1B58A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kyk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b58A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b58A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b58A02
1DTZA 2PVUA 4NEDA 4FATA 4ZZEA 4GQOA 1S9TA 3DRIA 1AMFA 4LP2B 1MS7A 4R2BA 3R6UA 3A3UA 3D4GA 4EDPA 4MF3A 3UORA 1H45A 5FHNA 4GXSB 1FQEA 1WVJA 2H99A 4FIMA 3HN0A 3B6TA 3K6UA 4KR5A 4ZDMA 5EYFA 3RUMA 2XX9A 3HSTA 5I2NB 4NF4A 3MWBA 1SW2A 4QRZA 4NWDA 3T9HB 4JBZA 4Q30B 1MXXA 1S50A 4LQ2A 2UVGA 3ZS6A 2Z8FA 5DVJA 5TPAB 4M1VA 4KQPA 2DXYA 2XD2A 4WXJA 3A09A 3RNNA 1TXFA 1US4A 3FJMA 4KYDA 5TU0A 3VLVA 4OESA 2I0CA 4FJPA 3JZJA 3G3FA 1II5A 1AH5A 4F39A 1BP5A 1QUJA 4PFUA 1Y1ZA 2NXOA 4R6KA 4ZS9A 1MDQA 3TQWA 2I4BA 3EPEA 1BKAA 1NNKA 4RA1A 3O9PA 4PQJA 1ZLQA 1DMBA 2Y7PA 3TUSA 4OMBA 1SVXB 3IR1A 3PD9A 1QUKA 3I6VA 4NF8B 2WOLA 3H6WA 1I6BA 4C0RA 1D4NA 3FXRA 5J1DA 1MQGA 4F1VA 2REGA 3PUZE 1LAFE 3DRHA 1MQHA 3M8UA 5TP9A 4H65A 1PEBA 1NH7A 3QYTA 4H5GA 4FEBA 4EQBA 2O68A 2REJA 2XXQA 3Q28A 5HM4B 4XKRA 1B5JA 2WOPA 5I58A 4GLIA 4DE8A 3CFZA 4H8JA 1GV8A 4WEPA 1POTA 4HTGA 3O6PA 1P1WA 3U8QA 4H0WA 4GOTA 1DPPA 3QAXA 4R75A 3DRFA 3TCGA 1ZIUA 3EHSA 1LB8A 2Z23A 4F3GA 3PPPA 3TPAA 3CRBA 3U92A 3IOVA 2HAVA 5JEIA 1OVBA 1B32A 1B7ZA 3ODBA 4KYEA 2IEEA 4ESWA 1IEJA 1FTMA 3ZKKA 3HHGA 5K2XA 2F34A 4Q0CA 5A5XA 4P0GA 3SEYA 3DP4A 1AIVA 2V3QA 1XT8A 3TCHA 2AIXA 5H8QA 1ANFA 4XKPA 4EQ7A 1IUDA 1Y4CA 1QUIA 3RT8A 2UVIA 3DLNA 4NF4B 2I3WA 1AOVA 3I3VA 1DTGA 1D3KA 2QPQA 3IO6A 2HZLA 1Q35A 2VOZA 3MUQA 1IXCA 4ONYA 1IIWA 4AB6A 1RKMA 2Z8DA 3KSXA 4IGRA 5I57B 1DSNA 4X1DA 1M5BA 1OVTA 1O64A 4YKPA 4QSDA 3CG3A 1CE2A 3PMXA 2ZNTA 1KWHA 1R9QA 3SEWA 1SDXA 3FGSA 3MPKA 1UTBB 3MPLA 1B5HA 1O63A 2OWTA 2F8DA 5I2KB 2F36A 4GD5A 4X48A 4QFNA 3VDFA 1MY1A 2H5YA 1IITA 4BDMA 1YTVA 3HPIA 3OSQA 3O2AA 4OTEA 3VE1B 2X7PA 3Q26A 4I62A 3Q25A 2OBGA 3ILTB 4U4XA 4PETA 1JQFA 4FECA 4X9TA 1B46A 3OO7A 4EXKA 3IAZA 3TYHA 2RCBA 4TQUQ 3FVOA 4HW8A 2I48A 2ONSA 2XXHA 3LVUA 1YPNA 1P1NA 3QSLA 4YKJA 1FQCA 2ESNA 2DSFA 3T9XB 3KN7A 3KZGA 5ELVA 4PFYA 2ZYNA 5ITPA 2VD3A 1BLFA 3T9VA 5TPAA 2B3FA 4GIZA 3IB2A 3TTMA 1H44A 3W15C 5AE4A 1MRPA 2DP8A 5H8FB 1XC1A 1Y4TA 3DELB 1OQHA 3RT6B 2XXIA 4KI0E 4R74A 2A5TA 2KLFA 4DXUA 4YZZA 4LONB 2QS4A 3M3FA 3W9WA 3FIRA 4K3FA 4E0WA 4PFWA 1SQYA 4NWCA 2PX1A 3MZBA 5CRYA 1R1NA 3P7IA 1MXUA 2DXRA 3KG2A 4PFTA 3UIFA 4RYAA 4DCYA 1A99A 4KHZE 4QHQA 4JSDA 1B4HA 3RTFB 1FTKA 3V89B 4LZ5A 3PUXE 4FAJA 4H67A 4DDDA 4QFPA 3O66A 2DVZA 4NF5B 1P99A 3B6WA 4RK9A 3O6HA 4R73A 2D3IA 2RF1A 4LZ8A 1SI1A 2R9JA 3GXAA 1PBPA 4KYSA 4DIGA 1B2HA 5AA1A 1VSOA 1URGA 4BDLA 4YMAA 4ZEBA 3M3LA 4ZE9A 3WAFA 1EZOA 3TTKA 1IQ7A 4ELPA 4R9FA 3TTRA 4O3AA 1URDA 3N26A 1XVXA 3MW0A 1QJMA 2QS2A 5DVFA 4U4SA 4H8IA 1NH8A 1JVYA 1LLSA 3V5AA 1JEVA 3FV1A 3KJTA 2WKYA 2VHAA 3LBSA 3RQTA 4FEDA 2H98A 3B7DA 2V3UA 3WAEA 1B7UA 2CZLA 5AA3A 1P1OA 2YJPA 4RJZA 2Y7WA 1Y3NA 5ICQA 2QMWA 1NNFA 1B1XA 2G29A 2ONKE 2OZZA 2XXUA 1NL5A 3T96B 3KEIA 1NNPA 3W9VA 1A8EA 3IORA 3TDJA 4ZEIA 1JNFA 3OO6A 5FTIA 1FTOA 3FZVA 3O6IA 4ELQA 4DXBA 2ANJA 5AA2D 4F29A 2AYSA 2O84X 5I57A 4P0IA 2GFEA 2HCAA 2B4LA 1UTBA 3FVNA 3FJGA 3IJXB 1M5CA 3BFTA 5B70A 5M2VA 3N94A 3KN3A 3F11A 4F1UA 3RTWB 4PE5B 1N04A 5I2KA 3RPWA 1J1NA 2A5TB 3K6VA 4R2FA 1Z7ME 1MPDA 3SEUA 1ZKBA 4H1XA 3MVWA 1XVYA 1NFTA 4YB7A 5L9MA 2OWSA 2I6EA 3UN6A 4GWOA 2PT2A 2Q8JA 4ELRA 4WKMA 3K01A 3OMBA 2FNCA 3DRJA 1LCFA 2VD2A 1M5EA 3EQ1A 2I49A 2DWJA 4GVOA 1UIUA 4LVQA 1EH3A 1SW4A 3TTNA 3MBPA 4G4PA 2E0SA 2O7IA 4IO6A 3E3KA 4Z0IA 1URSA 3PPRA 2W7YA 1VFEA 2F78A 1IXHA 2XXXA 1Y9UA 3VV5A 4OWDA 3EHTA 4OVJA 4U22A 2LAOA 4G8MA 3OO9A 4YB5A 1H43A 1MY0A 3VVFA 3ILUB 1US5A 1GTKA 3FATA 2F6GA 3PPQA 2QRYA 1LBBA 1B9JA 3TAJA 1USYH 3RYAA 3G3KA 3PV0E 5H8FA 3U93A 1LFGA 1B58A 4NE4A 1MQJA 1SW1A 4BDQA 3RY3A 4BDRA 3RN8A 3TZAA 1N7WA 3E9XA 4QF9A 4F3SA 3Q29A 4GFRA 3CR9A 4JDFA 5I56A 2UYFA 5AA4B 2Y7RA 3O28A 3K2DA 2ZYMA 3PUYE 3KOTA 1ELJA 4MBPA 4IO2A 2DYXA 4PP0A 2ZMBA 4KPTA 1B05A 1BTJA 1YAEA 3OO8A 4XIGQ 5JTYA 1LAHE 3SERA 3THIA 4NF5A 2PT1A 5DVIA 4H6DA 3H6TA 4EF2A 1QVSA 2HAUA 1SYHA 4F22A 2DE2A 1TT1A 1T0KA 3K1PA 1MXYA 4OEUA 4NMYA 5AA2B 1FTJA 3E4RA 4FE8A 1FQBA 3UP9A 2F35A 3D4CA 2BJJX 2H4IA 4O3CA 4ZE8A 1PB9A 3S2VA 5H8HB 2YPNA 4G8HA 3MJNA 4KD5A 1JW5A 1MXZA 1B0HA 1F9BA 5F1QA 1FW0A 3U1OA 3U94A 1Y1MA 3PU5A 2DQVA 4YKKA 5ISUA 1B1HA 5CM6A 3BFUA 1IXIA 2Q2CA 3FV2A 5I84A 3B6QA 3HHFA 5H8SA 2I58A 3IOWA 3G7WA 3LSFB 1B3HA 4ZECA 2QJEA 5F7VA 1SW5A 2ZNSA 3L6HA 3S9LC 2HZKA 3H03A 4XKNA 4U23A 4ESXA 3QUJA 3MP6A 1JETA 4U1OA 4ECFA 1IXGA 1N0TA 1P1QA 4BLAA 2ALUA 2QL3A 2XX7A 4ELOA 4EQ9A 3FVGA 4TLMB 3EHUA 1PB7A 3JYRA 5K2YA 4F2QA 1B52A 3LSXA 3ONMA 3C4MA 4KCDA 1POY1 4C1UA 3H6VA 4NF6A 2CMOA 2H25A 2QSXA 3O97A 3USDA 3KJ7A 1B3LA 4JXIA 3UK4A 3IJOB 3PUWE 3PMVA 3PUVE 4RNSA 4OHNA 5L9SA 4F18A 2Q2AA 3SEXA 2RC8A 1UTHA 2FYIA 1VFDA 5EHSA 3AXFA 3T9UA 2PBWA 1ZTYA 1MQDA 3FVKA 1EZPA 3MVYA 1N84A 2O6AA 2RKMA 4P11A 1OMPA 2VGQA 4YMBA 5FHMA 2YLNA 1LSTA 1LBCA 1FQFA 3GBAA 1L5TA 5I56B 2ZNUA 2XX8A 1HSJA 3ZKLA 1LGBC 2IA4A 5DTBA 4RXLA 3MVZA 3UA8A 3I5OA 3N5LA 4G68A 5CMKA 3DP6A 3IB0A 3SEVA 1DPEA 4HCWA 4UA8A 4QFLA 2Y7IA 3RGYA 4WEDA 5JTYB 1A55A 1VR5A 4EUOA 4N07A 4IY5A 3PD8A 1EZ9A 3QK6A 1CB6A 1MQIA 2HFBA 2O1MA 3N6TA 5EHMA 1FQAA 2D21A 2DE3A 1HSEA 4YICA 4IO5A 1A54A 4QFOA 4F2OA 2XXPA 2GH9A 3UGWA 4THIA 2F7CA 4XXUA 1TFDA 4JWXA 4U21A 3K0VA 4KCCA 2QS3A 1SI0A 4OEVA 3KSJA 4DLDA 1H76A 3MP8A 4MFIA 4R9GA 4ZZAA 1B0LA 5AA4A 4JWYA 3IOUA 2UVHA 4OQOA 2O7UA 2GRVA 4G8NA 2XHDA 4G77A 1JEUA 4OFLA 5DT6A 2O51A 4GXAA 4N13A 2H9BA 1MY4A 3HO7A 4RPOA 1I69A 3OEMA 1VE4A 2HQ0A 4E0XA 3CG1A 5I59B 5ICTA 4ISUA 5L9OA 1N7XA 4IGTA 5DYHA 5CBRA 1JW4A 2OLBA 2THIA 1WDNA 4G68C 4FORA 3CIJA 4NF6B 1NKXA 3LR1A 5AA2A 1EU8A 3FASA 3RYBA 3G3GA 3DM0A 3MC2A 5LOMA 3PPNA 1B40A 5H8HA 4N6PA 4YB6A 1B3EA 4DCXA 5KZTA 3BKIB 1UTHB 4R6HA 2A5SA 4I1DA 1MXVA 3M3KA 3TKDA 5CMCA 5JK4A 2F5XA 2FA7A 4ND9A 3EN3A 1Y3QA 3DRGA 4KFQA 4Q8RA 3GBBA 5H8NA 3PGFA 3KN8A 1B3GA 4Q5TA 2RC9A 3K4UA 1MY3A 4F1YA 2OJTA 2Q9TA 2DOJA 2V3TA 4NTLA 1BIYA 3K6WA 2XXRA 3O29A 1YCJA 2D5WA 5HPQA 3K00A 2NOOA 3TEPA 1S7YA 2ZYKA 1PDAA 3U72A 3PPOA 1QKBA 3TCFA 1WODA 4YU0A 4JWOA 3T22A 3VVDA 4G68B 1NNTA 2XXYA 1GGGA 1MM6A 3OXNA 3R26A 3BBRA 3Q27A 3T93B 4UACA 4F3PA 4R72A 2V93A 1QW0A 2DWAA 4EF1A 3IO4A 4O3BA 5FHOA 3OD7A 2NWJA 3O6GA 1B4ZA 2P2AA 5BWJA 1AL3A 3SKPA 1XOCA 3G3IA 3FXUA 3MQ9A 2GHAA 5ITOA 4RPNA 3QIMA 3A3CA 1B51A 1B6HA 1FTLA 3C34A 3S9EA 4YAHX 5KDTA 3S9NC 4LA9A 4C1TA 1OIBA 3LSLA 3ZSFA 4IY6A 3VLUA 3CFXA 2UVJA 4LZ7A 2QMXA 4F31B 3C31A 3CSGA 2F6PA 3TMGA 1JVXA 3LUYA 4GRKA 4IB2A 4RY1A 1NMUA 1ZMGA 2WOKA 3QUFA 1RYXA 4L17A 1ATGA 1LAXA 3C35A 2RCAA 5KCJA 5IKBA 3C32A 1TWYA 3IL1B 3V8XB 3OELA 1DOTA 4YKIA 1MPCA 2HEUA 2AL4A 3GLBA 5CI5A 3MZ9A 1MDP1 1MXWA 4X1BA 5DEXA 3V83A 2XXVA 3MP1A 3LC8A 3GZGA 1GVCA 4AQ4A 1MH4A 5CMBA 3C9HA 2F7BA 4HCYA 3SETA 2XXTA 3OSRA 3C33A 3LSWA 2P0SA 4OZ9A 4ZEFA 1Q1KA 2I4CA 3IB1A 3IX1A 1MY2A 4LQ5A 1QULA 4M4GA 4OETA 3FTOA 2UYEA 4HS7A 2G93A 1OLCA 3H7MA 3HV1A 3SDFA 1XHYA 1IZ1A 1SD3A 3K1MA 1MPBA 3DP8A 3OOAA 3VXCA 1Y20A 2I0BA 1JW1A 3MZ1A 3FXQA 1LFIA 4DZ1A 3G3HA 2OCUA 2PMSA 4TOZA 3VVEA 4OXVA 1RYOA 3CVGA 2V84A 1D9VA 1I6AA 3IOTA 1P1UA 1LFHA 1Z7NE 1LB9A 2E1SA 4JB7A 5H8NB 1OQGA 2NUVA 1SYIA 2ZXTA 3TELA 3MVXA 3VFJA 3C36A 4XTCQ 4I8CA 1MG1A 3N6UA 4F19A 3QXMA 4GL0A 2X7QA 5L8DA 4OERA 1PBQA 2ZYOA 2ABHA 1HSLA 2NVUB 3OEKA 3CFLA 3H6UA 1D9YA 4QFKA 4BDNA 5I59A 2O69A 1FCKA 3S9MC 4Z7EA 3H3GA 2HXWA 2Z22A 2I3VA 2Y7KA 5BUUA 4R6YA 4BDOA 3FJ7A 2DE4A 1N3XA 3TFLA 1Y3PA 1UIVA 2VP1A 2GHBA 4POXA 1N76A 1MM7A 5TP9B 1MH3A 5CBSA 2DS9A 4MLVA 4OFOA 5I2NA 1A8FA 2V25A 3S4UA 4QSEA 4XKQA 2Z8EA 4GL8A 1UQWA 4H5FA 1ZBMA 3TODA 4QSCA 4OENA 5KDTB 3G3JA 3JV9A 4JSOA 4LATA 1N3WA 5I58B 1GR2A 4F3BA 5HBCA 3H06B 2QS1A 1A40A 4IO3A 3VLWA 4LUBA 3EF7A 3RLFE 3SESA 5IAIA 2Q89A 1QKAA 2R71A 1LAGE 4ZEDA 5KCJB 2RINA 3IK6B 3K02A 1FQDA 2M8CA 4MH5A 1OLAA 2B65A 2DWHA 5CMMA 4ZEKA 2DVCA 2B3BA 5DEXB 3CI8A 3E13X 4AB5A 2P1SA 3TQLA 1B5IA 2OK2A 3PMWA 3T66A 1XS5A 1O7TA 4NF8A 4I9DA 2XXWA 4OYVA 4OFJA 1H3DA 1TFAA 1R9LA 4GF8A 2AL5A 3FD3A 5A5XB 1A7LA 1M5FA 4TLLB 2X26A 1M5DA 3KBRA 5FTHA 3R7XA 4G2ZA 5H8QB 2B4MA 1PB8A 1ZJLA 3HCQA 1R6ZA 1USYE 3K1NA 3OENA 3DRKA 3MAMA 4U1ZA 5B7DA 1ZU0A 4MLQA 2F7AA 2RC7A 1I6QA 4RK2A 3CHGA 3KOSA 2O1LA 4U2RA 2DWIA 2XD3A 1B7HA 1SBPA 4POWA 4IO4A 3L6GA 4EXLA 5CC2A 1B3FA 3VXBA 3PAMA 2Y84A 3CSBA 3K6XA 4IO7A 2UXAA 1LCTA 2R6GE 4DXCA 3KFMA 3ECRA 2ONRA 2F97A 3FUZA 1PC3A 2Q88A 3KGCA 2PYYA 3H4ZA 3TTLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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