1ZTYA

Crystal structure of the chitin oligasaccharide binding protein
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
528
structure length
528
Chain Sequence
RSELTIVPDFYPTMVRNFNPYLATNLRTTTDFIYEPLVVFNEMKGNTPVFRLAESYKMADDLMSVTFDIRKGVKWSDGEAFTADDVVYSFGLLKAKPELDQRGINKWVTSVEKVDEYKVRFRLSEANSNVPYEISLIPIVAEHVWKDVKDPTTFTNENPVGTGPFTVIDTFTPQLYIQCRNPNYWDAANLEVDCLRVPQIANNDQLLGKIVNSELDWTSSFVPDIDRTYAAANPNHHYWYPAAGTQAFMVNFKNPDPAKKEALDNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGSGTVNDFASGLGYAFEAWSDEATHKKYKGFNTYDVEGSKKLLAKAGFKDVNGDGFVETPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLQEVGIKAKARTPEFAVYNQAMLEGTYDVAYTNYFHGADPFTYWNSGYNSALQSGDGMPRFAMHYFTDKKLDGLLDSFYKTADKNEQLAIAHGIQKIIAENQVTIPVMSGAWMYQYNTTRFTGWWSEENPKGRPSVWAGIPERLLHVLDLKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Sugar binding protein, signaling protein
source organism Vibrio cholerae
publication title Crystal structure of the liganded and unliganded periplasmic Chitin oligosaccharide binding protein.
rcsb
molecule keywords Chitin Oligosaccharide Binding Protein
total genus 157
structure length 528
sequence length 528
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1ztyA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ztyA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1ztyA02
3U92A 5CM6A 2DXRA 1LFGA 4YKKA 3MP6A 2ZYNA 1JW5A 4IGRA 4N13A 1FW0A 1BP5A 3C32A 5J1DA 1IIWA 3E13X 3T9HB 1M5BA 3DP4A 4U23A 3DP8A 3LSFB 2OWTA 3KJ7A 3DRKA 4NWCA 1IXCA 4MFIA 4PFTA 1LB8A 1D4NA 1B0LA 4XTCQ 5I2NA 4X1BA 3FVKA 2YLNA 1US5A 2GRVA 3AXFA 4DDDA 3N6TA 2VP1A 3KOSA 3B6TA 3M3FA 2Q88A 2G29A 4ONYA 2HZKA 1LAGE 2I3WA 1B4ZA 3ODBA 2P1SA 3KEIA 1UTBB 2M8CA 4NEDA 3N94A 2O68A 5JEIA 2LAOA 3U93A 4H6DA 2XXXA 4X48A 2PT2A 3CVGA 4GRKA 2OCUA 3FVNA 1MPBA 4U22A 3FV1A 1QKAA 1MXZA 3G3HA 1FTMA 1UIVA 1O63A 5ISUA 2I49A 3FJGA 4RPOA 3TFLA 1UTHA 3K0VA 1S9TA 2HQ0A 3DP6A 2I0BA 3VVEA 3DRGA 3IO6A 4U2RA 3OEKA 3MWBA 1B1XA 3BKIB 5IKBA 4E0WA 1NNTA 3ILUB 2AL4A 1PDAA 1R1NA 1B7HA 2RF1A 4ELPA 2REJA 1H44A 3DRIA 2YJPA 5I59A 4FE8A 3GBAA 3A3UA 3K1MA 3KSJA 2NOOA 3LR1A 2QS3A 5AA4A 3CG3A 4XXUA 5LOMA 3S9LC 1QUIA 1YPNA 3O6PA 3OSQA 3FVOA 2PYYA 2O84X 3LSXA 2R71A 2QS2A 3PPOA 3LSLA 1N04A 2H5YA 2OZZA 4LA9A 3FXQA 5K2YA 2YPNA 1O7TA 3HCQA 5CC2A 2UYFA 1Y3PA 4JBZA 4F2QA 3K1NA 3PMVA 3V5AA 4HW8A 4PETA 2NXOA 3RUMA 5H8HA 1B1HA 2Y7RA 5I84A 2G93A 5DVJA 3DRJA 1JVYA 4YMBA 1US4A 2OLBA 5I57B 3W15C 1M5EA 1II5A 2ZYKA 1DPEA 3B6WA 3N5LA 2DS9A 4HTGA 2E0SA 1OMPA 2ZYOA 1SVXB 1LLSA 3QYTA 1DOTA 4C0RA 3VXCA 1URGA 1B51A 1Y20A 2B4MA 1Q35A 5K2XA 1ANFA 1HSJA 3EQ1A 2O69A 1SD3A 2UVIA 1N0TA 3FXUA 3PUWE 1S7YA 3TODA 4GXSB 3S4UA 1OVTA 3C35A 5CMCA 1MDP1 1R9QA 2O6AA 1MQJA 4FAJA 4F1UA 3S9NC 2RC8A 4OETA 5L9OA 3FJ7A 5DVFA 5KDTA 1IXGA 2DOJA 1BKAA 4OVJA 4OFLA 2QPQA 4THIA 3MUQA 4ZEFA 1EZ9A 1LAFE 1WDNA 1NH8A 3PV0E 2DYXA 1A54A 1F9BA 2XXIA 4OXVA 3IOUA 1HSLA 5ITOA 2Y84A 1LBCA 3RT6B 4H65A 2NWJA 1BIYA 3TYHA 3R6UA 1ZJLA 3MAMA 4H8IA 3RTFB 1XVXA 4LONB 3EHTA 3ILTB 4KHZE 2XD2A 2O7UA 3CFXA 2XXTA 4N6PA 3R26A 3MW0A 2V25A 4KD5A 5L9SA 4JWOA 4ZS9A 3K2DA 5EHMA 1MY3A 3OO8A 1TT1A 3IORA 1MY2A 2XXPA 1S50A 3H7MA 3KOTA 3HSTA 4ESWA 1USYE 2OWSA 1GVCA 3FD3A 2B3FA 4F3BA 1NKXA 3RLFE 1FQFA 3U72A 1Y3NA 4DXBA 3V83A 3LUYA 4RA1A 3D4CA 5CMBA 3SEYA 3DM0A 3CFLA 3B7DA 5CI5A 1R6ZA 2I4CA 3C33A 4H5GA 4LQ5A 3N6UA 4KYEA 3OMBA 4KI0E 3O66A 3MJNA 2XX8A 2UYEA 5ICTA 1M5CA 4OZ9A 3RYBA 1N3WA 2UVJA 1LBBA 1YTVA 4F19A 3FJMA 2F6GA 3CR9A 2Z8DA 3OXNA 2ABHA 4EQBA 5TP9B 4EUOA 1B58A 4ISUA 1LFIA 1LB9A 4OFOA 3HHFA 1B05A 2WOKA 4R75A 4WKMA 1B7UA 2Z23A 1PBPA 2UVHA 2IA4A 4OERA 5FTHA 5A5XB 2R9JA 5TPAA 5CMKA 1UQWA 5AA3A 5KZTA 2ANJA 1MQHA 2UVGA 1SI0A 1MQDA 5L9MA 2DSFA 2Y7KA 2WOLA 5EYFA 4ZECA 1JW1A 4OWDA 3KN3A 5AA2A 3TTLA 3C36A 2ALUA 3RPWA 4NF4A 3KN8A 3UK4A 3KSXA 1I69A 1L5TA 2O7IA 1N7WA 2F78A 4PFWA 1B0HA 3TEPA 1XT8A 3S9EA 4QSEA 4EQ9A 5ELVA 3R7XA 5F7VA 3JV9A 3VXBA 1D3KA 1ZKBA 1JQFA 4QFOA 2AYSA 2ONRA 3IR1A 3K4UA 4DXCA 1EZPA 3LVUA 1GR2A 5B70A 2H4IA 1VR5A 4KCCA 4PP0A 4X1DA 3ONMA 1QULA 3GBBA 5H8NA 3T9VA 3UIFA 2BJJX 3TTMA 2ZMBA 4QFNA 4YB6A 2GHBA 4O3BA 3Q26A 3GZGA 2W7YA 1HSEA 1ATGA 3M3KA 5FHMA 5I2KA 1N76A 3O6HA 2FA7A 3VLWA 3T9XB 3G3IA 3HHGA 1OLCA 3E9XA 4R6YA 4C1TA 3MVXA 4ELOA 4TQUQ 3CFZA 3IAZA 1MXVA 4QF9A 1FTOA 2DXYA 1R9LA 3V8XB 3IO4A 3ZKKA 2XX7A 4MLVA 2GHAA 1M5DA 2KLFA 3VVFA 4ZE8A 1MM6A 4Q8RA 5IAIA 4LUBA 1SI1A 4ZEIA 2IEEA 3TZAA 1H43A 3TELA 1MPCA 5HM4B 2Z8FA 4JWXA 5CRYA 1UTHB 3PMWA 3IX1A 4NTLA 3SEXA 1N3XA 4U21A 1M5FA 5I56A 3T9UA 4LVQA 1MS7A 4I9DA 2F7BA 2RCBA 3LC8A 4U1OA 4UACA 1A55A 2Q2AA 2GFEA 1VFDA 4EQ7A 1DSNA 2PVUA 1IXIA 3K01A 2XD3A 3O29A 1B52A 4JSDA 4G8NA 1H76A 4WXJA 3OO6A 2QSXA 3OD7A 2PBWA 2DP8A 1LCTA 5AA4B 2HAUA 3QUFA 3C4MA 4P0GA 2H9BA 1NMUA 4NF5A 2A5TA 4G8MA 4ZZAA 1JVXA 1O64A 3CSGA 2V3QA 3PGFA 4EDPA 5JTYA 4QSCA 1MG1A 1UTBA 1Y1ZA 1JEVA 4X9TA 4AB5A 3CIJA 4H8JA 4EXLA 3EN3A 4Q30B 5TU0A 2P2AA 1A40A 4GQOA 3RN8A 2F34A 4F39A 1LAXA 3THIA 4JXIA 3UORA 4MF3A 4PFUA 4TLLB 4BDOA 3OOAA 3TCHA 4KFQA 4OYVA 3FATA 4RPNA 3LBSA 3HV1A 4RY1A 4NF8A 3ZSFA 4E0XA 2ONKE 4HS7A 2P0SA 3T96B 2DWAA 2ZXTA 3O6GA 2CZLA 4QSDA 4L17A 1DMBA 4ECFA 3SDFA 1ZU0A 4GWOA 4IO2A 4EXKA 1MQIA 3PPNA 4GOTA 2FNCA 4BLAA 2XXHA 2ZYMA 2HZLA 4QFKA 4NMYA 2Q8JA 1YCJA 1USYH 3QUJA 5AE4A 4ZEDA 4LZ5A 4KCDA 3K00A 4OEUA 1B46A 3TTKA 3Q25A 1EZOA 3WAFA 3KJTA 3PD9A 4GD5A 1FQAA 4H67A 1OQHA 3IB2A 1CB6A 1P1OA 4Q5TA 2VGQA 4NWDA 1TFAA 1P1UA 4PQJA 3VLVA 1GV8A 1FTLA 2QS1A 4NF6B 4LQ2A 4BDRA 3H03A 1B3HA 3C34A 5BUUA 4OESA 3IJXB 1ZLQA 2F8DA 4BDNA 3SEUA 4R9FA 3MPLA 1T0KA 3UA8A 2Z8EA 4NE4A 4U1ZA 1AH5A 3FVGA 1BTJA 1SW5A 2Y7WA 4R72A 3RT8A 1OLAA 3EHSA 4G2ZA 1MXXA 4YB5A 1PEBA 2F5XA 3RGYA 1PB9A 2QS4A 3QK6A 3KG2A 1IEJA 3BBRA 4MH5A 1ZMGA 3O9PA 1ZTYA 1I6QA 1FQCA 2HCAA 4RNSA 2THIA 3L6HA 3N26A 1QUKA 4F18A 4ND9A 1CE2A 2V3TA 1RYOA 1MH4A 3MBPA 4G68A 3Q27A 4MLQA 4HCWA 2H98A 3MQ9A 5H8QA 5DEXA 2ZNUA 5KCJB 3TCGA 4R2FA 2V84A 2UXAA 1PB8A 3HO7A 4N07A 4JDFA 2R6GE 4KYDA 3LSWA 2Y7IA 1B5HA 3TQWA 4BDMA 4Q0CA 4R9GA 3A09A 2XXUA 4AQ4A 4P0IA 3H3GA 3FXRA 5F1QA 4QRZA 4ELRA 4RK2A 3MC2A 4GIZA 1H3DA 4HCYA 4MBPA 5ICQA 3H4ZA 2RINA 4XKNA 4AB6A 3KN7A 1JEUA 2O51A 1NH7A 2I58A 1SYHA 4RXLA 1JW4A 2XHDA 3QSLA 1LCFA 1I6BA 4G4PA 4BDQA 5H8FA 3DLNA 3U8QA 3PUZE 1EU8A 4R6KA 4QFLA 5DYHA 3Q29A 1AL3A 4FIMA 5AA1A 2F35A 2XXQA 5HBCA 4XIGQ 5BWJA 3OO7A 3TKDA 3I3VA 2QMXA 2Y7PA 2DE2A 2RKMA 5L8DA 3U94A 3JYRA 3M8UA 3USDA 3IOVA 3DRFA 1MM7A 4TLMB 1N7XA 3E3KA 2NUVA 3O28A 1Y3QA 1B3GA 5AA2B 1JNFA 4OEVA 3PUVE 4GL0A 4GLIA 3T22A 3I5OA 1VE4A 1LSTA 3T93B 1NNPA 3WAEA 1FTJA 2REGA 3MZ1A 3SERA 1XVYA 1PC3A 4ZZEA 1Y4CA 4XKRA 2XXVA 1MXUA 2A5SA 4OFJA 2F7CA 1MXYA 5H8NB 2HFBA 4GVOA 2H25A 1BLFA 2DWHA 3KBRA 1MY4A 3O97A 2I48A 1NFTA 2XXWA 3G7WA 3H6TA 3IOWA 4IY6A 2VD2A 1XS5A 2I0CA 5A5XA 2QRYA 5I2KB 5AA2D 3TQLA 4O3AA 2DE3A 3FASA 3UGWA 2Q2CA 3MP8A 3P7IA 5DVIA 3QIMA 1WVJA 4IGTA 2OBGA 3OSRA 5CMMA 1FQDA 2Z22A 5I2NB 5EHSA 4U4SA 4KQPA 4DXUA 3FUZA 2O1MA 3W9VA 4TOZA 3GXAA 3RQTA 4IO3A 3O6IA 4YKPA 4DCYA 1OVBA 4FORA 1NNKA 5I56B 3S2VA 4OENA 3GLBA 2DQVA 2ESNA 1URSA 4R73A 1NNFA 1MRPA 3VV5A 2ONSA 1P99A 2AIXA 3OELA 5I58A 4I62A 3VDFA 1I6AA 1ZIUA 3CG1A 4FATA 5CBRA 3G3KA 4IO5A 3ECRA 4F1VA 3SEWA 1FQBA 3UP9A 1LAHE 3OEMA 4OTEA 2Q9TA 4NF5B 2A5TB 4PE5B 4F3PA 4RK9A 3PU5A 1MY0A 3PPQA 4RYAA 1IXHA 4F31B 1H45A 5B7DA 4YKIA 3G3FA 5JTYB 4UA8A 3MP1A 4KPTA 1FCKA 3PPPA 4I8CA 3IL1B 4JSOA 5I59B 2O1LA 2I4BA 4I1DA 2HXWA 3KGCA 1B3LA 1UIUA 1IITA 4BDLA 1TWYA 3K6VA 4YU0A 3SKPA 3FIRA 4POXA 1QUJA 2HEUA 3MZBA 4YKJA 2RC7A 1QW0A 2V3UA 1Y9UA 1POY1 2WKYA 1QVSA 4RJZA 4NF8B 5HPQA 4R2BA 1WODA 3IOTA 1B3FA 4YMAA 3E4RA 2B4LA 1MY1A 2X7PA 1FQEA 4YB7A 5H8HB 4IO7A 3KZGA 2PMSA 4ZDMA 4QHQA 3C9HA 1B5IA 1YAEA 1FTKA 3TAJA 1SYIA 3K6XA 3DELB 1A7LA 5H8SA 3MPKA 5JK4A 4GFRA 1AOVA 4DCXA 1B40A 3K6UA 2B3BA 5FHNA 4R74A 2F97A 3BFTA 3ZS6A 4QFPA 3MVWA 2DWIA 3TTNA 4DZ1A 2OK2A 4OHNA 2F6PA 1EH3A 1MH3A 3EPEA 4U4XA 3H6VA 2QJEA 1DPPA 1SW1A 3CSBA 4POWA 3TDJA 2NVUB 2V93A 3K1PA 1XOCA 3PUYE 2I6EA 1IUDA 2F7AA 1P1WA 3QAXA 4XKPA 5KDTB 2E1SA 3IB1A 4M1VA 4XKQA 3H6UA 4R6HA 3VE1B 4F3GA 3PAMA 5ITPA 3V89B 1KWHA 2DWJA 1MQGA 4ESXA 1RKMA 4DIGA 4WEDA 2ZNTA 1RYXA 4DLDA 1B2HA 4Z0IA 5I57A 4G68C 4H0WA 3D4GA 2FYIA 3SETA 3FTOA 1QJMA 4KR5A 1TXFA 1MPDA 1ZBMA 1D9VA 2WOPA 3BFUA 4LZ7A 4DE8A 4EF1A 1DTGA 3TMGA 3FZVA 4G68B 3VLUA 1B5JA 4FEDA 5H8QB 5DEXB 4LZ8A 3PMXA 3M3LA 3UN6A 4IO4A 3TUSA 4NF6A 1LGBC 2XXYA 1ELJA 3HPIA 4JB7A 1VFEA 3EF7A 3Q28A 3RNNA 4GF8A 3EHUA 2X26A 3ZKLA 4F1YA 3H6WA 1VSOA 4H1XA 1TFDA 2RCAA 4ZEBA 4C1UA 1B3EA 1PB7A 1P1NA 5CBSA 5H8FB 4EF2A 1Y4TA 4F2OA 4OQOA 3RY3A 1Q1KA 3B6QA 1SW4A 4YAHX 3TCFA 4ELQA 4YZZA 2GH9A 1NL5A 3JZJA 2PT1A 3VVDA 3OO9A 3TTRA 1Y1MA 4F29A 3QXMA 1N84A 1QKBA 2QL3A 3F11A 2DVZA 4IO6A 1IQ7A 3I6VA 4IY5A 3MVZA 3IB0A 1AMFA 2VHAA 2PX1A 3RYAA 4GL8A 2RC9A 4YICA 1B9JA 5KCJA 3PUXE 5TPAB 1J1NA 2CMOA 2XX9A 4LP2B 4O3CA 3RTWB 4LATA 1Z7ME 4F3SA 1SDXA 4ZE9A 1MXWA 2B65A 1URDA 3K02A 4PFYA 2VOZA 4K3FA 4FECA 2HAVA 2D3IA 1B4HA 3HN0A 3OENA 4OMBA 1OIBA 1AIVA 2F36A 4NF4B 3IK6B 3C31A 1IZ1A 4JWYA 5FTIA 1A8EA 3PD8A 3SEVA 3W9WA 4F22A 3DRHA 2D5WA 5M2VA 3FGSA 1GGGA 3PPRA 1A8FA 4H5FA 4ZEKA 2D21A 1XC1A 2VD3A 1DTZA 4IB2A 3TPAA 1P1QA 2ZNSA 4P11A 4GXAA 4FJPA 5TP9A 2I3VA 2OJTA 1B7ZA 1Z7NE 3O2AA 3MZ9A 3U1OA 3T66A 2H99A 3L6GA 3G3JA 3VFJA 2DE4A 5FHOA 3K6WA 1A99A 1POTA 1D9YA 3G3GA 3CI8A 2X7QA 1SW2A 3FV2A 3CHGA 4M4GA 4Z7EA 4WEPA 4G77A 1GTKA 3A3CA 3IJOB 1XHYA 3S9MC 3CRBA 1SQYA 2Q89A 3H06B 5DTBA 5I58B 2AL5A 5DT6A 1MDQA 1PBQA 1B32A 4FEBA 3KFMA 3SESA 1OQGA 2XXRA 1B6HA 2QMWA 2DVCA 4KYSA 1LFHA 1JETA 3MVYA 1SBPA 4G8HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U92A 1IMCA 5CM6A 2DXRA 1LFGA 4YKKA 3MP6A 2ZYNA 1JW5A 4IGRA 4N13A 1FW0A 1BP5A 2CEXA 3C32A 5EYHA 5J1DA 1IIWA 3E13X 3T9HB 1M5BA 3DP4A 4U23A 2JJKA 3DP8A 3LSFB 2OWTA 3KJ7A 4MNIA 3DRKA 4NWCA 1IXCA 4PCDA 4MFIA 4PFTA 1LB8A 4HE0A 4HXVA 4I3YA 1D4NA 1B0LA 2PCRA 4XTCQ 5I2NA 4X1BA 3FVKA 2YLNA 1US5A 1VDWA 2GRVA 3AXFA 4DDDA 3N6TA 2VP1A 3KOSA 3B6TA 3M3FA 2Q88A 2G29A 4ONYA 2HZKA 1LAGE 2I3WA 1B4ZA 3ODBA 2P1SA 3KEIA 1UTBB 2VT5A 2M8CA 4NEDA 3N94A 2O68A 5JEIA 2LAOA 3U93A 4H6DA 2XXXA 4X48A 2PT2A 3CVGA 4GRKA 2OCUA 3FVNA 1MPBA 4U22A 3FV1A 1QKAA 1MXZA 4H46A 3G3HA 1FTMA 1UIVA 1FPEA 2HPGA 1O63A 5ISUA 2I49A 3FJGA 4RPOA 3TFLA 1UTHA 3K0VA 1XI6A 1S9TA 2HQ0A 3DP6A 2I0BA 3VVEA 3DRGA 2QVVA 3IO6A 4U2RA 3OEKA 3MWBA 1B1XA 3BKIB 4O7IA 4PE3A 5IKBA 4E0WA 1NNTA 3ILUB 2AL4A 1PDAA 1R1NA 1B7HA 2RF1A 4ELPA 2REJA 1H44A 4PFBA 4X8RA 2PFZA 3DRIA 1FBDA 2YJPA 5I59A 4FE8A 3GBAA 3A3UA 3K1MA 3KSJA 2NOOA 3LR1A 2QS3A 5EQ8A 5AA4A 3CG3A 4XXUA 5LOMA 3S9LC 1QUIA 1YPNA 4GBWA 3O6PA 3OSQA 3FVOA 2PYYA 1YYZA 2O84X 3LSXA 2R71A 3PPOA 2QS2A 3LSLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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