The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
264
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structure length |
264
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Chain Sequence |
SAAEQVNKTIIGIDPGSGIMSLTDKAMKDYDLNDWTLISASSAAMTATLKKSYDRKKPIIITGWTPHWMFSRYKLKYLDDPKQSYGSAEEIHTITRKGFSKEQPNAAKLLSQFKWTQDEMGEIMIKVEEGEKPAKVAAEYVNKHKDQIAEWTKGVQKVKGDKINLAYVAWDSEIASTNVIGKVLEDLGYEVTLTQVEAGPMWTAIATGSADASLSAWLPNTHKAYAAKYKGKYDDIGTSMTGVKMGLVVPQYMKNVNSIEDLKK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular Determinants for Substrate Specificity of the Ligand-binding Protein OpuAC from Bacillus subtilis for the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Bacillus subtilis
|
| molecule keywords |
Glycine betaine-binding protein
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| total genus |
87
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| structure length |
264
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| sequence length |
264
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-09-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04069 | OpuAC | Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Dipeptide-binding Protein; domain 3 | Dipeptide-binding Protein; Domain 3 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RQT A; 1B4Z A; 5F1Q A; 1UIU A; 1XOC A; 3DRI A; 1B7H A; 4JSO A; 1B58 A; 4I9D A; 1B32 A; 2WOK A; 3RYB A; 1ZLQ A; 3I5O A; 1DPP A; 1QKA A; 4OES A; 4PFY A; 1ZTY A; 3PAM A; 2WOL A; 3T66 A; 1B0H A; 1JEU A; 4XKQ A; 1B9J A; 5ICQ A; 4QFO A; 4ZED A; 4GL8 A; 4DCY A; 3MVW A; 4ONY A; 4GFR A; 3MZ9 A; 1B6H A; 4I8C A; 3MZB A; 1B2H A; 4OEV A; 4OEU A; 1VR5 A; 2NOO A; 3CHG A; 2D5W A; 3QIM A; 1UIV A; 1OLA A; 4ZE9 A; 3DRH A; 4TOZ A; 3LVU A; 4QFP A; 2WOP A; 2OLB A; 4XKN A; 3TCH A; 3RYA A; 4XKP A; 1B4H A; 1B5J A; 4FAJ A; 2GRV A; 3DRJ A; 3M8U A; 1JEV A; 1OLC A; 4PFW A; 2B4M A; 3ZS6 A; 2RKM A; 3MVZ A; 5ISU A; 3MW0 A; 1B5I A; 4PFU A; 1QKB A; 3DP8 A; 4ZEC A; 1B3L A; 4OET A; 4PFT A; 3RY3 A; 2B4L A; 4OFO A; 5HM4 B; 4GF8 A; 4ZEB A; 1B3F A; 1RKM A; 3O6P A; 3TPA A; 1ZU0 A; 4QFK A; 1B5H A; 2O7I A; 4WED A; 4RA1 A; 4OFJ A; 1B3H A; 1DPE A; 3O9P A; 3FTO A; 4QFL A; 1B46 A; 4DCX A; 3TCG A; 2Z23 A; 4OER A; 3E3K A; 4OFL A; 1B52 A; 4JSD A; 3MVX A; 1B3G A; 3DRK A; 1UQW A; 3MVY A; 1B40 A; 4ZEI A; 5KZT A; 1B1H A; 1JET A; 4QFN A; 4XKR A; 3TCF A; 5L8D A; 3DRF A; 4ZEK A; 1B05 A; 1B51 A; 4ZE8 A; 3DRG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GV8 A; 1BKA A; 3C36 A; 1ATG A; 1PDA A; 5H8F A; 1B58 A; 2QJE A; 4IGT A; 4UAB A; 4F19 A; 3B6Q A; 3FUZ A; 4LAT A; 1Y4C A; 5CBR A; 2HZL A; 4MLQ A; 4ZEF A; 3PUW E; 1B0H A; 1N84 A; 2QVU A; 2VPO A; 4Q5T A; 4TLM B; 2PCR A; 4ELQ A; 3S9N C; 4G8M A; 4ZED A; 3UN6 A; 3OXN A; 3UP9 A; 1DCU A; 1TFA A; 1A99 A; 4LZ7 A; 1B7U A; 3K1P A; 4GX3 A; 4UAC A; 1UIV A; 4QSC A; 3SEU A; 3SEV A; 4G68 B; 4U21 A; 1MY2 A; 1LAH E; 4ZZE A; 1K9Z A; 2ZMB A; 3OO7 A; 1LBC A; 3MW0 A; 1P1Q A; 3HCQ A; 2REJ A; 3MP1 A; 4PF8 A; 4PFR A; 3GYY A; 4OVR A; 3BFT A; 4HS7 A; 3PUV E; 3O6P A; 3LUZ A; 1B1X A; 2Y7W A; 4YMB A; 3TKD A; 1FTK A; 4KYE A; 1LGB C; 3PPP A; 1FJ6 A; 4XFE A; 3LSX A; 3QUF A; 5IAI A; 1FBD A; 1A55 A; 2QS3 A; 3T93 B; 3RGY A; 1NV5 A; 1GTK A; 4OER A; 1LFH A; 4P0G A; 2RIN A; 1FTJ A; 5EQ9 A; 4FEC A; 2VP1 A; 4LQ2 A; 4U23 A; 4P1L A; 4GWW A; 4GL0 A; 3K6W A; 3TYH A; 4X04 A; 3Q28 A; 3K6X A; 1M5B A; 3PPQ A; 1POY 1; 5F1Q A; 1FPJ A; 1EYI A; 2P2A A; 4G8N A; 1NI9 A; 4QF9 A; 3WAE A; 1YXI A; 5HPQ A; 1QUJ A; 4PFY A; 3PAM A; 4MHF A; 4PDD A; 3IB2 A; 5ICQ A; 3PV0 E; 1MPB A; 3SEW A; 2VD2 A; 4R6Y A; 3IB1 A; 1A54 A; 2ZYO A; 1EZ9 A; 1MXV A; 3S2V A; 4N15 A; 2O51 A; 3B6W A; 1NUW A; 5DYH A; 3CR9 A; 4FOR A; 1JW4 A; 4IY5 A; 3E78 A; 3EN3 A; 5DVJ A; 1OVB A; 4NF0 A; 2VD3 A; 4TOZ A; 5H8H B; 3BKI B; 3QSL A; 4H8I A; 2QL3 A; 4AQ4 A; 3C4M A; 3TTM A; 4U4X A; 2BJI A; 1EZP A; 2UXA A; 4MFI A; 4F2Q A; 1ANF A; 4F31 B; 2THI A; 1IXH A; 1B3L A; 2ZNS A; 4FAT A; 2VOZ A; 5HM4 B; 2F6G A; 3LUY A; 4LP2 B; 3N26 A; 3E13 X; 1S50 A; 4R6H A; 3M3K A; 1M5C A; 2RC8 A; 2XXY A; 4N4U A; 2F8D A; 4R2B A; 1EU8 A; 1MS7 A; 4HE1 A; 4RA1 A; 4N6D A; 4U4S A; 3OSQ A; 4IO6 A; 4PP0 A; 5ITP A; 3TAJ A; 4G2Z A; 1IXC A; 1NL5 A; 4IO7 A; 4OFL A; 1PB9 A; 4N07 A; 1LCF A; 4LA9 A; 1LBZ A; 3VLW A; 4JWY A; 1URD A; 3ECR A; 4YB7 A; 4ZEK A; 2XX7 A; 1I69 A; 3TTN A; 1MXX A; 3W9W A; 2DWJ A; 2NUV A; 1EZO A; 4G8H A; 3DM0 A; 2ONS A; 3HHG A; 3OSR A; 4XTC Q; 3RN8 A; 1D9Q A; 5A5L A; 2R9J A; 2VPN A; 1NV3 A; 2XXU A; 3OEL A; 3G3J A; 1Y3N A; 5FTH A; 3FAT A; 4I40 A; 1IZ1 A; 3T22 A; 4OEU A; 2D5W A; 4QXD A; 1UTB B; 3EQ1 A; 4PCD A; 4NAP A; 2I0C A; 3FVG A; 4I3E A; 3E79 A; 1SI0 A; 1NKX A; 4OVQ A; 4NTL A; 1N7X A; 4DZ1 A; 4MNI A; 1LBB A; 4LQ5 A; 3QK6 A; 4PFW A; 5I57 B; 4NE4 A; 3TQW A; 2F3D A; 5IM2 A; 2X7Q A; 1FPL A; 2WX9 A; 1O64 A; 4MNC A; 2ZZX A; 2CMO A; 4EDP A; 1B3F A; 2HCA A; 4GBV A; 4WED A; 3FIR A; 4PE3 A; 1F9B A; 1SPI A; 1OQH A; 4KD5 A; 3EHU A; 3K4U A; 2H9B A; 1LEV A; 3DRK A; 4EXK A; 5I5P A; 3I6V A; 3DLN A; 4O3B A; 1B05 A; 2B65 A; 3DRG A; 4GLI A; 1KZ8 A; 2DSF A; 1HSE A; 1B7H A; 3IOV A; 1USY E; 2WYP A; 3C33 A; 1B32 A; 2Q88 A; 2UYE A; 1POT A; 2I4B A; 4GQO A; 2QPQ A; 1Z7M E; 4DDD A; 3QYT A; 3THI A; 3TEL A; 3VVD A; 1ZTY A; 4YAH X; 2PX1 A; 3K2D A; 2XXK A; 5L9S A; 1PB8 A; 1WDN A; 4PFB A; 4KI0 E; 3FVO A; 1NV6 A; 3H06 B; 3CG1 A; 1MDP 1; 1S7Y A; 4LZ8 A; 5I59 B; 3IFC A; 4KXP A; 3OO8 A; 4PET A; 2H25 A; 2B3B A; 1FTM A; 4K3F A; 3TCH A; 2AL5 A; 3Q27 A; 2V25 A; 3U94 A; 1B5J A; 4F1V A; 5ICT A; 1AH5 A; 4DXB A; 3JZJ A; 3KBR A; 3WAF A; 2P3N A; 4OHN A; 4P8B A; 5I2K A; 4N6K A; 3DEL B; 3DP8 A; 4OZ9 A; 5DTB A; 4PGN A; 3KEI A; 3JYR A; 4R74 A; 1AMF A; 2QS4 A; 3M3F A; 1IMB A; 4GF8 A; 1OMP A; 3TOD A; 3GLB A; 4FJP A; 2MKZ A; 1A8E A; 1MY3 A; 3KSX A; 4EF2 A; 1PBP A; 4P47 A; 3TUS A; 2R6G E; 3P7I A; 1SW2 A; 4YIC A; 4IGR A; 2H4I A; 3C9H A; 3D4C A; 4ECF A; 5IKB A; 4IO4 A; 2AL4 A; 1QUL A; 1N3W A; 2D21 A; 5L8D A; 1S9T A; 1SW4 A; 1ELJ A; 2O1L A; 4NWC A; 4GD5 A; 4HE2 A; 2DVC A; 3B7D A; 2F6P A; 2E1S A; 1B4Z A; 4GIZ A; 1BLF A; 4JSO A; 2OWS A; 5H8N B; 3RYB A; 1AOV A; 4X8R A; 4ND9 A; 3UIF A; 2WOL A; 4HXV A; 4FE8 A; 1ZIU A; 1FTO A; 3K1N A; 5H8Q B; 3PD9 A; 2D3I A; 1MM6 A; 1GVC A; 2ANJ A; 2F7A A; 5DT6 A; 5L9M A; 2ZXT A; 4NMY A; 2KLF A; 1B7Z A; 2DE4 A; 3CI8 A; 3L6G A; 1IIW A; 2ONR A; 4OWD A; 2RCB A; 2XWK A; 2L5V A; 2QS2 A; 3ROJ A; 1SW1 A; 1NUX A; 2B4M A; 3OOA A; 3ZS6 A; 3MVZ A; 5DVI A; 4N17 A; 5CC2 A; 1RYX A; 4MAG A; 5FHN A; 1NFT A; 1WVJ A; 2F36 A; 2F5X A; 4AS5 A; 3CFZ A; 1LLS A; 4F29 A; 1VDW A; 4GXA A; 4DCX A; 3E3K A; 3SET A; 3IOW A; 3KC1 A; 2YJP A; 4R72 A; 4OYV A; 1L5T A; 3VLU A; 2XA5 A; 4QFN A; 3T0J A; 4HCW A; 4ELO A; 4RPO A; 5LDZ A; 1NH7 A; 2DS9 A; 3FJG A; 3MZ1 A; 1NH8 A; 1XVY A; 5LOM A; 1ZLQ A; 1I6Q A; 5I57 A; 4H6D A; 3MST A; 2YPN A; 2UVJ A; 2UVH A; 4O7M A; 1B9J A; 2KR0 A; 2NXO A; 5AA4 B; 4JDF A; 1M5D A; 4TLL B; 4BDN A; 3C34 A; 1ZKB A; 1B6H A; 1H43 A; 4X48 A; 3MZB A; 4R6K A; 2XWO A; 1AIV A; 4MJO A; 3HPI A; 4ZZA A; 4H45 A; 3SEY A; 1SI1 A; 1JVX A; 4MMP A; 4OVP A; 4QFP A; 3IB0 A; 1LBV A; 4FEB A; 1OLC A; 5KDT B; 4KCC A; 3E4R A; 3BIG A; 2Y5L A; 1URG A; 1H44 A; 2JJK A; 4OFO A; 3HO7 A; 3LR1 A; 4NED A; 5EHS A; 5EQ7 A; 1NMU A; 4DI3 D; 1JVY A; 3U93 A; 1XC1 A; 5EYG A; 4OEN A; 5CMB A; 4DI4 B; 1FQF A; 5AE4 A; 3H7M A; 1B46 A; 2XXH A; 4P3L A; 1B52 A; 2REG A; 3U92 A; 2BJJ X; 5I59 A; 3TMG A; 3CVG A; 4ZEI A; 2PT1 A; 2RC7 A; 4NF6 B; 1D9V A; 2IA4 A; 3EF7 A; 4NF8 B; 1NV1 A; 1UIU A; 3SEX A; 3MUQ A; 2ZYM A; 2Y7P A; 4FBP A; 2WOK A; 1CE2 A; 2XXT A; 4AS4 A; 3IK6 B; 3V8X B; 1AWB A; 3O6G A; 1NV0 A; 2CZH A; 2VGQ A; 5ESY A; 4YKJ A; 3VV5 A; 1JP4 A; 3IJX B; 1A8F A; 3O29 A; 2RCA A; 2ESN A; 5M2V A; 3VDF A; 2O68 A; 5H8S A; 3MBP A; 5EHM A; 4IO5 A; 1PBQ A; 4JVI A; 2DE2 A; 5CRY A; 5I2K B; 3RUM A; 1FBC A; 1P1O A; 3MZ9 A; 2PMS A; 3G3I A; 4OEV A; 1MXU A; 1SYH A; 3FVK A; 3IOU A; 1JQF A; 1P1N A; 2ZZV A; 1OLA A; 1K9Y A; 3DRH A; 4ESW A; 5EYF A; 1NNF A; 4FIM A; 1PC3 A; 1Y3Q A; 5J1D A; 1WOD A; 2DXR A; 1T0K A; 5JEI A; 1B5I A; 1QKB A; 2G29 A; 4MIJ A; 2I0B A; 4MBP A; 1FBG A; 5H8N A; 2ZYK A; 5ET5 A; 3MAM A; 1P1W A; 4KFQ A; 3ONM A; 1QJM A; 2O7I A; 1PB7 A; 3DP6 A; 2F7C A; 2GHB A; 4QBA A; 3T96 B; 3O28 A; 2HPG A; 2O69 A; 5H8Q A; 2XWV A; 2Y7R A; 4G61 A; 5JTY B; 2FNC A; 3TCG A; 1M5F A; 4GWX A; 3CFX A; 1FPD A; 3R26 A; 1B3G A; 3MVY A; 1B40 A; 3W15 C; 1SYI A; 5KZT A; 4KPT A; 1IXI A; 2XXP A; 4Q0C A; 1MXY A; 4EUO A; 1ZBM A; 3H4Z A; 2XXI A; 4OTE A; 4U2R A; 5AA3 A; 3T1B A; 1N0T A; 1QKA A; 1G0I A; 2R8T A; 1LFG A; 4QFO A; 1BTJ A; 2RC9 A; 1XVX A; 2VHA A; 4C1U A; 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