2JADA

Yellow fluorescent protein - glutaredoxin fusion protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
351
structure length
346
Chain Sequence
SKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFIVTTGKLPVPWPTLVTTFLQCFARYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHCVYIVADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLCYQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMHELYKSGSGMVSQETIKHVKDLIAENEIFVASKTYCPYSHAALNTLFEKLKVPRSKVLVLQLNDMKEGADIQAALYEINGQRTVPNIYINGKHIGGNDDLQELRETGELEELLEPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Electron transport
source organism Aequorea victoria
publication title Structure of Glutaredoxin Grx1P C30S Mutant from Yeast.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YELLOW FLUORESCENT PROTEIN GLUTAREDOXIN FUSION PROTEIN
total genus 98
structure length 346
sequence length 351
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
A PF01353 GFP Green fluorescent protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.155.10 Mainly Beta Beta Barrel Green Fluorescent Protein Green fluorescent protein 2jadA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2jadA02
4W6PA 2EC4A 1GH2A 4MJEA 1YHIA 4O32A 3SSTA 1Z7PA 1KYSA 3KH7A 4POKA 5HR3A 4PGTA 1GL4A 3DQ6A 4P1QA 1THXA 4TZAA 1A0FA 4RI6A 2C3TA 5FHIA 3UG0A 1SL1B 5G5FA 1F3AA 1NSWA 4MABA 3UAPA 4JGEA 5ECLB 1DSBA 4ILFA 1GSDA 1G6YA 3WT2A 5IMAA 3DQOA 3VK9A 1MYWA 2L4CA 2O89A 1GL8A 3G9BA 3EKJA 2IN3A 1YDKA 4HOJA 4WBRD 1XW6A 4V1Ag 4JE1A 2LEGA 1MD4A 4GLTA 3G7YA 3F6DA 4MLYA 4HQSA 4WR4A 2RM5A 2IB5A 4TW5A 3VFIA 5A4WA 1F37A 3S9FA 4F03A 5CRDA 3RPPA 3DRNA 3C73A 2I4AA 3WYWA 3WGXA 4DSRA 1TW9A 1WP0A 2H8LA 1PKZA 4I6XA 2H0GA 2X99A 4JRRA 2PBJA 5F07A 3QMXA 1ZOFA 3GKMA 5HR0A 5KN1A 2ICRA 2P4MA 3HCZA 3ISOA 3QAWA 5G1KA 1OE8A 1BJXA 4OGSA 2H6YA 3H1RA 2L6DA 2PMTA 3F8UA 2AAWA 3CRUA 3W6GA 2PVOC 2I3YA 3SVDA 1R5PA 1A2LA 1HQOA 2AV4A 3AI5A 2CT6A 4IVFA 3D5JA 2PERA 1YJ2A 1XOBA 3GURA 2Y0GA 2EIRA 3MWHA 4LJDC 5AIVA 1A23A 5HQPA 2IFQA 2YP6A 5G5EA 4RQXA 1O85A 4LJDA 3L4NA 5DPIA 2VVIA 1K0BA 4F0CA 1YJ6A 4JRBA 1N2AA 1YF1A 4ZB6A 17GSA 5DAKA 3EC3A 4NWSA 1ZL9A 1TI3A 4HEA2 2DUFA 4I2TA 2MMNA 1ERWA 5D9XA 1SL0B 2DD9A 1A8YA 4LL4B 3V1WA 1PX6A 1M2BA 4HZ2A 3F9UA 3ZTLA 3DQ9A 3DQLA 4XOWA 5H5SA 3ZULA 2QRFA 4ZFSA 1BAYA 3NT9A 3UBKA 2F8AA 1WPIA 6GSTA 3ZFBA 2KLXA 1WWJA 3KIJA 4ZF3A 2DC5A 2HCGA 2P0GA 2DUEA 3BCIA 3Q6OA 1SK0A 4HQZA 2YZUA 1Q4EA 1PRXA 4IW9A 13GSA 1JZOA 4L5LA 1BG5A 4LQTA 3LXTA 1WRYA 2MMZA 2OADA 1MEKA 2MYGA 4AGSA 3DPWA 4FH8A 2K6VA 5G30A 3NZNA 5DDLA 2FNOA 4RUVA 3TKSE 3TJGA 1TJDA 3IOSA 4Z7XA 1A2MA 2QLGB 4F0BA 5HBDA 1K3LA 2HI7A 4XRAA 3HA9A 3EURA 4XVPA 3G7IA 3MGFA 4HQ9A 4BPYA 4W7DA 4N3DA 4KEXA 2K8VA 2A48A 5LD0A 4LJCA 3KEBA 2H76A 1SYRA 2AWJA 3ZRDA 1GGXA 1XXUA 2CX4A 3GL3A 3L9VA 1W7UA 3H1NA 4ZF5A 18GSA 2YJHA 1HNBA 4RYWA 1RMOA 3MNGA 3ZFLA 2DDDA 3SWLA 4EDOA 3PJ5A 5F0GA 2MBSA 1Z1PA 1H6RA 1CQGA 3FHKA 4L1IA 1O7UA 2GZYA 2ZNMA 1USBA 5LTRA 1QXHA 7GSSA 3DQUA 4ZBAA 4LL1B 2GX2A 1FB6A 4ECIA 4W6IA 4LMVA 1LU4A 1XVWA 4J57E 1EV9A 3P7XA 2HE3A 5B6MA 1IYIA 5IOWA 2ARLA 5IQYA 2IPAA 2I81A 3LXZA 2LNTA 4HUAA 4W6UA 3VWXA 3HJPA 4ZF4A 2VL3A 3GEXA 1UN2A 3I19A 2RUEA 3AY8A 5DVBA 1F0BA 3O6TA 5DPHA 2CA8A 3QDNA 11GSA 1OC3A 4TR1B 2RM6A 3IK9A 16GSA 1PL2A 4H47A 3IRAA 2V32A 1FW1A 2H75A 5EY6A 2WURA 1H75A 3IBHA 2VCTA 5DTYA 3DKSA 2PVQA 4MK3A 4K6XA 4P76A 4AF2A 4WF4A 4LJBA 2R6KA 4Q5FA 1U88A 2H5RA 3ZL5A 4V2MA 5HZTA 3PR8A 4W7RA 3GJ1A 3FY7A 4PPLA 2L59A 2MMOA 2FWEA 1M99A 2VUPA 1EOHA 2X64A 1EV4A 2B5XA 2DJ1A 2G2SB 3GA4A 3UJ1A 4POBA 4KCEA 2E0QA 5DTZA 1J9BA 5DJLA 2YJ7A 5ECIB 1B4PA 4MDCA 2V1MA 4TR0A 3NEDA 2JSZA 2YV7A 2LRNA 3KH9A 1ZGPA 2CZ3A 4KDXA 3BD2A 3KCTA 4HE4A 5CYYA 5BT0A 1TI1A 3US3A 4K0NA 2L5OA 1FVJA 3TB2A 3SG2A 4DXNA 4ZXGA 2G3OA 3EVIA 4HI7A 3C71A 1GTAA 3CGLA 2D2ZA 5JCUA 2C3NA 4IK5A 4W6KA 4O7HA 2K18A 2DMMA 1X9WB 4H48A 4OO5A 1AUCA 2PN8A 4ISDA 4HQCA 1X5EA 3GNJA 4QL9A 4K2DA 4MF6A 3C1SA 2KHPA 3TGZA 4IJ3A 3QR6A 4OHSA 3U6VA 3VURA 2WB9A 3ZMKA 3BCKA 4KAEA 3M0FA 2AB6A 1YKAA 3UVTA 3P8UA 2H1DA 1YF0A 3DPXA 4NMUA 1J08A 4Q5RA 4ZB9A 2EMNA 2FWGA 3FK8A 2WISA 19GSA 2C9IA 1XMZA 3UL3A 5EXCI 4U2VA 2H01A 3P8WA 2KOKA 1EGOA 4BA7A 2B5YA 5AISA 1XIYA 2WRTA 2RLIA 1BFPA 3W1DA 1PL1A 1DUGA 1ML6A 3IPZA 2PGTA 3TJKA 3GUSA 8GSSA 1YZWA 2OACA 2G6EA 2JSYA 4KAGA 1QYOA 2VVHA 2BJXA 1GULA 5JWOB 1SK1A 1W89A 1R26A 1VRSD 2VLTA 1T4YA 1G7EA 3E9JB 3P90A 2L5LA 2H72A 5KN0A 4W6TA 5AN1A 2YANA 2G6XA 3IE3A 1VF4A 4I5QA 4TN8A 4G10A 5GAND 1TDIA 5KEJA 3U0NA 3RHBA 3UIWA 1YHGA 1QYQA 2GSTA 1YQ1A 2C0EA 2YWNA 4LLRA 1O6JA 4POMA 1Q4AA 1GUHA 3IR4A 1RW1A 1XFLA 2WFCA 2IB6A 1TRWA 3IDVA 5INYA 4ZINA 5D93A 2VLUA 2OBKA 3J7Yb 5FVFA 2C0GA 4FO5A 4KW8A 3M3MA 2HT9A 3TMTA 2GQMA 3A2WA 6GSUA 1GWCA 3RPNA 1V57A 6GSYA 2O29A 1GUKA 3LG6A 1Q98A 1HD2A 2IOVA 4GSNA 5LTQA 2DUIA 2P31A 4F2IA 3GFKA 1GSQA 2YE1A 4Q7UA 1HCJA 2IMFA 1V98A 1EMBA 4MF5A 3N5OA 4EUYA 2LUSA 4PNGA 4W74A 3PJBA 2DLXA 3ZMLA 4XGYA 4J88A 2YE0A 4LW5A 4W6DA 1YJFA 1NHYA 1K3YA 1Q4BA 3E3EA 4GQFA 2CVBA 3L0HA 1O8WA 3UFZA 1ZZYA 1G6WA 1K0CA 3IA1A 4LQUA 4B30A 3TCOA 5ID2B 2CVDA 1XSSA 4OFTA 1XCCA 4NV5A 2X8HA 3QFAC 4N30A 3VI5A 2AWLA 3WLDA 1AW9A 3DD3A 2JZRA 5GSTA 3W1CA 3DQCA 4MPFA 3D22A 2WGRA 4KF5A 1KBNA 4Q9XA 4X0XA 4EDZA 4W6SA 2IMKA 4XS1A 4I2UA 4W77A 5CRGA 3CXGA 5L71A 4MA9A 4DKNA 3GJ2A 3LORA 4BDUA 4YQVA 2OKAA 3DVXA 3RWTA 3SVCA 4KA9A 3O76A 5C00A 3DQ3A 5HW9A 2A50B 4GSSA 2VM2A 2A4VA 1S6ZA 5D8IA 2HQZA 1RM9A 3D6IA 5AGYA 1GLQA 5DCHA 3TJBA 2Z9SA 5GAPD 2WHTA 2IFQB 1F09A 4NXIA 3D4MA 3KP9A 3EK4A 2GTUA 4J56E 2IWTA 4DEJA 1OXEA 4KA0A 4MJAA 2N5FA 4D73B 5J3RA 1JBZA 4W6RA 2GT6A 2HZFA 3ST3A 3R2QA 5DAKB 4YH2A 2HSYA 3GSTA 1NW2A 1FO5A 2CZ2A 4ECJA 3GKNA 3SSYA 3G7JA 3TUEA 5ID2A 22GSA 1V40A 3CD9A 3L9SA 3KJYA 1ZGNA 4ZL9A 3QPMA 4IK4A 5FT3A 4GF0A 5DRFA 2HGYA 1BQ7A 4B5YA 4I97A 2DUGA 5EBJA 1PMTA 1JZWA 3CBUA 3IP2A 1XW9A 4KPIA 5B8AA 4G19A 4EULA 9GSSA 1Q4DA 1NM3A 2H70A 3FZ9A 5FVGA 2H74A 2ON7A 2YWIA 3EE2A 1G7KA 3QAGA 3CD1A 2WS2A 4TVEA 1XPVA 1Q73A 5T3IA 1X0RA 4PFEA 2GVPA 3CRTA 5D9WA 2HRSA 1GSSA 1EWXA 1XBSA 1XWAA 4ANJA 4W6FA 3DQ5A 3VLNA 1Z5YE 2XHFA 1RRXA 1DE2A 4HS1A 2FHEA 4J89A 3APSA 2HRFA 2VCZA 3LQ7A 4N0VA 3WLCA 3BBYA 3HVXA 3TDGA 3GHAA 4GWRA 5HZUA 4D73A 1QGVA 3DQIA 1G7OA 2LJRA 3DXBA 3A2XA 5JWRB 3SSVA 3LVAA 3KMNA 3L9UA 5HFKA 1V58A 4HQ8A 2H5OA 2IJYA 4HZ4A 1H4OA 3VK1A 3K1KA 1FAAA 1I5GA 2DJKA 1GNEA 2O8VB 3SG7A 3HZ8A 4TOPA 1A0RP 1TP9A 3HY2A 4ZBDA 2NBSA 2G3DB 3BJ5A 5J5NA 2IMDA 3ZTFA 3H79A 1TK0B 5LNKe 3DQ2A 4HJ2A 4KNDA 3SSHA 4YQMA 2H6VA 5BQLA 5IPHA 2LKUA 3M8NA 1T00A 2C9JA 1EMLA 3U0LA 2XPDA 5DQMA 4GESB 1U87A 2PPTA 3A8SA 2AH8A 3ERFA 1MDJA 3SBCA 1E2YA 3I43A 1YEPA 4MZWA 5FWGA 4JF9A 3M1GA 2TIRA 4MF7A 4ZBBA 6GSVA 2YCDA 4KSMA 3LVDA 4K7NA 1UC7A 2JZTA 3FRCA 4IELA 5ECQB 5IM9A 3SG3A 1T4ZA 5JWQB 3BXBA 2G0FA 5G31A 3DMLA 4NV2A 3SG6A 1S3CA 3KTBA 4W6AA 2GZPA 2FA4A 5FVIA 3A3TA 4X1UA 2YDZA 3CTGA 2QT2A 3BX9A 3A5WA 3D21A 4JEDA 1HYUA 4GQCA 2LS5A 2GSQA 2C8UA 3PGTA 5IMDA 2ON5A 5CO3A 4EF0A 2Q57A 5A4UA 3FR6A 3UOMA 4AJ6A 3DQ7A 1AQVA 2YN1A 3VPTA 2F3MA 4MH3A 3SVBA 4MZBA 4W7XA 3VICA 1MOVA 4W73A 3S05A 5A4VA 2JZSA 4W6NA 4WEYA 2MZCA 3MSZA 4JU5A 1Z3EA 4YAVA 2O24A 2DJ3A 5COHA 1SKWB 4W75A 4BVXA 2MMAA 3DQ4A 2IMEA 3LWAA 2VAEA 3UARA 2GQLA 2REMA 4TXVA 1XAEA 3GH9A 3LYKA 3GKKA 5IPGA 3KMOA 2AHAA 4JFGA 3WT1A 2VCWA 1GSFA 2C4JA 4N0ZA 5D73A 2JADA 6GSXA 4YQUA 2HXKA 2YZHA 3E5WA 4IJIA 1OKTA 5IMFA 2C0FA 3SG5A 1EP8A 2BMXA 1S3AA 5CAXA 2B1LA 1ZUXA 2WSNA 2V6KA 4R6BA 3C7MA 3DPZA 3ST2A 4GXZA 4WBJA 1GRXA 2GT5A 4W6GA 4KB3A 4KE3A 2DIZA 3AKOA 2WULA 3ERWA 5GSSA 4CDOA 1FG4A 5J9BA 2YFPA 5BTTA 3TKSC 1B8XA 1OXDA 3I6AA 5KTGA 2B3PA 5CP1A 3TKSA 3TOTA 1QUWA 3SVSA 4MH2A 2LSTA 3M9KA 4V2LA 2HRNA 5ELGA 4KF4A 4IK3A 4W6JA 5HFIA 2A2SA 2CX3A 1XQMA 2FWQA 4KW9A 3ST4A 4KH7A 1WIKA 5DALB 2A46A 1M2DA 1KEBA 4GRFA 4GOBA 2ZO7A 3A2VA 3TKQA 3ZITA 1AAZA 1H4UA 1O81A 2LRCA 1AIUA 2GLRA 5F06A 3K8NA 3O77A 3FZAA 3QFBC 4ECCA 3EU3A 2GS3A 4WF5A 2H73A 2X8CA 3D4TA 3F63A 2YWOA 4EN1A 4W69A 3BOAA 4XIHA 5IO0A 1J0FA 5ECNB 4BL7A 2H71A 3VI7A 4PXOA 2ZO6A 4V1Ap 3ZUJA 2HZEA 3FYGA 3VWVA 4ECBA 4ORNA 3DQDA 2O87A 5HFGA 3ZIJA 3C1RA 3F3RA 2H5PA 1U3AA 4ML6A 4LA1A 1JBYA 3OSRA 4MP4A 1GLPA 3EVVA 4XS4A 4L0UA 4OJ0A 20GSA 2XBIA 2E2GA 3EU4A 3VPQA 3CB9A 3ZVJD 3GX8A 1OC8A 2DJ2A 5DQBA 1F2EA 3CSHA 4GF6B 4PQIA 3RAZA 1VF3A 4EKZA 2LNSA 3TJJA 1PKWA 2V2GA 3WCKA 3NOFA 3IR8A 5AIXA 4W76A 1SKRB 3F3QA 1O73A 5DALA 4G2EA 1R4WA 3LEFA 5A5KA 4K7IA 1VF2A 3KCMA 3FZ4A 3CFFA 5B6NA 3D0ZA 3QCPA 1EMFA 2CVKA 3TKPA 2FWHA 4Q7TA 1VGLA 4F9ZA 4W7EA 2NTOA 4EVMA 5DQSA 3LYPA 4R6DA 2C1YA 5ENUA 4YAPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3IAM 2;  3ZUF A;  4RTC A;  4KW4 A;  5ECO B;  4OO4 A;  4ACS A;  1KNG A;  1JZD A;  3Q74 A;  1MDK A;  2VCX A;  3GYK A;  4NPB A;  3RWA A;  4XL5 A;  1HUY A;  4K9Z A;  4HJM A;  3SRY A;  2R3X A;  4KDU A;  2GSR A;  4IK9 A;  1OVN A;  2H6Z A;  2IIY A;  5EXB A;  3LFL A;  2OE0 A;  4KF5 C;  2Z6X A;  3MAK A;  2B7J A;  1TTZ A;  4NHW A;  1UIS A;  1B9Y C;  2FWF A;  3GIX A;  4XHM A;  3SVR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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