1B3FA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with khk
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 193
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3fA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3fA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3fA02
3TEPA 4JXIA 3V8XB 3TFLA 2REGA 2A5TB 2FYIA 5HM4B 3Q28A 3BKIB 3KZGA 3T22A 1RKMA 5H8HB 1EZ9A 4ELRA 5H8SA 4NE4A 2KLFA 1B0LA 2X7QA 5DTBA 3V5AA 3FXUA 2F8DA 3ZS6A 2XXIA 3O2AA 5KDTA 4OXVA 1NH7A 3VVDA 3PUXE 4DXCA 3CG3A 3U72A 4ISUA 2DE2A 2P1SA 1LFHA 2QL3A 2WOKA 3TTRA 1PDAA 1UTHA 4GLIA 3IO6A 1DPEA 3AXFA 4F29A 3C34A 3KN3A 1NFTA 4QSCA 3TMGA 1B6HA 3PUWE 5CRYA 2I49A 3T66A 1VFDA 1MPCA 4LA9A 4ONYA 2QS1A 3RT6B 2XXUA 2H4IA 3LSFB 4MLVA 2DOJA 3OO6A 3CR9A 4NWDA 2ONKE 1MY2A 2Y84A 2ZYNA 5HPQA 1Z7ME 2ZNUA 3LR1A 3PPNA 4NF6A 3S9MC 3IORA 1QULA 4DLDA 3QUFA 2RKMA 4NF4A 4R74A 1PEBA 2O1MA 4Q8RA 3ODBA 4QFKA 1LCFA 4LQ5A 4UACA 4R75A 1ZU0A 4OWDA 5H8NB 4R2BA 1I6QA 3KOSA 3N6UA 1MDQA 3ECRA 3VE1B 4NF8B 5I84A 3FTOA 3OD7A 5J1DA 1BLFA 2Q8JA 2A5SA 3GXAA 1LB8A 1SD3A 4YAHX 4DDDA 4YU0A 1NL5A 4I1DA 5AA2D 5KZTA 3OEMA 3WAFA 2XX8A 4MLQA 4BDMA 4PFWA 3VDFA 2HFBA 5AA2A 2OJTA 2OWSA 4F1VA 1B3FA 1A54A 1IUDA 1IXCA 3EHTA 1T0KA 1ANFA 5IAIA 2D5WA 2QS2A 2DP8A 3KG2A 1I6BA 3KJTA 2PT2A 4H5FA 4BDNA 3GLBA 1FQEA 1N7WA 3IX1A 1OVBA 3PPOA 2Z22A 3M3LA 2F7BA 3EN3A 2QJEA 1SW1A 2B4LA 1GR2A 1IZ1A 4PP0A 1B5HA 4LP2B 2E0SA 3FD3A 1B58A 2Q89A 3SEYA 1MQIA 1MXWA 1EZOA 4O3AA 2DVZA 3PD8A 3VXCA 4DXBA 3HCQA 1B40A 4R9FA 2XXHA 2PX1A 1N04A 3C9HA 3K6VA 3OO7A 4RK2A 5HBCA 3HHFA 4F3PA 3LUYA 4JBZA 3RUMA 1N84A 2UVGA 2AL4A 1Y1ZA 5A5XB 3N6TA 1BP5A 3ONMA 4ZECA 2I4BA 1H44A 3SESA 4KCDA 5F1QA 4F3SA 1SVXB 5I57B 3HHGA 4QFLA 3WAEA 1A40A 4ND9A 3V83A 3R6UA 1B5JA 1IXHA 1LCTA 4NF4B 1MH4A 4BDOA 3TTNA 1DTGA 3HV1A 3K01A 1URDA 2DWAA 3KSXA 3EPEA 2F5XA 2R71A 3BFUA 4PFUA 1P1WA 2THIA 4WEDA 3FUZA 4N6PA 3R26A 1SW5A 4P11A 2GHBA 2A5TA 4EF1A 3SERA 1LAHE 2ESNA 4XKRA 3OO9A 3T9UA 3MUQA 4C1TA 4LZ7A 5JK4A 2Z8DA 3TZAA 5I59B 3G3HA 2VGQA 3L6GA 3RY3A 3OO8A 3VXBA 4ZE8A 4X9TA 4ZEKA 3Q29A 2QPQA 4R6KA 1LAFE 3KEIA 3USDA 2GHAA 3LBSA 4EQBA 5B70A 2ONRA 4G8HA 1SYHA 2O1LA 3O97A 4BDQA 3FVKA 3TDJA 4G8MA 2R6GE 2DVCA 4GOTA 4LZ5A 2B3FA 2REJA 4BLAA 1Q1KA 1QJMA 2QS3A 2F35A 3IJOB 3UORA 2XX9A 1I69A 2G29A 2B65A 2H5YA 1FCKA 1JEVA 3CRBA 3UGWA 3I6VA 3PMWA 1B1XA 1O64A 3G3GA 4R72A 1Y4CA 4WXJA 3G3KA 2DE4A 3PV0E 3QYTA 4LATA 3C36A 3O28A 4JWOA 3KOTA 4LZ8A 3EF7A 3TUSA 3I3VA 3K02A 3HSTA 3HN0A 2NVUB 2PT1A 3MQ9A 3O6HA 1B3EA 2P2AA 2QS4A 2Y7WA 1RYOA 4C0RA 1GV8A 1MPDA 1S9TA 4G77A 3EHSA 1ZKBA 2PMSA 1PB7A 1AMFA 4NEDA 3R7XA 5CI5A 4XKQA 4LUBA 3EHUA 1FTJA 3CHGA 1P1NA 4G68C 3QUJA 5H8NA 3FVOA 1M5BA 4RY1A 2ONSA 4NF8A 2O6AA 4F1UA 3RGYA 1PB9A 3DM0A 1NNPA 1WVJA 1UIUA 2QSXA 4THIA 4ZEIA 2CZLA 2F7CA 3K00A 4BDRA 1B9JA 4RXLA 4OETA 1MXUA 1OMPA 2Q2CA 3A09A 1IEJA 2NUVA 1Y3QA 4DZ1A 1B7ZA 3RNNA 1II5A 4RPNA 2F78A 3H6UA 4PETA 3KGCA 3THIA 4NTLA 4G8NA 5H8FB 4R2FA 4YB5A 3M3KA 2RF1A 3IR1A 4HTGA 5BUUA 3OSRA 1MY4A 3FV1A 3K6UA 1TWYA 1M5EA 5DT6A 4U21A 2YLNA 3E3KA 3M3FA 5TPAA 3PGFA 1M5FA 1H45A 4ELQA 2XD2A 1AOVA 2VP1A 4ZEDA 5FHOA 3PD9A 4I9DA 5FTIA 1B52A 1ZJLA 4AQ4A 4ZZEA 4F3GA 4F2OA 4P0GA 2I58A 1CB6A 2HZKA 5KCJB 1MPBA 1B7HA 3VFJA 2PVUA 4GD5A 3OXNA 3DRIA 4L17A 2PBWA 1R1NA 2V25A 1MXXA 2Q9TA 3H3GA 2PYYA 5A5XA 3BFTA 3B6TA 3GZGA 4OYVA 4Q0CA 3C32A 4FECA 3FJMA 5I57A 2D21A 1ZLQA 2DXRA 2ZNTA 4RNSA 3B6QA 3TODA 3KSJA 3LSXA 5H8QA 3FVGA 4F3BA 3MAMA 5L8DA 2XHDA 2F36A 3C31A 2XXVA 3QXMA 1MQHA 1B2HA 2V93A 4LQ2A 3T9VA 1EH3A 2DXYA 2HQ0A 2H25A 4RPOA 3JV9A 3MZBA 3TELA 4R6HA 1QVSA 4KR5A 4WEPA 3PUYE 4P0IA 3D4CA 3HO7A 3MZ9A 3EQ1A 4OENA 1LAGE 4U23A 4IB2A 5I59A 1VR5A 2O69A 3MWBA 2HZLA 3KBRA 3TCGA 4OERA 3T96B 2F6GA 1FQCA 1FTLA 2RC8A 4TQUQ 5AA1A 1OQGA 3SETA 4JSOA 1J1NA 1VSOA 1GVCA 2QMWA 4H8IA 4Q5TA 2B3BA 5L9SA 3VV5A 3DP4A 4GVOA 1PB8A 3BBRA 2XXPA 1US5A 4GWOA 4O3BA 4ECFA 4XKPA 3L6HA 3SKPA 3RTFB 4PFYA 1OQHA 4Z0IA 4PE5B 3ILTB 3E4RA 1O7TA 1A7LA 1AL3A 5AA4B 1ZIUA 2I3VA 4ZDMA 4ESXA 1N3WA 4R73A 3U92A 3TKDA 3MBPA 1SDXA 3KN7A 1MG1A 2RC9A 1FW0A 5AA3A 4F31B 2DQVA 4O3CA 4OTEA 5TPAB 4R6YA 2OBGA 1MQGA 2D3IA 4IO3A 4OHNA 2X7PA 4JB7A 5L9MA 4OFLA 1DOTA 3IOUA 5ICQA 2E1SA 1JETA 2H99A 3LSLA 1DSNA 2IEEA 2H9BA 4HCYA 3F11A 1B46A 1DPPA 1TXFA 1A99A 3UIFA 5LOMA 1Q35A 4OESA 3Q27A 4GXAA 5I2NA 1OLAA 2UXAA 3MVXA 1MXYA 1B5IA 4OZ9A 1SI1A 5DEXA 2I6EA 1XC1A 1SI0A 4YMBA 5JTYA 3TTMA 1L5TA 5CMKA 5BWJA 3PMXA 4QSEA 5CMBA 1PBQA 3IOWA 1M5DA 2WKYA 1B7UA 5I2KB 2O84X 3A3CA 4KYSA 1USYE 2ZNSA 4NF5A 1CE2A 3MPKA 5H8QB 3PPPA 4PFTA 3VLWA 3FZVA 3IOVA 1IITA 2VHAA 3W9VA 2XXQA 2GH9A 5DYHA 3PU5A 1JW1A 1HSLA 4IO6A 4EF2A 2UYEA 3K6XA 3VVEA 2XXXA 1JQFA 4DCXA 1B1HA 1GTKA 3TTLA 4GF8A 1B4HA 5H8FA 3CG1A 2FNCA 1B3LA 1DMBA 1FTMA 4F2QA 2ZYKA 3TPAA 1B51A 1QUKA 3D4GA 3B6WA 3W15C 1FQAA 5FTHA 3MVWA 1MQDA 4RJZA 2UVHA 3K1PA 3QAXA 4FEBA 4IY6A 3DP6A 1M5CA 4XTCQ 4U4XA 1TFDA 2O7IA 1D3KA 3DRJA 2V84A 2Y7RA 4IY5A 3C33A 2GRVA 4YB7A 3O66A 4MFIA 3FXRA 2F97A 4Z7EA 5K2XA 4EQ9A 3C35A 4H0WA 1POTA 1A8FA 3K1NA 1R9LA 5KCJA 4C1UA 1N0TA 2F6PA 1OIBA 2I3WA 4KYEA 3O6IA 1B3HA 3MJNA 3PPRA 3SEVA 3RT8A 4ELPA 3DLNA 1XHYA 2VOZA 4G68B 4F18A 3UN6A 4FAJA 4H67A 4NMYA 5FHNA 3IB2A 1NMUA 1ZMGA 3K0VA 5ISUA 4U2RA 1H3DA 2XD3A 3U93A 2RCBA 2R9JA 4DE8A 3IK6B 1S7YA 2V3UA 5JEIA 1MXVA 5CMMA 1USYH 2OK2A 1H76A 4FE8A 3TTKA 2DSFA 4JDFA 1LB9A 5I2NB 4IGTA 2H98A 3CFLA 3SEWA 1EZPA 5DEXB 1B0HA 3I5OA 4U1OA 2Z23A 5JTYB 1Y3PA 4QSDA 4IO4A 1B32A 1RYXA 1JEUA 4YKIA 4N07A 1BIYA 1MDP1 3S4UA 2DWHA 3DRKA 3MZ1A 4KYDA 3FJGA 3U1OA 3MPLA 4NF5B 3O29A 3FGSA 2AYSA 4DCYA 3VVFA 4YKJA 4TLMB 2Q2AA 3JZJA 1SYIA 4YKPA 4G4PA 5I58B 2ZYOA 1JNFA 1NNTA 2AL5A 2XXWA 4FIMA 1B05A 3K6WA 1Z7NE 1NNFA 4QRZA 4ELOA 2ALUA 1YPNA 4AB6A 1MQJA 1UQWA 2QMXA 4ZEFA 2V3QA 2P0SA 3ZSFA 1XS5A 4OFOA 3S2VA 2Y7IA 1URSA 1D9VA 1FTKA 3N94A 1A55A 5ITPA 4ESWA 4DXUA 4X1DA 5AA4A 1P1UA 1SW4A 1QUIA 2OZZA 2F7AA 3G3FA 2G93A 1ELJA 4F1YA 2B4MA 4HS7A 4AB5A 3PPQA 4RA1A 4H65A 2DWIA 4FORA 1XVYA 1B3GA 4IO7A 1MM7A 1ZTYA 3MW0A 1SW2A 1QKBA 4H8JA 4R9GA 4M4GA 3DRFA 1HSEA 1UTBB 3PAMA 3UK4A 2UVIA 3IO4A 5TP9B 4WKMA 3QSLA 1VE4A 4I8CA 1PC3A 3RN8A 3N26A 3HPIA 3SEXA 2Y7PA 2HXWA 5TU0A 4BDLA 4MF3A 3DELB 1ATGA 1AIVA 3T93B 4HCWA 3UP9A 3H06B 3SEUA 2LAOA 2I0CA 1OLCA 1JW4A 2Z8FA 4GL0A 4JWYA 1Y4TA 1H43A 2NWJA 5I2KA 3FVNA 4EXKA 3G3IA 3MP1A 1I6AA 4QF9A 1FQBA 2M8CA 3H6VA 3OELA 1Y3NA 1LFIA 5ELVA 2HCAA 1S50A 3IB0A 4KFQA 2UVJA 3RYBA 3H03A 3G3JA 2WOPA 1YAEA 3IAZA 2HEUA 3IL1B 2AIXA 4RYAA 2DS9A 3N5LA 3U8QA 2YJPA 1XVXA 3TCHA 2W7YA 1IXGA 4IGRA 4EDPA 3KJ7A 4OVJA 1US4A 4FEDA 5CM6A 2O51A 1LFGA 4LONB 4JWXA 3FJ7A 4GRKA 1MY3A 5EYFA 1P1OA 3OSQA 4K3FA 2X26A 3OENA 3CFXA 1BKAA 3RLFE 1Y1MA 2HAVA 1GGGA 4KQPA 4H1XA 1EU8A 4E0XA 1LBCA 1R9QA 2HAUA 4XXUA 1SBPA 4OEUA 1WODA 4X1BA 4G2ZA 4RK9A 4GQOA 1JVYA 1Y9UA 4XIGQ 1KWHA 1VFEA 1N7XA 3PMVA 3TQLA 1MY1A 3V89B 1A8EA 4U1ZA 3LVUA 1Y20A 2XXYA 4KI0E 3ZKKA 4YZZA 1D9YA 4G68A 3OMBA 1SQYA 1MS7A 2I48A 3K1MA 1UIVA 1LSTA 1NH8A 3H6WA 5F7VA 3KN8A 3O6GA 5KDTB 2CMOA 4OFJA 2VD2A 3QIMA 2Y7KA 3TAJA 4U22A 2QRYA 1QUJA 4NWCA 1URGA 4OQOA 3S9EA 1MY0A 1TFAA 2VD3A 4KPTA 3CVGA 1MH3A 1BTJA 3ILUB 3LSWA 3P7IA 1UTHB 3T9XB 4POXA 3K2DA 5I56A 3E13X 3S9LC 4ZS9A 4KD5A 4F19A 2OLBA 2ZYMA 4EQ7A 2ABHA 3IOTA 3MC2A 1F9BA 3FV2A 5EHMA 5EHSA 4LVQA 3RTWB 1B4ZA 5K2YA 4EUOA 3H6TA 3M8UA 5CBSA 2Q88A 4N13A 5AE4A 1D4NA 1LAXA 1NKXA 3FATA 3C4MA 5FHMA 3FXQA 5I58A 4FATA 4NF6B 1LBBA 5B7DA 4GIZA 2RINA 4F22A 4ZZAA 4OEVA 1NNKA 3JYRA 4MBPA 2I0BA 1LLSA 4X48A 4E0WA 3W9WA 3RQTA 3MVYA 3TCFA 2XXRA 2OCUA 3MVZA 2XX7A 2XXTA 3RPWA 1JVXA 3LC8A 4IO5A 4QFNA 3O9PA 4QFPA 2GFEA 4QHQA 2O68A 4KCCA 1QW0A 5H8HA 2IA4A 3T9HB 1WDNA 3CSGA 1P1QA 4YMAA 3OOAA 2ANJA 1XT8A 3PUVE 4QFOA 4ZEBA 4MH5A 2DWJA 1UTBA 1AH5A 2FA7A 4ZE9A 2ZXTA 5AA2B 5CMCA 5TP9A 4YB6A 4U4SA 5DVFA 3Q25A 4Q30B 2BJJX 3FASA 3G7WA 4UA8A 3GBBA 4POWA 4M1VA 4H6DA 1FQFA 1IIWA 1HSJA 4TOZA 3B7DA 3FIRA 5ITOA 3TYHA 1MM6A 2DYXA 3U94A 3VLUA 3VLVA 1QKAA 1FTOA 1IQ7A 3IB1A 3DRGA 4XKNA 3IJXB 1N76A 2WOLA 3RYAA 1ZBMA 4H5GA 3S9NC 3ZKLA 4KHZE 4YKKA 5M2VA 5CC2A 4F39A 1DTZA 1MRPA 1P99A 4PQJA 2I4CA 3H7MA 5ICTA 4I62A 1IXIA 3MP6A 3TQWA 1JW5A 1POY1 1N3XA 2DE3A 1XOCA 2OWTA 3KFMA 3SDFA 3DRHA 5I56B 4TLLB 3CIJA 3UA8A 5DVJA 2YPNA 3K4UA 3O6PA 2O7UA 3A3UA 1YCJA 4EXLA 5CBRA 3OEKA 1LGBC 4GL8A 4GFRA 1FQDA 3Q26A 4GXSB 3GBAA 3CFZA 1PBPA 2F34A 2Z8EA 2RC7A 4IO2A 1MXZA 1O63A 4HW8A 4FJPA 3MP8A 5DVIA 5L9OA 2NOOA 3DP8A 3CI8A 3H4ZA 2RCAA 4YICA 3E9XA 1R6ZA 2NXOA 2ZMBA 4DIGA 1OVTA 4JSDA 3CSBA 3QK6A 2UYFA 5IKBA 1YTVA 1TT1A 2V3TA 4OMBA 3PUZE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TEPA 1FBEA 4JXIA 3V8XB 3TFLA 2REGA 2A5TB 3PTYA 2FYIA 5HM4B 3Q28A 3BKIB 3KZGA 3T22A 1RKMA 5H8HB 1EZ9A 4ELRA 5H8SA 5EYGA 4NE4A 2KLFA 1B0LA 1KA1A 2X7QA 3KC0A 5DTBA 3V5AA 3FXUA 1IMDA 2F8DA 1FBHA 3ZS6A 1G0HA 2XXIA 3O2AA 1FBCA 5KDTA 4OXVA 1NH7A 3VVDA 3PUXE 4DXCA 3RPLB 3CG3A 3U72A 5IZ3A 4NX1A 4ISUA 2DE2A 2P1SA 1LFHA 2QL3A 4PDDA 2WOKA 3ISPA 3TTRA 1PDAA 1IMFA 1UTHA 4GLIA 3IO6A 1DPEA 3AXFA 4F29A 3C34A 3KN3A 1NFTA 4QSCA 3TMGA 1B6HA 3PUWE 5CRYA 2I49A 3T66A 1VFDA 1MPCA 4LA9A 4ONYA 2QS1A 1LEVA 3RT6B 2XXUA 2H4IA 2P3VA 3LSFB 4MLVA 1FSAA 2DOJA 3OO6A 3CR9A 4NWDA 2ONKE 1MY2A 2Y84A 2ZYNA 5HPQA 1Z7ME 2ZNUA 3LR1A 3PPNA 4NF6A 3S9MC 3IORA 3T0JA 1QULA 4DLDA 3QUFA 2RKMA 4NF4A 4R74A 1PEBA 4AS4A 4OVSA 2O1MA 4Q8RA 3ODBA 4QFKA 1LCFA 4LQ5A 4UACA 4P9KA 4R75A 1ZU0A 4N8YA 4OWDA 4N6DA 5H8NB 4R2BA 1I6QA 3KOSA 3N6UA 1MDQA 3ECRA 3VE1B 4NF8B 5I84A 3FTOA 3OD7A 5J1DA 1BLFA 2Q8JA 2A5SA 3GXAA 1LB8A 1SD3A 4YAHX 4DDDA 4YU0A 1NL5A 4I1DA 5AA2D 5KZTA 3OEMA 3WAFA 2XX8A 4MLQA 4BDMA 4PFWA 3VDFA 2HFBA 4X04A 5AA2A 5ET8A 2OJTA 2OWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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