1ZU0A

Crystal structure of the liganded chitin oligasaccharide binding protein
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
529
structure length
529
Chain Sequence
RSELTIVPDFYPTMVRNFNPYLATNLRTTTDFIYEPLVVFNEMKGNTPVFRLAESYKMADDLMSVTFDIRKGVKWSDGEAFTADDVVYSFGLLKAKPELDQRGINKWVTSVEKVDEYKVRFRLSEANSNVPYEISLIPIVAEHVWKDVKDPTTFTNENPVGTGPFTVIDTFTPQLYIQCRNPNYWDAANLEVDCLRVPQIANNDQLLGKIVNSELDWTSSFVPDIDRTYAAANPNHHYWYPAAGTQAFMVNFKNPDPAKKEALDNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGSGTVNDFASGLGYAFEAWSDEATHKKYKGFNTYDVEGSKKLLAKAGFKDVNGDGFVETPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLQEVGIKAKARTPEFAVYNQAMLEGTYDVAYTNYFHGADPFTYWNSGYNSALQSGDGMPRFAMHYFTDKKLDGLLDSFYKTADKNEQLAIAHGIQKIIAENQVTIPVMSGAWMYQYNTTRFTGWWSEENPKGRPSVWAGIPERLLHVLDLKPVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the liganded and unliganded periplasmic chitin oligosaccharide binding protein
rcsb
molecule keywords Chitin Oligosaccharide Binding Protein
molecule tags Sugar binding protein, signaling protein
source organism Vibrio cholerae
total genus 168
structure length 529
sequence length 529
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1zu0A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1zu0A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1zu0A02
2I4BA 4YB6A 2X7QA 3DP6A 3O29A 5DEXA 4N13A 4NF5A 3IO6A 4U21A 1EZOA 3KN7A 1NMUA 4POXA 3EF7A 3H6VA 1B9JA 3FV1A 2QJEA 1TFAA 1MM6A 4MFIA 2WOKA 5I57B 5CMMA 3USDA 1QVSA 3T96B 3SDFA 5IKBA 3E3KA 4F1UA 1N7WA 4YICA 2F97A 4DE8A 4KQPA 4QF9A 2XD3A 1GGGA 3CR9A 5DVIA 4HS7A 4JWXA 3LR1A 3CFLA 2I48A 4Q30B 3MVWA 4M1VA 2X26A 3D4CA 3ECRA 2Z8DA 1D3KA 4TQUQ 1Y3QA 1II5A 3MW0A 1Y4CA 4BDRA 3QAXA 3WAFA 3VVDA 4YZZA 4YU0A 2PYYA 3QYTA 2NUVA 3PPOA 3IB0A 3OENA 1B1XA 3H6UA 2F35A 1H3DA 3B7DA 3DELB 1AMFA 1O7TA 4F2QA 3O66A 3I5OA 2RCBA 3FASA 4JSOA 3UP9A 1TFDA 1QULA 2DVCA 4ELPA 1QKBA 3O28A 1LSTA 4TLMB 1R1NA 4EQ9A 1S7YA 5AA2A 4H1XA 5H8NA 2WOLA 1J1NA 1GTKA 3RTFB 2ZYKA 4Q5TA 3K6UA 4YKPA 1MPBA 4C0RA 4H6DA 4G8HA 4R75A 3GXAA 3H4ZA 4LQ5A 1SYIA 4P11A 5EYFA 4R73A 1FTJA 2E1SA 3SERA 2UXAA 3M3FA 1N76A 4ZS9A 3K0VA 3LVUA 1SW1A 2DWJA 4OETA 1H43A 3LBSA 4QFKA 3ONMA 2DYXA 3LC8A 2D5WA 1N3XA 2QS4A 1Y3NA 3RGYA 3TCGA 2ZYNA 4G68B 5H8HB 3TCHA 2QMXA 4QHQA 3FTOA 1UTBB 5L9MA 2M8CA 2I49A 3K6VA 1QKAA 2DQVA 4IO4A 3TUSA 3MAMA 4NF8B 3EHTA 3KOTA 1HSLA 4MH5A 4XKPA 2A5SA 4R6KA 3RUMA 2P2AA 3CSGA 1YPNA 4M4GA 2F6GA 1FQEA 3VVEA 4ZEKA 1JW1A 4KCCA 2UVJA 3FATA 1XVXA 1RYXA 4R2BA 2QL3A 4H5FA 3DP4A 3K1MA 1B5JA 1MG1A 2XHDA 1MDP1 3FVOA 4E0XA 3KGCA 4EF1A 2OCUA 1LCFA 2XXRA 4PFTA 4F3SA 3MVZA 4U1ZA 5AA4B 4ZDMA 1NNFA 1N3WA 3MP6A 3OXNA 5DVFA 3SEYA 1PC3A 3E13X 2Z22A 1QUJA 2IEEA 3HCQA 3V5AA 3IK6B 4YB7A 3KFMA 5AA1A 4IO2A 4EXLA 4IY5A 5CMCA 4GOTA 4NEDA 5IAIA 4IB2A 2ESNA 1MRPA 1MQIA 1B4ZA 2XD2A 3FJ7A 1Z7NE 1OIBA 5DT6A 2O1MA 1M5EA 3TKDA 1N84A 3A09A 1MDQA 2R6GE 3KN8A 1CE2A 2UYEA 2Z8EA 2D21A 4NF5B 4U4SA 4FATA 1NH7A 1MXWA 2HAVA 3N6TA 3DRHA 2F7BA 3G3JA 3L6HA 3KJ7A 4OMBA 4ZEDA 4QFNA 3ZKLA 1FCKA 2GHAA 3WAEA 3G3GA 2F36A 5FTIA 3FXRA 4DZ1A 4N6PA 1I6AA 3RYAA 3N26A 5K2XA 3VDFA 1B58A 5FTHA 3C34A 3GZGA 3OEKA 1MM7A 1URGA 4RPNA 4R6HA 2O7IA 4YKIA 4FEDA 4EUOA 1MQHA 4ND9A 5H8FA 3UIFA 1URSA 1UIVA 4PQJA 2B4LA 3VFJA 4GVOA 3TQLA 1GR2A 1ZTYA 4AB5A 1WODA 1LLSA 2Q2CA 3QSLA 5A5XA 5TPAB 4G4PA 3TTKA 1B6HA 3QIMA 1LAGE 4F2OA 2UVIA 4PP0A 1B51A 5CMKA 3RPWA 1B46A 3IOVA 1IQ7A 3C33A 3PAMA 4KI0E 2GRVA 4Q8RA 3BBRA 3FJMA 3VLWA 3TTNA 5KDTB 1MQGA 5LOMA 5AA2B 1OVTA 5H8NB 2F5XA 1A40A 3H7MA 4OHNA 1MXVA 4F1YA 3TFLA 5K2YA 4ZECA 4IGRA 2XXVA 3DRKA 3SEVA 2XXPA 2O69A 4DXBA 1H44A 3I3VA 2DXRA 4QSEA 1DOTA 3VXCA 4IO3A 2XXXA 1DPPA 3G7WA 3MQ9A 1MH4A 1B1HA 2P0SA 1POTA 3OO7A 4F22A 2O1LA 3RY3A 4FEBA 3RQTA 4NF6B 4BDLA 4MF3A 3FVGA 4RYAA 2F7AA 1EU8A 4JDFA 1ZU0A 3MPLA 4OTEA 1LBBA 1Z7ME 4I8CA 3RTWB 2CMOA 4K3FA 4C1TA 3LSLA 3W9WA 3MVXA 3TAJA 3A3CA 3KG2A 1PEBA 5I59A 2OLBA 3ZKKA 4DXCA 1FQFA 3U93A 3BFUA 4OYVA 1SDXA 1LAFE 4R9GA 1I69A 2D3IA 3DRGA 3HHGA 3T66A 2QRYA 3Q29A 3TODA 3TCFA 1WVJA 1LAXA 2YLNA 4HCYA 3PUZE 2O7UA 3CVGA 1D9YA 2GHBA 2NVUB 1LGBC 3JYRA 5FHNA 4XKQA 5HBCA 3LSXA 4MLQA 1RYOA 2AL4A 5H8QB 3O9PA 1DTZA 4AQ4A 2YJPA 5L8DA 4IY6A 3B6TA 3CFXA 3KN3A 2HFBA 2RF1A 4HW8A 2KLFA 4DLDA 4GL0A 3MP8A 1VSOA 3IOWA 3OD7A 2WOPA 3DRJA 3M8UA 1A7LA 3HN0A 2XXIA 1JEUA 5KCJA 3KEIA 3S9MC 1SW5A 3PUVE 2HZKA 5H8SA 3C4MA 1WDNA 1Y9UA 3G3HA 4PFUA 1P1UA 2I3WA 4MBPA 3KBRA 3C32A 3ILTB 5JEIA 1Y1ZA 5I58B 4LP2B 1BLFA 4ZZEA 3M3KA 2DE2A 1B0HA 3TTMA 4RNSA 2REJA 4GQOA 1Y4TA 1DMBA 5HM4B 4LVQA 3JV9A 1ZKBA 4QRZA 3K00A 3FIRA 1TT1A 1B5IA 1MY3A 2V25A 2ZNTA 1LBCA 5J1DA 3K1PA 2RC7A 3ODBA 2Y84A 3IO4A 1MPDA 3SETA 3RT8A 2PX1A 1IXCA 3DP8A 1A99A 4OESA 2F7CA 2O84X 4GD5A 3K6XA 2LAOA 1LFHA 2QS1A 1ZMGA 4R6YA 3T9XB 4R9FA 1LB9A 2R9JA 4OERA 3VLVA 1P1OA 1MXZA 3H3GA 3UK4A 3CHGA 2DSFA 1AOVA 2I0CA 4JWYA 2F8DA 4OVJA 3EHSA 1MXYA 3PMXA 3PPNA 4N07A 3U1OA 3IJOB 4C1UA 4YB5A 1IIWA 1H45A 4P0IA 1XOCA 1JVXA 2QSXA 2W7YA 1ATGA 4OENA 2V3QA 4OFLA 4NMYA 4QFLA 2DOJA 1QJMA 1N7XA 3THIA 1O64A 3FGSA 3TPAA 4ZEBA 5JTYB 4NE4A 1A54A 3IJXB 5EHMA 5I2KA 3S4UA 4FIMA 1JNFA 1IEJA 2F34A 1LFIA 4G2ZA 1ZBMA 2ZMBA 2Z23A 1B2HA 1MXUA 4EXKA 4MLVA 3QUFA 2ABHA 4QSCA 1EZPA 4X1BA 3PPRA 4JWOA 2HXWA 2I0BA 3MVYA 3CG1A 4L17A 1Q35A 3QUJA 3IB2A 4H65A 2NXOA 1KWHA 4OFJA 2HEUA 3IL1B 4WEPA 2V84A 4QFOA 1B05A 3A3UA 3K01A 1SW2A 4ISUA 5I59B 3C35A 4IGTA 2ZYOA 3U72A 3UGWA 2B4MA 2RC9A 3PPQA 4H8IA 1B7UA 2HQ0A 5JK4A 5F7VA 2RC8A 2Y7RA 1H76A 1VFDA 3IX1A 3RYBA 4ZE9A 2FNCA 3C31A 4F31B 1SW4A 1NKXA 5FHMA 3PGFA 3N5LA 5DEXB 3UA8A 3FUZA 2H5YA 1AIVA 3TDJA 4LATA 1ZIUA 4GXAA 1M5DA 1EH3A 4KFQA 1GV8A 3OO9A 3M3LA 1LAHE 1FQAA 2V3UA 3OMBA 4OEVA 2OWTA 3IAZA 4I1DA 2VHAA 1MH3A 2GFEA 3G3IA 4PETA 4Z7EA 1A55A 1OVBA 3LSWA 2V93A 2A5TA 3IOTA 4RK2A 5KCJB 4FORA 3QK6A 4LUBA 3ZS6A 1P99A 5M2VA 1US5A 3Q28A 4RA1A 3EPEA 1JW4A 3PMVA 2NWJA 1B3GA 3F11A 3E4RA 3PUYE 4FECA 3VV5A 1TWYA 4H8JA 1GVCA 4U1OA 4KYSA 2VGQA 1ELJA 1Q1KA 2UVHA 2I58A 3K2DA 1MY0A 3K6WA 3TYHA 4H5GA 2OBGA 3CSBA 1Y20A 1FTKA 3UORA 4DIGA 4ELQA 2HZLA 3SKPA 2XXTA 1MQDA 3Q27A 3RLFE 5B7DA 3DLNA 5ITOA 1B40A 1FQCA 4BDNA 4ESWA 3EQ1A 3EN3A 1IXHA 2R71A 2DWHA 5I56A 4G68A 3HHFA 1JW5A 1B3FA 4G8MA 3T9UA 1YAEA 4F1VA 1IXGA 3UN6A 3OO6A 1SI0A 2REGA 3TMGA 3K1NA 4XKRA 1XHYA 4KD5A 3HPIA 4R72A 4WKMA 1NNPA 3IR1A 1B3LA 2RCAA 1PBQA 1DSNA 4OXVA 4R2FA 2VD2A 4KPTA 1S9TA 3KJTA 4TLLB 3MC2A 4AB6A 1BP5A 3SEUA 3SESA 3MZBA 3PU5A 2XXQA 1SBPA 4I9DA 4YMAA 2B65A 3V83A 1B32A 3K02A 4NF4A 1ANFA 5ITPA 1POY1 1JVYA 2DE3A 2ONSA 2GH9A 1SD3A 3PPPA 2F6PA 3S2VA 4LZ7A 1FW0A 5FHOA 2H99A 5BUUA 3DM0A 3GBBA 3HSTA 1D4NA 3S9EA 3MZ1A 5CI5A 3V89B 5I2NA 4GWOA 1Y3PA 3RN8A 3T22A 1P1WA 2DP8A 3CRBA 4OZ9A 5KZTA 1AH5A 5I2KB 2F78A 2OK2A 1IUDA 4IO6A 3AXFA 5AA2D 2Q89A 3VVFA 2QS2A 3O2AA 4H0WA 3GLBA 3KSJA 2FA7A 2RKMA 4WXJA 3D4GA 4IO5A 1B7HA 3O6GA 3CG3A 1PB7A 5BWJA 3HV1A 4G77A 3DRIA 1XT8A 1B52A 4OFOA 3W15C 2DVZA 1RKMA 2P1SA 3LUYA 1FTOA 2UYFA 4GF8A 4R74A 2G29A 4LQ2A 2IA4A 5L9OA 4BDOA 4GL8A 1UTHA 1VE4A 1NFTA 2FYIA 1BTJA 2OJTA 4O3BA 4U23A 4GLIA 3H03A 3PMWA 2XX9A 3ZSFA 4ELOA 2XXWA 3VXBA 3H06B 1ZLQA 4WEDA 2HCAA 1YCJA 4XTCQ 4QFPA 4LZ5A 2ANJA 1TXFA 2B3BA 3OOAA 3B6WA 4LONB 3FVKA 3C36A 1LFGA 3FD3A 1N0TA 3FJGA 1DPEA 1M5CA 3PD8A 3MJNA 2V3TA 1R9LA 1IXIA 2WKYA 2E0SA 4PFWA 3P7IA 4OQOA 1FQDA 3TZAA 4JXIA 4Z0IA 4NTLA 3FVNA 5AE4A 3IOUA 2RINA 5TPAA 1PB9A 4TOZA 5CM6A 1USYH 2Y7IA 2XXYA 1EZ9A 2YPNA 3B6QA 3RT6B 1R9QA 4IO7A 2Q9TA 2Y7KA 2QPQA 4XIGQ 2Y7WA 4GRKA 1HSEA 3FXQA 4O3AA 2A5TB 5H8FB 3PUXE 4U2RA 4KYEA 3TQWA 3L6GA 3MUQA 3HO7A 5TP9A 2ONKE 2Z8FA 4RK9A 5KDTA 4GFRA 4F3PA 2PVUA 3N6UA 4I62A 4H67A 1IITA 5A5XB 1US4A 3H6TA 3MPKA 1JQFA 2O6AA 1Y1MA 4YMBA 3MP1A 2Q8JA 3S9NC 2BJJX 2THIA 4F3BA 3OO8A 3K4UA 3TEPA 1I6BA 2VOZA 2X7PA 1XVYA 4NF6A 2ZXTA 5I56B 1XC1A 2O51A 2HAUA 1A8FA 3MBPA 1B4HA 3RNNA 3TTLA 3PUWE 4UA8A 5EHSA 2XX7A 1CB6A 2QMWA 4LZ8A 3EHUA 4BDMA 3ILUB 4ZE8A 5CMBA 5CRYA 5ICQA 3OEMA 1O63A 3G3KA 4G8NA 5ELVA 4GIZA 2G93A 2XX8A 4O3CA 1FTLA 1PB8A 2AIXA 1SQYA 4XKNA 1B5HA 5CBSA 3C9HA 3KSXA 2I4CA 1F9BA 4YAHX 4EDPA 5AA3A 2NOOA 4X9TA 2ZNSA 3IORA 1OMPA 4NF4B 3U94A 1P1NA 1NH8A 2OZZA 5CBRA 3CI8A 2XXUA 2I6EA 4GXSB 1ZJLA 4KHZE 4DCXA 5ICTA 5CC2A 2DWIA 5I2NB 4JSDA 1FTMA 4FE8A 1UIUA 1B7ZA 3N94A 2DWAA 3T9HB 1QUIA 3W9VA 1JEVA 5H8QA 4F18A 3E9XA 3VE1B 5I57A 4F19A 3BKIB 2CZLA 4X48A 5DTBA 1M5BA 3MZ9A 1OQHA 1PBPA 4RJZA 2ALUA 1VFEA 1SI1A 3FXUA 3TELA 4ECFA 3O97A 1MY1A 3T9VA 4THIA 3BFTA 1MXXA 3O6IA 1MY2A 3FV2A 1I6QA 4RXLA 3O6PA 2H25A 4P0GA 1JETA 4POWA 5I58A 1NNKA 1UQWA 2H98A 1UTHB 4BDQA 4LA9A 4U22A 2XXHA 1MPCA 3I6VA 3JZJA 3VLUA 3KOSA 1T0KA 5TU0A 4JB7A 1QW0A 4KCDA 2PT2A 2QS3A 1OQGA 3SEWA 2AL5A 3MWBA 3DRFA 3R26A 1VR5A 3U8QA 3PV0E 2PBWA 1BKAA 5B70A 1M5FA 4ELRA 2O68A 3V8XB 2PMSA 1MS7A 4ONYA 1A8EA 3T93B 4PE5B 1PDAA 2B3FA 2VP1A 1B0LA 1FQBA 2ONRA 4EQ7A 3FZVA 5DYHA 2Q2AA 4F3GA 2I3VA 3OSRA 2UVGA 4DDDA 3S9LC 1SVXB 1DTGA 3CIJA 1N04A 1B3EA 5DVJA 4DCYA 3KZGA 3R6UA 1L5TA 4XXUA 1YTVA 5H8HA 2VD3A 3QXMA 1MQJA 4X1DA 2DXYA 4HCWA 1MY4A 1UTBA 3O6HA 5TP9B 2Q88A 5ISUA 1P1QA 1BIYA 1URDA 4NF8A 3Q26A 2DE4A 5JTYA 4FJPA 4F39A 2Y7PA 2OWSA 4DXUA 3CFZA 4ZEFA 2H9BA 4G68C 4NWCA 4ZEIA 4UACA 4ZZAA 1QUKA 3SEXA 2DS9A 1USYE 4BLAA 4PFYA 3OELA 3Q25A 4FAJA 4OEUA 1D9VA 1LCTA 1R6ZA 1NL5A 3H6WA 1AL3A 1NNTA 4E0WA 1B3HA 4YKJA 4KR5A 4NWDA 4U4XA 5L9SA 3PD9A 1OLCA 4F29A 2PT1A 3GBAA 1S50A 4Q0CA 5AA4A 4QSDA 1LB8A 4KYDA 3OSQA 3U92A 5HPQA 2ZYMA 4HTGA 3R7XA 1XS5A 4EF2A 3G3FA 4OWDA 1IZ1A 2ZNUA 3IB1A 5F1QA 4ESXA 4JBZA 3LSFB 1OLAA 4RY1A 3TTRA 2AYSA 4YKKA 5I84A 1SYHA 4RPOA 2H4IA 4EQBA 1HSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I4BA 4YB6A 4XEQA 2X7QA 3DP6A 3O29A 5DEXA 4N13A 4NF5A 3IO6A 4U21A 1EZOA 3KN7A 1FRPA 1NMUA 4POXA 3EF7A 3H6VA 1B9JA 3FV1A 2QJEA 1TFAA 2FBPA 3EKIA 1MM6A 4MFIA 2WOKA 5I57B 5CMMA 3USDA 1QVSA 3T96B 4PBHA 1K9ZA 1LBXA 2Y5KA 3SDFA 5IKBA 3E3KA 4F1UA 1N7WA 4YICA 2F97A 4QBAA 4GWSA 4DE8A 4KQPA 4QF9A 4N8YA 2XD3A 2FVZA 1GGGA 2PCRA 3CR9A 5DVIA 1NV2A 2ZZWA 4HS7A 3LR1A 4JWXA 3CFLA 2I48A 2BJIA 3MVWA 1RDYA 4Q30B 4M1VA 2X26A 4PBQA 3D4CA 3ECRA 2Z8DA 1D3KA 4TQUQ 1Y3QA 1II5A 3MW0A 1Y4CA 4BDRA 3QAXA 3WAFA 3VVDA 2FHYA 4YZZA 4YU0A 2PYYA 3QYTA 2NUVA 3BIGA 3PPOA 3IB0A 3OENA 1B1XA 3H6UA 2F35A 1H3DA 3B7DA 3DELB 1AMFA 1O7TA 4F2QA 3O66A 3I5OA 1JP4A 2RCBA 3FASA 5T3JA 4JSOA 2PFYA 3UP9A 1TFDA 1QULA 2DVCA 4ELPA 1QKBA 3O28A 1LSTA 4TLMB 1RDZA 1R1NA 1NI9A 4EQ9A 4PAIA 1S7YA 5AA2A 4H1XA 5H8NA 2WOLA 1J1NA 1GTKA 3RTFB 2ZYKA 4Q5TA 3K6UA 3B8BA 4YKPA 1MPBA 4C0RA 4H6DA 4G8HA 4R75A 3GXAA 2KR0A 3H4ZA 4LQ5A 1SYIA 4P11A 5EYFA 4PAKA 4R73A 1FTJA 2E1SA 3SERA 2UXAA 4I40A 1FSAA 3B50A 3M3FA 1N76A 4ZS9A 4MNPA 3K0VA 3LVUA 1SW1A 2DWJA 4OETA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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