1B7HA

Oligo-peptide binding protein complexed with lysyl-norleucyl-lysine
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Relating structure to thermodynamics: the crystal structures and binding affinity of eight OppA-peptide complexes.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 184
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b7hA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7hA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b7hA02
3QIMA 1YTVA 3LSLA 4RPNA 4BDNA 4IY5A 4IO3A 1FQAA 2ZMBA 5DYHA 2BJJX 1GV8A 1HSJA 2F7AA 1FTOA 1OVBA 1JEUA 2QL3A 3IK6B 2AYSA 2ZXTA 4FORA 3PPOA 4DE8A 3K1MA 4OFJA 1MXWA 3MZ1A 1PB9A 3H6UA 1EU8A 4C1UA 1FW0A 5CBRA 3FVGA 4BDRA 3PPNA 1B0LA 3W15C 2Z8DA 1NNFA 2OZZA 4EQBA 3SEUA 4OFLA 1M5BA 2DE2A 3UORA 4F31B 2F36A 1FQCA 1N7XA 3SEWA 3KGCA 3K0VA 1FQBA 4AB5A 4FECA 5I57A 3IORA 1NNPA 3K6VA 4GOTA 4LVQA 1ZJLA 2RCAA 4QSDA 4PFUA 3QXMA 3T9XB 1Q1KA 4K3FA 5B7DA 2XXXA 4DXBA 1POY1 3ILUB 3O28A 3O9PA 1A55A 4LQ2A 4RYAA 5TP9A 1JQFA 1SW1A 1SBPA 2RF1A 2OK2A 2F97A 2HCAA 1FCKA 1Z7NE 3LSWA 2ZYKA 3RN8A 2I49A 1T0KA 3OD7A 2XX8A 3RYBA 3LBSA 4QFPA 5EHMA 4R6KA 1USYH 4C1TA 1OQHA 3U92A 2RINA 1Y4CA 4GL0A 1N84A 4ZE8A 4E0XA 1US4A 4FATA 3DM0A 1O63A 3G3KA 1FQFA 3FUZA 4HW8A 4BDMA 1O64A 3RQTA 3H3GA 2QS4A 4OWDA 4XKNA 3N6TA 1SW5A 2XXPA 3FXRA 2O1MA 3S9EA 2LAOA 3O29A 4XKRA 2B4MA 3BFUA 4RJZA 4QSEA 4OTEA 4QFNA 3K00A 3DP6A 3B6TA 4NF4A 4YKJA 3G3IA 2A5TB 5TPAB 1EH3A 1UTHA 3W9WA 2Q9TA 4YMAA 2H4IA 4JXIA 1JNFA 5ICQA 3RPWA 1JEVA 3VDFA 3C31A 1CE2A 5I2NA 1B2HA 4PETA 2F34A 4XKPA 3FTOA 4O3CA 5CMBA 4HTGA 4U1OA 3MP6A 3D4GA 1S50A 4RK9A 4R6HA 4ZEBA 3F11A 5I58A 1H43A 1B3LA 2H25A 5EYFA 3TTRA 4LUBA 1A7LA 5H8NB 4DCYA 5CBSA 4ND9A 3VXCA 2E1SA 2DWJA 2F7CA 2I0BA 2ZYNA 5KCJB 3QUFA 3LUYA 3T93B 3RTFB 4R9GA 1MDQA 2F35A 4LA9A 4JB7A 4YB6A 4ZEDA 2IA4A 1LAXA 3C32A 3U1OA 4G8MA 1UIUA 4H5GA 4NF8B 3SEXA 1GTKA 3BBRA 2Q88A 3PUYE 1P1NA 1B5JA 2O68A 4H5FA 4OQOA 2DE3A 4ELQA 3V89B 2Z8FA 3THIA 2UVJA 4KYDA 4QSCA 1IXCA 1O7TA 2Y7WA 1LFGA 4EQ9A 4IGRA 1ZBMA 2HEUA 3K4UA 1Y20A 4OHNA 5I59B 3N6UA 3KSJA 3FVKA 3PAMA 2VGQA 1L5TA 3HV1A 4OXVA 1NKXA 3KFMA 4PP0A 4WEDA 4LP2B 1XS5A 1LBBA 3ONMA 3K1PA 3PU5A 4LATA 3TTKA 1QW0A 3H6WA 1N3XA 4THIA 3OMBA 1US5A 1JETA 3PUWE 2XXTA 1Y1ZA 4BDLA 3PUXE 4YKIA 1N3WA 1FQEA 5I2KA 4GRKA 3RTWB 3HN0A 2D3IA 2DE4A 1QKBA 2F5XA 1SYHA 5ISUA 4WXJA 5I56B 2OLBA 3GBBA 2Z8EA 5CRYA 4KYSA 5FHNA 2H9BA 2F8DA 4G68B 3V8XB 1MH4A 1VFEA 3IAZA 2ABHA 4IY6A 4YKKA 3KJ7A 5HPQA 2PYYA 4ZE9A 4C0RA 1ANFA 5KDTA 4GQOA 1IQ7A 4OVJA 3A3UA 4FIMA 3HO7A 4QFLA 2YLNA 3U93A 2Z23A 3O2AA 4LONB 1SVXB 3IB1A 4Z7EA 4R72A 3TELA 2UVIA 4NEDA 3OO9A 5A5XA 1RYOA 4M4GA 3EHTA 1F9BA 3O97A 5AA1A 1OLCA 3TCHA 1ATGA 4NTLA 3TMGA 2ZYMA 1H76A 3C34A 4ZEFA 1MPBA 4MFIA 4ZS9A 3VVDA 3OEMA 3FV2A 3DRGA 1JW1A 4H8JA 4X1BA 2PBWA 1NH8A 3OO8A 4U21A 3UP9A 2XD3A 2IEEA 2O51A 4UACA 4RK2A 3CIJA 3IO6A 4H0WA 1LB9A 2DQVA 2O69A 3E4RA 2UVGA 3MAMA 4F2QA 3MVWA 3K1NA 4OFOA 3IB2A 3IB0A 2Q89A 2FYIA 2O7IA 4HCYA 4L17A 1AL3A 3C9HA 5H8QA 1PC3A 4IO6A 4FEBA 4KD5A 3TUSA 1ZU0A 5L9MA 1A40A 1P99A 1R9QA 2OWSA 1MY4A 1YCJA 2Q2AA 1GGGA 2YPNA 3KOSA 1B5IA 4XKQA 1II5A 1MY3A 5AA2B 3K6UA 1H44A 2V84A 2P1SA 1MPCA 3LR1A 1IXHA 2CMOA 1MXVA 3IX1A 3TFLA 3PD8A 1IITA 5FHMA 3QK6A 4JBZA 3VFJA 3I5OA 2Q2CA 4RXLA 4ZZEA 1A99A 3O6PA 2Y7KA 1LBCA 1MQHA 4NF5A 1J1NA 3DLNA 4FJPA 2Q8JA 5M2VA 2D5WA 4NF6A 3S9MC 2OWTA 1B4ZA 1MH3A 1LAFE 3K01A 4BDOA 2YJPA 2F7BA 4KCDA 2G93A 1PDAA 1B1XA 5CMCA 4FAJA 3FXUA 3T9VA 2ESNA 4G77A 2DSFA 5JTYB 3PGFA 1BP5A 4GXAA 2XX7A 4PE5B 3N5LA 2R6GE 4KPTA 1R1NA 1PB7A 4HS7A 5AA4B 1QVSA 2Z22A 4U2RA 2ANJA 3CVGA 4ZEKA 3G3HA 4R73A 3MZBA 3DRIA 3WAFA 4IB2A 4ONYA 1B6HA 3ZS6A 4EQ7A 3O66A 4GVOA 3FXQA 3K02A 4PFWA 1B1HA 3GXAA 3HHGA 3T22A 3QSLA 4IO5A 2HXWA 4G2ZA 1FQDA 1XHYA 5DVIA 3DP8A 1BLFA 4R6YA 1JVXA 3M3KA 3IL1B 1EZOA 4GXSB 2GH9A 3OO6A 2UYFA 5DEXB 4I8CA 4H67A 3MWBA 5DTBA 2Y7IA 2I6EA 1QJMA 1N7WA 4FE8A 3K2DA 2F6GA 1R6ZA 3RT8A 1MQGA 3MW0A 2VOZA 2AL4A 4P0IA 4OEUA 3CR9A 1M5CA 5BUUA 2QJEA 5I57B 3BKIB 3IJXB 1XVXA 4N6PA 2QMXA 3MVXA 1VR5A 3PMWA 3MBPA 2R71A 4OENA 4XIGQ 2F6PA 3T66A 3C35A 1B3HA 4IGTA 3FVNA 2XXUA 4KQPA 2P2AA 4QFKA 2ONKE 4R2BA 3Q27A 4U4XA 2DS9A 1B0HA 3H4ZA 3KZGA 5DT6A 2UYEA 5J1DA 2XX9A 3OEKA 2V25A 3MPLA 1DMBA 4YZZA 5AE4A 3KN3A 1B5HA 2DP8A 3FJMA 1SW2A 2OBGA 3ODBA 4QHQA 3BFTA 4R9FA 1Q35A 4IO2A 4ESXA 1VFDA 1S9TA 1D9VA 4IO7A 3VV5A 2DWHA 3OELA 4KI0E 5ITPA 3MUQA 3OENA 1MQIA 2DOJA 4XTCQ 4XXUA 3KBRA 3FJ7A 5K2YA 1MPDA 4JWOA 4ELPA 3CFXA 3Q26A 4I1DA 3QAXA 1IXIA 2B4LA 4KHZE 4N13A 2PT1A 4DDDA 3TQLA 3VE1B 5FHOA 3N26A 1GVCA 3TZAA 4Z0IA 1MXYA 1Y3QA 3TTLA 1IIWA 2DWAA 3M8UA 3I3VA 1UTHB 1MXXA 3G3GA 1UTBA 4DIGA 5I56A 2KLFA 1NH7A 1P1UA 1TWYA 1Y1MA 3RUMA 5CC2A 2I58A 3LC8A 3H06B 2UXAA 4RPOA 1LCFA 3VXBA 1KWHA 3MPKA 4MBPA 4F22A 1PB8A 3HCQA 3P7IA 3R7XA 2DYXA 3FATA 1TFAA 1NNTA 5I58B 3PMXA 4GLIA 1EZ9A 3TTMA 4YKPA 2XXHA 3TKDA 2DVZA 4H6DA 3EF7A 1FTKA 5JK4A 1SI1A 4F18A 3GLBA 2I3WA 3G3FA 3LVUA 3VLUA 2F78A 1NMUA 2VHAA 3W9VA 4LZ7A 4GF8A 4F39A 3MQ9A 3FASA 1OQGA 3RYAA 2PMSA 2ONRA 2CZLA 3FIRA 3S9LC 2XXVA 4MH5A 1LFHA 4POWA 3UA8A 3MVZA 3PMVA 4F2OA 1N76A 3OO7A 3GZGA 4F19A 3T9UA 2QSXA 1B3FA 2QPQA 5B70A 4YAHX 4PFYA 2QS2A 2P0SA 4OYVA 1A8EA 3DRKA 5H8HA 5H8FA 3CI8A 2FNCA 3M3FA 4I62A 4OMBA 4JWYA 1VE4A 3M3LA 4TQUQ 1LB8A 1MRPA 5L8DA 2GHBA 3B6WA 1B58A 4U1ZA 3UIFA 2ONSA 3OSQA 2VD3A 2GHAA 3G7WA 2QRYA 4M1VA 1MM6A 3CG1A 1DPPA 1URDA 2THIA 2HQ0A 4F1VA 4OERA 3LSXA 3KOTA 3CSBA 3TPAA 5JEIA 4Q5TA 3H7MA 2WKYA 4PQJA 3TQWA 4UA8A 4NE4A 4TOZA 2V3TA 4G4PA 1XC1A 4JDFA 4TLLB 5I2KB 1HSLA 5CMMA 1Z7ME 4OETA 2XXWA 3CHGA 2I48A 1TT1A 4KR5A 4U22A 2OCUA 2H98A 1QUKA 1FTLA 4U23A 2QMWA 2V3QA 1RKMA 3IJOB 3KG2A 1XVYA 3E3KA 4I9DA 4O3BA 2I3VA 3V5AA 4H8IA 2ZNTA 1D3KA 2G29A 4LQ5A 1PBQA 2GRVA 3FV1A 1MG1A 5ICTA 1EZPA 4R74A 5KDTB 2QS3A 2NUVA 3C33A 2X7PA 2X26A 1A8FA 4DCXA 4N07A 1PBPA 4YB5A 1B7ZA 5JTYA 2XXQA 3HHFA 1SD3A 1Y3NA 1SW4A 2REJA 3IOWA 3RY3A 1N0TA 3S2VA 3LSFB 3KN7A 5AA4A 5A5XB 1MM7A 4GFRA 2VP1A 4F3PA 3L6GA 5KZTA 4YICA 3ILTB 4F29A 4YB7A 1D4NA 3L6HA 2D21A 3ZKLA 3ZSFA 1I6BA 3TTNA 2VD2A 4LZ8A 1XOCA 1Y3PA 3KN8A 4PFTA 5DVFA 1B3EA 2M8CA 4Q8RA 2XXRA 1IEJA 4O3AA 2AIXA 1LAHE 1OMPA 3DP4A 1SYIA 3QUJA 3QYTA 4H1XA 4NWCA 4ISUA 4ZEIA 4NMYA 4YU0A 3OXNA 4R75A 4Q30B 1MY1A 3SEYA 3B6QA 4NWDA 5DEXA 1IXGA 1LSTA 4F1YA 1XT8A 5H8QB 3T96B 3KJTA 5CM6A 5L9OA 2PX1A 1SDXA 2QS1A 4QRZA 1TXFA 2DWIA 5IAIA 1DTZA 1DSNA 4RY1A 1R9LA 4MLQA 1VSOA 3T9HB 4YMBA 4WKMA 2A5TA 5TPAA 4G8NA 1B05A 3TAJA 4EXKA 1B40A 5TU0A 5FTHA 3CRBA 1AOVA 5F1QA 3IO4A 2NOOA 1ZIUA 1HSEA 3PUVE 5K2XA 1YPNA 4AB6A 5EHSA 2I4CA 3EN3A 4NF5B 2W7YA 3MP1A 2XHDA 3TODA 3CSGA 1P1OA 2DVCA 2ZYOA 5BWJA 3AXFA 3SDFA 4NF6B 4GD5A 3Q29A 2B3FA 1ZTYA 4KYEA 5H8NA 3FZVA 2HFBA 5HM4B 3ECRA 2B3BA 2ALUA 4GWOA 4WEPA 4JSOA 2O6AA 3RT6B 5KCJA 2AL5A 1WDNA 3USDA 2XXYA 3FGSA 1BTJA 1I69A 3A09A 3H6VA 3A3CA 1AIVA 3ZKKA 1NFTA 1B32A 1I6QA 1RYXA 4GIZA 3UK4A 3TCFA 1LGBC 4NF8A 1H3DA 3UGWA 4EUOA 2ZNUA 4LZ5A 1NL5A 5TP9B 1BIYA 1JVYA 1I6AA 3FD3A 1POTA 3HPIA 3U72A 1BKAA 4MLVA 3TEPA 4X48A 1MY2A 3I6VA 1B4HA 5I59A 3EHUA 4RA1A 4F3SA 2DXYA 2HZLA 3UN6A 4KFQA 5CMKA 1UQWA 4DXUA 4P11A 5HBCA 4ZECA 3B7DA 1UIVA 2PVUA 1ELJA 1ZKBA 5CI5A 3S9NC 1MY0A 3U94A 2HZKA 4F3BA 1P1QA 2V93A 4QFOA 2V3UA 4JWXA 1SQYA 3EHSA 3IR1A 2ZNSA 5F7VA 1QUIA 1B7HA 4OESA 1H45A 3Q25A 2RC7A 4BLAA 1MS7A 3WAEA 1A54A 3CFLA 4NF4B 1M5DA 1M5EA 3RGYA 5DVJA 2GFEA 2HAVA 2WOPA 3V83A 3DELB 3H6TA 3MC2A 3VLWA 2H99A 5I2NB 2O1LA 2WOKA 1NNKA 2Y7RA 3CG3A 3FJGA 3D4CA 5AA3A 1B51A 3SEVA 4G68A 2XD2A 1WVJA 4QF9A 1N04A 2FA7A 4OZ9A 3G3JA 3JV9A 1MXZA 1WODA 3DRJA 4TLMB 2RC8A 2O7UA 2REGA 1MQDA 3TYHA 4DLDA 5AA2D 3FVOA 4HCWA 2B65A 1P1WA 4G68C 1Y9UA 4IO4A 2NVUB 3OOAA 4R2FA 3E9XA 4POXA 5I84A 4EF1A 1DTGA 1M5FA 2H5YA 2WOLA 1FTJA 2O84X 1YAEA 3DRFA 3K6XA 4EF2A 1AMFA 5ITOA 4AQ4A 4F3GA 3RLFE 3PV0E 5IKBA 3VVFA 1B3GA 4KCCA 1OIBA 1QKAA 4H65A 3MZ9A 3RNNA 3O6HA 3H03A 2NXOA 1UTBB 3TCGA 3MP8A 4ESWA 4F1UA 1JW4A 3IOTA 2RC9A 4P0GA 4E0WA 3PPPA 4DZ1A 1D9YA 4FEDA 3CFZA 3MVYA 1Y4TA 3C36A 4ZDMA 3O6GA 3PUZE 1LAGE 3PD9A 4G8HA 1FTMA 2RKMA 3KEIA 2I0CA 3DRHA 4EDPA 1B46A 1USYE 1ZLQA 2R9JA 1QULA 3VLVA 1GR2A 3SETA 4Q0CA 4BDQA 1DPEA 1OLAA 5FTIA 1PEBA 1CB6A 2XXIA 3HSTA 3OSRA 4X1DA 1MQJA 3TDJA 1JW5A 5AA2A 3EQ1A 1B52A 4DXCA 3PPRA 3VVEA 3N94A 1B9JA 2HAUA 2A5SA 1LLSA 5H8SA 3KSXA 3JZJA 5LOMA 4ECFA 4OEVA 1IUDA 4ELRA 3R26A 3R6UA 1S7YA 2NWJA 2I4BA 3SESA 1AH5A 3SKPA 3EPEA 2Y7PA 2RCBA 4U4SA 4RNSA 1LCTA 1B7UA 1MXUA 3PPQA 3Q28A 1SI0A 4X9TA 5H8HB 2DXRA 3O6IA 5H8FB 3SERA 1MDP1 1URGA 2X7QA 1LFIA 2OJTA 1QUJA 3IOUA 1ZMGA 3GBAA 4GL8A 4MF3A 4ELOA 3E13X 4EXLA 2Y84A 1URSA 1TFDA 4ZZAA 5ELVA 3U8QA 2E0SA 4JSDA 3C4MA 1OVTA 5L9SA 3S4UA 1IZ1A 3MJNA 1DOTA 3K6WA 3IOVA 3JYRA 2UVHA 2PT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QIMA 1NV5A 1YTVA 3LSLA 4RPNA 4BDNA 4IY5A 4IO3A 1FQAA 2ZMBA 5DYHA 2BJJX 1GV8A 1HSJA 2F7AA 3SZPA 1FTOA 1JEUA 1OVBA 2QL3A 3IK6B 2AYSA 2ZXTA 4FORA 3PPOA 4DE8A 3K1MA 4OFJA 1MXWA 3MZ1A 1PB9A 4LN5A 3H6UA 1EU8A 4C1UA 1FW0A 5CBRA 3FVGA 4BDRA 1FBFA 2FVZA 3PPNA 1B0LA 4OVSA 3W15C 2Z8DA 1NNFA 2OZZA 4EQBA 3SEUA 4OFLA 1M5BA 1FBHA 5EQ8A 2DE2A 3UORA 1FPDA 4F31B 2F36A 1FQCA 3FXBA 1N7XA 3SEWA 3KGCA 3K0VA 1FQBA 3U65A 4AB5A 4AS4A 4FECA 5I57A 4HXVA 4NF0A 3IORA 4OA4A 1NNPA 3K6VA 4GOTA 4LVQA 1ZJLA 1FPGA 2QVRA 2RCAA 4QSDA 4PFUA 3QXMA 1JP4A 3T9XB 3NOHA 1XI6A 1Q1KA 4K3FA 5B7DA 2XXXA 4DXBA 1POY1 3ILUB 1LBVA 3O28A 3O9PA 1A55A 4LQ2A 4JVDA 4RYAA 5TP9A 1JQFA 1SW1A 1SBPA 2RF1A 2OK2A 2F97A 2HCAA 1FCKA 1Z7NE 3LSWA 2ZYKA 3RN8A 4GWUA 5IGAA 2I49A 1T0KA 3OD7A 2XX8A 4MX6A 3RYBA 3LBSA 4QFPA 5EHMA 4R6KA 1USYH 4C1TA 5J16A 1OQHA 3U92A 2RINA 1Y4CA 4GL0A 1AWBA 1N84A 4ZE8A 4E0XA 1FPKA 1US4A 4FATA 3DM0A 2VPOA 1O63A 3G3KA 4PC9A 1FQFA 3FUZA 4HW8A 4BDMA 2V4CA 1O64A 3RQTA 3H3GA 2QS4A 4OWDA 4XKNA 3N6TA 1SW5A 2XXPA 3FXRA 1Q9DA 2O1MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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