1QKAA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with krk
Total Genus 189
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
189
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 189
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkaA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkaA02
1P99A 4DXCA 5I58A 4LZ7A 4ZS9A 4IO2A 3T22A 2OWSA 4EQBA 3QSLA 2Y7KA 3B6TA 4U1OA 1Z7NE 1A54A 3RGYA 5JEIA 4JSOA 2Y7WA 5H8FA 4KYDA 3VLVA 5CC2A 2F78A 3MQ9A 1FTOA 4G8NA 2O51A 3SEYA 1JEVA 3OSRA 4PP0A 3K6WA 1B40A 1UTHB 2REGA 2P1SA 5AA2A 1MY1A 4G77A 3T9UA 4JDFA 5I57B 3KOTA 2FNCA 3E13X 3PUWE 1LFHA 2WOPA 3OO9A 3FXRA 3CG3A 3KEIA 3LC8A 1SW5A 2YJPA 5I56B 1N3WA 3QAXA 2RINA 3LSFB 1N7WA 1MY0A 2E1SA 2H4IA 5KDTB 3H3GA 4WEPA 3JV9A 3PU5A 2B4MA 2B3FA 1LGBC 1DSNA 2Q8JA 1B7ZA 2F6PA 4KD5A 3CVGA 1KWHA 1SI1A 1QULA 1GVCA 3TTNA 3PGFA 2I4BA 5L9OA 3G3HA 3CHGA 4LZ8A 3RUMA 5DYHA 5EYFA 2F97A 2REJA 4ZE8A 3TYHA 1LFGA 4OEVA 4G68C 3LVUA 4RK2A 3FXQA 1NL5A 3E3KA 3O6HA 5AA1A 2OBGA 4ZZAA 4NF5A 4F22A 4G2ZA 4RK9A 1B1XA 2DS9A 3DP4A 3U92A 4MFIA 2V84A 3K1MA 1FTLA 3Q29A 3LR1A 1DPPA 3LSXA 4KYSA 4XTCQ 3SERA 3I6VA 1D9YA 4KR5A 3MPLA 1S50A 5CMCA 4THIA 1YAEA 4Z7EA 1ELJA 5KZTA 3FV1A 4MF3A 3TFLA 3IL1B 1TWYA 1UTBA 1GV8A 3MWBA 2O84X 1P1QA 2DXRA 3FUZA 5HPQA 3VLUA 4R2BA 2PVUA 4G4PA 4KQPA 4U23A 3TKDA 5CRYA 2RCAA 3LSWA 2NVUB 1TFDA 3H4ZA 4P11A 1VE4A 3ONMA 3TPAA 2I3WA 3WAEA 4YKKA 5H8NA 4TOZA 2RC8A 1I6AA 4OHNA 3H7MA 2XD2A 3E9XA 5A5XA 2DE2A 5B70A 2F8DA 5ISUA 3RYBA 4XKNA 2Q89A 4BDLA 1B1HA 1R1NA 3M3LA 4IO6A 5IAIA 4O3CA 4PFUA 1B0LA 4C1TA 4H8JA 5F1QA 4FATA 3VVFA 5CM6A 3FATA 3KGCA 3DRHA 1GGGA 3T66A 3OENA 1B51A 3V83A 5I59A 3B7DA 4ZEDA 4PQJA 3JZJA 1LB9A 3F11A 4JWYA 4GWOA 2VOZA 4LATA 3T9VA 3OOAA 4P0GA 5FTIA 5L8DA 2XXIA 2I6EA 3R6UA 3PMVA 3S9EA 2H25A 3FXUA 1Y4TA 3GZGA 1SW4A 2ZNUA 2OWTA 3TTKA 3GBBA 2RCBA 4GF8A 1MM6A 1VFDA 3O6PA 3LUYA 3N5LA 2UXAA 3KJ7A 2UVGA 2R9JA 3ZS6A 1SI0A 1ZMGA 2HXWA 3EHUA 3C9HA 1N76A 3TELA 3Q25A 3HV1A 5CMKA 1PB8A 1URGA 1QW0A 5JTYB 3MP1A 4LQ5A 1B4ZA 1MQJA 4RJZA 4OENA 2QMWA 5DT6A 2H98A 2I49A 5CMMA 3IR1A 4XKPA 2XXWA 4QSDA 1B9JA 4JXIA 4R75A 1B3EA 2DVZA 3KSJA 3S2VA 4ZECA 4QF9A 3PUXE 5FHNA 3UN6A 2PYYA 2UVJA 4O3BA 5J1DA 3O6IA 1A8FA 3IB2A 3IO4A 2Y7RA 3U94A 3FTOA 1NH8A 1MG1A 3KN8A 3SDFA 4PFWA 3T9HB 4IO3A 2X26A 1EZPA 4RPNA 1ZJLA 3FASA 1NNKA 4ESXA 3UORA 1N3XA 3U1OA 2P0SA 4R6HA 1FQAA 4RNSA 3HCQA 1MXWA 2F36A 5KCJA 1JVYA 3IK6B 4IO7A 3RYAA 3V89B 1NMUA 4EQ7A 4GQOA 3OO7A 4FEBA 1LCTA 4DCYA 4IO4A 1WDNA 3RLFE 4NF6A 4U21A 3IJOB 1I69A 1MY4A 4R74A 1M5EA 3PV0E 4ND9A 2F34A 3THIA 2QS2A 4F19A 2QS4A 4QRZA 5JK4A 4R2FA 1SW1A 1VFEA 3S9LC 1IQ7A 1EZOA 3AXFA 1DTGA 2ZXTA 1Y9UA 3UK4A 3SKPA 1TT1A 4NWDA 1B7HA 2A5SA 5ELVA 4ZEIA 2A5TA 3S4UA 2OK2A 4OMBA 3GXAA 1BP5A 3A3UA 1XC1A 1B0HA 5CMBA 1NFTA 3PUZE 1M5CA 1MQGA 3OSQA 4JWOA 1LSTA 4QFPA 3CFXA 4YMBA 1LAXA 4GOTA 2RC7A 2D5WA 2I4CA 3K4UA 2ONKE 2RKMA 2VD2A 3FVGA 4QSCA 3HPIA 3TODA 3ZKLA 3PPRA 3RY3A 3O66A 3QIMA 2XXTA 3I5OA 5LOMA 2M8CA 2ZNSA 3IOVA 4F2QA 3KBRA 3N6TA 2QPQA 1JETA 2VD3A 2B4LA 5M2VA 3ZKKA 3P7IA 1M5DA 3FGSA 1B52A 3TDJA 1PBPA 1MXVA 3CI8A 3VVDA 5DVJA 1UQWA 1H3DA 4MLVA 1ZTYA 1DPEA 4OERA 2ESNA 4OWDA 3H6TA 3IOTA 2Z8DA 1RYXA 5I58B 3CFZA 1PDAA 4R9FA 4IB2A 4H8IA 1JW4A 4BDMA 3MP8A 2X7QA 5H8FB 2QS3A 5BUUA 3MUQA 4DZ1A 1AOVA 1A40A 3H6WA 1A55A 3DP6A 4NF8A 1NH7A 3PD8A 1B32A 1JQFA 2YPNA 4OESA 1Y3QA 3BFUA 1ANFA 1ZBMA 3VVEA 1UIVA 1SQYA 4G68A 1MPBA 1B3LA 3E4RA 1MDQA 2DSFA 4POXA 1BIYA 4ELRA 2ZYNA 3RPWA 4EXLA 1P1OA 1USYH 2WKYA 3MZ1A 4AB5A 2B3BA 3G3IA 3B6WA 1AMFA 1QUJA 4M1VA 3K6XA 3V5AA 1MY3A 1Z7ME 2CMOA 2F7BA 1OMPA 4HCWA 4KPTA 2OLBA 1H44A 3K02A 4TQUQ 2RC9A 4N6PA 4PE5B 2G29A 5I2NB 4Z0IA 4ONYA 1N84A 3H6VA 3EHTA 3SEXA 5ICTA 4FJPA 2Y84A 1BTJA 2LAOA 2VHAA 4DXBA 4NMYA 3VV5A 1B46A 4OFLA 5DVIA 1LB8A 2HFBA 2QRYA 2I58A 3GLBA 2DWAA 1OIBA 2AL4A 1OLAA 1SVXB 4LZ5A 2VP1A 1H76A 4QSEA 3PMWA 4G8MA 3VE1B 1R9QA 3OEMA 1M5FA 3D4GA 2PT2A 2UVIA 1II5A 4NF5B 4FORA 3W15C 1F9BA 4F3PA 4UA8A 4QFOA 4MBPA 1M5BA 4DXUA 4Q30B 4YICA 5EHMA 1O64A 3VFJA 5I2KA 4F2OA 5H8SA 4C0RA 3QUJA 5AA4B 4F31B 3H6UA 2D3IA 3RT8A 2E0SA 3OXNA 3CG1A 3B6QA 3TCFA 4R6YA 1XVYA 3G3GA 1B2HA 1I6BA 2O1MA 3K6VA 1UTBB 4NF4A 1OVBA 2I3VA 3DRFA 4R72A 1ZLQA 4H5FA 4C1UA 4LONB 4LVQA 1Y3PA 3KFMA 3DRKA 3ODBA 1EU8A 2D21A 2F6GA 3W9WA 2G93A 4MH5A 4PETA 1SDXA 1FTKA 1SW2A 5I84A 2GH9A 3BKIB 5H8NB 3TQLA 3CSBA 3Q27A 3D4CA 4F1UA 2V3UA 4R9GA 1B4HA 4BLAA 2HQ0A 3O9PA 2XXQA 1XHYA 4XKQA 3M3KA 4QHQA 1CB6A 3O6GA 3EHSA 3PMXA 2H9BA 1LAHE 3S9NC 1MPCA 3LSLA 3K2DA 1Y1ZA 3DP8A 3TQWA 4UACA 4H0WA 3VLWA 2QMXA 1FQFA 4F29A 4EF2A 1B3HA 2THIA 3SEWA 1RYOA 4OFOA 2O7UA 3FZVA 4OXVA 2ZNTA 1L5TA 3FVKA 3OMBA 5TP9A 3EQ1A 2Z23A 1SYIA 2QS1A 2I48A 4ESWA 4X1DA 5I59B 1OQGA 2O69A 4AQ4A 3FJ7A 2DOJA 4ECFA 1URSA 3KSXA 3KOSA 2Y7IA 4KCCA 1MQIA 4RA1A 1FQDA 4KYEA 5DEXA 3IJXB 2UYEA 4YKIA 3KZGA 1US5A 1ZU0A 1OLCA 4R73A 3EPEA 3GBAA 3OELA 2V3TA 1T0KA 5H8HB 2CZLA 3PD9A 2XXRA 4GL0A 2OZZA 4ZEFA 2XX8A 4IGRA 4FECA 2Z8EA 4PFYA 3MJNA 3TTLA 3U93A 4ISUA 1BLFA 1DOTA 4X9TA 4NWCA 1Y20A 2F35A 2H5YA 3Q28A 3UGWA 4GRKA 1J1NA 1MM7A 2XX7A 2I0BA 3ECRA 4WXJA 2UVHA 5H8QB 2XD3A 1Q1KA 1N04A 1Y3NA 1IZ1A 3DRIA 3FV2A 1MXYA 3CIJA 2Q88A 2XXVA 4JBZA 2P2AA 3DRJA 2WOKA 3VXCA 2PMSA 1B5JA 4JB7A 3UP9A 3RN8A 2I0CA 1N7XA 4YB7A 2O7IA 4OVJA 4BDRA 4MLQA 3H06B 1FCKA 4POWA 1YTVA 2KLFA 4H6DA 4QFNA 4GIZA 5ICQA 1UIUA 1JW5A 1WODA 3RNNA 2QL3A 1B58A 1PC3A 4HW8A 5TPAB 1R6ZA 1Y4CA 1H45A 1Q35A 2OCUA 3FJMA 1NNTA 3QK6A 3RTWB 2Q2CA 2XHDA 4OYVA 4OETA 4F1VA 4RPOA 4F3GA 1FQCA 1UTHA 3PPNA 3MW0A 4H65A 4OQOA 2ANJA 3VXBA 5BWJA 4Q8RA 4I62A 1FQEA 1GTKA 3G7WA 1LAFE 1LFIA 5I57A 1MXZA 3MPKA 3OEKA 3Q26A 4GVOA 2NWJA 3R26A 2YLNA 1PB9A 3ZSFA 4WKMA 2ONRA 1MH3A 5I56A 2DXYA 5K2XA 3A09A 1NKXA 1O63A 3I3VA 3MAMA 3PPQA 4FEDA 4OEUA 5KDTA 3IB0A 1A99A 2UYFA 1SD3A 2A5TB 2NOOA 3T93B 3IOWA 1MXUA 4LA9A 3USDA 3G3FA 3C4MA 3MVYA 5AA2D 3HO7A 3MVZA 2HAVA 3SEVA 4F3SA 2F7CA 1N0TA 3IB1A 1FW0A 3C35A 4E0WA 3TCGA 1P1WA 3IO6A 5AE4A 5FHOA 1FQBA 3HHFA 3HSTA 2HEUA 3K1PA 4IY5A 1OVTA 3BBRA 1AH5A 2IEEA 2HZLA 5DVFA 3ILTB 5TU0A 3T96B 1IUDA 4OTEA 1POTA 5I2NA 5FTHA 5AA2B 1QKBA 3V8XB 3H03A 1IXHA 4OFJA 1S7YA 4FIMA 1AL3A 3WAFA 3K00A 5HM4B 2AYSA 1SBPA 4WEDA 5IKBA 2ZYKA 1HSLA 3RTFB 4FAJA 1MRPA 3IOUA 3FVNA 3BFTA 5L9SA 4M4GA 4N07A 1XS5A 4O3AA 1VR5A 4K3FA 4KI0E 4PFTA 2DWJA 4BDNA 5FHMA 1P1UA 3SEUA 1USYE 4RYAA 4IGTA 3TEPA 4Q0CA 4I9DA 1S9TA 2NUVA 4NF8B 1QKAA 3R7XA 4GL8A 1EZ9A 3O28A 2V93A 4G68B 4GXSB 4I8CA 4H67A 4Q5TA 4P0IA 4YAHX 1XVXA 4R6KA 5EHSA 1IXGA 1ZIUA 2Q9TA 1HSEA 5AA4A 2OJTA 4F3BA 1LBCA 4JWXA 3CR9A 4IY6A 1B3FA 3UA8A 2PX1A 2XXPA 2DE3A 2XXHA 2O6AA 1QUKA 1JEUA 1MY2A 4EUOA 1HSJA 2X7PA 3C32A 3OO6A 1OQHA 3C33A 1IITA 2B65A 3U8QA 2HZKA 2DVCA 3M3FA 2Q2AA 4EF1A 4RXLA 4YB6A 1PBQA 3KG2A 2DYXA 4DLDA 1A7LA 3EF7A 2XXUA 3KJTA 1MPDA 3DRGA 4BDOA 1JW1A 3IX1A 3TTRA 3MZ9A 3CFLA 2Z22A 1YPNA 3PUVE 4RY1A 3MBPA 1IIWA 1IEJA 3L6HA 3SETA 2WOLA 1XT8A 5B7DA 4F1YA 1QUIA 3N26A 4TLLB 4ELOA 3A3CA 1A8EA 3DELB 3OD7A 3PAMA 2R6GE 1P1NA 1FTJA 2F5XA 4AB6A 4U2RA 3M8UA 3DLNA 5I2KB 3SESA 5HBCA 1XOCA 2GHAA 4N13A 3MZBA 3KN3A 4HCYA 2IA4A 5A5XB 5K2YA 1MDP1 4ELQA 4ZDMA 1QVSA 4LUBA 3TAJA 4NTLA 2ALUA 4NF4B 1JVXA 3MP6A 3TZAA 5JTYA 2AIXA 3RQTA 1LLSA 1BKAA 3DM0A 3ILUB 1JNFA 4XXUA 3IAZA 2O1LA 1MQHA 3QXMA 3LBSA 3UIFA 4YKJA 3N94A 3FJGA 3MVWA 1B3GA 4I1DA 1B5IA 2AL5A 4BDQA 1IXIA 4YZZA 4HTGA 4NE4A 5L9MA 4DDDA 4LQ2A 4GXAA 1D9VA 3PPOA 3T9XB 4YKPA 1EH3A 1MXXA 3FD3A 1O7TA 2GHBA 2DWIA 2HCAA 3FVOA 3OO8A 5H8HA 4ZE9A 4XIGQ 1LCFA 3VDFA 2PT1A 5CBSA 4U4XA 2H99A 1DTZA 4XKRA 1POY1 3W9VA 3TTMA 1B6HA 2PBWA 3C34A 3O97A 1CE2A 1GR2A 1FTMA 3G3KA 3TCHA 3QUFA 4GLIA 1H43A 2Y7PA 2V3QA 3PUYE 2XXXA 3G3JA 4DE8A 5CBRA 3TUSA 3K6UA 1PEBA 4TLMB 1PB7A 4ZEKA 2FYIA 5AA3A 1VSOA 1WVJA 3O29A 2XX9A 2FA7A 4KFQA 1ZKBA 3KN7A 5H8QA 1MQDA 1B05A 5TP9B 1D3KA 4ZZEA 1R9LA 1B5HA 2QJEA 5DTBA 2GFEA 4U1ZA 4E0XA 1DMBA 1D4NA 4X48A 4YMAA 3RT6B 2VGQA 3MVXA 4YB5A 2BJJX 4DCXA 4X1BA 2R71A 2O68A 1MH4A 4IO5A 2DQVA 3PPPA 5ITOA 3K0VA 2DWHA 1URDA 5DEXB 4H5GA 4GD5A 1LBBA 2GRVA 4EXKA 4KCDA 3EN3A 1RKMA 1LAGE 3S9MC 2QSXA 4FE8A 2ZYOA 1TFAA 3HHGA 5TPAA 1Y1MA 4G8HA 4DIGA 1IXCA 3IORA 4H1XA 2ZMBA 4L17A 4YU0A 4QFKA 2F7AA 2ABHA 1NNPA 3TMGA 1MS7A 1SYHA 4OZ9A 2DP8A 2XXYA 4U22A 1NNFA 2Z8FA 4U4SA 4NEDA 5ITPA 3FIRA 4QFLA 4JSDA 2V25A 3QYTA 3HN0A 4EQ9A 3CRBA 3L6GA 3CSGA 4GFRA 1I6QA 3U72A 1US4A 2ONSA 5KCJB 3N6UA 2W7YA 3O2AA 4ELPA 1AIVA 1QJMA 4HS7A 3K01A 3C31A 2NXOA 1ATGA 1B7UA 3JYRA 2ZYMA 4F18A 3C36A 4F39A 2RF1A 4NF6B 4KHZE 3K1NA 4ZEBA 2DE4A 2HAUA 3MC2A 5F7VA 4EDPA 1YCJA 1TXFA 4LP2B 5CI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P99A 4DXCA 4H46A 5I58A 4LZ7A 4ZS9A 4IO2A 3T22A 2OWSA 4EQBA 4I40A 3QSLA 2Y7KA 2OX3A 3B6TA 4U1OA 2CZIA 5IZ1A 1Z7NE 1A54A 3RGYA 5JEIA 4JSOA 2Y7WA 5H8FA 4KYDA 3VLVA 5CC2A 2F78A 3MQ9A 1FTOA 4G8NA 2O51A 3SEYA 1JEVA 3OSRA 4PP0A 3K6WA 1B40A 1UTHB 2REGA 2P1SA 5AA2A 1MY1A 4G77A 2HXRA 3T9UA 1K9ZA 4JDFA 5I57B 2Y5KA 4DI4B 3KOTA 2FNCA 4PCDA 3E13X 3PUWE 1LFHA 2WOPA 3OO9A 3FXRA 3CG3A 3KEIA 3LC8A 1SW5A 2YJPA 5I56B 1N3WA 3QAXA 2RINA 3LSFB 1N7WA 1MY0A 2E1SA 2H4IA 5KDTB 3H3GA 4WEPA 3JV9A 3PU5A 2B4MA 2B3FA 4GWYA 1LGBC 1DSNA 2Q8JA 1B7ZA 2F6PA 4KD5A 3CVGA 1KWHA 1SI1A 4NF0A 1QULA 1GVCA 3TTNA 4GX6A 3PGFA 2I4BA 5L9OA 3G3HA 3CHGA 4LZ8A 3RUMA 4HE0A 5DYHA 5EYFA 2F97A 1NV6A 2REJA 4ZE8A 3TYHA 1LFGA 2QVVA 4OEVA 4G68C 3LVUA 4RK2A 3FXQA 1NL5A 3E3KA 3O6HA 5AA1A 1FPDA 2OBGA 4ZZAA 4NF5A 4F22A 4G2ZA 4RK9A 1B1XA 2DS9A 3DP4A 3U92A 4MFIA 2V84A 3K1MA 1DBZA 1FTLA 3Q29A 4PBQA 3LR1A 1DPPA 1FPKA 3LSXA 4KYSA 4XTCQ 3SERA 2BJIA 3I6VA 1D9YA 4KR5A 3MPLA 1S50A 5CMCA 4THIA 1YAEA 5ET6A 4Z7EA 1ELJA 5KZTA 3FV1A 4MF3A 3TFLA 3IL1B 1TWYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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