1B1HA

Oligo-peptide binding protein/tripeptide (lys hpe lys) complex
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 189
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b1hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b1hA02
4HS7A 4OETA 3S9LC 1B05A 4Q0CA 2Q9TA 3TCHA 3O66A 2OK2A 2XX9A 5H8FA 3E13X 1Y1MA 1A99A 1OQHA 2XXUA 2DQVA 2OWSA 2DWIA 3PUZE 1B51A 1FTKA 1N84A 4XXUA 5I57A 3BKIB 4F2OA 3RYAA 3H6VA 1RYXA 4XIGQ 4KR5A 1MY4A 3M3KA 2XXHA 3O6IA 2QS1A 3SERA 3FXUA 3FJGA 4MLQA 5AA2D 1SW4A 3IL1B 2DSFA 2I4BA 4BDNA 2DVCA 3HV1A 3ZKLA 4WEDA 1FQEA 3K02A 3IAZA 5TP9A 3S2VA 1OIBA 3N94A 2B3FA 3PUYE 5J1DA 2RINA 3PPQA 3RYBA 1DOTA 4GXAA 2XD2A 3K6WA 1IQ7A 2XXIA 2UXAA 1LCFA 2YJPA 2NWJA 1TFDA 3OSRA 3WAFA 2IA4A 3TPAA 2RKMA 4H1XA 1B3EA 3SEXA 3V5AA 3TELA 4R6YA 3E3KA 2XX7A 4RPNA 1H43A 2M8CA 1BLFA 4ISUA 3CHGA 3O6HA 4Z7EA 1P1WA 2OCUA 1XOCA 1F9BA 2ONSA 1B7ZA 1Y9UA 4Q30B 5B7DA 4FEBA 4N07A 2PVUA 2H9BA 3G3GA 3T9UA 3THIA 2ZYKA 4QFLA 4OMBA 3PV0E 3SEUA 4DZ1A 3IOVA 1FQDA 3H3GA 4FEDA 2QMXA 4RA1A 2NVUB 2QS4A 4POWA 1RKMA 1IZ1A 4JSDA 2V3QA 1LB9A 4G8MA 2DWAA 1EZOA 3C34A 1AH5A 1B4HA 3GZGA 1ZU0A 2NUVA 2KLFA 3K6VA 3KJ7A 4U21A 2XXXA 3E4RA 5KDTA 3CFLA 4C1UA 3FTOA 4H8IA 1S7YA 1Y3PA 4BDQA 4TQUQ 3U8QA 3SETA 3RNNA 5H8NB 4GLIA 3A09A 1QKAA 2GHAA 4U2RA 1FTMA 1PB8A 5KCJB 2FA7A 3B6QA 3IB2A 4RJZA 1SW1A 1EH3A 1MXUA 1GVCA 3U92A 1MY1A 4NF4B 3DLNA 4R74A 1O63A 3G3JA 5CRYA 3Q27A 1N04A 2A5TA 1T0KA 1B5JA 2Y84A 3IOTA 2NOOA 1DMBA 3CG1A 1IITA 5TPAA 4PP0A 1BIYA 2X26A 3TTNA 3EF7A 3C33A 1MXXA 5F7VA 3Q25A 5DVIA 5B70A 4QFPA 3D4CA 4QSCA 1JEVA 5ELVA 1AIVA 3KSXA 2HCAA 3EHUA 5ITPA 1B5HA 4U4XA 1LAGE 1LSTA 5A5XB 4GF8A 2F7AA 3CFZA 1DSNA 4IY6A 1KWHA 4PFUA 3RQTA 4NF6B 5L8DA 4KYEA 4PFWA 3S4UA 3OELA 3OMBA 4MBPA 5ISUA 2ZXTA 4U22A 4FE8A 1A54A 4PFTA 4NE4A 4IGRA 4QSEA 1B1HA 3N5LA 3I5OA 2ONRA 3K01A 4QSDA 2THIA 4PE5B 4BDLA 2D3IA 3L6HA 4IGTA 5DTBA 4OVJA 4GL8A 3FVKA 1YAEA 3FATA 4JWOA 1P1OA 1QUKA 3TEPA 3G7WA 5I2NA 4GWOA 3H6TA 2HXWA 4ZEFA 1MDP1 2E0SA 1YTVA 1PB9A 3R7XA 3CI8A 3PGFA 2ZNSA 1POTA 1VFDA 3RUMA 3EHTA 3IR1A 3OO7A 3I6VA 3OEMA 4GVOA 3UGWA 3TAJA 3KGCA 4M1VA 4IO7A 3FV2A 2FYIA 2F6PA 2V93A 5JTYA 2HAVA 2O69A 4G77A 2RC7A 2UVHA 4N13A 4F3GA 3SEVA 1FTJA 2VP1A 2RF1A 4X9TA 4PFYA 1JETA 5DEXA 4GIZA 5CMBA 4WKMA 1USYH 2XXTA 4L17A 5H8QB 1M5DA 2Q88A 2QL3A 4EQ7A 4DCYA 3PMWA 1PEBA 1TFAA 4G8NA 4F3BA 3RGYA 5CC2A 1PBQA 4O3AA 5BUUA 3GLBA 4TLMB 1MPBA 5EHMA 2DWJA 3ILUB 2OWTA 2ONKE 3EQ1A 4LATA 4QHQA 2GFEA 4G68B 1LLSA 1SW2A 4TLLB 3OXNA 3CR9A 4AB5A 1IXCA 2VGQA 2PX1A 2F34A 3M3LA 1QVSA 1VFEA 4IO2A 1B46A 2Y7PA 1LB8A 4K3FA 5I59A 2P1SA 1JEUA 4IO5A 3U1OA 1FQFA 3HPIA 1Y4TA 3LSXA 3H6WA 5KCJA 1H45A 1B0LA 2G93A 4ZE8A 3GBBA 4G8HA 3ILTB 2G29A 1XVXA 4NF4A 3IORA 4DLDA 3MVXA 3I3VA 2GHBA 1J1NA 4NWDA 3T96B 2WOPA 3G3KA 3JYRA 2V25A 2D5WA 3MZ1A 5AA1A 2R6GE 1B3FA 5FTIA 3GXAA 1UTHB 1QKBA 3O28A 4GL0A 4BDRA 3HHGA 3B6TA 5EHSA 2GRVA 4JSOA 1MQJA 1MY2A 3TODA 4XKQA 2Y7RA 3PUVE 2HAUA 4UA8A 2F7CA 4DXBA 2ANJA 4ZEDA 2A5SA 2Z23A 1FW0A 1B2HA 3MAMA 5I58B 3PPRA 1MRPA 2X7PA 5BWJA 1A40A 5TU0A 3MC2A 1OLAA 3O6PA 3FGSA 4ZS9A 3OOAA 1I6AA 2I4CA 4NF6A 2DE3A 4H8JA 1M5FA 2OLBA 1MXWA 3HSTA 2CZLA 4EF2A 1B4ZA 4R9GA 4KPTA 2DE2A 4LQ5A 5AA3A 4UACA 4OFLA 3O97A 4OFOA 4NEDA 4OHNA 3ONMA 1XHYA 2DXRA 4OESA 3R6UA 4Q8RA 1XT8A 2Q8JA 3TTMA 3ZS6A 3CG3A 4O3BA 2F97A 3QYTA 1B3LA 3DP6A 1VSOA 2GH9A 4LUBA 1PBPA 1FTOA 4THIA 4XKNA 3C32A 3CFXA 2RCAA 1D4NA 1S50A 3VLUA 3FXRA 1TT1A 1II5A 3CVGA 4QFNA 3TTLA 2DP8A 1B0HA 3HN0A 3MP1A 3CRBA 4U23A 3VDFA 3KJTA 2QMWA 1POY1 5FHMA 1NNPA 5AA2B 4DXCA 3OD7A 1Y3NA 4R6HA 3RPWA 1MXVA 1LBBA 1Y20A 2ESNA 1MH4A 4GFRA 5FHOA 5H8QA 2HZLA 2XXYA 4ELRA 2Z8DA 3PMXA 3DRIA 3Q28A 3MP6A 1GV8A 4O3CA 1IEJA 1RYOA 1R6ZA 1UTBB 2XXWA 1EU8A 3ECRA 5I56B 1IIWA 1FQAA 5DYHA 3LSFB 3RY3A 4QF9A 4WEPA 1B5IA 1PB7A 3IOWA 3T93B 4G68A 4OYVA 1GTKA 1MXYA 1NFTA 2RC9A 4DE8A 2DS9A 3G3HA 1I6BA 2ABHA 3MW0A 3IX1A 2H5YA 5CBRA 3D4GA 4R6KA 2I6EA 2LAOA 4I1DA 1N0TA 2AL5A 2H99A 2UYEA 3RTWB 1MQDA 2F8DA 1MS7A 3KOSA 2ZYMA 2RC8A 4PQJA 1B7HA 2DVZA 3EHSA 4FATA 3HHFA 5CMKA 3H03A 5CM6A 4RPOA 4N6PA 2E1SA 1WVJA 2Y7KA 5IAIA 3FV1A 1BKAA 4X1DA 4F18A 3MUQA 4G2ZA 2I3VA 3H4ZA 3TYHA 2QRYA 3S9MC 1SI0A 3V8XB 3SESA 3VE1B 1A55A 1AOVA 1OLCA 4ZECA 3VVEA 2XX8A 3U94A 1B3HA 4JWYA 2HQ0A 5KZTA 3TMGA 4AQ4A 1SQYA 3IO6A 2HFBA 3BFUA 3T9VA 3V83A 4OZ9A 4F2QA 5I58A 3KG2A 2OZZA 3E9XA 2Q2CA 3FVOA 1SI1A 4KFQA 1OVTA 1SD3A 1NKXA 5H8FB 1ZLQA 1A8FA 4ESWA 3QSLA 4YB5A 2V84A 3AXFA 4F3SA 3PAMA 4YKKA 5F1QA 3LR1A 3USDA 4GD5A 3C4MA 1LFGA 2I48A 5I84A 5I57B 3UIFA 4RYAA 4TOZA 1H44A 3KBRA 3QUFA 1URDA 3RN8A 1I6QA 1MXZA 4ND9A 3OENA 4NMYA 4OXVA 4F19A 3BBRA 3FVNA 4NWCA 1LAHE 5FHNA 4H0WA 4H5FA 2H98A 4YU0A 4NF8B 4FJPA 2F36A 2AIXA 4EXKA 3KOTA 2REJA 3P7IA 3BFTA 4ELQA 4LVQA 5CMMA 3MZBA 3K0VA 2BJJX 1B58A 4U4SA 4LQ2A 5L9MA 3FJMA 4P11A 4X1BA 3DM0A 3Q29A 3KN3A 1N3WA 1DPEA 2ZNUA 1B7UA 3ZSFA 1QW0A 1QJMA 1EZ9A 2Z8FA 2UVJA 2B4LA 4C1TA 5AA2A 4OEVA 4YMAA 4XKRA 5DVFA 5AA4B 1IXHA 2VOZA 4EQBA 2F35A 3G3IA 4ELPA 3T9HB 5DVJA 3QUJA 1JW1A 2DE4A 2VHAA 5ICQA 2XHDA 1LGBC 3IOUA 2F7BA 3W15C 3TCFA 3DP4A 1B3GA 4LP2B 2P2AA 3DRHA 4QFOA 2O51A 5CMCA 4MH5A 4YB7A 3K6UA 1HSLA 5I56A 4ZE9A 1ZJLA 4LZ7A 3G3FA 3VLWA 2O1LA 3GBAA 4LA9A 1NL5A 3LVUA 1S9TA 2O68A 1TWYA 4G4PA 1M5EA 4ECFA 3TFLA 5H8SA 3JV9A 3K2DA 3IB1A 2Y7IA 1H76A 5H8NA 1B6HA 5KDTB 3UORA 1SBPA 2V3TA 3K1MA 4ELOA 4KYDA 1US4A 1FCKA 1P1NA 1JVYA 2OJTA 4EF1A 1WDNA 4P0IA 2WOLA 1Z7NE 3FD3A 4BDMA 4H65A 3TUSA 1XVYA 2I0CA 4H5GA 2I0BA 3LUYA 1N7XA 1DTGA 3OO6A 1JQFA 2O84X 4ZEKA 3LSLA 2F6GA 2FNCA 4U1ZA 3F11A 3UP9A 3MPKA 2O6AA 4IO3A 3TTRA 1LFHA 1SYHA 2ZYOA 3H7MA 3HO7A 1P1UA 3A3UA 2V3UA 4JBZA 4FAJA 4U1OA 4I62A 1PDAA 5K2XA 3MWBA 1B52A 4YMBA 1URGA 1ZKBA 1Q1KA 5A5XA 4RXLA 1NH7A 1EZPA 3PPNA 4KQPA 4YKJA 4YZZA 1FTLA 1AL3A 2QSXA 1NNTA 1YPNA 5JK4A 1US5A 5IKBA 1MY3A 4EDPA 4I9DA 3IJOB 4JWXA 2IEEA 4XTCQ 5H8HB 3QK6A 3RLFE 4BLAA 1H3DA 1AMFA 2PT1A 2UVGA 4DDDA 2WKYA 3PU5A 1Y1ZA 5L9OA 3FJ7A 5HBCA 1WODA 1USYE 4ONYA 1MM7A 3DRFA 4E0XA 4KHZE 1PC3A 4KI0E 4NF8A 1NNKA 5I2NB 4KCDA 3W9VA 4F1UA 1NMUA 1Z7ME 3M3FA 3VFJA 4KYSA 4ZZEA 1SVXB 1CB6A 3N6UA 1P1QA 4IY5A 2HEUA 2XXRA 4LZ8A 3LSWA 4R2FA 3VVDA 3ODBA 4FIMA 3V89B 2XXVA 5FTHA 3R26A 1FQCA 4H67A 1TXFA 2YPNA 1SYIA 3WAEA 4OERA 4GRKA 4LZ5A 4DIGA 4QRZA 5JTYB 3JZJA 3T66A 3M8UA 3LC8A 3PD9A 4E0WA 3KZGA 4Z0IA 1UIUA 1JW5A 3VXCA 4XKPA 1R9QA 2R71A 3N26A 3ZKKA 3MPLA 3FVGA 4F3PA 5AA4A 1M5CA 5DEXB 3PUWE 2Q2AA 3CSBA 3SEYA 1CE2A 4JXIA 1YCJA 2D21A 1JW4A 2QJEA 1N3XA 1MPCA 3FIRA 1QUIA 3U72A 4ZZAA 2F78A 3N6TA 1QUJA 4OENA 4HW8A 4R72A 1SDXA 5K2YA 3MVWA 5HM4B 2O7IA 3FXQA 3K4UA 2X7QA 4YAHX 3PD8A 4YKIA 3K1NA 3TZAA 1B9JA 3OO8A 1VE4A 3EN3A 3CSGA 1MQGA 2CMOA 3UA8A 3IJXB 3TKDA 3TQWA 3C35A 3MVZA 2O1MA 1HSJA 2ZYNA 2I58A 4IO6A 2AYSA 4AB6A 3OEKA 4P0GA 5I59B 4KD5A 1A8EA 4F39A 3PUXE 4FECA 3LBSA 1ZTYA 3MP8A 1HSEA 4NTLA 5ICTA 1M5BA 1IXGA 1NH8A 4HCWA 1MM6A 3PMVA 4YKPA 4IO4A 1D9VA 3IO4A 3B6WA 3TCGA 5CBSA 3C9HA 2H25A 3DP8A 4KCCA 4EUOA 1UTHA 2Q89A 3RT8A 4DXUA 4C0RA 3SDFA 3KFMA 4NF5B 2H4IA 3OSQA 1UIVA 1D3KA 3TDJA 3HCQA 1A7LA 2RCBA 4OQOA 4RK2A 5I2KB 4POXA 3K1PA 4M4GA 1B40A 3K00A 1MY0A 2Z22A 2Y7WA 2DYXA 1N76A 4G68C 1DPPA 2O7UA 1ATGA 2DOJA 1FQBA 5EYFA 2F5XA 4EXLA 3VVFA 4ZDMA 2ZMBA 3KSJA 1Q35A 1MDQA 1ZIUA 4F1YA 4MFIA 4YICA 2PYYA 4I8CA 3IK6B 3PPOA 5H8HA 2I3WA 3UK4A 3A3CA 4GOTA 3MZ9A 3KN8A 3MBPA 3RT6B 1LAXA 2OBGA 4OEUA 5AE4A 4ESXA 1ANFA 5LOMA 2QPQA 3T22A 1MQHA 3C31A 1O64A 2UYFA 3DRKA 2R9JA 4OFJA 5ITOA 5TP9B 4RK9A 2XD3A 4WXJA 3CIJA 5M2VA 1JVXA 1MPDA 2HZKA 3U93A 4R2BA 1IXIA 4ZEIA 2Z8EA 2XXPA 1MG1A 4F31B 1XC1A 3UN6A 2QS3A 3C36A 1GGGA 1ZBMA 4X48A 4EQ9A 1DTZA 1Y3QA 3EPEA 1D9YA 2QS2A 2PBWA 1NNFA 4F1VA 3S9EA 3DELB 2DWHA 4RNSA 4QFKA 3MQ9A 3FUZA 2UVIA 4GXSB 1QULA 3TQLA 2VD2A 2REGA 1ZMGA 3MJNA 4R9FA 4JDFA 3W9WA 3PPPA 3TTKA 3KN7A 2VD3A 3VLVA 1LAFE 3FASA 4R75A 1BTJA 3S9NC 1OQGA 4JB7A 1B1XA 4HCYA 3O29A 2WOKA 1O7TA 1UTBA 3H6UA 2AL4A 5JEIA 1R9LA 4LONB 3QIMA 1OMPA 3SEWA 2B3BA 2I49A 1Y4CA 2ZNTA 3SKPA 3KEIA 1VR5A 1OVBA 3VV5A 3FZVA 1MH3A 1GR2A 4MLVA 2PMSA 3K6XA 1BP5A 2YLNA 5L9SA 3DRJA 1LFIA 3O2AA 1UQWA 1R1NA 1P99A 2DXYA 1I69A 3O6GA 4BDOA 3MVYA 5CI5A 5HPQA 4F29A 4MF3A 4HTGA 3VXBA 3QXMA 4GQOA 3B7DA 4OTEA 3O9PA 3T9XB 2XXQA 1SW5A 1ELJA 4H6DA 1LCTA 1IUDA 4Q5TA 4IB2A 1B32A 2A5TB 1LBCA 4RY1A 3DRGA 2W7YA 3Q26A 4ZEBA 4OWDA 4YB6A 5DT6A 3H06B 4F22A 3L6GA 5TPAB 4DCXA 4NF5A 3RTFB 2B65A 1JNFA 3IB0A 2NXOA 1MQIA 2P0SA 1XS5A 4R73A 1L5TA 3OO9A 2PT2A 5I2KA 2B4MA 1URSA 1N7WA 4FORA 3QAXA 4PETA 2ALUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HS7A 4OETA 3S9LC 1B05A 4Q0CA 2Q9TA 3TCHA 3O66A 2OK2A 2XX9A 5H8FA 4GBWA 3E13X 1Y1MA 2P3NA 1A99A 1OQHA 2XXUA 3KC0A 2DQVA 2OWSA 2DWIA 3PUZE 1B51A 1FTKA 2PFZA 1N84A 4XXUA 5I57A 3BKIB 4F2OA 3RYAA 3H6VA 1RYXA 4XIGQ 4KR5A 1MY4A 3M3KA 2XXHA 3O6IA 2QS1A 3SERA 3FXUA 3FJGA 4MLQA 5AA2D 1SW4A 3IL1B 1FPEA 2DSFA 2I4BA 4DI3D 4BDNA 2DVCA 3HV1A 3ZKLA 4MAGA 4WEDA 1FQEA 5ET7A 3K02A 3IAZA 5TP9A 3SZPA 3S2VA 1OIBA 3N94A 2B3FA 3PUYE 5J1DA 2RINA 3PPQA 3RYBA 1DOTA 3QMFA 4GXAA 2XD2A 3K6WA 1IQ7A 2XXIA 2UXAA 1LCFA 2YJPA 2NWJA 3U65A 1TFDA 2Y5LA 3OSRA 3WAFA 2IA4A 5EYGA 3TPAA 2RKMA 4H1XA 1B3EA 3SEXA 4G61A 3V5AA 3TELA 4R6YA 4MCOA 4OVQA 3E3KA 2XX7A 4RPNA 1H43A 1XI6A 2M8CA 3PTYA 1BLFA 4ISUA 3CHGA 2QVRA 3O6HA 4Z7EA 1P1WA 2OCUA 1XOCA 1F9BA 2ONSA 1B7ZA 1Y9UA 4Q30B 5B7DA 4I3YA 4FEBA 4N07A 4QBAA 2PVUA 2H9BA 3G3GA 3T9UA 3THIA 2ZYKA 4QFLA 4OMBA 3PV0E 3SEUA 4DZ1A 3IOVA 1FQDA 3H3GA 4FEDA 4NHBA 2QMXA 4RA1A 2NVUB 2QS4A 4NG7A 1FPDA 4POWA 1RKMA 1IZ1A 1FBFA 4JSDA 4GWUA 3HFUA 2V3QA 1LB9A 4P3LA 4G8MA 2DWAA 1EZOA 3C34A 1AH5A 1B4HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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