1B4HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-diaminobutyric acid-lysine
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 194
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b4hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b4hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b4hA02
3IJXB 1MXVA 3RYAA 5AA4B 2ZYMA 4ND9A 1MM7A 3H3GA 2WKYA 5KDTB 3K6UA 3DM0A 4ZZEA 4ZEKA 2WOKA 1OVBA 2QSXA 1EZOA 3K6VA 3BFUA 5DEXA 1VE4A 5KZTA 3C34A 4YKKA 3UORA 2I0CA 2I49A 3T9XB 1JW4A 4EQBA 2R71A 3G3HA 4QFOA 3TTNA 1SDXA 4R6HA 2Q89A 4LZ7A 1FTJA 2UYEA 3SEYA 4IO2A 2FNCA 2Y7PA 4FJPA 2RC8A 1B5IA 4P0GA 3SEVA 4F29A 3MUQA 4OQOA 1N7WA 3IB1A 2F7CA 1B4HA 1Y1ZA 1JNFA 3CSGA 4POWA 2YPNA 1IXIA 3EQ1A 3MVZA 4WEPA 3SDFA 5I58A 2QS1A 1DMBA 2H5YA 1SW4A 2Z22A 4RNSA 4OVJA 5H8QA 2E0SA 3UA8A 5AE4A 1LFIA 1PDAA 4LA9A 3R26A 1P1UA 3PPRA 3FVOA 4JXIA 3SEWA 1PBQA 3TKDA 4WXJA 3KSJA 4ESXA 4OFLA 2GHBA 4LZ8A 2ZYNA 2PT1A 4KPTA 4C1TA 3MPLA 4JWYA 3USDA 4IGTA 3FV2A 3PUXE 1B5JA 5CMBA 5DYHA 1B46A 1ZMGA 1OIBA 1MXYA 1QKAA 1Y1MA 3O66A 4JDFA 4EUOA 4O3BA 4NF4B 4R9FA 3OEMA 2XXXA 4KYDA 3IORA 3VXCA 2O7IA 1AH5A 1Q35A 2Q8JA 2UYFA 2NVUB 4NF5B 3FUZA 1LB9A 3IAZA 3EPEA 4DXCA 3CFZA 1ELJA 3W15C 4GRKA 4R2BA 3PUWE 3R6UA 4YMAA 3IOVA 1MS7A 1OLCA 2M8CA 3KSXA 1PEBA 1Y4TA 1IZ1A 1XC1A 1XVXA 1BP5A 3HSTA 3IL1B 2ANJA 2ZYKA 2NWJA 1ZBMA 3TEPA 5AA4A 3KEIA 4MLQA 1PB8A 1B05A 3K4UA 3MZ9A 1VSOA 2QRYA 3N26A 3K02A 4YKIA 4O3AA 2QJEA 3M3LA 4AQ4A 4BDMA 4DXUA 1JQFA 2UVGA 4GWOA 2P0SA 3SEUA 3N5LA 5TPAB 2VP1A 1USYH 2DVZA 2DWJA 4R75A 4F1VA 2VD3A 3CVGA 1FQDA 3UGWA 1B7ZA 2B4MA 4I9DA 4Q8RA 5IKBA 4GOTA 1FQFA 3DRGA 4N6PA 4UACA 4ZEBA 2NUVA 1DSNA 4ZEDA 4EF2A 1IUDA 3VE1B 4PETA 3L6GA 4MLVA 4FATA 2I58A 5BWJA 3FJMA 3IB0A 4IO5A 2REGA 4E0XA 2V3UA 3V89B 4HTGA 3PD9A 4QSCA 2Z8FA 4FEBA 3CI8A 1MDP1 2HEUA 3CFLA 2ONRA 2X7QA 2QMWA 2XXQA 1BLFA 2P2AA 4LQ2A 3FXUA 3TQLA 3FIRA 2WOLA 3CHGA 2V3QA 3ILTB 4QHQA 1S7YA 1S50A 1POY1 1HSEA 4Z7EA 2F78A 3IB2A 2DOJA 4I8CA 2HZLA 1DPPA 5CC2A 2Y7KA 4NF8B 2FYIA 3VVDA 2H9BA 2DQVA 1FQCA 1FTOA 1MQJA 2F8DA 3QUFA 2DP8A 2XHDA 4HCWA 4U21A 2D21A 3DP6A 4NF4A 4KCDA 3PV0E 5BUUA 4M1VA 4NWDA 3FXQA 4U23A 4YKJA 3F11A 3TAJA 1FQBA 4H5FA 5I59B 4OFJA 4NF5A 3U8QA 1I69A 1J1NA 2DWIA 2ZNUA 4WKMA 3GXAA 3KBRA 3DP8A 4HCYA 4F39A 1N3WA 1PB7A 3QAXA 1A99A 1SQYA 3PPPA 4YB7A 2OLBA 3KN8A 2UVIA 1URDA 1TT1A 1CE2A 5I2KB 3T93B 3IOTA 2ZNTA 3TDJA 1LAFE 4KYSA 3QIMA 2B65A 4ESWA 3OSRA 4EDPA 4H0WA 3W9VA 2R9JA 1I6QA 4KI0E 3UP9A 3QK6A 3IK6B 3HPIA 1B1HA 3O6PA 1YAEA 1LB8A 3MC2A 2H4IA 1Y3NA 3C4MA 3ODBA 4PFTA 3RT6B 1US5A 2VOZA 4TOZA 3BFTA 2Y7WA 3DP4A 4ZDMA 2P1SA 2B3FA 3K01A 3O29A 4Q0CA 4H67A 4BDQA 5HPQA 5ELVA 3C31A 2Q9TA 4E0WA 4RPOA 3VLWA 3ZKKA 1P99A 1R1NA 4PQJA 4GL8A 4Z0IA 1B3EA 3H6VA 1IIWA 1R9QA 5TPAA 4DLDA 1SI0A 4H5GA 3E3KA 2R6GE 3N6UA 5AA1A 4OESA 4QFKA 3FJGA 3UN6A 3MZBA 4QFNA 4YMBA 1YPNA 4R74A 4N07A 2AIXA 3SETA 4C0RA 2QL3A 1URSA 3TYHA 1XVYA 2XD2A 1SW5A 4RK2A 3ILUB 3U94A 3BBRA 1MH3A 2Y84A 3IJOB 2DXRA 3C9HA 4Q30B 1B7HA 3THIA 1FW0A 1YCJA 4RJZA 4XKNA 4U4XA 3IO4A 4TQUQ 1B58A 2CZLA 2G29A 3ECRA 2F6PA 2IA4A 5I84A 3N94A 3MVXA 5EHSA 4RA1A 2NXOA 1H44A 4L17A 5JK4A 3MP6A 2ZXTA 2GFEA 5A5XB 5J1DA 2IEEA 2AL5A 5HBCA 1B1XA 1JW5A 3IO6A 3KGCA 2ABHA 2A5SA 2Q2AA 2HXWA 2RCAA 4GF8A 1RKMA 2VD2A 5I57A 3TCFA 1FTLA 4PFWA 1B3GA 3G3JA 2OWTA 4GXAA 4GXSB 1UIVA 1MRPA 3K1NA 5I59A 1PB9A 4H8JA 1PC3A 1MM6A 3O6GA 5L9MA 3OO7A 4HS7A 3DELB 4FEDA 3CG1A 4QF9A 4IO3A 2O84X 3DRHA 3FXRA 4NEDA 1SI1A 1O63A 1D3KA 2XXVA 1AOVA 3DRKA 1NNPA 3PD8A 3TQWA 4GQOA 3O6HA 5I2KA 4YZZA 5F1QA 2RF1A 3K1PA 1NNKA 3OO8A 3KOTA 3MQ9A 3RTWB 1MQDA 4ZEFA 1LBCA 1N04A 4JB7A 1EU8A 5JTYA 2I0BA 3EN3A 2F5XA 3D4CA 3T22A 1MH4A 2ALUA 4NTLA 4PFUA 1ZJLA 2F34A 3ZSFA 3TUSA 5DVFA 1B3HA 4MH5A 4LP2B 3FVNA 3PAMA 1B3LA 3P7IA 4F2OA 3A3UA 3SEXA 1B2HA 3UIFA 2PBWA 3U72A 1SVXB 3RNNA 3PMXA 3LBSA 4OEVA 5FHNA 4RK9A 1AMFA 2LAOA 1QUJA 3QUJA 3LVUA 1TXFA 1TWYA 1LCTA 4HW8A 2O51A 4IGRA 2F7BA 4NE4A 1SW2A 2ONKE 2VHAA 4KQPA 1N0TA 3CIJA 1B0LA 5FHOA 1AIVA 2NOOA 4JSOA 1ZKBA 4G4PA 3O28A 1MXZA 1EZ9A 4F2QA 1DTGA 2QS4A 1CB6A 2O1MA 3M3FA 3OXNA 1NMUA 1Y3PA 1QJMA 4G68B 4R9GA 4THIA 5I56B 2AL4A 1Z7NE 1PBPA 1D4NA 4MBPA 1Y4CA 5L8DA 4ZEIA 5EYFA 3GBBA 4F3BA 2DSFA 4FIMA 5KDTA 1R9LA 1IITA 4ZECA 1II5A 4H6DA 3I6VA 2V3TA 1D9YA 3KN7A 1OQGA 4YB5A 2GHAA 1MPDA 1SBPA 4RYAA 3OEKA 2OZZA 4EQ9A 2DWHA 5H8FB 5A5XA 4KR5A 1MXUA 3S2VA 2CMOA 1MG1A 4YKPA 1P1NA 2O69A 4YB6A 3K1MA 2PYYA 1S9TA 3HV1A 5CI5A 1A54A 1F9BA 4H1XA 1QUIA 1A8FA 5B70A 3MW0A 4X48A 4U4SA 3PPQA 3EHTA 4TLLB 4NWCA 4X1DA 4OMBA 2RKMA 2H99A 4ELQA 3VVFA 2D3IA 1M5BA 2YLNA 2DS9A 1SYHA 4JBZA 4R6YA 2O7UA 4N13A 2GH9A 3OO6A 2X7PA 1LFGA 3D4GA 3H6WA 1T0KA 3LSFB 5IAIA 4OXVA 4GLIA 4OZ9A 3KZGA 3MWBA 1BIYA 5I2NB 1LBBA 3DRJA 3H4ZA 1O7TA 2B3BA 2QPQA 5AA2D 3IOUA 4IY6A 1ATGA 2O6AA 5AA2B 1FQEA 3OO9A 4R72A 1B0HA 5FHMA 3VLVA 2DXYA 4IO7A 5ICTA 5EHMA 3DRIA 3ONMA 3M8UA 4LONB 5ICQA 2DE4A 4KD5A 4KYEA 3FZVA 1MY4A 1LCFA 2HAVA 1JW1A 4ECFA 4R73A 1MQGA 1NH8A 3JYRA 3PUYE 2V25A 3H06B 4LQ5A 3MVWA 4G2ZA 1KWHA 1ZU0A 2PVUA 3FJ7A 3VLUA 2H25A 1QVSA 1P1OA 4F3GA 4ONYA 2VGQA 4XXUA 2Z8DA 3A09A 3G3GA 4XTCQ 4EXKA 3MP8A 1LAXA 1UQWA 1EH3A 1MPBA 3S9MC 3TTMA 1M5EA 3VXBA 5K2XA 1LAGE 1XHYA 3KJTA 4OTEA 4DCYA 3T96B 4G8HA 3TMGA 1Y9UA 4R6KA 3VVEA 1NL5A 1A55A 2XD3A 4XKRA 3IR1A 2I3WA 1XOCA 4ZZAA 1AL3A 2DVCA 4G68A 3PUVE 2UVHA 3HN0A 1EZPA 5I56A 4LUBA 4YAHX 5L9SA 4JWOA 3UK4A 3RN8A 3FATA 2THIA 4BDOA 4ELOA 5KCJB 2XXPA 3OENA 3EF7A 3T9VA 1QULA 3JZJA 4ZE8A 3IOWA 3FD3A 2W7YA 1M5FA 1N3XA 3L6HA 5H8FA 4F3PA 2Y7RA 1LFHA 3PPOA 3U1OA 5H8NB 3ZS6A 5DT6A 4GIZA 1DTZA 2F6GA 1OVTA 3MP1A 4O3CA 3E4RA 1ZLQA 5ITOA 1B6HA 5B7DA 3LC8A 3HHGA 4PP0A 1SW1A 3OOAA 4TLMB 4MFIA 4OWDA 3OMBA 4OHNA 5F7VA 2XXTA 3VFJA 1MY0A 1VFEA 1IXCA 1B32A 1US4A 1A40A 1UTHB 3SESA 3O2AA 4KFQA 2XXRA 4PE5B 3B7DA 2HCAA 2QS2A 1WODA 3KOSA 3TFLA 3GLBA 4OETA 2B4LA 3H03A 3MBPA 1MY2A 5AA2A 2RC9A 3H6TA 3S9NC 4QRZA 4NF8A 4R2FA 2V93A 1SYIA 1JEUA 4F3SA 4QSDA 4JSDA 3G3IA 1SD3A 3BKIB 2DWAA 3K2DA 2QS3A 2RINA 1MPCA 1P1WA 4Q5TA 3PGFA 4F31B 3G7WA 2V84A 3A3CA 1B52A 5CBSA 3MVYA 1DOTA 3S4UA 3G3FA 3OD7A 3ZKLA 4QFLA 5DVIA 4OFOA 2FA7A 2I3VA 2Q2CA 3FVGA 1RYOA 3Q28A 5FTHA 1URGA 1IXHA 1B4ZA 2XXUA 2ZNSA 3FVKA 4DCXA 1I6BA 2YJPA 4FECA 2DE3A 2RCBA 5CRYA 4F18A 3SKPA 4K3FA 3H7MA 1N76A 1L5TA 1XT8A 3V8XB 5TP9B 1QW0A 2HQ0A 3PU5A 4EXLA 3OELA 4IO4A 1BTJA 4XIGQ 4U1ZA 3Q29A 3B6QA 3MAMA 4QSEA 1MY1A 4F22A 1Z7ME 4BDRA 2HAUA 3RPWA 4H65A 2F97A 3W9WA 4DDDA 2XXWA 2PMSA 3TCHA 3K00A 5DVJA 1H45A 4BLAA 5KCJA 1NFTA 4EF1A 1RYXA 1QUKA 3G3KA 2H98A 2DE2A 2DYXA 1B5HA 5M2VA 4ELRA 4G68C 3GBAA 1A8EA 4DIGA 3EHSA 1BKAA 4ELPA 4XKPA 1FTKA 1FTMA 2UXAA 4AB6A 5H8SA 1VFDA 3TPAA 5H8NA 3C32A 2ONSA 3C33A 1WDNA 4OEUA 1NKXA 1TFAA 2OWSA 2F36A 1HSJA 3RUMA 5FTIA 1I6AA 3LSLA 3KG2A 4RY1A 5ITPA 1Q1KA 4YU0A 2A5TB 3FGSA 5CMMA 1M5DA 3TTKA 3RT8A 1B40A 4X1BA 3AXFA 4IY5A 3LSWA 3DRFA 2X26A 3TTLA 1UTHA 3GZGA 3Q25A 3OSQA 5K2YA 2REJA 1POTA 3T66A 4OENA 4F1YA 1UTBB 3KJ7A 4RPNA 3RGYA 4GVOA 1Y20A 5CMKA 3WAFA 3TCGA 1IQ7A 3QSLA 3KN3A 1MXWA 3HCQA 1GGGA 2XX7A 4DZ1A 3R7XA 3U92A 2Q88A 1OMPA 4FE8A 1H76A 1QKBA 3E9XA 1GVCA 2I4CA 4QFPA 3CG3A 4NF6B 1VR5A 3QYTA 3S9LC 4H8IA 3LSXA 4MF3A 3PMWA 2G93A 2OJTA 3HHFA 1OQHA 1B3FA 3HO7A 3U93A 1ZIUA 4OYVA 1MY3A 3O9PA 1MQIA 2OBGA 4GL0A 3B6TA 3DLNA 1IEJA 1JVXA 3B6WA 1USYE 3S9EA 4XKQA 4IO6A 4G77A 1GR2A 4BDLA 3IX1A 5H8HB 4PFYA 1D9VA 1OLAA 1M5CA 3K0VA 1NH7A 1O64A 3CSBA 1H3DA 2I4BA 5CBRA 4RXLA 4U2RA 4P11A 5TP9A 3E13X 2PX1A 4POXA 5L9OA 4KCCA 1N84A 3M3KA 3C36A 3VV5A 4LZ5A 5DEXB 5LOMA 2OK2A 1XS5A 3PPNA 2Y7IA 3VDFA 2BJJX 4NMYA 3MZ1A 3MJNA 3I5OA 3TZAA 2PT2A 4I1DA 5JEIA 3RYBA 3FTOA 2XX9A 2ZMBA 4AB5A 1YTVA 3LR1A 5I57B 3EHUA 2Z8EA 4ISUA 3K6XA 3LUYA 5DTBA 2XX8A 1LGBC 3CFXA 4LATA 2I6EA 1UIUA 3CR9A 3T9HB 1HSLA 3T9UA 2UVJA 4DE8A 2D5WA 2ZYOA 2A5TA 4X9TA 5I58B 4FORA 1MQHA 5H8QB 3JV9A 4GD5A 3H6UA 5CM6A 4KHZE 5ISUA 2GRVA 1A7LA 3MPKA 5AA3A 1LLSA 4G8MA 3FV1A 3Q27A 1B51A 3KFMA 4WEDA 1ZTYA 4ZS9A 4C1UA 4M4GA 4F1UA 1GV8A 3O6IA 3FASA 5JTYB 2RC7A 1JEVA 4BDNA 4U22A 1UTBA 4I62A 1P1QA 2I48A 4YICA 3SERA 4P0IA 3TELA 1IXGA 4JWXA 4LVQA 2E1SA 2O1LA 3RTFB 5TU0A 2XXHA 2F35A 3PUZE 1TFDA 3I3VA 4FAJA 3O97A 3TTRA 4NF6A 3N6TA 2Z23A 2AYSA 1JVYA 4U1OA 1B7UA 3V5AA 2HZKA 1DPEA 3CRBA 3WAEA 1LSTA 3RQTA 1LAHE 1JETA 3QXMA 3RY3A 1B9JA 4EQ7A 1MDQA 1Y3QA 3RLFE 4DXBA 1FQAA 2F7AA 1WVJA 1NNFA 4G8NA 3PMVA 4IB2A 3C35A 1MXXA 1NNTA 4ZE9A 2XXIA 4GFRA 1GTKA 5H8HA 3V83A 2OCUA 1N7XA 3Q26A 3K6WA 4F19A 1ANFA 1H43A 1R6ZA 2HFBA 2KLFA 5I2NA 2QMXA 4OERA 2WOPA 5HM4B 1FCKA 2O68A 2ESNA 4UA8A 2XXYA 3TODA 5CMCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IJXB 1MXVA 3B50A 3RYAA 5AA4B 2ZYMA 4ND9A 4I3EA 1MM7A 3H3GA 2WKYA 5KDTB 3K6UA 3DM0A 4O94A 4ZZEA 4ZEKA 2WOKA 1OVBA 2QSXA 1EZOA 3K6VA 3BFUA 5DEXA 1VE4A 5KZTA 3C34A 4YKKA 3UORA 2I0CA 2I49A 3T9XB 1JW4A 4EQBA 2CZIA 2R71A 4NHBA 3G3HA 4QFOA 3TTNA 1SDXA 2PFZA 4R6HA 2Q89A 4LZ7A 1FTJA 2UYEA 3SEYA 4IO2A 2FNCA 2Y7PA 4FJPA 2RC8A 1B5IA 4P0GA 3SEVA 4F29A 3MUQA 4OQOA 1N7WA 3IB1A 4PF6A 4MNPA 2F7CA 5I5PA 1B4HA 1Y1ZA 1JNFA 3CSGA 4POWA 2YPNA 1IXIA 4MEVA 1BK4A 4OVTA 3EQ1A 3MVZA 4WEPA 3SDFA 1FRPA 3RPLA 5I58A 2QS1A 1DMBA 2H5YA 1SW4A 2Z22A 4RNSA 4OVJA 2CEXA 5H8QA 2E0SA 5LDZA 3UA8A 5AE4A 1LFIA 1PDAA 4LA9A 3R26A 1P1UA 3PPRA 2BJIA 4O7MA 3FVOA 4JXIA 2FHYA 3SEWA 4PC9A 1PBQA 3TKDA 4FBPA 4WXJA 3KSJA 4ESXA 4OFLA 2GHBA 4LZ8A 2ZYNA 2PT1A 1NUZA 4KPTA 4C1TA 3MPLA 4JWYA 3USDA 4IGTA 3FV2A 3PUXE 1B5JA 5CMBA 5DYHA 1B46A 1FTAA 3T0JA 1FPFA 1ZMGA 1OIBA 1MXYA 1QKAA 1Y1MA 3O66A 4JDFA 4EUOA 4O3BA 4NF4B 5IM2A 4PF8A 4R9FA 4OANA 3OEMA 2XXXA 4P1LA 4KYDA 3IORA 4MHFA 3VXCA 2O7IA 1FPDA 4IR8A 3T1BA 1AH5A 1Q35A 4KXPA 2Q8JA 2UYFA 2NVUB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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