1B46A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kpk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b46A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b46A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b46A02
2DSFA 3L6HA 4KD5A 3MVYA 2HZLA 4YU0A 1AOVA 2I3WA 3TTLA 5CBRA 3W9WA 4OZ9A 1WODA 2V3TA 2NWJA 2O6AA 4GD5A 1UTBB 3HPIA 3TDJA 2HFBA 1H3DA 3K0VA 2H25A 3V5AA 1MRPA 3KSJA 2FA7A 4O3CA 1XC1A 4IO4A 3T9UA 1P1NA 4EQBA 3H3GA 2QS1A 3EQ1A 1FQEA 1FQBA 1B46A 2AYSA 5AA2D 1CE2A 2WOLA 3Q27A 3MZBA 4EF2A 2PX1A 4LA9A 1FTJA 3I3VA 2DE4A 4G4PA 1MXUA 2QSXA 4HTGA 3MPLA 2UVGA 3PAMA 1FTKA 2HCAA 3A09A 2R6GE 4WXJA 4DCXA 2DVZA 3PD9A 5FHNA 2ZYNA 3OO8A 1LBCA 2D5WA 1GGGA 4DXCA 4YKKA 3D4GA 3T9XB 1GTKA 1PC3A 1FTMA 5I59B 4ZEBA 5AA2A 1Q1KA 2QS2A 3IJOB 5FTHA 2ZNSA 5HM4B 1IEJA 4XKPA 3I6VA 4NTLA 1IXCA 4RJZA 3MQ9A 2B3BA 2ONKE 3RYBA 4XKQA 4F22A 3K6UA 2RINA 1P1WA 1SYHA 3H6TA 2Q88A 2DWIA 4OEVA 1SVXB 1P99A 4FEDA 4U2RA 1NMUA 3C34A 1GV8A 4F3PA 1B5IA 3ZKKA 4FIMA 1IXIA 3H6WA 3DRFA 2Y7IA 4ZEFA 5KCJB 4Q0CA 3TAJA 3FJGA 3A3CA 3M3KA 1XHYA 5TU0A 2YJPA 3FV2A 2OK2A 1JVXA 5A5XB 2ALUA 4YMAA 4ZZEA 2VD3A 4F2QA 5B7DA 1JEVA 5KZTA 3V89B 4NF8A 2HZKA 3S9EA 4G68B 5B70A 1Y3QA 5DEXA 1EH3A 2GFEA 4M4GA 3SESA 5ITPA 3T96B 1SYIA 3C4MA 3TEPA 1USYE 1I6AA 1DMBA 1QKBA 3S9LC 4GQOA 3OSQA 1Y3NA 1RYXA 1B3LA 2F6GA 1PB8A 3KG2A 4H5GA 2AL5A 3IOVA 2I0CA 3H6UA 1SD3A 3O6HA 5I57A 3M3FA 2XXVA 1JNFA 3ZS6A 3RTWB 2F97A 4LUBA 1R9QA 2V3QA 3FVGA 3PPNA 1LCFA 2B65A 3I5OA 3IOTA 1EU8A 5DVFA 3GXAA 3SETA 4LVQA 1T0KA 3MZ9A 1LSTA 3K01A 5EHMA 1D4NA 4GL0A 2Y7PA 4DXUA 4NF6A 1N84A 3W9VA 4RXLA 4ZECA 4FATA 3KZGA 3ODBA 2ANJA 3DP6A 5DYHA 3CRBA 4NWCA 5L9MA 1A7LA 2OJTA 4N07A 5CI5A 3VVDA 4U23A 5KDTA 5BWJA 3QK6A 4OETA 4EF1A 4P11A 3H03A 4RNSA 3RQTA 4IY6A 2H5YA 1TFAA 1ZLQA 3P7IA 3PPQA 4RK9A 2H98A 2F5XA 3TUSA 3L6GA 1I6QA 4FE8A 4POXA 1L5TA 1MDP1 1ANFA 3IB2A 1JW5A 3RNNA 4DIGA 1MXWA 4RK2A 3TELA 1YCJA 3WAFA 3TZAA 2IA4A 5FHOA 3EHSA 2QJEA 3Q28A 2G93A 4MBPA 4Q5TA 3ONMA 1O7TA 5AA4B 1BTJA 2CMOA 1EZ9A 4F1UA 1LLSA 2RC8A 3OOAA 1VR5A 3Q25A 3FATA 3H4ZA 3MVXA 3QXMA 3PUZE 4L17A 4YKIA 4I1DA 4Z7EA 3K1PA 4OHNA 2ONRA 4WKMA 4AB5A 1MQIA 2F36A 5H8HA 2DXYA 4XXUA 2P2AA 2H99A 2I4BA 2O1LA 3UP9A 1IUDA 4IO5A 4R73A 4R9GA 4KCCA 2PVUA 3CVGA 3DRHA 3LC8A 4EDPA 5TP9B 3QUJA 3KN3A 3RPWA 4M1VA 1MQJA 1VSOA 1B4ZA 4KHZE 3C35A 1MXZA 3IX1A 5L9SA 5H8QA 1JW4A 1Q35A 4OWDA 1XOCA 1POY1 4EQ7A 4H8JA 2G29A 3BFUA 4ELQA 2PMSA 1NKXA 4YKPA 5AA3A 4ZEKA 3T9HB 3KJ7A 2XXUA 5FHMA 2XX8A 4BLAA 2YPNA 1XT8A 1LB9A 1N3WA 3FTOA 1OLAA 4JWXA 2HQ0A 3C32A 5K2YA 3LUYA 1B0LA 4C1UA 3S9MC 4HCYA 3PMXA 4Z0IA 2DVCA 1RKMA 4R2FA 2I48A 1Y9UA 4F1VA 3RUMA 2XXPA 3DP8A 1M5CA 1Y3PA 1MH4A 3U8QA 3JV9A 3K4UA 4EUOA 2Z8FA 4IGTA 3RT6B 4F2OA 1MY4A 1UQWA 2XXQA 2ONSA 4R9FA 1B0HA 5I2KB 4F29A 5CMKA 2I4CA 4XKRA 4KYEA 1A54A 3AXFA 4QFNA 3M3LA 5JEIA 3PPPA 4OENA 4JWOA 1SI0A 2I3VA 2O1MA 2UVIA 4GFRA 4BDQA 3OO7A 4YMBA 5TPAB 1Y1MA 1N76A 2PT2A 3TKDA 2WKYA 5I58A 4RA1A 3MZ1A 4TOZA 4QF9A 1YAEA 3ILTB 2OBGA 4MFIA 2UXAA 2PT1A 1LFGA 3N6TA 4R72A 3R26A 4ZE8A 1I69A 4NMYA 5CMBA 3LSWA 4GVOA 3KSXA 1M5DA 4X1DA 4MLQA 1LCTA 5LOMA 5H8SA 4E0XA 3LBSA 4XIGQ 3MC2A 1HSEA 4GXSB 4U1ZA 1QKAA 2RC9A 3T93B 3PMWA 3KBRA 4KFQA 3N5LA 1NNKA 2XX9A 1UTBA 1B3FA 2I49A 1YPNA 1S50A 2VHAA 4X1BA 4OQOA 2VOZA 1ZKBA 4BDRA 2GHBA 1SDXA 3G7WA 3SERA 3MP8A 1N7WA 4Q8RA 1Z7NE 4I9DA 2ZYOA 3PPOA 2XXHA 2Y84A 2B4MA 2RF1A 4OFJA 4QFLA 4F31B 3TYHA 3S9NC 2WOKA 4HW8A 1IXGA 4E0WA 2F7CA 1Y4CA 3QYTA 1AMFA 4GWOA 1SW1A 1YTVA 1H43A 1QUIA 3FUZA 4JWYA 1LBBA 1AIVA 2R9JA 2XHDA 3OO6A 4ZE9A 4KI0E 5K2XA 2NXOA 2X7QA 2PBWA 5F7VA 1UTHA 3IL1B 3SEVA 1SI1A 5I59A 5H8NB 1QJMA 3DRKA 4ECFA 1QUKA 1A99A 3PUYE 3MBPA 4MH5A 4F3SA 3TODA 2F78A 4OFOA 1FCKA 2DYXA 4EXLA 4QRZA 3IK6B 2DWAA 3VDFA 1IQ7A 1WDNA 1B7UA 1DOTA 2B4LA 4THIA 1NNFA 1SQYA 1MM7A 3CSGA 3TTNA 4DCYA 4PFUA 5KCJA 3U93A 3CHGA 4FJPA 2RC7A 5J1DA 3O66A 3SEUA 4U4XA 2H9BA 1XVYA 1H76A 2DWJA 2DOJA 3LR1A 3TCHA 5A5XA 1B3EA 1FQAA 1B40A 1MPCA 1PB9A 5CRYA 3UIFA 1B1HA 4H5FA 4N13A 5L9OA 2UVHA 2F34A 4HCWA 3ZSFA 1MPBA 3IR1A 4NF4A 1LAXA 3VXCA 4ESWA 3LSFB 3FVKA 3BKIB 1FQFA 1DTGA 2DE2A 1M5BA 3FJMA 4QFPA 3QUFA 3QAXA 4G77A 2QS4A 5ITOA 3U94A 1GVCA 2BJJX 5ICQA 4U1OA 3U1OA 2O68A 4G68C 1NNPA 5I57B 1I6BA 3TFLA 4U22A 4I8CA 3PD8A 1B32A 2E1SA 3TQWA 1UIVA 1N7XA 3FASA 4ZZAA 2F6PA 2D21A 1MY0A 1AL3A 1TT1A 4FEBA 3O97A 3PUWE 1NNTA 3FXRA 4GLIA 3K1NA 4Q30B 4QSCA 3IJXB 4DLDA 1URGA 3H6VA 2NOOA 1QULA 3KOTA 2ZNTA 2HAVA 2DXRA 3TTKA 3CFZA 4F3GA 2Q8JA 4XTCQ 3Q29A 3OXNA 3KN7A 3O9PA 1B7HA 3JYRA 4DZ1A 5L8DA 4G8HA 1JVYA 1B7ZA 4ZS9A 1MY3A 1SW5A 1QW0A 3MUQA 3MVZA 4WEPA 3OEMA 4BDNA 4DE8A 2IEEA 3CIJA 3B6TA 3C33A 4ND9A 1MS7A 5H8FB 2REGA 4C1TA 3Q26A 4FECA 4LZ8A 1AH5A 3T66A 5I56A 4PFYA 4NWDA 3DM0A 3OSRA 5ICTA 1TXFA 3MPKA 4JDFA 3KFMA 3C9HA 3EHTA 3JZJA 2ESNA 3G3KA 1JEUA 3K02A 1MXYA 3CG3A 1S7YA 4YICA 3O6PA 4FORA 4I62A 5CBSA 1P1UA 1USYH 4PETA 2XD3A 4RY1A 1B9JA 4PFTA 3ZKLA 3VVEA 4GL8A 5AA4A 3PMVA 3B7DA 3RY3A 3FV1A 3GBBA 1OVTA 3VFJA 5H8HB 4G8NA 4WEDA 1Y4TA 1VE4A 1OLCA 5ISUA 5DVIA 2Y7WA 3BFTA 5AA1A 2RCBA 2NVUB 4ELOA 3HO7A 1M5EA 1ZBMA 2I58A 4PP0A 1FQDA 3E9XA 3IOWA 4IY5A 3N26A 3K6WA 3KGCA 1B05A 4R74A 2XXRA 1OVBA 3IAZA 2A5TB 5TP9A 1NH8A 3SKPA 4OFLA 1LGBC 3TTMA 3FVOA 4PQJA 2OWTA 3G3JA 4RPOA 5JTYB 3CFLA 3O29A 3S2VA 4R75A 4FAJA 4X48A 3PGFA 3VLVA 1ZIUA 3GBAA 3S4UA 2QL3A 2XXWA 4QHQA 1ZJLA 1D9YA 3QSLA 2CZLA 3FGSA 2XXYA 1SW4A 3DRIA 2PYYA 3FXQA 5HBCA 1MDQA 4YB6A 1Y20A 4LATA 4OTEA 3DRJA 5ELVA 1FTOA 1B4HA 3PUXE 4P0GA 4XKNA 1JQFA 4GIZA 5I84A 1SW2A 1POTA 2XXTA 1GR2A 4F39A 3CR9A 2W7YA 2AIXA 3VLUA 2DP8A 3LSLA 1VFEA 3FZVA 1H45A 4IO6A 2NUVA 3THIA 4ELPA 3CI8A 1A40A 4UA8A 4KR5A 3B6QA 3ILUB 3EHUA 3G3HA 1O63A 1HSLA 5EHSA 3DELB 3DP4A 4HS7A 4K3FA 5I2KA 1MG1A 1P1QA 4C0RA 2ABHA 2REJA 2M8CA 4PFWA 1OIBA 1PBPA 1ZTYA 3B6WA 1II5A 2FNCA 1DTZA 4MLVA 3RLFE 3VV5A 3K6XA 4RYAA 3G3GA 4NF5B 1NH7A 2QMXA 3MJNA 2OLBA 3TCFA 2XX7A 2HXWA 2O69A 5DT6A 1NL5A 1B5HA 5I2NA 1H44A 1RYOA 1ELJA 4R6KA 2Q2AA 1LAHE 1OMPA 4ISUA 1Y1ZA 3RT8A 4H1XA 3T22A 2F35A 2FYIA 3FXUA 3A3UA 4ZDMA 3MVWA 4LP2B 2XD2A 1A8EA 3EPEA 1LAFE 4O3AA 2F7AA 3CSBA 4AQ4A 3K1MA 1QVSA 2UYEA 2QS3A 4F3BA 5CMCA 2UYFA 3VVFA 4G2ZA 3IORA 4YKJA 2DS9A 2HAUA 3V8XB 3EF7A 4OVJA 2F8DA 2VP1A 3MP6A 1SBPA 3BBRA 3H06B 2VD2A 2O51A 4OESA 4H8IA 3N6UA 1XS5A 3KN8A 5AA2B 4U21A 1B51A 1VFDA 3TTRA 1EZOA 4TLMB 3N94A 4AB6A 1UTHB 4QFKA 4R2BA 4LQ2A 2I0BA 4IO3A 3IO4A 1B6HA 1NFTA 3UK4A 4JSOA 3IB0A 3PV0E 3PU5A 1B1XA 4BDMA 4G8MA 5H8NA 1J1NA 1WVJA 1CB6A 4ONYA 3UGWA 3KJTA 5JK4A 3OEKA 2Z23A 4R6YA 3UA8A 3HHGA 3K6VA 3HCQA 4BDLA 5DTBA 1LFIA 2ZXTA 2ZYMA 3OELA 4GRKA 3LVUA 4NF8B 3MWBA 4ZEIA 1KWHA 1B52A 4ZEDA 5CC2A 5HPQA 5DEXB 1LB8A 3O2AA 1MY2A 1MQGA 1TWYA 1IZ1A 1BP5A 3UN6A 3VXBA 2GH9A 4G68A 4N6PA 2XXXA 2O84X 4KYDA 2AL4A 3KOSA 3K00A 4NF4B 4DXBA 1LFHA 2YLNA 4YB7A 3TQLA 1ZU0A 1DPPA 3EN3A 1BIYA 4OEUA 4H65A 2P0SA 1PB7A 2V3UA 4O3BA 3C36A 2DQVA 1A8FA 3TPAA 2R71A 4RPNA 1PDAA 4NEDA 1MM6A 4ELRA 2KLFA 4YAHX 2O7UA 2B3FA 3OENA 5M2VA 1OQGA 4QSDA 4IO2A 1FQCA 3GZGA 2VGQA 3V83A 4NF6B 1B3HA 1D3KA 4OYVA 4F18A 3HN0A 4EXKA 3OMBA 3WAEA 4BDOA 1B2HA 3C31A 5EYFA 3RN8A 2Z22A 1D9VA 1F9BA 1A55A 4GF8A 1FTLA 4LQ5A 3K2DA 1MXXA 4PE5B 5KDTB 1MXVA 1IXHA 3DRGA 4YZZA 1FW0A 1MQDA 4F1YA 4JSDA 1MPDA 4YB5A 3U92A 3CFXA 2A5SA 2HEUA 1PBQA 2V84A 2OCUA 2D3IA 3TMGA 3RGYA 3ECRA 1M5FA 3OD7A 4X9TA 3CG1A 2X26A 1BLFA 2LAOA 5I56B 3PUVE 2OZZA 2Y7KA 1S9TA 3GLBA 5H8FA 1IITA 3HSTA 4H0WA 1R1NA 2DE3A 2P1SA 4UACA 5IAIA 1N04A 2GHAA 3MW0A 4P0IA 5BUUA 2ZMBA 4TQUQ 2DWHA 3SEWA 4POWA 4LZ5A 4H6DA 4EQ9A 1MY1A 3MAMA 3QIMA 2GRVA 4U4SA 1XVXA 2ZNUA 3IB1A 4KCDA 2ZYKA 1DPEA 1R6ZA 1IIWA 2V93A 5FTIA 3H7MA 1LAGE 2UVJA 3FVNA 3DLNA 2X7PA 5H8QB 3SDFA 1ATGA 1UIUA 3SEXA 2Q89A 2Q2CA 2THIA 2XXIA 2Z8DA 1MQHA 4MF3A 2O7IA 2H4IA 3HV1A 3OO9A 5AE4A 4QFOA 3RTFB 2E0SA 3O28A 5DVJA 2A5TA 4LONB 3SEYA 1URDA 3FIRA 4IB2A 1MH3A 2WOPA 3E4RA 4GXAA 5JTYA 5CMMA 3O6GA 4H67A 1Z7ME 2OWSA 3LSXA 2QMWA 2RCAA 3IO6A 1QUJA 4KQPA 1JW1A 3MP1A 3O6IA 3VLWA 1EZPA 3G3FA 4TLLB 3FJ7A 4GOTA 5F1QA 1BKAA 2Q9TA 4ESXA 2I6EA 5CM6A 1R9LA 3E13X 3PPRA 4JBZA 2RKMA 1B5JA 1TFDA 3T9VA 2Y7RA 1N0TA 4IGRA 4DDDA 4KYSA 3RYAA 4F19A 4OMBA 1B58A 2F7BA 4NE4A 1HSJA 3UORA 2QPQA 1DSNA 2QRYA 4JB7A 3M8UA 1O64A 1JETA 3HHFA 3FD3A 3R6UA 1US5A 2V25A 4LZ7A 4OXVA 3G3IA 5I58B 3F11A 4QSEA 3VE1B 3R7XA 4IO7A 4R6HA 4OERA 1PEBA 3U72A 2Z8EA 1P1OA 3KEIA 5TPAA 3E3KA 3TCGA 1URSA 3W15C 1US4A 4KPTA 1N3XA 3D4CA 1ZMGA 3IOUA 4NF5A 3USDA 5I2NB 1B3GA 4JXIA 5IKBA 1OQHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DSFA 4HE1A 3BIHA 3L6HA 4KD5A 3MVYA 2HZLA 4YU0A 1AOVA 2I3WA 3TTLA 5CBRA 3W9WA 4OZ9A 5DW8A 1WODA 2V3TA 2NWJA 2O6AA 3RYDA 4GD5A 1UTBB 3HPIA 3TDJA 2HFBA 3GYYA 1H3DA 3K0VA 2H25A 3V5AA 1MRPA 3KSJA 2FA7A 4O3CA 2ZZWA 4GWXA 1XC1A 4IO4A 1RDZA 5IZ1A 3T9UA 1YXIA 1P1NA 4EQBA 3H3GA 2CZHA 2QS1A 3EQ1A 1FQEA 1FQBA 1NUYA 1B46A 2AYSA 5AA2D 1CE2A 2WOLA 3Q27A 3MZBA 4EF2A 2PX1A 4MNIA 4LA9A 1FTJA 1IMBA 3I3VA 2DE4A 4G4PA 1MXUA 2QSXA 4HTGA 3MPLA 2UVGA 3PAMA 1FTKA 2HCAA 1EYKA 4JVCA 3A09A 2R6GE 4WXJA 4DCXA 2DVZA 3PD9A 5FHNA 2ZYNA 2HXRA 3OO8A 1LBCA 2D5WA 1GGGA 3KC0A 4DXCA 4YKKA 3D4GA 3T9XB 1GTKA 1PC3A 1FTMA 5I59B 1FRPA 4ZEBA 5AA2A 1Q1KA 2QS2A 3IJOB 5FTHA 2Q74A 2ZNSA 5HM4B 1IEJA 4N4UA 4XKPA 3I6VA 4PDHA 4NTLA 1IXCA 4RJZA 1NV3A 2B3BA 3MQ9A 4MHFA 2WYKA 2ONKE 3RYBA 4XKQA 4F22A 3K6UA 4JVDA 2RINA 1P1WA 4GX4A 1SYHA 3H6TA 2Q88A 5ET8A 2DWIA 4OEVA 1SVXB 1P99A 4FEDA 4U2RA 1NMUA 3C34A 3T0JA 1GV8A 4F3PA 1B5IA 4GBWA 3ZKKA 4FIMA 1IXIA 3H6WA 3DRFA 2Y7IA 4ZEFA 5I3SA 5KCJB 4Q0CA 3TAJA 3FJGA 3A3CA 3M3KA 1XHYA 5TU0A 1QGXA 2YJPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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