2JADA

Yellow fluorescent protein - glutaredoxin fusion protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
351
structure length
346
Chain Sequence
SKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFIVTTGKLPVPWPTLVTTFLQCFARYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHCVYIVADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLCYQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMHELYKSGSGMVSQETIKHVKDLIAENEIFVASKTYCPYSHAALNTLFEKLKVPRSKVLVLQLNDMKEGADIQAALYEINGQRTVPNIYINGKHIGGNDDLQELRETGELEELLEPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Electron transport
source organism Aequorea victoria
publication title Structure of Glutaredoxin Grx1P C30S Mutant from Yeast.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YELLOW FLUORESCENT PROTEIN GLUTAREDOXIN FUSION PROTEIN
total genus 98
structure length 346
sequence length 351
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
A PF01353 GFP Green fluorescent protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.155.10 Mainly Beta Beta Barrel Green Fluorescent Protein Green fluorescent protein 2jadA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2jadA02
3EC3A 2VZXA 4W7EA 4KX4A 4HZ2A 1YDKA 2CVKA 1MDIA 4EO3A 5JWQB 1X9WB 3W8SA 2A56B 3QMXA 5HFKA 4KW6A 3IBHA 1BQ7A 2N5BA 1K3LA 4MJAA 4J8AA 3VLNA 5ECKB 3JCML 4NV2A 4V1Ap 1NHYA 1EGRA 3LSZA 4MF5A 3SVDA 4ORNA 1TRWA 1XFLA 5EXBA 3EK8A 13GSA 3LQ7A 2CAIA 1AQWA 2LQOA 4X0XA 1YJ2A 4ZB6A 3SVCA 1ERTA 2E2MA 4TW5A 3CSHA 3TRQA 1A8YA 3Q6OA 2O7KA 4MZWA 1T4ZA 4K7NA 4TR1B 3GHAA 5KN2A 2A46A 4BVYA 5A4UA 3L4NA 1GUHA 4HQZA 5EXUA 4J2FA 2YWIA 5IMFA 2WB9A 2MMZA 3WT2A 1T8EB 4KW8A 2V32A 1Q4DA 6GSSA 2H73A 2C9IA 5LD0A 4F03A 2DBCA 1KTEA 1K0NA 2YZUA 4HQ9A 2WULA 3I43A 6GSXA 1RRXA 2IJYA 1TTZA 1XW9A 4ULXA 5J2OA 3IRAA 2MMAA 3M24A 4KDUA 3HHVA 3M9KA 3ZTFA 3ZVJD 2IMIA 3KEBA 2IE2A 4AJ8A 3EK4A 4JZQA 1TJDA 1Z3EA 4JRBA 3PJ5A 4P3YB 1S3CA 5B6MA 3U0MA 3A8SA 5INYA 1Z7PA 1XW5A 2V41A 2GT5A 1I5GA 4CDOA 3BJ5A 2L59A 3O6TA 4F9ZA 3V1WA 4KF5C 1HQOA 2DD9A 2I3YA 4MF7A 2JADA 4W6MA 4ZBAA 4XL5A 1VF2A 3DQ8A 16GSA 3C73A 2QC7A 5HQPA 4MH3A 3NT3A 2OADA 4K7OA 2AYTA 3UBKA 1DSBA 3DKSA 2VOCA 2H75A 4DSQA 1TU8A 1PN9A 1KNGA 2DIYA 2H6VA 1BAYA 1GUMA 5HR1A 3GEXA 3GFKA 4RQRA 4JR4A 3CFHA 2MMNA 4ID0A 1UN2A 2VL3A 1V58A 4K0NA 5D9XA 4XOVA 2RH7A 5CRDA 4ECBA 2G3OA 1OXEA 1CV7A 3A2XA 3KJYA 3CB9A 4GSTA 3ZFBA 2R3XA 3GX8A 4KAEA 1B9YC 5H5QA 4B5YA 1ZGNA 2MZCA 1FVJA 4N0ZA 3UL3A 1TU7A 2V6OA 5ECMB 4DXNA 4HQ8A 2Z6ZA 3TUEA 11GSA 3LVCA 3ISOA 2A48A 5T3IA 3LSAA 1XMZA 3RHBA 3SV5A 5BQLA 4BWSA 4X43A 5B8BA 4PPJA 2C3TA 2WSNA 2DUEA 2X8HA 2GX2A 2YZHA 3EINA 4TRXA 5DAKA 4WF5A 4MA9A 4B30A 3DQ7A 2FUG2 3VHTA 2DJ0A 1KYRA 1URMA 3F4RA 3PH9A 3DQMA 1PX7A 3DQFA 2H66A 2G2QA 3N9JA 2ON7A 1YJFA 1AQVA 1XZOA 3TRXA 1B9XC 2K18A 2CZ3A 2LQQA 3NEDA 2RM5A 5IMVA 3BD2A 2FHEA 2MBTA 4DSSB 3LWAA 4HZ4A 4EUYA 3DQ4A 4FYCA 3DPXA 4EKZA 1JC1A 2WHSA 2X64A 3WLDA 3Q18A 4IBPA 3KZQA 2GQLA 4MCUA 5CRWA 1T3BA 3UOMA 3EVPA 2DJKA 2DJJA 5G1KA 3H1NA 2WDUA 2JZTA 4V1Ag 5G30A 4H86A 2YV7A 4E8EA 2PERA 4DVCA 3BOAA 4W7RA 3LXZA 3P8WA 1OC3A 2JZRA 3ZTLA 3SVNA 3V3DA 4TN8A 2AV4A 1XA9A 2HRSA 4H48A 2JSYA 1GLPA 2VUPA 2M80A 5H89A 4MF6A 1Z7RA 2N5AA 2O2BA 2H72A 5H88A 3WCKA 4IK5A 3KP9A 1GGXA 3BXAA 4TR1A 2HFDA 4LLRA 3C8EA 4MJEA 1WWJA 4L0WA 5J4UA 1S3AA 1QXTA 5DQBA 4WBRD 2V4EB 3HJOA 1K3YA 3GRXA 2C0DA 5B8AA 3VI7A 2A47A 1TK8B 4ZBLA 2OGRA 1Q4CA 4ZL8A 1YEPA 2FWFA 2X8CA 1GSEA 1XWBA 3CSIA 5A5KA 1OAZA 3HVVA 4IK1A 3IP2A 1MD3A 4IZNA 2AHAA 4IQ1A 1PD21 5FT3A 3VWVA 3W8JA 22GSA 2VL2A 3LVDA 3PR8A 3TDGA 4W69A 4W75A 1OXDA 1BEDA 3ME8A 5ECHB 5DPJA 2V6KA 3GH6A 3LG6A 1K0CA 3FRCA 1XOBA 3QFBC 4ZILA 2H5PA 3LFLA 5HZSA 2OKYA 4NMUA 4RI6A 4EDYA 1XSSA 1G6YA 3M3MA 3M1GA 1JHBA 5DY6A 2KHPA 5L71A 2F9SA 3GL3A 2D2ZA 3U5RE 4W7XA 3G9AA 2BJXA 2TIRA 1HD2A 5D73A 1YZWA 2X8GA 2BTJA 1Q4JA 2CQ9A 1M9AA 5JCUA 1UA5A 5EB7A 2EC4A 4V2LA 5D9TA 3DQKA 5HZOA 1XWKA 2PXWA 2GSTA 2B3QA 3CRTA 1J9BA 5CP1A 4PQ1A 1A0FA 2KP1A 3SVEA 2REMA 1VRSD 1E2YA 4GF0A 3TKQA 1MD4A 2G6EA 3QAWA 2B3SA 1QYFA 2P4MA 2GZPA 5LCZA 1SYXA 4JR6A 5DQSA 1K0BA 4PXOA 2FWHA 2VVIA 4IJ3A 1G7OA 1JFUA 3DQDA 4IHUA 1YHIA 1EMEA 5JWRB 3W1CA 4PNFA 1V2AA 4CW9A 3TKSC 4PPLA 4OD7A 4EMQA 3U0NA 1K0AA 5ECLB 3DQ3A 1PQNA 3DQ5A 2Z9SA 2IB5A 1PKWA 4LJBA 4N0VA 1O7UA 2KOKA 4N30A 3GTUA 2QGVA 5JCGA 3DQIA 2H01A 3HY2A 3RWAA 2RLIA 2M72A 4BPYA 1SL1B 3S9FA 3GSTA 3FYGA 3KH9A 2C3QA 4ZF5A 2YWNA 2WHTA 4GLTA 3SSVA 2FD3A 3A2VA 1KYSA 4EC0A 4W6CA 1NHOA 4YQMA 5IO2A 2B5YA 4ZB1A 3GV1A 2DDDA 1SKSB 2C0GA 3IAM2 3IHQA 5IM9A 2AJQB 1IYIA 2G5ZB 4ZFSA 4Q5FA 1ZGOA 4Z7XA 1KP5A 1PL1A 3GIXA 4W7AA 4H47A 4TR4A 3P7XA 1MDKA 2HT9A 2HRNA 2B7KA 2VCZA 4K6XA 4W6FA 4GWRA 2RUFA 2PVOC 1UISA 2WJUA 3QOUA 2A2SA 3HJPA 2C0EA 2ZMWA 2O87A 4TOPA 1WRYA 3CBUA 3FZ4A 4W6HA 4W7CA 4GSSA 4JRRA 4K9ZA 3AI4A 2HZEB 3MNGA 1Z5YE 1GP1A 3MDKA 3O78A 1F37A 4LJDA 3SG2A 4KF4A 1V40A 2JL4A 1KBNA 4KEXA 5G31A 1C72A 3C1RA 4P76A 5F0GA 5H87A 3DQ9A 4ZIJA 1Z1PA 1TI3A 1T1VA 3APSA 4TXOB 2OE1A 5IMZA 1GH2A 3TJFA 3VFIA 4Q7TA 1XVWA 2G2SB 2ZUPA 1WOUA 3KCSA 2VCXA 2LRCA 4TZGA 5DTLA 4XRAA 3GB3A 4KSMA 2ARLA 3ZRDA 1H6RA 1XXUA 2VD0A 1DE1A 4HU7A 4PX1A 2QLEA 2OBKA 3TKRA 5BT0A 2O8VB 3QD9A 3APQA 1G0TA 2LRTA 5ID2A 4W74A 4XS4B 1ABAA 3H93A 1TDIA 3I6AA 3H4KA 4I2UA 6GSUA 4POKA 5LTPA 4IVFA 3VK9A 5IPGA 1GSUA 2GZYA 4MPFA 5H5RA 4BDUA 4YAVA 1GTIA 2H5QA 2WZ9A 2HLSA 1N8JA 2VAEA 1XWAA 4K0GA 4K8MA 1ZL9A 2YOIA 4KUNA 4TKYA 4ZBDA 5DALA 1JLVA 2E2GA 19GSA 5EVOA 3ZYWA 3ZIJA 3J7Yb 2R6KA 3SVRA 5DQYA 1H75A 5EB6A 1QGVA 4EN1A 1OE8A 2AWLA 4EXJA 2B1KA 4OJ0A 3HDCA 10GSA 1R26A 4MLYA 3ED8A 3IK9A 2OKAA 1SL2B 2HGDA 4PFEA 2MBSA 1YQ1A 1T7PB 4AS8A 3E3EA 5F06A 3SSKA 3SG5A 1O85A 2C0FA 5KN0A 4YQUA 4BL7A 4D73B 1X5EA 3PIBA 4XS6A 4DXPA 18GSA 2L6CA 4WKWA 4AJ6A 6GSYA 1O81A 3EMXA 3VPTA 1HYUA 1ST9A 12GSA 3TKSE 5ECPB 2JU5A 3W6GA 3F4TA 1Y25A 2CT6A 1OXFA 4JF9A 2P5QA 1U3AA 2VL9A 3IE3A 1GNWA 3WD6A 1F3BA 5KTGA 1GL4A 1RMOA 4L1IA 4DXMA 1U3IA 4XIHA 4PUAA 2DJ3A 1O8XA 4NHWA 3BXBA 1ERVA 1KEBA 4N11A 1NM3A 4L0UA 3RPPA 3CBEA 5D9VA 3HZ8A 5DDLA 4ZB9A 3J7Yk 4FYUA 4PUFC 1WPIA 2DD7A 3DPZA 3GSSA 4IS0A 5DU0A 4Q5QA 3F9UA 1WE0A 4J88A 1GTUA 2WISA 1JZWA 2JZSA 2Q6PA 1TRSA 1EEJA 3GYKA 2O29A 2L5OA 2VLVA 3FY7A 4RI7A 3LF3A 2PMTA 3ZITA 2XBIA 3GX0A 1FB6A 2DUFA 3DQJA 2Q57A 4Q7UA 2H6YA 2H76A 2I4AA 3C7MA 4G2EA 1XQMA 2AUVA 2PN8A 1OC8A 2H9WA 2L57A 2GS3A 2O24A 5IQYA 4I5QA 3A5WA 2R4VA 2EIRA 4HI7A 5ECIB 2QZ0A 1ZOFA 3KM6A 4W73A 2YE0A 1NSWA 3WGDA 3HJMA 5J3RA 3QR6A 4W6AA 4KA0A 1B4PA 3ST4A 4G9HA 5EL8A 3SVSA 5ECQB 1F3AA 3KP8A 1ZCPA 2FNOA 2ZNMA 5GSSA 2FY6A 1GTBA 2GSQA 2DMMA 1THXA 1GSQA 1Q4BA 5G2ZA 3IR8A 2OACA 2YJ7A 2Y0GA 4G10A 1GSYA 4ACSA 5KEJA 1WIKA 1TK0B 1SYRA 4WXTA 1TP9A 3CSJA 4OHSA 3MSZA 3OSRA 3IPZA 3SSYA 1N2AA 5LTQA 1GSFA 4I8BA 3D0ZA 2DUIA 3C71A 4QQ7A 3NT9A 1SJZA 2GGTA 4TXOA 2HQZA 3DQHA 3E5WA 1M0UA 1DBYA 4XHMA 1XCCA 2OA7A 5ELGA 1G6WA 3GL5A 3HXSA 4ZINA 2CAQA 3NEZA 1S3DA 2VM2A 4IN0A 5E4WA 2LJAA 5FHIA 2C8UA 2QKEA 4DKNA 1EWXA 2LNTA 4XS4A 4ZXGA 2KP2A 1SK0A 5DCHA 4WF4A 2QU1A 4AJ7A 3U8PA 1J08A 1SK1A 3LYKA 2PPTA 3I69A 2HPWA 3KXOA 3AKOA 3SSTA 1YHGA 1Y6EA 1EMLA 4IK3A 1KYPA 1BYEA 1OKTA 2CA8A 1U6TA 3EYTA 2GZZA 2HQKA 3TMRA 3EMPA 2IN3A 3HVXA 3DXBA 1PKZA 3UVHA 4ZBBA 2VCQA 1RMPA 2TRCP 3H1OA 4BVXA 1TRUA 3FZ9A 1QK8A 1QMVA 2MMOA 2YDZA 3RPNA 3HA9A 4IK4A 3K1KA 3LVAA 3QFAC 2AHEA 1M2AA 4LW5A 2PWJA 1VF1A 1M2DA 1HNBA 3FW2A 4D73A 2C4JA 2YCDA 4EULA 2IWTA 6GSVA 2H0GA 1TXXA 3DQ2A 1W7TA 5DCGA 2B5EA 4DXIA 3U6VA 1XVQA 1TOFA 1XIYA 4NXIA 3O76A 4JE1A 3ZIVA 2HSYA 2PUKC 4W6BA 2VD1A 4GXZA 1ILOA 4JFGA 2H74A 1Z6MA 2HI7A 1AW9A 5CYYA 3VI5A 1GSSA 4RYWA 1EZKA 5ECOB 4MDCA 5BTTB 2C80A 2VLTA 1T4YA 2ES7A 2VAFA 5J9BA 4MP4A 4FO5A 1R5PA 2H1GA 5CREA 3BCKA 4ISDA 2H1BA 5G1LA 2YNXA 4I97A 2MYGA 5LTRA 4NWSA 1YF1A 3UARA 4GSNA 3UMAA 4IJIA 3DQLA 4LMVA 2GDRA 4NWYA 5IMAA 2GSRA 2VM1A 2EMOA 7GSSA 2VL2C 2K6VA 5EY6A 4ZL7A 4OGSA 5J9CA 5IOWA 4XGYA 3ME7A 1W7SA 2QSIA 3TOTA 3CFFA 4X1UA 4OFMA 5KN3A 1SKWB 2GW3A 1BG5A 3GN3A 3KTBA 1V57A 1EV9A 5HGEA 3DWVA 2E0QA 1PGTA 4WBJA 3IAS2 3D6IA 1Z9HA 2VIMA 2LNSA 3BX9A 4F0BA 1CQGA 2CZ2A 5EXCI 3DVWA 3FZ5A 3WGXA 4GESB 3PJBA 2ZO6A 1XW6A 2BTOT 4HQSA 2HNLA 5IO0A 1ON4A 4LJCA 2IL3A 3RDWA 5DPIA 2AWMA 4Q5RA 4EDOA 2H1DA 5EHUA 2POXA 4HJMA 4HOJA 1M9BA 2HRFA 3P8UA 5KN1A 3G7YA 3CMIA 3KGKA 3MWHA 2H30A 2FZUA 1FAAA 2GX0A 3D21A 1GTAA 3LJRA 4Q5NA 2NPBA 1GSDA 5D96A 4AF2A 3KMNA 4OY4A 5F07A 3E5TA 3ERGA 2IPAA 1OVNA 4N3DA 1YY7A 4ML6A 1YEXA 1XBSA 2A2RA 5LK4A 2GTUA 5DTXA 2VLUA 1DE2A 4Q7RA 3UAPA 4DXOA 3K8NA 4KE3A 3ST2A 3BCIA 3G7JA 2O89A 3GUSA 3FR3A 3EU3A 4EE0A 1V9WA 3GKNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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