1XOCA

The structure of the oligopeptide-binding protein, appa, from bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
504
structure length
504
Chain Sequence
KPQQGGDLVVGSIGEPTLFNSLYSTDDASTDIENMLYSFLTKTDEKLNVKLSLAESIKELDGGLAYDVKIKKGVKFHDGKELTADDVVFTYSVPLSKDYKGERGSTYEMLKSVEKKGDYEVLFKLKYKDGNFYNNALDSTAILPKHILGNVPIADLEENEFNRKKPIGSGPFKFKEWKQGQYIKLEANDDYFEGRPYLDTVTYKVIPDANAAEAQLQAGDINFFNVPATDYKTAEKFNNLKIVTDLALSYVYIGWNEKNELFKDKKVRQALTTALDRESIVSQVLDGDGEVAYIPESPLSWNYPKDIDVPKFEYNEKKAKQMLAEAGWKDTNGDGILDKDGKKFSFTLKTNQGNKVREDIAVVVQEQLKKIGIEVKTQIVEWSALVEQMNPPNWDFDAMVMGWSLSTFPDQYDIFHSSQIKKGLNYVWYKNAEADKLMKDAKSISDRKQYSKEYEQIYQKIAEDQPYTFLYYPNNHMAMPENLEGYKYHPKRDLYNIEKWWLAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structure of the oligopeptide-binding protein, AppA, from Bacillus subtilis in complex with a nonapeptide.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
molecule keywords Oligopeptide-binding protein appA
total genus 165
structure length 504
sequence length 504
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1xocA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xocA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1xocA02
1NFTA 3FJ7A 5F1QA 1XHYA 4QFNA 3B6WA 2I3VA 2DVCA 4IB2A 3S9EA 5TPAA 3PMVA 1QUKA 2QS2A 4HTGA 3TELA 4YU0A 1MPCA 1OQHA 5I2KB 4EQBA 4KCDA 4JSOA 2NWJA 5L9MA 5IKBA 3HHGA 4ONYA 4ZEFA 1LAGE 4IO5A 5JTYB 3TTRA 4THIA 1B51A 1BLFA 4GL0A 2DWHA 1JVYA 1N04A 2Z23A 4R9GA 3CR9A 2X7PA 3T9UA 3O2AA 2O69A 3RPWA 1JQFA 5AA3A 4EXLA 5AA2B 1MXVA 2V93A 1LAHE 1UIUA 2QJEA 2F35A 4U4XA 3G3HA 1Y1ZA 4XKNA 5H8SA 3MAMA 3LR1A 4WEDA 4H67A 4P0IA 1KWHA 3QAXA 1B32A 2M8CA 1B7UA 2VOZA 4ZECA 2HFBA 5CI5A 5F7VA 5L9SA 1MM6A 1DTZA 1Q35A 3BFUA 4AB5A 3KSJA 2PT2A 4X48A 1B2HA 1NNTA 5DT6A 3LBSA 4H1XA 4DIGA 3Q29A 3SKPA 3MP6A 2Z8DA 1MY3A 3K6UA 3M3KA 3MVYA 1MRPA 1FW0A 4GWOA 1TFDA 3FXQA 3VLWA 2OJTA 2NUVA 5ISUA 1ZU0A 1PB9A 2DWIA 1LFGA 2F34A 4OFJA 1R9LA 3DRFA 3FXUA 2A5TB 4ELQA 4ISUA 2AL5A 4YB6A 1Y3QA 2HZLA 3H06B 2GFEA 2H99A 1D9VA 4O3CA 4UA8A 4I9DA 4JWYA 3E9XA 4GVOA 3KN3A 2AYSA 3G3GA 2F7BA 3ILUB 1MG1A 4R9FA 5CM6A 2RC9A 3MZ1A 4MFIA 1LAFE 2I6EA 5H8FB 2KLFA 1MXYA 4N07A 4YKKA 1MPDA 2O84X 4RA1A 4MLVA 4LZ5A 1B05A 5DVIA 4Z0IA 1SBPA 3OSRA 2REGA 1Y1MA 4ZEBA 2UYFA 3K1PA 3C31A 1H44A 1Y20A 3TTNA 3CSBA 4RK2A 5BUUA 3ECRA 1XS5A 2ONSA 2VGQA 4TOZA 4H5GA 1JEVA 1IQ7A 3EHSA 3S2VA 4KD5A 2WKYA 1ZIUA 3IORA 2HZKA 3IX1A 3EPEA 4ZE9A 3OD7A 1MH3A 4ELOA 4ZZAA 2PVUA 5I2NB 1UTBA 4G68C 3T66A 1EZ9A 1LB8A 3TZAA 4G68A 1LAXA 1N3WA 2PX1A 3SEYA 3GXAA 4HCWA 1O7TA 2QS3A 4R6KA 4XKQA 2Q2CA 1RYXA 1SYHA 4QSDA 4OYVA 4QFLA 1M5FA 3H6WA 4YMAA 3ZS6A 3PPNA 3SETA 2XXTA 1LBBA 3KN7A 4F1UA 3DRJA 2Z22A 1Y4TA 5DYHA 2G29A 2QSXA 3FVNA 1B40A 4U22A 2NOOA 5CBSA 4E0XA 3CIJA 2I49A 1PBPA 2V3QA 1N3XA 4WEPA 4C1TA 3OEKA 2ONRA 1I69A 3R7XA 3EF7A 4ELPA 2O68A 4XTCQ 2P0SA 2YPNA 2UVIA 3PU5A 1LFIA 2Y7WA 3PPQA 3T96B 4PP0A 5CMBA 2I3WA 1OLAA 1WDNA 3F11A 2RF1A 4YKIA 3DP4A 3C35A 4KYDA 4QRZA 3GLBA 3MBPA 3TQWA 4YICA 3Q27A 1I6BA 2VD3A 1MDQA 1I6QA 1M5DA 3BKIB 5I57A 3O97A 3USDA 1J1NA 3TEPA 3PGFA 3P7IA 4PE5B 3JYRA 2XD2A 5I59A 4IO4A 1N7XA 1A8FA 3B7DA 3N94A 2OBGA 2QS4A 3H7MA 1EZPA 2QRYA 5H8HA 4PQJA 3PAMA 4R6YA 3VVFA 5H8NB 2GHBA 1MQJA 1VSOA 4FEBA 1DMBA 3ILTB 2H98A 1Q1KA 1ANFA 3IO4A 4BDLA 4NF6A 3M3LA 3CSGA 3SEXA 3A09A 3PUWE 3N26A 4X1DA 4BDOA 3FUZA 2ABHA 4KYEA 1EU8A 3HCQA 4IO7A 3DRIA 3SEWA 3S9NC 5KCJA 1H45A 1MM7A 3PUVE 4YAHX 4FORA 4BDMA 4GRKA 1YPNA 2FNCA 3KOSA 4AQ4A 2ZNSA 1SI0A 3VDFA 3DELB 5FHMA 1ATGA 1MXXA 5EHSA 4BDQA 3WAEA 5TP9A 2V25A 5L8DA 2DVZA 1BKAA 5A5XA 2O1LA 2ZXTA 1AOVA 2ZYMA 5I84A 3LVUA 4ZS9A 5AA4A 3AXFA 3O6HA 1B7HA 4NF5A 5M2VA 4YKPA 3SESA 2XX7A 4U1ZA 3BBRA 4POXA 4OTEA 4Q5TA 3H4ZA 1ZTYA 3IK6B 1WODA 3PD8A 1N0TA 2OLBA 4IGTA 2I4BA 3CI8A 4FE8A 4WKMA 4POWA 1A55A 2O7UA 1NNKA 3OO6A 2Z8FA 5DEXA 5TU0A 2HCAA 2RINA 3EN3A 3KEIA 3KBRA 1UQWA 1NH8A 5DVJA 5CBRA 2DXRA 4F29A 4NMYA 2XXUA 2XXHA 1B1XA 2UVGA 4GFRA 1D3KA 2HQ0A 3MWBA 4H5FA 1ELJA 3OXNA 2D21A 3FVGA 3DRHA 4RPNA 3TAJA 2ZYKA 3LSXA 3W9WA 4F1YA 4F3SA 3L6GA 3KG2A 2GH9A 3RGYA 3OELA 1Z7ME 5ITOA 1P1WA 3Q28A 2ZYOA 3K6WA 3HO7A 4RPOA 4RK9A 3UN6A 4Z7EA 4R2FA 1IXHA 1P99A 1UTBB 4KYSA 2IEEA 3PUYE 2ONKE 3M3FA 1N7WA 4U1OA 3D4GA 4Q8RA 3PPRA 3RY3A 2XXIA 3M8UA 1TXFA 2Y7KA 2XX8A 4R72A 2VP1A 3K6VA 4OHNA 4MF3A 3ONMA 1B46A 3TDJA 4ESWA 2DXYA 3BFTA 3RT8A 2DQVA 1IXIA 4G4PA 4JDFA 1B3HA 3RN8A 1AL3A 4F1VA 2THIA 1Z7NE 4OETA 5DTBA 3KGCA 1WVJA 4DXCA 4DXBA 4LQ2A 1DPEA 4XKRA 3UORA 2R6GE 4GL8A 4R75A 2ZNTA 4U4SA 3OSQA 3T22A 2ESNA 3R6UA 1QULA 5CRYA 2Q88A 1MXWA 3I6VA 1UTHA 4X1BA 3LC8A 5KDTA 1IEJA 3U93A 3G3KA 2WOKA 1ZLQA 1R1NA 4OEVA 1ZKBA 4PETA 3T93B 5I59B 1QVSA 3IO6A 4EDPA 2X26A 5H8HB 4M1VA 2IA4A 3IOUA 3FXRA 1QJMA 1EZOA 3FGSA 3K4UA 3PUZE 5I58B 4LONB 3RQTA 1TT1A 5HM4B 2O6AA 3FV2A 1OMPA 3V83A 3K1MA 4P11A 2V3TA 1LB9A 2O1MA 3HV1A 3IL1B 4PFWA 1PC3A 1H43A 3PPOA 2WOLA 3ZKLA 4LUBA 3DLNA 4YB5A 5FHNA 2ZYNA 2XXPA 1I6AA 4MLQA 1QKBA 3QSLA 1LCFA 4N6PA 4GXSB 3QK6A 3IJXB 4PFYA 2ZMBA 4QSCA 2P1SA 2OCUA 1BP5A 4H6DA 3O6GA 5CMMA 1BTJA 2W7YA 3C9HA 4F3BA 5K2YA 1FCKA 2XXVA 3U92A 5A5XB 3A3UA 3TQLA 2OK2A 5I56A 1RYOA 3TODA 4YMBA 1DTGA 3IOVA 2PT1A 4RY1A 1F9BA 1P1UA 2DE2A 4OMBA 4IO2A 5L9OA 3PD9A 2VD2A 5FHOA 2UXAA 1EH3A 2F36A 3CFZA 3DRGA 1URDA 1SI1A 1GVCA 2DE4A 4EQ7A 4K3FA 1LLSA 5I2KA 4GF8A 1M5CA 1HSLA 3S4UA 1H76A 5DEXB 1VFEA 3FATA 4LVQA 4KQPA 2Z8EA 3MPLA 3MVZA 4H0WA 1CE2A 1LCTA 4QFPA 1YTVA 1B5IA 5B7DA 3RT6B 1B58A 2B4LA 2E0SA 1SVXB 3RYAA 3TTMA 5H8QA 4RNSA 3FJMA 1FQAA 5AA2A 1B3FA 4TQUQ 5FTIA 3R26A 5CMKA 3W9VA 1NNFA 2E1SA 3DM0A 2QL3A 4JB7A 3Q26A 3WAFA 3K0VA 3C36A 5TPAB 2RCAA 1JW1A 3MC2A 1XOCA 3ZSFA 1GGGA 2QMWA 4F31B 3OMBA 3CG3A 4BDNA 4KFQA 3H3GA 4OFOA 3LSFB 3H03A 2F6PA 2UYEA 1XC1A 4DXUA 2H25A 2XX9A 4LQ5A 4N13A 2CMOA 4ELRA 1B3LA 2CZLA 5J1DA 1VE4A 1IZ1A 4F2QA 3VV5A 3IB1A 4R6HA 2Q89A 1CB6A 1PB7A 2F97A 1MS7A 3HN0A 4JWXA 4JXIA 4O3BA 1JVXA 4GD5A 5JEIA 5HBCA 1GR2A 3HHFA 3ZKKA 3TKDA 5FTHA 3VVEA 3EQ1A 2V84A 1MDP1 1FTKA 1B9JA 1SD3A 3UIFA 4Q0CA 4OVJA 3OO7A 1FQCA 4H8JA 2NXOA 3KN8A 1TWYA 2DP8A 1B1HA 3H6UA 3O66A 5H8FA 2Q8JA 3N6TA 1Y9UA 3I3VA 4GIZA 3C32A 4OESA 4JBZA 4NTLA 3FD3A 4F18A 1SW5A 3KJTA 4F3PA 4TLMB 3T9HB 3K2DA 4G2ZA 5EHMA 1MQHA 3KJ7A 4EF2A 1Y3NA 3QIMA 3IB2A 3U72A 4KI0E 1O63A 3GBAA 2B3BA 3SEUA 1A8EA 1R9QA 4O3AA 1FTOA 1LBCA 3K00A 3PV0E 4IO6A 3THIA 4U23A 4KHZE 4MBPA 1SQYA 4R2BA 2GRVA 4F3GA 3SERA 4C0RA 5B70A 4G77A 3VXBA 3D4CA 1OQGA 2FA7A 4QFOA 1JETA 5IAIA 3T9VA 4E0WA 2Y7PA 1SW2A 2DE3A 1D4NA 1MY0A 1NNPA 2F5XA 3OEMA 3KZGA 1OLCA 1S50A 1OVTA 3N5LA 5CMCA 3TCHA 4QF9A 3IOWA 4PFUA 3O28A 5I56B 4OEUA 3QYTA 3MPKA 4HS7A 3H6TA 3U94A 4EUOA 2XD3A 3TMGA 4ZEDA 4PFTA 5KZTA 3PMWA 3DRKA 4NF4A 3S9LC 3MZBA 1M5BA 1NKXA 2PBWA 4OFLA 4G68B 2HAVA 4NWDA 4WXJA 4FATA 3MW0A 3I5OA 1M5EA 3G3IA 3VLVA 4U2RA 5JK4A 3V8XB 4MH5A 2Q2AA 2NVUB 1MXZA 5ITPA 1R6ZA 3DP6A 3MQ9A 4LZ8A 2F7CA 4BLAA 2AL4A 2YLNA 3QXMA 1QW0A 3PUXE 2OWTA 2I58A 3T9XB 2XXWA 4FIMA 2O7IA 4QSEA 3QUJA 2RCBA 5H8QB 3CRBA 3EHUA 1N84A 2P2AA 1XVYA 3RYBA 3FASA 2RC8A 2DSFA 2REJA 3O6IA 4HCYA 3G7WA 2UVJA 5H8NA 1VFDA 4KPTA 4R74A 2QS1A 1USYE 1BIYA 2I0CA 3B6TA 3O6PA 3CVGA 2B4MA 4I62A 2OZZA 4JSDA 3IJOB 1GV8A 1B5HA 5LOMA 2H5YA 3TYHA 5I57B 2I0BA 3MP8A 3QUFA 4IY5A 3W15C 3LUYA 3E13X 4GQOA 4QFKA 4DDDA 4ZZEA 2G93A 4ZE8A 4XIGQ 3TTLA 4P0GA 5HPQA 3K01A 3FVKA 2RKMA 3JZJA 3FIRA 3C4MA 4NF8A 3ODBA 2ZNUA 4GXAA 4DCYA 4OQOA 1FTLA 2B3FA 4RXLA 3HPIA 3MZ9A 3IB0A 4TLLB 2QPQA 4KCCA 2ANJA 4OENA 4IY6A 1A7LA 1AMFA 1USYH 3OENA 4NF6B 2H9BA 1PBQA 1YCJA 3VVDA 1US5A 4JWOA 1MY4A 1IXCA 1ZMGA 3MP1A 1FQDA 5KCJB 4LP2B 1DOTA 2V3UA 3UK4A 3KSXA 4GLIA 1TFAA 4DLDA 4OZ9A 3Q25A 4F2OA 3SDFA 4F39A 5AE4A 1RKMA 3A3CA 2F78A 5EYFA 1US4A 1SDXA 3G3JA 3K1NA 1B0LA 5TP9B 3UA8A 1B4ZA 3FV1A 4H65A 1Y4CA 2XXRA 3RLFE 4FEDA 5DVFA 4UACA 3U1OA 3TCGA 5AA4B 2DYXA 4ZEKA 3TFLA 4NF5B 3KOTA 1FTJA 1SW4A 4ZDMA 4I8CA 1LSTA 2O51A 1MY2A 2XXXA 2HAUA 2I4CA 1HSEA 1YAEA 5AA2D 2WOPA 1XT8A 2PYYA 4LA9A 1II5A 4ESXA 3K6XA 2QMXA 4FAJA 4DZ1A 1JW5A 1A40A 4H8IA 1JNFA 1N76A 3PPPA 1IUDA 1ZJLA 1PB8A 5JTYA 2DWAA 4ND9A 1T0KA 3O29A 4OERA 3TCFA 3OO9A 1QUIA 3PMXA 1URGA 2LAOA 3H6VA 2D3IA 3DP8A 2Y7RA 3RTFB 1JW4A 3LSLA 2DOJA 5BWJA 3VXCA 1B4HA 3JV9A 2ALUA 2XHDA 4I1DA 4QHQA 3VE1B 4EF1A 3CFLA 1DSNA 2DWJA 4RJZA 3MJNA 2F8DA 3E3KA 1MQGA 2XXYA 4NWCA 3TUSA 1P1NA 4YB7A 2Y84A 1JEUA 4IGRA 1FQEA 4XXUA 4NF4B 4IO3A 2HXWA 1P1QA 3FJGA 4NEDA 3IOTA 3VLUA 1SYIA 2XXQA 3MUQA 1B0HA 1MQIA 1PEBA 3RTWB 3TPAA 1MPBA 2YJPA 3G3FA 3L6HA 3FZVA 3IR1A 4F19A 3B6QA 1VR5A 1NMUA 2FYIA 5ICTA 2F6GA 5CC2A 1SW1A 1AIVA 4FECA 3GBBA 4GOTA 1ZBMA 1MXUA 3OOAA 1S7YA 3SEVA 3KFMA 1B3GA 5K2XA 3UP9A 1FQBA 1IIWA 3C34A 3N6UA 4EQ9A 4YKJA 4G8NA 2DS9A 1FTMA 3FVOA 1MQDA 4G8HA 2A5TA 3RNNA 2B65A 1P1OA 4F22A 2F7AA 1NH7A 2UVHA 3UGWA 1H3DA 1IXGA 2H4IA 4EXKA 5I58A 3O9PA 3CFXA 1POTA 1FQFA 1DPPA 2PMSA 4DE8A 3IAZA 1A54A 1UTHB 4R73A 3FTOA 2VHAA 3RUMA 1AH5A 5KDTB 4KR5A 2BJJX 2Q9TA 1HSJA 5ICQA 1MH4A 2R9JA 4L17A 3CHGA 1IITA 3MVWA 4DCXA 1B7ZA 2OWSA 1LGBC 1XVXA 2A5SA 3C33A 3GZGA 1A99A 4ECFA 1LFHA 1L5TA 2X7QA 4U21A 4FJPA 3V89B 4OWDA 4C1UA 4G8MA 1NL5A 4RYAA 1QKAA 4NF8B 3EHTA 1B5JA 1QUJA 1B52A 5ELVA 4Q30B 2GHAA 5AA1A 4LATA 5I2NA 1O64A 1B3EA 4AB6A 3V5AA 1D9YA 4OXVA 4YZZA 3HSTA 3E4RA 3MVXA 3K02A 1POY1 4HW8A 1Y3PA 3CG1A 1PDAA 4X9TA 4XKPA 4M4GA 1GTKA 1OVBA 3VFJA 4LZ7A 2HEUA 2D5WA 4ZEIA 1OIBA 3TTKA 2AIXA 2I48A 2Y7IA 2R71A 1URSA 3LSWA 1MY1A 1B6HA 1S9TA 2RC7A 4NE4A 4BDRA 1UIVA 3OO8A 3U8QA 3S9MC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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