1DPPA

Dipeptide binding protein complex with glycyl-l-leucine
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFTSGTTYDASSVPLYNRLVEFKIGTTEVIPGLAEKWEVSEDGKTYTFHLRKGVKWHDNKEFKPTRELNADDVVFSFDRQKNAQNPYHKVSGGSYEYFEGMGLPELISEVKKVDDNTVQFVLTRPEAPFLADLAMDFASILSKEYADAMMKAGTPEKLDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRIRYKAFDGYWGTKPQIDTLVFSITPDASVRYAKLQKNECQVMPYPNPADIARMKQDKSINLMEMPGLNVGYLSYNVQKKPLDDVKVRQALTYAVNKDAIIKAVYQGAGVSAKNLIPPTMWGYNDDVQDYTYDPEKAKALLKEAGLEKGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQADWAKVGVQAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHQTVMMGWTGDNGDPDNFFATLFSCAASEQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARATDDHNKRVELYKQAQVVMHDQAPALIIAHSTVFEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFENVSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the dipeptide binding protein from Escherichia coli involved in active transport and chemotaxis.
pubmed rcsb
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords DIPEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 163
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1dppA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1dppA02
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1dppA01
4QRZA 2XXYA 2HFBA 2Y7IA 1MQGA 1B51A 2RKMA 1NH7A 2DXRA 3TEPA 3C34A 4NE4A 2Y7RA 1SW5A 4U4XA 4KYDA 4BDRA 1B05A 2ZYKA 3PAMA 3PUWE 4KHZE 3CG1A 3MZ9A 1DOTA 3K6VA 3LBSA 3S9NC 3RTFB 2HAUA 5CBRA 5BUUA 2ZNSA 5HBCA 3Q28A 3KN8A 3FXQA 2QL3A 2DWIA 4XTCQ 1LAFE 4IGTA 1YCJA 1N7XA 1FQDA 2IA4A 5I2KA 3H6UA 1EH3A 1D3KA 3Q29A 2Y84A 3PMWA 3D4GA 1H3DA 1EU8A 3HCQA 3ZKLA 1P99A 1OQGA 5J1DA 1CE2A 3MPLA 3IB0A 4MLVA 3MQ9A 3MJNA 5CMBA 2PMSA 3G3IA 1BLFA 4OEVA 1ZLQA 3IK6B 3G3GA 4X48A 4JSDA 1M5BA 3H6TA 4ISUA 3QSLA 3CFLA 3SDFA 3A3UA 3L6HA 2QMXA 4BLAA 4LA9A 4YU0A 1NKXA 4R73A 4OXVA 3IORA 3TELA 1IIWA 1OVBA 4WEDA 5I58A 5F7VA 1JW4A 2M8CA 4U1ZA 1TFAA 5I59A 1FQEA 3JZJA 3H4ZA 1GVCA 1XHYA 1TFDA 3RGYA 4LONB 2B65A 3C9HA 3M3KA 3FV2A 4OYVA 4NF8A 3E4RA 4Z7EA 3E13X 3LC8A 1IEJA 1N04A 1B2HA 4Q30B 4FATA 4IO3A 3ZKKA 4LVQA 4HCWA 5ITOA 1SW2A 3CSGA 4R9GA 1B5JA 4C1UA 2XXPA 1LBCA 2O7UA 2O1MA 4MBPA 4F3GA 5I57A 4OHNA 4OFOA 2GFEA 2XXRA 1LFHA 4EF1A 4NF4B 2B4MA 3FVOA 1MY4A 3KSJA 4U21A 3IJOB 3U72A 4MF3A 3U1OA 3SETA 1D4NA 1FTMA 2RC7A 1N76A 2A5TB 3MBPA 4RJZA 3F11A 1NNKA 4EQBA 1A8EA 2XXQA 3M8UA 3CIJA 3FVGA 2HEUA 2Z8EA 2V3QA 3K01A 3K0VA 5HM4B 2Q2CA 4JWYA 1R6ZA 3JV9A 4HTGA 1SW1A 3T9HB 3O66A 2QS3A 4KD5A 3DLNA 4YMAA 3VLVA 1PB8A 4OFJA 1PEBA 1URGA 2FYIA 2HZLA 3Q25A 3RN8A 3RQTA 2GHAA 2B3FA 1GGGA 1MM6A 4F29A 2CZLA 2THIA 1HSLA 4G77A 4EDPA 4OFLA 4PFYA 3LR1A 1N7WA 1S9TA 1DPPA 3EN3A 3TTNA 2WOKA 3N5LA 2H98A 1MRPA 1US5A 4U22A 1MXXA 5H8NA 3PPPA 4KR5A 1B5IA 4OESA 3TUSA 1POTA 4H5FA 4GF8A 4OERA 3VLWA 1SQYA 4E0XA 3CR9A 2DE2A 2Q2AA 3DRJA 1NNPA 3KJ7A 1H43A 2PX1A 4X1BA 5DVIA 2I58A 2O68A 4O3BA 2XX9A 1FQFA 4THIA 4F2OA 4R75A 4DIGA 1MPCA 4YB7A 2XX7A 3SEVA 1QKBA 4PQJA 2QMWA 2I4CA 3IOUA 3PUZE 2H4IA 5IAIA 2QS4A 2VGQA 5KCJB 3DRFA 2D21A 2X7QA 5H8FB 3GXAA 1US4A 3OELA 4E0WA 4LQ5A 5I56B 3C33A 2I0CA 5AA2D 2YPNA 4UACA 3VVFA 5FHOA 3THIA 3R6UA 3SEWA 3PPQA 1ZJLA 3CFXA 2DYXA 5K2YA 5KDTA 2F8DA 2LAOA 1DPEA 4MFIA 4G8HA 4P0GA 3FZVA 1MDQA 1Q35A 3HSTA 4P11A 1MXWA 3OSQA 1Y3NA 2HZKA 2F36A 3LSFB 4FEDA 4OZ9A 4N13A 2ONKE 4YKJA 1GR2A 1M5EA 2OZZA 2XXUA 2ZYMA 2HCAA 1B4ZA 4F31B 3K02A 3QIMA 3R26A 3EHUA 1M5DA 2Y7WA 1MXVA 5CMCA 2REJA 2F6PA 1D9YA 2DWHA 5CC2A 3MZ1A 1JEUA 1D9VA 4FEBA 4DLDA 3TYHA 1NNFA 1B52A 2H99A 2E0SA 3DP4A 1R9LA 5L9SA 4H1XA 4KQPA 1SBPA 4IO7A 4WXJA 3N6UA 4L17A 5I84A 4N6PA 4OETA 4XKPA 4OENA 4GXAA 4RNSA 5F1QA 5DEXA 2P0SA 3G3HA 5HPQA 3PMVA 1H44A 4YMBA 4XKRA 1A54A 3UP9A 4AQ4A 2PYYA 1B3GA 2DE3A 1LAHE 2ANJA 4P0IA 3T96B 3KN3A 3H6VA 1EZPA 2ZYOA 1ZU0A 4ELRA 1Y20A 2FA7A 1GV8A 2PBWA 2Z22A 3KEIA 2D5WA 1S7YA 4GL8A 3T9UA 3RT6B 2VOZA 2NWJA 3FATA 3MAMA 1MH3A 1SI1A 4WEPA 2ESNA 3KFMA 5AA4B 3VVDA 5ISUA 4H8JA 2XXWA 4RY1A 1MY1A 3O97A 3LUYA 1LLSA 1NFTA 3MVWA 3IO4A 3KN7A 1IUDA 2VD2A 1MY3A 5JEIA 3E3KA 4R74A 4YKPA 2IEEA 4POWA 3EPEA 1H45A 3RY3A 2I49A 3FGSA 1I6QA 1B58A 1SW4A 4NF6B 2DS9A 4KFQA 3CI8A 2X7PA 2F34A 5H8QB 5A5XA 4GOTA 4QFKA 3TCFA 2REGA 1VE4A 4YB5A 4WKMA 3GLBA 3H06B 4Z0IA 3SKPA 1OMPA 2YLNA 3OEKA 1WDNA 2RC8A 2AL4A 1N0TA 5KCJA 1FTKA 3EHTA 2DVZA 4TLMB 4LATA 5FHMA 2ABHA 4PP0A 4OEUA 2AL5A 1MQJA 5DVJA 3CRBA 3IL1B 1ZBMA 3V5AA 2I6EA 3OO9A 3FIRA 1NMUA 1B3LA 5AA2B 1XT8A 1N84A 2PT2A 4BDNA 4JXIA 1OVTA 3P7IA 3DELB 1QULA 3HV1A 1ZKBA 4NF5B 4DXBA 2WKYA 4HCYA 3PD9A 1MY0A 3VVEA 3GBAA 1MY2A 2VD3A 3MP1A 3O9PA 4EUOA 3V89B 4R6YA 4FAJA 4LZ7A 1WODA 4N07A 5EYFA 2F97A 1JVYA 3G3FA 4G68B 1AIVA 4DZ1A 4DDDA 3V83A 4QFOA 4Q0CA 1UTBB 3QK6A 4F3PA 3OOAA 3U94A 4H65A 4DE8A 4ZEKA 4M4GA 5EHMA 3M3FA 4LP2B 1MQIA 4YB6A 4JWXA 2QSXA 1RYXA 2Z23A 1IXCA 2OWSA 1POY1 4R72A 2ALUA 5ELVA 5CM6A 2F78A 4ELPA 1S50A 3UIFA 3HHGA 4ZE8A 1UTHA 3FASA 5TPAB 3H03A 2NUVA 1MPBA 1VSOA 1ZTYA 1XC1A 5JTYB 4EF2A 4PETA 5DT6A 1Y9UA 3O6IA 4I1DA 4YKIA 3TPAA 2Q88A 3KSXA 2NOOA 1B6HA 3T66A 1B4HA 2H5YA 3PGFA 4RPNA 3B6TA 5L9OA 3U92A 2I3VA 1Q1KA 1PBPA 1HSEA 4ELOA 5TP9B 5CMKA 3OXNA 2GRVA 1WVJA 3I5OA 4AB5A 1PB7A 3RTWB 1RYOA 5EHSA 2O6AA 5JK4A 5H8SA 3Q26A 2XXHA 1PBQA 2HXWA 1MQHA 3MPKA 3FD3A 3OO6A 1MXUA 4EQ9A 3RLFE 1JNFA 1VR5A 4BDOA 4QFNA 4F1UA 4Q5TA 4ZDMA 1A40A 1Z7NE 3BKIB 4PFTA 3B7DA 1IXIA 4QFLA 1QJMA 4QSCA 1B3HA 3G3JA 4FORA 2V84A 2ZYNA 4YAHX 1BP5A 2ZNTA 4PFUA 3QAXA 3BFTA 1KWHA 4XKQA 3OSRA 3TAJA 3FVNA 4MLQA 1QW0A 3RYAA 3CSBA 2UYEA 3IOTA 4G2ZA 2I4BA 4FECA 2O84X 1AH5A 3VV5A 3QXMA 3ONMA 3DRIA 2O7IA 2Y7PA 3LSWA 1Y1ZA 4IY6A 4ZEIA 3WAFA 5ICTA 4OVJA 3FVKA 3TFLA 3TTMA 3S9MC 3KBRA 2BJJX 3S9EA 4ONYA 1B0HA 2VHAA 4GLIA 2NVUB 3DRKA 4G68C 3PUVE 4U23A 1URSA 1AL3A 1VFDA 1F9BA 1MDP1 1Y3PA 3VFJA 1LCTA 1ANFA 3W9WA 1OIBA 1DTZA 4ECFA 3EQ1A 4DXCA 4NF5A 4GXSB 4ZS9A 3C4MA 5ICQA 1B5HA 2DVCA 2O69A 2V3TA 4IGRA 1FQBA 4TQUQ 3V8XB 4LZ8A 1LSTA 3PPRA 4ZE9A 5I58B 3MZBA 3M3LA 5CI5A 4GRKA 3B6QA 1QUKA 1DSNA 1XVXA 3LVUA 5I59B 4TLLB 2DWAA 2NXOA 1MPDA 2F5XA 4EXKA 3DRHA 4ESWA 1FW0A 1B32A 4H8IA 2XD3A 1HSJA 2OCUA 4KCDA 3MVYA 1OQHA 2P1SA 4ZEFA 3OO7A 1A8FA 2DWJA 4NF4A 3N6TA 4YZZA 2A5SA 4NMYA 3C35A 3QUFA 3PPOA 4BDMA 3T9VA 4Q8RA 1USYE 1JETA 3VDFA 5I57B 4XKNA 1YTVA 4F3SA 5I2NB 4JWOA 1M5CA 3N94A 4QF9A 2A5TA 2GHBA 4DCXA 5FTHA 3EF7A 3PD8A 1J1NA 3O28A 3UA8A 5AE4A 5DVFA 2RF1A 1QUIA 3USDA 1H76A 3R7XA 3OD7A 3TTKA 3FV1A 4GWOA 4ZECA 1N3XA 5FHNA 1LAGE 1NL5A 2KLFA 5AA1A 3SESA 1B40A 2F7CA 1LB9A 4KYEA 3VXBA 1LFGA 4X9TA 2OK2A 2XD2A 3ECRA 1B9JA 3ZS6A 2QS2A 5H8HB 4H5GA 4FE8A 1B1XA 4JB7A 3JYRA 1SDXA 3ODBA 1IITA 1IQ7A 2Q8JA 1A7LA 4F18A 3HPIA 4H0WA 1SVXB 2ZMBA 3PMXA 1Z7ME 2AYSA 3MC2A 3IOWA 1LBBA 3K6WA 1JW5A 3TMGA 3U8QA 2V3UA 3ILTB 3TTLA 4NWDA 2XXVA 4RXLA 5H8NB 3TODA 1O7TA 4OWDA 3TKDA 4I8CA 1MQDA 2RINA 2UYFA 3K1NA 4NTLA 3RUMA 3RYBA 4ZEDA 2B3BA 4IO6A 2PVUA 3O6PA 2XXIA 1XOCA 3TZAA 1MXYA 3K1PA 5CMMA 2H9BA 1AMFA 5H8FA 1DMBA 3OO8A 2XHDA 5I56A 4ZEBA 3RNNA 3DP8A 3SEXA 3G7WA 1UIVA 3KG2A 4HS7A 2G93A 1PC3A 2RCAA 4YICA 4POXA 2UVIA 4F39A 4MH5A 3FXUA 1JEVA 1LB8A 2R71A 2YJPA 3RPWA 3KZGA 2OBGA 1AOVA 4R2FA 5KDTB 3K6XA 3C32A 4PFWA 3T9XB 1A55A 5AA3A 1MM7A 1Y4TA 3UGWA 1BKAA 1II5A 3KOSA 3TQWA 4GD5A 4M1VA 2ONSA 3MP8A 3LSXA 1FTJA 1QKAA 1P1WA 3KOTA 3DM0A 1Y4CA 1USYH 2H25A 3CHGA 4LQ2A 3H6WA 4OQOA 3Q27A 4ZZAA 2Q89A 4XXUA 1JQFA 4F1VA 5B70A 3SEYA 4JDFA 3K2DA 1B1HA 2GH9A 4U1OA 1L5TA 2O1LA 2WOPA 1FQCA 1I69A 1P1OA 4ND9A 3RT8A 1XS5A 3H3GA 2DXYA 3UN6A 4U2RA 4QSDA 2V25A 3OMBA 5DTBA 2XXTA 2CMOA 1UQWA 2RC9A 2UVGA 2DP8A 2QRYA 3SEUA 1XVYA 1QUJA 5TU0A 2QS1A 3FXRA 5I2NA 3LSLA 1BTJA 4BDQA 3FJMA 3FUZA 4OTEA 1GTKA 1O63A 3E9XA 2P2AA 4HW8A 2DE4A 2R9JA 3K00A 4RPOA 3HHFA 3TCHA 3U93A 1P1UA 5CRYA 3QUJA 5L9MA 5DEXB 1VFEA 4YKKA 3PU5A 3FJ7A 4IO2A 3CG3A 4RK2A 2V93A 3IR1A 2Z8FA 3IAZA 4I62A 1RKMA 3SERA 1PB9A 5K2XA 3DRGA 1B7UA 4GL0A 4QSEA 2D3IA 3OENA 2UVHA 2RCBA 2AIXA 5AA4A 2HAVA 4F22A 2E1SA 1YAEA 1Y1MA 5H8HA 1EZ9A 4EXLA 3VE1B 1SYHA 4LUBA 1B3FA 3G3KA 3BBRA 2PT1A 1LAXA 4RK9A 4IO5A 3CVGA 3IB2A 1SI0A 1M5FA 4DCYA 2ZXTA 3OEMA 4G8MA 5M2VA 2OWTA 3ZSFA 4ELQA 3CFZA 1T0KA 4RA1A 4GIZA 1IXGA 2OJTA 4ZZEA 3PUYE 4NF6A 4I9DA 1SYIA 3O2AA 4R6KA 5BWJA 2UVJA 5H8QA 1N3WA 1O64A 3I3VA 2XXXA 4BDLA 4EQ7A 1ELJA 5LOMA 2QJEA 4F19A 1P1QA 3GBBA 3O6GA 2W7YA 1IXHA 1B7HA 2Q9TA 2HQ0A 4KCCA 1R1NA 3IB1A 1QVSA 3HN0A 5A5XB 3IO6A 4UA8A 3N26A 1EZOA 3TCGA 4H6DA 1UIUA 4JBZA 5I2KB 4H67A 3ILUB 2QPQA 3K4UA 1JVXA 4U4SA 3A3CA 3VXCA 4FIMA 4AB6A 2F7BA 3VLUA 1CB6A 4NEDA 4KPTA 2F35A 5AA2A 4JSOA 4F2QA 1B46A 4C1TA 3MVZA 3B6WA 3O6HA 1B3EA 4ESXA 4G8NA 5L8DA 1ZMGA 3HO7A 1MS7A 1LGBC 3W9VA 3IX1A 2DQVA 1TXFA 1OLAA 1FQAA 2I3WA 3MVXA 3UK4A 1B0LA 4R2BA 4G4PA 3TQLA 1NNTA 2DOJA 5KZTA 4G68A 3MUQA 1TWYA 1Y3QA 1BIYA 1UTBA 3T22A 3KGCA 4GVOA 3A09A 2OLBA 4DXUA 4F1YA 4XIGQ 4LZ5A 3D4CA 2O51A 2I48A 2I0BA 3DP6A 4NF8B 2FNCA 3T93B 4GFRA 3I6VA 3C36A 3O29A 1LCFA 3QYTA 5CBSA 2Y7KA 3PV0E 1MH4A 2R6GE 3PUXE 2G29A 3W15C 4X1DA 2X26A 4KI0E 1PDAA 1P1NA 2DSFA 1I6BA 4O3AA 3K1MA 1I6AA 5TPAA 2VP1A 3GZGA 4RYAA 3S4UA 2F6GA 3MW0A 4QFPA 5IKBA 3FTOA 4PE5B 5JTYA 2ZNUA 4R9FA 1OLCA 5ITPA 3KJTA 5FTIA 1FTLA 1JW1A 2Z8DA 2XX8A 1YPNA 4O3CA 3H7MA 1R9QA 3PPNA 1MG1A 1UTHB 3MP6A 4FJPA 1A99A 1NH8A 3IJXB 1B7ZA 1MXZA 4IO4A 5TP9A 1FTOA 4F3BA 3UORA 1URDA 3TTRA 3S2VA 3WAEA 3IOVA 4TOZA 4KYSA 4NWCA 1FCKA 1LFIA 4IY5A 3C31A 5B7DA 4R6HA 1DTGA 1ZIUA 1SD3A 1IZ1A 2B4LA 2ONRA 4C0RA 3L6GA 4QHQA 1TT1A 5DYHA 3TDJA 2WOLA 4IB2A 3AXFA 4K3FA 1ATGA 3BFUA 3S9LC 2F7AA 3EHSA 3FJGA 3K6UA 2UXAA 4GQOA 4OMBA 3MWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QRZA 2XXYA 2HFBA 2Y7IA 1MQGA 1B51A 2RKMA 1NH7A 2DXRA 3TEPA 3C34A 4NE4A 1FPBA 2Y7RA 1SW5A 4U4XA 4KYDA 4BDRA 1NV6A 1B05A 2ZYKA 3PAMA 3PUWE 4N8YA 4KHZE 5I7IA 1IMEA 3CG1A 3MZ9A 4GX6A 4AS5A 1DOTA 5IGAA 1LBWA 3K6VA 3LBSA 3S9NC 3RTFB 2HAUA 3E79A 5CBRA 5BUUA 2ZNSA 5HBCA 3Q28A 3KN8A 3FXQA 2QL3A 2DWIA 4XTCQ 1LAFE 4IGTA 1YCJA 1N7XA 1FQDA 2IA4A 1YYZA 4NN3A 5I2KA 3H6UA 1EH3A 1D3KA 3Q29A 2Y84A 3PMWA 1FRPA 3D4GA 1H3DA 1EU8A 3HCQA 3ZKLA 1OQGA 1P99A 4OVTA 5J1DA 1CNQA 4P8BA 1CE2A 3MPLA 4PCDA 3IB0A 4MLVA 3MQ9A 1G0HA 3MJNA 5CMBA 2PMSA 3G3IA 1BLFA 4OEVA 1ZLQA 2WYPA 3IK6B 3G3GA 4X48A 4JSDA 1M5BA 3H6TA 4ISUA 3QSLA 4O8MA 3CFLA 3SDFA 3A3UA 3L6HA 2QMXA 2HPGA 4BLAA 4LA9A 4YU0A 1NKXA 3B50A 4R73A 4OXVA 3IORA 3TELA 1IIWA 1OVBA 4WEDA 5I58A 5F7VA 2WX9A 1JW4A 2M8CA 4P3LA 4U1ZA 1KZ8A 1TFAA 5I59A 1FQEA 3JZJA 2WBBA 3H4ZA 2DDKA 1GVCA 1XHYA 4N81A 4MAGA 1TFDA 3RGYA 4LONB 2B65A 3C9HA 3M3KA 3FV2A 3KC1A 4GBVA 4OYVA 1EYIA 4NF8A 3E4RA 4Z7EA 3E13X 3LC8A 1IEJA 1N04A 1B2HA 4Q30B 4FATA 3GYYA 4IO3A 4NQ8A 3ZKKA 4LVQA 2JJKA 4HCWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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