1B05A

Structure of oligo-peptide binding protein complexed with lys-cys-lys
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 185
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b05A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b05A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b05A02
3K6VA 5DEXB 1YPNA 2NOOA 5IKBA 4ELRA 1QW0A 3PD8A 1DOTA 4OFJA 3RT8A 2NVUB 1UIUA 3G7WA 2O51A 4U23A 3QK6A 3ZSFA 3PPPA 1WVJA 1B3EA 4ZZAA 1AIVA 1QUIA 2WKYA 4LZ7A 1ANFA 3VFJA 3GZGA 2I3VA 1B32A 3V8XB 3S9MC 2DWHA 3PPOA 3OXNA 3A3CA 2PT2A 3VVDA 2RC7A 3PUXE 1IXHA 3FVGA 2LAOA 3QUFA 1MDP1 4ZZEA 3TEPA 4X9TA 5DYHA 2I6EA 5CI5A 2Q89A 1DTZA 1JEUA 1A40A 1B46A 3K0VA 1FQCA 5HBCA 4WEDA 4G8NA 2F6PA 1LBCA 3LR1A 3RQTA 1M5BA 3SERA 4R9FA 5J1DA 2Y7PA 3IORA 4OYVA 4QFOA 4IGTA 3N6UA 2O7IA 3I3VA 2NUVA 1Y20A 2ZYNA 3TDJA 1N3XA 1A55A 4LQ5A 2IA4A 3H6VA 3PV0E 1PB8A 1H44A 1Y1MA 3C9HA 4R6YA 1ZLQA 2ONRA 4XKNA 2ZYMA 4BLAA 1IIWA 2B3FA 3W9WA 3CRBA 1NNFA 2DS9A 3TQLA 3V89B 2H98A 4N07A 4BDMA 4EDPA 1MS7A 2F7BA 3MJNA 3T9VA 3Q28A 2ABHA 3O97A 3DRJA 1D4NA 3N26A 4POXA 1FQEA 2O68A 2Z8EA 3SEVA 3K2DA 3F11A 4DZ1A 1NKXA 3DELB 1N76A 3ECRA 4G68C 3TKDA 3KN8A 5FHMA 4L17A 4F29A 1JW1A 2HXWA 3USDA 1O63A 3N5LA 2RCAA 4LP2B 5AA1A 1LFGA 1SI0A 4KYSA 5A5XA 1P1WA 1MXWA 3PPRA 4MF3A 3U8QA 1MY2A 4RNSA 1P1QA 4NF5A 3OOAA 3OSQA 1MRPA 1RKMA 1D9VA 1ZIUA 2DVCA 1Y4CA 4Z0IA 4G8HA 4C1UA 1IXIA 1ATGA 1SBPA 1O64A 4QRZA 5L9MA 4JWOA 2B4LA 2VGQA 3LSXA 4PFTA 2CMOA 2I0CA 1OQGA 1QJMA 1HSEA 4PETA 3FJGA 3TODA 5I84A 3G3IA 3GLBA 4TLMB 2HZLA 1MG1A 1SW4A 1LB8A 4IGRA 2I0BA 5F1QA 4ELQA 1LAHE 4E0XA 4AB5A 3C36A 5L9SA 4HCWA 2VP1A 4NF8B 3CI8A 3TCGA 2XD2A 4LUBA 3CVGA 1S7YA 4ELOA 4XIGQ 1B52A 1D9YA 1ZU0A 4QFPA 3IB0A 3FV1A 4WEPA 4OENA 2A5TB 1M5DA 1XHYA 4MLQA 2Z22A 4C0RA 3OEMA 2UVGA 2RF1A 2AL4A 3ODBA 2XXTA 2QS4A 2FNCA 4O3BA 4LATA 5CC2A 1MQDA 4G77A 2V3UA 4O3CA 2DSFA 3PPNA 1Y4TA 2FYIA 3DRGA 4F22A 2Q2AA 3VLVA 2VOZA 3K1MA 4R73A 2F35A 4N6PA 2IEEA 5TPAB 3HV1A 4Q5TA 5CBRA 4GQOA 1DTGA 1Q1KA 3TYHA 5H8HB 5ICQA 3MWBA 4F1UA 1HSLA 4Q30B 1MPDA 1I69A 2DE3A 1OLCA 2F97A 3FJMA 3ILUB 2NXOA 1A8EA 5FHOA 5I57B 4OETA 1R1NA 3CIJA 4R72A 5BWJA 3B6TA 3FD3A 3MZBA 2HAVA 3MZ1A 4TQUQ 4OERA 4M1VA 3TTLA 3T9HB 3EF7A 3V5AA 4PFUA 2DQVA 3L6HA 2UVJA 3I6VA 3FIRA 5H8QA 1IQ7A 2DE2A 4Z7EA 3D4GA 1IXGA 2HZKA 4XKRA 2Q8JA 4F1YA 5I58A 4HS7A 4DCXA 5ITPA 1MM7A 2V25A 1MXUA 1A54A 2QS3A 3EHSA 2R6GE 3B6WA 1BLFA 4HW8A 5K2XA 3MP1A 5CM6A 3CG3A 3TMGA 1OMPA 4H8JA 4I9DA 3K01A 3S2VA 3FXRA 3DP4A 5EHSA 4ZEBA 1DSNA 4KR5A 5IAIA 3IO6A 3MPKA 3G3HA 4NWCA 2QMWA 4YZZA 1S9TA 1BKAA 4HTGA 4F18A 5CMKA 3M3FA 1HSJA 4KD5A 3KSXA 4F3BA 2E0SA 4DXBA 4PP0A 2RC8A 3H06B 5HPQA 3PAMA 4MFIA 4O3AA 3PGFA 3DM0A 2I48A 3M3LA 4NMYA 1MXYA 5DVFA 2THIA 4FEDA 2CZLA 1N7WA 2H99A 4U2RA 1MY0A 4OWDA 5JEIA 1POTA 1FTLA 1OVBA 1ZKBA 3SKPA 1S50A 2QJEA 2H25A 1N84A 2PMSA 3HHGA 1RYXA 2I58A 1VR5A 1MQIA 3BKIB 4GXSB 1NNTA 1LGBC 2HAUA 2FA7A 4F3PA 1Q35A 3O6IA 2G29A 3HHFA 3MVZA 3DLNA 2X26A 4N13A 3OEKA 4OESA 3E4RA 4KYDA 3RNNA 1FTKA 1XT8A 3LVUA 2B3BA 3TCFA 1EZ9A 1QVSA 3TTNA 3VDFA 5M2VA 1SW2A 1B5HA 3C35A 1OIBA 4I1DA 5DEXA 4JWYA 3CFZA 3RTFB 1IZ1A 1B3LA 2ONSA 1FCKA 2XXUA 4YB7A 3I5OA 1QKAA 2BJJX 2F8DA 4ECFA 3O29A 1EZPA 1US4A 3PMWA 1LAXA 2GH9A 3R6UA 4U1OA 3K6XA 4LONB 1MY1A 1ELJA 2KLFA 3QXMA 3IB1A 3C33A 3JYRA 3TELA 4DE8A 4MH5A 1FTOA 2DWJA 1JVYA 1Y1ZA 3KJ7A 4TOZA 1UTBB 4UACA 4GWOA 2B4MA 1SDXA 2H9BA 2GHAA 2YLNA 3S9NC 3FATA 1IEJA 4R2FA 4IO6A 4OEUA 3LSLA 3SESA 3TTRA 5JTYB 1R9QA 4R6HA 1RYOA 3S4UA 3QYTA 2AL5A 4H5FA 4I62A 3EPEA 3TFLA 2RKMA 5FHNA 1SI1A 2H4IA 4GOTA 4R74A 4U22A 4OMBA 1GV8A 1SD3A 2HQ0A 1FTJA 4ESWA 1US5A 3FUZA 1KWHA 1NNPA 3EQ1A 1A8FA 2X7QA 3MVWA 3G3GA 4G68B 4XKPA 3DRHA 1I6BA 2NWJA 4OZ9A 3IB2A 3N94A 4QSEA 3BBRA 2QMXA 1FTMA 3HPIA 1TFDA 4KHZE 5I59B 1IXCA 3H4ZA 5H8FB 4ISUA 4OXVA 1OLAA 4F2OA 3K6WA 4X1BA 3LC8A 2HFBA 3MBPA 5DVIA 1BTJA 1DPPA 1B7HA 1LBBA 1SVXB 4ZE9A 3MC2A 1JETA 4IY5A 4IO3A 3VE1B 2OWSA 3FGSA 2B65A 3A3UA 5AA3A 5AA4B 1JEVA 5DVJA 2ZMBA 4PE5B 4OFLA 3OELA 2HCAA 1LAGE 4ZEKA 1QULA 3KN3A 3H03A 2XXQA 2XXYA 4KYEA 4NF4B 4EF2A 3VXBA 4P0IA 3U92A 4YU0A 4QFLA 4GL0A 3EHTA 5ELVA 3OO9A 4F31B 3KGCA 4KFQA 1UQWA 4BDNA 3OMBA 2Y7RA 1FQAA 3TZAA 4DCYA 2R71A 2W7YA 2RC9A 3KFMA 1MQGA 1URSA 4H0WA 3B7DA 5B7DA 3TTKA 1LSTA 3E9XA 4IO4A 3RN8A 1USYE 4GD5A 3MUQA 2Y7IA 1ZMGA 2I3WA 1H45A 1B4ZA 4R9GA 1YAEA 2DWIA 3VXCA 1XC1A 4U21A 1LCFA 4ZEFA 3C34A 4WKMA 3HO7A 2O7UA 2Y7WA 4Q0CA 3E13X 3DP6A 1EZOA 1MH4A 1P99A 4BDQA 3DRKA 3UA8A 4NF8A 3W15C 3IJXB 5BUUA 1A7LA 5I2NB 4F2QA 3BFTA 1FQFA 1F9BA 3SEYA 2XHDA 5I56B 3G3FA 4RK9A 2A5TA 4FE8A 5ICTA 1USYH 1B05A 4GVOA 1UIVA 4JB7A 1PDAA 3FJ7A 2Y84A 2XX9A 3W9VA 5I2KB 3RGYA 3EHUA 4IY6A 3G3KA 2ZXTA 1MXXA 4H65A 4GLIA 1Y3NA 5TU0A 5H8NB 3O6PA 2ZYOA 1FQDA 2F34A 5EYFA 3IAZA 3FTOA 3M3KA 5TPAA 4OEVA 1BIYA 3CFXA 4NF6B 1GGGA 1POY1 4LA9A 4RY1A 1LFHA 2P1SA 1D3KA 3KOSA 5H8HA 3IJOB 1B7ZA 4EQBA 2G93A 1P1OA 3KEIA 1LLSA 3OENA 1SYIA 3FVNA 4ESXA 2X7PA 2O6AA 2OZZA 3O28A 1EU8A 4U4XA 1MXZA 3S9EA 5I57A 3O6HA 4XXUA 4JDFA 4NEDA 2XXRA 4NE4A 3QIMA 1OQHA 2O69A 1MQHA 4UA8A 2WOKA 1MY3A 4POWA 1XVYA 1MM6A 3O2AA 2QL3A 3QAXA 4G8MA 3OD7A 1MDQA 1GTKA 2E1SA 3PPQA 1NH8A 4M4GA 3OSRA 3CHGA 1TFAA 3IK6B 2F36A 1T0KA 5TP9A 1B3FA 1VFDA 4P0GA 3KBRA 4ZEDA 3JZJA 2ZNSA 3K1NA 3KZGA 1H43A 3UGWA 4ZE8A 4LVQA 2UYEA 1BP5A 3UP9A 4G4PA 5KCJB 4X48A 4I8CA 4F1VA 3SEXA 2PX1A 1QUKA 3HN0A 4QHQA 3WAEA 3L6GA 1B1HA 5DTBA 1VFEA 3B6QA 1JNFA 3C4MA 3H6UA 2F78A 4LQ2A 4YB6A 3PUZE 5CMBA 4IO5A 1ZJLA 3OO7A 1N04A 2XX7A 4GF8A 4GXAA 4EXKA 4OVJA 4YKPA 1SQYA 3H6WA 4FIMA 4YB5A 2D5WA 3OO6A 1FW0A 5KDTB 1PB9A 1AL3A 2Z23A 4EQ7A 2Q88A 4LZ8A 4IB2A 3THIA 5LOMA 1VSOA 3N6TA 4QSDA 2GFEA 3IOUA 2UXAA 2DXRA 2DE4A 3TAJA 1UTHB 4WXJA 3GBBA 2DOJA 2DWAA 4IO2A 3MZ9A 5B70A 2OCUA 3KJTA 1Y3PA 4FAJA 3EN3A 5AA2B 4GIZA 4FATA 4EF1A 1B9JA 1JVXA 2Q2CA 2ZNTA 3VLUA 5H8SA 3RUMA 4DXCA 1XVXA 4DLDA 4XKQA 4ZECA 1CB6A 3C31A 4DIGA 3GBAA 1Y3QA 2ALUA 1B7UA 2Z8DA 1M5EA 1PC3A 4YKIA 5L9OA 1LAFE 1JW4A 3D4CA 2VD2A 4RYAA 3RT6B 4RA1A 2P0SA 2P2AA 3OO8A 1M5CA 4JWXA 2Z8FA 2HEUA 1N7XA 1UTBA 3MQ9A 4R6KA 1QUJA 2PVUA 2H5YA 4U4SA 3RYBA 4ZEIA 4TLLB 2XX8A 2V3TA 3AXFA 3O9PA 1AH5A 1A99A 1WDNA 1DPEA 5JTYA 3VVEA 3K00A 1URDA 1B6HA 2VD3A 3IO4A 1MY4A 3M8UA 3KG2A 1B5IA 5DT6A 3FVOA 1XOCA 1ZBMA 3SEUA 3PU5A 1YCJA 1JW5A 3PMXA 3T22A 1MPBA 2ONKE 3TQWA 1SYHA 1YTVA 3VV5A 1PBQA 1P1UA 3RYAA 5CBSA 2OJTA 3Q25A 3T9UA 3Q26A 3H3GA 5AA2D 4H8IA 2ANJA 1SW5A 2QS1A 2ZYKA 5ITOA 1I6AA 4G68A 3RY3A 1JQFA 4BDRA 3Q29A 3IOWA 4FECA 4AB6A 3T96B 3LSFB 4YKJA 2PBWA 5FTIA 4F3GA 2REJA 4H6DA 5I59A 5H8FA 3R7XA 3K6UA 4RPNA 3ILTB 4G2ZA 1DMBA 3SDFA 4FJPA 2I49A 4YAHX 4QFNA 3WAFA 2QS2A 2GHBA 4QF9A 1OVTA 3MPLA 4X1DA 1IUDA 4JXIA 3SEWA 3FZVA 1R9LA 2QRYA 5A5XB 2DVZA 5AA4A 2RCBA 3U94A 3ONMA 2AYSA 3U93A 2Y7KA 1B51A 4R2BA 4QSCA 3IOVA 5EHMA 4NF5B 4RPOA 3IR1A 4JSDA 1AOVA 2DYXA 1II5A 2I4CA 1B40A 1PB7A 4EUOA 1MH3A 2QSXA 4NF4A 3QUJA 1NMUA 4F39A 1CE2A 2PT1A 4PFWA 3KOTA 3LUYA 3GXAA 3LBSA 1ZTYA 2AIXA 2XD3A 3Q27A 4KPTA 3K02A 3K4UA 3TTMA 3H7MA 4KQPA 4RK2A 4P11A 2XXPA 1P1NA 4THIA 3IL1B 2YJPA 1Y9UA 2XXVA 3DP8A 5L8DA 2XXHA 4YMBA 3HCQA 1J1NA 1B3GA 4KCCA 3RPWA 3QSLA 1LB9A 1IITA 3MP8A 1PEBA 1GVCA 3MP6A 4PFYA 4YICA 5JK4A 3DRFA 3PMVA 4XTCQ 3JV9A 1B5JA 3MW0A 3FVKA 4FEBA 2WOPA 2OK2A 5I2NA 2D21A 3T93B 1MPCA 3KN7A 4OTEA 3ZKLA 4U1ZA 3CSBA 2V93A 3RTWB 5I56A 4FORA 3E3KA 1NNKA 4ZDMA 1NH7A 3U1OA 1B3HA 4LZ5A 3VLWA 2OBGA 4HCYA 3R26A 4F3SA 2XXWA 2F5XA 4MBPA 5I2KA 4ONYA 3ZKKA 2V3QA 5ISUA 1FQBA 1AMFA 2XXXA 1URGA 3FXUA 2F7CA 3T9XB 1TWYA 1R6ZA 3SETA 1H3DA 1EH3A 2UVIA 1B1XA 5H8NA 5F7VA 2ZNUA 3PUVE 4NF6A 1MXVA 5HM4B 4ELPA 4RJZA 4JBZA 3DRIA 1VE4A 1GR2A 1QKBA 3PUYE 4DDDA 3ZS6A 2WOLA 2F6GA 2REGA 4OFOA 3RLFE 5K2YA 3CSGA 5CRYA 2OLBA 4H1XA 2GRVA 2O1MA 4AQ4A 4RXLA 4K3FA 2O1LA 3LSWA 4GRKA 1O7TA 2DXYA 4H67A 3TUSA 2A5SA 3U72A 3VVFA 2OWTA 4KCDA 2YPNA 5H8QB 1WODA 4OHNA 3IOTA 3HSTA 2RINA 2DP8A 5I58B 1SW1A 4F19A 2R9JA 1NFTA 1B0HA 2D3IA 4BDLA 2I4BA 2UYFA 3IX1A 4EQ9A 3TPAA 3TCHA 1B58A 4KI0E 4NTLA 5TP9B 3S9LC 4DXUA 2M8CA 2Q9TA 3C32A 4H5GA 3PUWE 1M5FA 5KCJA 1L5TA 1H76A 3MVYA 1B0LA 3CR9A 4EXLA 3CFLA 3MVXA 3O6GA 4Q8RA 1NL5A 4C1TA 4IO7A 2XXIA 4YKKA 1PBPA 2PYYA 4OQOA 4QFKA 4JSOA 1LCTA 1TT1A 3CG1A 5FTHA 5AE4A 1I6QA 1N3WA 4GFRA 2VHAA 3UORA 3BFUA 1LFIA 1N0TA 4ND9A 5KDTA 3O66A 4YMAA 1B2HA 2UVHA 1XS5A 3PD9A 2QPQA 3MAMA 3H6TA 5CMMA 3A09A 4ZS9A 1Z7NE 3K1PA 1B4HA 2O84X 3FASA 3G3JA 3KSJA 4GL8A 4PQJA 4E0WA 1UTHA 4BDOA 3V83A 3UN6A 1MQJA 1TXFA 4R75A 5CMCA 3P7IA 3FV2A 5AA2A 5KZTA 2V84A 2F7AA 3T66A 3FXQA 1Z7ME 2ESNA 3UK4A 4NWDA 3UIFA 4MLVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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