1B3HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-cyclohexylalanyl-lysine
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 192
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b3hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b3hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b3hA02
3LVUA 4GRKA 2I0CA 5JK4A 3QIMA 4GLIA 3H4ZA 3MPLA 1JETA 5CMKA 5JEIA 3CI8A 4G8HA 4XTCQ 3VVDA 3MBPA 1DTZA 1VSOA 4E0XA 1A7LA 3T66A 1P99A 3VLWA 4EXLA 5L8DA 4C1UA 2QL3A 1YAEA 1MXZA 3FV1A 1SDXA 5CRYA 3Q27A 1ZKBA 4HCYA 2Z23A 3VVFA 3IB2A 4NF4A 3H6VA 1MXUA 3O6HA 5FHOA 1QKAA 3RY3A 4ND9A 4F22A 2RC7A 3PPQA 4NF5B 3U92A 5I56A 2ANJA 1FTKA 3EQ1A 4ISUA 4R6YA 1SI1A 3LSLA 1Y9UA 1YTVA 4O3AA 1B46A 2ONRA 2NWJA 3ZS6A 3IO6A 2I58A 4K3FA 1O63A 5F7VA 4FE8A 3S9MC 2XXWA 1DTGA 2HAUA 3IB1A 3FZVA 3JV9A 4UA8A 2Z8EA 1IXIA 2XXXA 2XXRA 3TCGA 1MXVA 2FYIA 4RA1A 3DRFA 3E3KA 1OQHA 4O3CA 1FTOA 1XS5A 4IY6A 2GH9A 1ZBMA 1LGBC 4KYEA 3O29A 5B7DA 3GXAA 4ZE9A 4PETA 2O69A 3KOTA 4ESWA 3M8UA 3RQTA 3FIRA 3EHTA 3VV5A 3C31A 5HBCA 3WAEA 2THIA 1Z7NE 3G3GA 3KJTA 5H8NB 1LB8A 4Q8RA 4PFWA 3G3IA 3MP1A 3B7DA 1HSLA 1MS7A 5KCJA 1MPCA 2XX8A 4NTLA 1NMUA 2ZNSA 4QFKA 2VOZA 3PAMA 1P1OA 3OO7A 2HFBA 1FQBA 3SDFA 3PPPA 5HPQA 4JWYA 1EZPA 3ODBA 2Q8JA 1XVXA 3G7WA 4BDOA 1JQFA 1LAFE 2DE2A 3K2DA 4OHNA 3S9NC 4LQ5A 4F1UA 4I62A 3FXQA 2E1SA 3IJXB 4DXCA 2UVIA 2PX1A 3N6TA 5IAIA 2CZLA 4F2QA 3FVGA 1B5IA 3T9HB 1RKMA 3FD3A 1B7ZA 1SBPA 1OQGA 4DIGA 2I4CA 4KQPA 2OBGA 2O7UA 1XT8A 3QK6A 4ZE8A 1TFAA 5I2KA 3Q26A 2DXYA 3T9XB 2DWIA 4PP0A 4U4XA 3HV1A 5I56B 1OLCA 4GQOA 1Y3NA 3G3JA 5M2VA 2O68A 3K4UA 3GZGA 4EDPA 1N84A 2HZLA 3W9WA 1NNKA 3FXRA 2NVUB 2UYFA 1FTJA 1USYH 3IOTA 2GHBA 4OFJA 4ZEBA 2REJA 5ISUA 4NF6A 1LFIA 3JZJA 2P1SA 3FJMA 3RYBA 3S4UA 4IO5A 5ICQA 1MM6A 2B65A 1I6BA 4OWDA 4MFIA 2QMWA 3CFLA 3TYHA 2WKYA 4R2FA 4QHQA 1IZ1A 4YMBA 1GR2A 1B6HA 2XX9A 3SEVA 2DYXA 4U4SA 3IO4A 1M5FA 5TP9A 1B7HA 3DM0A 4XKRA 2HAVA 4QF9A 2H4IA 1VE4A 2ZNTA 3B6TA 1JW5A 3CR9A 1JEVA 4F39A 4ZZEA 3IL1B 1MRPA 3WAFA 4EQBA 2IA4A 2Z22A 2OLBA 3CHGA 4ONYA 3KSXA 2WOLA 2I3WA 5KCJB 1MG1A 1IQ7A 1WODA 4QFOA 2O1LA 3M3FA 5I58A 3LBSA 2I49A 4YB7A 4R9GA 2Y7PA 3TODA 2I3VA 3QUFA 3USDA 2O84X 3VDFA 2ZYKA 3PUZE 3TKDA 3KFMA 3KZGA 4TQUQ 1EZOA 4BLAA 2Q9TA 3ECRA 1B4HA 2VP1A 3HPIA 1OLAA 1FQAA 3T9VA 1JW4A 4F3PA 4JWOA 2P2AA 4U1ZA 4LATA 2V3QA 1AMFA 1R9QA 1MQHA 4BDRA 3UN6A 2ZYOA 1SVXB 2F7AA 4YICA 1NH8A 4JDFA 1WVJA 4XKQA 4QRZA 3V83A 3TDJA 3MWBA 4OTEA 3SEXA 5TU0A 4ZECA 4FEDA 5I2KB 4QFNA 2DVCA 3RT6B 1NH7A 1US4A 1B4ZA 1SW5A 5ITOA 4OEVA 4BDQA 1JVXA 3ONMA 4R73A 4G68C 3KEIA 4KCDA 4MBPA 1OVBA 2DWHA 3T22A 4RYAA 2OK2A 3OEKA 4GF8A 4G2ZA 4POWA 3TQWA 2BJJX 1QW0A 5H8HA 5AA3A 3BKIB 3HCQA 4FIMA 3V89B 3Q28A 1PDAA 1URGA 1MM7A 2V84A 3H06B 4WEDA 3H6UA 3MC2A 4OENA 1AL3A 4ELQA 3H6WA 4FORA 5TP9B 3PUWE 3H7MA 3U72A 3FJ7A 4G68A 1MY3A 1LLSA 1PBQA 3D4GA 4DZ1A 3O9PA 5TPAA 5CMMA 3VXBA 1DMBA 1S7YA 3THIA 1CB6A 3R7XA 4OEUA 5JTYA 4P0GA 5AA2D 3T9UA 1A8FA 1RYOA 1HSEA 1MXYA 4EQ9A 5H8QA 1FCKA 3PD9A 3C33A 1NNFA 3RPWA 2PYYA 3MQ9A 3MVYA 4NWCA 3HO7A 3ZKKA 1XHYA 1F9BA 3IB0A 3K02A 5FHMA 3QXMA 2AIXA 1B0LA 5I2NA 1ZJLA 4DLDA 1S9TA 3H6TA 3MJNA 3TMGA 1II5A 2ZNUA 2UVGA 4ZDMA 5DYHA 3GBBA 2F36A 1N3XA 4C0RA 1M5BA 2XXQA 1UTBA 2OWSA 2ABHA 2O6AA 1M5EA 5BUUA 4OFOA 2F8DA 4UACA 3LR1A 3AXFA 3Q25A 5KZTA 1SQYA 1M5DA 4Q5TA 2IEEA 4NWDA 3Q29A 2QSXA 3RT8A 4PQJA 1GVCA 1SI0A 3FATA 3HHFA 4GXSB 3RTFB 4YAHX 4F29A 4JB7A 4BDLA 4HW8A 1FQFA 3UK4A 4U23A 2H9BA 2RF1A 3IX1A 1N76A 1MH4A 3L6HA 3CSGA 3VLUA 2XHDA 2X26A 4THIA 2RC9A 1DSNA 1T0KA 1H43A 3OELA 2REGA 4G4PA 3MZ9A 4U22A 3OO9A 3OD7A 3TEPA 1A99A 1A55A 2X7QA 3DP4A 2FA7A 3IAZA 4KYDA 1LAHE 4F3BA 4GWOA 1MY4A 1IXGA 4G77A 2GRVA 1MQGA 4JBZA 3ZSFA 4HS7A 4U21A 1O64A 1P1NA 2F5XA 5KDTA 1PC3A 4XKNA 4RPNA 1B1XA 3FVOA 5H8HB 2GHAA 2I0BA 1YCJA 1M5CA 3OXNA 1IIWA 1LBCA 3EN3A 2VD3A 1NKXA 4XKPA 2HXWA 4IO7A 1I6AA 4NE4A 3OENA 3K6UA 4ZEIA 2F35A 5A5XA 1URDA 3S9LC 2QPQA 5CI5A 3FVNA 5TPAB 4KI0E 4YU0A 3DRKA 3O6PA 1ELJA 4YMAA 2F6GA 4NEDA 1B1HA 3FJGA 2R71A 3V8XB 1USYE 4C1TA 2O7IA 3C36A 4X1BA 1LAXA 3CFZA 4Q0CA 2FNCA 3BFTA 2Q2CA 1BP5A 1H76A 4QFPA 1N0TA 1LFGA 3DLNA 3GBAA 4F18A 1FTMA 1B52A 2ONKE 1AIVA 1QULA 5DVJA 2I4BA 1TT1A 3SKPA 1MPDA 3CFXA 4LZ7A 2HQ0A 4YKIA 1LFHA 4R2BA 2H5YA 1ANFA 1MPBA 4E0WA 4YKJA 4NF4B 3A09A 3U8QA 3EF7A 4MH5A 4M4GA 1NNPA 4IO2A 1YPNA 4H8IA 3MVWA 2F34A 1D4NA 1B3EA 2A5TA 2RCBA 4MLVA 3FV2A 4M1VA 5L9MA 4NMYA 2DE3A 4OESA 3UIFA 5CBSA 3QYTA 2D5WA 1MDQA 1R6ZA 1PB9A 5CMBA 4BDMA 3G3FA 1PBPA 2OWTA 5K2XA 3VFJA 3DRGA 4F2OA 3SETA 5J1DA 3PMWA 3IK6B 5H8FA 2W7YA 4X1DA 3I6VA 1VR5A 4QSEA 1D3KA 1B3GA 4OERA 4LQ2A 3UORA 2KLFA 4LZ8A 4F3GA 2V3TA 1OMPA 1PB8A 4ELOA 2WOKA 1BTJA 1A54A 2YPNA 1SW4A 2PT1A 3TTRA 4N13A 1SW2A 1US5A 2RC8A 4NF8A 3ILUB 3M3LA 4F19A 1Y3QA 4JSDA 1B51A 3O66A 4LP2B 3KSJA 3N94A 3SEUA 1LCFA 2Q88A 3PMXA 1D9VA 2H99A 4P0IA 2DXRA 3U93A 2ZYNA 2XXPA 2QS2A 1J1NA 4POXA 2DOJA 2QMXA 2Y84A 5A5XB 1B58A 2UXAA 4KR5A 3GLBA 4R6HA 4KFQA 3W15C 3S2VA 5EHMA 4DE8A 3MZ1A 4Z0IA 4KPTA 2H98A 1B5JA 1LSTA 2Y7IA 4H67A 4F1YA 1SW1A 1IXCA 2Y7RA 3BFUA 1EZ9A 1ZMGA 4OETA 3VE1B 1OIBA 4LONB 4IO4A 3EHSA 3TZAA 1Y3PA 2DS9A 1A40A 4WKMA 1BLFA 5IKBA 4KCCA 1B32A 2G93A 2LAOA 1EH3A 1Q1KA 4LA9A 2QJEA 3MUQA 3PV0E 3IJOB 3FUZA 1Y4TA 4EUOA 3FTOA 4RXLA 5EHSA 4RK2A 2XXIA 4ELRA 3ZKLA 4ZZAA 4OVJA 2YLNA 2NXOA 4PE5B 3SERA 1POY1 4H5FA 1QVSA 3OO8A 3PUVE 1DPPA 5FTIA 2PMSA 1LAGE 2ALUA 1VFEA 1LCTA 1B7UA 1Z7ME 1AOVA 3V5AA 3KGCA 4RY1A 4PFUA 2DQVA 1B5HA 3K6XA 4DDDA 4DCYA 1DPEA 4FEBA 2A5TB 3KOSA 1SD3A 4O3BA 3OMBA 1B9JA 3IOUA 4I8CA 2F97A 4NF6B 4L17A 1IEJA 4H5GA 1B3HA 2ESNA 3IORA 4MLQA 5H8FB 4PFYA 1B3FA 5ITPA 3BBRA 3RGYA 1MH3A 1H45A 3FGSA 2D21A 4FATA 2CMOA 3DP8A 1D9YA 3JYRA 4GXAA 3SEYA 2G29A 3ILTB 5L9OA 1QUKA 4I1DA 4GOTA 1XC1A 2DP8A 2O51A 1FTLA 4XXUA 4NF8B 2F7BA 3HN0A 3RUMA 2GFEA 4ECFA 4X9TA 3W9VA 3E9XA 4BDNA 3OOAA 1QKBA 1JVYA 5AA2A 4R72A 3TELA 3K1MA 1P1UA 2ONSA 1BIYA 1I69A 2B3BA 5I58B 1N3WA 3PUYE 3C35A 3K1NA 3RLFE 2XX7A 2PVUA 4H0WA 4JXIA 3DP6A 4GL8A 2H25A 2DE4A 2AL4A 5AE4A 3KN3A 5DVIA 3O2AA 2XXVA 3PPOA 1Y1ZA 3TAJA 2RINA 1IXHA 2XXHA 2VD2A 4FAJA 3K1PA 3QSLA 3TFLA 3T96B 2I6EA 3FVKA 4H8JA 3UP9A 4GIZA 4Z7EA 3LC8A 4WXJA 4XIGQ 3T93B 4QSCA 4N6PA 1TWYA 4IGRA 3UGWA 1P1WA 5CC2A 3MAMA 4GD5A 4DCXA 5I59A 3VXCA 4EXKA 3TTNA 2P0SA 4P11A 3I5OA 3CVGA 3DRJA 2V25A 1MXWA 3KBRA 1UIUA 2XXTA 2QS4A 4YB5A 4H1XA 5I57A 1IUDA 3SEWA 4WEPA 4QFLA 3CRBA 3RTWB 1I6QA 1Y1MA 4OMBA 1KWHA 4I9DA 3O97A 1QUJA 4IY5A 3UA8A 3IOWA 1B0HA 3MP8A 3VLVA 2OJTA 4OFLA 3H03A 3PPNA 2HEUA 3I3VA 3D4CA 5DEXA 4EF1A 1BKAA 4F1VA 3RNNA 1TXFA 1NL5A 3IR1A 5DT6A 1PB7A 5I84A 4ZS9A 3E4RA 4R74A 3CG3A 1GV8A 4G68B 1N04A 1UTHA 4AB5A 2ZXTA 3MP6A 4EQ7A 5CMCA 1CE2A 3C32A 4U1OA 1NFTA 5JTYB 4QSDA 3IOVA 1MQJA 3O6IA 3K01A 3TPAA 2UVHA 5AA2B 4OYVA 5H8QB 1FW0A 2NUVA 4H65A 1GTKA 3DELB 1SYIA 3OSQA 2O1MA 4MF3A 3MW0A 4IO6A 3MZBA 2R6GE 3G3KA 5K2YA 3P7IA 5I2NB 1MY1A 2Q89A 3K6WA 4N07A 3KN8A 3HSTA 3O6GA 3DRIA 4AB6A 3HHGA 3PGFA 4F3SA 3K6VA 1UTBB 4KYSA 2HCAA 1AH5A 1GGGA 2VGQA 2E0SA 3TTLA 1FQEA 4ESXA 3QAXA 3TCFA 2V3UA 3RN8A 1P1QA 1ZTYA 1JNFA 5AA4A 2PT2A 3QUJA 3CG1A 1R1NA 2UVJA 4AQ4A 4R6KA 1N7WA 3SESA 2DSFA 2Y7KA 5AA1A 5I59B 3KN7A 3PPRA 4OXVA 2RKMA 1EU8A 1NNTA 1MDP1 3TCHA 4FJPA 5I57B 3TTMA 5DVFA 1B05A 3R26A 3B6QA 4PFTA 4OZ9A 1XVYA 2XXYA 2DVZA 4JWXA 1DOTA 3B6WA 5KDTB 1WDNA 4DXBA 3CIJA 4JSOA 2UYEA 3H3GA 5L9SA 2F7CA 5B70A 5DEXB 3FXUA 2M8CA 4IO3A 1N7XA 5FTHA 4DXUA 1H44A 2D3IA 4HTGA 2XXUA 4IB2A 4TOZA 3LUYA 3EPEA 3K00A 4KHZE 1JW1A 2OCUA 1QJMA 1ATGA 3TUSA 4GFRA 4RPOA 2Z8FA 1UTHB 4RNSA 4LUBA 2B3FA 5HM4B 2HZKA 5ELVA 3OEMA 1MY0A 2F78A 2ZMBA 3CSBA 4RK9A 1MQIA 3L6GA 2PBWA 1FQCA 1MY2A 3MVZA 1B2HA 4R9FA 1A8EA 1UIVA 3U1OA 3A3CA 1TFDA 5BWJA 3K0VA 2VHAA 5LOMA 2F6PA 1QUIA 2RCAA 3KJ7A 4R75A 1FQDA 3U94A 2Z8DA 2DWAA 3MPKA 4ELPA 4Q30B 2XD3A 1Y4CA 1B3LA 1IITA 4OQOA 2OZZA 4GVOA 5EYFA 3S9EA 2QS1A 3N26A 4EF2A 3PMVA 3VVEA 3C4MA 5ICTA 4RJZA 3E13X 1LBBA 4ZEKA 3RYAA 5FHNA 4NF5A 2Q2AA 4ZEFA 3KG2A 2WOPA 5DTBA 1ZIUA 4G8MA 4TLLB 1URSA 3EHUA 1PEBA 4ZEDA 3FASA 1O7TA 5AA4B 3C9HA 3OSRA 2B4LA 5F1QA 1RYXA 1LB9A 1ZLQA 4IGTA 3A3UA 3MVXA 4HCWA 4YKKA 1VFDA 1XOCA 1S50A 1H3DA 2V93A 3N6UA 4U2RA 2AYSA 1MXXA 1Q35A 1MQDA 1OVTA 1SYHA 3DRHA 2YJPA 4YKPA 1Y20A 3F11A 3LSFB 2X7PA 3G3HA 3TQLA 4LVQA 3PD8A 3R6UA 3LSXA 2I48A 1ZU0A 4FECA 1HSJA 3OO6A 4YB6A 4LZ5A 2B4MA 2AL5A 2ZYMA 2XD2A 1UQWA 5H8NA 4H6DA 4YZZA 5CBRA 2DWJA 3C34A 2R9JA 1B40A 1R9LA 2QRYA 1JEUA 4F31B 3N5LA 4KD5A 3M3KA 4G8NA 3PU5A 3TTKA 1L5TA 2NOOA 5CM6A 2A5SA 4X48A 4GL0A 3PUXE 2Y7WA 3O28A 5H8SA 2QS3A 3LSWA 1POTA 4TLMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LVUA 4GRKA 2I0CA 5JK4A 4MEVA 3QIMA 4GLIA 3H4ZA 3MPLA 1JETA 5CMKA 5JEIA 3CI8A 4G8HA 4XTCQ 3VVDA 3MBPA 1DTZA 1VSOA 4E0XA 1A7LA 3T66A 4GWSA 4NG7A 1P99A 3VLWA 4EXLA 5L8DA 1FPGA 1KA0A 5ESYA 4C1UA 3E79A 2QL3A 1YAEA 1MXZA 1DK4A 3FV1A 1SDXA 5CRYA 3Q27A 1ZKBA 4HCYA 2Z23A 3VVFA 3IB2A 4NF4A 3H6VA 1MXUA 3O6HA 5FHOA 1QKAA 3RY3A 4ND9A 4F22A 2RC7A 3PPQA 1XI6A 4NF5B 3U92A 5I56A 4GX4A 2ANJA 1FTKA 4X8RA 3EQ1A 4ISUA 4R6YA 5F24A 4QBAA 1SI1A 3LSLA 1Y9UA 1YTVA 4O3AA 1BK4A 1B46A 2ONRA 2NWJA 3ZS6A 3IO6A 2I58A 3U65A 4K3FA 1LBYA 1O63A 5F7VA 4FE8A 4XF5A 3S9MC 2XXWA 2WYKA 2XXKA 1DTGA 2HAUA 3IB1A 3FZVA 3JV9A 4PDDA 4UA8A 2Z8EA 1IXIA 2XXXA 2XXRA 3TCGA 1MXVA 4MNCA 2FYIA 4RA1A 3DRFA 3E3KA 1OQHA 4O3CA 1FTOA 1XS5A 4PC9A 4IY6A 4P9KA 2GH9A 2FIXA 1ZBMA 1CNQA 1LGBC 4KYEA 2XWVA 4P47A 5ET5A 4JVDA 3O29A 5B7DA 3GXAA 4ZE9A 1YZ0A 4PETA 2O69A 3KOTA 2L5VA 4ESWA 3M8UA 3RQTA 3FIRA 3EHTA 3VV5A 4MHFA 3C31A 5HBCA 3WAEA 2THIA 4AS5A 1Z7NE 3G3GA 3KJTA 5H8NB 1LB8A 4Q8RA 3ROJA 4PFWA 3G3IA 3MP1A 3B7DA 1HSLA 4MX6A 1MS7A 5IZZA 5KCJA 1MPCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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