1B3GA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kik
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 193
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3gA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3gA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3gA02
3H6WA 2XD2A 1WDNA 1VSOA 4QRZA 3RTWB 2ZYKA 3MVXA 1A8EA 1FTLA 3TCGA 2O1MA 4G68A 1DMBA 3KZGA 1B9JA 1IITA 1LB8A 1JW4A 2H9BA 4C0RA 4FORA 4QF9A 3CHGA 5CM6A 4OYVA 4F2OA 4YICA 2RINA 3H03A 4P0IA 2F97A 4DE8A 4EQ9A 5H8NB 4LZ5A 5J1DA 1B7UA 4GVOA 3PPRA 5H8HA 3ZKLA 1S50A 1BTJA 2H5YA 2ZYOA 1FTJA 5CBRA 1QW0A 3S9LC 1Y3PA 5LOMA 3IOVA 1IXGA 2F36A 4NWCA 4OWDA 1A40A 3EHSA 2QL3A 3C32A 3FJ7A 3OSQA 3O6PA 4EXLA 5I59B 1M5DA 2REJA 3OMBA 4BDMA 4U22A 5FTIA 1JEVA 4WEPA 3TTRA 3CFXA 1FQAA 4E0XA 4ELQA 4GFRA 3ILTB 4RA1A 1GGGA 1Y3QA 2D3IA 5IAIA 1SW2A 3MPKA 4JBZA 3K6VA 2I4BA 1D9YA 2O1LA 5ITOA 4RY1A 1QKAA 3N94A 4DCYA 3K01A 2P0SA 3TQLA 5FHNA 5B70A 1LFHA 4F2QA 4OENA 3MW0A 4XKQA 4OEVA 4H67A 1EZOA 1LAXA 5L9SA 3D4GA 1R1NA 2I3WA 2O69A 1D9VA 2XX8A 3ODBA 4KYDA 4XTCQ 3DRIA 1ZTYA 3VVFA 1F9BA 5ISUA 4U1ZA 5JTYA 3TAJA 4YU0A 3EN3A 2H25A 2O84X 1MY4A 3FVOA 3BFUA 4XKNA 1IUDA 1VE4A 5L9OA 5H8SA 4P0GA 3T9XB 1FTMA 1US4A 3E3KA 3S9EA 4K3FA 3RUMA 1Y1MA 1DOTA 3KBRA 4ECFA 1SYHA 4P11A 4X1DA 4NE4A 4XXUA 1MXWA 2VP1A 3KJ7A 3N26A 1XOCA 2ESNA 4PFUA 3O97A 3C31A 3UORA 2DE3A 2B4LA 1B3GA 3T96B 2GHBA 4OFOA 2GHAA 2QRYA 3Q28A 5BWJA 4N07A 3I3VA 5H8NA 3G3JA 4KQPA 4R2FA 5AA2D 1TFDA 1JEUA 3S9NC 4LATA 2O7UA 3PUZE 5DVFA 3GBBA 3GBAA 3QYTA 1QJMA 1B46A 1A7LA 1I6BA 2QS1A 2V3TA 2XXWA 1YPNA 4OERA 3QAXA 1MY0A 3JYRA 5CI5A 1RYOA 5I59A 1JW1A 4OQOA 4BDRA 1Z7ME 1LGBC 3CFZA 2UVGA 2HAUA 4F3BA 4MF3A 5A5XB 3K6UA 2LAOA 3DRJA 3N5LA 2WKYA 4WXJA 2REGA 4HCWA 3SEVA 5ICQA 3RYBA 4ZE8A 3I5OA 3HN0A 3O6IA 2FYIA 1LAGE 2VHAA 4U2RA 3S2VA 4BDOA 3VE1B 4WKMA 4O3BA 4YB5A 2Y7IA 3TEPA 1P1NA 3H3GA 4YB6A 4ELOA 1MRPA 2Z8EA 4QFLA 1N7WA 3LSWA 4JXIA 2RF1A 1SI0A 1NMUA 4NMYA 4ZEBA 4GRKA 3OO9A 1IXHA 1XT8A 3DM0A 4H8JA 3PUVE 1YCJA 1O63A 1URSA 1MM7A 2HFBA 1PBPA 2CZLA 3TTNA 2W7YA 5ITPA 2OK2A 3TUSA 5KCJB 2HQ0A 3PMXA 3G7WA 5BUUA 4Q0CA 3Q27A 3CG1A 3IO6A 5AE4A 3U72A 3M8UA 1USYE 1N0TA 5AA1A 4R2BA 1XS5A 3H6TA 4IO6A 1SD3A 3KN3A 5I58A 1ZMGA 4GLIA 2AL5A 3SDFA 3OEKA 4JDFA 3PD8A 4ND9A 3RLFE 2DE2A 3OO6A 1MXZA 4IO7A 4ZEKA 2Y84A 1WVJA 2YPNA 1R6ZA 5L9MA 2WOPA 2Y7PA 5HPQA 2E1SA 3PGFA 4G68B 4RYAA 1XC1A 3K0VA 3P7IA 4KCCA 2B3BA 4JWXA 1B0HA 4R73A 3B6WA 3FJMA 1BLFA 4U4SA 4LA9A 4QHQA 3KN7A 1FW0A 5H8HB 4RNSA 3OD7A 1A8FA 4GWOA 3K00A 3MP6A 3T9HB 3W9WA 5A5XA 3K1PA 4YAHX 1SQYA 4O3CA 4EDPA 4MLVA 2HEUA 2ZYMA 3L6GA 4ZDMA 4DDDA 1QUKA 2DSFA 4G68C 4F3GA 1GV8A 3LBSA 3O2AA 3ECRA 4YKJA 1B0LA 1H3DA 3ZSFA 4IO4A 1MQGA 3Q26A 4U4XA 5H8QB 3CRBA 2DQVA 1FQBA 2Q2CA 1CE2A 2Q2AA 1DTGA 3PUYE 2RCBA 4IGRA 3S4UA 2B3FA 1N04A 2O7IA 3UN6A 5I84A 4GXAA 3U94A 4RXLA 3DP4A 3O28A 3CIJA 1P1OA 3N6TA 1QVSA 2F5XA 3PU5A 3B6QA 5KCJA 3LC8A 3TZAA 2ONSA 1CB6A 4IB2A 3C35A 4H1XA 2I0CA 1VFEA 4G4PA 2DWAA 3CSBA 2VOZA 5JTYB 4UA8A 3VLUA 1GR2A 2X7QA 4NF8B 1RYXA 4C1TA 4IY6A 1BKAA 3M3FA 5EHSA 1M5CA 4KFQA 1Q1KA 4THIA 4U23A 1JW5A 3HHGA 1B3EA 3IB2A 2AYSA 3H6UA 1NNTA 2HZKA 1Y4CA 3IOWA 2Z23A 1HSJA 2DXYA 5DVJA 4ZEFA 1N7XA 4F3SA 1B05A 1R9LA 3T22A 3IORA 1PDAA 3QSLA 4BDLA 4OXVA 2GRVA 1GTKA 3THIA 1LAHE 5DVIA 2OBGA 4OMBA 4YMBA 4FEBA 3U92A 2XXIA 3IX1A 3BKIB 2NUVA 3GXAA 4G77A 5CMKA 3PMVA 5ICTA 4KD5A 4Z0IA 4PFTA 1ATGA 3TTKA 4ZEIA 3LVUA 4G2ZA 2QSXA 4RK9A 3C9HA 2BJJX 3FTOA 1ANFA 3IB0A 4JB7A 2UVJA 4POXA 2QMWA 4PE5B 4QFKA 5CC2A 4XIGQ 1B3LA 4MH5A 1SW5A 5FTHA 1IXCA 5H8QA 1AMFA 1OLCA 1XHYA 1NL5A 2O6AA 3RQTA 1Y20A 3PPNA 4EQBA 5I57A 3TDJA 5CBSA 3OELA 3OSRA 2I3VA 3A3UA 4F19A 1TXFA 4GIZA 4IO5A 3QXMA 2HXWA 4JWYA 1ZIUA 1PB7A 1SW1A 2ALUA 5FHOA 4TLLB 3RNNA 4NF8A 1H44A 3G3FA 1LSTA 3HHFA 3KEIA 1OVBA 4KHZE 1LB9A 2PMSA 3WAEA 1JNFA 1MH4A 3LSFB 3HSTA 3L6HA 2PBWA 1P1QA 3FXRA 3B6TA 3FATA 4HS7A 5F1QA 1JETA 1LBCA 2I48A 4FATA 4G8MA 1MXUA 3IOTA 3KGCA 1ZJLA 5I58B 1DPPA 4FEDA 1MQDA 3RT8A 4PFWA 1OQGA 4EUOA 1OMPA 2DP8A 3IJXB 3VLWA 1LCFA 3LUYA 3VDFA 1ZLQA 4R6HA 5I2KB 1VFDA 3DP8A 3SEYA 1SI1A 4N13A 1B7HA 3CR9A 2PVUA 2QS2A 4F1VA 3SERA 2NVUB 1H76A 3MAMA 3DLNA 3VLVA 1HSLA 2DOJA 3OO7A 2RC8A 2OWTA 4ZE9A 3OXNA 1SW4A 3FJGA 4HTGA 4QFPA 1POTA 2XXHA 2THIA 1B4HA 1AL3A 2PT1A 3TTLA 3VVEA 1M5FA 2I6EA 3UGWA 4M1VA 1USYH 2DS9A 1SYIA 2Q88A 1IZ1A 4Q30B 2F6PA 3EHTA 1EH3A 4Q8RA 1UIVA 3TQWA 2B4MA 1MPDA 3EHUA 2F7AA 3O29A 4BDQA 3U93A 1B1XA 2Y7RA 2F8DA 3K2DA 3W15C 3O6HA 3W9VA 3M3KA 3BBRA 1SVXB 1IXIA 4Z7EA 3IL1B 2ANJA 1RKMA 4HW8A 1H43A 2VD2A 4YKPA 3FGSA 2X7PA 3C36A 3FVKA 5I56A 4LUBA 4NEDA 3PV0E 1XVXA 2V3UA 3USDA 2ZNTA 1LBBA 3OEMA 1PEBA 3VV5A 1Y4TA 1YAEA 4DXBA 3K1NA 4C1UA 4E0WA 4DCXA 4KYSA 2A5SA 4N6PA 2UVIA 3LR1A 1NFTA 4OFLA 2CMOA 2Z8FA 3T93B 2PYYA 2E0SA 3MP1A 2XXPA 1PB9A 3CI8A 3FXQA 2P1SA 3U8QA 1MS7A 2G93A 1LFGA 4OEUA 3TFLA 1P99A 1P1WA 3TCFA 5I2KA 3C4MA 3GZGA 3EQ1A 2I4CA 2XXUA 4I1DA 3VFJA 1QKBA 5H8FB 1MY2A 3HPIA 2PX1A 2DWHA 3BFTA 3OOAA 3OENA 5DT6A 3WAFA 3K1MA 1MDQA 2Q9TA 1MXXA 4F3PA 4ZECA 3MWBA 2A5TB 4PP0A 5EHMA 4GF8A 4BDNA 2G29A 2XXVA 3RTFB 4EF2A 3H6VA 2R6GE 4NF5B 3TYHA 1I6AA 4FAJA 3V89B 1LAFE 4IO3A 3MP8A 3SEWA 1NKXA 3PPPA 2VGQA 1MXVA 1B52A 4YKKA 4DXUA 1LFIA 2Z22A 1B40A 3KN8A 4R72A 3CFLA 4KYEA 4QSDA 3VXCA 2FA7A 2AL4A 4NF4B 1EZPA 4RPOA 2F35A 3K02A 1EU8A 3SEXA 5FHMA 5CMMA 3KJTA 1MPCA 3R7XA 4R74A 2OCUA 2RC7A 4UACA 1NH8A 1B58A 4RPNA 2WOKA 3SEUA 3HV1A 3V5AA 1J1NA 4AQ4A 3FVNA 4EF1A 3IR1A 1UTHB 1FQEA 4EXKA 4OETA 1FTKA 1MG1A 1B2HA 3G3KA 1OLAA 4QFOA 1P1UA 2OWSA 5I57B 1B3FA 1KWHA 2DXRA 4GXSB 1YTVA 3A3CA 3FZVA 1I6QA 4BLAA 1LLSA 4ESWA 3FASA 4R6KA 5DEXB 4ELPA 5AA2A 5K2XA 4IO2A 1LCTA 1PB8A 3OO8A 4ISUA 3C34A 1Y3NA 1OQHA 2QS4A 4I62A 1BIYA 3VXBA 2IEEA 1A99A 3RY3A 2DE4A 3E13X 4FECA 4OVJA 4DLDA 2DVZA 4KR5A 4LONB 2YLNA 2OLBA 4IGTA 3MZ9A 2RC9A 1QUJA 4ZZEA 1AIVA 3G3IA 2VD3A 3AXFA 4H8IA 4OESA 1OIBA 3GLBA 4JWOA 3V83A 1GVCA 4I9DA 1JVYA 3QUFA 4O3AA 3FUZA 1NH7A 5H8FA 4Q5TA 2D21A 3R26A 2F78A 1S7YA 4FE8A 3HO7A 1DSNA 2Q8JA 5L8DA 3MJNA 4WEDA 5M2VA 1MY1A 4MBPA 4ZZAA 3MBPA 2A5TA 3A09A 1XVYA 3PPQA 2OZZA 1FCKA 1B1HA 3MVYA 5AA4A 4NF5A 1O64A 4QSCA 4LP2B 3TTMA 4AB6A 4NWDA 2HZLA 3SETA 4LQ5A 2XHDA 4H0WA 3TMGA 4NTLA 5TP9B 4FIMA 5F7VA 2V3QA 5TPAB 2KLFA 1MH3A 2XX7A 3MUQA 4NF4A 4POWA 4KI0E 2XXXA 4YKIA 5JK4A 4XKRA 4RJZA 3I6VA 4JSDA 3RT6B 1Y9UA 3H06B 1IEJA 3TELA 3UK4A 4H65A 1QUIA 1R9QA 1AOVA 3HCQA 3MC2A 4DIGA 1UTHA 3DP6A 3FIRA 4F1YA 3Q25A 4IY5A 1B32A 4R75A 4LQ2A 4RK2A 1ZBMA 1JQFA 3IJOB 2XXQA 1SBPA 3PD9A 4QSEA 4KPTA 2QPQA 2F34A 4MFIA 5DEXA 2IA4A 5CMBA 4F31B 1BP5A 4MLQA 3QIMA 5I2NA 3CG3A 3ONMA 2YJPA 3IO4A 3MVZA 4DXCA 3M3LA 4U21A 3ZKKA 4YMAA 4F1UA 5IKBA 3IK6B 2O51A 1PBQA 2M8CA 4GD5A 2HAVA 5I56B 1DPEA 3G3HA 4ELRA 3E4RA 3C33A 3PAMA 3UP9A 1UTBB 3UA8A 3FD3A 4HCYA 3PUWE 3E9XA 3RN8A 3O66A 2FNCA 4PETA 2H4IA 4U1OA 1HSEA 1TT1A 4KCDA 1NNPA 1VR5A 4GQOA 2HCAA 4TOZA 4OHNA 4X9TA 4LZ8A 1M5BA 2Y7WA 1MY3A 2OJTA 1MM6A 2UYEA 3SESA 3RYAA 1MDP1 3O9PA 2I0BA 1H45A 1TWYA 3JZJA 2NWJA 2F7CA 4GL0A 1OVTA 2ZNUA 5TP9A 5TPAA 1A55A 1AH5A 1PC3A 1UQWA 1QULA 3TKDA 5DTBA 1I69A 1B5HA 5ELVA 1MQJA 2D5WA 4I8CA 4YZZA 1EZ9A 3MQ9A 2RCAA 3TCHA 2Z8DA 1T0KA 4TQUQ 3KSJA 3T66A 5KZTA 1ZKBA 3KOSA 4H5FA 1UIUA 4LZ7A 1B6HA 3ZS6A 2ONKE 3DELB 3MVWA 1Y1ZA 2PT2A 2H98A 3KSXA 2QMXA 4H6DA 4EQ7A 3TODA 2I49A 2XXYA 3KG2A 1DTZA 3K6WA 2GH9A 4G8HA 2QJEA 4PQJA 1WODA 3DRKA 4XKPA 3QUJA 5KDTB 3N6UA 3O6GA 4OZ9A 1S9TA 4JSOA 4R9GA 1FTOA 1N76A 4ONYA 3DRGA 3Q29A 3IOUA 5CMCA 1NNFA 3H7MA 1NNKA 4ZEDA 3D4CA 2XXRA 3VVDA 5JEIA 5AA2B 1UTBA 4M4GA 4FJPA 1MQHA 4DZ1A 3MPLA 3EPEA 2XXTA 1URGA 4OTEA 3V8XB 4F29A 1A54A 4ESXA 2DYXA 2DWJA 3DRHA 2ZXTA 2H99A 2WOLA 1FQFA 4NF6B 2P2AA 1M5EA 3RPWA 2B65A 3SKPA 3K4UA 2RKMA 3KFMA 1B3HA 3F11A 4GOTA 1FQDA 2XD3A 1Q35A 2QS3A 1TFAA 3UIFA 3PUXE 2X26A 3FV1A 2AIXA 2F7BA 2F6GA 2NOOA 2Q89A 4F22A 5AA4B 2Y7KA 3U1OA 5HM4B 1II5A 1US5A 1MPBA 4AB5A 1JVXA 3PPOA 4QFNA 1URDA 2ABHA 3LSLA 2ZYNA 2ONRA 3MZBA 3MZ1A 3QK6A 1B51A 5B7DA 1D3KA 4G8NA 1N84A 1N3XA 3FXUA 4X48A 1B7ZA 1IIWA 2UVHA 4OFJA 3RGYA 1FQCA 5AA3A 3KOTA 2XX9A 2ZNSA 3CVGA 1B4ZA 4ZS9A 3H4ZA 1ELJA 1Z7NE 3ILUB 5HBCA 1B5IA 5KDTA 3FV2A 3EF7A 2UXAA 2V25A 4X1BA 1D4NA 1B5JA 1L5TA 3T9UA 2O68A 5K2YA 4L17A 1MXYA 4TLMB 4R6YA 1O7TA 2V84A 3K6XA 2DWIA 4LVQA 4F39A 3DRFA 2R71A 4GL8A 2DVCA 5TU0A 5I2NB 2ZMBA 2GFEA 2I58A 4R9FA 2NXOA 4YB7A 1SDXA 1N3WA 3CSGA 3T9VA 2UYFA 4H5GA 1MQIA 3FVGA 3S9MC 5CRYA 3PMWA 3IAZA 4F18A 5DYHA 3TPAA 4NF6A 3B7DA 1POY1 3LSXA 2V93A 3R6UA 5EYFA 4PFYA 3G3GA 1ZU0A 3JV9A 1IQ7A 3IB1A 2R9JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H6WA 2XD2A 1WDNA 1VSOA 4QRZA 3RTWB 3FBPA 5J16A 2ZYKA 3MVXA 1A8EA 1FTLA 3TCGA 4OVRA 2O1MA 4G68A 1DMBA 3KZGA 1B9JA 1IITA 1LB8A 1JW4A 2H9BA 4C0RA 4FORA 4QF9A 1RDZA 3CHGA 1NV1A 5CM6A 4OYVA 4F2OA 4YICA 2RINA 3H03A 4P0IA 2F97A 4DE8A 4EQ9A 5A5LA 5H8NB 4LZ5A 5J1DA 1B7UA 4GVOA 3PPRA 5H8HA 3ZKLA 1S50A 1BTJA 2H5YA 2ZYOA 1FTJA 5CBRA 5I3SA 1QW0A 4GWYA 4HE0A 3S9LC 3T1BA 1Y3PA 5LOMA 3IOVA 2HXRA 1IXGA 2F36A 4NWCA 4OWDA 1FPLA 2Y5KA 1A40A 5ESYA 3EHSA 2QL3A 3C32A 3FJ7A 1NUWA 3OSQA 3O6PA 4EXLA 5I59B 1M5DA 2REJA 3OMBA 4BDMA 4U22A 1FBHA 5FTIA 1JEVA 4WEPA 3RYDA 3TTRA 3CFXA 1FQAA 4NX1A 4E0XA 4ELQA 3EKIA 4GFRA 3ILTB 4RA1A 1LBVA 3ISPA 1GGGA 1Y3QA 2D3IA 5IAIA 1SW2A 3MPKA 4JBZA 4PF8A 3K6VA 2I4BA 1D9YA 2O1LA 5ITOA 4RY1A 1QKAA 5IZ3A 3N94A 4DCYA 3K01A 2P0SA 3TQLA 5FHNA 5B70A 1LFHA 4F2QA 4OENA 3MW0A 4XKQA 4OEVA 4H67A 1EZOA 1LAXA 5L9SA 2WYPA 2P3VA 3D4GA 1KA1A 1R1NA 2I3WA 2O69A 1D9VA 2XX8A 3ODBA 1Q9DA 4KYDA 4XTCQ 5FBPA 3DRIA 1ZTYA 4HE1A 3VVFA 1KA0A 1F9BA 2QFLA 5ISUA 4U1ZA 1IMCA 5JTYA 3TAJA 4YU0A 3EN3A 2H25A 2O84X 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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