENA 4TOZA 2ONKE 4MF3A 3RTWB 2ONRA 4RPNA 3U93A 4QSCA 3SETA 1XVYA 3SEVA 1USYE 1OMPA 3FVKA 3MBPA 3EHTA 5DYHA 2ZNTA 2F8DA 4EF1A 4DDDA 3T96B 2Q8JA 4ESXA 3CFXA 3S9NC 2HCAA 3DM0A 2O69A 2O6AA 4ESWA 3R7XA 1POY1 5CC2A 2H9BA 5L9SA 1IIWA 1ZKBA 2AIXA 2Y7WA 1MS7A 4GL0A 1B3EA 3C31A 2RCAA 3LSLA 1ZMGA 2REGA 2I49A 3DELB 3OEMA 1JNFA 3S9LC 2F6PA 5K2YA 2F97A 2UYFA 3RT8A 1FQDA 2XXWA 4H5GA 4R6KA 2F34A 4F1VA 5AE4A 2Q89A 4G68B 5AA3A 3MPLA 1B7HA 2XXPA 3VLWA 1FQBA 4G68A 4L17A 2M8CA 2D21A 2Q88A 3ILTB 1M5BA 1DTZA 1JVYA 5FHNA 1POTA 1IITA 4GXSB 3S2VA 3PPQA 5DEXB 1JETA 3DRHA 3FV1A 4JSOA 3IJOB 1YCJA 3OD7A 4U21A 2Q2AA 3BKIB 1BKAA 1LAXA 2Q9TA 3M3LA 1US5A 4HS7A 4OHNA 1NH8A 5TPAB 5L9MA 2QJEA 3FVNA 1BLFA 4MLQA 4NF5B 4NWCA 3G7WA 5TPAA 2ESNA 4X9TA 4R2BA 1IXCA 3T22A 1MXZA 4LA9A 1A8EA 1B5IA 1H43A 4FIMA 4R6YA 5A5XB 4RXLA 3MP1A 4I1DA 2O1LA 5AA4B 1DTGA 1NL5A 4NF4B 5AA4A 1VE4A 2XX7A 4NF4A 1VR5A 3K0VA 4QFNA 3PU5A 1MPCA 2UVHA 3A3UA 3O9PA 3IK6B 3RGYA 3VXCA 3OEKA 4H8IA 4QFKA 1NKXA 4OTEA 3RY3A 1XHYA 2QRYA 1D9YA 3TELA 4LQ5A 2Y7IA 1P1QA 1SW2A 2F36A 2HAUA 2ZYKA 4IGTA 3FXUA 2F6GA 3PAMA 2D3IA 3OO7A 2RC9A 3QXMA 5TU0A 1FQCA 1JW4A 5F1QA 4G8HA 4U4XA 4XIGQ 5CI5A 1B0HA 3QUFA 4F2OA 4I62A 3MZBA 1CE2A 4RK2A 3USDA 1Y3PA 2DS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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