1B40A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kfk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b40A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b40A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b40A02
5FHOA 1D4NA 3LR1A 1SI1A 4DCXA 4EQBA 1URDA 2O1LA 4QFKA 4XKQA 1AH5A 1QKBA 3K1MA 3I3VA 3G3JA 3M3KA 1Y9UA 2A5SA 5AE4A 3TCHA 4AQ4A 3O6GA 3RYAA 2NOOA 1B3LA 1LLSA 3U92A 1LFIA 4NF8B 3ZSFA 1JQFA 1DSNA 1MPDA 1BLFA 5I2KB 3K01A 3KEIA 4ZEDA 3RN8A 1SW5A 1LFGA 4U23A 2V3UA 1LAHE 3MPLA 1XT8A 2O68A 3CRBA 2DVZA 4KYEA 2GHAA 3TTLA 1P1OA 4EUOA 1EZPA 3PAMA 4Z0IA 1R1NA 3KSXA 3CG1A 1B1HA 4LQ2A 1SW1A 3ILTB 4QSDA 3DRHA 2H4IA 3B6QA 4OHNA 2DE3A 5I2NA 1AMFA 4TLLB 3DP8A 2OZZA 2V25A 3MPKA 1PBPA 5I56B 3MP6A 2NXOA 3MZ9A 1HSEA 2WKYA 1IXCA 3T9XB 1II5A 3E4RA 3I6VA 2ONSA 5LOMA 3VFJA 4GL0A 3OO9A 3HN0A 2XXYA 2QSXA 3VXCA 4GOTA 3M3LA 1DPEA 4FEDA 1RYOA 3KFMA 4H1XA 2BJJX 2I0CA 3B6WA 5HPQA 1B0LA 1XVYA 2V3QA 4ELPA 3G3GA 4POWA 1EZOA 3KN3A 3OD7A 4F19A 1NNPA 4F18A 2NWJA 3FIRA 5B70A 3V8XB 3N6UA 3W9VA 1NNTA 5TPAB 3KJ7A 3MVWA 2QJEA 3LBSA 3OEMA 5CBRA 1B5HA 4YB6A 4OWDA 2ZYOA 2QRYA 4PQJA 3TAJA 4PFUA 3QYTA 2I3WA 1P1UA 2Y84A 3QAXA 1IQ7A 3P7IA 1VFDA 3C32A 3RPWA 3CI8A 4Q0CA 4WKMA 3TYHA 3KOSA 5L9MA 2FYIA 4GD5A 3DLNA 5AA4B 3RTWB 4DCYA 1BIYA 4U21A 1XOCA 1POTA 2ZXTA 5TP9A 1A55A 4LZ7A 2PMSA 1FTMA 2F7AA 2ZNTA 3U1OA 4DZ1A 4LVQA 5CM6A 1MH4A 1HSJA 1B46A 1FQDA 2Y7PA 2XXIA 1P1NA 4U4XA 3GBAA 1UTBB 3T9UA 2DOJA 4MBPA 3DRIA 2DXYA 4LQ5A 1VFEA 2PT2A 4ZS9A 5K2XA 3BFUA 5FTHA 2Y7RA 3EQ1A 4IO2A 3CR9A 4LZ5A 4NMYA 1S50A 3TCFA 3OELA 4TLMB 4IO5A 4YKIA 1B1XA 2ZYNA 1MY0A 3Q27A 3C33A 1A40A 3H6WA 4M1VA 4R6HA 4YB7A 1VE4A 1Z7NE 5DVIA 4RPOA 1NH7A 1L5TA 5CI5A 4KYSA 2XXPA 3JV9A 3OENA 3TMGA 3MVXA 4RNSA 3CG3A 1Y3NA 4NF4A 4MLQA 2XXWA 1B51A 4ZEFA 2HQ0A 3T22A 4P11A 4IY6A 3U8QA 1RKMA 5H8FB 3W15C 5DEXA 3S9MC 4XKNA 1UTHA 1SI0A 4ISUA 4H67A 4ZZEA 3MP8A 4GWOA 4EXKA 4FAJA 3SESA 4L17A 3OO6A 1JETA 5I57A 3VLVA 5TU0A 1CB6A 1S9TA 3PPPA 1MQGA 1DOTA 1Y20A 4P0IA 1WDNA 1B3GA 1B9JA 4HW8A 2RC7A 4JWOA 4LONB 1ZTYA 4H5GA 2HAVA 1JW4A 2X26A 1B05A 3FJMA 3K00A 4RJZA 1Z7ME 3A3CA 5AA1A 5FTIA 2Z8EA 4K3FA 4HTGA 1DPPA 1R6ZA 3SEXA 2ZNUA 3C4MA 4NF5B 1D3KA 1LGBC 3DRJA 4OZ9A 2ONRA 5H8SA 3FV2A 4F22A 4NF8A 3HO7A 4U1OA 2CMOA 3C31A 4H6DA 5EHSA 3TTRA 1JVXA 2F36A 1QKAA 5I2KA 1FQBA 4H5FA 5HBCA 4XTCQ 2PX1A 3L6GA 1NL5A 1Y3PA 3GXAA 4ESWA 2O51A 3M3FA 4F1UA 5ITOA 2I6EA 5CMCA 5I58B 4Q5TA 1IIWA 5DT6A 5ICQA 3TTKA 4R9GA 1ZMGA 2DE4A 5FHNA 4P0GA 4EQ9A 3MW0A 1FQFA 4PFYA 4Q30B 4ONYA 2X7QA 2X7PA 4QFOA 1B58A 1IUDA 1MQJA 3TZAA 1JW5A 3I5OA 3U94A 1A99A 5JEIA 3LUYA 3K1PA 3PU5A 3TKDA 1B40A 4GIZA 3LSFB 1ELJA 2R6GE 5AA2A 2CZLA 3E13X 4ZECA 3GBBA 5F1QA 1B7UA 1ZBMA 3WAFA 4OFLA 1I69A 2ONKE 4OETA 4R9FA 1LB8A 4RA1A 5A5XB 2F6PA 5H8NB 2Q9TA 5CC2A 1EH3A 1SYIA 4F3GA 4ND9A 5TPAA 3K6XA 2DQVA 4FEBA 2ESNA 4WEPA 2V3TA 4WEDA 3IAZA 3V5AA 5KCJB 5L9OA 3FXQA 1NFTA 3PUWE 3LVUA 3T9HB 5I59B 3CSBA 1XVXA 1OVBA 1LAGE 4RXLA 5AA3A 1ZLQA 1M5DA 5KDTA 5AA4A 4OVJA 4QRZA 2O69A 3USDA 1P1WA 2HFBA 3Q28A 3S2VA 3C9HA 1B5JA 1AOVA 1TFDA 4THIA 1H76A 4E0WA 2V84A 4IY5A 3RYBA 5DVFA 1TWYA 5L9SA 2DWJA 3PV0E 4G4PA 2PBWA 4X9TA 3TODA 3O97A 1MXUA 1PBQA 2HXWA 3OSQA 2ABHA 4O3AA 2I4CA 3H6TA 3MBPA 3R6UA 4GFRA 5H8QB 3HPIA 1OVTA 3PGFA 2UXAA 2RC9A 4WXJA 1EU8A 1FTJA 1MM7A 4HCYA 2XXRA 4U2RA 1MQHA 3LSXA 4ZE8A 3IB1A 3O9PA 3G3IA 4LATA 4KR5A 2YPNA 2XXQA 4OQOA 1I6QA 3PPQA 2F97A 4DE8A 3N5LA 3H03A 3W9WA 3DRKA 3RQTA 4FIMA 2B3BA 3PMVA 1AL3A 4G8NA 4BDMA 4PFTA 5JTYA 2I49A 4G68C 2OJTA 2XD3A 4GL8A 3TFLA 4BDLA 2ZMBA 4G77A 1URGA 2VGQA 2H98A 4I62A 4C1UA 3R7XA 1SYHA 2F6GA 2Y7IA 4PETA 4F29A 3C34A 3KG2A 1VSOA 3EN3A 4IO7A 3QXMA 1JEVA 4NF6B 3H6VA 4NTLA 3SKPA 1OQHA 3IJOB 2XX7A 1QJMA 4IB2A 2I0BA 3O28A 4POXA 3U93A 2FA7A 3PD8A 1Y4TA 4F31B 1D9VA 3MP1A 4IGTA 2LAOA 4I9DA 4QFLA 4KI0E 4HCWA 2REGA 3TTNA 3K6UA 5CMMA 3QUFA 1OLAA 2B4MA 1POY1 3T96B 3ZKLA 3SERA 1J1NA 3UGWA 3O29A 3FXRA 5EHMA 5F7VA 5L8DA 4TQUQ 4G8MA 2RF1A 3IOTA 2PT1A 1GR2A 2W7YA 3VXBA 5IAIA 4F2OA 4OMBA 5DVJA 1B3EA 2AL4A 3KN7A 2E0SA 1B3HA 2VD3A 2RKMA 3PUZE 3BBRA 1KWHA 4GVOA 2RCAA 3T66A 4NWDA 3UP9A 2ZNSA 1OMPA 4GRKA 3RLFE 2XX8A 2PYYA 3FVKA 2OWTA 1N7WA 2NUVA 3CVGA 2HCAA 4ZEBA 4YKJA 3DRGA 2IEEA 4IGRA 3OMBA 3C36A 2O1MA 2OK2A 4OFJA 4EF2A 1A8FA 4KFQA 3IOWA 2WOKA 4N13A 3JYRA 4ZEIA 2RC8A 2YLNA 3K4UA 4OEVA 1PDAA 4M4GA 4QSEA 1JW1A 2M8CA 2DS9A 3VV5A 2I3VA 2DSFA 4PE5B 1GV8A 4F1YA 2QS4A 3S9EA 4XKPA 4JWYA 1FCKA 4QF9A 1FTKA 1M5EA 1B4ZA 3VE1B 3OO8A 4KCCA 2HZKA 2KLFA 3HHFA 4N07A 3KOTA 4OXVA 3G3FA 3SEYA 4YMBA 2F7CA 5CMBA 4YAHX 2UVIA 2ZYKA 5KZTA 1QUIA 4JB7A 4PFWA 3G7WA 3HHGA 3PMXA 2D21A 1IXHA 3UIFA 4UA8A 5AA2D 3SEUA 1GTKA 3OO7A 3K6WA 1TXFA 4FE8A 3HCQA 2REJA 4O3CA 4QSCA 4U1ZA 1Q1KA 2WOPA 4IO3A 4G8HA 3G3HA 1MY3A 4TOZA 1MXZA 5KCJA 4OENA 2F35A 4I1DA 3ECRA 2P2AA 2XXVA 2HAUA 3MZBA 4KCDA 4JSDA 3LSWA 3SETA 3PUVE 3CFXA 3N6TA 1PB8A 3MQ9A 1MRPA 3SEWA 5I59A 2H25A 1ANFA 3FVNA 2F5XA 1PC3A 2D3IA 5M2VA 3VLWA 4X48A 4DLDA 1QULA 1MXWA 1OQGA 1B6HA 4R6YA 4F1VA 2QL3A 2Z8FA 2DYXA 1LSTA 2ANJA 3SEVA 2A5TB 1QUJA 1LCFA 2DWAA 3O6IA 1H44A 2GHBA 5CRYA 1B7ZA 4BDNA 4ELOA 2QS3A 1FTLA 4DDDA 1USYE 1MH3A 5ISUA 1UIUA 5EYFA 1SDXA 1JEUA 1ZJLA 2OLBA 3QSLA 4OYVA 3VVEA 5H8HB 1NMUA 3MUQA 5I56A 1NNKA 3K1NA 2QMWA 1A7LA 5H8QA 2OBGA 1LBCA 1PB9A 3FGSA 3MJNA 1MPCA 2D5WA 4LA9A 4C0RA 3CIJA 4YMAA 3T9VA 3MAMA 4MH5A 1MDP1 1ZIUA 2XXUA 2UYEA 1Y4CA 3RGYA 3IOUA 3B7DA 4EDPA 4NE4A 2PVUA 1O63A 3S9NC 3PPRA 3DRFA 3FD3A 4H65A 4R73A 1A8EA 4C1TA 4NWCA 3DM0A 4GF8A 4DXBA 1SQYA 1MY1A 1F9BA 1JVYA 2Z22A 1FQEA 2DWIA 2WOLA 1WVJA 2Y7KA 1LAFE 3ONMA 2I4BA 4QHQA 3TCGA 3HV1A 4H0WA 2Z8DA 4H8JA 2DVCA 1GGGA 3O6PA 4Q8RA 5CBSA 2UVJA 1NKXA 3UORA 4NF6A 1FQAA 3UK4A 1Q35A 4RK2A 1SW4A 3PUXE 2Y7WA 4N6PA 4OTEA 3QK6A 1NNFA 3O66A 1OLCA 3TQLA 3D4CA 4G2ZA 3H3GA 1EZ9A 3H7MA 4R72A 2UYFA 3IK6B 1URSA 1HSLA 2AL5A 2Q2CA 1H43A 1BKAA 3IR1A 1UTBA 1I6BA 5HM4B 1WODA 4DIGA 4F2QA 4R6KA 2Q89A 3VVFA 3K2DA 3VLUA 5ITPA 1N76A 3H6UA 2ALUA 3FTOA 5I84A 3FUZA 1M5FA 4LUBA 5IKBA 4F3BA 3CFLA 2P0SA 2R9JA 3KZGA 1US5A 1LAXA 3V83A 2G93A 4RYAA 1SBPA 2RINA 2H99A 3UA8A 4GQOA 1UIVA 4F3PA 5K2YA 1VR5A 4JWXA 3IO6A 2XD2A 1Y3QA 4G68B 4MFIA 4MF3A 5FHMA 5DYHA 3U72A 4ECFA 4ZE9A 3Q26A 1P99A 2I48A 3PD9A 2HZLA 5H8FA 2H9BA 4XKRA 2F78A 2VP1A 4AB6A 5AA2B 1XC1A 3JZJA 4UACA 1B3FA 4H8IA 2O7UA 1N7XA 4YKKA 3GZGA 3E3KA 1CE2A 1B52A 1JNFA 2B65A 1SD3A 3ZKKA 5JK4A 1XS5A 3MWBA 4HS7A 4E0XA 2VHAA 4U4SA 3IB0A 3PPOA 2QMXA 1MXYA 1IEJA 3N94A 2DWHA 4BLAA 4F39A 5ICTA 5ELVA 2VOZA 4JDFA 1MQDA 4LZ8A 2I58A 3OEKA 1T0KA 3FASA 1XHYA 5J1DA 3KGCA 2ZYMA 2O6AA 4DXUA 1LFHA 3TUSA 1MXXA 4R75A 4MLVA 3F11A 3ILUB 1FW0A 3H4ZA 1P1QA 3Q29A 3C35A 1MXVA 3TDJA 2THIA 4R2BA 2P1SA 2Z23A 3A3UA 5KDTB 1DTGA 2Q2AA 2B3FA 2V93A 1BTJA 4R74A 3CFZA 3ODBA 4ELRA 1SVXB 4OFOA 2R71A 2HEUA 3QUJA 2UVGA 2QS2A 1H3DA 3MVYA 4ZZAA 1UQWA 1B7HA 4EQ7A 4NF5A 2G29A 4KYDA 1YTVA 3B6TA 3O6HA 3L6HA 3MC2A 3FZVA 3RY3A 1IZ1A 2A5TA 3FJ7A 3PUYE 1BP5A 1YCJA 2XXXA 3THIA 4RPNA 2GRVA 4KQPA 1MY4A 1PB7A 1ZU0A 3KSJA 1PEBA 3D4GA 1FQCA 5I58A 5I2NB 1OIBA 2XHDA 2DE2A 3DP6A 5DTBA 2F8DA 3OXNA 1M5BA 3IJXB 3T93B 3CHGA 3LSLA 3EHUA 4KPTA 3PPNA 4ELQA 3TELA 5H8HA 4X1DA 4EF1A 3HSTA 1MPBA 4ZEKA 4X1BA 1LBBA 4GXAA 3S4UA 1D9YA 1US4A 1N3XA 3EF7A 2Q8JA 2E1SA 4FATA 3VVDA 4R2FA 4NEDA 4FECA 3RNNA 3KJTA 1MDQA 2B4LA 3KBRA 1LCTA 2F34A 2XXTA 1RYXA 4YB5A 2UVHA 4OEUA 3E9XA 2NVUB 4YKPA 2Q88A 4BDRA 2XXHA 1LB9A 5JTYB 4JBZA 1M5CA 5BUUA 1YAEA 4EXLA 2H5YA 5A5XA 1AIVA 1TFAA 4QFPA 5H8NA 4ESXA 4RK9A 1MS7A 1MY2A 4XIGQ 2XX9A 3TTMA 2DXRA 3V89B 3OSRA 1O64A 1ATGA 3RUMA 3S9LC 3TQWA 1QVSA 5TP9B 3M8UA 1IXGA 3G3KA 1B0HA 3GLBA 4XXUA 2O84X 1SW2A 1N84A 3WAEA 3IX1A 3VDFA 4LP2B 2FNCA 4BDOA 1N0TA 1Y1MA 1I6AA 4U22A 3N26A 4RY1A 5B7DA 5CMKA 4F3SA 1MM6A 4OERA 4YU0A 2VD2A 1H45A 4JXIA 3SDFA 2OWSA 1N3WA 3UN6A 3TEPA 2YJPA 2QPQA 4GXSB 1DMBA 4JSOA 4DXCA 1A54A 3AXFA 3FATA 2GFEA 3FXUA 2AYSA 1MG1A 4FORA 2IA4A 1S7YA 4KD5A 3RTFB 1GVCA 1QW0A 4FJPA 3RT6B 3Q25A 3FVGA 4BDQA 1NH8A 1R9LA 3CSGA 2DP8A 1TT1A 4YICA 3IL1B 3RT8A 1FTOA 4ZDMA 4NF4B 4Z7EA 3K02A 4GLIA 3ZS6A 3H06B 4KHZE 3MZ1A 4OESA 4G68A 4IO6A 3IO4A 1YPNA 1Y1ZA 3TPAA 5DEXB 1UTHB 3R26A 1DTZA 1O7TA 3PMWA 3MVZA 3EHTA 3DP4A 3FJGA 1MQIA 4O3BA 2OCUA 3LC8A 2AIXA 4IO4A 3BFTA 3FV1A 1B5IA 3OOAA 1USYH 1R9QA 3A09A 3EHSA 1N04A 3FVOA 2RCBA 1QUKA 1B4HA 1B2HA 5I57B 1IXIA 3K6VA 2O7IA 2GH9A 5BWJA 2F7BA 3IB2A 2QS1A 1ZKBA 4PP0A 4YZZA 4I8CA 4QFNA 3BKIB 3IOVA 3O2AA 4AB5A 1IITA 3EPEA 3QIMA 3KN8A 1B32A 3K0VA 3DELB 3IORA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FHOA 1D4NA 4N81A 1FPBA 2FVZA 3LR1A 1K9ZA 1SI1A 4DCXA 4EQBA 1URDA 1DK4A 1QGXA 2O1LA 4QFKA 4XKQA 1AH5A 1QKBA 3K1MA 4OVTA 2Q74A 3I3VA 3G3JA 3M3KA 1Y9UA 1KZ8A 2A5SA 5AE4A 3TCHA 4AQ4A 3O6GA 5IGAA 4MNCA 3RYAA 2NOOA 1B3LA 1LLSA 4O8MA 4NGUA 3U92A 1LFIA 4NF8B 2XWVA 3ZSFA 1JQFA 1DSNA 4N8GA 1MPDA 1BLFA 5I2KB 3K01A 3KEIA 4ZEDA 4PF6A 3RN8A 1SW5A 1LFGA 4U23A 2V3UA 1LAHE 3MPLA 1XT8A 2O68A 3CRBA 2DVZA 4KYEA 2GHAA 3TTLA 4O7IA 1P1OA 4EUOA 1EZPA 3PAMA 4Z0IA 1R1NA 3KSXA 3CG1A 1B1HA 4LQ2A 1SW1A 3ILTB 4QSDA 3DRHA 2H4IA 3B6QA 4OHNA 2DE3A 5I2NA 1AMFA 4JVCA 4TLLB 3DP8A 2R8TA 2OZZA 2V25A 3MPKA 1PBPA 5I56B 3MP6A 2NXOA 3MZ9A 1HSEA 2WKYA 1IXCA 3T9XB 1II5A 3E4RA 3I6VA 2ONSA 5LOMA 3VFJA 4GL0A 1FBHA 3OO9A 3HN0A 2XXYA 2QSXA 3VXCA 1KA1A 1IMEA 4GOTA 3M3LA 1DPEA 4FEDA 1RYOA 3KFMA 4H1XA 2BJJX 2I0CA 3B6WA 5HPQA 1B0LA 1XVYA 2V3QA 4ELPA 3G3GA 1FBDA 4POWA 1EZOA 3KN3A 3OD7A 4F19A 1NNPA 4F18A 2NWJA 3A29A 5FBPA 2CZHA 3FIRA 3EKIA 5B70A 1FPEA 3V8XB 3N6UA 4OVSA 3W9VA 1NNTA 5TPAB 3KJ7A 3MVWA 2QJEA 3LBSA 3OEMA 5CBRA 2HPGA 1B5HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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