2JADA

Yellow fluorescent protein - glutaredoxin fusion protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
351
structure length
346
Chain Sequence
SKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFIVTTGKLPVPWPTLVTTFLQCFARYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHCVYIVADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLCYQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMHELYKSGSGMVSQETIKHVKDLIAENEIFVASKTYCPYSHAALNTLFEKLKVPRSKVLVLQLNDMKEGADIQAALYEINGQRTVPNIYINGKHIGGNDDLQELRETGELEELLEPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of Glutaredoxin Grx1P C30S Mutant from Yeast.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YELLOW FLUORESCENT PROTEIN GLUTAREDOXIN FUSION PROTEIN
molecule tags Electron transport
source organism Aequorea victoria
total genus 98
structure length 346
sequence length 351
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
A PF01353 GFP Green fluorescent protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.155.10 Mainly Beta Beta Barrel Green Fluorescent Protein Green fluorescent protein 2jadA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2jadA02
4WBJA 4DXNA 1B9CA 1ZGQA 1HYUA 5EXCI 1OC9B 4W6AA 4NPBA 2X64A 3DQ6A 2LS5A 4W6OA 1H6RA 1X5EA 3ZLPA 5HZUA 2I4AA 2X8GA 2YV7A 3UFZA 5ID2B 2N5AA 4KAGA 2DDCA 4NHZA 5HW9A 4W74A 3DQJA 4PPJA 5CAXA 3C7MA 1HNBA 3D5JA 3QAGA 2HRSA 4J89A 4KEXA 4W7XA 4K1FA 1T4ZA 3WT1A 4W6UA 2VM1A 3SSHA 2C3TA 4Q9XA 4ZINA 4W6HA 1B4PA 2FCHA 2MZCA 3LGCA 4PQIA 3BCIA 2I1UA 5F8BA 4KA9A 5KN0A 4ZB9A 1Z9HA 4IP1A 3EVUA 4YQUA 1GSQA 1RRXA 4ZF5A 5D8IA 3C8EA 4IJ3A 3SVCA 2G3OA 1G6YA 3ZRDA 1RMMA 2QLHA 3ST0A 4KNDA 3SS0A 4JEOA 2VIMA 4HDEA 2HPWA 4W6BA 2H5QA 4DSQA 3TUEA 1GTAA 1T00A 1GNEA 3TKPA 2JADA 1FG4A 3I19A 4HZ2A 5DDLA 3WGDA 2MBSA 4Q5FA 1EWXA 2YP6A 4PXOA 2WHUA 3ZVJD 1BYEA 4N10A 5ENUA 3NZNA 1YJ2A 4MJEA 3KEBA 1Z1PA 1DE2A 2L57A 2CVBA 1GSEA 1B9YC 5DBQA 3ZITA 2C0GA 1XWAA 1OXEA 2HYXA 1SK2A 3M0FA 1EMCA 3AY8A 17GSA 1AQVA 4HEA2 3VK9A 3A5WA 3ZTFA 4TXOB 5IMAA 3GL5A 2L4QA 1U3IA 2EMOA 1Z3EA 3FEUA 4Q5RA 2LV3A 2X8CA 3KTBA 4F0CA 2PXWA 5ECKB 1CQHA 1EMLA 2KLXA 3E0UA 5HFGA 6GSYA 3MGFA 3SRYA 1EP8A 4LL1B 4EDSA 5ECHB 1QXHA 1YDKA 2R3XA 3GYKA 1I9DA 3DQCA 1GUKA 3QFBC 5DALA 2C9IA 4IK1A 4FYCA 5D9TA 2ZCTA 3CFAA 4Q9WA 2TIRA 2M46A 2VO4A 5ECSA 3VHTA 2M72A 3TDGA 3ZMKA 4ZXGA 3O78A 2QSIA 5F07A 2IMKA 1VF1A 4ZILA 5EHUA 2H30A 3CFFA 1GTBA 1H4UA 1O6JA 2F51A 4ZB6A 4TOPA 5DCGA 4WXTA 3EVPA 1V57A 1PQNA 2FL1A 3QPMA 1V58A 4DSRA 1RQMA 4K7OA 4GTUA 4ZIJA 1BG5A 4W7RA 3V1WA 4POKA 3SVEA 2FD3A 5HZTA 4BVYA 2V4EA 1A23A 3TJBA 1T8EB 2P31A 4ID0A 1XZOA 2OE0A 4WR5A 3FRCA 5KN2A 1MTCA 2QZ0A 3ZREA 4MK3A 2QU1A 3D4TA 4HI7A 2ZO6A 3SVSA 1H75A 2E7PA 1YEPA 3SSVA 3HVSA 3EK7A 2AAWA 3DQUA 2HZFA 5HFIA 3LYKA 2IMEA 3DKSA 1OAZA 4Q5QA 2CT6A 1RM9A 3L9SA 3D22A 4TZGA 3GL3A 3E5WA 5G2ZA 3UEMA 3SSYA 5JWOB 1AAZA 2GSTA 2Z6YA 4PPKA 4NV5A 2B3PA 3VI5A 1FVJA 3RPPA 3M22A 1G7OA 4ML6A 4F03A 4KA0A 3TMRA 1QYQA 4H48A 2YPMA 3QAVA 1YJFA 2QGVA 4EO3A 1EMEA 5HR0A 4AGSA 3AI5A 3V3DA 2H5OA 3EWLA 3M9KA 1JFUA 3P8UA 4BL7A 4DKNA 4JZQA 1BEDA 1ML6A 3EU4A 2C1YA 4TR4A 3CYNA 2H1AA 2P4MA 2DJ0A 4EL1A 4GCIA 2OJLA 1XFLA 2Z9SA 2WIQA 2GX2A 1SKWB 2EIOA 2YANA 1R4WA 1SJZA 3IDVA 3TRXA 3GIXA 2VCTA 3DWVA 4O5RA 4W6RA 22GSA 2VVJA 4ZF4A 3A2XA 3EVVA 1BQ7A 2XPDA 3F9UA 3RBTA 4AR7A 3HZ8A 1MEKA 1K0OA 1GUMA 1FHEA 1ZGNA 3VPTA 2HXKA 1GSFA 4XS1A 1TK5B 1T7PB 1O8WA 2PN8A 1N8JA 1FW1A 4L0UA 1LJRA 3KJYA 2B1LA 4U2VA 3GHAA 1GULA 5DQBA 3KCSA 3C1RA 4MH2A 2ZUPA 1EOHA 2R4VA 4GSNA 4HU7A 5DPGA 4I8BA 4K8MA 3A2VA 2RM5A 5FVIA 4DXMA 2CQ9A 3D0ZA 2AYTA 2C0EA 2V6KA 2LJAA 1XMZA 3C71A 4B30A 3LYPA 3CB9A 3EINA 3DQ8A 3PJ7A 5COHA 1GSYA 4V1Ap 4ECBA 2GQLA 2O2BA 3H8QA 4NAXA 4YAPA 2PPTA 3FY7A 6GSUA 4EUYA 5IOXA 3ZULA 3H1RA 3TJGA 3DQ7A 3MNGA 5JCWA 5CREA 2HSHA 3WD6A 3LF4B 2H9WA 4TR3A 2H0IA 3N5OA 3TMTA 2LTKA 3CRUA 2F9SA 3M24A 2HLSA 5DALB 4WF5A 5HR2A 1U87A 3MAKA 3WLDA 1YEXA 2IMDA 3S9FA 3ED3A 2HZEA 5A4WA 3CBUA 1W7SA 3CRTA 2K8VA 3VHTB 1WRYA 3CTGA 5AIXA 2KOKA 4FYUA 2H8QA 3KH9A 4GQCA 2OBKA 3ZZXA 1FB6A 2HQZA 1JBZA 4G2EA 4KSOA 1WP0A 4PX1A 1ZUXA 2G6YA 1F3AA 3IP2A 1PGTA 2IB5A 3DQ1A 2WDUA 3BD2A 5DJLA 1MDKA 3SG7A 2JACA 3HY2A 1XW6A 3MWHA 1ZCPA 3APSA 4N30A 1FAAA 2GW4B 1EMGA 4KUNA 3OGOA 1T1VA 3I9V2 4I2UA 2ON5A 4MF5A 1OE8A 3HD5A 1YZXA 4KW9A 3P90A 4IHUA 1SK1A 5C00A 2V4EB 4MABA 4MZCA 2AB6A 4E8EA 1NW2A 3DQFA 3TJJA 5AISA 4W75A 1W4VA 4KPIA 4HVFA 1Y25A 3IV4A 3FR3A 1EP7A 3VK1A 4OO5A 2LEGA 4MPGA 4PQ1A 4ZBBA 1B48A 4W6MA 1G6WA 1YHGA 2PBJA 3UIWA 1GLPA 2VCVA 1A0FA 2TRCP 3KCTA 4L5LA 3DQMA 1B8XA 1O73A 2MMAA 2AWMA 1MD4A 1A0RP 4Q5NA 4K0GA 4EKZA 4IP6A 1OYJA 2NTOA 11GSA 2N5FA 2OKAA 4EXJA 1TU8A 5HR3A 1DBYA 3C1SA 2OKYA 3SSPA 3O76A 4JF9A 1UN2A 4ZL7A 1SU9A 2GVPA 2H72A 3E5VA 3IPZA 1GTIA 5DRGA 5KTGA 3N9JA 1OKTA 3LS3A 4MCUA 4LQTA 4OHSA 2XBQA 2A56B 4MMMA 1Y6EA 4OCEA 4DSSA 3SG5A 3DQ5A 2GT6A 2C8UA 2J23A 1SKRB 2H1GA 1XW5A 3F8UA 2DUIA 3HZ4A 2ZMUA 18GSA 4AS8A 4GF0A 3ZMLA 1GSSA 2WHTA 4AJ7A 3E9JB 5BT0A 3G7JA 5F05A 2O85A 1EMAA 5C04A 4CDOA 4OJ0A 5F0GA 1O81A 1YHIA 3WGXA 2L5OA 3U6VA 3H79A 3CD9A 3E5TA 3APQA 2JSYA 2QLEA 4YQVA 5CRDA 3KIJA 4W73A 3FKFA 4PUAA 3EKJA 2FA8A 4OFTA 1JHBA 3IR4A 1PL1A 2I9HA 3D21A 1SD8A 4IJIA 4HOJA 1VGLA 2D2ZA 1XXUA 2K6VA 4IN0A 4RI6A 2YWMA 1QXTA 2VCXA 5KN1A 4N0VA 4KCAA 4G9HA 3ME8A 3SVBA 4B30B 2X99A 2REMA 1GL8A 3LEFA 2DIYA 3F63A 4OMVA 1YQ1A 3GKKA 4IK4A 4GOBA 4H47A 3AI4A 4KW4A 4OQWA 5IPGA 3OR5A 4V2LA 3RDWA 5DRFA 2OADA 2VL3A 3SVNA 1A8LA 1URMA 3M1GA 4W6TA 1PA3A 1ZZYA 4D73A 4XGYA 1R5PA 5DU0A 1DE1A 4EULA 3KXOA 3SSTA 4J57E 5D93A 2DD9A 1VRSD 3VFIA 3TGZA 4DXOA 3NT9A 3U0NA 5F9GA 1YZWA 1TTZA 2JZSA 1JLVA 2LRCA 3RAZA 1Q98A 1O8XA 2YCDA 4IK8A 3EKHA 2DDDA 1MDJA 2RM6A 1SL2B 2HZEB 1XWBA 3TOUA 5D96A 3LVDA 2A53B 2MMOA 4POMA 4IK3A 3TJFA 4WETA 4L12A 2HGDA 3IXRA 3DQHA 2GQKA 10GSA 2CZ3A 2VM2A 2HQKA 1R5AA 3H4KA 4L1IA 1ABAA 5G1LA 2VVIA 4JR4A 5DCHA 3NEZA 4WR4A 1SL1B 5FT3A 4J88A 1GSUA 2YN1A 3IOSA 2LSTA 3LSAA 3IC4A 2A2RA 1XWKA 2O89A 5EXUA 3KM6A 3ST3A 1WWJA 3ZL5A 5ECRB 1QK8A 1GGXA 2F8AA 4ZBLA 2Z6ZA 4DXQA 4OY4A 4KGIA 1M9BA 5B8AA 1XWCA 2JSZA 4LQUA 5FHVA 4W6SA 3Q74A 4KF4A 3UBKA 4MJBA 3BXAA 3BXCA 2ON7A 4MJAA 4MJCA 3DQ4A 5LTRA 2IFQA 2E0QA 1WPIA 4W6JA 3EVRA 8GSSA 5LNKe 2OKWA 3TOTA 5EB6A 1MOUA 1OE7A 2A52B 3FZAA 4OO4A 2VLUA 3SG6A 4H3NA 1BX9A 2CV4A 1ERVA 2B3SA 2WJUA 2VAEA 4ISDA 3LG6A 1GTUA 4XOWA 3GFKA 3D4MA 2Z1OA 3O77A 1KTEA 5EVOA 5AQBB 2H5PA 4KDXA 4H3LA 3UVTA 3QR6A 2VUPA 1YHHA 4IVFA 1XBSA 3TRQA 4TRXA 3IAM2 2WSNA 1K0MA 4ECJA 3F4TA 2VCQA 4MH3A 1YKAA 2YE1A 4ZIOA 1PL2A 1B4QA 3ZYWA 5HZSA 4DSSB 4W6GA 2POXA 2FHEA 6GSVA 3TKSA 3TCOA 2AJQB 3DQLA 3DQAA 1V9WA 3PJBA 3GEXA 2WSOA 3ZFBA 4W6KA 1ON4A 2C0DA 3GJ2A 1IYHA 1WE0A 3FW2A 3KGKA 4PUFC 1AUCA 5IOWA 2L5LA 3EK8A 1TU7A 1TK0B 2NBSA 4UTSA 2Y0GA 2CZ2A 3EURA 2HE3A 2DJ3A 2YZHA 6GSTA 3SBCA 5IPHA 1JZWA 5JCUA 3D6IA 1LU4A 2AWLA 1TJDA 1Z6NA 4KX4A 1HNAA 5GAND 5G5FA 3DQ3A 4ZL9A 3DIEA 1E2YA 5E4WA 1EGRA 3CGLA 4I6XA 1ZGPA 3ZTLA 1VF4A 4YQMA 5CYYA 2DUEA 1ZYEA 5IO0A 4KCEA 1GL4A 1OC3A 5EY6A 1R7HA 5CO3A 2ES7A 3HXSA 2G0FA 3UMAA 4BDUA 2R37A 2YZUA 2ZO7A 2FUG2 4OFMA 3KH7A 1Z7RA 1G7EA 4D73B 1SJIA 4BPYA 1JLWA 5FVFA 1G0TA 4POLA 5J5NA 4ULXA 2FWFA 1DSBA 5DVBA 3NT3A 1KP5A 5IMDA 3ADFA 5AN1A 2H1BA 3A2WA 1JC1A 2VADA 5DQSA 4EC0A 4XRDA 3U0LA 4JRRA 1KNGA 2O7KA 3U8PA 3SG3A 2O24A 3L9UA 1WIKA 2IN3A 2QRFA 2R6KA 1TXXA 3GKMA 3Q19A 1Q4CA 5DJMA 2WRTA 1K0CA 2OTEA 4FO5A 2YFPA 2RUEA 5G30A 5B6MA 4P3YB 3W8JA 2XBIA 1EMFA 3TRPA 4H86A 2WCIA 3HHVA 1M2BA 2M80A 3BBYA 3OSRA 3L78A 2IE2A 4ILFA 1JC0A 2L6DA 4W7EA 2EIRA 5DTXA 2C9JA 3GH9A 2VCZA 2L4CA 2G2QA 1X5CA 3VI7A 3GN3A 3RPNA 2BJXA 1PKWA 2C3QA 1I5GA 1O7UA 2IL3A 4N0ZA 1Z6MA 1MOVA 4GWRA 1QFNA 1N2AA 2IFQB 5G31A 1J0FA 5DQYA 4F9ZA 2WB9A 3U0KA 12GSA 2V41A 2FWQA 1ST9A 3QDNA 2G5ZB 4GRFA 4N3DA 4G19A 4V2NA 3UOMA 5E59A 1HCJA 4F2IA 4RQXA 5D73A 2G16B 4TXVA 2V4EC 4W6CA 2FNOA 5IMFA 5DPIA 2C80A 1YY7A 2KP2A 2CVDA 4LJCA 2XC2A 3Q18A 1EEJA 1M0UA 2DUGA 1AIUA 2C3NA 5DAKA 1QMVA 4TVEA 3K1KA 4FIWA 3LVCA 2YDZA 4W7FA 3GKNA 1K3OA 3QCPA 3UL3A 2H0GA 2H19A 2HFDA 5B7CA 2CA8A 2HRNA 4LL4B 3ZVJA 4JU5A 1F3BA 2DUFA 4XS4A 2G6EA 1CV7A 1AQXA 2C4JA 2LNTA 3DMLA 4FH8A 2PVOC 2VL2A 3A3TA 3F4RA 3M3MA 3DRNA 3LWAA 1BFPA 2H6XA 2LJRA 2LKUA 3WYWA 1CQGA 3VWWA 5B8BA 3GNJA 2DSAA 1FOVA 1V98A 1XOBA 1F6MC 1A8YA 2YV9A 5EXBA 1GH2A 3O6TA 4I5QA 4W7DA 5KEJA 3APOA 5ABRA 1KEBA 1GUHA 2LNSA 2G6XA 1S3AA 2YJ7A 4KW8A 2H71A 1QYOA 3CSIA 3LSZA 5CRWA 3VURA 5BQLA 3SSLA 3U0MA 1A2LA 1EOGA 4LA1A 3WGEA 3LVAA 1ZYQB 1DUGA 5JWQB 2DMLA 4HQCA 1JZRA 4OCFA 4L5OA 4CHSA 1YFPA 4ML1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5BTT B;  4V2M A;  2GS3 A;  4LJD C;  2TRX A;  1Z7P A;  3QOU A;  4YH2 A;  2EC4 A;  1TKD B;  1F2E A;  2BTJ A;  3IK7 A;  4ECC A;  2NPB A;  4HQZ A;  3PGT A;  4NWS A;  5DY6 A;  3HKR A;  4J8A A;  3BOA A;  3M9J A;  4TZA A;  5FVG A;  4BWS A;  2BTO T;  1EEM A;  3KTL A;  5J3R A;  2DIZ A;  2PER A;  4O32 A;  5INY A;  5DTY A;  3SG4 A;  3PH9 A;  3GUR A;  3LJR A;  4IEL A;  3HA9 A;  4EDZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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