1B5IA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with knk
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b5iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b5iA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b5iA02
4GWOA 2Z22A 2RC8A 3A09A 3PPRA 4G2ZA 1IXCA 2GRVA 3IOTA 1SI1A 4OENA 4F1UA 3FVGA 2KLFA 4YB6A 4R6HA 3UGWA 4P0GA 2HZLA 1LFGA 3WAFA 3VVDA 3THIA 1FQDA 5A5XB 4NTLA 4I1DA 4PETA 3UA8A 2H4IA 5FHOA 2Y7RA 4OESA 1XT8A 1WVJA 2DWIA 3IORA 3EHUA 2NWJA 5AA2B 4OXVA 2F35A 3QYTA 3S9EA 1FTJA 2Z8DA 3MVZA 3VE1B 4M1VA 1R1NA 1OVTA 1LAGE 5I2NA 3FUZA 2QPQA 4KCCA 1FQFA 1TXFA 4YZZA 4FIMA 1JETA 2P2AA 2ONKE 3CFXA 3B6TA 3T9VA 3IB0A 4GRKA 4H67A 4RJZA 1UTBB 3T22A 2F97A 4U1OA 4QRZA 5F7VA 1GTKA 3LUYA 3QAXA 5CC2A 3FVOA 4KYDA 1SVXB 3OO8A 4GXSB 3TUSA 2E0SA 4LQ2A 4Q30B 4YB5A 1AL3A 1R9QA 4TLMB 4F3GA 3FGSA 3H6TA 3S9NC 2DXYA 1MY4A 3FXQA 3CI8A 5H8NB 5ITOA 1I69A 2VP1A 3FTOA 4BDNA 1VFDA 1AMFA 3T9UA 3DRJA 2D5WA 3ODBA 2G93A 2ONSA 3USDA 4ZZEA 3CIJA 4Q8RA 3BBRA 4NEDA 4F2QA 2DOJA 4OETA 4MLQA 2I3WA 3O9PA 2XX9A 3TKDA 1XOCA 1LSTA 3MZBA 3TTKA 2XXIA 1YCJA 3OXNA 3TCGA 1GGGA 3RLFE 2DS9A 3OEMA 1NH8A 2ANJA 3LSXA 1SBPA 3LBSA 3JZJA 5TU0A 1FQAA 1EZOA 4GOTA 5H8SA 3SEWA 5F1QA 1LAFE 2PT1A 3D4CA 4IB2A 4AB6A 3C33A 3H6UA 1HSLA 2XXWA 1NMUA 3Q25A 4POXA 4G8NA 4LP2B 3FATA 1P1UA 4BLAA 3C35A 5I2KB 4QFNA 3C34A 4QSDA 1P1NA 4TOZA 2P1SA 4H0WA 4YB7A 3RN8A 4YMBA 4JDFA 3SDFA 4FEDA 2RKMA 3OO9A 4QF9A 2Y7IA 4LZ7A 4ONYA 2F7BA 3KOSA 1B1HA 4NWDA 1BP5A 1XVXA 1JVXA 2B3FA 1H76A 4NMYA 1GVCA 5H8FB 4F1YA 3T93B 1M5DA 4RPNA 1II5A 3IB2A 3MQ9A 5L9MA 4KYEA 4GIZA 3VV5A 3O6IA 2DXRA 5HPQA 2Z8FA 2WOKA 3DRKA 2Y7WA 2XHDA 3O6PA 2YPNA 3TTLA 2VGQA 3MP1A 1LBBA 4MF3A 5CRYA 2PT2A 3ZSFA 2OLBA 2OWSA 2CZLA 2F6PA 1M5FA 4OQOA 3KSXA 5M2VA 1DPPA 5H8HB 3KJ7A 2UXAA 3M3FA 4R74A 1B51A 1J1NA 4H6DA 2QS1A 5A5XA 4LZ5A 3PV0E 4DCXA 2V93A 2B4LA 4R9GA 4RK2A 3KN7A 2WKYA 2ZMBA 1OQGA 4Q5TA 2D3IA 3MVXA 3N6UA 5AA2A 3PUWE 5I58A 5ICTA 1ZTYA 2I58A 2Q2AA 3R6UA 1PEBA 3LSFB 3KN3A 2VOZA 4IO5A 3DM0A 2HFBA 2Z8EA 1TWYA 2VD3A 2X7PA 2GHBA 3ZKLA 1NFTA 4OHNA 1SYHA 1LFHA 1UTBA 1PB9A 1B32A 4PFYA 1MXWA 3KFMA 3SETA 4F39A 4DZ1A 4JWYA 3ZKKA 1LAHE 3PPQA 1EU8A 1SW2A 3DRGA 2ALUA 1DTZA 2Q2CA 4ZE8A 4N6PA 1MXZA 3O28A 3OEKA 1N84A 3MZ9A 1XS5A 1BTJA 5EHMA 5H8NA 2R6GE 4DE8A 5DEXB 2PX1A 5HM4B 1A8EA 1OVBA 2O68A 4ZECA 4RNSA 2W7YA 2GHAA 5H8QB 1H45A 3FXUA 3JYRA 1FQBA 3PUZE 3DP8A 1D4NA 5DYHA 3G3GA 2H5YA 3A3UA 3UP9A 1MM7A 3G3FA 3RT6B 4NF4B 5DT6A 2F7CA 3BKIB 4EQ9A 1OIBA 2UVJA 4I8CA 3HSTA 3QK6A 1AH5A 4QSEA 5JK4A 2I4CA 3FXRA 3PMVA 4IO3A 2IA4A 1QVSA 5I57A 1MXYA 1LBCA 3C36A 1R9LA 3G3JA 2ZYNA 1MDQA 3CRBA 1B9JA 2NUVA 2RC7A 2I4BA 5AA4B 4ELPA 5I2KA 2I48A 1URSA 3TCHA 2PVUA 2Y84A 5JTYB 3EF7A 2AL5A 2ZNUA 4YKIA 1N76A 4RA1A 2B4MA 1CE2A 2ZXTA 4THIA 3EHSA 4U1ZA 2H25A 2PMSA 3I6VA 4U2RA 5AA3A 2F8DA 3T96B 1AIVA 2X7QA 3TCFA 1SYIA 1QJMA 3O97A 2RC9A 3D4GA 5H8FA 1SD3A 3K01A 2OWTA 4JSOA 1UTHB 2O7IA 2YJPA 4ZZAA 5ICQA 2F78A 5ELVA 2GH9A 1EZPA 1YTVA 1B7ZA 2RCAA 3KZGA 5K2YA 1N7WA 3FV1A 4LA9A 3BFTA 4KI0E 1POY1 3Q27A 1VSOA 2HZKA 4QHQA 1ZKBA 2AL4A 1RYXA 4LQ5A 4BDLA 3VLWA 3PPPA 1OLAA 4ZS9A 1JEUA 4JWOA 3C9HA 3V5AA 4KYSA 4R75A 3GBAA 1URDA 3RUMA 5H8HA 4IO7A 3IK6B 3CR9A 3KOTA 4LVQA 1D9YA 3PD9A 5BWJA 1YAEA 1HSJA 1SW5A 3N5LA 1IXGA 1FW0A 1UIVA 2Q9TA 1H3DA 1Z7NE 2XXYA 3K6WA 1PB7A 4OFJA 2DYXA 1R6ZA 2I6EA 4YMAA 3CFLA 4YU0A 4F19A 1SQYA 1PBPA 1A54A 4H8JA 1Y1MA 5IAIA 3RYBA 3O6HA 3MJNA 3GLBA 1A99A 4R72A 2WOPA 4X9TA 2RCBA 1ANFA 4L17A 3HO7A 2BJJX 5KCJA 1A8FA 2XXTA 2DE4A 2B3BA 4XKNA 3IOVA 3HCQA 1EZ9A 1A40A 4HW8A 3K0VA 4PP0A 2O1LA 1LAXA 2I49A 4Z7EA 4FJPA 2P0SA 4G4PA 3ECRA 2QS2A 1JW5A 4QFLA 4HCWA 5TPAB 3LR1A 1VR5A 4F22A 2Q88A 2UVGA 5AA2D 4DXUA 1Z7ME 3PPOA 1US4A 1B40A 3DRFA 3TTMA 1N7XA 3LVUA 3TQLA 1B7HA 2YLNA 3OSQA 4OFLA 4C0RA 4E0XA 1M5BA 1SI0A 2O1MA 2D21A 4ZEIA 2A5TB 2Q8JA 3OELA 4HCYA 3K6UA 5HBCA 2QS4A 5KDTB 1ELJA 3CG1A 1F9BA 3O29A 3PGFA 4X1BA 1FTOA 1MM6A 3K1MA 2O51A 3FZVA 3TAJA 1DTGA 3N94A 4LONB 1WDNA 4ZEDA 1B3LA 2HAUA 2DWHA 4H5FA 4XKPA 5AA1A 3H3GA 4ND9A 3L6GA 2O69A 4YKKA 3SEUA 3G3HA 3OO6A 2R9JA 1P99A 5EHSA 3SEXA 4KD5A 3QUJA 1DOTA 3IL1B 2F7AA 4P0IA 2FNCA 5AA4A 4X1DA 3IB1A 3R26A 4ECFA 3C32A 1B5IA 4U22A 3K1NA 2V84A 4F31B 3S4UA 5CMKA 2XXPA 4MH5A 4N13A 4XKRA 4G8HA 5AE4A 2GFEA 3JV9A 1MS7A 1Y1ZA 1IXHA 3MBPA 4UACA 4ZE9A 5B7DA 3FD3A 4POWA 3E9XA 3OSRA 4XXUA 2NVUB 1QKAA 3OD7A 4OEVA 4DLDA 1UTHA 2PBWA 4ZEBA 4YAHX 2XXHA 1Y4TA 3DP6A 5I59B 1Y4CA 1NH7A 3E4RA 2UVIA 4I9DA 4KHZE 4P11A 3UIFA 3VXBA 2DVCA 4JSDA 2H98A 2RF1A 4NE4A 1A7LA 2ONRA 2HEUA 4R2FA 1FQCA 2O84X 3N26A 4KR5A 1P1OA 1LCFA 3Q26A 2AIXA 1MPCA 3K2DA 1S9TA 1Y3QA 3CFZA 4O3CA 3MWBA 2O6AA 4XKQA 1MH4A 1MQDA 3MAMA 5B70A 3TTRA 5ITPA 2OCUA 2WOLA 4IGRA 2ZNSA 3IJOB 3MPLA 5CMMA 3IJXB 2DVZA 3TEPA 1PB8A 3CVGA 3CHGA 3CSGA 4PFUA 1EH3A 3FVNA 1NNPA 5FTIA 1I6BA 1H43A 3H6VA 4BDQA 1OLCA 1DSNA 4F3PA 2PYYA 3B6QA 3PUXE 4H8IA 4R9FA 1XVYA 2V25A 1H44A 4IY5A 1RYOA 2QL3A 3V83A 2HAVA 5DVJA 1I6QA 3TELA 3MPKA 3VVFA 3TMGA 4MLVA 4IO6A 1B3GA 4GL8A 1M5CA 3PU5A 1VE4A 2NOOA 1HSEA 2G29A 1MQJA 3CG3A 5TPAA 1QW0A 4GLIA 3MUQA 1NL5A 3KSJA 4U4SA 3PAMA 1Y3NA 1DPEA 3UN6A 3EHTA 4KFQA 3V8XB 4WXJA 3G7WA 3C4MA 3Q28A 4FAJA 3TYHA 5I56B 3FIRA 3KBRA 4G68C 1FTKA 3PD8A 1QKBA 3V89B 2IEEA 4KQPA 3ILUB 1FTMA 1NNTA 3GBBA 1JNFA 4WKMA 3R7XA 4YKJA 1QUJA 2O7UA 4H1XA 5KDTA 4JB7A 4M4GA 4AQ4A 1T0KA 4ELOA 1MY3A 4OVJA 1JEVA 3HHGA 4AB5A 4FE8A 3RY3A 3RTWB 1B58A 1Q1KA 4U21A 3TQWA 2M8CA 4EF2A 2DSFA 1MY1A 5L9SA 1YPNA 1ZIUA 2X26A 5CMBA 4G8MA 4HTGA 4O3BA 3KN8A 3MC2A 1S50A 2XD2A 2QRYA 3VFJA 3UORA 2DQVA 3GXAA 2VD2A 3FV2A 3OENA 3OO7A 4OMBA 5FHNA 1WODA 4U23A 3MZ1A 1B7UA 5ISUA 4KPTA 5J1DA 1B1XA 5DTBA 1MQHA 2ESNA 3QIMA 3RYAA 3U1OA 1IZ1A 1VFEA 3B6WA 4QFPA 1ZLQA 4TQUQ 2QSXA 4U4XA 3VXCA 2RINA 4IGTA 4NWCA 1O64A 4BDMA 3VVEA 2DWAA 2XXQA 5I59A 3E13X 3TZAA 4NF6B 1POTA 3DELB 1Y20A 1Y9UA 3WAEA 1AOVA 4F3BA 5TP9B 4RXLA 1B3FA 2OK2A 4ELRA 4ISUA 1SW4A 3K1PA 1DMBA 5I84A 1NNKA 3VLVA 4NF8B 3SKPA 3RPWA 3IOUA 3U92A 1D9VA 4Q0CA 2F6GA 1LB9A 2UYEA 5I58B 1A55A 4OWDA 4RPOA 4EDPA 1P1WA 2F5XA 3MP8A 3IAZA 2I3VA 3I3VA 3IO6A 1PDAA 3IO4A 1MG1A 1XHYA 2Q89A 2OZZA 3I5OA 1B2HA 1IITA 1JW4A 1PC3A 3OMBA 3DRHA 2DE2A 1JVYA 3LC8A 3U94A 4YKPA 1ZMGA 4IO4A 4DXCA 4EUOA 1BKAA 3DP4A 1GV8A 2NXOA 2HXWA 1B5HA 1B0LA 1MQIA 4DIGA 3O2AA 3A3CA 3RT8A 4FORA 2XX8A 3FJ7A 4EQBA 3FASA 1B3HA 1XC1A 1N3WA 4R73A 2F34A 3SEYA 3TFLA 3PUVE 3VDFA 2OBGA 1MXXA 1TFDA 1QUKA 5DEXA 3PMXA 5K2XA 2FYIA 4GF8A 3W9VA 3C31A 1OQHA 1D3KA 3AXFA 1MXVA 3FJGA 4UA8A 1JQFA 2OJTA 4R2BA 5H8QA 1B0HA 4G68B 5CM6A 1USYE 1OMPA 2HCAA 1B4ZA 3P7IA 3RGYA 4ELQA 2DWJA 3PUYE 3EQ1A 1B6HA 4PFWA 3N6TA 1NKXA 2XXXA 4KCDA 3W9WA 1CB6A 4NF4A 4GQOA 5CBRA 4K3FA 1Y3PA 5I56A 1N04A 4F2OA 3EN3A 3ZS6A 1B52A 4QSCA 2H99A 2Y7PA 2V3UA 2F36A 5BUUA 2ZYMA 5I57B 1SW1A 3RQTA 1L5TA 2QMXA 3F11A 3RNNA 1LB8A 5FTHA 1USYH 3HPIA 2I0CA 3H03A 1M5EA 4GVOA 1MY0A 5L9OA 2R71A 1JW1A 4TLLB 1O63A 4RK9A 1FTLA 5CMCA 4WEDA 4Z0IA 1SDXA 3KGCA 2ZNTA 3UK4A 4OYVA 2FA7A 3E3KA 2Y7KA 1S7YA 5DVIA 4C1TA 1UIUA 4YICA 5JTYA 3H4ZA 3MVYA 3MW0A 2DP8A 1UQWA 2HQ0A 4LATA 4FECA 4GFRA 4FEBA 4OTEA 1BLFA 4RY1A 4I62A 4BDRA 4JXIA 3MP6A 3FJMA 1B5JA 3H6WA 3K6VA 4NF5B 2ABHA 1IQ7A 4ESWA 2XXVA 1B05A 1IEJA 3H7MA 3FVKA 3G3KA 5DVFA 2REJA 4QFKA 5FHMA 4LZ8A 1US5A 4XTCQ 3RTFB 3QUFA 2XD3A 1ATGA 4OZ9A 1LLSA 2AYSA 3GZGA 3K4UA 4O3AA 3G3IA 1MY2A 4EXLA 1Q35A 4NF6A 3U72A 2ZYKA 4R6KA 4EXKA 4H5GA 1RKMA 1I6AA 4IO2A 5TP9A 5JEIA 3K00A 3S2VA 4PQJA 2DE3A 1NNFA 4XIGQ 5LOMA 1LFIA 4R6YA 2XXUA 4ZDMA 4NF8A 2Z23A 3TPAA 1MPBA 1ZJLA 1URGA 3Q29A 2V3QA 4QFOA 5I2NB 5CBSA 1MPDA 3W15C 3BFUA 1MXUA 3OOAA 1QUIA 4N07A 3K02A 1TT1A 4MBPA 1B3EA 2QS3A 4F3SA 4F1VA 5KZTA 3TDJA 3TTNA 3L6HA 3U93A 1FQEA 3KEIA 4C1UA 4G77A 4PFTA 3HV1A 3DRIA 3QXMA 1MDP1 4EF1A 4F29A 1B46A 3HHFA 5KCJB 2CMOA 2H9BA 4DXBA 2XX7A 3S9MC 3T9XB 3KG2A 4FATA 4LUBA 1LGBC 4GD5A 3S9LC 3U8QA 4E0WA 1KWHA 3HN0A 3VLUA 3ONMA 2A5SA 4ESXA 2VHAA 2QJEA 3M8UA 2E1SA 2QMWA 1O7TA 4F18A 5IKBA 4DDDA 1IUDA 3SEVA 4JBZA 3ILTB 4MFIA 4G68A 4GXAA 5CI5A 4X48A 2V3TA 2LAOA 1ZBMA 3IX1A 3TODA 4OFOA 3QSLA 1P1QA 4RYAA 3IOWA 2A5TA 4IY6A 1N0TA 3SERA 3IR1A 3MVWA 3O66A 2UVHA 3T9HB 4ZEKA 1PBQA 2B65A 3K6XA 1QULA 2ZYOA 2THIA 4ZEFA 2XXRA 1B4HA 1FCKA 2UYFA 4H65A 2REGA 4PE5B 1ZU0A 1N3XA 3B7DA 4BDOA 3CSBA 4JWXA 1TFAA 1LCTA 3SESA 4GL0A 3DLNA 4WEPA 4HS7A 1BIYA 4DCYA 5L8DA 1MQGA 3O6GA 5EYFA 4OERA 2I0BA 4EQ7A 4OEUA 3M3LA 3PPNA 3PMWA 1IIWA 3KJTA 1MRPA 3M3KA 1MH3A 1GR2A 3H06B 3LSLA 1IXIA 3LSWA 3T66A 3EPEA 4NF5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWOA 2Z22A 2GQ1A 3E78A 2RC8A 3A09A 3PPRA 4G2ZA 1IXCA 2GRVA 3IOTA 1SI1A 4OENA 4F1UA 3FVGA 2P3NA 4GWXA 2KLFA 4YB6A 4R6HA 3UGWA 4P0GA 2HZLA 1LFGA 3WAFA 3VVDA 3THIA 1FQDA 5A5XB 4NTLA 4I1DA 4PETA 3UA8A 2H4IA 5FHOA 2Y7RA 4OESA 1XT8A 1WVJA 2DWIA 3IORA 4MJOA 3EHUA 2NWJA 5AA2B 5I3SA 4OXVA 2F35A 3QYTA 3S9EA 1FTJA 2Z8DA 3MVZA 3VE1B 4M1VA 1R1NA 1OVTA 1LAGE 5I2NA 2OX3A 3FUZA 2QPQA 4KCCA 1FQFA 1TXFA 4YZZA 4FIMA 1JETA 2P2AA 2ONKE 3CFXA 3B6TA 3T9VA 3IB0A 4GRKA 4H67A 4RJZA 1UTBB 1NUYA 3T22A 2F97A 5I5PA 4U1OA 1YYZA 4QRZA 5F7VA 1GTKA 3LUYA 3QAXA 5CC2A 3FVOA 4KYDA 1SVXB 3OO8A 4GXSB 5A5LA 3TUSA 2E0SA 4LQ2A 4Q30B 4YB5A 1AL3A 1R9QA 4TLMB 4F3GA 2QVVA 3FGSA 3H6TA 3S9NC 2DXYA 1MY4A 1CNQA 3FXQA 3CI8A 5H8NB 4N8GA 5ITOA 1I69A 5IM2A 2VP1A 4OVSA 3FTOA 4BDNA 1VFDA 3BIGA 1AMFA 3T9UA 3DRJA 2D5WA 3ODBA 2G93A 2ONSA 3USDA 4ZZEA 4PBQA 3CIJA 4Q8RA 3BBRA 4NEDA 4F2QA 2DOJA 1RDZA 4OETA 4MLQA 2I3WA 3O9PA 2XX9A 3TKDA 1XOCA 1LSTA 3MZBA 3TTKA 2XXIA 4MNPA 1YCJA 3OXNA 4NAPA 3TCGA 1FPIA 1GGGA 3RLFE 2DS9A 3OEMA 1NH8A 2ANJA 3LSXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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