1B32A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kmk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b32A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b32A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b32A02
4RK9A 4POWA 5B7DA 1MY2A 1LFGA 5H8QA 4YKJA 1PEBA 3KN7A 3N5LA 3TCGA 2F6PA 4PFWA 1NKXA 2XXHA 2OBGA 4EXKA 4OXVA 1FCKA 2HAUA 3T9UA 5I56B 1MQJA 2D5WA 1JVXA 3BKIB 4R2FA 1N04A 3CSGA 1L5TA 3FVGA 4KD5A 1NH7A 3ECRA 3PU5A 5FTIA 3FV2A 3QUJA 5AA4A 5I57A 4R74A 2KLFA 3CFXA 2AL4A 3MVYA 4R9FA 1SQYA 5ELVA 2ZYMA 3B6QA 3R7XA 1CB6A 3G3KA 1LLSA 1H43A 2QSXA 1M5DA 3H6WA 1MXZA 4QF9A 3UGWA 1OQGA 2XXIA 3EHTA 3O97A 4G2ZA 1GV8A 3TAJA 2O7UA 4QFKA 5HPQA 5IAIA 1VR5A 1MQDA 5TPAB 1BTJA 2AYSA 1VSOA 3S9NC 3IORA 3SEVA 4U23A 2B65A 3C32A 5KDTA 2F35A 2CMOA 2XD2A 3ZKKA 2O7IA 3FXUA 3TEPA 3E9XA 5CMKA 2I0BA 5H8NA 4DCYA 3RUMA 4F3BA 4BDQA 5AA2A 1ANFA 4LP2B 4DIGA 1LAFE 4NF5A 1B1XA 4LATA 4GD5A 3HV1A 3RN8A 5TU0A 1F9BA 3G3HA 4BLAA 1DTZA 2DYXA 3IX1A 3H6VA 2P1SA 1Y1MA 3HO7A 2IA4A 4GF8A 3OMBA 3Q25A 5CMMA 2Q8JA 4FECA 2YPNA 3G3FA 4KYSA 3MJNA 4F1VA 4YKPA 1B05A 2GFEA 1MY0A 4KYDA 1I6AA 1PBPA 3GBBA 3FVNA 4QSEA 4G68C 3RLFE 5CBSA 3PD9A 5AA1A 1MH3A 1QULA 1GTKA 4UA8A 2Q2AA 1OVTA 5DYHA 1NNKA 1IQ7A 2CZLA 1FTMA 4WEDA 1IITA 3JYRA 1AIVA 1IXGA 4KPTA 4DZ1A 4QFNA 4ESXA 3TQLA 4U1OA 2DWIA 3O6GA 4JDFA 3IB1A 5M2VA 5I59B 5DEXB 1CE2A 4H1XA 2RF1A 4LVQA 1B2HA 2WKYA 4ZECA 1B3FA 1Y20A 3PV0E 2UVGA 4H5GA 2ZNSA 2ANJA 5ITOA 3TQWA 1LFIA 4OZ9A 2WOLA 3MP6A 3LSLA 2FYIA 1MXYA 4MBPA 3CG3A 3FXRA 1JVYA 3GLBA 3O29A 1Z7ME 1IUDA 1P1QA 3KOTA 4XKNA 4AB5A 4YKKA 2HAVA 1H76A 4FATA 4YB6A 4F1UA 1Y9UA 2NUVA 5DT6A 3MZ1A 4EUOA 1QVSA 5AA4B 4ZE9A 3EHUA 4IO4A 5ICTA 3T9XB 5I2KA 4KHZE 1UIUA 4R6KA 1EZ9A 4HW8A 3O28A 1UTHB 3T9VA 4EF2A 4RXLA 3RY3A 3JZJA 4BDMA 4GL8A 3PUVE 1R6ZA 2DQVA 1TXFA 4O3CA 4IB2A 2QS3A 1J1NA 1O7TA 3TODA 4AB6A 3C34A 2ONKE 3MVZA 4DLDA 2F7BA 4ZEKA 2DP8A 2OJTA 3DP8A 1MXVA 2F78A 2A5TB 1VE4A 2XX9A 2O84X 3C4MA 3KSJA 3W9WA 3MAMA 1II5A 3TFLA 3L6GA 4F3SA 2ESNA 3ONMA 2ZYNA 3TPAA 1XC1A 4LZ8A 4H67A 3IOTA 5JTYB 4NF5B 1VFDA 2VOZA 4NF6A 3FV1A 1N7WA 4NWCA 2M8CA 3SETA 3TELA 3SESA 3TKDA 4PFUA 1TT1A 3CRBA 3UN6A 5F7VA 1N3WA 3K6VA 3VE1B 2I4CA 5H8SA 5L9OA 3MW0A 3N94A 2XHDA 2I6EA 3IL1B 4XIGQ 1US4A 5L9SA 1N3XA 2XXTA 1NNTA 3PGFA 1H3DA 2XXQA 2Y7IA 3CR9A 4YMBA 4PETA 1B5IA 3RT8A 2HXWA 2O1LA 1MPBA 1JQFA 1ZBMA 1B1HA 4IO6A 4KCCA 5CBRA 1N7XA 4H65A 1NH8A 1LCFA 1MPDA 3R26A 4GXAA 1Y4TA 3IOWA 4IY5A 4MFIA 1POTA 1LBCA 3KN3A 5J1DA 1LBBA 3C9HA 4K3FA 3TCHA 1OQHA 1B3HA 3RPWA 3SKPA 4E0WA 3SEXA 4G8HA 3E4RA 3VVEA 3Q29A 1MS7A 3O6HA 5K2XA 1Y3QA 1Q1KA 4RY1A 3EQ1A 4ZEDA 2G93A 4ZS9A 1PC3A 5TP9A 2DS9A 4OQOA 4U21A 1AOVA 3S2VA 2NWJA 1XVYA 3MBPA 4ECFA 4DE8A 3HHGA 4EF1A 4TOZA 2V3UA 3PMVA 2V84A 3DRHA 4YU0A 3VLUA 2F97A 4QHQA 3K01A 4EXLA 4ELQA 2Q89A 2F34A 4Z7EA 1FQEA 4PE5B 3LC8A 3OEMA 4C1TA 1LAGE 2NOOA 4YMAA 3M3LA 1HSEA 2F7AA 2OWSA 3BFUA 4ZZEA 1FQCA 1LAXA 1RYXA 2Q9TA 2AIXA 3DRJA 3H3GA 3SDFA 4WXJA 4OETA 2YJPA 1B0LA 4LZ5A 3FIRA 4IGRA 1M5CA 1LAHE 1XT8A 4KCDA 3U8QA 2Y7RA 3PPNA 3KJ7A 3IO6A 3HPIA 1B51A 1EZOA 3FD3A 4Q5TA 1NFTA 3I5OA 2GHBA 2ONRA 1DPPA 2O68A 4G68A 4OENA 4NF4B 1DPEA 4OTEA 2GRVA 2ZMBA 2O51A 1OMPA 4WKMA 5EHSA 5CRYA 1B5JA 4JWYA 5F1QA 4OHNA 2I3VA 3SERA 5A5XB 1UIVA 1JNFA 2HEUA 5KCJA 2I4BA 3DP6A 1R9QA 1B46A 3FATA 3DRIA 4KFQA 3U93A 5DTBA 3O2AA 1IXHA 4PFYA 3FTOA 1FW0A 3MP8A 1S50A 3K4UA 1R9LA 3IK6B 4THIA 1QUIA 3TMGA 4GLIA 3KOSA 3TTLA 2V3QA 3OO7A 1RKMA 4L17A 4NE4A 3UIFA 3F11A 1SVXB 1FTKA 3IB0A 4N07A 1EU8A 3G3JA 3KSXA 4AQ4A 1I6QA 3C36A 1A8FA 2QRYA 3DLNA 4IO2A 1MQGA 4YICA 2ALUA 3S9LC 4R75A 3TTNA 1TFAA 2OWTA 2DWHA 3MZ9A 4EQ7A 2Z8EA 4BDOA 2XXVA 1Y1ZA 4NF8B 4X1DA 5H8FB 3MPKA 2QS2A 3Q26A 4FEDA 3MP1A 3QSLA 5CMCA 4U4XA 4DXCA 1URGA 1SDXA 4ESWA 1Y4CA 4U22A 4F3PA 3CHGA 2FA7A 2B3BA 2H99A 3ILUB 2B4MA 5TP9B 2B3FA 1WODA 2YLNA 3B6WA 3D4GA 3PPRA 1R1NA 2H4IA 5AA2D 1P1OA 3IJOB 1FQBA 2DVZA 2ZNUA 3M3FA 2E1SA 3KN8A 3RGYA 3N26A 4XKQA 4PFTA 4NTLA 1O63A 3KBRA 1UTBB 1H44A 2RC9A 2ZNTA 2OLBA 3RTWB 3THIA 3CVGA 3V89B 3OENA 4EDPA 1B32A 1XS5A 4OWDA 3PMXA 1D9YA 3HCQA 1MH4A 3VXBA 5H8HB 2F36A 2R9JA 1Q35A 4LQ2A 3VV5A 1B5HA 3M8UA 1IEJA 4F1YA 1Z7NE 4F19A 1QUJA 4P0IA 2DVCA 5H8QB 3DRKA 1XHYA 3WAFA 1B9JA 5I2NA 4C0RA 3P7IA 2I48A 5DVFA 1POY1 4IY6A 4JXIA 4O3BA 1JW1A 2XXXA 2OZZA 5EHMA 1OLCA 3K1MA 3PPOA 1GR2A 2PYYA 2THIA 4M1VA 3PAMA 2DE2A 4G8MA 4X1BA 4DXBA 3VVFA 3FJGA 1VFEA 3LVUA 2VHAA 5I57B 4P11A 3KFMA 2VGQA 1B0HA 1HSJA 4JSOA 2XXUA 2HQ0A 4LONB 1QUKA 4Z0IA 3B6TA 4OFLA 3T93B 1OIBA 3MUQA 1FTLA 4GIZA 4X48A 3FGSA 1Y3PA 3TYHA 4OFJA 4H8JA 3FVOA 5LOMA 4ZEFA 3DELB 3TCFA 1ZJLA 5CI5A 3KZGA 1DOTA 3OSRA 3DRGA 3FJMA 2RCAA 1B52A 1UTHA 3K1PA 2DE3A 2PT1A 1ZMGA 2I3WA 3SEYA 5HBCA 3IOUA 2REGA 4IO3A 4P0GA 3USDA 3GZGA 3KJTA 5KDTB 3OELA 2I58A 1ZU0A 1TFDA 2RKMA 3SEWA 2Q2CA 1FQDA 5I56A 5H8NB 3UA8A 3H6UA 1MG1A 1P1WA 4R2BA 2HCAA 1SW5A 2RCBA 5AA2B 3M3KA 1YAEA 4MLVA 5FTHA 2E0SA 1DSNA 1MXWA 1BKAA 3QIMA 3CIJA 1A40A 2UVJA 4RA1A 1PB8A 3ZS6A 3I6VA 3H06B 1N0TA 4Q30B 3CSBA 4TLMB 4F22A 2X7PA 1WVJA 3N6UA 4POXA 2VD3A 3MZBA 3QAXA 1XVXA 1LSTA 4GRKA 1YTVA 4GXSB 1NNFA 3W9VA 1LCTA 1M5BA 1MQIA 3ZKLA 3CFZA 3B7DA 5TPAA 4RYAA 4DDDA 2X7QA 2PX1A 5EYFA 4XXUA 5ISUA 2OK2A 4I62A 4R6YA 1MXXA 2UVHA 4JWXA 2H9BA 3R6UA 2Y7KA 1DTGA 4QSCA 4XTCQ 2UYFA 4RPNA 3G3IA 1SW2A 1MQHA 3MVXA 1SW1A 3HN0A 2ZYOA 4QFLA 3G7WA 5I58A 4Q0CA 4DCXA 1KWHA 4YB7A 3C31A 1B40A 1RYOA 4ZDMA 1BP5A 3T96B 3EHSA 3PD8A 4UACA 2XX8A 4N6PA 4F39A 2DWJA 3LSXA 1MY1A 1N84A 3CFLA 3QUFA 5DVIA 3U92A 1B3LA 3IAZA 4F18A 2ONSA 4KI0E 3N6TA 4YB5A 3BFTA 3VLVA 2Z23A 2HZKA 3Q27A 4ND9A 2R71A 3QK6A 3RTFB 4IO7A 4JWOA 1QKBA 3KG2A 3A3UA 3T66A 1SW4A 5IKBA 4F31B 3H7MA 1AL3A 3V8XB 5B70A 5I2KB 3W15C 3S9EA 2P2AA 1UQWA 4DXUA 5I59A 1IXCA 3A3CA 5DEXA 5FHNA 2QPQA 1JW5A 4I1DA 4OEVA 4H6DA 1B7HA 1B7ZA 1JEVA 4ONYA 1EZPA 1MY4A 5K2YA 1URDA 2PBWA 3S4UA 4OMBA 1LB9A 3RQTA 2QJEA 3MWBA 3LUYA 2DWAA 2O1MA 4F2QA 5L8DA 1H45A 3PPQA 1N76A 2WOKA 2H5YA 1URSA 1MM6A 4RK2A 3VVDA 2ZYKA 3T9HB 4RNSA 4R73A 4TQUQ 3TUSA 3IR1A 1EH3A 3IB2A 2XXWA 3IJXB 4NF6B 1TWYA 3PUYE 1JW4A 2Y84A 4X9TA 5JEIA 2QS4A 4H8IA 1A99A 3LSFB 2OCUA 4R72A 2HZLA 4YZZA 2F6GA 4G8NA 3PPPA 2DXRA 1MXUA 3O66A 2DE4A 4BDRA 2Y7PA 3FASA 4LQ5A 1BLFA 3SEUA 2Z22A 2AL5A 2QS1A 4LA9A 1LGBC 4U4SA 3I3VA 2A5SA 1IXIA 1PB7A 5CC2A 3C33A 4ZEIA 1QW0A 2A5TA 4IGTA 4KYEA 1B4ZA 2ABHA 3HHFA 2REJA 4QFPA 2X26A 4OVJA 1MY3A 3DP4A 1LB8A 4XKRA 3U1OA 3FZVA 4KR5A 3MQ9A 3WAEA 4I8CA 3S9MC 5JTYA 2W7YA 1SBPA 5I58B 1SI0A 3K1NA 4GVOA 4HCYA 2F7CA 3UP9A 1USYE 3OEKA 5BWJA 3K00A 1FTJA 2O6AA 1FQAA 4RJZA 2RC8A 3O9PA 3O6PA 1NNPA 1ELJA 5CM6A 2UYEA 3GXAA 3TZAA 1DMBA 3RYAA 4EQ9A 4PQJA 1P1NA 4F2OA 4NMYA 2H98A 1AH5A 1D9VA 4MLQA 3JV9A 4QRZA 2D21A 3K6WA 1MM7A 4Q8RA 3FUZA 1D3KA 4NWDA 3LBSA 2XXPA 1PDAA 4ZZAA 2PMSA 4YAHX 1QJMA 3OO8A 4GFRA 1ZKBA 3PUWE 4GL0A 2FNCA 1SYIA 3VFJA 1SD3A 3G3GA 3K02A 3V83A 5FHOA 4EQBA 2ZXTA 2Z8FA 2R6GE 4BDNA 2PT2A 3U72A 2QL3A 3C35A 3PMWA 4FJPA 4R9GA 4OESA 1M5FA 2V3TA 3BBRA 3EF7A 3OD7A 2F8DA 4FORA 2G29A 1SI1A 1MPCA 3HSTA 1B6HA 3LR1A 4GQOA 4G4PA 3EPEA 1XOCA 3ILTB 2QMWA 3CI8A 1PB9A 4ELOA 2V93A 3FXQA 1T0KA 5KZTA 1NMUA 2I0CA 4OEUA 4G68B 4MH5A 4N13A 1B3EA 1AMFA 3UORA 3MVWA 4H0WA 1USYH 3A09A 1WDNA 3KEIA 5ICQA 3AXFA 5CMBA 1A55A 3H4ZA 4JSDA 3TTRA 4ZEBA 3DM0A 1B58A 5KCJB 3L6HA 3K0VA 4QFOA 1D4NA 4F29A 2GHAA 1Y3NA 4GWOA 1B7UA 1O64A 2UXAA 3VDFA 3MC2A 3CG1A 2XXRA 4NEDA 1YPNA 4FE8A 3OO6A 2VD2A 2RC7A 3OSQA 3TTKA 2QMXA 2F5XA 2LAOA 3U94A 3FVKA 4BDLA 5AE4A 4KQPA 4E0XA 1I69A 3K6XA 3RT6B 2I49A 4HS7A 1IZ1A 4NF4A 1ZIUA 1MDQA 1B4HA 1YCJA 2HFBA 4LUBA 1LFHA 1JETA 2V25A 4FIMA 4U2RA 5A5XA 4WEPA 5FHMA 1A54A 4FEBA 1HSLA 3V5AA 1QKAA 4C1UA 1M5EA 3IOVA 5AA3A 4TLLB 1IIWA 2Z8DA 3QXMA 3ZSFA 3UK4A 3IO4A 3LSWA 3GBAA 5JK4A 3H03A 5DVJA 4RPOA 3OO9A 1A7LA 2UVIA 4G77A 1B3GA 2VP1A 3E3KA 3TTMA 2DXYA 4OFOA 3RNNA 1GVCA 4JB7A 4ELRA 1ZLQA 2D3IA 4O3AA 4QSDA 2GH9A 3T22A 1PBQA 2XXYA 2NXOA 2XX7A 4NF8A 5H8FA 3ODBA 4OERA 1S9TA 4I9DA 3VLWA 2Q88A 3K2DA 4HTGA 4U1ZA 1MDP1 1S7YA 1SYHA 3OXNA 3D4CA 4FAJA 3O6IA 4YKIA 1ATGA 3MPLA 3PUXE 2H25A 5I2NB 4GOTA 1GGGA 5L9MA 2BJJX 4R6HA 2O69A 5BUUA 3EN3A 1A8EA 1P1UA 2RINA 5HM4B 4IO5A 1OLAA 1ZTYA 3QYTA 3RYBA 1P99A 4ZE8A 2B4LA 3OOAA 2Y7WA 3VXCA 3KGCA 1I6BA 4PP0A 1UTBA 2XD3A 4M4GA 1OVBA 3K6UA 4OYVA 2NVUB 1BIYA 1JEUA 1MRPA 2P0SA 2DSFA 4ISUA 4F3GA 3DRFA 3FJ7A 2WOPA 1NL5A 2PVUA 2DOJA 4MF3A 4LZ7A 1US5A 5I84A 4XKPA 1FQFA 4ELPA 4JBZA 5ITPA 3H6TA 3TDJA 3PUZE 4HCWA 3E13X 5H8HA 1FTOA 2IEEA 4H5FA 3Q28A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RK9A 4POWA 3LUZA 5B7DA 1MY2A 1LFGA 4GWZA 5IZ1A 1FPGA 5H8QA 1K9ZA 4YKJA 1PEBA 3KN7A 3N5LA 3PTYA 3TCGA 2F6PA 4IR8A 4PFWA 1NKXA 2XXHA 2OBGA 4EXKA 4OXVA 1FCKA 2HAUA 1NV4A 3T9UA 5I56B 1MQJA 2D5WA 1JVXA 3BKIB 4R2FA 1N04A 2CZHA 3CSGA 1L5TA 3FVGA 4KD5A 1NH7A 3ECRA 3PU5A 5FTIA 3FV2A 3QUJA 5AA4A 5I57A 4R74A 2WBDA 2KLFA 2V4CA 2QVUA 3BIHA 3CFXA 2AL4A 3MVYA 4R9FA 1SQYA 5ELVA 2ZYMA 3B6QA 4PAFA 3R7XA 1CB6A 3G3KA 1LLSA 1FBPA 1H43A 2QSXA 1M5DA 1FBHA 4OANA 5IM2A 3H6WA 1MXZA 4QF9A 3UGWA 1OQGA 4DI4B 2FIEA 2XXIA 3EHTA 3O97A 4G2ZA 1GV8A 3TAJA 2O7UA 2WEFA 4QFKA 5HPQA 5IAIA 1VR5A 1MQDA 5TPAB 1BTJA 2AYSA 1VSOA 3S9NC 3IORA 3SEVA 4U23A 1YYZA 2B65A 3C32A 5KDTA 2F35A 2CMOA 2XD2A 3ZKKA 2O7IA 3FXUA 3TEPA 3E9XA 2VPOA 5CMKA 3D1RA 2I0BA 5H8NA 4DCYA 3RUMA 4F3BA 2L5VA 4BDQA 5AA2A 1ANFA 4LP2B 1LBXA 4DIGA 1LAFE 4NF5A 1B1XA 4LATA 4GD5A 3HV1A 3RN8A 5TU0A 1F9BA 3G3HA 4BLAA 1DTZA 4I3YA 2DYXA 3IX1A 3H6VA 2P1SA 1Y1MA 3HO7A 2IA4A 4GF8A 3OMBA 3Q25A 5CMMA 2Q8JA 4FECA 2HXRA 2YPNA 3G3FA 1RDYA 1RDZA 4KYSA 3MJNA 4F1VA 4N6KA 4HE2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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