1ZLQA

Crystallographic and spectroscopic evidence for high affinity binding of fe edta (h2o)- to the periplasmic nickel transporter nika
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Spectroscopic Evidence for High Affinity Binding of FeEDTA(H(2)O)(-) to the Periplasmic Nickel Transporter NikA
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 160
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2005-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1zlqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1zlqA01
3IO4A 3TTKA 1MQJA 3OEKA 2DS9A 3K1PA 2YJPA 5BUUA 2Z22A 4OEUA 3T9VA 1LCFA 2O6AA 4FEBA 1SYIA 2P1SA 3DP8A 2O1LA 1XVXA 1NH8A 1Y4TA 1QVSA 2I58A 2Q88A 1GVCA 3UP9A 4KCDA 1FTMA 4G8NA 3H6UA 4IY5A 1B0HA 3G3FA 3RNNA 5JTYA 1AH5A 1B4HA 3VV5A 2E1SA 4MLVA 5CMBA 3TYHA 4ELPA 1S7YA 2OWTA 4N6PA 3V5AA 3TCGA 1M5BA 1MDQA 5AA3A 1NL5A 1AMFA 4LONB 4TLLB 3E9XA 4FE8A 4QFKA 4YICA 4R6YA 1ZU0A 4UA8A 3LR1A 1N3XA 4X48A 2DWHA 2ZYNA 2PT1A 1LBCA 3I6VA 3DM0A 2RC9A 4C0RA 5H8NB 3G3JA 4JWYA 3KSJA 2VGQA 1SW2A 5CM6A 4FECA 3ECRA 4EUOA 1UIUA 2QMXA 1JEUA 4G77A 1PC3A 4QRZA 2Q89A 2V3TA 4IGTA 2I0BA 1OMPA 2PT2A 3TQWA 3B7DA 2I0CA 3CG3A 4HCYA 5KCJB 3TKDA 3QYTA 4KPTA 4XXUA 1SVXB 3TTNA 3M3KA 3E13X 1B0LA 5L8DA 1MXWA 1QJMA 5EHMA 2CZLA 4UACA 1OVBA 2XX9A 1Z7NE 3VVDA 4DXUA 4GL8A 1PBQA 3O6PA 4N07A 3EF7A 4EQ7A 3G3HA 2P2AA 4IO5A 1O64A 2WKYA 1S9TA 4ELQA 1MQHA 1RKMA 1US5A 3RTWB 4BDOA 4ZZAA 2LAOA 3U94A 3SESA 2B4LA 5DVFA 1IXCA 2F78A 2RF1A 3RN8A 1EU8A 3A3UA 2IA4A 1AL3A 4X1DA 5H8FA 5I2KB 2QS1A 5I59B 3SETA 1B3LA 1TT1A 5DEXB 1M5DA 3H6TA 1UTBB 3IO6A 3O29A 2DSFA 4KI0E 3E3KA 4IO2A 4KYSA 2DXRA 2QRYA 1LB9A 3SKPA 4RK9A 1YTVA 4DXCA 1OQGA 5K2XA 5LOMA 1IXIA 2XD3A 1MM6A 3CFLA 2VP1A 4HW8A 3JZJA 3LSFB 2F5XA 4R2BA 1N76A 1MPDA 1FTLA 3IOTA 2PMSA 4I62A 4LVQA 3C36A 4NEDA 2UVJA 4RY1A 4EF1A 1LFIA 1MXYA 4MH5A 3UA8A 3S4UA 4BLAA 5HPQA 4EF2A 3HV1A 2DP8A 2R6GE 3THIA 2DE4A 1UTHB 2RC8A 1PB7A 1MXZA 2DQVA 5AE4A 3CFZA 3PUYE 1P99A 4YB5A 3PGFA 3S2VA 4NMYA 3OD7A 4FEDA 3PPRA 4KYDA 4NF6A 1MH3A 2O68A 3ONMA 3KN7A 4ZEIA 3RUMA 5L9SA 3CSBA 1QW0A 1SDXA 1VFDA 5I2NB 4LQ2A 2AL5A 3KJTA 4YMBA 3CG1A 5TPAB 1MY2A 2AL4A 1LB8A 3A09A 2NUVA 3FJ7A 4BDMA 4POXA 3QIMA 1MRPA 2XXYA 4FJPA 4NF5A 4NF4A 2UYEA 1QUJA 3N5LA 2B65A 2RKMA 2DWJA 5ITPA 1NNTA 3VVFA 4MBPA 4ZE8A 2O7UA 2P0SA 5IKBA 3PPOA 3B6QA 1I69A 3FVKA 3KOSA 4JWXA 1ZKBA 1JNFA 5B7DA 4G68B 5HBCA 1JVXA 5AA2A 1XOCA 2V25A 4ELRA 2A5TB 3O6IA 4WXJA 1IITA 3KBRA 1MQIA 3QK6A 3SEVA 4EQBA 3CI8A 2H98A 1ELJA 3LVUA 3OSQA 3OO6A 4LZ7A 1FQDA 3BKIB 2Y7IA 5H8QB 3FV1A 2Q2AA 2WOPA 3IOVA 3PMVA 1CB6A 1P1WA 2F7BA 4PFTA 4OESA 4X1BA 2PYYA 1GTKA 4HCWA 1R6ZA 3IB1A 1MQDA 2B3BA 4F3PA 5FHMA 4TQUQ 3VLVA 3FZVA 1AOVA 5H8HA 2F8DA 4U1OA 4MF3A 5DVIA 1IEJA 3UN6A 1B32A 4LATA 5TP9A 4R2FA 2D3IA 3PD9A 1FQCA 4R73A 1MG1A 4XTCQ 2QSXA 4HTGA 3V83A 2HCAA 5ICTA 4GFRA 2QMWA 3QUFA 3ODBA 3PUWE 2Y7PA 3WAEA 2ZYOA 1FW0A 3ZKKA 3FVOA 1H76A 3W9WA 3TTMA 3DRKA 3PUZE 1P1NA 5CMMA 5I56A 4RPOA 5CI5A 4G2ZA 3FXQA 4ZECA 3RY3A 1TWYA 4I9DA 1FTJA 1ZBMA 2R71A 3TQLA 3OENA 2REGA 3OO9A 1B1HA 5TU0A 4F18A 1Y3QA 3FV2A 3FUZA 4TOZA 3T22A 3N6UA 3CIJA 5AA2D 1NKXA 5J1DA 3PUXE 4U22A 2XXRA 1USYH 5DTBA 4WEPA 3TUSA 2Z8EA 3O28A 2VD3A 2I6EA 3CSGA 3Q27A 1Q35A 1LAFE 3K6WA 3USDA 4U23A 4F3SA 4GQOA 1PEBA 2H99A 1GR2A 4EXLA 1XVYA 3IJXB 5CBSA 4G4PA 4DE8A 3T9HB 1YPNA 2PX1A 2Y7RA 4Q5TA 2RCBA 3VLUA 5I58B 4OFOA 4R75A 2VD2A 2H9BA 3ZS6A 2I4BA 3FGSA 4OWDA 3GZGA 4NF8A 2Q2CA 4NE4A 3FJGA 1NFTA 3HHFA 2O84X 3Q26A 4QFPA 2THIA 4P0GA 2RCAA 2REJA 3EQ1A 1SW4A 3MC2A 3IL1B 4ELOA 3MW0A 4LP2B 3PUVE 1J1NA 3KGCA 2XXQA 4AB6A 4ZDMA 3H6WA 2X7PA 4RPNA 5ISUA 3IOUA 1B7UA 4P11A 2IEEA 3S9NC 1VE4A 3S9EA 1DTZA 5F7VA 1B5JA 4KR5A 1B3GA 3K01A 1DOTA 1SW1A 5KDTB 4G68A 3K1NA 1ATGA 1B5HA 1LSTA 1ZTYA 2V93A 4G8MA 3MQ9A 2X26A 2DOJA 4R6HA 1OIBA 3GLBA 4ZEDA 4LUBA 4FATA 1FTOA 4RJZA 4Q0CA 3KEIA 3RYBA 1WODA 4GL0A 4F3GA 1MM7A 4OFLA 2UYFA 1A54A 2A5SA 1N7WA 4GXAA 4IO7A 4OENA 3HO7A 4JBZA 1FQAA 3PMWA 3MVXA 4EDPA 2GHBA 3SEXA 3TDJA 4IO4A 3S9LC 3RYAA 4KQPA 2OWSA 2O51A 3ZSFA 5AA4A 1BLFA 4F31B 3LBSA 4QSCA 2XXHA 3FVGA 4BDQA 3PD8A 4U4SA 3M8UA 2WOLA 3S9MC 4DIGA 3MBPA 4U2RA 2Y7WA 1JQFA 4PFYA 4F1YA 2HZKA 3KG2A 2W7YA 2DWAA 3DRJA 2VHAA 2AIXA 1LFHA 1URSA 1POY1 2ONRA 3GXAA 3RQTA 3HN0A 2ZNSA 3TPAA 3MVZA 3QAXA 3EHSA 1ANFA 3SEYA 5EHSA 3IX1A 2XXPA 5H8SA 4F19A 4Q8RA 1HSLA 2ONSA 4R74A 3T66A 4H5GA 1SQYA 3G7WA 4GLIA 4PP0A 1R9LA 1H45A 1A99A 5A5XB 3V8XB 2E0SA 3EHUA 4IO6A 3GBBA 1DPPA 2ZNTA 4OHNA 1B05A 4QSEA 3TMGA 3N6TA 1LAHE 1BTJA 1T0KA 1M5CA 2GH9A 1RYXA 1URGA 1B3FA 4R9GA 2H4IA 3DRHA 1O7TA 1Y3NA 1R1NA 1MH4A 4JDFA 1B40A 2H25A 4YZZA 5ITOA 3FASA 1MY3A 2FA7A 4OVJA 3PAMA 2XX8A 3M3LA 2G93A 1B4ZA 1B2HA 1MS7A 3MVWA 1TFAA 4H6DA 2XXVA 4NTLA 2WOKA 2ZMBA 4GXSB 2HQ0A 2UXAA 2XD2A 1DMBA 3O97A 1L5TA 1LLSA 3FXUA 4E0WA 5M2VA 3TODA 4TLMB 3OMBA 4O3CA 4QHQA 4GWOA 3I5OA 1LBBA 1IXGA 3H6VA 5CBRA 1R9QA 2F34A 3UGWA 3OO7A 5JTYB 2QS2A 5DVJA 1OVTA 3F11A 1KWHA 2KLFA 2Y84A 1M5FA 4KHZE 1A40A 3KN3A 3FVNA 1XC1A 4XKNA 1FCKA 3KZGA 2QJEA 4Q30B 5H8NA 1N04A 2ESNA 2DVZA 4P0IA 2HZLA 4I1DA 3Q25A 4AB5A 4PQJA 1ZMGA 3T93B 5I84A 3OOAA 1P1OA 4NWDA 5F1QA 4QFLA 3MP8A 2DE2A 2I49A 3O9PA 4K3FA 4RXLA 4F2OA 1DSNA 1ZLQA 3U72A 1A55A 3PPNA 5BWJA 3Q28A 1UIVA 2GHAA 5B70A 5KCJA 4GIZA 2BJJX 1MXUA 1SW5A 4H8JA 1BKAA 1NNPA 3C9HA 4M4GA 4LZ5A 2YPNA 1JW5A 2ABHA 4C1TA 3RGYA 4XIGQ 2F7CA 3H7MA 3SDFA 4BDLA 3LC8A 4IY6A 3FATA 4R72A 4YU0A 3U8QA 1B3EA 1IUDA 2F6PA 2UVIA 1YAEA 3LUYA 4C1UA 5L9OA 3G3GA 2ANJA 5I57B 3W15C 1Z7ME 2F35A 4YB6A 1Y1ZA 4OMBA 1AIVA 3FTOA 1EH3A 3MVYA 1FQEA 3OSRA 5JEIA 5I2KA 1WVJA 5I59A 3N94A 1VFEA 5KZTA 5DEXA 2OBGA 3I3VA 1UTBA 3K6VA 3U1OA 1D9YA 3BBRA 3HPIA 1EZOA 3O66A 4OXVA 3ILTB 3OELA 3VXBA 3P7IA 4F1UA 1B5IA 5H8FB 1B7HA 3E4RA 4KCCA 3VFJA 3IAZA 3BFUA 1IZ1A 1B3HA 3SEWA 4XKPA 4H5FA 5HM4B 2RINA 4JB7A 3WAFA 3EPEA 4OFJA 1QKBA 5IAIA 4H65A 4F2QA 3MZ9A 4R6KA 3SEUA 1B9JA 1A8FA 1LFGA 1OQHA 1FTKA 3TEPA 5ELVA 1JEVA 4XKRA 3D4GA 4JWOA 3VXCA 1MY4A 1MDP1 3KOTA 5DT6A 1B46A 2Q9TA 3C32A 4PFUA 5K2YA 3QXMA 1UTHA 2V84A 3PPPA 3PU5A 3MJNA 4IGRA 3K00A 3R6UA 2D5WA 5CRYA 3U93A 1VR5A 3K2DA 4MFIA 3B6TA 1JW1A 3MPLA 4DCXA 3TTLA 1IIWA 3QSLA 2V3UA 2O7IA 2CMOA 1RYOA 2I3WA 1M5EA 3IB0A 3C35A 2HAVA 4JSDA 2OJTA 5I2NA 4DLDA 3G3IA 4ND9A 5TPAA 1GGGA 1FQBA 2HAUA 4NF6B 3G3KA 2H5YA 1WDNA 2D21A 1NH7A 1URDA 3A3CA 3OXNA 2NWJA 4Z0IA 2RC7A 1OLAA 3OO8A 1NNKA 4H67A 1UQWA 4GVOA 3MWBA 2AYSA 3JV9A 4YKKA 3T9XB 4POWA 2I48A 3DP4A 3RT6B 3L6GA 1SBPA 2XXWA 3HCQA 3IOWA 2X7QA 4X9TA 4QSDA 2ALUA 4NF5B 4NF4B 1B7ZA 4FIMA 4QFOA 3T9UA 2A5TA 3TTRA 1IQ7A 4F3BA 1B52A 4QFNA 1PDAA 3C4MA 4N13A 1SI0A 1TFDA 3UORA 2UVGA 4YAHX 2ZNUA 5AA2B 1EZ9A 3IR1A 2Z8FA 5H8QA 5JK4A 1PBPA 3R26A 4H8IA 1P1QA 3MZ1A 4XKQA 3TZAA 3C31A 2F6GA 5I57A 4FORA 2XXXA 3W9VA 1N0TA 1JETA 3C33A 4O3BA 4U4XA 1PB9A 1US4A 4NWCA 4ZZEA 3VE1B 3BFTA 1LGBC 3L6HA 3K4UA 3KFMA 1H44A 3ZKLA 1N3WA 5EYFA 5CMKA 3CFXA 3JYRA 3CHGA 4G68C 5CMCA 1MXVA 5FTHA 3PMXA 2Z23A 4LZ8A 4PFWA 3ILUB 3EHTA 4YKPA 1DPEA 5H8HB 1FQFA 1QULA 5FHNA 3K6UA 3V89B 4HS7A 3MUQA 5TP9B 1USYE 4WEDA 1LAGE 4LQ5A 4JSOA 3VVEA 2XHDA 2DE3A 4YKIA 4Z7EA 3DLNA 5FHOA 2Z8DA 1JW4A 4DDDA 3M3FA 2YLNA 4E0XA 4EQ9A 4U1ZA 2ZXTA 1HSEA 4I8CA 4ZEBA 2NOOA 4RK2A 4O3AA 2VOZA 4KD5A 3AXFA 5I56B 1CE2A 2I4CA 4ONYA 4YKJA 3RLFE 4M1VA 1MPBA 1VSOA 2B4MA 3H03A 1LAXA 3D4CA 3PPQA 2F36A 1Y4CA 4U21A 4ZS9A 4ECFA 3SERA 1POTA 3FXRA 4PETA 1I6AA 2DWIA 1QUIA 1DTGA 3HSTA 3FJMA 2PVUA 2DYXA 4BDRA 1SI1A 3IJOB 4PE5B 5I58A 1NMUA 4R9FA 5DYHA 2HFBA 3OEMA 3B6WA 4THIA 3DP6A 2ONKE 3MP6A 4EXKA 4OERA 3C34A 1A8EA 1F9BA 1MXXA 4F22A 1MY0A 4G8HA 4DZ1A 4ESXA 3IORA 2V3QA 2OZZA 4QF9A 2XXUA 5L9MA 3EN3A 4YMAA 2XX7A 4NF8B 3K0VA 3UK4A 4IO3A 4OTEA 2NXOA 3RT8A 3H06B 3R7XA 3TFLA 5FTIA 3N26A 2ZYMA 3IB2A 4F39A 2FYIA 3TELA 4GRKA 5KDTA 1S50A 3O6GA 1B51A 2Y7KA 2B3FA 1MY1A 1HSJA 1LCTA 1OLCA 2GFEA 3CR9A 3LSXA 3CRBA 1BIYA 1Y1MA 3GBAA 1MQGA 4YB7A 4GF8A 3DRGA 1I6QA 1A7LA 2QS4A 4DCYA 2O1MA 3HHGA 2F97A 1EZPA 4DXBA 1B1XA 4OEVA 3QUJA 4ESWA 3H4ZA 2I3VA 3VLWA 1H3DA 4IB2A 3MAMA 3RTFB 2O69A 3KJ7A 1TXFA 4L17A 4ZEFA 4KFQA 1ZJLA 2G29A 4MLQA 4OZ9A 4F29A 1O63A 1D9VA 3DELB 2NVUB 4OQOA 2M8CA 1B6HA 1N7XA 2F7AA 3VDFA 4H0WA 2QL3A 4FAJA 3DRIA 1XT8A 4OETA 4H1XA 2DXYA 2OK2A 2QPQA 3Q29A 3KN8A 2OLBA 5AA4B 3LSWA 3TAJA 4RNSA 3K6XA 1II5A 2GRVA 1D4NA 3K1MA 4OYVA 2QS3A 2HXWA 3UIFA 4GOTA 4GD5A 3RPWA 2R9JA 1Y3PA 3H3GA 3U92A 4JXIA 4F1VA 1MPCA 3CVGA 1XS5A 4BDNA 1PB8A 2OCUA 5A5XA 2ZYKA 3T96B 3FD3A 1IXHA 3TCHA 1Y20A 1NNFA 1Q1KA 1BP5A 5ICQA 2XXTA 2HEUA 3IK6B 4ZE9A 2FNCA 1QUKA 4RYAA 4ZEKA 3KSXA 1P1UA 4AQ4A 5CC2A 4LA9A 3MZBA 3K02A 2DVCA 5AA1A 4ISUA 1Y9UA 1JVYA 3LSLA 1XHYA 1SD3A 1B58A 1ZIUA 4RA1A 3O2AA 1SYHA 3MP1A 1YCJA 3DRFA 3MPKA 1GV8A 2UVHA 3TCFA 1QKAA 2Q8JA 1H43A 3FIRA 2PBWA 4KYEA 2XXIA 1I6BA 1N84A 3PV0E 1D3KA 4WKMA 3O6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IO4A 2WBDA 3TTKA 1MQJA 3OEKA 2DS9A 3K1PA 4OVPA 2YJPA 5BUUA 2Z22A 4OEUA 3T9VA 1LCFA 2O6AA 4FEBA 2VT5A 1FPGA 1SYIA 2P1SA 3DP8A 2O1LA 1XVXA 1NH8A 1Y4TA 1QVSA 2I58A 2Q88A 1GVCA 2PFZA 3UP9A 1NV6A 4KCDA 1FTMA 4I3EA 4G8NA 3H6UA 2VPOA 5F24A 4IY5A 1B0HA 2Q74A 3G3FA 3RNNA 5JTYA 1AH5A 1B4HA 3VV5A 2E1SA 2QVVA 4MLVA 5CMBA 3TYHA 4ELPA 2FIXA 1S7YA 2OWTA 4N6PA 2Y5KA 1EYKA 5I7IA 3V5AA 3TCGA 4PDDA 1M5BA 1MDQA 5AA3A 1NL5A 1AMFA 3LUZA 4LONB 4LN5A 4TLLB 3E9XA 1FPIA 4FE8A 1FBGA 3SZPA 4QFKA 4YICA 3RYDA 4R6YA 1ZU0A 4UA8A 3LR1A 1N3XA 4X48A 2DWHA 2ZYNA 2PT1A 1LBCA 3I6VA 3DM0A 2RC9A 4C0RA 5H8NB 3G3JA 1FBEA 4JWYA 3KSJA 2VGQA 1SW2A 5CM6A 4FECA 3ECRA 4EUOA 1UIUA 2QMXA 1JEUA 4G77A 1PC3A 4QRZA 2Q89A 2V3TA 4IGTA 2I0BA 1OMPA 1IMEA 2PT2A 3TQWA 3B7DA 4N6DA 2I0CA 4X8RA 3CG3A 4HCYA 5KCJB 4P47A 3TKDA 4O94A 3QYTA 4KPTA 4XXUA 1SVXB 3TTNA 1EYJA 3M3KA 3E13X 1B0LA 5L8DA 1MXWA 1QJMA 5EHMA 2CZLA 4UACA 1OVBA 2XX9A 1Z7NE 3VVDA 4DXUA 4GL8A 4H46A 1PBQA 3O6PA 4N07A 3EF7A 4EQ7A 5LDZA 3G3HA 2P2AA 4IO5A 1O64A 2WKYA 1FBPA 1S9TA 4ELQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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