1OLCA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with lys-lys-lys-ala
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structures of the oligopeptide-binding protein OppA complexed with tripeptide and tetrapeptide ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Complex (binding protein/peptide)
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1olcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1olcA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1olcA02
3V83A 5CC2A 1QUKA 4DLDA 4R74A 3KBRA 3VVFA 3G7WA 4R6HA 5AA1A 1USYH 1D3KA 4NF6B 3S9NC 2DWIA 2ABHA 1URSA 1QUJA 2UYFA 3RGYA 2DXYA 2PT1A 1OIBA 2Q2AA 3MUQA 3TTLA 3O9PA 5DT6A 1LGBC 3ZS6A 4BDMA 5HBCA 1RKMA 4KPTA 4LA9A 2Z23A 1YPNA 2F34A 4NF4B 1A8FA 3K6UA 3KEIA 5JK4A 3KN7A 2F7BA 3R7XA 3S2VA 1IXGA 2GRVA 5AA4A 3HCQA 1UTHB 2Q2CA 5JEIA 4F3BA 2FNCA 2DVZA 3RN8A 1DOTA 4ELRA 1VE4A 1P1WA 4QSEA 2WOLA 3QXMA 5F7VA 1ZMGA 3IK6B 4YB6A 1MM6A 2Z8EA 5ICQA 1SYIA 2Y84A 3TCFA 5B70A 5H8NB 1HSEA 1FTKA 3FXQA 1LFGA 2GHAA 4MFIA 3PU5A 4E0WA 4ZEKA 2O7UA 3K4UA 1YAEA 4ELOA 5DVIA 1LFIA 3PGFA 4WEDA 4GLIA 4QFNA 4U22A 3VFJA 1NKXA 2P0SA 2D3IA 1L5TA 1HSLA 3FVGA 1M5EA 3SESA 3ZKKA 5B7DA 4ZEBA 2ZNTA 5DEXB 2OZZA 2I3WA 4OFJA 3HPIA 3WAFA 3G3HA 2F97A 1URDA 5I2NA 3EHTA 1XHYA 4H6DA 3SEVA 2B4MA 3ECRA 3DRKA 4H8IA 5TPAA 5CMMA 3TCHA 2DQVA 2OBGA 3VV5A 2F78A 3TAJA 3RTFB 3FUZA 3K6XA 4NWDA 3FASA 4PE5B 2NVUB 1NNTA 3SEXA 1POY1 2NOOA 4OERA 1PB9A 3OO9A 4AQ4A 1IXHA 4MH5A 5KDTB 4YKKA 2HAVA 3CFZA 1SW1A 3TQWA 4EQBA 1B6HA 2UVHA 4F18A 3GLBA 3BKIB 4QFPA 2PT2A 4DCYA 1Y3NA 4H8JA 5FTHA 4F2QA 1P1OA 1FQDA 4KQPA 4PFUA 1XOCA 1IQ7A 3EHUA 3N5LA 4RYAA 1VR5A 1MS7A 3MW0A 2NWJA 2AIXA 2ZYOA 3L6GA 3KOSA 2B3BA 5I56A 2CMOA 3MVYA 2ESNA 4ND9A 1B32A 1XVYA 1B58A 2O68A 4OEUA 3H6WA 4F1UA 2RKMA 3IAZA 3LSWA 1DPPA 2RF1A 5EHMA 1J1NA 4DE8A 3M3LA 1DSNA 4FEDA 4U23A 1OQGA 4UA8A 4JSDA 2RC9A 2QL3A 4F3SA 4PFTA 3KSXA 3G3GA 3RYAA 1QKBA 5K2XA 4GF8A 4DXUA 3GBBA 1B7HA 1MPCA 3HO7A 3SERA 1MQIA 3IOTA 4NE4A 1USYE 2R6GE 4Z0IA 1EZPA 4R75A 5L9OA 1SW2A 3E9XA 3PUZE 2D21A 4EDPA 4I9DA 5IAIA 4XXUA 1NH7A 4ZECA 3QAXA 3JYRA 4U4SA 3MBPA 2A5SA 4U1ZA 1I6AA 5DYHA 2I0BA 4PFWA 4PP0A 2Q8JA 1PC3A 1H45A 3W9WA 1QKAA 5TPAB 4KYEA 1Q1KA 2NXOA 4LZ5A 3HV1A 4ELQA 3IORA 4QSDA 1B46A 4HCYA 5H8HA 3WAEA 3M3KA 3T9UA 3LBSA 4N13A 2XD3A 2PMSA 2VGQA 2F7CA 2ONSA 4NMYA 1MM7A 2H4IA 1FQCA 5EHSA 3C4MA 2Z8DA 4R73A 2Z8FA 4OEVA 5FHOA 4QFOA 4JWXA 1OLAA 3PUVE 4YAHX 3H06B 2QJEA 3K1MA 1BTJA 4H5FA 2O7IA 2VD3A 1S7YA 3QIMA 3H4ZA 5H8QA 3S9EA 1FQEA 1XT8A 2O1MA 3MPLA 3UIFA 5CMCA 3T96B 3KG2A 3IX1A 3IJOB 5I56B 1F9BA 5HPQA 2F8DA 4OVJA 1LAXA 1JW4A 1TT1A 2XXPA 4G8HA 5CMBA 3IO6A 1N84A 4F39A 3KN8A 3SKPA 1MQGA 3C31A 1DMBA 3VVEA 3V8XB 5A5XA 2F5XA 4F2OA 1LB8A 4F3PA 2Q88A 3OO7A 1PBQA 4AB5A 1MXWA 4FJPA 1IEJA 2G29A 4POWA 3UP9A 1RYOA 3BFTA 4ESXA 4OFOA 4QFKA 1H3DA 4F22A 4FIMA 3H3GA 3UK4A 3I3VA 4KYDA 4Q30B 4NF8B 2I6EA 5I59A 2KLFA 1ZBMA 3BBRA 4OMBA 3KOTA 3LVUA 3VLVA 2ZYKA 1PBPA 5I84A 3FVNA 3DRHA 3PPQA 5LOMA 4BLAA 1ZTYA 1FW0A 3MAMA 5H8SA 4N6PA 5CRYA 2DXRA 3PD9A 4EF2A 3HSTA 1MPDA 2VP1A 1II5A 3PD8A 3ILTB 3O66A 3UN6A 4F3GA 4H5GA 3IL1B 1JVYA 3FATA 4HW8A 1SI0A 1FTMA 2ZMBA 2ZYMA 4E0XA 1R1NA 4FEBA 4JWYA 1NMUA 2HCAA 1Y3PA 2REJA 1VFDA 3T9XB 2GH9A 2XXYA 1BIYA 3KJ7A 2I49A 1H43A 2HZLA 3KJTA 4LZ8A 3L6HA 4H1XA 5FHMA 3F11A 4RK9A 2ZYNA 2F6GA 2PBWA 3MP6A 5ICTA 3ODBA 1B1HA 3VXBA 2Y7KA 2WOKA 1KWHA 3MP8A 4G4PA 3PPOA 3PUWE 3FIRA 3A3CA 3OO8A 2DYXA 3PPPA 4G68A 2I4CA 1Y1MA 4Z7EA 3M8UA 4OTEA 4IGRA 2FYIA 1D9YA 1OLCA 2XXTA 1JEUA 3DELB 3OXNA 5L8DA 1YCJA 4KCCA 3S4UA 4X48A 1SD3A 3CFXA 1N7WA 3CIJA 2A5TB 3Q27A 1DTGA 4R6KA 1NNPA 1A55A 5I2KB 1IXCA 1UTBA 2I58A 4UACA 4OZ9A 4TLLB 3K6WA 4GRKA 1CB6A 1SW4A 3EHSA 3UGWA 1B5JA 4JXIA 3VVDA 5H8FB 1A7LA 2DWAA 2QS3A 2V93A 1LFHA 2Y7RA 3RUMA 3HHGA 4BDNA 1IZ1A 4IY5A 2H25A 2WKYA 4F1YA 3S9LC 1JEVA 1PDAA 1Y20A 1D9VA 1O63A 2Y7PA 4ONYA 3PMVA 4KD5A 4OYVA 1MRPA 1H44A 2P2AA 4IO3A 4LATA 3TEPA 4NTLA 4DXCA 5J1DA 3SETA 3FVKA 1IITA 2XXUA 1MXZA 4NF5A 1VFEA 4P11A 1IIWA 2OLBA 1NH8A 1P1UA 4GXAA 2ZXTA 3Q26A 4NEDA 5AA2D 5L9MA 4F29A 2DOJA 4O3CA 2VHAA 4YKPA 4WEPA 1SVXB 4KI0E 1YTVA 5CBRA 2YPNA 1FCKA 3T9HB 1TWYA 3TTRA 3M3FA 1MH4A 4RXLA 3U92A 1ANFA 4X1BA 3T9VA 1LAFE 4DZ1A 1D4NA 4Q8RA 4EQ7A 5KCJA 1B1XA 2IA4A 1MXYA 3IJXB 3K2DA 3O6PA 3MPKA 1XC1A 3K00A 3LR1A 4H65A 4QFLA 4EQ9A 3N6UA 4RK2A 4BDQA 3OELA 3U8QA 4LUBA 1AMFA 1QVSA 4R72A 5DTBA 1I69A 2H98A 3VE1B 1SI1A 5ITPA 1P1QA 3MVZA 2GFEA 5ITOA 5AA4B 1URGA 4GD5A 2OWTA 4LQ5A 3FXRA 1PB7A 2UXAA 4Q0CA 2Q89A 3H7MA 4MLVA 3SDFA 3A3UA 4ZEDA 3HN0A 2RC8A 1M5BA 1I6BA 2REGA 4DIGA 3TTNA 5IKBA 3OSQA 3O29A 1UTBB 3Q29A 4O3BA 3I5OA 3ZSFA 5JTYA 2QS2A 3EQ1A 1GV8A 3ZKLA 1LSTA 4ZEIA 1SYHA 3T22A 1N76A 4IGTA 2OK2A 4G77A 2DE2A 1GGGA 5CM6A 1PEBA 5L9SA 4WKMA 5HM4B 3OEMA 3PPRA 1N3XA 2AL4A 3DP6A 2XHDA 1LAGE 1B0LA 3B7DA 3FXUA 2XX9A 1B9JA 1FQFA 3TELA 2DWHA 4DCXA 5F1QA 2DWJA 5AA2A 1BLFA 1Y3QA 3GXAA 5I2NB 2PVUA 3OO6A 3DRGA 4GOTA 2I4BA 3MZ1A 1NNFA 4F31B 1VSOA 1Y4CA 1GVCA 3C33A 2XXQA 2Z22A 1B3GA 1TFAA 1FTJA 3FV2A 3E4RA 4GIZA 1I6QA 1POTA 3OSRA 4EUOA 3KGCA 3T66A 3FJ7A 3PV0E 1LCFA 5TP9A 1S9TA 4N07A 1P99A 4O3AA 3DRIA 5I57A 4ELPA 1N7XA 3G3JA 4KR5A 2XXWA 1OMPA 4OQOA 4ECFA 1ATGA 3FJGA 4U21A 4PFYA 2XXVA 3PMXA 2XD2A 3IB1A 3SEWA 3LC8A 1MY3A 2OJTA 3EN3A 3C32A 4FAJA 5FHNA 1EH3A 1T0KA 3RLFE 3SEYA 3H6UA 4R9FA 2QMXA 1SDXA 3KZGA 3KN3A 2F35A 3C34A 3O97A 4C1UA 4NF4A 1EU8A 4EXKA 2DSFA 4TOZA 3O6GA 1OVBA 4I8CA 3MQ9A 2QS1A 1UTHA 1JNFA 4AB6A 4DXBA 1OVTA 2QRYA 2IEEA 4XTCQ 1P1NA 3TDJA 1R9LA 4JBZA 4DDDA 5TU0A 2XXHA 3QK6A 4Q5TA 1AOVA 2QMWA 2UVGA 5H8NA 1R9QA 4ZZAA 2O1LA 4IO2A 3PUYE 4IO4A 4U1OA 4F19A 4H67A 3K6VA 1O64A 3IOWA 3RNNA 3IB0A 2XXXA 5AA3A 1B5IA 4OESA 4RPNA 1MY4A 1JW5A 1B7ZA 1Z7NE 5CMKA 4ESWA 3H03A 3QUFA 4IY6A 2BJJX 2NUVA 5CBSA 4ZEFA 3UORA 3G3FA 3OD7A 1MY0A 1A99A 4YICA 5DEXA 2M8CA 1SQYA 1MH3A 5H8HB 1Z7ME 4TQUQ 1ZU0A 3EF7A 4IO6A 1B7UA 4C1TA 3B6WA 5BWJA 2GHBA 1B4ZA 2ALUA 1JETA 3IO4A 4FORA 5TP9B 1B3EA 2XXIA 1FTOA 1WODA 1B5HA 5I57B 3SEUA 4OXVA 3RPWA 3PUXE 3E13X 4OFLA 3TZAA 1IXIA 4OHNA 2I0CA 5H8QB 3TTKA 3LUYA 3BFUA 1ZKBA 1HSJA 2RCAA 3CSBA 3C35A 4R2BA 4THIA 4M4GA 3MVXA 5KDTA 3CRBA 4KFQA 4BDOA 1JQFA 1B51A 3C9HA 1JW1A 4XKNA 2ZNUA 1M5FA 3O6HA 3MJNA 1N04A 3Q28A 1LBCA 1MDQA 2H9BA 2Y7WA 5I58A 1H76A 5A5XB 1OQHA 4GXSB 3K1PA 4JDFA 2R71A 3VXCA 3T93B 2O6AA 4I1DA 2B3FA 4IO7A 2HEUA 3U1OA 3JZJA 3TCGA 1QJMA 1UIUA 1MPBA 3VDFA 3FD3A 3TQLA 5M2VA 3RQTA 1B3FA 1QULA 3MZ9A 1A54A 2RCBA 5I59B 2OWSA 2V3TA 2R9JA 1N0TA 1RYXA 1GR2A 4QF9A 1Y1ZA 2ZNSA 4GWOA 4G8NA 4GL8A 3ONMA 3OENA 4ZE9A 4WXJA 2ONRA 1LB9A 3G3IA 3CR9A 4X9TA 5CI5A 2B65A 2HQ0A 4YMAA 1PB8A 3KFMA 4R9GA 2H99A 3TODA 4I62A 4IB2A 5ELVA 2D5WA 3EPEA 2O69A 4XKRA 2LAOA 4YMBA 2I3VA 2X7PA 1MY1A 3FJMA 1TXFA 3B6TA 2X7QA 3CHGA 1BKAA 3RY3A 3QUJA 1AL3A 3CG1A 5FTIA 4PETA 4LVQA 3PMWA 1SBPA 3QSLA 3O2AA 3K02A 3IR1A 1MXUA 2DP8A 1WDNA 2AYSA 4EF1A 4IO5A 4GL0A 4L17A 3VLUA 4P0GA 3G3KA 2DVCA 3H6TA 4KHZE 1JVXA 4QRZA 1N3WA 2UVIA 2HAUA 4PQJA 4R6YA 2AL5A 2HFBA 1R6ZA 3U93A 3OMBA 4RPOA 4TLMB 1AIVA 4F1VA 1UIVA 1B3LA 1FQAA 4OETA 1GTKA 1B3HA 4G68B 2X26A 3TTMA 3HHFA 4RY1A 2O84X 4GVOA 5I58B 4JSOA 5ISUA 1MQDA 3R26A 2QS4A 3TYHA 1B40A 2FA7A 4G8MA 4ZZEA 2ONKE 4YU0A 3UA8A 3D4GA 3W15C 4FE8A 4MLQA 1NL5A 4XIGQ 3B6QA 2F6PA 4RJZA 1XVXA 4JWOA 2H5YA 1FTLA 5AE4A 1NNKA 4HS7A 4XKPA 1NFTA 4GQOA 4R2FA 4ZE8A 4OWDA 5K2YA 5BUUA 4FATA 3THIA 3I6VA 1MY2A 2V84A 3TPAA 2Q9TA 3ILUB 1LAHE 1QUIA 3FV1A 2QSXA 1QW0A 3AXFA 2V25A 4LQ2A 1A8EA 3CVGA 3LSLA 3IOUA 4LZ7A 3GZGA 4NF8A 3JV9A 2F36A 4NF5B 4BDRA 3V5AA 3K0VA 3U94A 2UVJA 4ZDMA 1IUDA 4C0RA 1MXVA 3MVWA 3W9VA 4JB7A 2YJPA 1B4HA 3RYBA 4YB7A 2XX8A 4MF3A 4POXA 4H0WA 2VD2A 4YKIA 2F7AA 4QHQA 4MBPA 3LSXA 1SW5A 2P1SA 1XS5A 1US5A 4BDLA 1Y4TA 3CI8A 2DE4A 3C36A 5KZTA 3DLNA 3A09A 3OEKA 4LONB 1FQBA 5DVJA 5KCJB 3V89B 1ZJLA 3FGSA 4XKQA 3N26A 1MQJA 4OENA 2HXWA 3R6UA 1B05A 3RT8A 1DPEA 2DE3A 3CSGA 3USDA 4G68C 1MG1A 3U72A 2YLNA 2VOZA 3D4CA 3CG3A 4K3FA 3E3KA 2V3QA 2V3UA 3GBAA 3IOVA 3TKDA 3MC2A 4RNSA 3LSFB 2CZLA 1EZOA 2PYYA 4ISUA 4NF6A 3S9MC 4HTGA 1S50A 4YZZA 2THIA 1MQHA 3TUSA 3MWBA 1BP5A 1LCTA 3DP4A 3MP1A 4U2RA 1O7TA 4FECA 1MDP1 5DVFA 3OOAA 4M1VA 3TMGA 3O6IA 3H6VA 3PPNA 3K1NA 1US4A 1B0HA 3FZVA 5JTYB 3FTOA 2XX7A 2XXRA 4GFRA 4U4XA 1DTZA 4P0IA 2HZKA 4YB5A 1ZIUA 2E0SA 3N6TA 4YKJA 1CE2A 2W7YA 2B4LA 1MXXA 3O28A 3PAMA 1M5CA 2A5TA 2I48A 4X1DA 4LP2B 5I2KA 2E1SA 4HCWA 1ELJA 3QYTA 3VLWA 2PX1A 2RC7A 2O51A 3K01A 2ANJA 4RA1A 1TFDA 4G2ZA 1Q35A 5H8FA 2Y7IA 3RTWB 4ZS9A 3KSJA 3Q25A 1Y9UA 5AA2B 3DRJA 1EZ9A 3TFLA 1A40A 2RINA 3DRFA 1LLSA 3N94A 4NWCA 4QSCA 3MZBA 3IB2A 3FVOA 4EXLA 2DS9A 1LBBA 3DM0A 2G93A 5EYFA 1ZLQA 2WOPA 1WVJA 1AH5A 4KYSA 3RT6B 1B52A 1M5DA 4KCDA 2OCUA 1UQWA 2QPQA 3CFLA 2UYEA 1B2HA 3DP8A 3P7IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V83A 2FIXA 5CC2A 1QUKA 4DLDA 4R74A 3KBRA 3VVFA 4N6KA 3G7WA 4R6HA 5AA1A 2WYKA 1USYH 5ET7A 1D3KA 4NF6B 3S9NC 4PBQA 2DWIA 2ABHA 1URSA 1QUJA 4GWYA 2UYFA 3RGYA 3KC1A 2DXYA 2PT1A 4N8GA 5T3JA 1OIBA 2FIEA 2Q2AA 3MUQA 3TTLA 3O9PA 5DT6A 1LGBC 3ZS6A 4BDMA 5HBCA 1RKMA 4KPTA 4LA9A 2Z23A 1YPNA 2F34A 4NF4B 1A8FA 3K6UA 3KEIA 5JK4A 3KN7A 2F7BA 3R7XA 2XWIA 3S2VA 1IXGA 4GWUA 2GRVA 4PE3A 5AA4A 3HCQA 1UTHB 2Q2CA 5JEIA 4F3BA 2FNCA 1FBEA 2DVZA 3RN8A 3RPLA 3KC0A 1DOTA 4ELRA 1VE4A 1P1WA 1KA1A 4QSEA 2WOLA 3QXMA 5F7VA 1FBGA 1ZMGA 3IK6B 2Y5LA 4YB6A 1MM6A 2Z8EA 5ICQA 1SYIA 2Y84A 3TCFA 5B70A 5H8NB 1HSEA 1FTKA 3FXQA 1NV0A 1LFGA 3QMFA 2GHAA 1NI9A 4MFIA 3PU5A 4E0WA 4ZEKA 1FPFA 2O7UA 3K4UA 4PGNA 1YAEA 4ELOA 5DVIA 1LFIA 1FPIA 3IFCA 3PGFA 4WEDA 4GLIA 4QFNA 4U22A 3VFJA 4N8YA 1NKXA 2P0SA 2D3IA 1FPLA 1L5TA 1HSLA 3FVGA 1M5EA 4PGPA 3SESA 4PDHA 3ZKKA 5B7DA 4ZEBA 2ZNTA 5DEXB 2OZZA 2I3WA 4QXDA 4OFJA 3HPIA 3WAFA 3G3HA 2F97A 2WEFA 1URDA 5I2NA 3EHTA 1XHYA 4H6DA 3SEVA 2B4MA 3ECRA 3DRKA 4H8IA 1FJ6A 5TPAA 5CMMA 3TCHA 2DQVA 2OBGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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