2JADA

Yellow fluorescent protein - glutaredoxin fusion protein
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
351
structure length
346
Chain Sequence
SKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFIVTTGKLPVPWPTLVTTFLQCFARYPDHMKRHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHCVYIVADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLCYQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITHGMHELYKSGSGMVSQETIKHVKDLIAENEIFVASKTYCPYSHAALNTLFEKLKVPRSKVLVLQLNDMKEGADIQAALYEINGQRTVPNIYINGKHIGGNDDLQELRETGELEELLEPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Glutaredoxin Grx1P C30S Mutant from Yeast.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YELLOW FLUORESCENT PROTEIN GLUTAREDOXIN FUSION PROTEIN
molecule tags Electron transport
source organism Aequorea victoria
total genus 98
structure length 346
sequence length 351
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
A PF01353 GFP Green fluorescent protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.155.10 Mainly Beta Beta Barrel Green Fluorescent Protein Green fluorescent protein 2jadA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2jadA02
4ZF3A 1JZOA 1EOHA 3DYRA 1G0TA 3EVIA 1FW1A 2ARLA 2FWGA 2H0GA 3HZ4A 3TMRA 2H5QA 1ZUXA 2HFDA 1OE8A 2VL3A 3UEMA 2DD7A 1BEDA 4AF2A 4GESB 3APQA 4KUNA 5CRHA 3KTBA 3ZULA 1GNEA 2F51A 5LCZA 1X9SB 1M0UA 3US3A 3DQLA 3GKNA 4ZL7A 5KN1A 1T4ZA 2B5EA 4ZXGA 2VOCA 2XC2A 5ECKB 2KP2A 3ERGA 3TKPA 2HSHA 4K7NA 2M80A 3L9UA 3IR4A 3ZIVA 2PERA 2A50B 3ADFA 4KF5C 3ST0A 2B1KA 3GYKA 3UVTA 1BQ7A 3TGZA 2FCHA 2K9FA 4AS8A 1R5AA 3SSKA 2K8SA 4KW4A 3GNJA 5B8AA 1Z3EA 4Q5RA 2K8VA 2FWQA 3MDKA 4KB3A 3KCSA 2WRTA 3F3QA 1G7OA 2ALBA 3SVOA 4GF6B 2OTEA 4HQ8A 2H72A 1JFUA 1OE7A 3TCOA 2ON7A 4EVMA 4HQSA 1UN2A 4IN0A 2B5XA 5B6MA 5DY6A 1ZL9A 1KP5A 1FB0A 5F06A 2FL1A 4OGSA 2LQQA 5FHVA 5LNKe 3F9UA 3CFFA 2GQMA 1VF1A 5CAXA 3NT3A 4W72A 1OKTA 1RRXA 4W6RA 1TTZA 2FY6A 4I8BA 5EY6A 1B8XA 1LU4A 3LF3A 2YJ7A 3D6IA 1YF0A 4V1Ap 4OY4A 4MF7A 3CTGA 4IK3A 3GH9A 3DQCA 4O32A 1AXDA 3N9JA 2C3NA 2LKUA 4MA9A 4MJAA 2VIMA 3GSTA 4KDYA 1ON4A 4TR4A 3FY7A 2A52B 3UFZA 2FWEA 4V2NA 19GSA 3W6GA 4K2DA 1URMA 1AW9A 4W6NA 4E8HA 2EMOA 1X0RA 13GSA 3HVVA 5CNWA 1DBYA 1B9CA 1FVKA 4GCIA 2VM1A 4B30A 3R2QA 1XXUA 4WEYA 5HZOA 5A4VA 5T3IA 5KTGA 3U6VA 4IK1A 3SVDA 4HZ2A 1Q98A 3ZVJD 5ABRA 1XZOA 4JBBA 3E5TA 2H6YA 4W7DA 3QR6A 4FYUA 1MOUA 4Q5QA 1TW9A 6GSXA 5ID2B 1RW1A 3IPZA 3SVEA 2L6DA 4W6CA 3SBCA 4WKWA 2Q6PA 4BVXA 1RM9A 1OC8A 4ZB1A 4AJ7A 1B4QA 2HGYA 4AJ6A 1OVNA 4POBA 3GKXA 4KAEA 3RWAA 3LFLA 1AIUA 3TRXA 5H88A 2H30A 2FGXA 3TKSC 2DUIA 1Z1QA 3KMOA 3ZYWA 4K8MA 4Q7UA 3F8UA 4MH2A 3WGXA 4KW8A 3GA4A 1SKRB 3U5RE 3BOAA 3CGLA 5J41A 3DKSA 1XPVA 1XWGA 2V6OA 2V41A 4BWSA 4ISDA 2YDZA 3P2AA 4JC2A 1Z1PA 2Z6ZA 1GSEA 3VICA 3WGDA 3KM6A 3JCML 2WISA 2IPAA 3Q18A 4KCEA 2QGVA 3LSAA 2LNSA 2YP6A 4EL1A 4EMQA 4W6UA 3DMLA 2AAWA 3D21A 1I5GA 1FOVA 4W7AA 3J7Yk 2VADA 4D73A 1Q4CA 1V58A 4XGYA 2HYXA 2QLIA 3SG6A 1ZOFA 3G7IA 4DXIA 5HFIA 4MJBA 5EHUA 1C72A 2VD0A 1GSQA 4PX1A 3GL4A 3E3EA 2GW4B 3U8AA 5DPJA 4MF6A 4ACSA 4L12A 1V2AA 1OC9A 4MZWA 2LQOA 3EVPA 2VO4A 3LQ7A 4FYBA 1K0CA 2M72A 2WULA 2VL2A 1J08A 4ILFA 4WETA 3QAVA 2HXKA 1V9WA 1GUHA 1EV9A 4XHMA 1YJFA 3A2XA 4Z7XA 5L71A 2A4VA 5EB7A 3VLNA 5HR2A 4I2YA 2RIIA 2O87A 1B48A 2IMKA 4MJEA 5DAKA 3LJRA 3DQDA 1XWAA 2Q57A 4WF5A 1AQWA 1PX7A 1FVJA 2ZMUA 2MZCA 1XCCA 3H8QA 2FHEA 1XWCA 5FVGA 4ZILA 3DVXA 4GXZA 4D73B 3U0NA 6GSVA 2YNXA 2BTOT 3KH7A 5EBJA 2YWOA 4V2LA 3SSLA 4H3NA 4MZBA 5ELAA 4GWRA 3A3TA 4GSTA 3UVHA 5H5SA 1SJIA 3UMAA 3RAZA 2FD3A 5JWQB 3G7YA 3FKFA 2DJKA 4TVEA 2G6EA 1EMFA 3FR3A 7GSSA 1PX6A 1C4FA 5COHA 4HEA2 4XS1A 2GSTA 3ZFLA 3D0ZA 3TUEA 4G10A 4K7OA 3TOUA 3TDGA 2WZ9A 2Y0GA 1U88A 2E2MA 3ZMLA 5DAKB 4W6LA 1NHOA 4KDXA 4EKZA 3BCIA 3F4SA 2H70A 2DUGA 1N8JA 2D2ZA 4KGFA 3WGEA 1PD21 1XOBA 1F0BA 3LYPA 4ZBDA 2A2RA 4W7CA 3D4MA 3SVCA 2VCZA 1SL0B 3SSYA 3E5WA 4IQ1A 3DQ6A 1Z7RA 2L6CA 4CHSA 2L59A 3TKSE 1KEBA 4BPYA 5F0GA 1O7UA 3EVRA 2G2QA 2C0DA 4PPLA 3WYWA 5EJUA 2G6YA 2B6MA 1YHHA 2V4EB 1SK2A 4FIWA 5F8BA 2WSOA 5LTRA 2NVLA 3UG0A 4GLTA 4K7IA 6GSTA 1X5CA 5H87A 2LEGA 2WHTA 3CFAA 2FA8A 2H75A 5LTPA 4ZL9A 2RM6A 3W8SA 1HCJA 3CSIA 5HZSA 3LXTA 3LVDA 4UTSA 4ZFSA 4WBRD 1ML6A 1TK5B 1PSQA 5DPIA 4RI7A 1HQOA 1ZZYA 3A2VA 4HVFA 5JCWA 4Q9XA 2PWJA 4L5LA 2IB6A 3ZIJA 4L0WA 2KOKA 4ID0A 4ZB6A 2J9HA 2KHPA 3A5WA 1TP9A 2FWFA 3ZRDA 1K3LA 3DQIA 2DC5A 1A8LA 3CSHA 2ES7A 4W6MA 3D22A 1U3IA 5KN0A 2P5RA 5DJLA 3P7XA 3ZITA 5DPHA 3IBHA 2YFPA 1K0BA 3UAPA 1Z5YE 2YANA 4V1Ag 4XS4A 2X8HA 3EU3A 4KDUA 1JC1A 2AWLA 4OFMA 4ANJA 4ZIJA 1GLPA 4XVPA 3WLDA 1A2JA 4TR1A 2EC4A 4OQWA 4RTCA 5E4WA 2PUKC 5E59A 2YWNA 5EXCI 5IPGA 4LW5A 3KD0A 2QZ0A 2LUSA 2JACA 1M9BA 2AUVA 3GEXA 1WE0A 2LSTA 3SVSA 4ZINA 1UISA 1S3DA 2H66A 4KF5A 3LGCA 1MDKA 2AWKA 2WURA 1R4WA 3RPPA 1JZRA 3LSZA 5DRGA 4MJCA 4W6PA 1DE1A 5HBDA 3APSA 6GSUA 1CV7A 2PU9C 2GQLA 2WHUA 1O81A 1PKWA 5GSSA 5HW9A 3DQ9A 2OKAA 3VWWA 2OE1A 4F9ZA 2H19A 4TZGA 3HHVA 1A8YA 1Z9HA 4DXNA 1M2DA 5G31A 3LA1A 4L5OA 2ZO6A 2P5QA 3IK9A 2YPMA 4H3LA 4WXTA 4EN1A 4XS4B 3IAM2 3PJBA 4GF0A 1EMCA 1UC7A 2HI7A 2VVHA 3CBUA 3KZQA 3RWTA 2JSYA 2PN8A 1Z6NA 1O73A 2N5FA 4NV5A 4H47A 3OSQA 3VHTB 3DQ4A 5DQSA 2PMTA 2MBTA 3SVRA 1WWJA 3CRUA 5ENUA 3ED3A 3DXBA 2CAIA 2VCXA 5HGEA 2IIYA 3WT2A 3DQ1A 3RHBA 3ZLPA 2P4MA 4TKYA 3DPWA 3RPNA 3O76A 6GSYA 3BJ5A 3KCMA 3C1SA 5JCGA 3KP8A 3A8SA 4MMMA 2A54B 3ERFA 5HFGA 2GZYA 2DJ3A 1HUYA 3DQMA 2N5BA 3GTUB 2H6VA 2LJKA 2YZHA 3ST3A 2CT6A 1Q4EA 3EVUA 3DGQA 3EMXA 4PQIA 5DU0A 4XRDA 1K0DA 3GRXA 5IMVA 4OFNA 2GW3A 2I1UA 4NMUA 1CQGA 4W6BA 3KGKA 3BD2A 4W6HA 2QRFA 4IK5A 2MMNA 1W89A 2PPTA 1YY7A 1TRUA 3CBEA 1W4VA 3V3DA 4HZ4A 3PJ5A 3GURA 1EMKA 5AQBB 4ZL8A 3HYPA 1QK8A 5CRWA 4Q5NA 3CRTA 4YH2A 3DPXA 1U6TA 4ECJA 1PKZA 2IB5A 3ZREA 2G5ZB 2LRCA 4MLYA 3GB3A 1PN9A 1QUWA 5LK4A 1SENA 2QLGA 4KGIA 1XVQA 3F6DA 1XIYA 2NDOA 1S3AA 1M2AA 5B7CA 2CX4A 17GSA 1H4UA 2JZSA 2KLXA 2DDCA 2E0QA 5J5NA 3DQOA 4KGEA 3DWVA 1GLQA 3BXAA 2B3PA 1YF1A 4HQCA 5BTTA 1GTAA 5G2ZA 1TRVA 3NEZA 4JZQA 3SSVA 1RQMA 2J23A 1GUMA 4N11A 4E8EA 4IZNA 2O29A 5DRFA 1G6WA 1TU7A 4NWSA 1AQVA 3TJFA 2R37A 5IO2A 4WR4A 5DPGA 1OYJA 5H5RA 4KCAA 2IMIA 1YEXA 2OADA 4NHZA 4YQMA 3DQUA 3APOA 1XW5A 3C71A 1OXDA 3O78A 4Q7TA 2R5GA 1SK1A 2OBKA 4NPBA 2G3OA 2VVJA 3QCPA 1XOAA 1XQMA 4XOWA 3ZUJA 3F6FA 2I4AA 1YQ1A 4LJCA 4IK9A 3VPQA 5ECOB 1BJXA 10GSA 3I69A 3AI5A 2BJXA 2WB9A 5DTZA 3HCZA 4MP4A 1XFLA 5J2OA 3K8NA 3LYKA 4XIHA 1MOVA 4HQZA 5F07A 1ACVA 4IHUA 2YOIA 4GRFA 2HQKA 3UBLA 1F9MA 4IK8A 4J57E 1WOUA 3W1DA 1QYQA 2XPEA 4Z4KA 1TRSA 5HZTA 1QMVA 4KW6A 4KA0A 2YE0A 5DTXA 2V2GA 4X43A 4LA1A 1TK8B 1MD4A 2O89A 3LF4B 1Q4BA 2H0HA 2H73A 1SKWB 5FVFA 3ME8A 1TI3A 1JLWA 4ORNA 5FT3A 1XAEA 2LJAA 3EYTA 5HQPA 2ON5A 2DMLA 2WHSA 2OACA 1VF4A 2YE1A 1XSSA 6GSSA 4G2EA 4RQXA 3HXSA 1F2EA 2IFQA 4TW5A 5HFKA 2YWIA 2GDRA 4OFTA 3Q74A 2YWMA 1VRSD 1PA3A 1XVWA 2DDDA 1A23A 2L5LA 3GX0A 3KJYA 5HR3A 1XWKA 5IIZA 1TK0B 2JZRA 4IKHA 3SS0A 4L13A 1QY3A 3ZTFA 2DD9A 3RHCA 3C8EA 4LMWA 2C1YA 3IOSA 5F05A 2GQKA 3F4RA 4PPKA 3ZMKA 1BYEA 4POKA 5DBQA 4MABA 2GX0A 2HFCA 1R7HA 4B30B 5AIVA 1A0FA 2I81A 2IWTA 2VL9A 4PURA 3A2WA 2HRNA 4LL1B 3DQAA 4EDZA 3F0IA 3EE2A 2HZFA 5CRGA 5G30A 4JEOA 2IFQB 2PGTA 1DSBA 3PR8A 1USBA 3MGFA 2I3YA 3MAKA 3TJKA 2K6VA 3S9FA 5DTLA 2F8FA 1OXEA 5DQYA 2YZUA 3SG3A 4AJ8A 4GOBA 2O8VB 1GTBA 1H75A 4DKMA 3G7JA 1GL4A 3FW2A 9GSSA 3GJ1A 1GUKA 4ZF5A 2JU5A 1EWXA 1THXA 4OCFA 4OWYA 4X0XA 3ZFBA 2O2BA 3IHQA 5F9GA 1PL1A 2H6ZA 3LORA 2OKWA 3IK7A 2A56B 3SG7A 4POLA 3PINA 1GH2A 3DQHA 4LQTA 4TXVA 2DLXA 2GZPA 2DIYA 3H1RA 3E5VA 1EMLA 3U0LA 2WIQA 4PQ1A 3NF0A 5DQMA 2BTJA 3V1WA 1ERVA 2HT9A 3CTFA 4FYCA 1ZYQB 1GTUA 4EDSA 3M9KA 2CA8A 3CD9A 2PXWA 2YCDA 4W6SA 1SJZA 5IOWA 1A24A 3M3MA 3L9VA 4W6DA 2BMXA 1GRXA 3H93A 2RLIA 1F6MC 2VCWA 3C1RA 1I9DA 1UA5A 3EKJA 4GSNA 3M8NA 1MTCA 4K0NA 4EO3A 3TJJA 3GKKA 2GT5A 1XMZA 3DQJA 5AGYA 2XBQA 2A47A 3BX9A 4IJIA 2OTBA 3PIBA 1IYIA 1YDKA 2H5PA 1GULA 2CX3A 2EIQA 3TOTA 3IP2A 4JR6A 1J9BA 1U87A 2LRTA 2TRCP 4JGEA 1OC9B 1GSSA 3IR8A 3CMIA 3EINA 16GSA 4F03A 4N30A 4J2FA 1OC3A 3F3RA 4J56E 1T3BA 3M24A 2B3SA 4IQAA 4MPFA 4KEXA 4KAGA 4PQHA 2LS5A 3FK8A 4AGSA 3P8WA 2YV9A 5JWOB 1EGOA 4PXOA 1GP1A 3W8JA 2ZO7A 5ECRB 4W7XA 4W73A 4OO5A 3BXBA 3QAWA 4KW9A 5GZZB 3I43A 2O85A 2GS3A 2L4CA 4ZB8A 1TU8A 1IYHA 1JHBA 1EMEA 2VVIA 4IS0A 2LTKA 3AKOA 3W1CA 1TKDB 1Y25A 2QT2A 2HGDA 5ECPB 2IMFA 3SVNA 4W6KA 4W6TA 2HCGA 2R2JA 5DJMA 2VCTA 1ERUA 3RBTA 2WGRA 2P0GA 1YFPA 1YZWA 2VLUA 2Z1OA 1MDIA 4DXMA 3NOFA 2PXSA 3QDNA 2M46A 2MYGA 3IDVA 1PQNA 3TRQA 2CAQA 5CP1A 5D8IA 1Q4AA 2R3XA 5IMZA 2L5OA 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 4DVC A;  4IP1 A;  1YJ2 A;  4YAV A;  4LJD A;  4WR5 A;  1EMM A;  3FZ4 A;  4EUL A;  1HD2 A;  2HLS A;  3O77 A;  3DQK A;  1EMG A;  1ZYE A;  4J89 A;  1ZMA A;  1KNG A;  3EVV A;  2POX A;  4W6G A;  5J3R A;  3TKQ A;  3SVU A;  1Y6E A;  5EXB A;  3CD1 A;  3KTL A;  4POM A;  2N5A A;  6GSW A;  4JRB A;  1RMP A;  3QAG A;  3F63 A;  4XS6 A;  1EEJ A;  5A4W A;  1YKC A;  4H48 A;  3MWH A;  4TZA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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